5OZTA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 40
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oztA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oztA01
3I25A 5P62A 2V13A 4HDFA 4XKXA 5P0NA 3CYXA 5AHCA 3LZYA 3NU3A 3ZKGA 4TRYA 4TVHA 5P7WA 1A30A 1BBSA 3BGBA 5P2KA 4DQBA 3OU1A 4IVTA 4HLAA 1QBUA 2PK5A 5P5OA 5P2BA 2VJ9A 1BILA 5OZDA 5P3HA 4Y5KA 5P5WA 2QI4A 5I3YA 1HVJA 1GVXA 2FXDA 4FLGA 3NXNA 1OD1A 5P3FA 5P27A 5IVSA 3TKWA 3OHHA 2BPXA 2I4WA 1MTRA 2I4UA 5P5ZA 5ENKA 2B60A 1HPXA 5P6RA 1PROA 5P0AA 1SH9A 5P7AA 2JXRA 4AUCA 4E43A 3ZKIA 5P3BA 7HVPA 5P3TA 4J0ZA 2RMPA 5KQFA 4FGXA 5OZSA 8HVPA 3H5BA 2ZDZA 1C6ZA 3CKTA 5SXNA 4TRZA 4EQ0A 5P7FA 2V00A 5P5NA 4WY1A 5P7LA 2AOJA 5P25A 5P4HA 3SA5A 2VNMA 1AJXA 5P0TA 5P5TA 3NXEA 3ZKNA 1HVKA 3CKPA 3URIA 5KAOA 5P2JA 3S56A 4I0ZA 3TOGA 1HHPA 4YBIA 5HE4A 2NNPA 4QJ2A 1FG8C 4CPWA 1YT9A 2QMPA 5OZCA 3ZL7A 4D8CA 4YBFA 1HBVA 5P0UA 5P5GA 2QMFA 4GJ7A 4APRE 4AZYA 4EJ8A 2VIEA 3QRSA 5P4KA 4Z2ZA 4Y5PA 4RZ1A 4Y4WA 1APWE 3DCRA 5P2VA 5P6FA 3VCMA 1AAQA 1YTIA 1VIJA 4LC7A 5C9BA 4Y4EA 3T7PA 1DP5A 4TRWA 1LF2A 5P4XA 1HWRA 5OZFA 3VSWA 4Y3QA 3BVBA 5P6AA 2AVVA 4Y50A 3MSLA 3H0BA 3HW1A 3LIYA 5P19A 1XE5A 2R5QA 4RVXA 4ZSRA 1QRPE 5P8FA 1K6VA 1C70A 5P3WA 4Y5MA 4DPFA 4Y4DA 3OXVA 1QBSA 5P5HA 1M0BA 1IZDA 3OAGA 2VA5A 3T3CA 2F81A 5P0CA 4DJXA 1EEDP 3UDNA 5P56A 3PVKA 4AA8A 1MRXA 4CPRA 2QD7A 3U71A 5P81A 5SY2A 5HDXA 3VSXA 1HTGA 4JOOA 1LF3A 4J17A 5P1GA 5P68A 5P74A 5BS4A 4Y37A 1K6TA 3NDTA 4Y3LA 5P1WA 5P0FA 1SGUA 5OZYA 5P24A 5P4OA 5P3IA 3DK1A 4DJQA 1YM2A 1DAZC 4WTUA 1D4JA 5P1PA 4Y4JA 2F3EA 3KT5A 2OHPA 4Y5BA 3D1ZA 4FRKA 1HPOA 4Z22A 4F73A 1BDQA 5OZQA 1AZ5A 4RGHA 5P7BA 4GJ6A 4NJSA 2P4JA 2NMZA 4I0GA 4RVJA 1B11A 3PMYA 3Q6YA 3OADA 4Y45A 3UDYA 