5OZYA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 45
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozyA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozyA01
4Y50A 5P26A 3EKYA 3UF3A 2IRZA 5P6TA 1FQ6A 3O9CA 3UPJA 5IS4A 5P7FA 2WEZA 2QK5A 1RNEA 5P4JA 3OQAA 4U7QA 6FIVA 4DQGA 3TLHA 2G1SA 3APRE 3NWXA 2QI1A 1G6LA 4ZSRA 5P2IA 2B7FA 2NR6A 5P5GA 3SA3A 3LIVA 5P5TA 4Y3JA 4F74A 4KE1A 3UFLA 2P83A 5P63A 2B60A 2XYEA 1Q9PA 3T7QA 3PRSA 4DJXA 4OBDA 4GIDA 2O4LA 2ER0E 3EM4A 5P7LA 1A8KA 4Q1YA 5P8JA 1PSAA 5P0FA 1SDTA 1FFFC 1FQ4A 3KMYA 3O9AA 1CPIA 1ODXA 2O4PA 4QJ9A 1KJ4A 3L59A 4RYGA 3KDCA 5P5XA 5PEPA 2JJIA 1ZTZA 3KM4A 3R2FA 1LF4A 3ZKXA 4Y4JA 2HB3A 3FX5A 2PK5A 3EKQA 3RTHA 5SXNA 5P1SA 5P8BA 3EKTA 5P30A 3O9FA 5P1MA 5P3EA 1RPIA 5P2JA 4ZEAA 4J1EA 3PSUA 3KT2A 4LHHA 5P3JA 3O9IA 5P88A 5P0NA 1SIPA 3QVCA 1LF3A 3KYRA 2CENA 3KMXA 3R0YA 3NR6A 5P1FA 2NXDA 4Y4ZA 1G0VA 5P2BA 5P89A 5P4EA 4RVXA 3LZVA 2AVSA 1D4KA 4AA9A 5P7NA 1K6TA 5OZWA 4E43A 4RVJA 4K4QA 2WF2A 5P8PA 5HU0A 4I11A 1EPNE 1WBMA 2Q55A 5JODA 3G72A 3UDNA 4HDPA 1M4HA 4YCYA 5P4SA 1SDVA 1BIMA 4Y41A 5HDZA 5P3DA 4OBHA 2HPEA 3OXWA 2QZXA 4OBJA 2QI0A 1FMUA 4R91A 2F8GA 2O4SA 4JPEA 5DPZA 4YCTA 4BEKA 2FNTA 5P24A 1HEFE 2QNNA 5P3VA 5P8VA 4JP9A 2FXDA 1W5YA 1HSHA 3OQ7A 5OZ5A 3OQKA 4Y3EA 5OZOA 5COKA 4FRSA 3LPKA 5DR4A 1CMSA 2BKSA 3Q70A 5P2FA 1QBUA 4Y3AA 4CPUA 2OHQA 4EHCA 5P7RA 2ZHRA 1K1UA 4HZTA 4Y5PA 3PMYA 3KF0A 4OD9B 4LAPA 3OK9A 5P4PA 1EBWA 1D4SA 2R3TA 4BELA 4Y3LA 5HDUA 3HW1A 5P3SA 3LIXA 5P0WA 1TW7A 1TZSA 5P0ZA 5P7IA 4CPWA 5OYUA 4D88A 4EQJA 3PLLA 3KDBA 5AH9A 3URLA 5P4AA 2G26A 1MESA 2I4XA 4LC7A 5P18A 3OAGA 4S1GA 1K2CA 5P8HA 4J54A 1TSQA 3OU1A 1BVEA 4Y4XA 4OBKA 3BUGA 5P0EA 1HPXA 5P0XA 5OZXA 4WY6A 3Q4BA 1B6LA 2PWRA 