5OZ5A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 16
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz5A01
5P49A 2R3TA 4RGHA 4R92A 4J1HA 3FV3A 5KR2A 4DQEA 3NYGA 3OY4A 5P54A 3VV6A 4L1AB 4GMIA 2PSVA 3SFCA 1EEDP 2BPXA 1MPPA 1TQFA 2QMDA 4ZE6A 3HLOA 5P65A 1NPAA 2PH6A 3OHHA 4Y3ZA 3H0BA 4JECA 3KFRA 3S53A 1IBQA 1SGUA 3APPA 4I0DA 5P47A 1AIDA 2QI1A 3DJKA 5P6QA 3OUCA 2WHHA 1FEJC 4I0GA 2G94A 1BVGA 1DW6C 3PHVA 3HW1A 2HB3A 3PWMA 3R1GB 4GJAA 4ZSPA 5P5YA 3K5DA 3VF7A 5EZZA 1ZAPA 5P1YA 2VIEA 5P79A 5P0VA 2OHTA 5OZ3A 5P8UA 5KR1A 3NWXA 2BBBA 1KJFA 5OZLA 1W5VA 5SZ9A 3KA2A 3EM3A 4Y3GA 2EWYA 4AZYA 1MRWA 5OZJA 3QVIA 3HBOA 4Y4UA 5P6ZA 1QRPE 4DQHA 1YX9A 4AUCA 3Q5HA 3BGBA 1EC0A 3NDWA 3NDXA 5P2BA 1T6EX 2ER9E 3ZKMA 1QBUA 4R93A 2I0AA 5DGUA 3UCBA 3OGQA 3TTPA 1A9MA 5P4SA 5P85A 3SQFA 5P7MA 3ZPSA 4FAEA 5P3YA 2P8HA 1NPVA 1LS5A 2G27A 3G72A 1CPIA 1QBSA 5P7QA 5P5SA 1BDLA 2WEBA 4Y38A 4RYCA 3KMYA 2R5PA 2ZHRA 3U6AA 3Q4BA 5OZNA 1ZSFA 2VIYA 5P2QA 4DJWA 4GJBA 5P7PA 1W51A 5ENKA 3T7QA 4EQJA 3L5EA 5OZDA 5P0GA 4ER2E 5HE4A 1HRNA 5P26A 2G1NA 5P3IA 5P84A 3KT2A 5P52A 2HM1A 1HTGA 1FQ6A 2B8VA 4CPTA 2IENA 3CKPA 1GVXA 3CMSA 5OZ2A 4EHCA 2O4KA 1APUE 4Y4TA 1FG8C 4EJKA 4AA9A 2RKFA 5P6MA 5OZSA 3JW2A 4HE9A 1J71A 4ACUA 5P4WA 2V0ZC 5P6SA 2WEAA 3URIA 1HEGE 5P0EA 2ANLA 3EM6A 1FQ5A 5P8KA 1MEUA 5P31A 2AOGA 5P40A 2HAHA 3NU5A 5IVRA 4YD4A 3BVAA 3PEPA 3S43A 5DR0A 5P88A 5P6DA 5P7KA 5P8GA 4BFBA 3NXEA 4R95A 2J9JB 3MWSA 5OYXA 4RRSA 4Y3MA 1EPPE 4M8XA 1ZSRA 5P2ZA 3NU3A 1YG9A 2HS1A 3I7EA 5P0YA 3Q3TA 5P8PA 3ST5A 2ZJNA 4FLGA 2RSPA 1APTE 2QU2A 2AIDA 4D85A 3PWWA 5P1WA 1HVIA 5OYQA 3RSXA 3PJ6A 4I0ZA 2B8LA 5DGWA 3NSHA 4OC6A 5TOLA 3SABA 4COEA 1DIFA 4FAFA 1AXAA 2H6TA 4LBTA 1ZP8A 2IGYA 5P4FA 4TVHA 