5P02A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 49
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p02A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p02A01
5P3BA 5P56A 3NWXA 3HBOA 3URLA 1PFZA 5HDZA 3HVGA 5OZ3A 5SY2A 4J1HA 3K4VA 4RVJA 2BJUA 2V16C 5P78A 1HIVA 3EXOA 5P6LA 4Y4GA 1MIQA 2HPFA 5P72A 4DI2A 2O4LA 4MC6A 4B1EA 2ZJNA 4QGIA 3OADA 4LHHA 2G24A 1CZIE 2P3BB 1UPJA 4DJQA 2QK5A 1ODWA 4L1AA 5P05A 4I10A 3NXNA 1B5FA 4I0IA 5P6NA 3S2OA 4Q1WA 1HPXA 6APRE 5P5VA 2PWCA 5P2JA 2J9JB 2ZHUA 3PWMA 5OZVA 5OZQA 1FLHA 4H3JA 4Y3HA 5P3HA 3PSYA 3SKGA 2BPZA 2VJ7A 5P29A 3EL1A 1MSNA 5P2RA 3O9GA 4CPWA 2G1YA 1TZSA 5P68A 3FNUA 4Y3EA 5C9BA 3O9LA 4B1CA 1Q9PA 3GI6A 3EKPA 3QVIA 1HIIA 1MPPA 4LL3A 4RCEA 3FNSA 3OQDA 1WBKA 1FQ4A 4QJAA 4GIDA 4YHQA 1FQ7A 2Q55A 4HVPA 3WSJA 1SGUA 2AVSA 4DJVA 1WKRA 3OUDA 4YOBA 4J1FA 1HOSA 4OC6B 1FEJC 5P7CA 3PCZA 5OZTA 1BWBA 3O99A 3OGPA 5P4DA 3GI5A 4YD3A 3TPRA 1AVFA 5P5RA 1C6ZA 2V11C 5P6TA 4Y4DA 4Y6MA 3S43B 5P7LA 5UPJA 4F74A 3SA8A 5P5LA 2OHTA 4JOOA 3NXEA 2PSUA 3UDKA 2QU3A 2WKZA 4JPEA 4Y3AA 5AHBA 4Y3RA 5KQXA 1Z1HA 3TKWA 3WZ8A 1XL2A 4Y3WA 4JECA 3UQPA 5P03A 1A8GA 3S7LA 4I8ZA 3SLZA 5DPZA 3ER5E 2NMZA 3KFPA 4L1AB 4NPTA 1HIHA 3QAAA 1B5FB 4YBFA 2QNQA 4B78A 3A2OA 3HZCA 3EM4A 4AUCA 5ER1E 5P1UA 1HTFA 1G6LA 2NPHA 5OZUA 3QN8A 4YCKA 4J1KA 5P1VA 3GGUA 3B80A 1B11A 3L3AA 2AZ9A 2J9KA 4Y48A 5P6CA 3M9FA 3F9QA 4B72A 3O9LB 1AAQA 4ACXA 3D20A 4DJRA 2AVQA 4HZTA 5P55A 5P66A 4F76A 4HA5A 5P25A 2P3CA 3WB5A 2QI4A 5ENKA 2WEZA 1IBQA 2F3FA 3O9DA 4Y3JA 1SP5A 2FLEA 4DV9A 4EJ8A 4CP7A 5ISKA 4Y5EA 3OUDB 4H1EA 3HAWA 5P4QA 2CEJA 5HU0A 2B8VA 1M43A 2PWRA 1K2CA 5P7RA 5PEPA 3UDNA 3MSKA 5P65A 1MEUA 4A4QA 2WJOA 5P5BA 1GKTA 5P7ZA 3URJA 1LF2A 4RLDA 5P3GA 5P0NA 3VYFA 