3EL4A 4B1CA 3LITA 3DV5A 2Q63A 5P51A 4Y45A 3UDJA 5DGUA 3NXEA 4J1HA 5P27A 4M8YA 3S43B 4TVHA 1KJFA 3JVWA 5P8QA 1OD1A 1LZQA 5P29A 2R9BA 1IZHA 1FGCC 1WKRA 3SFCA 3DOXA 4HVPA 5OZYA 3OADA 4Y3DA 2NPHA 5P68A 4XXSA 2QP8A 2AOFA 3HZCA 3HAWA 5P5IA 3LPIA 1HPSA 5P5KA 1UH7A 3NYGA 2G94A 5FIVA 5P64A 1GNOA 5P8OA 3LIZA 4K4PA 1EPME 2ER6E 5P6FA 5P5WA 4CPRA 5P0DA 2PSUA 2I4VA 4Y36A 1WBKA 5AGZA 5P1EA 2QMFA 3EKXA 2OF0A 3NSHA 3TPLA 5OZIA 3QBFA 2P4JA 3WSJA 1MIQA 3IA9A 1BXOA 3TOGA 2ER9E 2WECA 5P4FA 5P65A 3S8IA 2PH6A 1D4IA 5HE4A 4Y9WA 5P8LA 1HRNA 3UDYA 3CYXA 3NUOA 1W5XA 3WZ7A 3EXOA 5C9DA 1APVE 4L1AB 1GVVA 3LNKA 5P1TA 1Z1RA 1AZ5A 3VF5A 3GW5A 1DP5A 3T7PA 2AOIA 1HHPA 4MC6A 2Q3KA 5P0UA 2NMYA 5P5BA 5P4OA 3PHVA 3QRMA 4CPQA 4EPJA 2V0ZC 4CPTA 4Z22A 3D91A 4DJPA 2FDEA 5P0YA 5P12A 3OU4B 3OXXA 5P0RA 3WZ6A 2WF3A 1T6EX 4I8ZA 1ZSFA 3NU5A 5P6LA 3HLOA 5P7SA 3GI0A 2AZBA 2QHZA 4ACUA 5P4BA 1SBGA 5P1DA 4CKUA 3EC0A 3LIQA 5P2NA 3PSYA 3ZKMA 5P6HA 4YHQA 3NLSA 4OBFA 3ZMGA 1KJGA 5P3FA 3D3TA 4I12A 2B8LA 5HDVA 1QRPE 1ZLFA 3O9HA 5P4UA 5P62A 4Y5AA 2J9JB 5P4ZA 1MT7A 5OZGA 2ZHUA 2H6SA 3GI5A 5P33A 5P5PA 5P83A 3UFNA 3PEPA 4ZLSA 3VFBA 2WL0A 5P0HA 1BWBA 1K6VA 3CKTA 1B6PA 5P1UA 2QI6A 4KB9A 1W5VA 1J71A 5P55A 5KR0A 3EMYA 3KT5A 2AVOA 4XX4A 5P7VA 4DJOA 2BQVA 3TOFA 3PCWA 4RZ1A 3FNTA 1BDLA 1ZPAA 2OHRA 2R43A 5P7BA 3N4LA 4Y3SA 1PFZA 2QU2A 1NSOA 2APRA 5DQ1A 4LBTA 2QZWA 5OZ6A 4Y3FA 3DV1A 3K5GA 2IGXA 2JJJA 4RGHA 1AVFA 2IQGA 1IVPA 2Q54A 2BJUA 3GGXA 4Y39A 1SGZA 2G1YA 1SGUA 3L38A 4Q1XA 3OTYA 2FS4A 1FMBA 3INFA 3IAWA 4I0JA 5OZUA 3UDMA 2AOJA 5P4XA 1EC2A 3BUFA 4Y37A 5P3ZA 4NJSA 5P45A 4L7HA 3EBZA 3TKGA 4EWOA 5KQFA 5P87A 5P2EA 5P19A 3TNEA 4Y58A 5P7DA 2BBBA 4GYEA 1PPME 1LS5A 4PYVA 5P57A 3O9EA 2ZJMA 5AHCA 2IGYA 7UPJA 2NMZA 