3O9DA 1BIMA 1G35A 5P5UA 5OZ1A 2IS0A 1F34A 3R0YA 4GJ7A 2G1YA 3VSXA 3RVIA 4BELA 5P23A 4DQFA 3BUFA 5P6FA 5OZ0A 4FSLA 2V16C 2AODA 1LYAA 2WKZA 4YHQA 2QI0A 5HU0A 2HPEA 1Z1HA 2IKUA 5DQ1A 3VV8A 1D4IA 5OZ4A 3EKTA 2OHSA 5P6NA 3QS1A 4RZ1A 5P4CA 5JG1A 3O9HA 1AZ5A 1SIPA 4DI2A 5P1SA 3BXSA 3SLZA 4HDBA 3WZ7A 1D4YA 1G0VA 2BJUA 2RKGA 5P83A 3OTSA 1UPJA 2AOFA 1TSUA 5P46A 5OYWA 5P28A 1QBTA 1QS8A 5OZYA 4QJ6A 5P3PA 4Y5EA 5P10A 1HSGA 5P1HA 2ZJKA 3PLLA 2G1SA 3UDRA 2AOCA 1GNNA 5P6KA 5BRYA 4CPUA 3RU1A 2I4QA 4Y3JA 3JVYA 4Y45A 3QRVA 3L38A 5AHAA 4I0HA 2I4UA 2ZHSA 4APEA 4EXHA 4UPJA 4DUSA 5P3VA 3BRAA 3L59A 5OYTA 2OAHA 5P3GA 4L7HA 4Y47A 3UQPA 4K4PA 1A94A 7HVPA 4OBKA 5DQCA 2OHRA 5P7LA 1LV1A 5KQFA 4Y4AA 2HB2A 4Y4JA 4Y9WA 1EC3A 2UY0A 2RMPA 3QAAA 3TKGA 5P3UA 4Q1YA 3UDJA 1IZHA 5P8SA 3I2LA 2FDEA 1G6LA 1XE6A 1EPRE 4Y3FA 3LZVA 1VIJA 5OZQA 5ISKA 4AA8A 5P2SA 2IEOA 3OUBA 4Y36A 4R91A 3NU9A 4HDFA 1PSAA 2G1RA 2VJ6A 4ZSQA 5HDVA 1BWBA 3GI5A 3OTYA 2VJ7A 4Y3PA 4TRZA 1YTJA 1FF0C 4LAPA 1ER8E 1B6LA 2BPVA 3G70A 3OU1B 5P7UA 3EM4A 1Q9PA 4GJ8A 5P0BA 3WB4A 5P2CA 5P1FA 5ENMA 5OZXA 4DJOA 3LZSA 1W6HA 5HVPA 4S1GA 2P3CA 4OBDA 5P5JA 5P5TA 3S2OA 5P2KA 4I8ZA 5P8TA 2H6SA 3AUPA 3GI4A 4J0VA 3KM4A 3WB5A 4Y3WA 4OBZB 1MVPA 4HEGA 3RTNA 3CYXA 3I8WA 5AHCA 3HAWA 4R5NA 2ZGAA 3SA4A 5P6BA 4GJ6A 3VEUA 5P39A 3IVIA 4Y3NA 3OUAA 4MC1A 4NPUA 2QU3A 1EPNE 1EPME 1MRXA 5KAOA 5P74A 5P0WA 5P1BA 1SP5A 1HVRA 1IDAA 4Y6MA 1C70A 1RNEA 5P05A 3PB5A 5P5XA 3VF5A 4Y5PA 1RV7A 5P20A 5I70A 2R5QA 5HD0A 5P7GA 1TSQA 5DR3A 1W5XA 3D91A 2P4JA 5P53A 4H3JA 1FMUA 2PH8A 5P0CA 5P76A 4F76A 4CPQA 2ZJLA 3CIBA 5P8RA 4B1DA 5P8MA 5P5FA 5P2NA 2OHKA 5P4MA 2Q15A 4L1AA 4FRIA 1WBKA 3GI0A 5P1NA 5ER1E 4F73A 5P7TA 1KJ4A 3TLHA 5P4UA 1D4SA 3FX5A 2G21A 