5P08A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 55
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p08A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p08A01
3OTSA 2XFJA 4Q5MA 4Y5PA 5P0CA 3QI1A 2QCIA 2R38A 3QIHA 5P7CA 4OBDA 2FGUA 4Y3SA 4DQCA 2AZ9A 1MSMA 1RQ9A 4DJYA 3T7QA 4FL8A 7HVPA 3UQRA 5AHCA 1D4YA 4HDPA 3HBOA 1LV1A 5P3HA 4NPTA 2HPEA 5P4MA 1B11A 4Y54A 5OYQA 3QRVA 5P11A 1IIQA 5OZTA 4JECA 4Y3DA 3SA6A 3LPIA 5DQ4A 4Y47A 3SA9A 4JPEA 2QNQA 1E80E 2AOJA 5P23A 5P7MA 1YX9A 1FG8C 5P59A 3NU4A 2NXMA 5P7OA 4ZSPA 1ZP8A 2RENA 4H3GA 1B6LA 1KJHA 4Y57A 5P65A 3KDBA 2QAKA 4RGHA 3FNSA 2QZLA 3K1WA 5P4DA 1B6MA 5P7DA 5DR0A 1K6VA 4FRJA 1GKTA 5P36A 5KQYA 1FKNA 1XL2A 3NDXA 4CPQA 4U8WA 3ZKNA 4L1AB 4WY6A 4Y4ZA 2VJ7A 1B5FB 1K6TA 5KOQA 4Y3JA 4PYVA 4A6CA 5P6JA 3EL5A 5P7LA 5P1AA 5P5ZA 3LHGA 3ZKQA 2NNKA 3RTHA 3L5FA 5P09A 5P8AA 3EM3A 5P01A 2Q63A 4Y50A 2QZKA 4GYEA 1C6ZA 5P3VA 3TKWA 1A8GA 4Y4JA 2I1AA 4Y38A 4R5NA 4GJ5A 5IS4A 4I10A 1XN2A 3TOGA 3KFRA 3U71A 2WEBA 5P8FA 2Q54A 3PGIA 3LITA 2F3EA 2FXEA 3PWWA 5P88A 4Z50A 4NJSA 2OHTA 4OBFA 1E81E 1JLDA 2P3DA 2ZJJA 3T7PA 4OBZB 5P1YA 5P8JA 3SQFA 4ER4E 3EKWA 3S85A 5I70A 1HVRA 3EKTA 3OTYA 3R0WA 1MRWA 3BGBA 4GJ6A 3UDPA 5P2ZA 4DQEA 4KE1A 4Y5NA 5P1GA 5P7UA 1HTEA 2UXZA 1NSOA 4OBGA 4L1AA 5P7SA 3INDA 5P51A 1HVIA 2AIDA 5P0NA 3RTMA 3PI0A 1B5FA 5P79A 4QJAA 3OU4B 2QD6A 3O9LB 5DR7A 2B42A 3VUCA 1SBGA 4RVXA 3PHVA 4GJCA 5P1OA 2AOCA 5OZWA 5P5KA 5P4GA 2OAHA 1K2CA 1YM4A 5IVQA 5P0JA 7UPJA 5P5QA 3VCMA 3VF3A 5P70A 1LYBB 2QI7A 2QMPA 4Y3YA 2OHLA 1HVCA 3KFPA 4YHQA 4XKXA 1IVPA 1HRNA 2V00A 3AUPA 5P5YA 1MT7A 5IVRA 3DV5A 2PYNA 3R0YA 5P0VA 3QVCA 4UPJA 1MUIA 5P1ZA 2IDWA 1ER8E 4J0TA 1MPPA 1M43A 3ZPUA 3L3AA 2VA6A 4CMSA 3IN4A 1NPAA 4DJWA 1IZHA 