4XX4A 5P0LA 5P0RA 4OBZB 1ZSFA 2QD8A 1FFIC 5P6YA 3WSJA 4RRNA 3EC0A 2IGXA 1IDBA 4MC2A 2R43A 1HIIA 5P5KA 3R0YA 4IVSA 4Y3FA 4GJAA 3S2OA 3VYDA 1FB7A 5P17A 2BBBA 3UQXA 3WZ6A 4B70A 4Q1XA 2BJUA 5P04A 5ENMA 4Y3WA 4M8XA 4YOAA 2NNKA 3T6IA 2QNNA 3O9AA 5P39A 3ER5E 1K1UA 3OQKA 2WEAA 4H3FA 4COEA 1LEEA 5P5FA 3DOXA 6FIVA 4PYVA 3PHVA 3OU1B 3SKFA 3ZPSA 5P58A 3WZ7A 4ER2E 4D83A 1AXAA 3EKWA 1FQXA 5P6GA 5ISKA 3D3TA 9HVPA 5P0ZA 4Q5MA 5JFUA 5OYWA 5P3RA 5P6SA 5P1ZA 3S43A 3PSGA 3LNKA 1M4HA 1EBWA 5AGZA 4RRSA 5P07A 2JE4A 4ZPEA 3NDXA 3O9BA 1FG6C 5P4IA 2PSGA 3S85A 3UTLA 2AVSA 3NLSA 5ISJA 5P8QA 1APUE 1A8GA 5AHBA 4DQEA 4I0HA 4J0VA 2RSPA 1K2CA 5P7OA 2ZHVA 5OZBA 5P5PA 4L7GA 1SBGA 3BUGA 5P0HA 1DIFA 3EKPA 3OOTA 4HZTA 4QJAA 2WF3A 3TLHA 4MC9A 2G24A 5P0MA 5HE7A 7UPJA 1ZPAA 3N3IA 3EMYA 5I3XA 5OYVA 5P49A 3GGVA 3O9GA 4Y5EA 3R1GB 5P8OA 4DQGA 1MESA 1MSMA 4FM8A 3UDJA 1ZSRA 4DJVA 5OYZA 4I12A 3QBHA 3O9CA 6UPJA 2QD6A 3SM2A 4H3JA 2H6SA 5P4EA 1F34A 1FF0C 5OZPA 4NPUA 5P8GA 1GVVA 1UH9A 2QNQA 3ZPUA 3PB5A 3L5EA 1LV1A 3VFAA 3GGXA 4YDFA 4RCEA 5P06A 3TTPA 5P0DA 3PRSA 1FQ7A 1E5OE 4Y35A 2Q63A 3CYWA 4J0TA 4U7VA 3ECGA 3PSUA 2ZJIA 2ZYEA 4PPHA 2XYFA 4J1FA 2J9JA 4DJWA 2V16C 5P3QA 1CPIA 2VIZA 4J0YA 1HXBA 1FQ6A 3TNEA 2AQUA 4ACUA 5P48A 1LF4A 2V10C 3OU4B 3EM3A 1GNNA 1EC1A 4ZPFA 5P14A 3RTHA 1IBQA 3HVGA 1APTE 3N4LA 1MPPA 1RV7A 3TH9A 5OZOA 2XFIA 1Z1RA 3CIBA 5P2QA 4X7IA 4DJRA 2NXLA 3NU4A 3EM6A 5P7PA 1T3RA 5OZZA 4JECA 1IIQA 5HTZA 2UPJA 3NU5A 3IA9A 3NU9A 1W5XA 4RLDA 5OZ2A 3PLDA 4EXHA 3KFNA 3URJA 3ST5A 3KA2A 5SZ9A 3IN4A 4GIDA 3MXEA 2AOHA 3QVIA 5P02A 4B78A 5P51A 5P6XA 3RVIA 4EP2A 1HEFE 3KN0A 1ZTZA 1BXOA 4B0QA 2V11C 5SY3A 5P1DA 5P7CA 2FDEA 3PBDA 2QHYA 5OZNA 1DMPA 3S45A 2R5PA 3D20A 2ZJLA 5P3YA 3I8WA 1TZSA 2FS4A 