5OZAA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 21
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozaA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozaA01
5P7EA 3U71A 5P4BA 3VV6A 3FSMA 3OU1B 3SA9A 4DQCA 3UDKA 4Y53A 4R95A 4Y4DA 4YD7A 3SFCA 4DVFA 5OYYA 2R9BA 3VLAA 5P0MA 1DW6C 1D4SA 3NWXA 1K6VA 5F00A 2V16C 3I2LA 1B5FB 3D1ZA 2NTRA 5CONA 1FF0C 5P8PA 3OUAA 3K5DA 1BILA 5B18A 1M4HA 1SIPA 5DGUA 4Y5GA 1PSNA 4Z50A 2WF1A 3SA5A 2XYEA 1FEJC 5P22A 1K1TA 5P6AA 1SDUA 2QI6A 1ZP8A 4Y4BA 3PGIA 3MWSA 3O9DA 5P8KA 1BWBA 2AZCA 3RTNA 2QI0A 3UF3A 5P0VA 2ZHSA 1MRXA 5P49A 5OZ7A 3O9EA 4I0ZA 5P83A 3LINA 3O9GA 5P89A 1XL2A 4WY1A 3QVIA 3L58A 1FG8C 3ZKNA 5P2RA 3OU4B 3SA4A 2JE4A 3ZKIA 1UH8A 4FE6A 5OZEA 4NJUA 5P8SA 3Q3TA 2G26A 1HRNA 3HD8A 4ER4E 4I0GA 5OZ1A 3IXOA 7UPJA 1HPOA 5P4QA 4LXAA 3NR6A 2F81A 1D4KA 5F01A 5P3CA 1EC1A 5P0JA 1IZEA 5P3TA 2Q3KA 5P6IA 3QROA 2FDDA 5HU1A 1YTGA 4JECA 3K5GA 5P0WA 3IXKA 5P54A 4H3GA 2XFKA 4KB9A 5OYRA 4QJAA 3EMYA 5P6WA 4Y54A 1W6IA 5P0SA 5P3IA 2V12C 4LAPA 4FSEA 2ER6E 1SH9A 2UXZA 4I8WA 3OXVA 3UDNA 4DUSA 5P4AA 3KFSA 5AHCA 4DH6A 1AJXA 4ER2E 4Y3DA 3NWQA 5P85A 1OD1A 3PCZA 4TVGA 4Y4EA 5P8LA 3LZYA 5P4ZA 3QAAA 3OGQA 5P4FA 4GJ9A 2CEJA 3VF5A 5P43A 3BGBA 3KMYA 5P5DA 5P3AA 3CKRA 4R8YA 3O9IA 1AIDA 3TPPA 4B05A 3VV8A 3NDUA 3TNEA 4Q1WA 5P6HA 5P6JA 3PSUA 2IGYA 1W5WA 2Q11A 5P6BA 5P7DA 3LZUA 3EKQA 2P4JA 4YE3A 5P84A 1ER8E 5KQYA 5P50A 5OZ3A 1B11A 4L7JA 3NDTA 2NXLA 1HTFA 5P2JA 3OXCA 2WF2A 2G21A 3IA9A 4YOAA 4NJTA 5DQ5A 2FNTA 3QS1A 5P8CA 5IVRA 5IS4A 2PYNA 5P6MA 3VF7A 4HA5A 5P3ZA 4Y4ZA 5EZXA 5OZPA 3DJKA 4GJBA 5P09A 4H3IA 4CP7A 5P3MA 5P5GA 3F9QA 5KOSA 3SKGA 4MC6A 5P2BA 3INFA 5P6UA 3L5EA 1HVIA 2WF0A 3URIA 1ME6A 1IDAA 4DQHA 5IVQA 5P37A 4LL3A 5P0QA 2F3EA 3O9HA 5P1LA 4OD9A 2PSGA 4DJUA 1HEFE 5HDVA 4H1EA 4H3JA 2P8HA 2ANLA 5AH8A 3I25A 4J0VA 5P1SA 1ZTZA 4YD4A 5P28A 3VEUA 5P3NA 2V10C 2VJ6A 1VIJA 3SLZA 2OHTA 3ZPUA 5FIVA 4GMIA 2ER7E 3RSXA 5P26A 3D20A 4CPUA 