4I8ZA 4GJAA 3PBZA 3OUBA 1IVQA 2WF2A 3S2OA 5APRE 4HDBA 3B7VA 2OHSA 1GVUA 1C6XA 3UDHA 3OU4A 5P5BA 3OOTA 1HVSA 5ER2E 1YTGA 2AVMA 5OYTA 5P38A 4I11A 4I0JA 1MT8A 3EKPA 4GIDA 3VG1A 2HS2A 2B60A 1AZ5A 3KYRA 1CMSA 2VA7A 2G21A 1ME6A 4J0VA 5P07A 5P4JA 3GGAA 3QBHA 3VSXA 1LYBA 5P8MA 2G94A 5P5EA 5P3EA 5P85A 5C9BA 5P5WA 4HZTA 3KF0A 5P1VA 2QI0A 3DUYA 3PMUA 2ZJMA 5P8KA 5P33A 4OC6B 2HB3A 4MC2A 4XXSA 5P4YA 5P6GA 6FIVA 5OZHA 2AOIA 5OZVA 1A8KA 4F75A 1SIVA 2HB2A 3EL0A 1APTE 4NJTA 4EPJA 3OQ7A 2G22A 1EPLE 5P6AA 2Q3KA 5B18A 5DPZA 5OZDA 1PSNA 5ISKA 3RTNA 2AOFA 4DUSA 3HD8A 2ER6E 4J0ZA 5P0OA 4FRIA 2FMBA 4COEA 5DR8A 5P7KA 4YDGA 3ZPSA 3G70A 3URLA 4Y3MA 5P50A 1ENTE 4Y5AA 5P5CA 4J54A 4QJ7A 3BUFA 4PHVA 2G1RA 3B80A 5P6DA 5ISJA 4LL3A 2F3KA 3Q3TA 5P89A 4FRKA 1XN3A 1UH7A 3LINA 3VEUA 3UQWA 3CMSA 5FIVA 3PB5A 5P7TA 1AJVA 3UFNA 1T7KA 1GNOA 4H3JA 3WZ7A 2HPFA 1T7JA 1IZIA 4ZSMA 4OC6A 5P68A 1ODXA 1HWRA 5P4OA 5P61A 4F76A 3BXSA 5P8HA 4LXAA 1SIPA 3ZKSA 1ZBGA 3Q70A 3IXOA 3OU1B 1IZEA 4EWOA 5OZ3A 2ZHSA 5P8PA 4Y4UA 5P67A 5P53A 3UDNA 3Q6YA 2Q55A 5BS4A 3OQKA 4LHHA 4FE6A 1SGUA 2O4LA 3PCZA 3ZKMA 4FRSA 2PC0A 3O9IA 2P83A 4YOBA 4I1CA 4Y5BA 4ZIPA 2I4UA 4FSLA 3EL9A 5P6XA 1BV7A 1FB7A 1HXWA 5P03A 2VKMA 4JOOA 5P7PA 5P3GA 4JP9A 2WF0A 1AIDA 3GGUA 4Y45A 4Y4GA 3OADB 4R91A 5OYZA 2NMYA 1MIQA 3BUGA 5P2BA 3N4LA 5OYUA 1WBMA 4DJOA 1GNMA 3D91A 4RLDA 3H0BA 3NR6A 3VF7A 3JVWA 3WZ6A 3UDKA 2QMFA 4Q1XA 4LBTA 2VS2A 4DQGA 5P0SA 3S7LA 1ZAPA 5P5XA 2R3TA 2I4WA 4K9HA 5P40A 4KUPA 3OU3A 5P8RA 3INHA 4QJ8A 3HAUA 4IVSA 4D83A 1FMXA 4I0GA 5AGZA 1D4KA 2R43A 3OU1A 4RCFA 5P0MA 4BELA 1MESA 5P4EA 5P0EA 2NNPA 4RCEA 4EJ8A 2B7FA 3PEPA 5P1LA 2V12C 5P81A 3OGPA 3NWQA 3KA2A 3G6ZA 3OOZA 3QAAA 5P32A 5P64A 1WBKA 5COPA 5HVPA 4TVGA 1QS8A 1ZPKA 