5P09A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 56
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p09A01
4J0TA 3PBDA 4QGIA 4WTUA 4LHHA 1SGUA 1D4YA 4B00A 3KA2A 4OBKA 1G35A 4Q1YA 3BGBA 3CMSA 5P3XA 4Y3DA 2HC0A 3AIDA 1MSNA 3D20A 2ZJIA 5P4JA 3OU1A 3BVBA 5P0YA 2A1EA 2UPJA 4Q5MA 2ZJLA 3CICA 5P43A 5SXNA 1XN3A 4J0VA 5P5JA 3RTMA 2ZHRA 4XX4A 2A4FA 5OYYA 5IVRA 5P80A 5HDVA 3ZKNA 4K9HA 2FLEA 5P3FA 2QZWA 2P83A 3L5BA 3CKPA 5P62A 5P0DA 1KJGA 4GJ7A 5P7EA 5P71A 1GNNA 1IZHA 2OHKA 4RCEA 5P2SA 1HHPA 3H0BA 4FCOA 1MPPA 2OHRA 1EPPE 4YD5A 5P7JA 5P4XA 3KFSA 5DR7A 3VV6A 2PH6A 1LYBB 5P64A 2I4DA 1OEWA 2V13A 3OAGA 2JJIA 3NU5A 2G1YA 3EXOA 4B1CA 6UPJA 4OC6B 2AVVA 1FFFC 3TPPA 2ZHSA 3F9QA 3KFRA 4HDPA 5P1KA 5P4NA 1IVPA 2OF0A 4GJBA 2R3WA 5AHAA 5KQZA 4FRKA 4H3FA 2Q63A 5OYTA 3O9LB 4Y3FA 5P4GA 4A6BA 2SAMA 5DR3A 2PH8A 4Y5NA 2ZHUA 3MSJA 5P4HA 4DJXA 5T4SA 3GI5A 5P4IA 5P5YA 2FDPA 2QI4A 3OXXA 5P8CA 5P68A 5ISJA 2VIEA 1QBRA 4Y48A 3QRVA 1HPXA 1IVQA 4R95A 4Y3GA 5P6ZA 4FIVA 5P5KA 4LAPA 5P1BA 4OBGA 2G1RA 2AZBA 4NKKA 2F3EA 5P5GA 2QD7A 5P3BA 2VIZA 5P4YA 2IDWA 1EEDP 5P7AA 5P22A 4DJYA 5P7QA 1A30A 3KM4A 2IQGA 5P06A 4Y43A 3GW5A 4Y3ZA 1FQ7A 3LZSA 4NPTA 4Y56A 4BFDA 5P59A 2B7ZA 1IBQA 2ASIA 5P3UA 1B6MA 5I3VA 5P7VA 2MIPA 3ST5A 3L58A 1QBTA 4FSEA 4L7JA 4YBIA 3SQFA 3MXDA 1APVE 3EKPA 5P6NA 3NU4A 5OZAA 3HVPA 1F7AA 1WBKA 5P8AA 4MC2A 4YA8A 4B72A 4J1FA 5HDZA 4J1CA 3IN3A 5AH7A 4JP9A 4MC9A 4TRWA 1K6CA 3OUCA 3HD8A 3R0WA 2F8GA 2Q54A 5I3XA 2NNKA 5P7HA 2BKTA 5SZ9A 2FXDA 4NJTA 1NPAA 3PJ6A 3ER3E 5P7RA 5P0UA 1DP5A 1SIVA 5P1QA 5CONA 2UXZA 1T7JA 1EPLE 5OYUA 5I3WA 2I1AA 5P63A 3UFNA 1XE5A 4B77A 5HU0A 3NU3A 4PZWA 3NWXA 5OZLA 4EJ8A 2G24A 5P0JA 4H3IA 2WKZA 2NPHA 1FEJC 5OZ6A 5OYWA 1TSUA 2PQZA 