5OZ0A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 11
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz0A01
4H3GA 1GNOA 1YG9A 3HVPA 5ENMA 2BQVA 3EKYA 3FKTA 5P59A 3OU1A 1ODXA 3NU6A 5P6RA 4FLGA 1MT9A 4Y5MA 2BKSA 3SKFA 5P1RA 3WB5A 2HPFA 4RRNA 2Q15A 5P6SA 1B6KA 2IS0A 5B18A 4Y3EA 4Y56A 1A9MA 4CP7A 3SA4A 3EKXA 4NPUA 2I4WA 3FNSA 5P6HA 5OZDA 5P63A 3TL9A 2NNKA 5P0CA 5P5TA 5P8VA 4QGIA 3KM4A 5HCTA 4EXGA 1SMRA 3SA9A 4Y5CA 5HTZA 3NR6A 5P4ZA 3S8IA 5P3PA 1EC2A 2QAKA 5OZXA 3UDKA 4M8YA 5P5UA 1RQ9A 3HDKA 5I3VA 3QN8A 1EC0A 3URLA 5P6VA 4LBTA 2F80A 5P52A 4NJTA 5P3YA 4YD7A 4Y4EA 4RZ1A 4F76A 1C6ZA 4HDPA 3OTSA 1HVKA 3GI4A 4X2LA 1K1TA 4GMIA 1BVGA 4Y3QA 2QHCA 5P36A 3GGXA 4I1CA 2AZCA 2G27A 3RSVA 5P2XA 2PQZA 3EC0A 4YD6A 3BXSA 4RVXA 4AZYA 5P2EA 4RVIA 1G35A 4AUCA 1CZIE 2Z4OA 3TLHA 1EPQE 5P10A 4LL3A 4F75A 4LHHA 1FMUA 5EZXA 1BAIA 4ZPGA 3OADB 2AOIA 3OGQA 3DK1A 2ZJJA 5P7TA 1MPPA 3PJ6A 3H5BA 4B1EA 5KQYA 4OBJA 2B7FA 5UPJA 3ZKMA 4FS4A 3VUCA 3NU4A 3GW5A 5P6NA 3I25A 4MC2A 5C9DA 4Y3GA 4CPQA 4OBKA 2NMYA 2RKFA 3UQWA 4OC6A 1HSIA 3PBZA 5P44A 5P2JA 5DQ2A 3L59A 5HVPA 2AOEA 4I10A 1HVIA 4K4QA 5OZGA 4Y5BA 1EBKC 2JE4A 5P25A 3SA3A 4FRSA 4ER1E 2VIZA 3ST5A 1IVQA 3LZUA 1GVUA 3LZSA 4DJRA 5OYZA 1AZ5A 5HU0A 2VJ7A 4RYGA 1F34A 3U71A 3UQPA 5COKA 3L5BA 3INEA 2VA6A 4ZSQA 3EL9A 5P0PA 1E5OE 3VYDA 1FGCC 4AA8A 2QNNA 2A1EA 2ANLA 3BVBA 4FRIA 1EBWA 1HVLA 3WZ6A 3O9HA 1IBQA 1T3RA 1D4IA 5IVSA 1D4YA 2O4NA 5P0VA 1SIPA 1D4HA 1G0VA 1PPLE 4ZEAA 3PM4A 1U8GA 5OZZA 5P83A 1EPLE 2G26A 5DR0A 3RSXA 4GB2A 5OYUA 3PWMA 1MT8A 5P1WA 5P2NA 4GJ9A 1IZDA 5ISKA 5AHAA 2QI1A 1IVPA 2ZYEA 1MSNA 5P6LA 5AH9A 5CONA 2QI7A 1KJGA 5P4RA 3OQDA 4Y4TA 5OZVA 2G24A 4QJ6A 5APRE 4Y9WA 1BWAA 5OZFA 2P3AA 3ZPUA 3TOHA 1UPJA 