3TL9A 3BHEA 3I25A 3KDCA 3K5CA 4YD6A 3FX5A 1FF0C 1FMUA 5P15A 4BFBA 2I4QA 5P2SA 1YT9A 5P0TA 5IE1A 3OADA 2R9BA 1Z1HA 3EC0A 1PSAA 4DJVA 4H1EA 5P4QA 4J1HA 5HU0A 5I3WA 5OZUA 4BFDA 3VLAA 3NLSA 3UDJA 1DAZC 2Q11A 3QPJA 5P5UA 4Y48A 4B0QA 3MWSA 3FSMA 1LYWB 5P8LA 1FLHA 1FQ6A 2QHZA 4GB2A 2HIZA 5OZRA 2IQGA 3L5DA 5P71A 5P47A 4PZXA 2I4XA 3GI6A 3O9EA 2WF3A 5P0DA 2AOGA 3EMYA 5CLMA 5JFUA 1EPRE 4AA8A 3PMYA 4ZPGA 4J1EA 3MXDA 4RZ1A 5P4IA 2QZWA 5P2GA 4FM7A 5P6PA 5P7FA 2ZHVA 4CPTA 5OZCA 5P84A 4Y3LA 5P69A 5P52A 4Y3GA 3EL1A 2O4KA 4FM6A 3SA8A 2IKOA 4Q1WA 4MC1A 4U7QA 8HVPA 2IENA 4Y3WA 1BV9A 1PSOE 5P4NA 3D1XA 3PRSA 2NPHA 4M8YA 5KQFA 4Y5LA 5P1EA 4ZEAA 3EKXA 1HHPA 1MEUA 4H3IA 1IBQA 2IL2A 1DIFA 5P0WA 5P29A 3BUHA 1IZDA 4RYGA 1TSUA 4DJUA 2O4SA 5P6TA 1SGZA 5P1NA 5HU1A 4Y51A 3ZKIA 4GJ7A 2XYEA 4FCOA 5P02A 5ENMA 3ZL7A 4K4PA 5COKA 5P58A 3PJ6A 1OEWA 3SKGA 1LYWA 2QI1A 5P56A 4Y3ZA 1N49A 5JG1A 4L6BA 2QI6A 3UDQA 4DJXA 5P4KA 4IVTA 5P73A 2G1NA 3U7SA 4Y9WA 5P8GA 3UDMA 5P66A 5P3SA 5P22A 5F00A 3ZLQA 5P1CA 5C9FA 2BPWA 1TQFA 5P2LA 1KZKA 2IGYA 2OHKA 2PSGA 1BBSA 4MC6A 5P5FA 5P3NA 5AHAA 2A4FA 2CENA 5P46A 4Y37A 5P2QA 5P2KA 3G72A 3I8WA 5P3AA 4I0IA 3ER5E 2IKUA 4Y5EA 5P8QA 4J0YA 5HE7A 2J9KA 3NU5A 5DQCA 4QGIA 3PSYA 3T7XA 3FKTA 5DQ2A 2WEDA 5P6ZA 5KOSA 5DGWA 3UQXA 5P44A 5KR0A 5P6CA 2QD7A 5P8DA 2ANLA 5P6FA 2P3CA 3RSVA 2G24A 2WHHA 3SKFA 3D1ZA 4Y3FA 2WJOA 4U7VA 2I4DA 1FEJC 5BRYA 4EQJA 2FNSA 4ACXA 5P00A 1EBZA 1T3RA 4L7JA 3LZYA 4GJBA 5AH8A 5P1TA 1WKRA 1APWE 4Y4WA 5P3OA 3QRMA 4KB9A 2ZJIA 2BB9A 5P5NA 4CPSA 3IGBA 1MTBA 5P7HA 3GGVA 3S45A 2WF4A 2Z4OA 2VNNA 4JPCA 3OHFA 5P82A 1XL5A 2OF0A 2FDDA 5OZSA 4Y4XA 4B05A 5HDXA 4ZE6A 2IS0A 5DR4A 5P63A 5P3ZA 5AH7A 3L38A 3KFNA 5P1XA 2NMZA 3U6AA 5ENKA 3QRSA 5P5SA 4J1CA 