2BJUA 3LIXA 5P81A 2OHTA 3UF3A 4Z50A 2JXRA 1GVWA 1FGCC 2J9JA 2JYSA 4Y5KA 2WF0A 5OZCA 2OHQA 4APEA 5CLMA 5P67A 3UDPA 2FDEA 5P0KA 1CMSA 1SDTA 2AOFA 1HIVA 3IAWA 1HSHA 1IIQA 5P08A 3LZYA 4RGHA 5P5RA 2B8VA 4EQ0A 5P7OA 2OHMA 2FNTA 3KFPA 3VYDA 4OD9B 5P5HA 1MESA 2WEAA 5OZTA 4F75A 1FMUA 1LYWA 1MUIA 5P02A 4RYGA 3PEPA 4WY6A 5JODA 1GKTA 4ZE6A 4Y6MA 4HE9A 4Y50A 3UDMA 5P0SA 4J1IA 5P2RA 3N3IA 5I3YA 5IE1A 2IS0A 3OTSA 5DR1A 5P3QA 3KMXA 1K6TA 5P42A 1G0VA 3T3CA 5OYQA 5P6LA 2F81A 3G70A 4QLHA 1D4KA 3MSKA 1T3RA 3M9FA 1APWE 1YM2A 2VKMA 5P7GA 1YTGA 5P7IA 5P8IA 5KAOA 3QBHA 5P2IA 5P2QA 1SH9A 2P3AA 5P3CA 4Y4UA 2BPXA 1IZDA 5P38A 3UDHA 1ZBGA 3OOZA 2Z54A 3S43A 3FKTA 3JVYA 2QZLA 5OZIA 4H1EA 2ZGAA 3UTLA 2RKGA 2HS1A 1DAZC 4I12A 4MC6A 3DK1A 1BXOA 2QNQA 2AOJA 4NJSA 5KR8A 4QJ8A 1HBVA 4Y5CA 3ZMGA 2WEZA 2G1NA 4ZEAA 1HVLA 5DGUA 5P53A 3SABA 4YDGA 4R5NA 1AAQA 5P0RA 5P4TA 5C9BA 5OZ1A 3TNEA 2NXMA 1PPME 1Z1RA 2ZHVA 1HVSA 3EKVA 1DIFA 1EC1A 2PWRA 3LPIA 2R3TA 3APPA 3KDCA 3BGCA 5KR2A 4DJPA 4GJ8A 2APRA 2OHNA 1DMPA 1XS7D 3UQWA 2WF3A 5P0PA 5P46A 2G94A 5OZRA 5P1FA 3EKXA 3IN4A 1ZAPA 4Y4JA 2O40A 3HW1A 1FKNA 3WB4A 4F76A 3U6AA 3APRE 1W6HA 4IVTA 1AM5A 4DVFA 2FS4A 5P3MA 1PSOE 3WZ7A 5OZZA 2IENA 3S54A 5P7WA 5P6PA 4D8CA 4FAEA 5UPJA 1BVEA 2ZJKA 3PHVA 2IEOA 1B6KA 5DGWA 1FMBA 3URIA 2G1OA 2IRZA 3NU6A 5P1EA 3TKGA 5P7SA 5P8PA 5P5ZA 4GB2A 2CENA 3TOHA 1KZKA 1HVCA 3O99A 1LF2A 4FRIA 4CKUA 5P1RA 3QS1A 2ER6E 4KE0A 4ZPGA 4XX3A 2QU2A 4Y4DA 5P2OA 4Y39A 4YE3A 1ZPAA 2BPYA 4XKXA 2G21A 4Y38A 3QN8A 5P1UA 2F3KA 3DV5A 5P51A 3HZCA 5P6GA 4B70A 5HE4A 3HAUA 5C9DA 1ODWA 1ER8E 3L59A 2VS2A 2QZXA 3OU4A 3PSYA 5OYSA 1RQ9A 1T7KA 5P5VA 3RTNA 1TZSA 4J55A 2ER7E 3QRMA 5P3GA 3BC4A 5P4LA 4I10A 4CPXA 5P76A 2V12C 5P7FA 3UCBA 