5OYYA 5ER2E 4EHCA 3MSJA 5P3EA 5P3OA 4N00A 3UHLA 2OHKA 1D4YA 4ZSMA 2P3BA 4Y3NA 3CKRA 5P7UA 4Y57A 5DQ5A 4DI2A 3FNUA 4MC6A 3VFBA 3OHFA 4GJ5A 2G1RA 4Y5CA 1ZAPA 1HVHA 5P0BA 2F80A 1NPAA 2J9KA 5P37A 5DGWA 5P3UA 5P1OA 3FKTA 4Q1NA 3U6AA 4Y3PA 5P00A 4B1EA 5TOLA 4Q1WA 2Q64A 5P2OA 3PCWA 4B72A 3OXWA 4GJBA 4GJ9A 1UH7A 1IZIA 4DJPA 3UQPA 4ER4E 5P7TA 3MXDA 1FIVA 3R0WA 3PI5A 4Y4UA 5OYRA 1C6XA 5P1IA 4K4RA 3SKGA 4D88A 5DQ1A 3D1XA 5P22A 3K5CA 2WHHA 3O9FA 4U7QA 2G26A 2FGVA 5OZAA 3EL0A 5P8RA 2VA6A 4EPJA 4H3IA 5P6PA 4YCKA 1NPWA 2UXZA 2R9BA 4Y3TA 3WB5A 2IGYA 5P1FA 4Z4XA 1W5YA 2QK5A 4HE9A 3R4BA 1FQ8A 4DH6A 3LIQA 1B6KA 2VNNA 3VUCA 5P2IA 4XX3A 3BXSA 1W51A 3SPKA 3HVPA 1G0VA 1ZBGA 1ZPKA 3KT2A 5P4NA 3SM1A 4Y38A 4YD3A 3FV3A 3QROA 2OF0A 3VV8A 5AH7A 5OZ0A 2B8LA 3VF5A 3TL9A 5OZLA 2G21A 3T11A 1T6GA 3LIXA 4NJVA 1FEJC 2IEOA 4YCYA 5P8CA 1EBYA 1D4LA 5P6BA 2PYMA 4BFDA 3LPKA 5P3AA 2Q3KA 4EWOA 3LZUA 2O4LA 2WEBA 3L5DA 5T4SA 4DV9A 5IVRA 5P1XA 5P5BA 1AIDA 1W50A 5P5DA 2NXDA 2O4PA 5P1SA 5P0SA 3PWMA 3LITA 1META 2ZHTA 4RYCA 1SDTA 5P3NA 3SLZA 5P0QA 2R3TA 5KR2A 3SA7A 5P8KA 4LAPA 1ZP8A 1E81E 1NH0A 5C9FA 5P11A 2VIJA 3VV7A 2PSVA 4B05A 3PBZA 2HS1A 2OHMA 3INHA 1KJHA 4JP9A 2RKFA 2AOIA 3IXKA 2ZHRA 1EPQE 2WF2A 4J55A 4NPTA 5P7IA 1B6JA 1FQ5A 1ODYA 4J5JA 6APRE 2I4VA 2FNSA 1XS7D 4Y3ZA 3BRAA 1PPKE 1OEWA 4Y58A 5OZ9A 2J9JB 4OBHA 5KR1A 1NPVA 3WB4A 5DGUA 1MUIA 3DV1A 5P30A 3OY4A 2B7ZA 2PWCA 2A1EA 5OZ1A 2AOGA 4FAEA 5AH8A 5P2XA 1AJVA 3A2OA 1G6LA 4B1CA 3BVAA 5OZJA 4Y3MA 1HVLA 1EAGA 2VKMA 3LZVA 5P4CA 3F9QA 2ZHUA 1K6PA 2P8HA 3OQFA 1BWAA 3OGPA 2IKOA 2QMGA 5P7DA 1GNMA 5P1KA 5P3PA 2HIZA 5OZWA 1BXQA 3ZKSA 1PPLE 4L7JA 3U7SA 5JG1A 1HVRA 4Y44A 3OU4A 4LXAA 5OZXA 1B6LA 5P72A 4TVGA 3APRE 5P2RA 4DPIA 3L5CA 2R8NA 2PC0A 