5P0CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 59
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0cA01
4Y3WA 3OTSA 3KDDA 2B60A 5IVRA 5P0HA 4GJ6A 5P5GA 3Q4BA 5P78A 1ODYA 3PM4A 5P67A 3ZKIA 4QJ7A 3CYWA 4KUPA 3VYDA 1MT9A 4XX3A 4CPSA 3VFBA 1ER8E 2G1SA 2QMDA 1C6YA 5P0UA 3SM1A 1B5FA 1KJ4A 2WF2A 4RVJA 1FEJC 5P6PA 2P83A 3APPA 4Q1NA 4WY6A 3UQUA 5P85A 5BRYA 5OZQA 4X2LA 4RVIA 3GI5A 3NUJA 5HTZA 1EAGA 1G2KA 2AOHA 2ZJLA 2BPXA 5P1QA 5P4OA 1FFFC 4QJ9A 2BPZA 2AOCA 2WF4A 4M8YA 3OQKA 4Y4EA 5P6BA 3EL5A 5P0IA 2RSPA 4LXMA 2O40A 3QROA 3T11A 5P1FA 2OHRA 5P4RA 2PSGA 2I4WA 4B70A 4Y3YA 4TRYA 5P2IA 5IVTA 1RQ9A 3PLLA 2XFIA 2VIZA 2AZ8A 2RKFA 3LIVA 4DQBA 2IDWA 1MT7A 1TW7A 5P2AA 5C9BA 5P01A 5I3YA 1EEDP 3PRSA 4DH6A 3Q5HA 3SACA 5P65A 1HEFE 2AOEA 2BPWA 5P81A 4Y3XA 1DIFA 4Y35A 2ZHRA 5P7SA 4J0VA 1IVPA 3ZPUA 5DQ1A 2IGYA 4CP7A 1B6KA 4B1DA 2FXDA 3CIBA 1LEEA 1W5XA 1HVCA 3B7VA 4Y5MA 4B1EA 2AVMA 4Y3SA 5P5VA 2FDEA 4J1CA 1HXWA 3O9HA 2B7ZA 5P6GA 5P87A 3UDHA 1BVEA 3UHLA 1CMSA 2QMFA 5EZXA 5P6XA 3D20A 2WEBA 4BFDA 5APRE 4PZXA 3IGBA 3NU6A 5P03A 1SIPA 1BWBA 1GNOA 1RNEA 4FRSA 5P3TA 4EP3A 4YOAA 3ZKNA 4S1GA 1B6JA 2NXLA 3SA9A 3LITA 3DUYA 1CPIA 3R2FA 1NPVA 1ZPKA 5DQ2A 5P7EA 4ZPFA 3LIQA 4J0YA 5P5AA 1LYWB 4Y48A 3VLAA 4PYVA 3L3AA 3ZOVA 2AZBA 1PROA 4GJ5A 3UDQA 1HVRA 1ZTZA 3EKYA 5P5EA 2IS0A 4ZPGA 2F8GA 5P7QA 4Y4UA 4PHVA 2A1EA 3MWSA 4Z4XA 3ZMGA 5P7BA 1GNNA 3OY4A 1Z1RA 2I4DA 1XS7D 5P8CA 1BDRA 5P70A 1UH8A 4I0GA 2V11C 1BILA 2FDPA 1UH7A 5P5QA 1BAIA 7HVPA 1YTIA 4YE3A 2BPYA 5P8FA 3DOXA 5P4VA 2OF0A 2R3TA 5P39A 3KFPA 3VCMA 3K5DA 4H3FA 4R93A 1EC1A 3L5EA 5P0YA 3QS1A 2CEMA 4CKUA 2PSUA 2FNSA 1LYWA 1DMPA 5P8OA 3I7EA 3QRMA 2G94A 3APRE 2G26A 2XFJA 5P1BA 3OXXA 1BXQA 2XYFA 1K1TA 2P3DA 3SA7A 2VNNA 5E5JA 4FLGA 2V0ZC 1YTHA 5P5WA 3INHA 2OHUA 4DJXA 2PYMA 1EC2A 3LINA 1TCXA 4D85A 2OHTA 2NR6A 2WL0A 3FNTA 5T4SA 4FIVA 4J0PA 5P8JA 1HWRA 5P41A 2F80A 5P61A 1EBYA 4AMTA 2VNMA 5P8HA 1MSNA 5P2KA 5P25A 2I0DA 