3UDJA 1IDBA 1MRXA 3D1YA 1T6EX 4X7IA 2G20A 4I1CA 4HDFA 5P28A 4Q1XA 1N49A 2VJ6A 4KE1A 5IS4A 5OZWA 5P4QA 2HB3A 5P5AA 4CPUA 5P50A 5P0GA 4B1DA 3FNSA 4Y3HA 3PMYA 1GVXA 5P4FA 5P8OA 3VLAA 5P3AA 2B60A 4Y5LA 3EM6A 1WKRA 1ZPKA 5P86A 5P3IA 2AODA 1HSGA 2IKUA 4OBZA 2QMDA 5E5KA 5OZ7A 4Y4ZA 2PYNA 3SKGA 3URJA 5OYZA 4J17A 1CPIA 3IVIA 4I0ZA 1ODYA 3IXKA 4J54A 1FLHA 4FLGA 3LNKA 4OBFA 4DQBA 2PSUA 5ER1E 4I8WA 3BUGA 5P49A 4I0GA 1EBZA 5P3RA 1IZEA 3EMYA 4Y5EA 1B6JA 1AJVA 1HXBA 2RSPA 4HLAA 1HTFA 1Q9PA 3K4VC 1FMXA 5P7PA 5P33A 5P2JA 2BBBA 1SBGA 3S43B 2HB4A 5P8UA 1DPJA 1E81E 3VCMA 5HVPA 4R92A 3FSMA 2PC0A 3I6OA 5B18A 2WJOA 5P36A 2QI3A 4Y3WA 3L5DA 4LXAA 2FDDA 3T6IA 4EXGA 1BWBA 3BUFA 2PSGA 3K5GA 1T7IA 3HDKA 3HVGA 3INDA 3VYFA 1M43A 1UH9A 4FM6A 5P60A 2I4XA 5OZOA 3LZUA 1VIKA 1SP5A 3BRAA 5E5JA 3S45A 3TL9A 5P09A 2WF2A 5J25A 4YD7A 5OZ9A 4NJVA 3MSLA 4QJ2A 1FQ8A 4L1AA 2AZCA 5P2FA 4Y4GA 2AVSA 3DCRA 5KOSA 3OADA 4B78A 6APRE 3UQUA 5OZ3A 3NDXA 2AOHA 3EL1A 5P0WA 4CPRA 4L7HA 5P4BA 2OHUA 5AHCA 4MC1A 5IVQA 2QU3A 5IVSA 1LYAA 1PPKE 1ZSRA 5P3KA 3WB5A 5P5CA 3EKWA 3S56A 1GNMA 1W51A 1LV1A 3ZKGA 4ZIPA 5ENKA 4N00A 3TH9A 5P5BA 4APRE 1DW6C 4DI2A 1QS8A 2P3DA 2P8HA 4YOAA 1XL2A 5P0QA 1KJHA 4TRZA 5P3PA 4J1KA 5P1VA 3VSXA 5P8DA 1G2KA 2I4VA 3LINA 3Q3TA 1E82E 5SY2A 3TPRA 1JLDA 2O4NA 3OY4A 1W50A 3AUPA 1TCXA 1FF0C 1BIMA 1GVVA 5P12A 3EL4A 5P2XA 1FQ4A 1HPOA 5P7MA 5P47A 2VJ7A 5P8MA 3UPJA 3K5DA 4QJAA 4J0YA 4J5JA 1EC2A 2B8LA 2XYEA 3VF7A 5P41A 2VA5A 4YOBA 4DQHA 1GVTA 3HBOA 3ZPUA 3L5EA 3LIQA 1LS5A 5F00A 5P7BA 1CZIE 4GYEA 1AJXA 3T7QA 3QAAA 5P0ZA 1YTHA 3OU4B 5P16A 4IVSA 3O9EA 5P2VA 1SDVA 1HVIA 5P1NA 5P7CA 1EBYA 4Y57A 5OZ5A 4R91A 1MEUA 3DJKA 1HIIA 3HAWA 5P1MA 5P05A 5P8BA 4DJUA 5P6IA 3O9BA 3UQXA 4Y35A 