5OZ2A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 13
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz2A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz2A01
4TRWA 1K2CA 5OYQA 3APRE 3RSXA 3ZOVA 5P2YA 1E80E 4MC2A 4U7QA 5DR1A 4DJWA 3OXCA 3OU4B 1K6PA 4Y3AA 2WEDA 5P5HA 2IKOA 1FMUA 2P3AA 3OXWA 1DIFA 4OC6A 3NDXA 3VEUA 4OBDA 5P1KA 2F3EA 1LYAB 5P4EA 3NXNA 2ZJNA 1EC2A 1EPPE 2I4UA 2G20A 5P22A 4UPJA 4CPQA 5P0OA 4R92A 3Q4BA 3FV3A 1RNEA 3EKWA 5P1OA 1GVWA 2V16C 1TCWA 4I0GA 4Y4DA 5ER1E 4DJYA 3PI0A 3UPJA 5OZPA 4M8YA 5P8TA 3VSWA 5P5RA 2G1NA 2P3CA 4A6BA 4PYVA 3B7VA 3UQUA 5P0EA 5OZYA 4DPFA 5P47A 3URIA 5P25A 3SKGA 5HDXA 2P3DA 4ZSPA 5P4RA 1FG6C 2G69A 5P6FA 2J9JA 5OZQA 3ZKMA 3SM2A 5P24A 1W50A 2Q54A 5P17A 3OTSA 2NTRA 1BDLA 4Y3JA 3ZKNA 3WSJA 4I8WA 4OBKA 4Y36A 2IDWA 4EP2A 3LNKA 4HDBA 3SABA 4BEKA 2RENA 3BC4A 1AJVA 5OZVA 2AVOA 5P74A 2FLEA 3PMYA 2BPXA 5P4GA 3D1XA 4RLDA 5KR1A 3RVIA 2XYEA 4HA5A 5P3OA 4I0JA 5OZOA 4LBTA 3UFLA 5P4LA 3VV6A 4APRE 3QRSA 5P8QA 2AOIA 4Y51A 1LZQA 1BDQA 1RQ9A 1XN3A 5P6QA 5P84A 3K5GA 4GJDA 1HTGA 3ZKSA 2O40A 5P79A 4HZTA 4KB9A 1EBYA 3MXEA 5P7HA 3NU5A 2OHLA 5P4XA 2XYFA 2JJJA 2B8LA 3WZ6A 4DJUA 3D1ZA 3BVBA 3EKXA 3UDNA 3TPPA 2BPVA 4LXAA 5P28A 4CPXA 5P8DA 2OHMA 4FAEA 1IDBA 1KJ4A 1PPME 5AHCA 4KUPA 2G24A 3S7MA 3PHVA 5P35A 5P6AA 5J25A 1HWRA 1SMRA 4ER1E 5P78A 1ZAPA 2G27A 2VIYA 5BWYA 5E5JA 9HVPA 5KQZA 4YCKA 2NR6A 3HAWA 4U7VA 5P05A 4QJAA 4IVTA 4LP9A 3LIYA 2EWYA 1CMSA 4Y3HA 2VA5A 2R9BA 2APRA 2V00A 5P6PA 5P2SA 5OZLA 5P0IA 5P1FA 3WZ7A 1Z1RA 4BFDA 5P8CA 1B6MA 1HTFA 1CPIA 5P3BA 5P8HA 3NWXA 5P4TA 5P6OA 2HPFA 2AOEA 3IVHA 2FDEA 2Z54A 3PWRA 4AUCA 5P2KA 1YTIA 2NMYA 1MSNA 1NPWA 1ZBGA 3IGBA 3O9FA 2B7FA 3WB5A 1Q9PA 3BVAA 5P3IA 5P3RA 3PB5A 2I4DA 