5OZCA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 23
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozcA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozcA01
5P81A 3QROA 3G72A 3KYRA 1W50A 2ZJLA 2WF3A 5P2LA 2QI5A 5P0PA 1YM4A 1G0VA 3OHHA 4HDPA 2H6TA 4LXKA 3D1XA 1KJHA 5P5HA 5P02A 3T6IA 2IS0A 3HD8A 1PSAA 5OZMA 5P4ZA 5HCTA 3FKTA 4YDGA 2IEOA 4FAFA 2ZJJA 2ZHRA 1SBGA 5OZJA 4I0JA 3QVIA 4Y5KA 5P3WA 5P5RA 3SPKA 5P6TA 5OZ8A 5P51A 3NXEA 4Y51A 1EPME 3KF0A 2V0ZC 3SFCA 3K5GA 3NDTA 4Y4TA 3UDPA 5P7ZA 4DH6A 4U7VA 5P77A 3EL5A 5P1KA 3VLAA 5AH6A 3QVCA 4DJUA 4Y39A 2ZGAA 1CZIE 2VJ9A 5P8FA 5P35A 4GJ7A 3OUDA 4QJAA 3BXRA 5P05A 2FGVA 4NJSA 2B60A 4YE3A 2A1EA 5P88A 3TLHA 2V13A 1EAGA 4IVSA 1FB7A 1AM5A 3S7LA 1T6EX 2Q54A 3VLBA 1APUE 4Y4BA 1GNOA 4DQEA 5P10A 3BUHA 3O9GA 3NUOA 4HDBA 1AJVA 2VJ6A 4I0HA 4Y43A 2WKZA 3UTLA 2R8NA 5P6LA 4FRIA 3TKGA 1NPWA 1MSNA 1LV1A 1K6PA 3OGPA 5P65A 4HEGA 5AH9A 1BWBA 2XFJA 4Y5CA 2P4JA 3UPJA 2I4DA 1LF3A 3DUYA 3LIVA 5AHCA 5P5BA 2FIVA 2XYEA 4COEA 5P7PA 5P0KA 4LHHA 5EZXA 4FRJA 5P5WA 3OOZA 1EEDP 5P4OA 2BKTA 3VFAA 4D85A 2QAKA 5P2ZA 1BIMA 3LZUA 1IVPA 1BV9A 2Q3KA 4LAPA 1EC2A 4N00A 5I3WA 5P6CA 2AVQA 3R0WA 3VF3A 5P3QA 2IGYA 2PK5A 1RV7A 4Y41A 5KR2A 4QJ7A 3VG1A 2G1NA 4X7IA 4CMSA 4KE1A 2QZKA 1D4SA 5P23A 5P2GA 5P74A 2J9JA 5IS4A 3I2LA 3UQRA 4YD4A 1GVUA 2WJOA 4E43A 3QPJA 4I0IA 1KJGA 5P3KA 5P3OA 1LYWA 5P32A 1W5VA 3S7MA 1SIPA 4YA8A 2IKOA 1K2BA 4GJ9A 1GVXA 2FXDA 5P68A 1HVCA 4J55A 3BRAA 3QRSA 1RL8A 1KJFA 4WTUA 4HDFA 3NU6A 4RRNA 1BXOA 1MSMA 2I4WA 3M9FA 4GJ8A 2FS4A 4EQ0A 3EL4A 1EC3A 2JJIA 3EMYA 3HAUA 4Y5MA 1CPIA 4I0GA 4FL8A 5P0YA 1CMSA 5DR0A 1FG6C 1APWE 4OBDA 4Y38A 4EHCA 3DCKA 5P44A 3FNSA 3R1GB 1GNNA 4Z2ZA 4B77A 5P03A 3Q3TA 4I11A 5P0QA 3S54A 1MTRA 5KR8A 1NSOA 2RKFA 3L5BA 3NDUA 5P4EA 4K8SA 2QI3A 4HVPA 3S2OA 4D83A 1K1TA 2RKGA 3G70A 3NR6A 5P29A 3K5DA 2AVVA 5P4IA 5P1OA 3EXOA 2P3DA 5IVRA 1K6CA 1MRWA 2AOEA 4FE6A 1RNEA 3H5BA 2QP8A 5OZLA 5P8GA 3VUCA 4J0VA 