5P00A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 47
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p00A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p00A01
3FNTA 5P7SA 1XL2A 2PSVA 2HM1A 2R5PA 4HDBA 1HEFE 1K1UA 5P39A 4HA5A 2WHHA 1G0VA 3LZSA 5P77A 1F34A 5P5EA 3LHGA 3EL9A 1K2BA 4IVSA 3OUDB 2QI6A 2VJ9A 3O9LA 4Y6MA 3U6AA 3BUFA 3RVIA 5I3YA 4Y3WA 2AOCA 1GVUA 4EJ8A 3S45A 1GVXA 3WB5A 3ZKXA 3Q4BA 1BWBA 4B1CA 1HSGA 5J25A 4TRZA 5P5VA 4EXGA 5P37A 2ER9E 3D91A 1EAGA 4H3JA 3TKWA 3OQDA 5P12A 5P33A 2G1SA 1MESA 1GNMA 5P2NA 1D4LA 5P56A 5P6EA 3PLLA 5P0VA 2HB3A 5P38A 3S7MA 3ZKSA 5P5PA 5P7BA 2VIEA 4R91A 5P63A 5P6GA 5P43A 1LYBB 2QMGA 5OZVA 5OZOA 5P0NA 4D85A 5OZBA 5HCTA 4YDFA 5P8TA 3H5BA 4S1GA 2VA7A 5P09A 1FEJC 2QK5A 1OEXA 3OXWA 4K9HA 4EJKA 2EWYA 1DP5A 3KDBA 2AOGA 3APPA 5P48A 3TPLA 4Q1XA 4ACUA 5OZCA 5OZ1A 5P4KA 5P60A 4Y4DA 2O4KA 3UDQA 2QZLA 4Y4JA 1FQ7A 4MC9A 4Y3QA 2APRA 5P5TA 2AIDA 3BXRA 5P4XA 2BBBA 3OADB 5P7AA 1EEDP 2QNPA 4EJLA 3NU5A 1PPLE 5P2LA 3TPPA 3ZKQA 4Y3FA 1HVIA 2OF0A 3QVCA 3R2FA 1D4YA 4L1AB 3K5FA 3SABA 3ST5A 3HVPA 3SPKA 5HD0A 4Y3NA 1WKRA 2QMDA 5AH7A 3GGXA 1MEUA 4EPJA 5P4CA 4EJDA 4DVFA 2VJ6A 1ZSFA 4U8WA 5P4MA 1HHPA 2QP8A 5P6AA 4ER1E 2V10C 3BVAA 5P7HA 3UTLA 5P6TA 3NDWA 4Q5MA 4YOAA 3OAGB 4D8CA 1WBMA 2AVQA 1T7IA 2FXDA 2OHTA 4K4PA 3SACA 3LIZA 3UDMA 2VIZA 4Y5EA 1OHRA 5P10A 1XE6A 3BC4A 4Y5AA 5P59A 4D83A 1W51A 5P00A 2IRZA 4QLHA 5BS4A 5P1XA 4LXKA 5OZIA 3LNKA 4U7VA 2AZBA 5P5KA 2QZKA 4Y3MA 5P1MA 5OZ3A 4B0QA 4EYRA 4F76A 5P1LA 5P86A 2QI0A 5HE7A 1ZJ7A 4ZSRA 5OYXA 2QHYA 2WF1A 4HLAA 5OYZA 3M9FA 4J1KA 3EM6A 5ENMA 1E80E 3CKTA 5P2BA 4J0VA 3SA4A 2ASIA 4DH6A 1HVHA 1A30A 3VLAA 2HS1A 5P7VA 4F75A 5P0FA 1SMEA 5ISKA 1EBWA 1FKNA 4I11A 2G26A 3VCMA 1E82E 