2PH8A 3CYWA 2PMAA 4NKKA 2QMGA 1IZHA 4QJ9A 2NPHA 5P3MA 1MRWA 3KMYA 5IE1A 2ZHUA 3JVWA 4R92A 4Y38A 3SPKA 5P4QA 3T7PA 1A8GA 5P29A 5P17A 3EL5A 1W5WA 5OZ0A 3N4LA 4H1EA 3EKWA 2IL2A 3VEUA 4EYRA 5P8RA 3PI0A 3KT2A 5P7WA 3VSXA 4Y54A 3MSLA 4Y5PA 5P49A 1Z8CA 1QBUA 2V0ZC 4Z50A 2AVSA 5P23A 5P85A 2IRZA 3FX5A 1ODYA 5P32A 4Y4DA 3SQFA 4ER4E 2PH6A 3PLDA 5OZ9A 2WHHA 3KFSA 2PC0A 1HIHA 5P19A 1ZPAA 5P8QA 5OZYA 5P72A 4ZSPA 3EKQA 3UDJA 3I6OA 3QRMA 5P86A 5P0ZA 5P8CA 4DFGA 3PBDA 2XYEA 5P26A 1XE6A 5P3DA 5P13A 5P7FA 3CKPA 2FGUA 7UPJA 5P0HA 4DJOA 5AHBA 5P0JA 2G20A 1SBGA 1N49A 2AOHA 4U7QA 3LIQA 4ACUA 5P0TA 4I11A 4MC6A 3Q3TA 5COOA 3K4VC 2I4VA 5P43A 2WF0A 4EQJA 5ENKA 5P2ZA 4CMSA 1W6HA 5OZ2A 1SP5A 3HZCA 1AAQA 3SO9A 1JLDA 4EWOA 3TPRA 2O40A 4COEA 3RTHA 4Y3YA 1DP5A 5P1DA 2FS4A 5P8PA 4Z2ZA 5P6CA 5P2CA 1UH8A 1B11A 1BIMA 5OZWA 5KQFA 2AOJA 3K5FA 3SACA 1YTHA 2WL0A 2Q55A 1Q9PA 4GIDA 4B72A 3UFLA 3D91A 4TVHA 4ZSMA 4IVSA 5P7XA 4Y51A 3R4BA 5P1XA 5P7JA 4KB9A 3UTLA 1PPME 5P5PA 1APUE 3NDTA 5P8OA 5P40A 5OZUA 5P64A 3A2OA 5C9BA 4J55A 4OBZA 1MTRA 5KQXA 1DIFA 2PK6A 5OZCA 5P65A 2JXRA 1D4JA 4Z22A 5HE4A 4LAPA 3QIHA 1UH7A 3JVYA 5P4JA 3NLSA 1NSOA 3QBHA 3AUPA 1LYAA 4QJ7A 5P5WA 3BGCA 4Y3DA 3PMUA 2OHPA 1IZEA 5P6KA 5P14A 2J9JB 5P6AA 5P7VA 5P8FA 3O9DA 5P4SA 2AVOA 2FNTA 2EWYA 4QJ2A 3BHEA 5P6ZA 4I0IA 2B7ZA 2P3BB 5HDUA 1M4HA 5JODA 5KQZA 5DR4A 5P3OA 3R0WA 4B00A 5P7EA 3HW1A 1AIDA 5P8DA 5OZLA 5P50A 4Y3MA 3UDQA 3DCKA 2QD8A 1HPVA 1K6CA 2APRA 5OYXA 5OZ6A 3NSHA 1OD1A 4Q1WA 4J1FA 1FQ6A 3OXWA 4EP2A 1QBRA 1BILA 1F7AA 3NWXA 2XFKA 5OYVA 5P4IA 3OXXA 5P41A 4MC9A 1KJ7A 4Y35A 2BBBA 5P8NA 3LPJA 5P3KA 3EL0A 2BJUA 2IKUA 5P6MA 2OHSA 1EEDP 4I0GA 3BVAA 5P22A 5P3TA 4PEPA 2RSPA 1FQ4A 1XL5A 5P3UA 1DMPA 5P6EA 1META 