5AH8A 3VUCA 5P3CA 5KR0A 1HEFE 2FXDA 2IQGA 2QI5A 1ZSFA 1TCWA 2RSPA 1LF4A 4XX3A 5P8RA 2OHQA 4Y58A 3PM4A 5P1EA 5DQCA 3GI4A 4Y56A 5P3NA 5OZKA 3L58A 3QP0A 1EPQE 5P2DA 3PLLA 5P7AA 3PWWA 2ZHRA 4Q1NA 5OYZA 5P12A 5P2SA 3Q6YA 1SIVA 5P3LA 1W5VA 5OZ1A 1IZHA 4GJCA 3PSGA 2O4KA 4Y38A 2RKGA 3T7QA 5P7MA 1EPPE 2ER0E 4ZSRA 3O9FA 3MSLA 3FV3A 5P4NA 5P2AA 3QPJA 5DR4A 2ZJLA 5P23A 1FG8C 5P6ZA 5P5CA 1MTBA 5OYTA 4Y5PA 3PRSA 2QAKA 2VIEA 1ZJ7A 4Y4EA 3OU3A 5C9FA 2QNNA 3OTSA 5P7QA 5P5MA 5P8BA 5IE1A 5P08A 5P0DA 3OXWA 1W5YA 5P7DA 3GGXA 1GVWA 3SKFA 4D89A 4MC1A 5P04A 1DP5A 1B6PA 3RU1A 3BC4A 2BPYA 3VF5A 4HE9A 2QMDA 4MC2A 4Y41A 1BXOA 5P0XA 2HS1A 5P4IA 3UQXA 5P1SA 2V00A 1LYWA 1QBSA 5P1BA 3SO9A 5P6BA 4ER1E 4DQHA 2FNSA 1F34A 2HC0A 1QBTA 1ZLFA 3VEUA 3LZYA 4DJWA 3R2FA 1ODXA 2PH6A 3PLDA 4APRE 4NJSA 4DJXA 2F3EA 3NUJA 4DQBA 3BUGA 3DM6A 3I6OA 1W51A 5P88A 5P8AA 5P8PA 3GW5A 3AIDA 1GVTA 4U7VA 1AM5A 4Y3FA 2B7FA 1EBWA 3L5DA 3QRSA 3FNTA 4Y3YA 5P49A 1ZTZA 5DQ1A 3O9HA 5P0RA 3S56A 2R38A 3L5FA 2ZE1A 1YG9A 3I7EA 3PI5A 5P81A 4H3FA 3VG1A 4J0PA 4YD7A 3VSWA 5P84A 3SQFA 1CPIA 5P2LA 4Y9WA 2OHPA 4OBHA 2CENA 4Y5AA 1VIJA 2AVOA 5P4TA 1MT7A 4Y50A 4Y5MA 1LV1A 3KDCA 2Z54A 1N49A 4Y5LA 1MUIA 1BAIA 2WEAA 1YT9A 4LBTA 4AA9A 1HHPA 1HVKA 5OZAA 5P8MA 1GVVA 2AIDA 4LXAA 3D1ZA 5P0ZA 3TPJA 3EBZA 4Y4BA 2OHNA 4ZSPA 5OZ5A 4R91A 4GZFA 1RPIA 2WEBA 3OU1A 3Q70A 3TPLA 5P4LA 3I8WA 3LINA 4GJBA 4QJ9A 1W5XA 5OZNA 3S54A 2A1EA 3OHFA 3N4LA 5DR0A 2VNMA 1D4YA 4FCOA 4NKKA 5P2GA 1LF3A 4B00A 4EYRA 5P54A 1FF0C 2JE4A 5P5YA 1G2KA 2G27A 3OXCA 5P0CA 5DQ5A 2I0DA 5P2KA 5I3XA 1D4KA 4I0GA 2V10C 5P59A 5P14A 4B77A 5P0MA 4J0TA 5P0QA 5FIVA 3L38A 4L7HA 1A8KA 2ANLA 2V12C 3KMXA 2P83A 1D4JA 2P3BA 1D4LA 3SA4A 5P1CA 4KB9A 4FAFA 5P16A 4YD6A 1D4HA 3VV7A 