5OZWA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 43
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozwA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozwA01
2PC0A 4Y3XA 4CPUA 1ODXA 1EPOE 2BJUA 1EC2A 4XX4A 5EZZA 5KQZA 5P0SA 3HVPA 2CENA 5P3IA 1E81E 3OOZA 5JFPA 5DGWA 4DJRA 1RQ9A 2I4XA 4GJ9A 5P4BA 3OAGB 5P1EA 4GYEA 4EJ8A 5P79A 3JW2A 4Y9WA 2ZHTA 1YM4A 4HDFA 4YD7A 5P71A 1FG6C 1SDVA 4Y4ZA 5P57A 4DJQA 2QI4A 3NU6A 5P6NA 4IVTA 3CMSA 1U8GA 5P15A 2Q55A 2AOGA 5P20A 4RZ1A 5OZ5A 5OYVA 3UDJA 4DQGA 4B72A 6UPJA 1SH9A 5P2OA 1TW7A 3VG1A 2QHYA 1BDLA 2WHHA 5OZOA 4PZWA 2AVQA 1W6HA 5P7YA 5P4KA 1MERA 1HRNA 2O4LA 3VFAA 1LEEA 2AVOA 5P4OA 3INHA 4Z22A 5P5SA 1A8GA 4CPWA 2OHMA 5P7XA 3EM6A 5P48A 5P0XA 5P3OA 3KT2A 4JECA 4I0FA 2QI6A 3NYGA 2WF0A 3K5CA 4I0JA 2BKTA 3PMUA 1LYWB 4Y53A 1FQ8A 1HBVA 4YOAA 5OYTA 5SZ9A 3TLHA 4R8YA 5JG1A 5CLMA 5DR3A 5ISKA 4LXAA 1Z1RA 5P4JA 5OZ2A 4QJ9A 3L3AA 2AOFA 5JODA 3ZKGA 4ACUA 5P8NA 3DM6A 5P3TA 2OHQA 4B1EA 2OF0A 1ODWA 3PBZA 5P81A 4F73A 4FSEA 3K5GA 4FM6A 5P4UA 3KM4A 5P52A 4J1EA 4PZXA 1K1TA 4FRJA 3VSXA 5OYUA 4B05A 2QNPA 3O9BA 3O9FA 2AZBA 2HS2A 3OU1B 4Y37A 1J71A 5P26A 3CKTA 5P5KA 5P3SA 4DJYA 3G6ZA 3LPJA 1AJVA 1LYBB 1W50A 4Z50A 3PB5A 4MC2A 5P5MA 2ZJMA 2QP8A 3OUDA 4Y3YA 1LF3A 2R43A 5P8JA 1MT8A 1BVGA 4RVJA 5AHCA 3H5BA 5P42A 2IENA 4Y54A 2HB2A 1BIMA 3KDDA 3PLLA 5P49A 5P6QA 5P63A 5P7UA 5P31A 2PYNA 1APUE 3NDTA 5P7DA 1YTHA 1AAQA 3S43B 5P6DA 5AHAA 3AUPA 3RU1A 3O9CA 1AVFA 5P1NA 5UPJA 5OZAA 3R4BA 1XE6A 2MIPA 5P47A 4L7GA 4XXSA 1QBSA 2PSGA 5IS4A 3D1XA 2F3KA 3KYRA 5P5XA 1Z1HA 1WKRA 1E5OE 4Y3SA 1GNOA 1HPXA 2JE4A 5P8PA 1HVRA 3KDCA 3SA8A 5P78A 2P4JA 2V10C 5P1UA 5OZ6A 5SY2A 2OHPA 3BGCA 1FB7A 1BDRA 3PLDA 3GGVA 1CPIA 5P7KA 3TOFA 3OK9A 3S7MA 