1XE5A 2QI5A 2I0DA 1HVHA 2WF2A 5P4TA 3OU4A 5P24A 4LXMA 4OD9A 4DQCA 1NPWA 2HS1A 5IVTA 4J0YA 1MRXA 3QVCA 2JYSA 5P2QA 2ZE1A 3FSMA 2R38A 3TPPA 2ER9E 3B7VA 3LPKA 4Y57A 2RENA 5F00A 4LXKA 3KDBA 5OYQA 2NR6A 1EBYA 4Y5LA 4Q1NA 5OZ4A 5AHCA 5P0IA 1AJXA 3S85A 5P3NA 3GGVA 3OQAA 2PSUA 1VIKA 1EPPE 3HVGA 3EXOA 5KAOA 2F8GA 4YCKA 2FNSA 5DR8A 3PI5A 2IENA 5AH7A 1QBSA 1T7JA 3WZ7A 1FQ8A 1QRPE 3QAAA 3L38A 2ZJNA 4Y4BA 3HAWA 5P7ZA 5P8IA 4BFBA 4Y3WA 1W5XA 2QI3A 4Y3FA 5P5VA 3DCRA 4EP3A 5P5BA 2F3EA 4Y41A 3UFNA 5P4PA 4Y5KA 3HAUA 4DJWA 1FIVA 5P0BA 1HSGA 3O9BA 4JPCA 4RCDA 5P48A 5P84A 3TOFA 5I3YA 5P18A 1ZJ7A 4FE6A 1HEGE 1AM5A 3OTYA 5P2BA 3IXJA 5P15A 1T6GA 5P3AA 5P89A 3TH9A 1WBKA 5P39A 2QMPA 1K6TA 3VFAA 4K8SA 5P61A 3OUBA 4J1KA 4Y3XA 1EPNE 2P3DA 2F3KA 4Z4XA 4Y4AA 1PSOE 2QZLA 5P1MA 5SXNA 3T6IA 1MIQA 3K5CA 3EBZA 2O4LA 5P2LA 3SKGA 4D83A 1HEFE 5P1QA 3LIVA 3EKVA 5P74A 4QJAA 4L7JA 3OAGA 3VLAA 5P46A 3PMYA 2HM1A 5P31A 4CPUA 2SAMA 3VV6A 4N00A 5SY3A 3URIA 1LF2A 1GVVA 3K1WA 4K4RA 4EJDA 2XFIA 4Y47A 2CEMA 3QP0A 4YBIA 4Y39A 1LYBA 3KFPA 4FL8A 3QPJA 3OUDA 3ZKXA 4DJUA 5ISJA 5P0QA 5P4OA 2BPZA 4AA9A 1YM2A 4GJ6A 5P0MA 4Y48A 3D1YA 1KJHA 2P83A 3WZ8A 5ER1E 3JW2A 3VV8A 5OYWA 5C9FA 5OZ8A 2ER7E 3DV5A 5P7DA 4JP9A 4BFDA 3L5CA 3OOTA 3O9GA 1LYWB 5P0EA 5DPZA 4XXSA 3K5GA 1IDAA 3IVIA 5P08A 5P1OA 4B78A 4BELA 4GJBA 2ZDZA 1ZTZA 2PYMA 1MT7A 3LHGA 2O4KA 5P81A 2V13A 2BPYA 2Q11A 4CPXA 3WB4A 4RROA 4DJQA 1TCXA 3EM6A 1C6XA 4DV9A 1A30A 2MIPA 1J71A 1YTJA 4YCTA 5P5NA 5P1UA 3VFBA 1RNEA 3ZLQA 1YTIA 3VYEA 4ER2E 1HVSA 5P6GA 3B80A 2HAHA 5P5HA 2VA7A 3FIVA 5P7LA 5P3FA 3OQKA 5P37A 5P2VA 1XN2A 3ECGA 1K2BA 4EXHA 3APPA 4PPHA 4Y4WA 4NPTA 5OZAA 4Y43A 5P5ZA 3OUCA 2IKOA 5P1JA 4Y3LA 1MUIA 4DPIA 4Y4UA 5HCOA 5P8HA 1FG6C 