3VF5A 4TRWA 5P8VA 3CYWA 3OTSA 3UDJA 5P5FA 2P8HA 2AZCA 5HU0A 4Y57A 1TZSA 2P3CA 3WB5A 4YBIA 3TPRA 1BVGA 1HPSA 4Y3NA 3PI5A 4CPXA 1UH7A 5P20A 1Z1HA 2B7FA 3K5FA 1UH9A 1Q9PA 5HE7A 1XN2A 5P55A 1NPVA 3DK1A 4RZ1A 5P1UA 2HS2A 5P0CA 2OHSA 5P36A 5P15A 5P60A 2BPYA 1XS7D 4DJYA 5P5CA 4PPHA 1BVEA 1HVSA 4FCOA 5OYZA 5P6QA 3D20A 1HIVA 5P3HA 3SA6A 1RQ9A 5P11A 3NSHA 5P63A 4DV9A 4DPIA 1HOSA 4MC6A 4DQGA 1B5FB 3LIQA 3ZKQA 3MSJA 4FGXA 3UF3A 3L58A 5P2YA 4B0QA 1T7JA 3OXXA 5P8QA 1A30A 2WF0A 1HRNA 1BDRA 2ER6E 3GI5A 4FM8A 3OXCA 2HPEA 4HLAA 5P0WA 2G1OA 5P3PA 1HBVA 3EC0A 1YTJA 1TQFA 4Y4GA 4MC1A 4Y45A 5OZAA 3D91A 3SKFA 2P83A 1MESA 5P2QA 5T4SA 2QNNA 5DPZA 4J1CA 5OZIA 5P3IA 3LHGA 3CYXA 3NU3A 3NXNA 3PLDA 7HVPA 3O9HA 3UDNA 3LPIA 5P7AA 3QRMA 2XFKA 1JLDA 1DW6C 2QMPA 1HXBA 3I25A 4Y3DA 1MT7A 1VIJA 4U7QA 5P6EA 4CPTA 4D88A 5C9BA 2FNSA 5P5TA 3L5DA 4ZEAA 4B00A 4U8WA 5P1BA 3UDHA 2G24A 1AIDA 4NKKA 4DJVA 5UPJA 3SA9A 5DGUA 1W5WA 5APRE 5P3GA 5ER1E 5P3UA 3OUDB 5OYWA 4ZLSA 3PWRA 4DJQA 2VA5A 5P4UA 2R3TA 5P27A 3U71A 5IE1A 5P3DA 4Y3JA 2FNTA 4J17A 4GMIA 4RYGA 4CKUA 5I3YA 1SMRA 3L38A 3B80A 3ZPSA 1QBTA 8HVPA 5P7WA 3TKWA 3Q6YA 3JVWA 3UQUA 1HSHA 5PEPA 1HSIA 1ZLFA 3OTYA 2R38A 5P0TA 3LPJA 2IDWA 4RRSA 1OD1A 4OBKA 4Y58A 2Z54A 3OGQA 4Z22A 2V11C 4OBZB 1DMPA 1MT8A 5OZOA 5P82A 1K6TA 3SKGA 2FDDA 4Y9WA 4YD7A 5P1RA 4FAEA 3FSMA 3GGAA 4OBFA 4Y3HA 5P7IA 4MC9A 2F8GA 3VSWA 5P4BA 5DQCA 4CPWA 3DM6A 3MWSA 5P53A 6UPJA 1W51A 5P3RA 4L1AB 1HIIA 2G26A 3EKWA 4NPUA 5P0NA 3PSYA 2QNPA 3BUGA 3URIA 3LIZA 1BV7A 3S8IA 5P6SA 1DIFA 4I8ZA 3D1YA 2OHLA 5P6DA 4EP3A 2OF0A 2PK6A 1NH0A 2NXDA 3UDMA 5P6GA 3RTMA 3HDKA 5P0VA 1BDLA 5P7CA 1SMEA 2H6SA 3KDBA 4OC6B 4Y3TA 5OYTA 3EM3A 5P8HA 5P5ZA 4PZWA 2OHPA 4Y4JA 5AGZA 2Q55A 3QBHA 3EL0A 5P0AA 2ZJIA 4GB2A 1B5FA 2I4VA 3IN3A 5P2CA 5HTZA 5KQZA 5DR4A 2QI1A 3OQDA 1FLHA 2ZJMA 4OBJA 4Y47A 2G1RA 3BC4A 3HBOA 4GJAA 1E80E 5P4NA 2B7ZA 2QCIA 1TW7A 3ZOVA 4LBTA 1FFIC 1YTGA 4NJVA 4EPJA 3QI1A 2AODA 2G94A 5P6IA 1A8KA 3LZVA 