2F3FA 1GKTA 1MTBA 3S45A 4TRWA 2G20A 2ZYEA 5P7HA 5P3JA 2OHUA 5DR8A 4YHQA 5P3EA 5P3MA 2AVMA 4GJ5A 4DFGA 4Y5LA 5SXNA 5P2JA 4Y3EA 4JP9A 3ER5E 5P5QA 4Y48A 4H3IA 3I25A 1T7JA 2OHLA 5P3LA 4NKKA 4L1AB 1C70A 5P2BA 4K9HA 3LIYA 4OC6B 3EKTA 1M43A 4NJSA 3OHFA 4OBHA 4F76A 2A1EA 5P8GA 2AQUA 2Q64A 2VNMA 1PPLE 4RVIA 3PMYA 4RRNA 5P05A 3L5EA 5P3RA 4Y45A 1SIPA 4RLDA 5P67A 4HDPA 3L38A 4KUPA 1LYAB 5P00A 1OD1A 1KZKA 5P75A 5ISJA 3SM1A 1DMPA 4Y4DA 5I3YA 3K4VC 4B78A 3QPJA 4EPJA 4L7JA 5P7ZA 1GVTA 3OTSA 5P01A 5IVRA 1IDBA 3URIA 3PWMA 3S2OA 3VV7A 3PCWA 4Y3RA 4OBFA 4I1CA 2QMFA 4Y5KA 2G1SA 3D1YA 3INEA 1HVHA 3L58A 3RTMA 2P3AA 3DJKA 3URLA 2PH6A 5DGUA 2F8GA 4Y3GA 4CPTA 5B18A 2F81A 5IE1A 3QP0A 5P2KA 4APRE 5P6TA 3HDKA 1HVLA 3EL0A 5P6BA 3JVYA 4Y58A 5DR4A 5P87A 5P3CA 3QVIA 1CMSA 3IXOA 4MC6A 4BEKA 2PSUA 5P8HA 1HTEA 2PK6A 5P77A 5P1TA 5P4LA 5P0YA 3VLAA 1GNNA 4FL8A 3FNTA 5P65A 5P4PA 1SP5A 5P6VA 2V13A 5P1WA 5P5YA 3OU1A 5OZUA 2WKZA 3ZKXA 5E5JA 3OHHA 4EWOA 5P34A 3NUOA 1FQ5A 5P3AA 5P51A 5P1CA 5TOLA 3Q3TA 1LYBA 2V11C 2R3WA 4D89A 3MXEA 4NJUA 1HVSA 1LF4A 2WEDA 7UPJA 5DQ1A 3WB4A 1G6LA 2ZJHA 1RNEA 4YDGA 4OD9B 4AA9A 4B77A 5OZDA 1EBWA 2FLEA 1W6IA 4FIVA 3BC4A 5P7QA 5P2LA 5P4DA 1DW6C 5OZBA 3PWRA 5P54A 5KOSA 2G94A 4D8CA 5P7GA 4LP9A 2J9KA 3S43A 2FIVA 3RSXA 4QJAA 9HVPA 2JYSA 5P3BA 4L6BA 2NXMA 4FGXA 3OQKA 1FQ7A 3UHLA 5P6MA 1XN3A 1APWE 5P82A 4ZPEA 5P45A 5P6UA 3VLBA 5I3VA 3HLOA 3JVWA 5I3XA 3IN4A 5P6AA 1BDQA 3T7QA 2I4UA 3UDPA 4K4RA 5AH7A 4RYGA 2IRZA 4H3GA 4FAFA 3KF0A 3NDXA 5APRE 3OUDB 4FCOA 5OZPA 5KOQA 3KFRA 3Q6YA 1EPQE 5P5CA 3GW5A 4QJ2A 3NUJA 5CONA 4Y35A 3GGXA 3LZYA 3OQDA 4Y4XA 3SAAA 2VJ7A 2B7ZA 1RL8A 4Y57A 4J54A 5P4TA 4NJVA 1APTE 3EKVA 5P4EA 3BUGA 5P0RA 3SA6A 2HPEA 4DI2A 1BWAA 4YD3A 3KFSA 2O4KA 