5OZ7A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 18
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz7A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz7A01
1EPOE 1YX9A 5P5ZA 5P32A 2JYSA 5P84A 4RROA 3H0BA 3VF5A 2V13A 3PCWA 1XS7D 9HVPA 5P5MA 1A8KA 2Q3KA 1SP5A 4Y3AA 3S2OA 1W5YA 4RVXA 5P6OA 2O40A 5P2KA 2ZDZA 2R43A 4NJUA 5P1TA 3UDHA 5OZUA 2XFKA 5P81A 1GNMA 4DJVA 5P7IA 5P7OA 3L3AA 5DQCA 5P4YA 1FGCC 2ZHVA 4MC9A 1XL2A 1AAQA 1FLHA 5P5UA 5OZ7A 3LZUA 4Y3EA 5P6GA 5P1QA 4ER4E 3ZPUA 2BBBA 1NPAA 5P44A 2G24A 3VV7A 2EWYA 5DR7A 3SQFA 5P3NA 2IKUA 4NJVA 3TOHA 5P5FA 3BVAA 2QU3A 4DQHA 2VA7A 2WECA 4EQ0A 5P4WA 3OQFA 1RQ9A 1RL8A 3QIHA 4FRKA 5P0CA 2FDPA 4QGIA 5P4ZA 3VYFA 4F73A 3DUYA 3EKYA 5KOSA 4ZPFA 2G21A 4X7IA 5P1YA 5I3VA 2FIVA 2AZCA 2ER9E 2O4PA 2PQZA 2ZE1A 4FGXA 3QVCA 3O9IA 4YD7A 3OAGA 4I1CA 5P6TA 2V11C 4YCYA 4A4QA 3WSJA 5P6EA 5P4VA 1B6JA 5P5QA 5IVQA 5P5JA 1HIIA 4HVPA 4ER2E 1IIQA 3IVHA 5COKA 3IXKA 1HTFA 5OZDA 2P83A 3FNUA 2P3BB 5P3CA 3SA3A 4B00A 3AIDA 5P2YA 5P7QA 3R0YA 3U71A 3NYGA 1HHPA 5P0WA 5P76A 4B72A 5PEPA 1C6YA 1ER8E 3EL0A 3OXCA 3OUBA 3MXEA 2V0ZC 3OGQA 3SA5A 4OBFA 1PPME 2HB2A 2I4DA 2WF2A 2G69A 4BELA 4B70A 3I6OA 4Y4TA 3I8WA 4WTUA 3PMUA 1UPJA 1BWBA 1K1UA 4I10A 3O9EA 4GJ9A 4ER1E 3K5DA 4YD4A 2BPVA 1B11A 3S85A 4Y4ZA 3VYEA 1W6IA 2WHHA 5ISJA 5P11A 4AA8A 2HB4A 5P5IA 5HE7A 5P0NA 5P0FA 1PROA 3OWNA 3LPKA 3OQKA 4YOBA 1WKRA 1BAIA 2UPJA 3QVIA 2NMYA 5P7MA 5P3RA 3UDMA 5P57A 1D4LA 1QDMA 3DJKA 5IVSA 4J0PA 1CMSA 4Y4EA 3GGXA 5P4SA 4Y3MA 1DW6C 5P4RA 5P10A 1G6LA 5P6SA 3EL9A 2AZBA 3HD8A 4CPWA 5HE4A 4DFGA 5P4IA 3DCKA 5P1OA 3BC4A 3PI5A 4GIDA 1MT7A 1EC3A 1HVIA 3GI0A 5CLMA 4Y5GA 5P0ZA 2QHYA 2VKMA 5P35A 5P39A 1ZSRA 5P3AA 5OYYA 5P0AA 4D83A 2ASIA 2FXEA 4Q1WA 