1FQ6A 1M0BA 1QBUA 3UDQA 5KR0A 2FXEA 1A94A 5P4CA 4Y5PA 5P0BA 1U8GA 1FQ5A 3B7VA 5P6PA 5P7HA 5ER2E 4YOAA 5P2BA 2NXMA 3LINA 5P1NA 5P4XA 3NUJA 3GI4A 2G69A 3KDCA 5P4QA 5P3MA 1LYAA 3UCBA 3JVYA 4H1EA 4Y3RA 4PZXA 5P1JA 1Z1RA 5P3FA 2OHMA 4H3FA 3L59A 3KA2A 3K4VA 5IVTA 4BFDA 1BWAA 5P1IA 4FSEA 3KFSA 5AH7A 5OZ2A 4ZPFA 1MPPA 5P1AA 3R4BA 4Y50A 1M43A 5P39A 5P0ZA 3KFRA 3DOXA 3UQWA 5P7FA 5P64A 2HS1A 3SA8A 2EWYA 1HTRB 3K4VC 4FLGA 1K6VA 4B05A 5JG1A 1FMUA 5P41A 5P0LA 1B6MA 2HPFA 3EKVA 4LL3A 1FQXA 1W5XA 5OYXA 5P8OA 4Y4WA 1MEUA 3UFNA 3AUPA 5OZCA 3TOFA 3O9DA 5OZKA 4OBHA 3CIDA 3WZ7A 2I0DA 5P2UA 4FRKA 1E5OE 3WB4A 2VS2A 1EBZA 1HTGA 5I3XA 3AIDA 3RVIA 2O40A 1YG9A 4DFGA 4FM7A 2ANLA 5HD0A 5OZ7A 5P62A 4J0YA 2WEDA 4YCYA 2UXZA 3KN0A 4Q1WA 3PWMA 4CPRA 1LS5A 4EJKA 2ER9E 3PMUA 2QU3A 3DCRA 5OZ6A 2PC0A 2R3WA 5OYRA 9HVPA 1BBSA 2QD6A 2WEZA 3OU1B 4OBZA 3ZL7A 4RGHA 5COKA 4XX3A 1XL2A 4FSLA 1FMBA 2Q11A 1AVFA 5ISJA 1MT9A 4GZFA 3IAWA 5JFUA 3KDDA 4UPJA 3L5CA 2IENA 5HU1A 4L1AA 4K4QA 1J71A 5P70A 3CMSA 3D3TA 4RCDA 1HIHA 2I4QA 3HZCA 4R93A 3EM4A 3Q4BA 1HSGA 3I8WA 1AJXA 4APRE 4R91A 4Y3MA 5P8SA 4MC2A 3QIHA 4OC6A 5P0JA 5P4PA 5P8BA 3CICA 3KFPA 4DJXA 5P4VA 2G27A 5P3BA 4GJCA 5BRYA 5P18A 5P7JA 5JODA 3MXEA 5P6FA 4LXMA 3APRE 2ER0E 3HLOA 3INHA 4HA5A 5P28A 5HDZA 2IKUA 4XKXA 2V10C 5P2XA 1BXQA 5P5OA 4GJ6A 1T3RA 2G22A 3F9QA 5P7TA 3QS1A 1IBQA 4JPEA 5P6AA 1D4JA 1ZAPA 4Y54A 2SAMA 1XDHA 4FIVA 5SXNA 5P4KA 2IRZA 4EP2A 2ZYEA 5P1WA 5P49A 3Q5HA 6APRE 5P76A 5I3VA 3KMXA 2ZE1A 5OZYA 5P0OA 4FM6A 1LYBB 1FQ4A 5P7RA 5DGWA 5OZZA 4ACXA 1AXAA 4YD6A 2WHHA 2ZHSA 3UQXA 1FIVA 3EM6A 1W6IA 5P87A 4B78A 4L6BA 1N49A 4ZIPA 4F73A 4X2LA 5P5LA 2QK5A 1VIKA 2OHQA 4Y37A 3I6OA 5P5XA 3EKPA 4YD3A 1ZPKA 3TPJA 4Y3PA 2JE4A 4Z50A 2CEMA 4EXHA 5P1EA 2I0AA 4I0FA 3EKTA 1B6JA 5P84A 4QLHA 5COPA 3UFLA 4APEA 2AOHA 1DPJA 1KJ7A 3TPLA 1EBYA 1ER8E 5P7OA 4EJDA 1QBRA 3O9BA 2R5QA 2PH6A 1ZSFA 5P8DA 2QMGA 1ZSRA 3SO9A 3VEUA 5P16A 5P4DA 1K1UA 1KZKA 3OXWA 4GJBA 4Y35A 