2AOHA 4FL8A 5P1LA 2OHNA 1BWBA 3O99A 3DCKA 4H1EA 4DJQA 3QBFA 2Q5KA 8HVPA 5IVRA 5P3WA 5P03A 5P09A 1A94A 4K4PA 2ZHRA 2QI0A 3INHA 5P3KA 3TOHA 5P6SA 2R38A 5BRYA 1B5FB 3S85A 4Y5KA 4Y37A 5P2CA 4Y58A 4MC6A 4S1GA 1FGCC 5HTZA 2P83A 4J54A 1YTJA 5KOSA 2O4LA 3JW2A 3GI0A 4B1EA 1HOSA 4RCEA 3TPLA 1BXQA 1ODYA 3DV1A 4GJAA 5OYRA 3SA6A 1LYBA 2FMBA 1EPQE 4YA8A 2G1OA 1E5OE 3O9CA 5P1DA 1GVVA 5DR4A 4R93A 5P7WA 4GJ9A 5P5DA 3OQAA 2OHSA 1QBTA 4YCTA 1YG9A 4YBIA 4EJDA 5P89A 3QIHA 3N4LA 4I12A 3O9IA 2AZ8A 5P67A 4GJ8A 3ZKGA 4GB2A 4J55A 5DQCA 1T6EX 4TVGA 5P5NA 4YD5A 5HE7A 1XDHA 5P7KA 5P8MA 1LEEA 3LPJA 4L7JA 5HDZA 2FGVA 2IKUA 5KAOA 1EPOE 4NKKA 5P2NA 2WL0A 5P5MA 2O4KA 1GVUA 5P62A 5P1JA 3BGCA 5P38A 4OBGA 4A4QA 3CYXA 3EL4A 4GIDA 3UDYA 3HVPA 1HIVA 5P2EA 3FX5A 2QI5A 4RROA 4RZ1A 3EXOA 4LXMA 3MXDA 4I0ZA 4HEGA 1UH9A 1SGUA 3R2FA 1LF4A 4RVJA 2ANLA 3OHFA 5P80A 3ZPUA 1HSGA 4JOOA 5P0RA 1HXWA 4EXGA 1C70A 5P2HA 2V12C 4LAPA 4DV9A 1FQ4A 2F3KA 5P72A 3K5CA 5P8OA 1FKNA 1W5XA 5COKA 2FIVA 1C6YA 5OYWA 1VIJA 5P8GA 5P5UA 2QHZA 5P5VA 3LINA 4N00A 5P1EA 5KQXA 4OBZB 3LIXA 3VLBA 3Q70A 2HPEA 3INEA 4RRNA 2BB9A 5P4AA 2R8NA 4JPCA 4QJ2A 1PSAA 4GJCA 2G1RA 2HB2A 5OZCA 5P0SA 3SA4A 2HIZA 4EQ0A 5P5KA 2VA6A 3OOZA 4GJ5A 5P0PA 3GGVA 4NJUA 5P5JA 1SIPA 4F74A 5I3YA 1HIIA 5DGUA 2QNPA 2O4PA 4Y39A 5P3GA 5P3YA 1PPLE 3OXVA 5OZIA 2Q55A 7HVPA 1C6ZA 3VG1A 5OZ1A 5CONA 3NU9A 4Y4GA 4Y5MA 4DJVA 3LITA 3O9LA 1ZPKA 2RKGA 2I1AA 5DPZA 5P7ZA 5P0XA 1HVJA 1NPAA 4B72A 4I1CA 4EHCA 5P71A 3OQFA 5P0YA 2IS0A 3EL9A 2P4JA 4EYRA 1YM4A 5F00A 4DPIA 6APRE 3PMUA 1ENTE 5P8KA 4Y3NA 2ZHUA 2I4QA 4Y5EA 1LYWB 5P0KA 5P4FA 1MUIA 1OHRA 1B6JA 5P27A 5P3CA 4B78A 6UPJA 4DJRA 4I0FA 2BPYA 3O9BA 4Y3LA 5EZZA 5OZKA 5P4BA 1K2BA 3H5BA 3MSLA 5P01A 1EBZA 3HAUA 5P5CA 