2OHPA 2B7FA 3DK1A 3KF0A 4DJRA 5OZOA 3O9AA 2G20A 5APRE 3AUPA 3INFA 4LL3A 1HVRA 2I4UA 1XE5A 2PMAA 2PYNA 1K6CA 1EC1A 3D1XA 3TLHA 2AVQA 5P05A 4Y5MA 5P5OA 1MSMA 1WBKA 1AIDA 5C9FA 4Y5AA 2V00A 1D4HA 4GJ8A 4L1AA 6UPJA 3K4VC 3HW1A 3QBFA 3L38A 1U8GA 5DQ1A 5P8NA 5P59A 2Q55A 3OADA 3DCRA 2MIPA 2WEAA 3NLSA 5P3JA 1LS5A 5P2XA 1DAZC 5DQ2A 5OZKA 3HDKA 5F01A 4DJPA 5P0IA 1HTGA 5C9BA 1Q9PA 1SDUA 5P2VA 5P5NA 1NSOA 2QMGA 3Q5HA 2WEZA 5P8LA 2APRA 3VFBA 4Y4GA 5KQYA 4HZTA 4R92A 5OZSA 3S53A 5P7EA 5P0VA 4Y5BA 4Y3JA 3K5GA 1A8GA 4Y4JA 4RYGA 5OZ2A 4EPJA 2G26A 1META 4L7HA 2F8GA 3T7QA 1KJHA 3KFNA 4ZLSA 5P27A 1SH9A 1FFFC 1B6LA 1YTIA 5P6UA 3R0WA 1PSAA 2O4NA 4DUSA 2QNQA 2HB3A 5P6RA 5P4LA 4KE1A 2QI4A 2OHKA 2B8LA 5HCOA 1MRXA 3RTNA 3ER3E 2I0DA 3FNTA 3URIA 3OXXA 3CICA 4D88A 3U7SA 3UQXA 2Q54A 2NNKA 5P0UA 3NDWA 5P5SA 4R91A 5P08A 5P7XA 5P34A 5P22A 1FKNA 3UDQA 3OHHA 5P0OA 4A6CA 3OU3A 3TOGA 2JJJA 3EL5A 4RRSA 3VLAA 3QN8A 4H3GA 5IVRA 4IVTA 2WKZA 4K9HA 3ZL7A 3IXJA 5HE5A 1UH9A 4LHHA 1ZLFA 4AZYA 4J1EA 3PM4A 1W50A 5P33A 2QZXA 1BIMA 3ZKNA 3T7PA 2QD7A 3PBZA 3QS1A 5P4MA 2I0AA 1LYBA 4M8YA 3SABA 4FE6A 4B1DA 5P3FA 4D8CA 5EZZA 2BPWA 2SAMA 4JPCA 1HVJA 1ZP8A 1MSNA 2IENA 3OXWA 4J1FA 5OZWA 5J25A 2XFIA 5P4OA 3VLBA 5P2FA 5KQXA 3BUGA 1GVWA 1EBKC 3JVWA 1G2KA 4J0YA 3HLOA 6FIVA 4Q5MA 1T3RA 4TRZA 4OC6B 3UDNA 1HXWA 4J54A 1HBVA 5P30A 3WZ7A 1EEDP 4DQCA 2QZKA 4U7QA 3S7LA 1MPPA 2AVSA 4PHVA 4F76A 3FX5A 1DP5A 1GKTA 1FQ5A 1FG8C 4OBHA 2ZHSA 4I0GA 3MSJA 1G0VA 3H5BA 4KB9A 3WZ8A 3ZKQA 5P5YA 5EZXA 1F34A 2OF0A 2Q64A 5P03A 4DQGA 3L5FA 5DPZA 2NXLA 4F75A 4LP9A 5P79A 3KFRA 2I1AA 3I7EA 4K4QA 5P0EA 1HEFE 2O4SA 2R5QA 3D20A 4DQBA 4JECA 2OHQA 3HVGA 5P72A 3PLDA 3APRE 1LF4A 5P7PA 3TPJA 2PK5A 1IZEA 4Y54A 4ZPGA 1GVVA 1LYAA 5P58A 