1B5FA 3O9DA 2Q3KA 5P7TA 3SACA 3T7PA 5P55A 1HVKA 2WEBA 5P6XA 3OHHA 3I8WA 5P5EA 3OQFA 5P5DA 5P30A 5P73A 1T6GA 3GI4A 2AOGA 2G22A 2ZDZA 4JPEA 1AXAA 4FRJA 1EBKC 5KOQA 4EJLA 4RYCA 2NXLA 4TRYA 2AOCA 4HZTA 5P7XA 1W5YA 5OZUA 5P84A 3PLDA 5P11A 5F01A 5P01A 5KQFA 2WF1A 3RTHA 3ZOVA 4HEGA 5AH6A 3ER5E 5DQ4A 1LEEA 3OQKA 5P2LA 4CPQA 4F74A 3BVAA 3RSVA 4Y3SA 1F34A 1XN2A 3NUJA 3DUYA 1A94A 5P17A 3PM4A 1W5WA 1EPQE 2HIZA 4BELA 2P3CA 4U7VA 5HCOA 3Q6YA 5P2HA 5EZZA 5DR4A 3OU1B 3O9AA 5P2AA 1MT9A 2IGYA 3RU1A 1K1UA 2O4SA 3QVIA 2ZJJA 4RCFA 1BVGA 4HDBA 5P0FA 5P77A 5P7UA 4LL3A 4COEA 4Z22A 2FMBA 5OZFA 3VLBA 3OQDA 3KN0A 2I0DA 3PWMA 5P78A 2I4QA 2P4JA 2ZJNA 5AGZA 3D91A 3G72A 3R2FA 5IVTA 2R9BA 1HVJA 4YCKA 2NMZA 3LPKA 4ZPFA 5P0HA 3OADB 5P10A 4A4QA 4Y5BA 3IVHA 3SA3A 2BQVA 2XYFA 5P6HA 1YM4A 4HVPA 4OBDA 3PSUA 5P3WA 2I4WA 1LYAB 5P88A 4EQJA 3OAGB 5SY3A 5P24A 5HD0A 2ZYEA 4RLDA 3IGBA 3UHLA 1MRWA 5P7DA 4Y3RA 1D4HA 4LXKA 1HPSA 1UH8A 2NTRA 2FIVA 4GJDA 8HVPA 1EC0A 2ANLA 3O9GA 5P6WA 2G1SA 5P6KA 4GMIA 3GI6A 4HA5A 5P2CA 2BPZA 2QI1A 4R8YA 4LBTA 4FM7A 3A2OA 1A8GA 3WZ8A 3CKTA 5P29A 1A8KA 2QHYA 4FRSA 5P07A 2QD6A 3LPJA 2AVOA 3TPJA 3DV1A 5P2TA 3NUOA 1FIVA 5P0TA 1AVFA 1UPJA 3EKTA 5P1CA 2ZJMA 5P18A 4A6CA 4Y4TA 2AQUA 1C70A 5P7ZA 5P4SA 2V0ZC 1B6LA 2ZE1A 3SA9A 5P52A 5P27A 5COKA 4OBJA 3EKQA 4DJOA 1MERA 3ZKXA 5P1DA 5OZXA 3SPKA 4DQEA 2P3BA 1A9MA 5P66A 4DV9A 1M4HA 2OHLA 5P2GA 3LZVA 5DQ2A 3K1WA 1HTEA 2QNPA 5P1JA 5HTZA 4Z4XA 2IGXA 4EPJA 3TPLA 4Q1WA 3BHEA 4DJQA 4H3JA 1ZP8A 1PFZA 4K8SA 3S8IA 4CMSA 5DPZA 5P44A 4RCDA 3NDWA 2B42A 1B5FB 3QP0A 2WF4A 5P6YA 4Y54A 2QHZA 3NSHA 1HEFE 3S7MA 5P2MA 2BPVA 2QHCA 2NR6A 3PI0A 5P72A 3SA6A 3VFBA 2Q64A 2FXEA 2JJJA 5P83A 1ENTE 3INHA 5P35A 1QRPE 3DOXA 5P65A 4NJUA 