5OZNA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 34
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oznA01
4Y3WA 5P6EA 5PEPA 2BPWA 3FNTA 3RU1A 1FMUA 3PLLA 3QRVA 5E5JA 4DQGA 5DQ1A 3ECGA 3SAAA 3KFNA 3APRE 3D1XA 4J1IA 5AH7A 5ER1E 4YD5A 3D1YA 3QS1A 1MESA 5P6UA 1D4LA 3UTLA 3ZMGA 1C6ZA 2IQGA 3KFPA 1BDRA 3INDA 1LYWB 3LIZA 4D88A 4DJXA 5P2HA 5P6PA 3OQKA 1YT9A 5P6GA 3URJA 1T3RA 2XFKA 2FLEA 5P71A 3NDXA 5P1YA 3ZLQA 5P28A 5P5CA 3LPKA 5P78A 5P8SA 3R2FA 3LIVA 4M8XA 5P4AA 5P1VA 5AH9A 1YTJA 4Z4XA 2P3BB 3DV1A 3PB5A 5P02A 1HIVA 1LS5A 4J1CA 4JPEA 4L7GA 2JE4A 2VA5A 2BQVA 2G24A 3PSUA 5IVRA 2OHRA 2ZJLA 4CPRA 4RVJA 5P5ZA 5DR4A 1PPKE 3KMXA 1SDTA 2G1RA 1A94A 7HVPA 2AOJA 3SO9A 4Y5KA 5I3XA 2R43A 4FRKA 1UPJA 1HXBA 3O9IA 5P5FA 5DGUA 5P40A 4EP3A 1HVCA 4B1DA 4MC1A 3SA3A 4Y5NA 1FF0C 4BFDA 2ZJMA 4KE1A 4B78A 1FQ6A 5P49A 2BJUA 3FKTA 4FM7A 5P7YA 1KJ7A 4AUCA 2J9JA 1APTE 2RSPA 3FNSA 3SA7A 5P4ZA 4RRNA 4APRE 1A8KA 3QP0A 5OZRA 4I0GA 4NPTA 5P7FA 3H0BA 3TPJA 4Y36A 3BGBA 3RSVA 4J1KA 5KQZA 5P3KA 2O4KA 4LAPA 3SM1A 2NPHA 2QMFA 5P3IA 2JJJA 1U8GA 5P86A 1UH8A 4FRJA 5HDXA 4Y45A 2IRZA 5P39A 4A4QA 4FRIA 5P82A 3OOTA 1W5WA 2QHZA 3CIBA 3O9LB 2F3KA 5HTZA 5P5KA 4OBFA 4Y54A 4J55A 5P19A 5P0QA 5P14A 1T7JA 1MT8A 1PSNA 1W5XA 3NXNA 1BAIA 3CICA 4J54A 5DQCA 5DPZA 3VFAA 3TOGA 5P1HA 5P03A 1PSAA 1B6JA 4FM8A 4F73A 3FSMA 4I8ZA 4OBHA 5P4JA 3NWXA 5P0TA 5P50A 4Y4UA 1MIQA 4FE6A 1E80E 3G70A 3BUFA 1K6CA 3NU9A 4J1HA 4Y5LA 3OU1B 2AOIA 1HVSA 3EXOA 1QBUA 5P6LA 3B7VA 2JXRA 2ER6E 3VV8A 3TTPA 5OZPA 5OZ3A 3LZSA 3TOHA 3WZ6A 1PROA 5P4MA 4K4PA 5P10A 3ZKSA 1ZBGA 2BPVA 4Y3HA 4B72A 5P7RA 2BPXA 2IKOA 5P5PA 5P7JA 4K9HA 4K8SA 5OZVA 1HTEA 4H3JA 2APRA 2B42A 3MSLA 3FIVA 5P4WA 1HTGA 3L5DA 1D4HA 2G69A 4H3FA 