4ACUA 4DJYA 2QI1A 1CMSA 1K1TA 5I3VA 1A94A 5OZZA 4Y3TA 1PSOE 2J9JA 3KDDA 5P1NA 2QI7A 4KE1A 3ZPUA 1TQFA 3OTYA 4ZSMA 3TH9A 4OD9A 5P8SA 3KF0A 4TRWA 5P2YA 4FRKA 3HAUA 4YBIA 5P5KA 5P6QA 2R43A 3SPKA 3ER3E 5P67A 1YTIA 1HTEA 5P8KA 5P89A 1EPNE 3INHA 5P48A 2FDDA 2OHMA 4EQ0A 2R3TA 2ZJMA 3UDYA 5P1GA 3S7MA 1M4HA 4ZIPA 2P3AA 3SM2A 5P1RA 1IZIA 5OZ9A 2FXEA 5P6WA 4EP3A 5P4FA 5P7KA 3OU1B 1AJVA 3TOGA 2WF0A 1HPSA 3OOZA 4I0HA 1NSOA 1IDBA 3OOTA 5KOSA 4ZLSA 2FNTA 2BKTA 2QI0A 3PEPA 5P52A 2R5QA 2XFJA 1RNEA 5P3ZA 2XFKA 3S43A 2Q5KA 4Y39A 2VA6A 1ZPKA 2O40A 2IGXA 1APUE 3G70A 5P7WA 2P3DA 1KJHA 2G1OA 3NWQA 2P8HA 5SXNA 1HWRA 5OYWA 5P57A 5P19A 4GMIA 1AIDA 3QI1A 3VCMA 3ZMGA 1KJ4A 1BVEA 1G35A 3ZKGA 5JODA 2ZHVA 4M8YA 4ZPFA 5ENMA 3OU4A 1B6KA 1HBVA 3ZKSA 2OF0A 4OD9B 5P6OA 4CPXA 4FRJA 3SA5A 5P11A 2WL0A 3LNKA 5P6IA 2B60A 4IVSA 5P1WA 3U6AA 4B70A 5KQYA 4J17A 2PMAA 3IA9A 1EPLE 4DPIA 4EXGA 2NXMA 4X7IA 2PSGA 4Y3LA 4CPQA 5P2EA 5P5GA 4QJ7A 3OXVA 4I8WA 1QBRA 3FSMA 2SAMA 3BXSA 1U8GA 5P0IA 3UQRA 5P33A 4L7JA 1PROA 3NR6A 3NYGA 2HM1A 4LXKA 2ZGAA 7HVPA 5P8HA 3CIDA 4OBGA 1FGCC 1OHRA 1QDMA 3DV5A 1HRNA 3CICA 1HVRA 5P2MA 5P02A 5P3KA 5P0HA 5P53A 1SMEA 1SMRA 1KJGA 4Y3PA 1HSGA 2G1SA 2HB3A 4RVXA 5P8DA 2PK6A 4K4QA 5P2FA 5P2BA 4KUPA 2QP8A 2ZHTA 4J0YA 3TOHA 5P60A 1M0BA 3T3CA 3O9CA 2FIVA 5P44A 5OZFA 3AUPA 1LYBA 3VLBA 5P1JA 3UPJA 2PC0A 2Z4OA 5P77A 5HTZA 1RQ9A 1ZAPA 5C9DA 3FX5A 3KFNA 5P4BA 3KFRA 5P5SA 4GJAA 5HU1A 5P10A 2AZCA 5P4EA 5P0AA 5OZJA 3IAWA 2QD8A 2MIPA 1T7JA 5P1DA 5P7VA 5P37A 3OU4B 3D91A 1EEDP 5AGZA 3IXJA 2ZYEA 1IDAA 3EL0A 3RSVA 4X2LA 3OQKA 1BV9A 5P6KA 4Y3DA 4GJ6A 5P6GA 1ZSRA 2FDPA 2BPVA 1WBMA 4RCFA 4Y5GA 2AQUA 4OBDA 5P0SA 4Y5CA 3VV8A 1BBSA 5P87A 3K5GA 2WHHA 2VKMA 5P2OA 3S85A 5HDVA 5CLMA 4HDFA 