4KE0A 3SA8A 1B5FA 7UPJA 4I0IA 2OHMA 2P4JA 5P64A 4B00A 1BVGA 4H3IA 5FIVA 4PPHA 2OHRA 1B6PA 4GJCA 2G1YA 2R9BA 5P2IA 5P2WA 1LF2A 2QZWA 3O9GA 1ZTZA 5P3TA 4CPTA 2AVVA 2P83A 5P4UA 4H3FA 3I7EA 4DQCA 1WBKA 4HDFA 3URLA 3UQPA 1C70A 1T6EX 2XYFA 4Y4UA 1HVRA 1HVLA 1ZBGA 1M4HA 2I4XA 2QCIA 1QDMA 2OHQA 1APWE 3OGQA 5P4TA 5P07A 5P25A 3VYEA 5P6MA 4XKXA 5P80A 3A2OA 1NPVA 5P3RA 2G22A 5P0EA 4IVTA 5P70A 5P5WA 4CPUA 5ISJA 4Y58A 3K5CA 5HDZA 1EC0A 2PWRA 1FFIC 2NPHA 1BVEA 1SBGA 2VA6A 1EPNE 4Y3SA 2BPWA 4FE6A 1YM4A 4Y3ZA 1DPJA 1FFFC 5OZRA 2F80A 3EKXA 3O9EA 4ZSQA 1HTFA 5OZKA 5IVQA 5P24A 4CPRA 1LEEA 5P0GA 4LP9A 5P7MA 3ECGA 5P3GA 1U8GA 2UY0A 5P05A 3VV8A 2P3BA 4Y3RA 5BRYA 3IXKA 5KAOA 3UQRA 1QS8A 1AVFA 5P6CA 4FSEA 5P3WA 2AZCA 4NPUA 5P32A 5OYSA 2CEMA 3VV6A 4I0EA 1CZIE 5KR0A 2G1OA 3TOFA 3GI5A 3NU6A 3VLBA 4RCFA 3URIA 1NPAA 3SA9A 1D4IA 1YTGA 1HIIA 2QI1A 3DCKA 5P0HA 3PWMA 4Y3PA 4RVIA 5P3DA 3BGBA 2R3TA 2B60A 5COPA 3VYDA 2I0AA 4Y5BA 1XE5A 5P3MA 3KN0A 1QBRA 5OYVA 5P3EA 5P27A 5AHAA 4J1EA 4UPJA 4J1CA 1LYWA 3FIVA 3K4VA 3OXXA 2FXEA 5OZLA 4OBZA 5KR2A 4Y38A 3OU3A 5P8GA 3UDRA 5P1PA 1APTE 3IXOA 3Q70A 3SQFA 2VKMA 3CMSA 3INHA 5P6FA 3CYWA 3HVGA 5P3ZA 5P5JA 2WF0A 3EKYA 1YX9A 3RSXA 1Z1RA 3U71A 2Q3KA 3PBDA 1QBSA 5P36A 1FQ8A 5P11A 3HDKA 4HDPA 5IVSA 3LPJA 2HIZA 3NSHA 5OYRA 5P0MA 3KA2A 5T4SA 3NLSA 2I1AA 3NUJA 4U7QA 5P7OA 4AA8A 1PSAA 5P52A 1HPOA 3OK9A 5P4AA 5P5LA 5SY3A 5OZJA 1AZ5A 1J71A 5IE1A 3WZ8A 4ZE6A 5P8FA 1K6VA 4ZIPA 2I4WA 5P2VA 5P7RA 3FX5A 5C9DA 4H3GA 1HVSA 3AUPA 3EKQA 4ZPEA 5P4GA 5JG1A 1D4JA 1T7JA 1T6GA 5P7KA 3EL0A 1RV7A 4X2LA 1B6KA 2XFIA 3IGBA 1GNOA 2FS4A 5P2TA 2WEZA 5P4PA 5P89A 3UDJA 3DV5A 3VYFA 3OQ7A 2NR6A 3N4LA 2ZHTA 3L5FA 2QMFA 5OYYA 5DR3A 3S43A 4Y5CA 5P0BA 6FIVA 4Y53A 2HPFA 3LINA 