1HVRA 5P3UA 1GVTA 1KJGA 3NWQA 5P4YA 3T3CA 1OEWA 5P7QA 4PEPA 2RKFA 4R8YA 3GI0A 2I4UA 5P73A 3SM2A 5BWYA 2QNQA 3L5CA 5P2DA 1E82E 5P5QA 4JECA 3UDQA 4U7VA 4CPTA 5AGZA 5P6JA 1MT7A 2AZ9A 1BVEA 2R38A 3I25A 3OUBA 1PSOE 1YG9A 1IVPA 2FMBA 5OZDA 5SY2A 3BVBA 5P3XA 3K4VA 4RZ1A 1T7IA 4HVPA 3Q70A 5EZZA 1B6PA 5P59A 5P38A 1EAGA 4Y3MA 5AH6A 3UDPA 4DH6A 2F8GA 4B70A 1FQ4A 2G22A 3SKGA 3EL1A 4Y56A 4S1GA 4EXGA 3O9CA 5P0BA 2ZGAA 1OD1A 4PZXA 1AM5A 3K1WA 5P5LA 2QI3A 3K5DA 3WB4A 1BBSA 5P2WA 3BGCA 5OZLA 5P7EA 5P58A 5OZEA 4Z22A 3LPJA 5P4OA 1HTRB 5P2KA 4CP7A 2FGVA 4YD6A 1MTRA 3U7SA 4YDGA 2P8HA 1B11A 1CMSA 1CZIE 5P1SA 5P3MA 2HIZA 4Y4BA 3Q6YA 3UFNA 3M9FA 5P2BA 2VA7A 2HS2A 4Y6MA 2OHNA 3SLZA 3VYFA 4K4RA 2F3EA 2G27A 4HDBA 1FQXA 4J0VA 3TPPA 2ZJIA 4HEGA 5P62A 1ODXA 1FKNA 2R3TA 4F75A 5CLMA 5P0ZA 2WF0A 2BB9A 2QZXA 2QK5A 5P45A 4H3IA 4EPJA 1QDMA 5OZOA 4JPCA 3AIDA 3PI0A 3VF5A 5DR0A 2Q54A 4KE0A 3ZKIA 4FLGA 5P53A 1XL2A 4B1CA 1PPLE 3VLAA 4COEA 4DPIA 1QRPE 3RVIA 3G6ZA 2WL0A 3OWNA 2HB2A 2XYFA 4Y3XA 3PCZA 3ZL7A 4EYRA 4GIDA 5P1QA 4TRWA 4I0DA 3R4BA 4RCEA 3S2OA 2QU2A 1EBWA 2QZWA 1DP5A 4Q1XA 3K5FA 4DJUA 5P13A 2PYMA 4XX3A 4R5NA 1N49A 1YM2A 5OZYA 1META 3S7LA 2HB3A 3F9QA 1RPIA 4GJAA 5F01A 4EXHA 4QJAA 5P60A 1DMPA 2BKSA 5P1EA 1FG8C 1HEFE 2HB4A 2OHUA 4YHQA 3PEPA 4MC2A 5P5WA 1LYBA 1SDVA 5SZ9A 6APRE 4HE9A 3UQRA 3OQFA 1BDQA 1FQ8A 3KFRA 5P05A 2AOEA 5P7KA 5P5DA 5P4CA 4YD4A 3EL4A 2ZJKA 5P25A 5P5HA 2RMPA 5P6AA 3PI5A 1MVPA 3I2LA 3T11A 5P3LA 1EEDP 5P64A 3UQPA 4WY6A 4ER4E 1VIKA 4I0IA 5P1OA 4DJOA 5P2GA 3VF7A 1RV7A 1MSNA 3ER5E 5P5UA 4I0ZA 3IN4A 5P8AA 5P8JA 5P3BA 2Q64A 1CPIA 1Z1RA 2Q5KA 5OZWA 5P0YA 5P80A 2HAHA 2Q3KA 1FLHA 5AHBA 3CYXA 1HVHA 4TRYA 5P32A 3OUCA 4Y5CA 5P1JA 3PWRA 3T7XA 2FNSA 4Q5MA 