3S2OA 3GI0A 1W50A 2QU2A 3LITA 5SY2A 2QK5A 5P0YA 5P3HA 5P5XA 2AZ8A 3TTPA 3VYFA 4K4PA 3QRVA 5EZZA 5P0UA 5P62A 1PPKE 3OXVA 5P2SA 3BGBA 5P4VA 2OHLA 5P51A 4H3JA 4FRJA 5CLMA 5P3EA 1LS5A 4GJAA 3IAWA 5P4FA 5P4MA 5P0LA 1FFIC 1AJVA 2V11C 5P4LA 1TQFA 3NXNA 2NXMA 2JJIA 5P6WA 2HB3A 3NWQA 3L58A 4I8WA 5P4HA 4EQ0A 2VJ9A 1IZIA 1LEEA 4A4QA 4DQHA 2ZHRA 5P2TA 4Y4XA 5P2UA 1HPOA 3DV1A 1HVCA 4Y50A 3UDRA 4RVJA 1ZAPA 3N3IA 5P6YA 4R91A 3SA8A 3T7QA 5P7NA 2AVQA 1HTEA 5P0WA 1QDMA 4Y5NA 5P35A 5P3LA 2AOFA 2QI6A 6UPJA 5P77A 5P28A 2F3FA 5P1KA 4D8CA 1OHRA 3FNUA 4H3FA 5P7PA 3ZL7A 5P58A 4R8YA 4DQGA 2XYFA 4EHCA 1BDQA 5P66A 1G2KA 5P8TA 4DPFA 1HOSA 3I2LA 3T7XA 1MERA 4WTUA 2CENA 3DJKA 4I0HA 3GI6A 3PGIA 3RTNA 2I0AA 3OY4A 3PEPA 5P47A 5P68A 2R5QA 4B1CA 3VG1A 1TCWA 2Q63A 4HLAA 3APRE 4XX4A 3S45A 5P2MA 2OHKA 1T6EX 3PB5A 5HE7A 5P5QA 1DW6C 2QU3A 3TNEA 4OBZB 1QBTA 2QHZA 4Y36A 4TRYA 4Y3TA 2G1SA 1E81E 4YDFA 2WF3A 5KOSA 5P6PA 5P2GA 2B8LA 2HPEA 3KFNA 2VA5A 2ZHSA 1BV9A 5P0NA 2BPXA 2ZJLA 5OZSA 2G69A 5OZEA 2H6TA 5P4NA 3KYRA 1HPXA 2R3TA 2UPJA 5P5MA 3KT5A 1AVFA 2FXDA 4Y5AA 4FM8A 5P0DA 3PLLA 2I4UA 2IEOA 4Y3PA 1MSMA 4J0PA 3T3CA 4DQBA 3MXDA 2RKGA 4Q1XA 5OZMA 5P1VA 3BUFA 2Q5KA 3BUHA 3BC4A 3TKGA 3UQUA 3INDA 3ER3E 1GVXA 3S43B 5P6DA 4GZFA 1T7KA 5P2WA 3R2FA 1YT9A 1W5YA 5P75A 4M8XA 3SFCA 3UDHA 3D1ZA 1EBZA 3IGBA 2G1YA 4NJSA 5OZIA 4J0ZA 5P55A 4WY1A 5JG1A 4ZPEA 5P3IA 1YX9A 4OD9B 3EM3A 2I4QA 2QNQA 5P8AA 3EL4A 5DQ5A 4PYVA 1W6IA 4YD5A 5P2YA 3GGUA 5P5CA 1ZLFA 5OZPA 5P30A 1B5FB 4CPWA 2BPVA 3INHA 3HD8A 5P09A 4RGHA 2QMDA 4Y4GA 2ZHTA 5P1ZA 3UHLA 2FDPA 3KDDA 2AVMA 5DR3A 2ZJIA 4OBGA 5P67A 5P1YA 5BWYA 3G72A 3O9IA 2QZXA 5P8KA 4I0JA 1GKTA 3TKWA 5DR1A 5P3SA 4R95A 5E5JA 4OBHA 5P4EA 2PSVA 3G6ZA 3K5DA 3RTMA 