2QHCA 4ZSRA 2FIVA 4YOBA 1XE5A 5P37A 5DQ2A 3PGIA 3NWQA 5BS4A 5P5QA 3OXCA 5P2EA 2NMZA 5P6LA 4J54A 5P03A 2ZJMA 3UQWA 1U8GA 2Q63A 3N3IA 3QRMA 3VYEA 2QNQA 1IZEA 1BBSA 2AVOA 5P2IA 5OZVA 2VNNA 1HIIA 4Y41A 3LIZA 3TL9A 5DQ5A 3LIQA 4F75A 2MIPA 5P7DA 2QHZA 4XX4A 2RENA 4I8WA 2WECA 5P7CA 4QLHA 3SKGA 4J55A 2Q5KA 3FSMA 1ZBGA 4NJVA 5P14A 4Q1WA 5P45A 2P3DA 2UXZA 4Z22A 5P7WA 5B18A 2ZHUA 3OWNA 4YBFA 4DJPA 2QMFA 3BHEA 4RYGA 5F01A 4I0FA 4B0QA 1OEXA 3LPJA 5P2XA 1LZQA 4YCTA 5P1LA 2I4DA 1C6YA 5P5HA 4J5JA 4J0ZA 5P4VA 1HPOA 2IQGA 4DQGA 5KQYA 1W6IA 1HPXA 5P3RA 4GJ9A 4JPCA 4LC7A 5P1ZA 5OZ5A 1NSOA 4GYEA 1DP5A 2AZ8A 5P5AA 3SA7A 1FQ8A 4DQCA 2FLEA 3OQ7A 1ZJ7A 5P2MA 5OYSA 4FRSA 4Y53A 4GZFA 1IVQA 3NUOA 5P8DA 2VA7A 4B1EA 5OZTA 3PCWA 2IDWA 1SIVA 3S54A 4PZXA 5AHBA 5P07A 1D4KA 2QNPA 3ZPTA 3RTMA 1HXWA 3ER3E 5P77A 5OYVA 3OU4B 2O4SA 5P01A 5OZEA 4CP7A 5P15A 5P5ZA 2R43A 5P2FA 3GGVA 3DV1A 5P4AA 1UH8A 3BUGA 1YTHA 5P2RA 5T4SA 5ISJA 1GVVA 3NLSA 5P4JA 4RROA 4OBJA 5P0PA 3TPJA 4J1KA 3K5CA 4DVFA 1CMSA 3IAWA 4Y3DA 5P5VA 3O9LB 5P3QA 4Y37A 1ZTZA 2QI5A 5P4LA 3HVGA 2JXRA 5P1XA 3FIVA 3S7LA 5EZXA 4QJ2A 2B60A 3HVPA 5P2OA 5P67A 1K6TA 2V00A 2J9JA 5KOSA 1PPKE 5P2UA 1WBMA 1HOSA 1D4LA 1A8KA 4AMTA 5I3VA 3OXXA 3GW5A 5OZAA 5P72A 5P7FA 1IDBA 3T3CA 5OZOA 5P1DA 2P3BB 5P0NA 5JFPA 3D20A 5KOQA 3QN8A 2PK6A 1EPOE 2AOEA 2VKMA 3M9FA 4YBIA 5P7IA 1SDUA 5P0RA 1LYBB 4I0IA 1YTGA 2XFKA 5P4OA 4D88A 5P7AA 5OZ7A 2CEJA 3OADB 2F80A 3TNEA 3K1WA 2ZYEA 5P8NA 5OZ8A 4U7VA 5OZ9A 1HBVA 3SPKA 2O40A 5UPJA 3D1ZA 3KDCA 2G24A 2QD7A 4RRNA 5P2VA 5P78A 5P5OA 4IVTA 5P8JA 1MESA 2OHQA 1EBYA 5P1PA 5P48A 4ZPFA 4B77A 3TOFA 5P6WA 1FG6C 3PBZA 3CKRA 4ZPGA 4MC6A 5P8OA 5P6UA 5P0UA 4Y3HA 4WY6A 4K9HA 3UDKA 5P3HA 4JP9A 5P3AA 1W5WA 5P1EA 