3R1GB 3G72A 5P7WA 3QBHA 5HE7A 1MSNA 5P0OA 5P6XA 1M43A 4I0FA 5OZDA 5P1DA 5P1EA 3UDMA 1OEXA 5P56A 5P6YA 1TSUA 5P5JA 2A1EA 3LIVA 2NMZA 4LXMA 5P7QA 1NPWA 4FRSA 1SIVA 5T4SA 3PMUA 5P7LA 4D83A 4YBFA 4XKXA 3B7VA 5P3RA 4Y6MA 1D4YA 1DPJA 3MSJA 5P1VA 5P0XA 5P6ZA 2RSPA 5P12A 2PMAA 2P3AA 4QJ9A 4B1DA 4GJAA 2PSUA 1IZDA 3OUCA 5OYZA 2IS0A 5PEPA 3IN4A 5P47A 2NNPA 5P87A 5P08A 3ZPSA 5P7CA 4ACUA 5P5BA 3L5CA 4ZSMA 5P4JA 5COOA 4L6BA 4EP3A 2FMBA 1PPME 1PPLE 5P00A 1APTE 4RYCA 3ZMGA 2HPFA 2FS4A 1J71A 1RL8A 3LIXA 5P18A 4GJ7A 1TZSA 2AVVA 4Y3SA 5P5XA 1A9MA 2J9JA 2QP8A 3S53A 1F7AA 5P40A 5P82A 1W5XA 3K5CA 4Y3AA 5P0HA 5P7SA 4ZPFA 4GJ8A 5ENKA 5P5MA 5P86A 3TOHA 4OBFA 4EXHA 5P39A 5OZJA 2QNPA 5AH6A 4R92A 2FDEA 3WB5A 5P32A 5P1TA 3QRMA 4RZ1A 4CPTA 4GZFA 5P7VA 1GVTA 3IVIA 5P4YA 4WY6A 5P5EA 1NPAA 5P1FA 3IXJA 3LNKA 1GKTA 3FNSA 2R43A 2VA7A 3O9FA 2QZXA 1BDRA 4S1GA 5P4CA 3OUDB 5C9BA 1QBRA 2UY0A 5P4SA 4BFBA 4DJXA 4TRWA 1GNNA 2FNSA 1MIQA 4DJVA 5P0GA 5P7ZA 5P73A 5OZWA 2WEDA 5P1JA 1RPIA 2BQVA 5OZGA 2V13A 1HSIA 1BV7A 4X2LA 4JOOA 2P83A 4RCDA 2QMFA 5OZUA 4YHQA 3LPKA 5OZTA 1FG6C 4MC9A 4J55A 4AZYA 5SXNA 5OZIA 1HSHA 1W6HA 2B8VA 1M0BA 4FL8A 1YG9A 2NNKA 4Y5BA 4RRSA 2G20A 3WZ8A 5P4HA 4L7GA 5P1UA 1BVGA 3KM4A 1MT7A 1MRWA 3UFNA 3TLHA 2P3CA 3HLOA 1EC2A 1HSGA 2PQZA 4FM6A 4Y47A 4BEKA 5OZVA 2QMDA 1YX9A 5CLMA 2QMGA 5BWYA 1C6ZA 4A6BA 5P8FA 1IIQA 5P2DA 1EC0A 1Z1HA 4Y5LA 5DQCA 1C6XA 4PPHA 5P2EA 1XDHA 1E81E 4J1FA 5OZHA 4EQJA 3HVPA 3NSHA 5OZSA 7HVPA 4YCYA 2AVOA 4Y3PA 5P5FA 3UQWA 5P3JA 3BHEA 1EPRE 3OY4A 5P4TA 5P1QA 3UTLA 3DUYA 2ZHVA 5P0PA 1HBVA 4Y3FA 1HIVA 3QIHA 5OZLA 2ZDZA 3R4BA 4NJSA 5P64A 5P7AA 1SGUA 3RVIA 4QJ2A 4ZLSA 1ODWA 4YCKA 3IGBA 4IVSA 3CKTA 3OQAA 4CMSA 3EM3A 5P07A 3PHVA 1LF3A 1TW7A 2JJIA 4FRJA 5P06A 6UPJA 1LYBA 3U6AA 5P3PA 5SZ9A 3BRAA 5P46A 4L1AB 3S7LA 3BUHA 3NXEA 4YCTA 3ECGA 2AOEA 3PBZA 5P5WA 2WJOA 1E80E 4B0QA 1EPQE 5P5VA 4OBKA 4DQBA 3EL9A 5P2HA 5P6DA 3VYEA 3FV3A 5P2NA 1GNOA 1Q9PA 4DQFA 