4Y51A 2HS2A 5KQFA 3PHVA 5P0WA 4RYCA 1UH7A 4GYEA 1ENTE 1BDQA 5KR2A 1XS7D 5P7SA 2NNKA 2I1AA 1B6JA 1FB7A 5P1YA 2HB4A 4AMTA 3R0YA 5P62A 4EXHA 5P5ZA 1NPVA 3TLHA 5OZMA 2OHLA 2VNNA 5P1FA 4DQGA 3D3TA 5P41A 5JG1A 3EKQA 3QBHA 5P1MA 5P6JA 5P5OA 1SBGA 3WZ6A 5AHAA 4J54A 5P6SA 3PB5A 5P7GA 5DR7A 1A30A 4ER4E 1FFFC 5P6EA 5P5DA 1LYBB 3BVBA 4Z2ZA 2PYNA 3GGVA 3LPIA 5P27A 5P4SA 3DCKA 3L5BA 5P2ZA 5P5WA 4XXSA 4RYGA 4XKXA 5DR3A 1SH9A 2RKFA 5P4JA 5OZ7A 5P2TA 4Y3ZA 5KR1A 4AZYA 5P0BA 5P8QA 3K5CA 5P13A 4BEKA 4EHCA 3MWSA 3PMUA 3NU4A 5P8JA 1HPOA 1MVPA 2QU2A 3FKTA 1IZEA 4TVGA 5DR8A 1ZBGA 2WF1A 3Q5HA 3OHHA 5P7PA 3UFLA 4QJ8A 1PPKE 5F00A 4Y44A 1OEWA 3OY4A 3TKGA 3C9XA 4K4RA 5OZBA 3LPJA 3K1WA 3UDQA 2HB2A 2I4WA 4KE0A 3QS1A 5P31A 5P2IA 1META 2G94A 5F01A 4PYVA 1BIMA 4Q1YA 5P4CA 3INEA 1C6XA 4H3IA 4FM8A 2XFIA 4FGXA 5P86A 2RENA 4I11A 2BQVA 4IVTA 4RROA 5P61A 1T7KA 1IVQA 1YM4A 2Q15A 4FM7A 5P1OA 3BGBA 4J1EA 5DGWA 8HVPA 4HLAA 3EL4A 1K6VA 3OWNA 3OUAA 3HLOA 1RL8A 4DJOA 2I0AA 5ER2E 4APEA 2B42A 4FRSA 5KQZA 2QI6A 5P5PA 4I0JA 4FAEA 5COOA 4R93A 5P3PA 1BVGA 5P1PA 1DIFA 3QRVA 5P6XA 3VLAA 5P76A 2QHZA 3EKTA 4PEPA 1PSAA 1A9MA 1GVUA 1HVHA 3JVYA 2ZHSA 3O9BA 5P8OA 1EPOE 4BFDA 1K6PA 4YD4A 5P35A 3OGQA 1EC3A 3G6ZA 2QD6A 5P0VA 5P0PA 3T7PA 3GGAA 4FE6A 4EJDA 5OZIA 2IGYA 3INDA 4Y3SA 5P1KA 4AA8A 2R8NA 1KZKA 4FIVA 1BDRA 3UHLA 2I4UA 1IIQA 4LP9A 3JVWA 2G20A 4HDBA 5P47A 2QD7A 5P8EA 4E43A 5P0GA 3SAAA 3QVCA 5HCOA 3INFA 1KJFA 1D4IA 4PHVA 5I3WA 2PH8A 4Y4XA 2G26A 3EKYA 1JLDA 2B8LA 2ZJIA 3R0WA 4FSEA 5P0UA 3LIQA 1XN3A 2VIYA 5P4ZA 4DJPA 2VIZA 4H3GA 3OAGB 5P83A 3EM6A 4Y45A 4YD5A 4CMSA 2Q11A 2QHCA 3L59A 5P73A 3LHGA 4NJVA 4GJ5A 5CONA 1YTJA 5P3VA 1AJXA 2VJ9A 1LZQA 2I4QA 4F73A 1OEXA 3ZLQA 4QLHA 4CPUA 2R3WA 5P0JA 5P39A 