3UDRA 4GJ6A 1BVGA 5P2IA 5P5RA 3EKQA 3MWSA 3QRMA 4L1AA 1HVKA 5P3EA 5P0UA 5I3VA 1Q9PA 2QD6A 5BS4A 5P54A 2OHKA 1SMRA 2V13A 1Z8CA 2CEMA 5P8LA 3NXEA 3UQUA 3DOXA 1IIQA 4ZIPA 5P0GA 2B8VA 5KR0A 2BKTA 4D89A 5P72A 3DCRA 4YD3A 3ER3E 5P4NA 5P8PA 5P0WA 3R1GB 3R0WA 3LZVA 4Y3TA 4A6BA 5P7XA 5P09A 5P41A 4Y3PA 5P0KA 5OZ2A 3S85A 5AHAA 4R91A 4Y5MA 1T6GA 2MIPA 2ANLA 4NJSA 1MRXA 4BFBA 3U6AA 5P0AA 3O9AA 4I0HA 5P0CA 5P89A 1XN3A 3OK9A 4OBJA 2NNKA 4I0FA 5P7SA 3NUJA 1W5YA 5P77A 3PLDA 1LF4A 1F34A 2QMGA 1UH7A 2ZHUA 3L5EA 5TOLA 3FV3A 4CMSA 1FQ7A 4Y3EA 3OGPA 4DJYA 4Y4JA 4N00A 5IVTA 5P0PA 3QAAA 5JG1A 3PHVA 1AIDA 3EKWA 5P4KA 3PWWA 2AZCA 3SA8A 4Y3NA 3UDNA 3BRAA 4LHHA 1PFZA 1DIFA 3VV6A 5P07A 2XFIA 1G0VA 4K4QA 4PHVA 3QBHA 3KMYA 5P5AA 3VLBA 1QBRA 4Z2ZA 1B5FA 1IDAA 3PSYA 2F80A 5HE4A 3KDCA 5OZXA 1EPLE 4DQFA 5SY3A 2OHPA 3UCBA 5DR3A 4Y3YA 5P4LA 1XS7D 4CPSA 3OHFA 5P1ZA 2AZBA 3CKPA 3LZYA 4B00A 1NSOA 2VNNA 5P3FA 5P1CA 3S43A 4YDFA 4J1FA 1RQ9A 3NUOA 5F00A 2WEDA 4OBZA 2XYEA 4Y4TA 3L3AA 1GNMA 5P5TA 1KJ4A 2PH6A 3UF3A 1TZSA 5CONA 2ZJHA 2O4LA 1BXOA 1JLDA 1W51A 1M0BA 2J9JB 3SPKA 1SMEA 5P79A 3UFLA 2PSGA 2QD7A 2IEOA 3EL9A 4J17A 3OAGA 2I4DA 5P87A 3IVHA 2WF2A 5P8BA 1ME6A 2HPEA 5P5GA 5HU0A 1EPNE 3HAUA 4OC6A 4HZTA 2IGXA 5P3DA 2B7FA 1IZHA 5P2MA 2SAMA 5P17A 4DQBA 1G2KA 4YE3A 1IDBA 5OZTA 4B05A 5P4EA 2PK5A 1XL5A 5C9DA 4JOOA 2ZHSA 1K6TA 3NU3A 1G6LA 1W50A 3LITA 5P46A 3EKXA 1WBMA 2V11C 4Y5EA 5COPA 5P6YA 5P8KA 2FDPA 2QAKA 5P37A 3L5FA 3HBOA 3UDJA 3TNEA 3OUDA 3UQWA 1UH9A 1DAZC 5P1PA 4TVGA 4Y5BA 2AVSA 2FS4A 4Y4ZA 2Z4OA 3PSGA 2QU3A 3PJ6A 5P0RA 1XE5A 4L7HA 3OQ7A 2QNNA 4LXKA 5P0FA 5SXNA 2FNTA 2ZYEA 5COKA 2G20A 4FL8A 1M4HA 4A6CA 1MERA 8HVPA 5P5YA 3BHEA 4NJTA 3S54A 5P6QA 4DV9A 1G35A 3EKTA 5P8FA 