1HVRA 1FKNA 3F9QA 3NUJA 5IVRA 5I3WA 1EC3A 5P12A 5OZ1A 2VNNA 3O99A 3LIYA 2FLEA 3OK9A 4Q5MA 3CIBA 5P38A 3OOZA 2AZBA 1G6LA 4B70A 3PCWA 5P27A 2AIDA 1T7IA 5P1EA 2VIEA 5P1CA 3HLOA 4Y3AA 5P4AA 5P5OA 2AVVA 4RCFA 4L7GA 4D88A 3EMYA 2R9BA 3QROA 5P6FA 4RYCA 5OZ3A 3S54A 3EM4A 3O9LB 5P56A 2P3CA 3LZVA 3PRSA 1SMEA 1CMSA 2HB4A 4D89A 2I4DA 3KMXA 2ER6E 3OU1B 3NDUA 1LV1A 2NMZA 4YCYA 1APWE 3MSJA 5P01A 2WEZA 4CPSA 5P8SA 2P8HA 1BDLA 1IIQA 1GNMA 1TSQA 3O9AA 3ZKQA 3O9FA 3VV7A 2FIVA 2NTRA 2G94A 5P4WA 4ZSRA 2J9JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4H3G A;  1GNO A;  1YG9 A;  3HVP A;  5ENM A;  2BQV A;  3EKY A;  3FKT A;  5P59 A;  3OU1 A;  1ODX A;  3NU6 A;  5P6R A;  4FLG A;  1MT9 A;  4Y5M A;  2BKS A;  3SKF A;  5P1R A;  3WB5 A;  2HPF A;  4RRN A;  2Q15 A;  5P6S A;  1B6K A;  2IS0 A;  5B18 A;  4Y3E A;  4Y56 A;  1A9M A;  4CP7 A;  3SA4 A;  3EKX A;  4NPU A;  2I4W A;  3FNS A;  5P6H A;  5OZD A;  5P63 A;  3TL9 A;  2NNK A;  5P0C A;  5P5T A;  5P8V A;  4QGI A;  3KM4 A;  5HCT A;  4EXG A;  1SMR A;  3SA9 A;  4Y5C A;  5HTZ A;  3NR6 A;  5P4Z A;  3S8I A;  5P3P A;  1EC2 A;  2QAK A;  5OZX A;  3UDK A;  4M8Y A;  5P5U A;  1RQ9 A;  3HDK A;  5I3V A;  3QN8 A;  1EC0 A;  3URL A;  5P6V A;  4LBT A;  2F80 A;  5P52 A;  4NJT A;  5P3Y A;  4YD7 A;  4Y4E A;  4RZ1 A;  4F76 A;  1C6Z A;  4HDP A;  3OTS A;  1HVK A;  3GI4 A;  4X2L A;  1K1T A;  4GMI A;  1BVG A;  4Y3Q A;  2QHC A;  5P36 A;  3GGX A;  4I1C A;  2AZC A;  2G27 A;  3RSV A;  5P2X A;  2PQZ A;  3EC0 A;  4YD6 A;  3BXS A;  4RVX A;  4AZY A;  5P2E A;  4RVI A;  1G35 A;  4AUC A;  1CZI E;  2Z4O A;  3TLH A;  1EPQ E;  5P10 A;  4LL3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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