3D1ZA 4Y5EA 5P32A 3HAWA 2QZWA 4UPJA 5CONA 4EPJA 5C9FA 3O9EA 5P14A 3HZCA 3BVAA 1AVFA 5P3ZA 3KFRA 2IKUA 5DPZA 4FM7A 5OZIA 5P2UA 2NTRA 1XN3A 4OBZB 5OZ9A 4H1EA 3ECGA 3NDUA 5BWYA 2P3BB 3ZKXA 2QI7A 2BKSA 2QD7A 4PZWA 5P2CA 5P27A 2HB4A 3EM4A 1HPOA 3OXWA 2B7FA 2I4UA 3PBZA 4Y4DA 4B0QA 4Y3DA 5P00A 2AQUA 3KA2A 4A6CA 5P1MA 5P7PA 5COKA 1HTRB 5P29A 2QU3A 4Z2ZA 1QS8A 3QBFA 4EHCA 2G22A 1B6MA 9HVPA 1W6IA 1KJGA 3IVIA 5P4YA 5HU0A 2I4VA 3O9LB 3BRAA 3H5BA 4Y4ZA 4FCOA 5P0GA 2B42A 5P5ZA 3NU9A 2R43A 5P4WA 5P82A 1SMEA 2PQZA 4NPTA 5P2MA 1D4HA 2B8LA 4Y4GA 4Y6MA 5F01A 4RZ1A 4FRIA 5P1IA 1K6VA 5I70A 5P4PA 5P4CA 5P5OA 5P1RA 5P4LA 3IXKA 2AVOA 5COPA 3S56A 4Y3LA 5KR8A 4OC6B 2IENA 5KQZA 3DCKA 5P6KA 1HOSA 4EP2A 6UPJA 1J71A 3R0YA 4OBZA 4A4QA 2FLEA 5OZLA 4D8CA 3OOTA 2P3BA 4OBGA 5HE4A 1HIHA 4HVPA 5DR0A 5BS4A 5P7JA 1GNMA 3D91A 3EBZA 3QPJA 2P3AA 2HB3A 2FGVA 1D4LA 3FX5A 1BXOA 1G6LA 5P2TA 4I0DA 2HC0A 5P5UA 2F3KA 5P24A 4NJUA 3S7LA 4YD3A 5P4TA 4QLHA 5OZPA 5P2RA 3M9FA 5P2QA 3Q6YA 3PWMA 3O9LA 5FIVA 1IZDA 4ZSRA 1FQ4A 2MIPA 4Y3GA 5P0MA 1W5WA 5P2SA 5OZOA 4DQEA 4RRSA 5JODA 4ZLSA 1A8GA 1LYBB 1XL2A 3D1XA 3LZYA 4Y9WA 2QP8A 3GGAA 4FAFA 2ANLA 3ZL7A 1HVKA 1EPME 4MC6A 1FLHA 5P3WA 5P6UA 3LZUA 5P2BA 2IKOA 2O4LA 3BUGA 4J54A 4OC6A 5OZBA 3Q70A 4Y44A 5P6RA 3TPJA 5P73A 3JVYA 1KJFA 4MC1A 3DV5A 2H6SA 5P6SA 1QRPE 4YD6A 4APRE 5P7HA 5P6ZA 4BELA 4AA8A 7UPJA 3MSLA 3CKRA 3PB5A 3VYFA 3R1GB 3BXSA 4DI2A 5P18A 1MESA 3PCWA 2UY0A 4ER2E 2ZHTA 3ZKGA 5F00A 2H6TA 1HSIA 1G0VA 5P26A 4NJTA 1OEXA 2ZE1A 3CYXA 5P3FA 1LF3A 3O9FA 2QI3A 5P4JA 5P8DA 1ZAPA 4LXKA 1LYBA 4R95A 3SQFA 3OADA 1HPVA 2RMPA 5P50A 5P8QA 5OZRA 1BIMA 4RVXA 4F73A 5P3GA 3BGBA 4CPTA 5P10A 5P17A 5HCOA 3LHGA 4Y58A 1F7AA 2VJ6A 2OHPA 2Z54A 1BV7A 4Y3QA 2Q5KA 4Z22A 5P68A 4DPIA 3OU1B 4DQFA 1EPNE 2WF1A 3INFA 5HDVA 5P0CA 5P6YA 5P6DA 3VV8A 2AZ9A 3KYRA 4Y39A 3OUAA 5OZHA 2SAMA 3SA6A 2G69A 3KT2A 5OZ6A 5P3AA 2NMYA 4JECA 5P33A 1YM2A 1CZIE 5P11A 3PI0A 1EBKC 5P37A 3PGIA 