3N4LA 4Y39A 5P72A 2PYMA 5P0DA 5P5IA 3OU4B 4DPFA 5HDXA 1ENTE 2Z54A 5P3XA 5P5UA 5P5TA 4YOBA 4J17A 1EPME 4EP2A 4DUSA 4Y4BA 4L1AA 1BV7A 5OZGA 2WF1A 1FMXA 4FRSA 6FIVA 4HDBA 5P4RA 1OEWA 4LAPA 2WF4A 5OZ0A 3OUCA 3D1ZA 5P1LA 5OZJA 4Y3ZA 2HPFA 1HPSA 3OXWA 1QRPE 3EM3A 4GJ7A 5P1HA 5P18A 3PVKA 1F7AA 2IEOA 1YTIA 3O9IA 4A6CA 4CPXA 2AZCA 2SAMA 4Y4WA 5P55A 5P7OA 3TNEA 1KJHA 1LYAA 2FNTA 4YDFA 1KJ7A 3NR6A 3QI1A 5P3DA 4I0DA 5P8AA 1HPOA 3GI0A 5DQ5A 2IS0A 3L5DA 3ZMGA 1HXWA 1D4JA 2QI0A 1W5WA 4TVHA 1FQ6A 4A4QA 4BELA 4I0IA 5HDUA 5KR2A 4DH6A 3PEPA 3O9EA 2ZHVA 3VYEA 5P8TA 4R93A 4DJWA 1ZSRA 4Y4JA 1HXBA 3L59A 4ZLSA 5P8CA 2G26A 5P7AA 1ZPAA 2H6SA 4Y3TA 5KAOA 3OADB 1VIJA 5P58A 4EXGA 3OY4A 4Y5CA 5P61A 2P3BB 3S53A 2RENA 4JPCA 3VF5A 5P8IA 5OYRA 1QBTA 5P1GA 2F80A 3NWXA 2I0AA 5P6JA 5P7MA 4GJ6A 1FEJC 3BUFA 4J0VA 4Y5NA 4RVXA 1SDTA 4TRYA 5P5DA 3VFBA 2ZJLA 1BAIA 3WB5A 1LS5A 1AJXA 5P14A 3NDWA 5P8DA 1KJ4A 1HVCA 5P0NA 1EC3A 5P8FA 4CKUA 3EM4A 4YCYA 2HM1A 1K1UA 3LIXA 3OXXA 4Y5AA 1VIKA 2Q11A 5P02A 3PHVA 5P4XA 2P3CA 5P6ZA 5P6YA 4RRSA 5IVTA 3EL1A 2UPJA 4BFBA 4Y44A 1AM5A 5P23A 5P0TA 3S8IA 2BPYA 1RV7A 2QI3A 3MSJA 1B11A 4OD9A 5P8RA 3BVBA 2I4QA 3APRE 5OZVA 5P7RA 5P60A 2HC0A 5P19A 2G69A 4J1IA 4J0PA 1G2KA 1D4LA 5P4SA 5P0UA 4GJCA 1B6MA 4R95A 5P6SA 3LNKA 4Y3WA 3VUCA 1G0VA 4Y4EA 5T4SA 5P43A 1HVJA 1GNMA 3K4VA 5P7SA 1C6XA 3EKXA 5P3YA 5P5VA 2ZDZA 4L7HA 2QD7A 1XDHA 5AHBA 5P2GA 5DR7A 3URJA 5OZFA 4Y4AA 2G21A 5P0CA 2QNNA 1HWRA 5P6RA 3TPRA 3UF3A 1TCWA 5OYYA 5OZHA 5P8BA 3A2OA 4F75A 1HEFE 4GZFA 1SDUA 4FS4A 4QJ6A 3CIBA 1HOSA 2WEZA 3D20A 5P10A 1XL2A 5OZRA 5P4CA 1QBRA 2HIZA 2Q15A 5P5NA 5P41A 3N3IA 1FKNA 1KJFA 1PPME 5E5KA 4D88A 3H0BA 3VYDA 1GVWA 1G35A 3UDRA 5P25A 1MUIA 5P2UA 5HVPA 4Y47A 4Q1NA 2VIEA 3SA9A 