5OZLA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 32
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozlA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozlA01
2ER7E 5AHBA 4F74A 1ZLFA 3SA4A 4FS4A 5P83A 1HWRA 3K5GA 4EXGA 4ZSQA 2AZBA 1C6YA 3UHLA 4Y43A 5ISJA 7UPJA 5DQCA 1M4HA 2EWYA 3EKQA 2UPJA 4HLAA 1FFIC 3EL1A 4DJOA 2V11C 3VLAA 5P6OA 1EBKC 5P8LA 3GI0A 1RQ9A 4L6BA 3VF3A 3GGUA 4IVTA 2PK6A 1FG6C 2R5PA 3CKTA 1K6TA 2O4LA 2UY0A 4AMTA 8HVPA 1HTFA 1G35A 1BILA 4EWOA 5P4XA 2ZJHA 3EL9A 3TPJA 3ZOVA 3BC4A 5P6MA 5OZZA 4E43A 1IBQA 2NNKA 5SY2A 5P8FA 1KJGA 5OZOA 4PYVA 4EJKA 5P0NA 3NDXA 3O9CA 1FGCC 1BVEA 3DJKA 5OYWA 4XKXA 5P19A 5P8MA 5P7BA 3KDBA 2QD8A 2WHHA 1HPSA 5BRYA 1BWAA 5P1ZA 2ER0E 3HAWA 1W5WA 3Q70A 5JG1A 4OBGA 3PWMA 5P3XA 5P8SA 4Q1NA 1FQ4A 3QRVA 1FLHA 3INDA 5OZAA 3URLA 1JLDA 3QRSA 4Y5PA 3MSJA 1OEXA 4Y4JA 3S7MA 5P71A 5F00A 4PEPA 4ZPFA 4EP3A 2PWCA 1PPME 3NYGA 1BXQA 3L5CA 5DR7A 5P0WA 1TSUA 5P7RA 3KYRA 3VSWA 2O4PA 3LIXA 3EKPA 2WECA 5P6IA 1GKTA 3O9DA 5KQXA 2V13A 1UH7A 2J9KA 5P5IA 2XYFA 4ER1E 5P8JA 1B6LA 2AVMA 3KMYA 5P4LA 2IRZA 5OZMA 5P8UA 5P84A 5P6EA 5ENKA 3PCZA 1K1UA 4ZEAA 4LXKA 1BWBA 1KJ7A 5P0PA 4QJ2A 4EYRA 1EPNE 1PSOE 4Y3WA 2AOGA 4MC1A 1MIQA 2PMAA 2ANLA 3BXSA 5KOQA 3L58A 5P3FA 4J5JA 4NJTA 1HSGA 4FM8A 2ZHTA 2QMFA 3LZUA 4YD6A 5P0UA 2ER9E 5P8QA 3OXCA 5P6TA 1CPIA 5P4WA 4YCKA 2VNNA 4GJ8A 3PMUA 5P20A 3H5BA 5OZFA 4RGHA 5P38A 2V10C 5P86A 2AVQA 4Y4DA 4DJWA 3VUCA 4CMSA 5P1NA 5UPJA 4DV9A 5E5JA 2AVOA 1NH0A 3LIQA 4JPCA 5P6AA 3I25A 5P72A 2AVVA 5P4QA 3S7LA 1GNMA 2ZHUA 1FIVA 1PFZA 1HTGA 4Q1XA 5P08A 1FMUA 1DW6C 3TTPA 4A4QA 3L59A 5P68A 1XE6A 2WF0A 1OHRA 4BFDA 4I0FA 3GI4A 3OTSA 4Y5GA 3UQRA 5P4MA 4FCOA 3OWNA 5P7HA 3ZMGA 3VG1A 1FFFC 4Y4UA 4CPWA 2P3BB 