1HEGE 5P3TA 4WY1A 1APUE 4OC6B 1A9MA 3ECGA 4DJOA 2QU3A 1F34A 2IRZA 2PSVA 3QROA 3R4BA 5P2LA 1HVCA 5HCOA 5P8BA 5P1SA 5OZGA 1DPJA 4AA8A 4DFGA 3PLDA 2WF2A 2WEZA 5P4SA 5P5PA 5P8IA 3D3TA 4Y3GA 2ER0E 4BFBA 5P2QA 5P64A 3OK9A 1EC3A 1G6LA 3NDWA 3FNUA 3SA8A 2WF1A 5P5TA 3T6IA 1LS5A 2QZWA 3H0BA 1BIMA 2RSPA 4CP7A 1NH0A 3IN4A 4YD6A 3UQRA 5P4KA 1LV1A 2OHTA 5P69A 4COEA 5P6LA 5P5SA 2NNPA 1M0BA 4ZSRA 2OHPA 3U6AA 4HLAA 2J9JB 1XE6A 3CYWA 5P7JA 2I0DA 5P7PA 4D85A 5P14A 5DGWA 1C6XA 2PMAA 2IQGA 3U7SA 3F9QA 4YDGA 4YOBA 3SA3A 2AQUA 3A2OA 3KN0A 5P3VA 1NPVA 2VKMA 1GKTA 1KZKA 3EL1A 3INFA 5P7UA 4QJ8A 5P1PA 5IVQA 3I2LA 5P5LA 1SDVA 5P06A 3SLZA 2HB4A 3OGQA 3JVWA 4EWOA 2CENA 4Y56A 3UF3A 5OZSA 5IE1A 1F7AA 5P6IA 5HE5A 3RTNA 5E5KA 3TNEA 5P15A 1IZIA 5IVTA 2QCIA 5F01A 5P8RA 2P3BA 4YD7A 3EKYA 2IGYA 5P0HA 3L3AA 3PWMA 2AOGA 5P19A 2HM1A 5P10A 2FDPA 2QI1A 3IXKA 1OD1A 4EQJA 4YD3A 3ZKQA 4Y3TA 5HE4A 5BS4A 2V10C 4Y3RA 5OZDA 5IS4A 5OZ3A 5P6ZA 3IVIA 3K1WA 4Y3PA 2FS4A 1FQ8A 4L1AA 3OUCA 4ZPGA 2I4VA 5OYTA 1PSNA 2IENA 4D88A 3QRVA 2XFJA 3KMXA 3TOGA 4D89A 5KOQA 3OQ7A 3QI1A 1K6VA 4J1KA 3QN8A 5SXNA 5KQFA 1W51A 2AOJA 4Y5GA 5OZHA 5P70A 5DR8A 2BJUA 1YM2A 2WHHA 4X2LA 5OZJA 4B1CA 5P56A 4GJ7A 1EPME 3VSXA 5P7VA 5DQ4A 4DQFA 1W5WA 5I3XA 5JODA 2OHUA 4ZSMA 3UDHA 1HPOA 3PGIA 5P8LA 2VJ6A 3KFRA 3OOTA 5P1XA 4B05A 1KJGA 4Y5AA 3ZPSA 2QI6A 3LIQA 4CPRA 2QMGA 5P50A 4I0IA 2Q64A 4R91A 1IVQA 4XXSA 4Y3FA 4RYCA 5HVPA 3QP0A 5P5OA 5P2AA 4Y4XA 5P1HA 4IVSA 3DCRA 5P7LA 1HIHA 4GMIA 4WY6A 1W5VA 2PSUA 4Y3XA 1APVE 5I3VA 1WKRA 1IZEA 3PWWA 1UH8A 2QHCA 5P2OA 2VS2A 3OTYA 5OZ9A 3EMYA 2NXMA 1BWAA 5P6MA 5UPJA 5P60A 5C9DA 5JG1A 5P0UA 4M8XA 4Y53A 3ER3E 5P08A 5ENKA 2ZJKA 2Q3KA 1LYBB 3HVGA 5P3UA 4YBFA 4DI2A 1LYAA 2UXZA 4ZSQA 5OZWA 1YT9A 