2BB9A 3ZKIA 5HD0A 3OU4A 1Z8CA 1W5YA 3VV8A 3L5CA 3WSJA 3SABA 4DJUA 4EJKA 2APRA 2I1AA 4GJBA 1MVPA 3HZCA 1SGUA 2VJ9A 5COKA 5OZCA 5P6WA 1HTRB 3QN8A 5P1FA 1NH0A 2OHTA 2RKFA 3QS1A 4LL3A 3C9XA 2XYEA 4B1CA 5HCOA 5P3QA 5P27A 2FNSA 1FLHA 3KT5A 2O4PA 3U71A 4ACXA 3CKRA 4CPRA 3INFA 3DCRA 5OZZA 4H3FA 3R0WA 3T6IA 2QZKA 5P70A 4HVPA 4LXMA 4CPQA 3ECGA 5P7PA 3NU3A 3UDHA 5P06A 5P7JA 1A30A 3EKYA 1W5XA 2AZ8A 3LIQA 5P4IA 2NMZA 2I4VA 3WZ7A 1E82E 3LZSA 3QRVA 5P7TA 3SA7A 4J1CA 5P4FA 3BHEA 1FGCC 5OZIA 3R1GB 4RGHA 2WL0A 4DPIA 4QGIA 2ZGAA 5P2AA 3SO9A 5P2CA 4J55A 4Y3PA 4RYCA 5P85A 4XKXA 1AIDA 1GVVA 1BV9A 1T7IA 1SIVA 3OADA 5BRYA 2B8VA 1IZHA 5ENMA 4X2LA 2QD8A 2B7FA 5P0AA 2F3EA 2P3BA 3OQAA 2R3TA 1EPNE 5P1JA 3GGUA 1B6JA 3S56A 1WBKA 5P8UA 5P16A 2NNPA 1MTRA 3IXJA 2QAKA 1ZP8A 3FKTA 4YCTA 5P13A 5P64A 5OZYA 2R5PA 4PHVA 5P5HA 3O9AA 3FIVA 4X7IA 1YT9A 1PSNA 5P2IA 1EPLE 3DOXA 1PROA 3R0YA 5KR8A 4J1KA 1BBSA 2QZWA 4HLAA 1K6CA 5P4MA 5P1QA 2PK5A 4RCFA 5OZWA 1QDMA 5P1AA 3T11A 4KB9A 1FF0C 3SM2A 2ER7E 2V00A 3BVAA 2UXZA 3OOTA 5P74A 3L5BA 1JLDA 4JPEA 5P2SA 1HEGE 2ER0E 3DUYA 3SQFA 1OHRA 2QU2A 3PBDA 3APPA 2G22A 4HA5A 5OZMA 3D91A 2NPHA 4OBZA 4ZPFA 3ZL7A 3TOGA 3RVIA 2BPVA 5P1MA 2OHSA 1FFFC 2EWYA 2VKMA 3INDA 3TPPA 1A9MA 3TPLA 3NXNA 1ZLFA 5F01A 5P8VA 5P6FA 5P40A 4EHCA 4DQBA 1YM2A 2CEJA 2G24A 3HW1A 5P4VA 3R2FA 3LIZA 4J0TA 5P7WA 1K6PA 5P84A 1MPPA 5HDVA 4MC1A 4XX3A 4WTUA 2QI5A 1F34A 5IVSA 5P22A 4LHHA 3KA2A 4DJPA 2G1OA 4ER2E 5P50A 3UDQA 3ZKNA 3UDNA 1MIQA 3UQUA 5P73A 3CICA 3M9FA 5HU1A 1ZJ7A 1K6TA 5DQCA 1FIVA 2OAHA 2OHNA 3OXVA 5P29A 1HIIA 5P5AA 2AIDA 3DCKA 5OZ3A 3KMYA 1DAZC 3PGIA 5P6PA 4PYVA 5P04A 1IVQA 5P3KA 3EBZA 3KFNA 3B7VA 3K5DA 2Q54A 5HDZA 4B1DA 2WF2A 3CYXA 1IZDA 1DP5A 2QMPA 2QK5A 1HTGA 5P3VA 