3O9LB 4RVJA 1MT8A 1BV9A 2NXDA 4J1CA 1BAIA 1AJVA 3G70A 1K2BA 3NU9A 4Y3ZA 3Q6YA 1LF4A 5P7UA 4Q1WA 3VF5A 1W51A 4ZSMA 4LBTA 5P1VA 3DV1A 1AM5A 2OHSA 5OZ8A 1PSAA 1APUE 1QBSA 5OZIA 5P2AA 3JVWA 1BDLA 4Y57A 1ER8E 1AJXA 2B7ZA 4OD9A 3NLSA 3KFSA 5DR1A 5P2EA 1A94A 5P5BA 3O9LA 5P7XA 3PJ6A 4ZLSA 4Y4WA 5P64A 2VJ9A 5P40A 4APEA 5P56A 5P4SA 5KQFA 1SDUA 5P6YA 1BVGA 3T7QA 2I4UA 3QVIA 4J1EA 1D4JA 5PEPA 3VFAA 1EPQE 5P0LA 2HB4A 5P3CA 3TOGA 5P81A 3NU5A 3OK9A 3OU4B 5IS4A 1HPOA 2B60A 3FKTA 2VA7A 5P3ZA 2A1EA 1OEWA 4NKKA 3UPJA 1Z1RA 3OOZA 4I12A 2P3CA 4FE6A 3S56A 2G26A 5OZTA 1MSNA 1KJ4A 2B8LA 4FSLA 3NU4A 3MXEA 4Y3DA 1BXOA 1GNOA 2QP8A 4B0QA 5P80A 1MESA 1T7KA 3SABA 3FNTA 2F80A 3IAWA 5DR4A 4Q1YA 5SZ9A 5P8RA 1LF2A 5P5ZA 3PCWA 3R2FA 2BBBA 2V16C 4DPIA 4Z4XA 2JXRA 4HDFA 3RTNA 1B11A 2ZJMA 3INHA 1WBMA 4HDPA 3U71A 5P24A 5P2NA 4GJCA 3AIDA 4AA9A 5P2MA 4ZIPA 1IZHA 5P04A 1PROA 5P44A 2P3AA 5OZ3A 4Y38A 5P3KA 1K2CA 5P2IA 5P3OA 4LXAA 5P41A 3OUAA 1UH9A 1ZSRA 3DCKA 2NTRA 3PMYA 3UQWA 3CKRA 5P6WA 5P7LA 3NDTA 4Y3YA 1BIMA 2ZGAA 5P0RA 5P6PA 4Y54A 4Y4XA 4J0VA 5P2VA 1RL8A 2HB3A 5P78A 1YTIA 5P58A 1ODYA 3URJA 4NJSA 4DJYA 1EBYA 1EBZA 5P34A 4ZPEA 3DUYA 4QJ8A 1B6MA 4Y56A 2QU2A 4YA8A 1HVRA 2OAHA 3APPA 5P0KA 3Q4BA 2VKMA 5P6DA 1IDAA 1GVUA 2I4QA 2PC0A 4N00A 5P25A 2JJIA 1HTEA 5P3SA 4XX4A 4DJPA 2IGXA 5P0TA 5OZVA 3G72A 5P3VA 2QZXA 3R1GB 3A2OA 2FS4A 3OAGA 5P5HA 1Z8CA 3ZLQA 3T6IA 5P2RA 1PPLE 4FGXA 1C70A 3BUGA 4I0GA 5P2XA 4EJLA 5P85A 1D4LA 5P09A 1A30A 1TSQA 2AOCA 3SLZA 4CPQA 3IA9A 5P57A 5JODA 4FAFA 4DQEA 2HAHA 3SKFA 3O9IA 4Y4GA 5P0AA 2WF3A 4UPJA 4RLDA 1SGZA 2F3EA 4I0IA 3UQXA 1ZJ7A 5P7JA 3OQAA 3LIYA 2BKTA 1MEUA 1SMEA 2F81A 3Q5HA 5IE1A 3SKGA 4QJ6A 3UFLA 5ISKA 4I0ZA 5P4TA 3WZ7A 5P70A 3U6AA 3PWRA 3FNUA 3PSGA 