5P0CA 2HS2A 4K4RA 2WKZA 2NPHA 4MC1A 1D4HA 2PYMA 4K4QA 1EC1A 1A8GA 1K6TA 3INDA 4Y47A 3UDJA 5OYUA 2ZJHA 3FNTA 3UDRA 5P68A 2FXEA 1D4LA 4Y4AA 3PBZA 4Y4BA 3OUDB 5P61A 1HVKA 4Y50A 2JXRA 5P3LA 1A8KA 5P18A 3PVKA 1FIVA 1HTRB 5C9BA 5P4YA 1YX9A 2PK5A 4GZFA 5P5QA 4FGXA 1D4KA 3CIBA 4OBFA 4TRZA 5AH8A 4TRYA 1BBSA 1GNMA 3UFNA 5P0AA 5P4IA 5P37A 4EJKA 2PSGA 2NXDA 5P0JA 5P2WA 1HPXA 2QI3A 3QVIA 4I0HA 4J1HA 1RPIA 3L58A 4NJVA 1QS8A 1ZLFA 1ME6A 5P8JA 3BUHA 3TPJA 1T7IA 5P8AA 5OYVA 1HXBA 3MSJA 5P5YA 1HSIA 2I4XA 5OYYA 1VIKA 1JLDA 3VV7A 5P46A 1J71A 1D4JA 4J0VA 3RSVA 5P6XA 3DUYA 5P2RA 2Q15A 5P33A 5P1ZA 3G72A 4QGIA 2B42A 3TLHA 4Y54A 1W6IA 3MSKA 4FIVA 2F8GA 3T7XA 1MRXA 5OYZA 3I25A 3GGXA 4ZLSA 4H3FA 5OYXA 5APRE 4D8CA 4Y4JA 4Q1XA 1OEWA 2QHYA 4F73A 1D4YA 4JPEA 3NU3A 3NLSA 5P1NA 1FFIC 3CKPA 3MWSA 3ZKXA 5P2GA 4Y35A 2JE4A 3CIDA 1DW6C 1XS7D 2R3WA 3OQDA 4QJ6A 4RYGA 4Z2ZA 1ODXA 5P1QA 3T11A 4TVHA 4CKUA 3SACA 2V13A 3I8WA 3SKFA 3ZMGA 2PH8A 1HHPA 5P8FA 4J0TA 5COPA 1KJHA 3O9LB 2O4SA 1TSQA 2B8VA 5OZFA 4I0EA 5KR2A 2A4FA 2PYNA 5AH6A 3BXRA 3PEPA 5P16A 5P7GA 1BVGA 1PPKE 3PI5A 5P1CA 3SM1A 3VF5A 2ASIA 2P8HA 4OD9A 5P6RA 3Q3TA 5P4NA 4FRIA 4Y4TA 4FM8A 3UTLA 5P3SA 5P3AA 7UPJA 2BPZA 5P83A 2QAKA 5AGZA 3UHLA 2H6SA 1CZIE 4RCDA 1YTHA 2CEJA 2BKSA 2WJOA 3T7PA 3HD8A 3VFAA 1BDRA 1SBGA 5P7TA 4PHVA 2HS1A 2R43A 2Z4OA 4FE6A 4J1FA 5P32A 1SP5A 2HC0A 5P4QA 4LC7A 3SA9A 5P77A 1EEDP 2J9KA 5HDUA 1EBWA 2OHQA 4HDFA 5OZ4A 3UCBA 5DR7A 3OU1A 2ER6E 1T7JA 4Y6MA 2ZE1A 3D20A 1Z1HA 5P4WA 3LZUA 3PJ6A 3PSUA 1APTE 1XL5A 5P3DA 1ZP8A 4ER2E 2ZHTA 5ER2E 1TQFA 3L38A 1T7KA 4RVIA 3BRAA 2H6TA 2CEMA 2NMZA 5B18A 1BV9A 1IDAA 1XN2A 1EPLE 2G26A 4YHQA 3HBOA 3T7QA 1ER8E 1TCXA 2B60A 5OZUA 3OWNA 4ZIPA 1SIVA 3CKRA 4DQGA 2XFKA 2IEOA 1HBVA 