4GZFA 5P36A 4ZEAA 5P1RA 5P6LA 5P4TA 1SGUA 2G1SA 3PMYA 5P0DA 3S43A 3LIQA 3O9GA 4L7JA 5P00A 3EMYA 5HD0A 2ZJKA 4RYCA 1XE6A 4Y3NA 4APEA 2QMPA 3ZKIA 5COOA 1HPXA 3RSVA 5P47A 1M0BA 5P3SA 1AM5A 3PWMA 4YDFA 4K8SA 1FQ8A 5P3WA 5ISKA 1RNEA 4Y3FA 1EPRE 1ZBGA 3OUAA 3IGBA 1MT8A 1HWRA 4J5JA 4YD6A 5F00A 5P2MA 4DJQA 4QJ8A 3CKPA 4RCEA 5OZGA 4Y3RA 1DIFA 5P4QA 5OZRA 2BKSA 2IEOA 2ZJJA 2BJUA 2FLEA 1HEGE 1B6MA 1W5XA 5P2RA 5P09A 3UDPA 1LF2A 5KR8A 4DV9A 4QJ9A 5P1AA 3NU5A 4Y3QA 5P8TA 1QS8A 5P87A 2R5PA 5P7DA 4I0ZA 3O9LB 3KFPA 5P5DA 5P1ZA 1BVEA 4HA5A 3T3CA 4R95A 3RTMA 4COEA 2R8NA 4NJSA 5BRYA 5P7AA 5P0YA 1E5OE 1MERA 3EXOA 5P1UA 5OZMA 5P2BA 5OZAA 2BPZA 4EP3A 1YTJA 3QPJA 1HSIA 4H3JA 5P5EA 1HVSA 2IDWA 1YM2A 5P1PA 5P2GA 5C9DA 3OGPA 4YD5A 4GJ5A 5AH8A 2J9JB 3TNEA 2PSGA 1M4HA 1LYWB 5P8UA 2A4FA 1BDQA 5P6JA 3PSYA 4QJ6A 1W5WA 2BPXA 5P0LA 2J9JA 5AHCA 5P1BA 5OZ1A 3R4BA 4Y3WA 4F74A 5P60A 5SZ9A 3ZMGA 2V10C 4Y47A 1D4YA 3NXNA 5KOQA 4YA8A 4PEPA 5P41A 5P2AA 3PEPA 1CPIA 2V12C 2PSVA 4EJLA 5P8BA 4NKKA 3L5EA 5P52A 5P0MA 4EQJA 3LPIA 3KT2A 4EXHA 3NDXA 4ZSMA 5P7NA 3OTSA 3D1YA 3GI5A 2BQVA 5P2SA 1B5FB 4HE9A 2QMDA 2HC0A 4CPSA 3NR6A 5P40A 5BS4A 4OBGA 3K5FA 2PH8A 3IN4A 5OZNA 2VA5A 1D4KA 2OHMA 5OYVA 1FQXA 5P86A 1IZIA 2HS1A 2ER0E 5P2HA 1EPQE 3QAAA 1KJ4A 5E5JA 1EPNE 2OAHA 5P12A 5I70A 4FL8A 5P7ZA 3VSXA 4Y56A 2QZWA 4X2LA 1AVFA 3VG1A 4BFDA 2G1YA 5P3HA 2ER7E 2P3BA 4ZSPA 4QLHA 4XKXA 4AA9A 3KDCA 5JODA 3PRSA 5P01A 4J1CA 3VV6A 3EKQA 3I2LA 5IVTA 4Y39A 5ENMA 5I3XA 2IS0A 3NWQA 2BKTA 4Q1YA 3PJ6A 4H1EA 3UQUA 4QJAA 2AOGA 5HCTA 1ZTZA 4Y50A 1A9MA 5P1SA 1GVXA 4FRIA 5P1XA 5HVPA 1HTRB 3KM4A 1SMEA 5P88A 1N49A 3Q70A 3L5CA 5P19A 5OZBA 2FDDA 5P7BA 4GB2A 2XYFA 5P4AA 1SBGA 5P3EA 4YCTA 4LXMA 4EP2A 1HRNA 4DJWA 3K1WA 4CMSA 