1DPJA 3LIXA 1D4JA 2G69A 2FDPA 5P11A 5P68A 2PMAA 1SDTA 4Y4DA 3S85A 2Q3KA 1EBKC 2QI4A 5P8EA 5P41A 1BVEA 5OZIA 1GNOA 5P34A 2QAKA 3HD8A 4Q5MA 4ZSMA 5P82A 5OZZA 5P7OA 4A6CA 3PVKA 3UQRA 4Q1XA 3I6OA 2WF2A 1HSHA 3SA6A 5OZHA 1MUIA 2PC0A 5HCOA 5P4QA 1T6GA 5P0XA 3O9GA 2NXDA 1ZPKA 4DQBA 2OHLA 1M0BA 3S45A 3OGPA 3VV7A 1LF2A 5P75A 1BDRA 3G6ZA 3DCRA 1OEWA 4QJ9A 5HDUA 5P3SA 2Q54A 5P3OA 4WTUA 4X2LA 1SBGA 2FXDA 1LYWA 3LZUA 5P4PA 1HVSA 3EKQA 5HE7A 5P09A 4HVPA 1EBZA 4YD6A 5P1VA 2NMYA 3SACA 4EWOA 3SAAA 1JLDA 3ZKXA 3BXRA 4KUPA 2HPFA 2O4PA 4NJUA 1HPVA 1IIQA 2ZHTA 2WEDA 3SKFA 2OHMA 2ER6E 4X7IA 5P8FA 5SXNA 3QP0A 3OU1A 3O9IA 1DAZC 3OOZA 3OXVA 2G22A 2VA5A 4FM6A 3ZLQA 4FM8A 4E43A 5P7JA 3VLAA 5P5WA 3FNTA 5P2GA 2AVSA 4U7QA 3SA5A 3HDKA 3NR6A 2QI6A 3DK1A 3T7PA 1OHRA 1BV7A 1RPIA 5I3WA 5CONA 2AVQA 5P7EA 5P4YA 4FRKA 4OBZA 4CPWA 3WZ8A 5P73A 1B11A 5P7NA 5HTZA 4ZEAA 5IS4A 5P7VA 3EL9A 5AH9A 1HTRB 2ZJHA 4DJRA 2G1OA 2QZXA 1A8GA 4CPRA 3SM2A 3L58A 4OD9B 1T3RA 3TOGA 3BUHA 1ENTE 3QPJA 1YM2A 3KDBA 3L5DA 1FGCC 2F3KA 3INDA 3GI6A 5P22A 1LYWB 3ZKSA 5P2AA 2J9KA 3OHFA 3PRSA 2BKSA 3UPJA 2PSUA 5IVSA 1ME6A 3OQAA 5OZBA 1C6ZA 1LF4A 4YA8A 1FQXA 3UF3A 2VJ9A 2QNNA 5P6VA 5KQXA 2OHPA 4ZLSA 2FS4A 4MC2A 1UH7A 4ZPEA 5P57A 3EMYA 5P0SA 4PPHA 3KFSA 2P83A 1W50A 3LHGA 3EXOA 3OK9A 3D1YA 4EJ8A 3N4LA 3DM6A 3DV5A 2BPZA 5P3XA 3B7VA 3L3AA 5P3MA 5P4GA 5P7YA 5P30A 2QD8A 3QIHA 2QK5A 3O99A 4EJLA 4DPIA 2JE4A 5C9FA 2SAMA 4EQ0A 4DV9A 1FFFC 5OZUA 3QRSA 5P3DA 3O9AA 4DJVA 5P8IA 1APWE 1HVKA 4FGXA 5P4IA 2ZJIA 1SDVA 5P5NA 1OD1A 1K2CA 1T7KA 2UPJA 3CIDA 3SA9A 4KE1A 3LPIA 3MSKA 3RTHA 5OZCA 5P51A 5OZRA 4ACXA 3NUJA 5P0ZA 5P5DA 2QZKA 5P5CA 4Y3QA 3PSUA 4QGIA 3T11A 1E82E 1XN3A 3EKWA 5P5IA 2FXEA 4PZWA 5P80A 1B6PA 2G20A 