5P7OA 3KDDA 2QMDA 4CPSA 4Y4WA 3K5DA 1ZPAA 4XX3A 4DJPA 2PC0A 5P7YA 4I8ZA 2PK6A 3S43A 1HTEA 3L5BA 1G2KA 2ZHSA 1B6LA 5P6UA 3OADA 3OXXA 3RU1A 3VF7A 3BHEA 5P44A 3URLA 5P26A 4H3IA 4NJTA 4Y41A 4Y3ZA 5P31A 3S45A 2FXDA 2ER7E 2B7ZA 3T3CA 5P7AA 3BUFA 2VIZA 4J5JA 1T3RA 3NUJA 5P1IA 5P6NA 5P2IA 3CKTA 5P48A 3GI4A 5P30A 1GNOA 4MC9A 5OZ0A 3LPKA 5P5AA 4U8WA 4OBHA 2G1SA 3U71A 1QDMA 5P7MA 2ER9E 2QMPA 4FSLA 4Y45A 4HVPA 1HVHA 5P40A 2P3BB 5P57A 2Q11A 5P0BA 3R0YA 2I4WA 5P0MA 5FIVA 5P6JA 2JJIA 3SA7A 3SFCA 4AA9A 3VYDA 3KFSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TRW A;  1K2C A;  5OYQ A;  3APR E;  3RSX A;  3ZOV A;  5P2Y A;  1E80 E;  4MC2 A;  4U7Q A;  5DR1 A;  4DJW A;  3OXC A;  3OU4 B;  1K6P A;  4Y3A A;  2WED A;  5P5H A;  2IKO A;  1FMU A;  2P3A A;  3OXW A;  1DIF A;  4OC6 A;  3NDX A;  3VEU A;  4OBD A;  5P1K A;  2F3E A;  1LYA B;  5P4E A;  3NXN A;  2ZJN A;  1EC2 A;  1EPP E;  2I4U A;  2G20 A;  5P22 A;  4UPJ A;  4CPQ A;  5P0O A;  4R92 A;  3Q4B A;  3FV3 A;  1RNE A;  3EKW A;  5P1O A;  1GVW A;  2V16 C;  1TCW A;  4I0G A;  4Y4D A;  5ER1 E;  4DJY A;  3PI0 A;  3UPJ A;  5OZP A;  4M8Y A;  5P8T A;  3VSW A;  5P5R A;  2G1N A;  2P3C A;  4A6B A;  4PYV A;  3B7V A;  3UQU A;  5P0E A;  5OZY A;  4DPF A;  5P47 A;  3URI A;  5P25 A;  3SKG A;  5HDX A;  2P3D A;  4ZSP A;  5P4R A;  1FG6 C;  2G69 A;  5P6F A;  2J9J A;  5OZQ A;  3ZKM A;  3SM2 A;  5P24 A;  1W50 A;  2Q54 A;  5P17 A;  3OTS A;  2NTR A;  1BDL A;  4Y3J A;  3ZKN A;  3WSJ A;  4I8W A;  4OBK A;  4Y36 A;  2IDW A;  4EP2 A;  3LNK A;  4HDB A;  3SAB A;  4BEK A;  2REN A;  3BC4 A;  1AJV A;  5OZV A;  2AVO A;  5P74 A;  2FLE A;  3PMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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