2WF1A 4CKUA 5OZAA 3Q4BA 1OEXA 5PEPA 4I0ZA 4TRYA 5OZ6A 5P5IA 3TPJA 3O9FA 5DR3A 4M8XA 2HAHA 2PSUA 2VIYA 4FS4A 5P7XA 5OZ4A 2ER9E 5P5TA 3K4VA 1RNEA 3UDYA 5P54A 1HSHA 2IEOA 4EJLA 5JODA 3OUDB 3MXEA 4Y4BA 2G1SA 2F3FA 3UPJA 1LYAB 3OY4A 5P1BA 2PSVA 2OHPA 2JYSA 5P45A 4ER1E 1W51A 1YG9A 5OYRA 5P6HA 2V16C 2P4JA 4OBZA 4LXMA 4LXKA 5P4RA 1NPWA 1TSQA 3PCWA 5P2IA 5P26A 5P7WA 1BWAA 3O9HA 4FLGA 3LIZA 3TLHA 2G26A 5P7RA 3SAAA 5OYSA 1META 1SDVA 4YE3A 3VYFA 4Y44A 5P2HA 3ZOVA 5P3MA 4FAEA 2G69A 3VSWA 4DQBA 5P4SA 2R3WA 4Y3AA 5OZYA 1FQ4A 3F9QA 1BVEA 5P0ZA 2VA5A 4RVIA 1XDHA 4D8CA 5P0RA 3O9LA 1A30A 4J17A 3A2OA 5AHBA 4ACUA 5P0KA 4Y3QA 5P2TA 1G0VA 5P3UA 2UPJA 3VYEA 4FAFA 1ODWA 2OHQA 2ZE1A 3OUDA 5OZ0A 1W50A 1SDUA 3TPPA 4Y4EA 4J1FA 1FGCC 5AH9A 3K5DA 5P6BA 3UQUA 2QP8A 5P8BA 3GGXA 2RSPA 4Y3PA 3PBDA 3ZMGA 4F73A 1TCXA 1FIVA 3BVAA 4B1EA 3O9CA 2ZJKA 5P04A 4OBJA 3GI0A 5SY3A 1BDLA 5P1SA 2BKSA 4RROA 4Y5GA 5P0QA 3KFSA 3RVIA 3CIDA 3MSJA 3HZCA 3VLBA 3HVPA 3OAGB 4MC9A 1QBRA 1SH9A 4Y58A 4B70A 4PZWA 5OZOA 4Y36A 5OYXA 3OXCA 1HVKA 1W5YA 1EPME 5P1MA 4CPWA 1DMPA 5HE5A 1W5VA 5KQXA 5P5GA 2BJUA 3LNKA 1TW7A 1D4HA 2BQVA 3R2FA 5P42A 3S43B 2P3BB 1GVXA 1UPJA 4FM8A 4QJ9A 1HEFE 3IXKA 5OZJA 4R92A 3QROA 1KJFA 2JJIA 3UTLA 1PPME 2ZHRA 3QVIA 1D4LA 3I2LA 2WEZA 3KMXA 5P6KA 2B7ZA 2OHNA 3PI5A 2CEJA 1ZSRA 2F8GA 4PEPA 4YBFA 1C70A 3PLDA 3MSLA 5P1JA 4Y3EA 4OBKA 3T3CA 3OQDA 1E5OE 1ZTZA 5P7JA 4HVPA 5P80A 3OQAA 1HPXA 4Y4TA 1W6HA 5AH6A 1C6YA 1HIIA 4J1IA 1GVVA 2F80A 4B1CA 3I6OA 1LS5A 1NPVA 3PM4A 5P1PA 3IVHA 3S53A 2VIJA 4YDFA 5E5JA 1HSIA 5P3DA 4XX3A 3CYWA 4Z2ZA 1EC3A 2FDPA 3OAGA 1OHRA 4Y41A 4EJDA 1LZQA 1BILA 2WL0A 3L58A 5P1QA 5P3IA 2FIVA 3IXJA 2G1YA 2PWCA 1F7AA 3L59A 4DI2A 3K4VC 4E43A 1KJ7A 2QNNA 2B8VA 3CICA 4Y4AA 