3HAUA 5OZHA 5P6XA 5P7KA 4ZSQA 1AJVA 1KJFA 3EKPA 5P65A 4J17A 4OBZB 4LXKA 1TQFA 3ZKMA 3GGUA 3PCZA 4I8WA 5JFPA 1HVHA 3PVKA 4Y5KA 4J1IA 3SA8A 5P6IA 1ZSFA 3O9FA 5P8QA 2VJ9A 4B78A 5P74A 3INHA 5P0TA 3VUCA 2B42A 5OZVA 2FNTA 4Y5NA 5HU1A 4NPUA 5KQFA 4Y4WA 2F81A 5P6YA 1HPSA 1W51A 4GJ7A 5P8FA 3UDJA 4FCOA 3O9DA 3VF7A 5P5AA 3LINA 4Y4XA 4XX3A 5P7YA 5P5WA 5OYSA 5P80A 4FRJA 3O9HA 3HZCA 2H6SA 5OZTA 5OZ6A 5HDUA 2P3CA 1VIJA 4Y5CA 3CIDA 5P67A 4Y4BA 4JOOA 4Y53A 3OU4B 5P5VA 4B1CA 3S45A 5P0BA 2UY0A 5AH6A 4XXSA 5P04A 3LZYA 3S54A 1BXQA 4IVSA 1MIQA 4TRWA 5P5BA 3PLLA 4DVFA 5P2TA 2VIZA 1XN2A 4MC6A 5P5LA 4J1HA 3VEUA 4Y5EA 3OUDB 4DJOA 5P6NA 1QBTA 2ZHTA 3OQ7A 1TCXA 3EM3A 1TSQA 5P02A 2BPYA 3SKFA 3ER5E 2ZHUA 5P7CA 4Y3TA 2HM1A 5P0HA 1A30A 3L5DA 5P4BA 4GJ6A 2FS4A 1SIVA 5TOLA 5P1KA 2P3DA 3GI6A 2FGUA 5OZ8A 3QRSA 2HS2A 3G72A 1TCWA 2QHCA 5P4DA 1C6ZA 3SO9A 3U6AA 4FAFA 1GNOA 3NU4A 4Y58A 4GJDA 4DJXA 3ST5A 5P26A 4GJBA 4I11A 1FF0C 5P17A 1APUE 3TH9A 2R3WA 3BUFA 2Z54A 3KFSA 5P8EA 5P64A 5P73A 4EWOA 4Y43A 1OEWA 5P6ZA 5OZYA 3NUJA 5OZ5A 4Y45A 3ZKXA 5KR0A 2G27A 1UH7A 3PB5A 3ZOVA 2FNSA 1GVUA 5OZ3A 2AOFA 1T7KA 3NDUA 2QI7A 5P6BA 3M9FA 3TKWA 2AOJA 3OUCA 2AOIA 2VIYA 5FIVA 5P3DA 5OZZA 3ZKGA 5OYXA 5P56A 2O4LA 1FQ4A 2JXRA 5P46A 3UDRA 5OZIA 5OZJA 1TZSA 4YBFA 3EM6A 4QJ2A 1LZQA 5P4GA 2O4KA 5P4CA 4LBTA 5P8JA 2R38A 5P8PA 2QCIA 3DOXA 5P1JA 2QK5A 1BDRA 2QD6A 1FG6C 3CKTA 1W6HA 5P2EA 1FQ7A 3WZ6A 3BRAA 2AQUA 2AIDA 5ER2E 5P2CA 3O9CA 4LC7A 4I0IA 4L7GA 4AUCA 5B18A 2JE4A 5SY2A 2IRZA 3LZSA 5P14A 5OZ9A 3CYWA 3UDYA 5P4KA 5P0XA 4I0HA 1OHRA 4Q1NA 4RCFA 4APRE 3GI4A 4ZPEA 5P1WA 2VIJA 3EKVA 2NTRA 2AOHA 5P55A 4BFBA 2QI6A 5P5TA 4D89A 3IXOA 5P8OA 5P53A 3NU9A 1HVKA 4Z2ZA 2AZ8A 4EJKA 3CMSA 5P24A 3VCMA 1LV1A 4RZ1A 5P5RA 