2QCIA 3TH9A 5P2MA 4F76A 1QBUA 5P5RA 3NU6A 4FRIA 3AIDA 5P5AA 1NPVA 4J54A 2JYSA 2G1OA 1EPME 1K1UA 1F34A 5P3XA 4OC6A 1GVUA 3SKFA 5P2AA 2R8NA 5P71A 1EPPE 5P7YA 3SA8A 3UCBA 4WTUA 5P3LA 2SAMA 2QHZA 3INHA 1IZHA 1SDVA 5OZRA 3KDCA 3KFPA 4DQEA 4NJVA 4J1KA 2VNNA 4Y3XA 4CPXA 4DJPA 3BGCA 3S43A 3HAWA 2PWRA 5P0ZA 3ST5A 4HDBA 5P76A 5HCTA 5P20A 1TSQA 1TQFA 1BAIA 5OYWA 3ZKGA 4J0ZA 5P5HA 5P0RA 5P0UA 5P6OA 3ZPTA 2AODA 2CEMA 4MC1A 4TRYA 4RGHA 4RVJA 5P3QA 2P3BA 5P01A 4OC6B 5P45A 3VFAA 5P8UA 5P2OA 3SM1A 1HVJA 5P6QA 5P62A 1ZSRA 3O9BA 4Y4XA 4RRNA 2R3WA 1K6CA 2I4UA 4Y5CA 4EHCA 4RLDA 5KR2A 2OAHA 4PZWA 5P3YA 5KR1A 1MPPA 1FB7A 1AVFA 3S43B 5P7FA 5ISKA 2QNNA 2AZBA 3HBOA 5P8TA 3INEA 3PI0A 5P2TA 1D4LA 4Y3NA 1FQ4A 3KFRA 4ZEAA 3URJA 3K4VC 1HVSA 1HPVA 4Y3YA 5P05A 5P6LA 3K5FA 5ER1E 2HB3A 2Q54A 4NKKA 2BPZA 5P2SA 4TRZA 2WEAA 1MSMA 5P15A 2V11C 3D3TA 3N4LA 4HZTA 1YM2A 1LYWA 1ZLFA 3TOGA 4QJ7A 5DQ2A 1W50A 3AUPA 1T3RA 4AUCA 3EC0A 2HS2A 4IVTA 2ZJLA 4Y3RA 4CKUA 2QZWA 4Y5KA 3SA7A 3N3IA 1HOSA 1W5VA 5P2UA 5P17A 5P5IA 4MC2A 3R0WA 3UFLA 4Q1YA 5P8DA 2QD6A 3S85A 5P16A 3KFNA 5P0IA 1EBKC 2IKOA 4DI2A 5P4UA 1MT8A 2F3FA 3M9FA 3OOTA 3OTSA 3R0YA 3TPLA 5P3VA 3OGPA 3PSGA 1YM4A 2IL2A 2AIDA 2I4DA 3EKPA 3RTHA 4Y37A 3CICA 3VF3A 3S8IA 1EPLE 4TVHA 3T7PA 1K2BA 1MERA 2OHSA 4B00A 3INDA 4I1CA 5DR4A 5E5KA 5P0NA 1BWAA 2AZ9A 4PEPA 4EWOA 3FNUA 3QVCA 2FIVA 4OBDA 4J1IA 4Y5NA 5P48A 1E5OE 5P5NA 2WF4A 4QJ6A 3VYDA 5HTZA 4JPCA 3MXEA 2QAKA 2BBBA 2EWYA 3SA6A 2VA5A 4Y3WA 3PB5A 3UDJA 5KOQA 2ZJMA 5P23A 2A4FA 5P5CA 3QP0A 3VG1A 5KQFA 2B7FA 3JVWA 3TKGA 3I6OA 1LYAA 5OZBA 2B42A 2VNMA 5P61A 2Z54A 3EL1A 4HE9A 2G69A 5AHAA 1Z8CA 2AOCA 2G94A 4APEA 1EC3A 1FFFC 2OHQA 1D4IA 4GJCA 5P5PA 1QRPE 4A6CA 5P4WA 3KDDA 1NH0A 5P67A 3PSYA 3S2OA 3HVGA 5P7MA 1BXQA 4Y4AA 5APRE 5P10A 4DQGA 4DJOA 3MSKA 1FQ5A 3EBZA 5P8BA 3FX5A 3B80A 2OHLA 1XE6A 5P1IA 1EBYA 3GGVA 3LITA 1LYAB 3BVBA 4RCFA 3EKWA 5P44A 2B8LA 2XFJA 4I10A 3TTPA 5P0EA 2VKMA 5I3WA 4D88A 9HVPA 