3BUGA 1BV9A 5OZ0A 2WF1A 2PSVA 5KAOA 5P0HA 3ZOVA 3OXWA 1GVWA 4I1CA 2ZHRA 3JVWA 3ZKGA 4APEA 5OZZA 3JVYA 4NJUA 5OZ6A 2V10C 5P44A 2ZJJA 1SP5A 1NPVA 3UDMA 3KDBA 3EM4A 3NYGA 5P6SA 4DVFA 2F81A 2ZE1A 3K4VC 4RCDA 5P0MA 2CENA 4QJ2A 2BPZA 5P2FA 3RTMA 3KDDA 3T6IA 3NDTA 2NTRA 1IZEA 3KT5A 5OZNA 2QMDA 2QZKA 4Y9WA 5P6FA 2ZDZA 4FRSA 5DQ4A 1SH9A 5P8OA 3LZUA 4NKKA 4B0QA 3N3IA 2AIDA 1EC2A 1DPJA 3VCMA 5P63A 2OHSA 2WEBA 5P7TA 3T7QA 4RROA 2QI7A 2Q55A 2WKZA 3NDUA 3SA5A 2QI1A 3MXEA 3OXXA 5P33A 3KF0A 3URIA 3B80A 1WBKA 1ZSFA 5P8DA 4NPUA 2R8NA 4RVIA 5P8TA 3TKWA 2HPFA 3MXDA 4ZSRA 4ZLSA 4R93A 5P7CA 1ER8E 1TSUA 2PK6A 1IVQA 3NU4A 3S45A 5P8NA 1HOSA 5IS4A 5JFPA 4EWOA 3INFA 1SDUA 5OZJA 4Y48A 4LP9A 1HRNA 5P7GA 1A9MA 3VUCA 1FIVA 5DGWA 5OZGA 3HVGA 2H6SA 1BWAA 5P12A 4PPHA 5P8EA 3GGVA 4Y4WA 2ZJNA 4Y3JA 2AVQA 3PCWA 1HIHA 5P3CA 5P6MA 1B6KA 5KR1A 5KOSA 3QVCA 2PYNA 2A4FA 1SGUA 5P2ZA 1TCWA 5P6CA 5IE1A 4BEKA 4KB9A 1M43A 2VIYA 4Y5PA 5P0VA 1T7KA 1ZSRA 4D85A 3OQAA 4Y5GA 5P6DA 2JYSA 5P4VA 3WSJA 4YCTA 4ZPFA 1D4YA 5P5IA 5P01A 4CPXA 5P6XA 2QP8A 2IS0A 4CPUA 5P1NA 1EBKC 4HA5A 4Y39A 1LZQA 4IVSA 3NU6A 1IZDA 2ZHTA 3Q4BA 3R0YA 2AVVA 4PYVA 1E81E 2AOCA 1SBGA 4R95A 2A1EA 5I70A 2QHCA 5HE7A 3T7PA 1GVXA 3O9HA 4RRSA 3WZ7A 3WZ8A 4DJQA 5JFUA 3OGQA 4YOAA 3QPJA 4JP9A 2R5QA 4Y3GA 5FIVA 5OYRA 4AA8A 1W5VA 5OZKA 2FIVA 5P2XA 4Y4EA 1FQ5A 1AJXA 3QN8A 5P2TA 3ZKMA 4QJ6A 4Y51A 2Q11A 5OZ7A 4DJRA 3VYDA 5P3HA 4FM6A 2FDEA 4I12A 3ZPTA 1HTFA 5P00A 5P47A 4QLHA 5OZ4A 3EKPA 5P8CA 5P3YA 3HLOA 5HDVA 4D8CA 1HBVA 3PBDA 1BWBA 4ZEAA 3DUYA 3SQFA 3HD8A 1LYBB 3CYWA 4J5JA 3O9BA 4OD9A 1HWRA 5OYSA 5P81A 1SIPA 2WECA 3L59A 2QI4A 4AZYA 1APWE 3IA9A 4OBDA 4Y3QA 4D83A 9HVPA 4ER1E 5IVSA 1K6VA 5P7HA 3CIDA 2HS1A 5OZUA 5P69A 2IKUA 