5P31A 2Q5KA 1ZJ7A 4QJ8A 4Y3EA 5P8JA 5P1FA 1HEGE 5B18A 3S53A 2O4KA 3PGIA 2ZJHA 2BPXA 1HVIA 5TOLA 4JP9A 1EPPE 3VYEA 3OU1A 4ZSMA 5P6BA 4WY1A 3IXJA 3PCWA 5P3SA 5P8NA 2WF2A 2PYNA 4XX4A 5P4HA 5OYSA 1HVLA 3UDRA 5DQ1A 5P3NA 3QRVA 4R8YA 2V00A 4HE9A 3URLA 3NU4A 5P5NA 3SAAA 1HTEA 5P26A 5P50A 1IZDA 1MVPA 1QS8A 5P00A 3CIBA 1TCXA 2AOFA 5FIVA 5KAOA 3ZKXA 4JPCA 5OZ5A 5P86A 2ZDZA 5P2KA 5P4RA 3L3AA 5AHAA 1FF0C 5OZ0A 1YTHA 5P6UA 1XN3A 5OZBA 3LIYA 2WECA 3O9AA 5OZ9A 2G1YA 1A9MA 4YDFA 5P8LA 2RENA 1ODXA 3LITA 1WBKA 3IA9A 2HB3A 3FIVA 5P7DA 4ZPEA 3VSXA 1MUIA 5P3LA 4J1IA 4Y3WA 3PVKA 2BBBA 4Y3LA 5P2TA 7UPJA 3PSUA 5P2VA 2BKSA 2RSPA 4M8XA 4Y4DA 1KJ4A 5OZQA 5P58A 5P59A 3INDA 2F81A 1FQ8A 1IDBA 5P78A 5C9FA 4CPSA 3RU1A 3BGCA 5KQYA 1HVJA 3PM4A 3VV6A 3NLSA 3HVPA 4B1EA 5P4SA 2AZ9A 4FRSA 1MTBA 4K4PA 5P8AA 4A4QA 5P5VA 5P3AA 3NDWA 5P6YA 3EL9A 2VNNA 3RTNA 2A4FA 1D4LA 4DVFA 1W6HA 1HVKA 1LYAB 3HW1A 2VNMA 1EC1A 5OYVA 3BXSA 1LYBA 4YHQA 2WF4A 1LF4A 4ACUA 1IZEA 3OQ7A 3CKRA 3OQFA 4DPFA 5P22A 3PSGA 2XFIA 5P1VA 5P34A 4RVIA 4Y3QA 5P5JA 3UDYA 1FMXA 5P3CA 3R0YA 3SA4A 4IVTA 3H0BA 3HVGA 2BB9A 2QD7A 2WEAA 4Y3FA 3EKQA 1ME6A 2HB2A 3UQPA 2IGXA 3TOHA 3ZKIA 5P4GA 5P2WA 5P6KA 2VIEA 3IXOA 2O4SA 5P07A 2F3KA 3OUAA 5P5IA 1LZQA 1C6ZA 1UPJA 2HB4A 4J0ZA 2AVSA 4H3JA 5P5DA 3VYDA 1QDMA 3SQFA 3VYFA 1GVWA 5P5GA 5P7UA 5P72A 3PBZA 5OYUA 1EPRE 4L7GA 2OHKA 2QHYA 3UHLA 3DV1A 3VV8A 3SM2A 1AAQA 3FV3A 4KUPA 5P19A 4Y5NA 1ODYA 2AVMA 4OBGA 3PMYA 4PEPA 5HCOA 5P8UA 4Y44A 4Y5BA 3T7PA 3R2FA 3QN8A 3BUFA 1SP5A 2ZHTA 2F80A 3NWQA 2I4XA 2HAHA 1HVHA 5DR1A 1IDAA 5OZ3A 5P7KA 5P33A 1FFFC 3OAGB 1EPOE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P81 A;  3QRO A;  3G72 A;  3KYR A;  1W50 A;  2ZJL A;  2WF3 A;  5P2L A;  2QI5 A;  5P0P A;  1YM4 A;  1G0V A;  3OHH A;  4HDP A;  2H6T A;  4LXK A;  3D1X A;  1KJH A;  5P5H A;  5P02 A;  3T6I A;  2IS0 A;  3HD8 A;  1PSA A;  5OZM A;  5P4Z A;  5HCT A;  3FKT A;  4YDG A;  2IEO A;  4FAF A;  2ZJJ A;  2ZHR