1LYAB 3DUYA 4EP2A 1QBUA 1W5WA 5P4GA 3SABA 3IXOA 5P0YA 2QMPA 1ZPAA 1VIKA 2QZKA 3PWRA 5P7OA 4J1CA 5IVQA 4L7GA 3CMSA 4DVFA 5P3SA 4XX4A 5P42A 2UXZA 2WF4A 5P6MA 1DMPA 5P75A 5KR8A 3DOXA 5P1AA 4DQCA 4R95A 4R92A 3VF7A 3EC0A 5OZYA 3VFAA 3LIZA 5P3TA 4YDGA 1FMBA 1BV7A 5P0OA 3Q4BA 5P3WA 3LIXA 4D85A 4HDPA 3S45A 2JJJA 5OYUA 1OD1A 5P64A 3K4VC 4WY1A 2HIZA 5OZHA 1YM2A 4DH6A 4Y5KA 1EBKC 5COPA 1DW6C 1W6IA 2PQZA 1MT9A 3I2LA 3RVIA 2ER9E 4D83A 2IENA 1TW7A 2AZBA 3T11A 1G0VA 2AOHA 5P8NA 3S8IA 3H5BA 4FRIA 5P2NA 5P4PA 5P26A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3B A;  5P56 A;  3NWX A;  3HBO A;  3URL A;  1PFZ A;  5HDZ A;  3HVG A;  5OZ3 A;  5SY2 A;  4J1H A;  3K4V A;  4RVJ A;  2BJU A;  2V16 C;  5P78 A;  1HIV A;  3EXO A;  5P6L A;  4Y4G A;  1MIQ A;  2HPF A;  5P72 A;  4DI2 A;  2O4L A;  4MC6 A;  4B1E A;  2ZJN A;  4QGI A;  3OAD A;  4LHH A;  2G24 A;  1CZI E;  2P3B B;  1UPJ A;  4DJQ A;  2QK5 A;  1ODW A;  4L1A A;  5P05 A;  4I10 A;  3NXN A;  1B5F A;  4I0I A;  5P6N A;  3S2O A;  4Q1W A;  1HPX A;  6APR E;  5P5V A;  2PWC A;  5P2J A;  2J9J B;  2ZHU A;  3PWM A;  5OZV A;  5OZQ A;  1FLH A;  4H3J A;  4Y3H A;  5P3H A;  3PSY A;  3SKG A;  2BPZ A;  2VJ7 A;  5P29 A;  3EL1 A;  1MSN A;  5P2R A;  3O9G A;  4CPW A;  2G1Y A;  1TZS A;  5P68 A;  3FNU A;  4Y3E A;  5C9B A;  3O9L A;  4B1C A;  1Q9P A;  3GI6 A;  3EKP A;  3QVI A;  1HII A;  1MPP A;  4LL3 A;  4RCE A;  3FNS A;  3OQD A;  1WBK A;  1FQ4 A;  4QJA A;  4GID A;  4YHQ A;  1FQ7 A;  2Q55 A;  4HVP A;  3WSJ A;  1SGU A;  2AVS A;  4DJV A;  1WKR A;  3OUD A;  4YOB A;  4J1F A;  1HOS A;  4OC6 B;  1FEJ C;  5P7C A;  3PCZ A;  5OZT A;  1BWB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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