4J1KA 3MWSA 1D4KA 1F34A 3OADB 1META 5OZPA 4YE3A 4X2LA 1ZAPA 5P4HA 5P3BA 1FQXA 3K5FA 1G2KA 3O9HA 3SFCA 4B1EA 3BGCA 4Y4ZA 2R5QA 5HDZA 1MTBA 4LC7A 1VIKA 2PSUA 2QHZA 4L1AB 4KUPA 5SXNA 5P8EA 5P2GA 1QS8A 1BBSA 2QI1A 5P0BA 5EZXA 5P0XA 4M8YA 2G20A 1YT9A 4YOAA 2XFIA 1EBWA 5P5YA 1EC0A 3UFNA 3BUFA 3H0BA 5P27A 4ER2E 3LINA 4Y44A 3OADA 5P5RA 3UCBA 5OYYA 1AXAA 2QMGA 3IVHA 1YG9A 2PK5A 3S8IA 2CEJA 5TOLA 5P3QA 2CEMA 2HS1A 2PSGA 4L1AA 1HOSA 3KMXA 5DQ4A 5OZYA 5P4OA 3VF7A 5OZQA 2WEZA 3HVGA 4XX3A 4AA8A 3SM2A 5P5OA 4BEKA 3NXNA 5P0YA 1HVLA 4QJAA 5P35A 1U8GA 5P17A 3ZKGA 4Q5MA 3TOFA 3KN0A 5P05A 2AQUA 1LYAB 2F8GA 4J1IA 3QI1A 3LZVA 5P6GA 2R3WA 1SMRA 3QROA 1QRPE 3SACA 2VS2A 4DH6A 2PQZA 3EMYA 4CPRA 4TVHA 2XFJA 2BKSA 3URIA 5P52A 5P5DA 1MVPA 2RKGA 5T4SA 5P7NA 2OHQA 1ZTZA 5P4UA 3GGAA 4DJXA 5KAOA 1AAQA 2IEOA 1HTRB 5P4RA 4H3GA 3UTLA 4OBJA 4K9HA 1FG8C 3ECGA 5AH8A 5DQ1A 5P3IA 3SAAA 4RROA 2H6TA 1UH8A 2VA6A 2AVSA 5P4CA 2AIDA 1DPJA 2BPXA 3GI6A 3OGQA 1HVIA 3D1XA 5DGWA 5P61A 3L5EA 3IGBA 4L7GA 4WTUA 1B5FB 5P5TA 5P2OA 4Y3PA 3OXVA 4Y9WA 5P7TA 3ER5E 5HE5A 1MRXA 5P4AA 3PBDA 4X7IA 5P0ZA 5OZ7A 3OQKA 1HVJA 1HIHA 5KQZA 5P6HA 1W5VA 5P36A 5OZEA 3EM3A 1SGUA 2OHTA 2Q64A 1ZPKA 1LF3A 5P0EA 4RZ1A 3NWXA 5P33A 3K4VC 5OYQA 5COOA 3HVPA 3RVIA 3ST5A 2G21A 4Y3GA 4Y3EA 5P6XA 5P8GA 5P88A 2ZJKA 1EPRE 4Y51A 3HBOA 1MTRA 1HPVA 2HM1A 2Q63A 2RENA 4RYGA 5P6CA 1MRWA 3OU1B 1XE5A 4MC6A 4JOOA 3JW2A 1XS7D 5P8CA 2FDEA 4HEGA 1FEJC 5P3PA 5OZ9A 3GI5A 5P6LA 2QNQA 3KFNA 2FDDA 5P55A 5P0GA 5P3UA 5P7WA 3TL9A 2F3FA 3UDRA 3GW5A 4DJUA 1SDTA 2QI5A 3MXDA 2NMYA 4RCFA 5HVPA 3OOTA 3NUOA 4RVIA 4HZTA 5P3GA 5P66A 5P1DA 3L3AA 2B42A 3L38A 3EKVA 4Y37A 3ZKNA 2NXLA 3OU1A 3LZSA 5OZ0A 5P5CA 3EBZA 5JFUA 4PPHA 5P6ZA 3IN3A 3KDCA 5P1MA 1N49A 