2PH6A 3RSVA 3KDDA 2HPEA 4I8WA 3NDWA 2BPVA 5HDZA 5P79A 2AODA 4LL3A 5P2YA 4HDPA 2NTRA 5P8PA 3SABA 5B18A 2P3BB 3DJKA 3I7EA 2WECA 3SQFA 2FNTA 4B00A 5P76A 5P52A 1E82E 4B77A 2AOCA 3UFNA 1IZHA 4QJ7A 3ZPTA 1RL8A 5P7ZA 5EZZA 5P01A 3MWSA 4NKKA 3K5FA 2G1YA 1ODXA 3M9FA 2P3AA 5OZ8A 5P64A 1HEGE 4F74A 5I70A 1EC2A 1W5VA 4AMTA 2FGUA 1TCXA 4Y3SA 2AVOA 4D89A 5P5RA 3O9LA 3KF0A 2FDDA 2F3FA 2Q15A 5P7XA 1KJFA 4HVPA 5P1EA 3SA6A 1MIQA 5P3LA 4S1GA 4PHVA 4R92A 5IVQA 1XE6A 2FXEA 3HAUA 3DM6A 5P6QA 1EBZA 1EPRE 5P4BA 2HPFA 5DPZA 3EL1A 4EXGA 2APRA 1KZKA 5P4QA 1BV9A 2JYSA 2XYEA 4NJTA 2QI0A 5P89A 3OQAA 4RCDA 5OYTA 2BKTA 5P32A 3OGQA 1EPME 4A4QA 1EC3A 3KMXA 5P7EA 5KQYA 5P73A 4Y3HA 3FSMA 5P5JA 2IKUA 5P0WA 5P82A 3QN8A 4JPEA 2PH8A 4Z50A 5P2HA 4EYRA 4FS4A 2PK6A 3IAWA 3T7QA 1TSQA 2G1SA 1XN3A 1YTHA 4J1HA 5P4YA 2QHCA 1LYAB 5OZIA 3VF3A 1DW6C 4YD5A 4EJKA 5P75A 1BDLA 5P2TA 5P1RA 5I3WA 4OD9B 4Y36A 5P3GA 5P8MA 2AOFA 2ZJHA 4QLHA 4Y4GA 3RTMA 1D4KA 4Q1YA 1IZEA 1HPVA 5P1VA 5P6EA 3CIDA 4Y47A 5C9DA 1T7KA 2B8VA 3O9DA 3TPRA 5P0PA 2PWRA 2ZGAA 4F75A 1ENTE 1AVFA 1WBMA 4Y5AA 1T7IA 1MSNA 1QBTA 3O9IA 1PSOE 1OHRA 5P77A 3QRMA 3S53A 5P87A 2QI6A 3L58A 4Y3YA 5OZMA 1EPLE 1XL5A 2QI1A 3JVYA 5P47A 2FLEA 1D4SA 4H1EA 5P31A 4F76A 3C9XA 3INDA 1K1TA 5CLMA 3ZKXA 1HTEA 4YD7A 5P26A 3NR6A 1TCWA 5P20A 2OHQA 4DFGA 2NMYA 5JFPA 4J1CA 3GGUA 5P4ZA 2B7FA 3LINA 3BUFA 3SAAA 2G20A 2ZHSA 3TOHA 1PSAA 4HA5A 3UCBA 5P69A 1RQ9A 3UFLA 5P8EA 2WJOA 1D4IA 5CONA 1MT7A 4Y4TA 5P4FA 3L3AA 4CPTA 3VYEA 5P2MA 3OU3A 4Y51A 3IXJA 2CENA 5DR4A 5P4SA 3Q70A 1KJ4A 3UDHA 3EKQA 4FRIA 3KFRA 2AZBA 2NXMA 3SA3A 3PSYA 5P4RA 5P05A 4KE0A 3VF7A 5P28A 1A8KA 5P6NA 3G70A 5P88A 4Y4ZA 5IS4A 2O4NA 3O9HA 5OZ6A 3DUYA 4FCOA 3LPJA 1FLHA 5P6KA 4MC1A 3PCZA 4OBFA 3HDKA 