2IS0A 2J9KA 5P2ZA 5F00A 2Q5KA 5P4DA 5P88A 3QROA 5P6ZA 4Y4BA 5P6BA 5P3JA 1GVTA 5P76A 3KYRA 5P4ZA 4Y54A 3OHFA 1T7KA 3DM6A 1D4KA 4LXAA 1XL5A 3L5DA 4DQFA 3S7LA 3DK1A 2UXZA 3OUCA 4RGHA 3WSJA 4K4RA 2I4UA 5AHBA 4OD9A 2PSUA 4M8YA 5OZ6A 4DI2A 1FGCC 1RL8A 4J1IA 2R5QA 2AOEA 4Y3LA 2WEAA 3MSJA 4OBFA 5P2KA 3LITA 5P06A 3Q3TA 1MSNA 2QNNA 2PQZA 5P69A 1ENTE 4FRJA 4J5JA 5P8BA 3DUYA 1MERA 5P31A 3PBZA 5OZAA 5P2FA 1LF4A 2VA5A 5P0WA 5AGZA 5P65A 2CEJA 3T7QA 5P0LA 3ZOVA 5P87A 1MIQA 4GZFA 2PWCA 3VSXA 5AH8A 2F3FA 1BV7A 4OBDA 5P3YA 5P1ZA 3OU1A 4GJ7A 1MTRA 1OEWA 3PHVA 4OC6B 5P28A 4Y48A 3O9DA 5P8UA 5P6OA 2O4LA 5KQXA 4DJWA 3LZYA 1SGUA 1IZDA 5P0OA 4Y3EA 3D20A 1EPPE 2G1RA 1SH9A 3T11A 3N3IA 2ZJIA 1FLHA 3NYGA 4RVJA 5OYWA 4BFDA 5SY2A 5P3QA 1AIDA 2BPYA 1B6LA 9HVPA 1ZLFA 4DJVA 5P0QA 5P01A 5KQFA 2ER6E 2BPZA 5OZZA 1HVKA 5P8QA 5P1QA 1EC1A 1BWAA 3MXEA 5P46A 1DW6C 3EMYA 1QBTA 3F9QA 1RNEA 1PROA 4WY1A 4YBFA 3PMUA 2V12C 4Y5MA 5P0IA 3EL5A 4JOOA 1HPVA 4M8XA 5OZ7A 3LZVA 5P2SA 1HEGE 3PSUA 4PZXA 2FLEA 2FGUA 5P5XA 5IVRA 1K6PA 4Q1NA 5HDVA 3S8IA 5P02A 4R93A 4QJ2A 5P5BA 3EKWA 3JW2A 5DQ4A 5P6HA 4RROA 3BGCA 1FQXA 3UDYA 4HVPA 3RSVA 1LYAA 3HLOA 5P15A 1C6YA 2IL2A 1D4HA 5HE5A 3TPJA 3OGPA 3OHHA 5P8JA 1A9MA 2PYMA 4APRE 4YD5A 5AH6A 4Y4TA 5P04A 5P08A 1DAZC 4Y36A 4Z2ZA 1LZQA 1TSUA 2WKZA 5P6LA 4Y56A 4FRKA 4GJBA 3TNEA 5P51A 1APUE 4YCTA 4DQHA 3QP0A 5P6SA 4PYVA 5P7XA 4Y3DA 5P79A 5P8EA 1GVWA 5P54A 3VFAA 1EBZA 3FNSA 4RZ1A 5P2EA 4TVHA 1ODYA 5P1VA 2ZHRA 3Q6YA 4D89A 5P2MA 2CENA 2WF3A 4Y4AA 2AQUA 3INDA 4NKKA 4I0GA 4ZSPA 2G1NA 2R43A 1YM2A 5P4IA 4GJ9A 5P0SA 1QBUA 2XFKA 5P5QA 5P1NA 2ZJNA 2HPEA 5P7IA 5P4JA 4RYCA 4ZEAA 4Y47A 4OD9B 5P3NA 5P7CA 3G6ZA 5P7TA 3VEUA 3ZPSA 5P8LA 4EQJA 2PK6A 4Y3XA 2OHSA 3FNUA 5P6JA 4I12A 