2P83A 3CYWA 4R8YA 2HS2A 5P45A 3R4BA 1APTE 4Y5AA 2FLEA 5P43A 4DUSA 3EL5A 1IZIA 5P1KA 5C9FA 2JE4A 3U7SA 3UDNA 3MSKA 5DGUA 1HBVA 3I8WA 1APWE 1KJFA 3OUBA 5OZHA 5IVTA 4HDBA 5AH9A 4Y3NA 5P13A 4R91A 1YTJA 5P29A 3WB4A 1FKNA 5OZGA 2RKFA 2G1SA 1C6ZA 2I0AA 3PM4A 5P26A 5DQ5A 3IXOA 5P51A 3K1WA 4NJUA 5P87A 2PYMA 3OQDA 2Q54A 5P1OA 3QBFA 1D4HA 2HPEA 3OXXA 1EEDP 2WF2A 5P1XA 4BFBA 3PEPA 3CMSA 3KF0A 3NXEA 5OZCA 4DJQA 2NR6A 5AH7A 4YCYA 1MUIA 5I3VA 1E80E 2QCIA 5ENMA 5P1TA 5P4KA 1GVVA 4B1CA 2FGUA 2QD6A 4OBHA 5P7GA 1LYBB 5P0QA 5F01A 5P4FA 5OZBA 4DVFA 1FF0C 3T11A 4J1HA 2VIEA 1W50A 4OBDA 5P31A 2P3BA 5AHCA 5P42A 1IZEA 4YBFA 4YBIA 3I7EA 3LIVA 3RSXA 2RSPA 5P7SA 1T3RA 4Y35A 1HVSA 5OYTA 3UDKA 4LAPA 4D8CA 3ZL7A 3APRE 4Y5MA 4RRSA 3SPKA 1BDRA 4Y50A 3EKYA 5OZWA 2BPVA 4HA5A 2FGVA 9HVPA 4Y3TA 5P1QA 5P65A 3M9FA 4ZE6A 2FXEA 3DM6A 5P46A 1FMBA 3HAUA 3HW1A 5P4IA 2I4XA 1M43A 4J0ZA 5DR0A 4FRIA 5P28A 5P5SA 1GVWA 1HVCA 4A6BA 3UQPA 4D88A 2BB9A 3EM6A 5HDUA 4FSEA 3LPJA 4F75A 4QLHA 5OZXA 5P5WA 3T3CA 1E82E 5P1SA 3HLOA 3OU3A 5P59A 4Y45A 2H6SA 2IKOA 2OHLA 3K5DA 2ZHVA 3UDQA 2AOJA 1A8GA 5P2QA 5P2FA 3TNEA 4GIDA 1EC3A 3OU4A 1HRNA 4GZFA 4OBKA 5SY3A 3K4VA 3QIHA 1EC1A 4Y53A 5P18A 4IVSA 1VIJA 2MIPA 3EXOA 3PRSA 2SAMA 4TRZA 2ZJJA 3VYDA 5P6NA 1TQFA 3PI0A 3OUDB 1T7JA 5BS4A 3O9EA 5OZ1A 3BUHA 3CKPA 4K4RA 5COKA 4U7VA 1PPKE 5P1WA 1APVE 1UPJA 5KOSA 4B70A 2WEDA 4EP2A 5OZRA 4MC9A 4CKUA 5P5VA 2G1YA 2Q15A 5P8KA 1XL2A 3T7XA 3BVAA 4TRYA 3KT5A 5P10A 3DOXA 5P6KA 2O4NA 3KDDA 4GJ6A 2QHCA 5P3EA 3KFRA 2V00A 4TRWA 1YTHA 3EL0A 1IDBA 3TKGA 4J17A 3NR6A 2G1OA 5OYSA 2R9BA 4KB9A 1SH9A 1EPLE 4H3JA 4I8ZA 2P4JA 4NJVA 1SIPA 3PWWA 5P3MA 4GJDA 3EL4A 4J0PA 2QZWA 4APRE 5P16A 3TKWA 4DI2A 3N4LA 5P3TA 1HVHA 5P1LA 1D4YA 5HU1A 3Q3TA 