3S43A 5P2MA 4Y43A 3NUOA 1HEGE 4FGXA 3HDKA 3OHHA 5OZLA 5ER1E 1Z1RA 4NJVA 4Y5MA 5P5MA 5P7EA 3TOFA 5P14A 1BIMA 5P3WA 1W5XA 1W6IA 1UH9A 3M9FA 1G2KA 4GZFA 2QD8A 5KR2A 1XE5A 5OZ7A 3S7MA 5P6WA 5CONA 5P6RA 2XFIA 2QHCA 1EC1A 3S8IA 3ST5A 1QBSA 3HW1A 2QNPA 5P7BA 5EZXA 5EZZA 3D20A 5I3VA 3PWMA 3HAWA 4HE9A 5P1KA 5P75A 5P1HA 5HDZA 3VV7A 2PWRA 1D4JA 4GJ9A 2QMGA 3SM1A 3EKQA 5P4PA 4QJ6A 1ZJ7A 1FG6C 5P34A 4D88A 5I3YA 1G35A 5P48A 3RSXA 2O4PA 1AJXA 3UCBA 3INFA 4OBHA 5P05A 5P17A 2XFKA 5HCOA 5P7VA 3DOXA 5P3TA 2NR6A 3URIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OTS A;  2XFJ A;  4Q5M A;  4Y5P A;  5P0C A;  3QI1 A;  2QCI A;  2R38 A;  3QIH A;  5P7C A;  4OBD A;  2FGU A;  4Y3S A;  4DQC A;  2AZ9 A;  1MSM A;  1RQ9 A;  4DJY A;  3T7Q A;  4FL8 A;  7HVP A;  3UQR A;  5AHC A;  1D4Y A;  4HDP A;  3HBO A;  1LV1 A;  5P3H A;  4NPT A;  2HPE A;  5P4M A;  1B11 A;  4Y54 A;  5OYQ A;  3QRV A;  5P11 A;  1IIQ A;  5OZT A;  4JEC A;  4Y3D A;  3SA6 A;  3LPI A;  5DQ4 A;  4Y47 A;  3SA9 A;  4JPE A;  2QNQ A;  1E80 E;  2AOJ A;  5P23 A;  5P7M A;  1YX9 A;  1FG8 C;  5P59 A;  3NU4 A;  2NXM A;  5P7O A;  4ZSP A;  1ZP8 A;  2REN A;  4H3G A;  1B6L A;  1KJH A;  4Y57 A;  5P65 A;  3KDB A;  2QAK A;  4RGH A;  3FNS A;  2QZL A;  3K1W A;  5P4D A;  1B6M A;  5P7D A;  5DR0 A;  1K6V A;  4FRJ A;  1GKT A;  5P36 A;  5KQY A;  1FKN A;  1XL2 A;  3NDX A;  4CPQ A;  4U8W A;  3ZKN A;  4L1A B;  4WY6 A;  4Y4Z A;  2VJ7 A;  1B5F B;  1K6T A;  5KOQ A;  4Y3J A;  4PYV A;  4A6C A;  5P6J A;  3EL5 A;  5P7L A;  5P1A A;  5P5Z A;  3LHG A;  3ZKQ A;  2NNK A;  3RTH A;  3L5F A;  5P09 A;  5P8A A;  3EM3 A;  5P01 A;  2Q63 A;  4Y50 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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