4OBGA 1W5YA 5P8GA 1KJHA 2FGVA 2HS1A 1ENTE 2BJUA 4OD9B 2QU3A 2Q55A 5P7TA 4COEA 1W51A 1PSOE 1GVVA 1SBGA 4AA8A 3O9AA 1ZPAA 4YOBA 5BS4A 5IE1A 1E82E 3L3AA 5OZ2A 1APUE 5P77A 5P04A 5P7KA 4EQ0A 1Z1RA 5P78A 4ACXA 5P59A 2WECA 4DJRA 5P3HA 5P38A 4F74A 4DPIA 3TPJA 3DV1A 3LZSA 1ZAPA 4UPJA 4D89A 4HDPA 1D4HA 1PROA 5P1YA 5OZ0A 2OF0A 5P3UA 2ASIA 4Y3ZA 3SM2A 4FAFA 5HD0A 1K2CA 2JXRA 5HDUA 1T6EX 3OXXA 4M8YA 1APVE 5P41A 3EL4A 3PEPA 3KA2A 1CPIA 5P7NA 5KQXA 1U8GA 3T3CA 3Q6YA 3QBFA 1LZQA 3APPA 5P4OA 1FMBA 3ER3E 4ER1E 2QI3A 3OADA 5JFPA 3S54A 4LHHA 4RROA 1K6PA 5P5QA 2ER9E 2IDWA 5P14A 3QI1A 3QPJA 1FKNA 3UPJA 1XL5A 3IN3A 4DJWA 5OZ5A 5P4LA 5P03A 5P60A 5P8IA 1B6LA 1KZKA 5P19A 3DCRA 2G22A 3PRSA 2Q15A 3MSLA 5P6PA 4K4QA 5P6SA 4H3FA 4F73A 3QN8A 4Y51A 4YDGA 4I0DA 2F80A 5P02A 3UQUA 4Y3MA 5OYTA 5P1KA 3JVYA 2J9JB 2NXDA 2ZJKA 2OHNA 4J0TA 1B6PA 5P1OA 3EKYA 5ER2E 3CMSA 4Y58A 3OADB 3PWMA 5P8RA 3PBDA 5DQ4A 4Y48A 2AOHA 3Q5HA 3EKVA 1QDMA 1T7IA 5P4MA 5P7BA 2H6TA 5DPZA 3DV5A 1YTJA 4GJDA 4EJKA 4LXKA 5P7PA 1BBSA 4J1HA 3ZOVA 5P0LA 3C9XA 2BPYA 3ZKXA 5OZ4A 4EJDA 1XS7D 1D4JA 4PHVA 5HU0A 5P1HA 5P6GA 3TL9A 2O4KA 1AM5A 2BKTA 4HVPA 1YTHA 4Y39A 4AA9A 1FQ7A 5HVPA 3QRVA 1FQ6A 1HTGA 5OZCA 3SABA 2QMPA 5COKA 1A94A 2QZKA 2OHUA 2WEBA 5P2QA 5P2LA 5P1MA 5P57A 5P7XA 5KR0A 2RKFA 4Y4GA 1QBTA 2B60A 5P4KA 1SP5A 5DR0A 2JJJA 1HPSA 5P34A 2VIEA 2O4PA 3VUCA 3EL5A 5P27A 5IVTA 4HLAA 5P3EA 2FDPA 4QLHA 4I0HA 2QK5A 3T11A 2ZE1A 5P30A 3VFBA 3SACA 3NXNA 2IQGA 1SMEA 1IDBA 2XYFA 2PH8A 3OWNA 3ZKSA 5P8EA 5OZFA 4I0EA 3IVHA 2APRA 5JG1A 4Q5MA 4Y4WA 5OZ6A 3VYFA 4Y38A 5P8NA 5DR8A 4GIDA 2HB4A 1RV7A 5P74A 4GB2A 1ZPKA 2VJ7A 2ZHUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7E A;  3U71 A;  5P4B A;  3VV6 A;  3FSM A;  3OU1 B;  3SA9 A;  4DQC A;  3UDK A;  4Y53 A;  4R95 A;  4Y4D A;  4YD7 A;  3SFC A;  4DVF A;  5OYY A;  2R9B A;  3VLA A;  5P0M A;  1DW6 C;  1D4S A;  3NWX A;  1K6V A;  5F00 A;  2V16 C;  3I2L A;  1B5F B;  3D1Z A;  