3N4LA 3HVPA 2ZJKA 3PJ6A 4Y41A 5P5DA 4OBHA 4YA8A 5P3OA 1XE6A 1QBRA 5P0OA 5P0FA 3WZ7A 3SFCA 4YDGA 5P2HA 3K4VC 1MPPA 3NDTA 5P1XA 4GJDA 5P07A 5P34A 3URLA 1K1UA 3OUDA 4Y3MA 5P2LA 4Y56A 5OZKA 3EC0A 4CMSA 5P3BA 1QBSA 3U71A 5P7RA 2I0AA 3RTHA 1D4YA 1W50A 4KE1A 3OU1A 4XKXA 5P09A 4B77A 4J55A 2JE4A 1K2BA 1EPQE 4J1EA 1C6ZA 5OZ4A 3VFAA 1IDAA 2G20A 5P84A 5P5FA 4HA5A 2PWCA 5P8MA 5P4KA 3ZKQA 4JP9A 3I25A 3VV6A 2NXDA 3TNEA 2JYSA 2ASIA 5P23A 3SPKA 3OUBA 1MSMA 5P08A 2Q11A 3ZKMA 1AZ5A 3EKQA 1IBQA 4MC9A 3CKTA 4GJ7A 5P8SA 4B72A 5P54A 5P0VA 1YM4A 5P69A 4PPHA 5P6CA 1PSNA 3DV1A 4EQ0A 4AA9A 1EPOE 5P4HA 5P4SA 3UTLA 5P8VA 5P3UA 3AUPA 3JVWA 3TKGA 2F3EA 4WTUA 5DR1A 1SDVA 4I0IA 4I10A 1NPWA 5DR3A 3MSKA 5P2JA 1QBTA 2QI5A 3BHEA 5P1CA 5P2DA 2VS2A 1MVPA 3SA3A 1WBKA 4QJ6A 2Q3KA 3IXOA 2QMPA 3QVCA 5P48A 1FG6C 2VIYA 1RL8A 3QRSA 4DJYA 3O9AA 1HVJA 3OQFA 1TSUA 5P3MA 2QI6A 5P3JA 4YD5A 1MIQA 2IEOA 5UPJA 1T6EX 3PLDA 4TRWA 3NDWA 1KJ7A 5P6LA 4RCDA 4GZFA 5AHBA 4RYGA 5AHAA 2EWYA 1FQ6A 4Q5MA 5P04A 3MXDA 3UDNA 2OHSA 4HLAA 4ZSMA 4ACXA 2QZLA 3GW5A 5P2ZA 2ZHUA 3BUFA 1AAQA 5OZ3A 2R5PA 5P36A 3KMXA 5P86A 2BB9A 8HVPA 5ER2E 3OGPA 3IXJA 1TCWA 3I6OA 1AIDA 2FS4A 5P4IA 3ZKSA 1AJXA 3O9CA 1GKTA 4U8WA 3UFLA 5KAOA 3K5GA 4J1HA 3EKXA 2QZKA 5ISKA 4Y3TA 1YTJA 3DM6A 4Q1XA 2HM1A 2ZJNA 2BJUA 4TVGA 1WKRA 2QD6A 5P47A 5P12A 5OZZA 1LS5A 3URJA 4NPUA 5P7ZA 5P46A 5P5CA 4IVTA 2BKTA 5P0JA 5OYQA 3KM4A 3VUCA 4R8YA 5P15A 2IRZA 2QK5A 4Y3JA 5P0QA 3EKTA 1A30A 1K2CA 2O4PA 5P2FA 3SM2A 4Y5GA 5P7MA 3RSXA 4R91A 5P02A 5P38A 5P2EA 1E82E 3WZ8A 5OZJA 2R8NA 2PH8A 5P16A 4J17A 1OHRA 3EKVA 3OUCA 1TSQA 1YT9A 5P1KA 5P64A 5OZ1A 3G6ZA 5P7DA 1BBSA 3TKWA 2OHMA 3T7QA 2G1RA 2I4XA 3S2OA 3U6AA 5P5NA 5P5SA 1EPLE 3OTYA 3DK1A 4LAPA 1FIVA 1TQFA 2NXMA 3CMSA 5P31A 5ER1E 2P8HA 1D4SA 2WHHA 1EPRE 1GVUA 4I1CA 3HLOA 5P8PA 1RV7A 1T3RA 3QP0A 4EQJA 4I11A 5P1VA 5SXNA 5P1LA 5P7VA 4YCTA 2QNPA 5TOLA 3NWQA 5OZXA 3FV3A 3KMYA 1NPAA 1XDHA 2FGUA 3SKGA 3NU3A 4JOOA 1FF0C 