3NUOA 3ZPSA 1MRWA 1ODWA 3WB5A 1C6XA 5P8HA 5UPJA 2VS2A 5OYQA 1OEXA 1HSHA 5OZEA 5P2WA 1Z8CA 4FM8A 3DM6A 1PPLE 3T6IA 4NJTA 1KZKA 5OYTA 3HBOA 4OC6A 3Q3TA 1BBSA 1HTEA 2J9KA 5P6CA 5HU0A 3PSGA 1A94A 4YOAA 5P77A 4Y3YA 3SA6A 4ZSRA 3EKXA 5HDXA 3DV1A 2QI1A 5P83A 1OD1A 2QNPA 3QBHA 2G1RA 2VNMA 3A2OA 3T11A 4DJUA 4DPFA 3D3TA 5P0PA 3VF3A 5P29A 3L58A 1Z1RA 1TW7A 2CEJA 2Z4OA 4WY6A 2Q63A 4CKUA 7UPJA 3CKRA 4JPEA 1ZPKA 3UDKA 4GJCA 4Y4DA 4RGHA 3SLZA 3WB4A 5P3XA 1NPWA 5P0GA 3UFLA 1QBRA 1LF3A 2QNNA 3NWXA 2AZ9A 3D91A 5P8CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPO E;  1YX9 A;  5P5Z A;  5P32 A;  2JYS A;  5P84 A;  4RRO A;  3H0B A;  3VF5 A;  2V13 A;  3PCW A;  1XS7 D;  9HVP A;  5P5M A;  1A8K A;  2Q3K A;  1SP5 A;  4Y3A A;  3S2O A;  1W5Y A;  4RVX A;  5P6O A;  2O40 A;  5P2K A;  2ZDZ A;  2R43 A;  4NJU A;  5P1T A;  3UDH A;  5OZU A;  2XFK A;  5P81 A;  1GNM A;  4DJV A;  5P7I A;  5P7O A;  3L3A A;  5DQC A;  5P4Y A;  1FGC C;  2ZHV A;  4MC9 A;  1XL2 A;  1AAQ A;  1FLH A;  5P5U A;  5OZ7 A;  3LZU A;  4Y3E A;  5P6G A;  5P1Q A;  4ER4 E;  3ZPU A;  2BBB A;  1NPA A;  5P44 A;  2G24 A;  3VV7 A;  2EWY A;  5DR7 A;  3SQF A;  5P3N A;  2IKU A;  4NJV A;  3TOH A;  5P5F A;  3BVA A;  2QU3 A;  4DQH A;  2VA7 A;  2WEC A;  4EQ0 A;  5P4W A;  3OQF A;  1RQ9 A;  1RL8 A;  3QIH A;  4FRK A;  5P0C A;  2FDP A;  4QGI A;  5P4Z A;  3VYF A;  4F73 A;  3DUY A;  3EKY A;  5KOS A;  4ZPF A;  2G21 A;  4X7I A;  5P1Y A;  5I3V A;  2FIV A;  2AZC A;  2ER9 E;  2O4P A;  2PQZ A;  2ZE1 A;  4FGX A;  3QVC A;  3O9I A;  4YD7 A;  3OAG A;  4I1C A;  5P6T A;  2V11 C;  4YCY A;  4A4Q A;  3WSJ A;  5P6E A;  5P4V A;  1B6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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