2NTR A;  5CON A;  1FF0 C;  5P8P A;  3OUA A;  3K5D A;  1BIL A;  5B18 A;  1M4H A;  1SIP A;  5DGU A;  4Y5G A;  1PSN A;  4Z50 A;  2WF1 A;  3SA5 A;  2XYE A;  1FEJ C;  5P22 A;  1K1T A;  5P6A A;  1SDU A;  2QI6 A;  1ZP8 A;  4Y4B A;  3PGI A;  3MWS A;  3O9D A;  5P8K A;  1BWB A;  2AZC A;  3RTN A;  2QI0 A;  3UF3 A;  5P0V A;  2ZHS A;  1MRX A;  5P49 A;  5OZ7 A;  3O9E A;  4I0Z A;  5P83 A;  3LIN A;  3O9G A;  5P89 A;  1XL2 A;  4WY1 A;  3QVI A;  3L58 A;  1FG8 C;  3ZKN A;  5P2R A;  3OU4 B;  3SA4 A;  2JE4 A;  3ZKI A;  1UH8 A;  4FE6 A;  5OZE A;  4NJU A;  5P8S A;  3Q3T A;  2G26 A;  1HRN A;  3HD8 A;  4ER4 E;  4I0G A;  5OZ1 A;  3IXO A;  7UPJ A;  1HPO A;  5P4Q A;  4LXA A;  3NR6 A;  2F81 A;  1D4K A;  5F01 A;  5P3C A;  1EC1 A;  5P0J A;  1IZE A;  5P3T A;  2Q3K A;  5P6I A;  3QRO A;  2FDD A;  5HU1 A;  1YTG A;  4JEC A;  3K5G A;  5P0W A;  3IXK A;  5P54 A;  4H3G A;  2XFK A;  4KB9 A;  5OYR A;  4QJA A;  3EMY A;  5P6W A;  4Y54 A;  1W6I A;  5P0S A;  5P3I A;  2V12 C;  4LAP A;  4FSE A;  2ER6 E;  1SH9 A;  2UXZ A;  4I8W A;  3OXV A;  3UDN A;  4DUS A;  5P4A A;  3KFS A;  5AHC A;  4DH6 A;  1AJX A;  4ER2 E;  4Y3D A;  3NWQ A;  5P85 A;  1OD1 A;  3PCZ A;  4TVG A;  4Y4E A;  5P8L A;  3LZY A;  5P4Z A;  3QAA A;  3OGQ A;  5P4F A;  4GJ9 A;  2CEJ A;  3VF5 A;  5P43 A;  3BGB A;  3KMY A;  5P5D A;  5P3A A;  3CKR A;  4R8Y A;  3O9I A;  1AID A;  3TPP A;  4B05 A;  3VV8 A;  3NDU A;  3TNE A;  4Q1W A;  5P6H A;  5P6J A;  3PSU A;  2IGY A;  1W5W A;  2Q11 A;  5P6B A;  5P7D A;  3LZU A;  3EKQ A;  2P4J A;  4YE3 A;  5P84 A;  1ER8 E;  5KQY A;  5P50 A;  5OZ3 A;  1B11 A;  4L7J A;  3NDT A;  2NXL A;  1HTF A;  5P2J A;  3OXC A;  2WF2 A;  2G21 A;  3IA9 A;  4YOA A;  4NJT A;  5DQ5 A;  2FNT A;  3QS1 A;  5P8C A;  5IVR A;  5IS4 A;  2PYN A;  5P6M A;  3VF7 A;  4HA5 A;  5P3Z A;  4Y4Z A;  5EZX A;  5OZP A;  3DJK A;  4GJB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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