5OZPA 5E5KA 3NWXA 4Q1WA 1HXBA 3KF0A 1SDUA 3NU9A 5P1GA 4Y4XA 2PH8A 2Z54A 1HTEA 3I25A 5P1IA 1BILA 3D3TA 2QMPA 5AHCA 4YHQA 5I3WA 1PPKE 1SDVA 2FGVA 3OU1B 3QAAA 2RKFA 3OTYA 4RCEA 3UFLA 5P8CA 3GGUA 3UCBA 5COOA 5P4NA 5P84A 1FG6C 2J9JA 2WJOA 2ZYEA 3UFNA 4DV9A 5SZ9A 4Y3YA 5P7NA 3VFBA 3TL9A 3O9LB 5DR1A 2F3EA 4Z22A 4EXHA 2ZHVA 3OOTA 4FS4A 5C9BA 3NDXA 2V0ZC 3SA6A 3QIHA 4DQGA 3IVHA 5P4EA 5OZQA 3PB5A 1YG9A 5P22A 1AJVA 3BUGA 3CIDA 5P5SA 4DJQA 2ER7E 5P14A 1G6LA 1E5OE 5P2QA 1EC3A 1RPIA 2I0DA 2JJIA 3T7XA 5P6IA 2V16C 3SA3A 1G35A 2QD6A 3LIVA 1HSHA 2RSPA 4AZYA 2UPJA 4Y5KA 5OZXA 5P3CA 5P5HA 1MPPA 5P2UA 1A8KA 4MC1A 1BDLA 4YD3A 2IGYA 4FRSA 5DQ2A 1IVQA 5P35A 4COEA 5P72A 5P8IA 2HC0A 2IKUA 5HDXA 3K1WA 1HXWA 1IZIA 3SKFA 2Z4OA 1BAIA 3INFA 3EL4A 4HEGA 5P68A 2QU2A 5P53A 2OHLA 5OYTA 4JP9A 2R38A 5OZDA 2F3KA 3R4BA 5OZTA 5P0CA 2XYEA 4RRSA 3UF3A 1UH7A 5P3IA 5EZXA 3FSMA 3EKVA 4DJYA 2ZJJA 3IVIA 1HWRA 1K6TA 1ODXA 3K5GA 3ZPTA 4I0JA 1CPIA 5P2OA 2ZJHA 1IVPA 3GW5A 1LS5A 3PVKA 5P16A 3NXEA 5DQ5A 3TOGA 1N49A 5P30A 5UPJA 1TQFA 1IZHA 3ER3E 1K6CA 1M0BA 1EBYA 2ANLA 4ACXA 2V13A 1K2CA 4R8YA 4RCDA 5APRE 1HOSA 2AZ9A 4BFBA 1MSMA 4CPWA 2AZ8A 1TW7A 5P5FA 3OTSA 1KJGA 3L58A 2P3AA 2V00A 3ZKMA 2JXRA 1PSOE 3SA5A 3INEA 5ER1E 3DCRA 5P2YA 4XX4A 4R95A 5OZ0A 2OHUA 3DV1A 5DGWA 1Q9PA 4CPQA 3OUBA 1LV1A 4CKUA 3HW1A 2VIJA 3O9HA 3T3CA 4FM6A 5P45A 3O9AA 5P6QA 1SIPA 4LBTA 5P2GA 3I8WA 4MC2A 3EC0A 2A4FA 5P8SA 1XDHA 1TCXA 4Z50A 2RENA 1RQ9A 3D1ZA 4J1FA 5P8PA 3VG1A 2JE4A 5P47A 1FMBA 5P6RA 3VF5A 3MXDA 4FRIA 4Q1YA 4YA8A 5P73A 3KT2A 3PRSA 5CLMA 4ZPGA 2B7FA 3PSYA 1B11A 3OWNA 3UQWA 4DJPA 3OUDA 3SAAA 5EZZA 3OQAA 2Q55A 4L7JA 1FB7A 5DR4A 3CYXA 2BB9A 4EP2A 1YTIA 5P18A 3ZKNA 1KJ7A 2NNPA 4Y37A 3JVYA 5P3HA 3G70A 5P7WA 4F74A 