1VIJA 2WEBA 5AH6A 5P6AA 5P09A 2VIZA 4DVFA 1D4LA 3SA4A 5HE5A 4X7IA 4Y44A 2Q64A 4YD7A 5P48A 1RL8A 3VG1A 2G1RA 4B1EA 3UQRA 5P5OA 2ZJNA 4KE0A 5P6DA 1PROA 1GVUA 4ACXA 1PSNA 2NNPA 1FKNA 5P7EA 2PC0A 3INEA 3K5FA 1IZIA 1HXBA 1EEDP 3LZYA 3HDKA 1XS7D 5SY3A 1NH0A 5P2WA 4Y5CA 3SKFA 4DJRA 1E80E 3ZPSA 1E81E 1SMRA 2QCIA 3NU4A 5COOA 3ZPUA 1K6CA 3OUAA 3IXOA 4Y4EA 5OYQA 1ZAPA 1LYWA 1DAZC 1NPWA 5HVPA 5P05A 3H0BA 3VFAA 4NPTA 5P73A 4ER2E 3SLZA 3UDQA 5I3WA 2HIZA 2QHYA 2F80A 5P0OA 3GGAA 5KOSA 1FB7A 4HDFA 4R93A 4Y3YA 5P6UA 2VKMA 5C9FA 2Q11A 5P54A 5P5EA 5P3BA 3S56A 3CKRA 2ZGAA 5P2DA 5OZEA 3G6ZA 1HBVA 4EJLA 4DV9A 2G22A 3FNSA 4AUCA 3RSVA 1MEUA 2QD7A 3IXJA 5P41A 5P5HA 3I7EA 3OTSA 5B18A 3IXKA 3OUDB 1CZIE 4Y48A 5P4IA 3UCBA 3T3CA 1W51A 1LV1A 3S53A 2QNPA 3SM2A 2FLEA 3D1XA 1E82E 2AOEA 2IS0A 3SA7A 1ZBGA 4TVGA 5P3HA 3NDTA 2WEDA 2RKGA 5ER2E 3PCZA 5KAOA 5P6WA 3UDRA 1JLDA 2OAHA 3T6IA 4Y3TA 5T4SA 5P3WA 5P6GA 3O9LB 4Y6MA 4GMIA 5P4WA 5P10A 3EL9A 1W5WA 6UPJA 3SABA 2I0DA 1W6IA 3OUBA 4FAFA 1MRXA 4B00A 3MSLA 4I10A 3UQWA 4YDFA 5P31A 2PK6A 5P2ZA 5P14A 5P60A 2NXLA 3EM6A 1HPVA 2Z54A 3KFNA 3MWSA 1HVLA 2ZJJA 5P1BA 4HE9A 5P0IA 4B1DA 2QZKA 3NUJA 2OHMA 4GJ5A 5P03A 1FQ5A 3INDA 2VA5A 1BV9A 1NPAA 4QJAA 4Z2ZA 2J9KA 3D1ZA 2ZJKA 5OZ1A 1AJXA 2Q5KA 3SA6A 5HDXA 1RQ9A 8HVPA 3QS1A 3ER5E 4GJ7A 5I3VA 1HVJA 5P1JA 1K2BA 1EC1A 1GNMA 4J5JA 4F73A 4Y5LA 5P01A 5P49A 2H6TA 1C6YA 5OZ8A 3TTPA 5P3YA 3MXDA 3OOZA 5P69A 5P7XA 5OZFA 3D1YA 4OBZA 4WTUA 3MSJA 5P3TA 3RVIA 2I4DA 5P3OA 5P0CA 4J0PA 5IVQA 2AODA 5P8IA 4ZPGA 2VJ9A 3Q6YA 3A2OA 5HE7A 3NDUA 5P32A 3OQFA 1EPQE 3CMSA 5P6IA 3UQXA 2OHTA 5P6BA 2AOGA 4ER1E 4Y3ZA 1SMEA 4ZSPA 4NJUA 5HCTA 5P4KA 1T6GA 1Z1HA 2UY0A 4A6BA 4DQHA 3VLBA 4D85A 5DQ2A 4H3IA 3KFPA 4OC6A 3DK1A 5P3IA 