3ZPTA 3NU5A 3VCMA 4Y5BA 4D85A 3NXEA 2QZXA 5P4ZA 5P6IA 1M4HA 5P4AA 5P59A 4J0ZA 5DQ2A 5AH9A 2I4WA 3PSGA 2IKOA 4FM8A 1YG9A 2P3DA 5P0PA 2B42A 4Y43A 1YTGA 5P0HA 3TL9A 4Y36A 3HBOA 1MEUA 1EPPE 3OU3A 3LZUA 1LF2A 4YD4A 4Y3DA 1EBYA 4F74A 2G1NA 1UH7A 5P03A 2RKGA 2P8HA 3LHGA 2PH8A 3S85A 5P5BA 1N49A 4Y51A 1MSNA 5P4YA 2XFJA 3ZPSA 2P83A 5P0ZA 3GI5A 5P7CA 4R91A 3UQXA 3AIDA 3QBFA 5P1XA 1MT7A 1TSQA 1HTFA 2Q3KA 4DQCA 2HB4A 3Q70A 2XYFA 5P2QA 3ZOVA 4Y3AA 5P86A 4QJ8A 6APRE 4DQEA 3PJ6A 1NPVA 5P32A 3ZPUA 4Y50A 5P4GA 5I3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PC0 A;  4Y3X A;  4CPU A;  1ODX A;  1EPO E;  2BJU A;  1EC2 A;  4XX4 A;  5EZZ A;  5KQZ A;  5P0S A;  3HVP A;  2CEN A;  5P3I A;  1E81 E;  3OOZ A;  5JFP A;  5DGW A;  4DJR A;  1RQ9 A;  2I4X A;  4GJ9 A;  5P4B A;  3OAG B;  5P1E A;  4GYE A;  4EJ8 A;  5P79 A;  3JW2 A;  4Y9W A;  2ZHT A;  1YM4 A;  4HDF A;  4YD7 A;  5P71 A;  1FG6 C;  1SDV A;  4Y4Z A;  5P57 A;  4DJQ A;  2QI4 A;  3NU6 A;  5P6N A;  4IVT A;  3CMS A;  1U8G A;  5P15 A;  2Q55 A;  2AOG A;  5P20 A;  4RZ1 A;  5OZ5 A;  5OYV A;  3UDJ A;  4DQG A;  4B72 A;  6UPJ A;  1SH9 A;  5P2O A;  1TW7 A;  3VG1 A;  2QHY A;  1BDL A;  2WHH A;  5OZO A;  4PZW A;  2AVQ A;  1W6H A;  5P7Y A;  5P4K A;  1MER A;  1HRN A;  2O4L A;  3VFA A;  1LEE A;  2AVO A;  5P4O A;  3INH A;  4Z22 A;  5P5S A;  1A8G A;  4CPW A;  2OHM A;  5P7X A;  3EM6 A;  5P48 A;  5P0X A;  5P3O A;  3KT2 A;  4JEC A;  4I0F A;  2QI6 A;  3NYG A;  2WF0 A;  3K5C A;  4I0J A;  2BKT A;  3PMU A;  1LYW B;  4Y53 A;  1FQ8 A;  1HBV A;  4YOA A;  5OYT A;  5SZ9 A;  3TLH A;  4R8Y A;  5JG1 A;  5CLM A;  5DR3 A;  5ISK A;  4LXA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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