1HHPA 3B80A 2WEAA 3MSJA 2R5QA 5P2NA 1MT8A 1VIJA 5P79A 5KR1A 3C9XA 1C70A 4RROA 3UDMA 1MEUA 1K6PA 4GYEA 4Y37A 5C9DA 5P6EA 3UQWA 2ZJJA 4Y3RA 2V00A 2ZJMA 4RGHA 3TPRA 3VF7A 5P4DA 3G72A 5P5IA 4Y4AA 1BDQA 3KFNA 5OZWA 3S45A 3IVHA 4QJAA 1GVTA 3KF0A 3KFSA 1ENTE 3OU3A 3TOFA 3O9BA 4N00A 1YTGA 5OZ8A 3K5CA 5P7XA 1HVIA 1FQ5A 4NJVA 4J1IA 3GI6A 5DQCA 1BDLA 5I3VA 4GIDA 1W51A 5I3WA 4AZYA 1U8GA 4DPFA 2HS2A 3ZPTA 4FM6A 3TLHA 4HZTA 5P7TA 2WF3A 4D88A 5P77A 3LIZA 5P5RA 4I8ZA 4Y5PA 5HDXA 5P5XA 1MRXA 2QI4A 5P3EA 4Y5LA 2G1OA 3UDJA 4K4PA 1EC3A 5P3NA 4B1CA 4K4RA 4OD9A 5P53A 1ZLFA 2ZJIA 1HTEA 3AIDA 4NJSA 3HVGA 5P4ZA 5HE7A 1EBWA 5OZTA 1OEWA 1XE5A 4R92A 1HIVA 5P80A 4Z50A 5OYRA 2PK6A 4RCEA 3PWWA 1ODXA 5P74A 5ISJA 3OHHA 4I0JA 2QNQA 5DGUA 2XFKA 5AH9A 5P20A 4Y45A 1SMRA 4Y51A 1QBUA 3HW1A 2OHLA 2R3WA 1T7JA 4Q1WA 3VYEA 1MERA 4EJ8A 1APTE 5P6HA 2PYNA 5OZCA 2J9KA 5P8RA 3LNKA 1KZKA 4J1FA 1SGUA 5OZ7A 5P2GA 3EKPA 5P56A 3OOZA 2ZJHA 5ENKA 2VIEA 3S43B 5P5LA 4YCYA 4YBIA 1AJVA 3OADB 4YHQA 2J9JB 2RKGA 4EJLA 3OQ7A 6FIVA 2HB2A 4FGXA 2Z4OA 4Y5AA 1ZPAA 4ZEAA 5P2XA 4GJBA 5P3SA 5P6FA 2VIJA 5KR0A 4CPWA 4FRJA 4E43A 2VA5A 5P1WA 3KDCA 2ZDZA 2V10C 4H3JA 4F76A 4GJ9A 4EWOA 5P58A 4BEKA 5P30A 2BQVA 5P3PA 3LPKA 5P6AA 5OYZA 3KT5A 4FE6A 3DJKA 2WJOA 2O4KA 4D83A 4OBDA 4DJPA 1M43A 2VA7A 1T7IA 5P63A 1LZQA 4LL3A 2AVVA 3BVBA 4XX4A 3HAUA 3S43A 3NXNA 4HDFA 5DR8A 3NWXA 4Q1YA 3CICA 3HBOA 5P3HA 5P3VA 3WZ6A 3G70A 2J9JA 3EL0A 2PK5A 4YOBA 4CPXA 5B18A 1W5VA 4GMIA 1W5YA 1LV1A 3OGQA 1VIKA 1M0BA 3OUDB 5P5PA 3FNUA 1IZHA 2APRA 5P89A 5P1ZA 2PSVA 4LBTA 5KR2A 4I0FA 1FMXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3W A;  3OTS A;  3KDD A;  2B60 A;  5IVR A;  5P0H A;  4GJ6 A;  5P5G A;  3Q4B A;  5P78 A;  1ODY A;  3PM4 A;  5P67 A;  3ZKI A;  4QJ7 A;  3CYW A;  4KUP A;  3VYD A;  1MT9 A;  4XX3 A;  4CPS A;  3VFB A;  1ER8 E;  2G1S A;  2QMD A;  1C6Y A;  5P0U A;  3SM1 A;  1B5F A;  1KJ4 A;  2WF2 A;  4RVJ A;  1FEJ C;  5P6P