4A6CA 1F7AA 1BVGA 2G27A 3OXCA 3EL1A 4FSLA 5OZJA 5IE1A 5P5QA 5P78A 1APUE 1BV7A 3L5CA 2OHSA 2A4FA 5OYXA 1IVQA 5P37A 2IKUA 5P2CA 5KQYA 2VA6A 4J1FA 1A9MA 5P1KA 3QI1A 2VS2A 2EWYA 1GVWA 5P50A 4GJ6A 4B70A 3K1WA 4I0FA 5P5MA 4IVSA 4Z4XA 1GVXA 1T7IA 5P4VA 1HWRA 3BUHA 3URJA 5P8RA 2B7ZA 4DQCA 5DQ4A 1B6JA 3TH9A 2WF1A 5P6OA 4FSEA 1IZEA 3BVAA 4K9HA 2QAKA 2F3EA 5DQ5A 4APRE 4EP2A 4JOOA 5P86A 4ZE6A 4Y4AA 5OZBA 4LP9A 3CICA 4YD6A 3EM3A 5P4RA 1U8GA 3QBHA 2V16C 2G24A 1HTRB 3TOHA 1XE6A 5P71A 2SAMA 1MSMA 4RLDA 2PYMA 4Y4DA 2CEJA 4YD5A 3QIHA 3KFSA 3LPJA 2O4NA 2XFKA 5P2HA 1HPOA 4DJQA 3PWRA 5P1HA 4I0ZA 2RKFA 1FG8C 3AIDA 1EBKC 3K5DA 5P84A 1BBSA 3SA8A 5P0QA 1E5OE 4UPJA 3FNUA 2OHNA 4BFBA 4H1EA 5P1QA 1FQXA 1SP5A 2ZHSA 3QRVA 4GZFA 4L6BA 1ME6A 5E5JA 1C6ZA 4H3GA 3BRAA 3OHHA 3PB5A 3VLAA 2A1EA 4J55A 5KR8A 4Y5EA 1T7JA 2HC0A 3UHLA 1HSIA 3TPRA 1ODYA 5OZDA 2FDPA 3TPJA 1EPOE 3S7MA 5P8TA 5P4HA 3EKVA 4RCEA 1FG6C 5HD0A 5P04A 2G20A 3NU6A 4Y47A 2P3DA 3CIBA 4COEA 4QGIA 4FE6A 5OZSA 5OZCA 4JPCA 4PPHA 5P8SA 1MTRA 5DQCA 3O9BA 5OZQA 1ENTE 4IVTA 2JE4A 3VV8A 3EL0A 4DJWA 3S54A 4B77A 5P66A 2WF0A 3VYFA 2AIDA 3LIYA 4AZYA 5HTZA 4J17A 4R92A 3WZ8A 2QNQA 2XFJA 5SZ9A 1D4HA 2BPYA 1DMPA 5P6KA 4OBGA 5P39A 2QMGA 5P07A 5P53A 4PEPA 5P52A 1APTE 4YD4A 5P5ZA 5P15A 2PSVA 5P7WA 2FXEA 4GJ9A 1AJVA 2NNKA 1FIVA 3U6AA 3RSXA 3ZKIA 3NWQA 3PI0A 3ZKQA 3NU9A 4ZPEA 3FIVA 2AOCA 4J0YA 2FGVA 4OC6B 4K4RA 2ANLA 4Y35A 3O99A 1D4JA 5P2MA 4DQFA 1IZDA 1HTEA 1KJ7A 3RTMA 5P3PA 4L7JA 4M8XA 1UPJA 2BPVA 2P3BA 3I25A 3INHA 5P6EA 4D89A 2ZE1A 1MRWA 5P6VA 3EL5A 1IDBA 5P79A 4B05A 1EPPE 3QROA 4EP3A 3OAGB 5EZZA 2AZ8A 4L7GA 4PHVA 5P40A 5P6CA 3OU1B 3S7LA 3CYWA 3RTNA 5P0TA 2FIVA 3ECGA 4RCDA 1LYBA 2OHLA 5P1RA 3ST5A 4R95A 5P3KA 5P4QA 4Y5KA 5P7QA 