5P71A 5P2WA 3MXEA 4LXMA 4I1CA 5SY2A 2JYSA 2ASIA 3LITA 3UDMA 5P55A 2WEZA 4I12A 3OXWA 4YD3A 3B80A 3GGUA 5P4EA 1EPLE 4GIDA 2F8GA 1BXQA 3EL0A 3ER5E 3UTLA 5P5BA 1MERA 1T7JA 1BDQA 3IGBA 4YDFA 1UH9A 5P5RA 3K4VC 2XYEA 4LL3A 4Y5GA 2HS2A 3INHA 1B5FA 5P50A 3DUYA 3L5BA 1FLHA 1IVPA 3D3TA 5OYZA 3R2FA 3FNUA 5P1OA 4M8YA 5P3EA 2PQZA 2PSGA 1HEFE 2V12C 3OOTA 4XXSA 3OQFA 2WL0A 5BWYA 4GB2A 4KB9A 3VG1A 1PPME 1FQ7A 3H5BA 1GVUA 4DFGA 5I3YA 1HSIA 1HWRA 1AJXA 1B6MA 5P61A 2XYFA 4FL8A 4U8WA 1KJHA 5P2HA 5P00A 5P17A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P49 A;  2R3T A;  4RGH A;  4R92 A;  4J1H A;  3FV3 A;  5KR2 A;  4DQE A;  3NYG A;  3OY4 A;  5P54 A;  3VV6 A;  4L1A B;  4GMI A;  2PSV A;  3SFC A;  1EED P;  2BPX A;  1MPP A;  1TQF A;  2QMD A;  4ZE6 A;  3HLO A;  5P65 A;  1NPA A;  2PH6 A;  3OHH A;  4Y3Z A;  3H0B A;  4JEC A;  3KFR A;  3S53 A;  1IBQ A;  1SGU A;  3APP A;  4I0D A;  5P47 A;  1AID A;  2QI1 A;  3DJK A;  5P6Q A;  3OUC A;  2WHH A;  1FEJ C;  4I0G A;  2G94 A;  1BVG A;  1DW6 C;  3PHV A;  3HW1 A;  2HB3 A;  3PWM A;  3R1G B;  4GJA A;  4ZSP A;  5P5Y A;  3K5D A;  3VF7 A;  5EZZ A;  1ZAP A;  5P1Y A;  2VIE A;  5P79 A;  5P0V A;  2OHT A;  5OZ3 A;  5P8U A;  5KR1 A;  3NWX A;  2BBB A;  1KJF A;  5OZL A;  1W5V A;  5SZ9 A;  3KA2 A;  3EM3 A;  4Y3G A;  2EWY A;  4AZY A;  1MRW A;  5OZJ A;  3QVI A;  3HBO A;  4Y4U A;  5P6Z A;  1QRP E;  4DQH A;  1YX9 A;  4AUC A;  3Q5H A;  3BGB A;  1EC0 A;  3NDW A;  3NDX A;  5P2B A;  1T6E X;  2ER9 E;  3ZKM A;  1QBU A;  4R93 A;  2I0A A;  5DGU A;  3UCB A;  3OGQ A;  3TTP A;  1A9M A;  5P4S A;  5P85 A;  3SQF A;  5P7M A;  3ZPS A;  4FAE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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