A;  2P83 A;  3APP A;  4Q1N A;  4WY6 A;  3UQU A;  5P85 A;  5BRY A;  5OZQ A;  4X2L A;  4RVI A;  3GI5 A;  3NUJ A;  5HTZ A;  1EAG A;  1G2K A;  2AOH A;  2ZJL A;  2BPX A;  5P1Q A;  5P4O A;  1FFF C;  4QJ9 A;  2BPZ A;  2AOC A;  2WF4 A;  4M8Y A;  3OQK A;  4Y4E A;  5P6B A;  3EL5 A;  5P0I A;  2RSP A;  4LXM A;  2O40 A;  3QRO A;  3T11 A;  5P1F A;  2OHR A;  5P4R A;  2PSG A;  2I4W A;  4B70 A;  4Y3Y A;  4TRY A;  5P2I A;  5IVT A;  1RQ9 A;  3PLL A;  2XFI A;  2VIZ A;  2AZ8 A;  2RKF A;  3LIV A;  4DQB A;  2IDW A;  1MT7 A;  1TW7 A;  5P2A A;  5C9B A;  5P01 A;  5I3Y A;  1EED P;  3PRS A;  4DH6 A;  3Q5H A;  3SAC A;  5P65 A;  1HEF E;  2AOE A;  2BPW A;  5P81 A;  4Y3X A;  1DIF A;  4Y35 A;  2ZHR A;  5P7S A;  4J0V A;  1IVP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3UQP A;  1PPK E;  1NH0 A;  4GJ8 A;  3SAB A;  4YDF A;  5JFU A;  5OZA A;  1IDB A;  1FG8 C;  3VSW A;  1UH9 A;  1EPP E;  3OAG B;  4APE A;  4DJW A;  3NSH A;  5P3Y A;  4HEG A;  2G24 A;  1M4H A;  2WKZ A;  5P2Y A;  3VLB A;  5P3C A;  3TTP A;  3K1W A;  1AM5 A;  2NNK A;  5P66 A;  5P7L A;  5P7Y A;  4EXG A;  5P0L A;  5P4A A;  5P1P A;  5P6I A;  5P6T A;  4FRK A;  2FIV A;  2PC0 A;  5P0K A;  5P8B A;  2Q64 A;  5P5T A;  3UDK A;  3TH9 A;  2G21 A;  5P8U A;  1T7K A;  5P1T A;  2AOI A;  5P57 A;  2NMZ A;  3QVI A;  5P44 A;  3S85 A;  1SDU A;  1ME6 A;  2OHQ A;  2O4S A;  2PMA A;  3OQA A;  1HEG E;  5P3X A;  3QN8 A;  2HPE A;  3T7X A;  3EMY A;  3L5F A;  1HPS A;  5OZU A;  3OWN A;  3PSY A;  5P0N A;  5P0A A;  5P1A A;  1PSO E;  3N3I A;  2I1A A;  5AHC A;  4Y3F A;  1HTF A;  1ZSR A;  2G1Y A;  5P52 A;  4ER4 E;  4M8X A;  4Y38 A;  4X7I A;  3IA9 A;  4ZPE A;  1HII A;  3OU4 B;  5P6W A;  4B05 A;  4F75 A;  4I0H A;  5OYU A;  5P7A A;  5P1E A;  2ZYE A;  1D4J A;  4Y5B A;  1HVS A;  5P0S A;  3WB4 A;  5OZV A;  2WF0 A;  2B8V A;  3PI5 A;  3L5D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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