1BAIA 1A94A 3VYEA 2HS1A 4NJVA 5HCOA 3CKPA 2HAHA 2V13A 4YD3A 5P67A 2V10C 3PJ6A 5P72A 5P8EA 5OZAA 2HB2A 4Y4BA 2AQUA 3R1GB 4GJAA 5P1WA 5P7JA 4YOAA 4I0HA 4DQBA 3ZL7A 3Q5HA 2QD8A 1N49A 4FRJA 1M43A 1YT9A 3OADB 1ZPKA 4Y53A 5AHBA 5OYWA 2F3FA 3SO9A 1SH9A 2NTRA 1FQ8A 2FGUA 4YOBA 3GI4A 5P77A 5P16A 3IN4A 4Z50A 5P6XA 5BS4A 4CMSA 3LZSA 3GGUA 2IKOA 3KDDA 5P5LA 3MXEA 4RRSA 2AVQA 2QHCA 4Y38A 4GB2A 5P3LA 5OZLA 4EXHA 2IENA 5P2QA 3NDWA 5P7YA 5P35A 3QVIA 3VEUA 5P2TA 4DH6A 3I8WA 5P1NA 1YM4A 4KUPA 3VF7A 4Y3QA 5P7AA 4Y3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y50 A;  5P26 A;  3EKY A;  3UF3 A;  2IRZ A;  5P6T A;  1FQ6 A;  3O9C A;  3UPJ A;  5IS4 A;  5P7F A;  2WEZ A;  2QK5 A;  1RNE A;  5P4J A;  3OQA A;  4U7Q A;  6FIV A;  4DQG A;  3TLH A;  2G1S A;  3APR E;  3NWX A;  2QI1 A;  1G6L A;  4ZSR A;  5P2I A;  2B7F A;  2NR6 A;  5P5G A;  3SA3 A;  3LIV A;  5P5T A;  4Y3J A;  4F74 A;  4KE1 A;  3UFL A;  2P83 A;  5P63 A;  2B60 A;  2XYE A;  1Q9P A;  3T7Q A;  3PRS A;  4DJX A;  4OBD A;  4GID A;  2O4L A;  2ER0 E;  3EM4 A;  5P7L A;  1A8K A;  4Q1Y A;  5P8J A;  1PSA A;  5P0F A;  1SDT A;  1FFF C;  1FQ4 A;  3KMY A;  3O9A A;  1CPI A;  1ODX A;  2O4P A;  4QJ9 A;  1KJ4 A;  3L59 A;  4RYG A;  3KDC A;  5P5X A;  5PEP A;  2JJI A;  1ZTZ A;  3KM4 A;  3R2F A;  1LF4 A;  3ZKX A;  4Y4J A;  2HB3 A;  3FX5 A;  2PK5 A;  3EKQ A;  3RTH A;  5SXN A;  5P1S A;  5P8B A;  3EKT A;  5P30 A;  3O9F A;  5P1M A;  5P3E A;  1RPI A;  5P2J A;  4ZEA A;  4J1E A;  3PSU A;  3KT2 A;  4LHH A;  5P3J A;  3O9I A;  5P88 A;  5P0N A;  1SIP A;  3QVC A;  1LF3 A;  3KYR A;  2CEN A;  3KMX A;  3R0Y A;  3NR6 A;  5P1F A;  2NXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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