A;  1SBG A;  5OZJ A;  4I0J A;  3QVI A;  4Y5K A;  5P3W A;  5P5R A;  3SPK A;  5P6T A;  5OZ8 A;  5P51 A;  3NXE A;  4Y51 A;  1EPM E;  3KF0 A;  2V0Z C;  3SFC A;  3K5G A;  3NDT A;  4Y4T A;  3UDP A;  5P7Z A;  4DH6 A;  4U7V A;  5P77 A;  3EL5 A;  5P1K A;  3VLA A;  5AH6 A;  3QVC A;  4DJU A;  4Y39 A;  2ZGA A;  1CZI E;  2VJ9 A;  5P8F A;  5P35 A;  4GJ7 A;  3OUD A;  4QJA A;  3BXR A;  5P05 A;  2FGV A;  4NJS A;  2B60 A;  4YE3 A;  2A1E A;  5P88 A;  3TLH A;  2V13 A;  1EAG A;  4IVS A;  1FB7 A;  1AM5 A;  3S7L A;  1T6E X;  2Q54 A;  3VLB A;  1APU E;  4Y4B A;  1GNO A;  4DQE A;  5P10 A;  3BUH A;  3O9G A;  3NUO A;  4HDB A;  1AJV A;  2VJ6 A;  4I0H A;  4Y43 A;  2WKZ A;  3UTL A;  2R8N A;  5P6L A;  4FRI A;  3TKG A;  1NPW A;  1MSN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5HDU A;  2WF1 A;  3KT2 A;  3OOT A;  2QHZ A;  3UDK A;  5P1P A;  2NMZ A;  3WZ8 A;  2PSU A;  5OYQ A;  3OK9 A;  3INF A;  4FS4 A;  3WZ6 A;  4NPT A;  2ZJK A;  5P7Q A;  4DI2 A;  3BHE A;  3TH9 A;  1W5Y A;  4D89 A;  5P7E A;  4A6B A;  1G6L A;  4TRZ A;  4DQF A;  1SGU A;  1SH9 A;  2VIY A;  3PB5 A;  3SLZ A;  1TSU A;  3OQK A;  5F01 A;  4OD9 B;  2QI7 A;  3VV7 A;  3VFB A;  3S56 A;  2P3A A;  5ISK A;  1MET A;  2AQU A;  1Z8C A;  5P57 A;  3SM1 A;  3NYG A;  1UH8 A;  2AOG A;  3VF7 A;  1HTF A;  5P2I A;  5P0U A;  1FGC C;  1K2C A;  4Y56 A;  4YCT A;  4GID A;  4GYE A;  5OZV A;  1C6X A;  5P1Z A;  1XE6 A;  5P46 A;  5P5M A;  1AZ5 A;  1D4K A;  2NPH A;  4CP7 A;  1YM2 A;  5P0D A;  3OU4 A;  5P1Y A;  2IL2 A;  2JYS A;  1B6L A;  5AH8 A;  2VIJ A;  3RSV A;  4LC7 A;  4S1G A;  1GVT A;  3NDX A;  5P0G A;  4CPU A;  4DQC A;  1GVV A;  1SIV A;  2B8V A;  3OUC A;  5P06 A;  5P7L A;  5DQ2 A;  1APV E;  5P40 A;  1APT E;  5OZN A;  4DJW A;  5P2R A;  5P6N A;  4RLD A;  3GW5 A;  4I0Z A;  3S85 A;  1MRX A;  1HVR A;  1BIL A;  2Q15 A;  4Y3G A;  4B1C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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