5P3OA 1GNOA 5P6JA 4Y5MA 2XFIA 5P5PA 1ZTZA 3LIVA 3KT2A 1B11A 2V11C 4DQFA 4DH6A 4ER1E 2XFJA 4B05A 5P6MA 2CEMA 3U7SA 5P8KA 3O9HA 5P3JA 3PRSA 3QI1A 5P6TA 2QD8A 2VNNA 4YD6A 5P2WA 1D4LA 2V10C 5OZGA 4FSLA 1YT9A 3PSGA 4K4QA 4PZXA 3UDRA 3SAAA 3OTYA 2QI6A 3ZKQA 1EC3A 5ISKA 5P19A 1MIQA 3R0YA 3ZLQA 2I4UA 3OXCA 5P00A 3KMYA 2J9JB 5P5IA 4Y41A 1TCWA 5P85A 3D1ZA 5P1YA 1XE6A 2IL2A 1W5XA 4FAFA 3IXJA 3VUCA 2FGVA 3QPJA 1D4JA 2G26A 5P5QA 3S7LA 1FQXA 2QK5A 3L3AA 1ME6A 4J1HA 1BV7A 1QDMA 3D3TA 3VFAA 5P1LA 2NXDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J0T A;  3PBD A;  4QGI A;  4WTU A;  4LHH A;  1SGU A;  1D4Y A;  4B00 A;  3KA2 A;  4OBK A;  1G35 A;  4Q1Y A;  3BGB A;  3CMS A;  5P3X A;  4Y3D A;  2HC0 A;  3AID A;  1MSN A;  3D20 A;  2ZJI A;  5P4J A;  3OU1 A;  3BVB A;  5P0Y A;  2A1E A;  2UPJ A;  4Q5M A;  2ZJL A;  3CIC A;  5P43 A;  5SXN A;  1XN3 A;  4J0V A;  5P5J A;  3RTM A;  2ZHR A;  4XX4 A;  2A4F A;  5OYY A;  5IVR A;  5P80 A;  5HDV A;  3ZKN A;  4K9H A;  2FLE A;  5P3F A;  2QZW A;  2P83 A;  3L5B A;  3CKP A;  5P62 A;  5P0D A;  1KJG A;  4GJ7 A;  5P7E A;  5P71 A;  1GNN A;  1IZH A;  2OHK A;  4RCE A;  5P2S A;  1HHP A;  3H0B A;  4FCO A;  1MPP A;  2OHR A;  1EPP E;  4YD5 A;  5P7J A;  5P4X A;  3KFS A;  5DR7 A;  3VV6 A;  2PH6 A;  1LYB B;  5P64 A;  2I4D A;  1OEW A;  2V13 A;  3OAG A;  2JJI A;  3NU5 A;  2G1Y A;  3EXO A;  4B1C A;  6UPJ A;  4OC6 B;  2AVV A;  1FFF C;  3TPP A;  2ZHS A;  3F9Q A;  3KFR A;  4HDP A;  5P1K A;  5P4N A;  1IVP A;  2OF0 A;  4GJB A;  2R3W A;  5AHA A;  5KQZ A;  4FRK A;  4H3F A;  2Q63 A;  5OYT A;  3O9L B;  4Y3F A;  5P4G A;  4A6B A;  2SAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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