5P2ZA 5P3NA 3ZPUA 1IIQA 4HE9A 1YM4A 5P7KA 5P3WA 5P7AA 1SDVA 1ME6A 5P8OA 5C9DA 1TCXA 2NMZA 2HPFA 2G94A 1HHPA 4EXHA 1B6PA 1C6XA 1W5YA 5P7DA 7HVPA 2OHKA 1Q9PA 5P7FA 1WBKA 5P49A 4EQJA 5P69A 5P6SA 2VIJA 1XL5A 4Y3SA 3EC0A 2JYSA 3OQ7A 3PSYA 2QNPA 4U8WA 4DQHA 3OHFA 2VIZA 2QNNA 1GNNA 4HVPA 1ODXA 1LYWB 3PHVA 5P3DA 3O9AA 5P1UA 4BELA 2QZKA 1LS5A 2I0DA 2ZJLA 4GB2A 3D91A 5P1YA 4A6CA 5P82A 2G1NA 1W6IA 2P8HA 1K6PA 4OC6B 5KR0A 3S85A 5P6QA 1MSMA 2B7FA 4ZPGA 4NPTA 5EZZA 4DQFA 1DP5A 3BXRA 5P7PA 3G6ZA 5OYVA 5HTZA 2OHPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER7 E;  5AHB A;  4F74 A;  1ZLF A;  3SA4 A;  4FS4 A;  5P83 A;  1HWR A;  3K5G A;  4EXG A;  4ZSQ A;  2AZB A;  1C6Y A;  3UHL A;  4Y43 A;  5ISJ A;  7UPJ A;  5DQC A;  1M4H A;  2EWY A;  3EKQ A;  2UPJ A;  4HLA A;  1FFI C;  3EL1 A;  4DJO A;  2V11 C;  3VLA A;  5P6O A;  1EBK C;  5P8L A;  3GI0 A;  1RQ9 A;  4L6B A;  3VF3 A;  3GGU A;  4IVT A;  2PK6 A;  1FG6 C;  2R5P A;  3CKT A;  1K6T A;  2O4L A;  2UY0 A;  4AMT A;  8HVP A;  1HTF A;  1G35 A;  1BIL A;  4EWO A;  5P4X A;  2ZJH A;  3EL9 A;  3TPJ A;  3ZOV A;  3BC4 A;  5P6M A;  5OZZ A;  4E43 A;  1IBQ A;  2NNK A;  5SY2 A;  5P8F A;  1KJG A;  5OZO A;  4PYV A;  4EJK A;  5P0N A;  3NDX A;  3O9C A;  1FGC C;  1BVE A;  3DJK A;  5OYW A;  4XKX A;  5P19 A;  5P8M A;  5P7B A;  3KDB A;  2QD8 A;  2WHH A;  1HPS A;  5BRY A;  1BWA A;  5P1Z A;  2ER0 E;  3HAW A;  1W5W A;  3Q70 A;  5JG1 A;  4OBG A;  3PWM A;  5P3X A;  5P8S A;  4Q1N A;  1FQ4 A;  3QRV A;  1FLH A;  3IND A;  5OZA A;  3URL A;  1JLD A;  3QRS A;  4Y5P A;  3MSJ A;  1OEX A;  4Y4J A;  3S7M A;  5P71 A;  5F00 A;  4PEP A;  4ZPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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