1QBSA 1FFFC 5DQ2A 5P3PA 2ER7E 5P2YA 4FS4A 4LL3A 1HIIA 4KUPA 1FB7A 4E43A 5P6KA 1Z1HA 3LHGA 3QVIA 5OZHA 1GVUA 1TQFA 3HDKA 2AZ8A 4RYCA 3U71A 3SA4A 4GJ8A 3D1ZA 6UPJA 1OEXA 5P0NA 5P6IA 1ZJ7A 1K1UA 3BVAA 5ISJA 5P3JA 4I10A 2EWYA 4GMIA 1LEEA 4EJKA 4ZE6A 5DR8A 2F3FA 2G1OA 3KN0A 3OADA 3O9GA 5P16A 5P6ZA 3SABA 1EC3A 2VA6A 3A2OA 5P2RA 1D4KA 5P8UA 1YTHA 5P0XA 3NLSA 4I0JA 1D4JA 4L1AB 2FXEA 1FEJC 2I4WA 4LXMA 4FCOA 4LBTA 5P26A 1LYAA 3LIQA 4B77A 1NPWA 5ENKA 4AMTA 5KOQA 4DJPA 3WB5A 1AJVA 5P7NA 2FGUA 2I4QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3W A;  5P6E A;  5PEP A;  2BPW A;  3FNT A;  3RU1 A;  1FMU A;  3PLL A;  3QRV A;  5E5J A;  4DQG A;  5DQ1 A;  3ECG A;  3SAA A;  3KFN A;  3APR E;  3D1X A;  4J1I A;  5AH7 A;  5ER1 E;  4YD5 A;  3D1Y A;  3QS1 A;  1MES A;  5P6U A;  1D4L A;  3UTL A;  3ZMG A;  1C6Z A;  2IQG A;  3KFP A;  1BDR A;  3IND A;  1LYW B;  3LIZ A;  4D88 A;  4DJX A;  5P2H A;  5P6P A;  3OQK A;  1YT9 A;  5P6G A;  3URJ A;  1T3R A;  2XFK A;  2FLE A;  5P71 A;  3NDX A;  5P1Y A;  3ZLQ A;  5P28 A;  5P5C A;  3LPK A;  5P78 A;  5P8S A;  3R2F A;  3LIV A;  4M8X A;  5P4A A;  5P1V A;  5AH9 A;  1YTJ A;  4Z4X A;  2P3B B;  3DV1 A;  3PB5 A;  5P02 A;  1HIV A;  1LS5 A;  4J1C A;  4JPE A;  4L7G A;  2JE4 A;  2VA5 A;  2BQV A;  2G24 A;  3PSU A;  5IVR A;  2OHR A;  2ZJL A;  4CPR A;  4RVJ A;  5P5Z A;  5DR4 A;  1PPK E;  3KMX A;  1SDT A;  2G1R A;  1A94 A;  7HVP A;  2AOJ A;  3SO9 A;  4Y5K A;  5I3X A;  2R43 A;  4FRK A;  1UPJ A;  1HXB A;  3O9I A;  5P5F A;  5DGU A;  5P40 A;  4EP3 A;  1HVC A;  4B1D A;  4MC1 A;  3SA3 A;  4Y5N A;  1FF0 C;  4BFD A;  2ZJM A;  4KE1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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