5AHAA 4YE3A 3RTNA 2UY0A 5P4UA 2ER7E 4LXMA 4ZSPA 5P40A 4ZPGA 1B6PA 5P83A 2EWYA 1LYBB 5P2NA 4D85A 1RPIA 4R95A 4A6CA 1ER8E 1MEUA 4R91A 5P1MA 3EL4A 3L5BA 3LZSA 4ZIPA 3NUOA 3UQUA 3UF3A 2QHZA 3DV5A 3OOZA 1LYWA 4DJYA 5DR1A 3I2LA 5P8HA 3S8IA 4FIVA 3NUJA 1HOSA 4QJ9A 1MRWA 1GVWA 2VA7A 3VYFA 3Q3TA 3S54A 4FM6A 2FDPA 3O9LB 5P7NA 3LIZA 4EJLA 5P8IA 5KOQA 4YD4A 1ME6A 5P4PA 1GNOA 2ER6E 3PWWA 5UPJA 1B5FA 2P83A 4DQCA 4OBDA 2Z4OA 3HLOA 1BVGA 5P2AA 1G35A 3OK9A 1PPME 2OHUA 2ZE1A 4QJ6A 4ZE6A 2IENA 3MSKA 4I1CA 1C6YA 1MERA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3I25 A;  5P62 A;  2V13 A;  4HDF A;  4XKX A;  5P0N A;  3CYX A;  5AHC A;  3LZY A;  3NU3 A;  3ZKG A;  4TRY A;  4TVH A;  5P7W A;  1A30 A;  1BBS A;  3BGB A;  5P2K A;  4DQB A;  3OU1 A;  4IVT A;  4HLA A;  1QBU A;  2PK5 A;  5P5O A;  5P2B A;  2VJ9 A;  1BIL A;  5OZD A;  5P3H A;  4Y5K A;  5P5W A;  2QI4 A;  5I3Y A;  1HVJ A;  1GVX A;  2FXD A;  4FLG A;  3NXN A;  1OD1 A;  5P3F A;  5P27 A;  5IVS A;  3TKW A;  3OHH A;  2BPX A;  2I4W A;  1MTR A;  2I4U A;  5P5Z A;  5ENK A;  2B60 A;  1HPX A;  5P6R A;  1PRO A;  5P0A A;  1SH9 A;  5P7A A;  2JXR A;  4AUC A;  4E43 A;  3ZKI A;  5P3B A;  7HVP A;  5P3T A;  4J0Z A;  2RMP A;  5KQF A;  4FGX A;  5OZS A;  8HVP A;  3H5B A;  2ZDZ A;  1C6Z A;  3CKT A;  5SXN A;  4TRZ A;  4EQ0 A;  5P7F A;  2V00 A;  5P5N A;  4WY1 A;  5P7L A;  2AOJ A;  5P25 A;  5P4H A;  3SA5 A;  2VNM A;  1AJX A;  5P0T A;  5P5T A;  3NXE A;  3ZKN A;  1HVK A;  3CKP A;  3URI A;  5KAO A;  5P2J A;  3S56 A;  4I0Z A;  3TOG A;  1HHP A;  4YBI A;  5HE4 A;  2NNP A;  4QJ2 A;  1FG8 C;  4CPW A;  1YT9 A;  2QMP A;  5OZC A;  3ZL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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