1IIQA 4Y4WA 1HTRB 3KFSA 5P1CA 4L6BA 3NXNA 3K4VC 2AOHA 1EPQE 5JODA 2Q15A 1IBQA 3OQFA 4I10A 5P1OA 4NJUA 1EPLE 5P23A 5P7PA 5IS4A 5P6KA 1EC2A 1XN2A 5P41A 5CONA 4K8SA 1B5FB 5P5CA 2WECA 4YCKA 3KMYA 1Z1HA 3G72A 1E81E 4AA9A 4BELA 5HVPA 3TH9A 3L5CA 5P34A 2BKTA 1OD1A 5P5OA 1FMUA 3S54A 8HVPA 4E43A 4HZTA 1GVVA 5DQ1A 1G2KA 3PWRA 5P8DA 5P75A 3R0YA 5P57A 4GJ6A 4Y51A 5P7ZA 3MSKA 1EBKC 5P1HA 2PYNA 3SKGA 1B6JA 3O9FA 5P83A 5P1SA 4Y50A 3QRVA 1TCWA 2QD8A 5OZ2A 4J0PA 1HPXA 1W6IA 3C9XA 5OZFA 3O99A 4B1DA 4Y4ZA 3RTMA 2Q54A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FNT A;  5P7S A;  1XL2 A;  2PSV A;  2HM1 A;  2R5P A;  4HDB A;  1HEF E;  1K1U A;  5P39 A;  4HA5 A;  2WHH A;  1G0V A;  3LZS A;  5P77 A;  1F34 A;  5P5E A;  3LHG A;  3EL9 A;  1K2B A;  4IVS A;  3OUD B;  2QI6 A;  2VJ9 A;  3O9L A;  4Y6M A;  3U6A A;  3BUF A;  3RVI A;  5I3Y A;  4Y3W A;  2AOC A;  1GVU A;  4EJ8 A;  3S45 A;  1GVX A;  3WB5 A;  3ZKX A;  3Q4B A;  1BWB A;  4B1C A;  1HSG A;  5J25 A;  4TRZ A;  5P5V A;  4EXG A;  5P37 A;  2ER9 E;  3D91 A;  1EAG A;  4H3J A;  3TKW A;  3OQD A;  5P12 A;  5P33 A;  2G1S A;  1MES A;  1GNM A;  5P2N A;  1D4L A;  5P56 A;  5P6E A;  3PLL A;  5P0V A;  2HB3 A;  5P38 A;  3S7M A;  3ZKS A;  5P5P A;  5P7B A;  2VIE A;  4R91 A;  5P63 A;  5P6G A;  5P43 A;  1LYB B;  2QMG A;  5OZV A;  5OZO A;  5P0N A;  4D85 A;  5OZB A;  5HCT A;  4YDF A;  5P8T A;  3H5B A;  4S1G A;  2VA7 A;  5P09 A;  1FEJ C;  2QK5 A;  1OEX A;  3OXW A;  4K9H A;  4EJK A;  2EWY A;  1DP5 A;  3KDB A;  2AOG A;  3APP A;  5P48 A;  3TPL A;  4Q1X A;  4ACU A;  5OZC A;  5OZ1 A;  5P4K A;  5P60 A;  4Y4D A;  2O4K A;  3UDQ A;  2QZL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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