5P0DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 60
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0dA01
3G70A 2J9KA 2WEZA 1B6PA 1ER8E 2F3FA 5P40A 5P7RA 3SA4A 5OZ1A 5OZOA 3PMUA 1D4HA 3ZKXA 5P05A 1MESA 4K8SA 5DR4A 5HDVA 3L5CA 5P46A 3Q6YA 4YD7A 2F8GA 1K1UA 1E81E 5OZUA 2BPXA 4QJAA 5OYUA 5P28A 4I0ZA 5P0VA 2H6TA 4YCTA 1B6JA 4Y45A 1B5FB 3BVBA 1FQ6A 4J1CA 1HRNA 5OZ0A 5P3OA 2IGYA 5P3EA 5P1IA 2QI5A 4NKKA 2O4PA 2IDWA 3K4VA 4M8YA 2G1OA 3PHVA 5P8RA 5P3PA 4J1HA 2WL0A 5P8BA 3UFNA 4Y3MA 3WZ8A 4I0JA 2EWYA 5OZ8A 4EJKA 5IE1A 5P5UA 4RROA 5AH9A 3PBDA 5KQXA 3EM3A 3FX5A 3O9BA 2G1SA 4Y43A 5P1DA 3LIQA 2FMBA 2I4DA 3O9EA 3OUBA 1LV1A 1RNEA 4AA8A 2G1RA 4B1DA 5EZXA 4L7GA 4Y3QA 2HB3A 4DV9A 2B7ZA 4YCYA 2AOHA 3UCBA 5P7XA 3VLBA 3CIDA 1B11A 4JPEA 5P3RA 3VV7A 1G2KA 3VG1A 5P1JA 5P3WA 4YOBA 3QP0A 5P83A 5OZEA 1WBKA 2HM1A 3PI5A 2V16C 2OHNA 1GNMA 3DJKA 2V10C 5P8EA 4A6BA 4YA8A 1BDRA 5P4OA 5OZFA 1K2BA 5OZYA 4Y44A 4AA9A 3S85A 3IN3A 1DIFA 2Q3KA 3UDYA 2HC0A 4OBDA 1IZDA 5P6CA 3O9IA 5P09A 5P6RA 4TRYA 1Z8CA 1APTE 5P67A 5P3QA 2Z54A 2IRZA 4U7VA 2ER6E 4DPIA 1D4IA 1SBGA 4PPHA 4RVXA 3NWQA 1AAQA 2RMPA 4J54A 5P50A 5P7GA 3UQPA 4Y5PA 4Y35A 2B8VA 2QI0A 4U8WA 3HAUA 5P58A 5P64A 4Y47A 1OEXA 4Q1YA 1PFZA 5P3VA 4RCFA 3UDJA 3PCWA 4LHHA 5P73A 5P41A 2NNKA 4B70A 1FQ5A 1PPME 4LC7A 5P52A 5P45A 3SAAA 4OC6A 5OZ4A 4J5JA 3LINA 1GKTA 5P4KA 3EKTA 3QRSA 2QMPA 2OF0A 4Y3XA 4EP3A 3O9AA 4GJDA 5P0WA 5P1ZA 4R95A 5BWYA 4K4QA 5KR1A 4MC1A 1TSUA 5OZTA 2AOIA 1FF0C 3OADA 4QLHA 5P2VA 4TVHA 5P0TA 3NU5A 2VIZA 3KN0A 4RZ1A 5P6DA 4Z50A 5OZIA 5P3HA 3L38A 5AH6A 5HCTA 3OOTA 4QJ8A 4B05A 5P6SA 5DQ2A 3BUGA 1WBMA 5P5YA 5P7NA 2RSPA 5P8MA 2R5QA 1ME6A 3SKGA 5KR8A 4ZSPA 5DR7A 1HSHA 3ER5E 4F76A 5P8VA 2VIJA 3T7PA 4K4RA 3T3CA 2VKMA 4CPUA 4J0YA 1AXAA 3QBHA 3GGXA 3ZKIA 1DPJA 3QS1A 5P68A 5P8FA 4XXSA 1EC3A 5HE7A 2FIVA 3HVPA 5P4YA 4Z4XA 4KB9A 5P23A 4D89A 5P03A 1SIVA 4APRE 3PGIA 5P3LA 1FQ4A 5P7UA 3SLZA 2RENA 2A4FA 4A6CA 3EXOA 5KR2A 4DUSA 4H3IA 5AH7A 3KA2A 4Y58A 3GI5A 3URIA 3EKWA 4RVJA 3L58A 2Q64A 4AMTA 5P1RA 3SA9A 4Y51A 2HAHA 5P1HA 1B5FA 4DQEA 2QHCA 1EC2A 3SA3A 5P2SA 5P8LA 3O9CA 4AUCA 5P4EA 5P5VA 3HVGA 4CMSA 1QBUA 1RV7A 4M8XA 1APVE 2UXZA 3PWMA 5OZGA 4ZSQA 4I8WA 2B42A 4Y5LA 2O4KA 4H3GA 5P6IA 1XN2A 5OZNA 5CONA 2G27A 3APRE 4B00A 4GJ7A 3WSJA 3LZYA 1HSGA 3UTLA 1LZQA 2IL2A 5I3YA 3HLOA 1U8GA 5P43A 3VSWA 5P1KA 3PSUA 4Y3NA 1HXBA 4Y6MA 1J71A 1VIKA 2WECA 5P77A 5P7FA 5P3FA 3VYEA 3LPIA 2I4QA 2Q15A 1D4LA 2QNNA 4JPCA 1KJ7A 5P06A 5P3TA 3OXCA 5P4BA 4JP9A 3KDDA 1GVTA 1PROA 2FGVA 2NMYA 4FRKA 5P53A 3URLA 2QZWA 3U71A 5P1CA 5P5MA 3L3AA 5P7AA 4GMIA 3BGBA 1ODYA 1IDBA 5P26A 5P3KA 4FAFA 2AOCA 2OHKA 3OQDA 3RSVA 2G26A 5P6YA 3ZL7A 2P3DA 4Y3PA 5P5OA 1JLDA 3TL9A 3WZ7A 5P3AA 5P4IA 5P71A 1TSQA 4EXHA 3QRMA 5P72A 2IKUA 2OHUA 5P4LA 3VYDA 3L5EA 3R1GB 3KMXA 3K4VC 1K2CA 1ENTE 3OUCA 3CYXA 4FGXA 3G72A 3ZKMA 2PQZA 1T7KA 3HAWA 5P4VA 3QRVA 1B6MA 2WJOA 2PSGA 1GVXA 4DJOA 1E5OE 3NDWA 3U7SA 4Z2ZA 4I1CA 2AOJA 1TW7A 3O9DA 4YD3A 4B1EA 3NR6A 5OYYA 1HEFE 4I0GA 3QAAA 1FLHA 5P33A 1FG8C 1GNNA 2FXDA 1UH8A 5I3WA 1AIDA 3MSLA 1N49A 1XE5A 2ZJNA 4GJ8A 5P2FA 2R3WA 4B72A 2OHLA 5P00A 4X2LA 1T6EX 5P1VA 5P6LA 5P78A 5P8JA 3KYRA 4Y3GA 1F7AA 3Q4BA 3L5BA 3RTMA 3IN4A 1HTRB 1BDLA 5P80A 3UHLA 2WHHA 4J0TA 5OZXA 5P22A 5P56A 4EP2A 5P55A 1RQ9A 5P3CA 3FIVA 1ZLFA 2V13A 3OU4B 4Y3EA 5OZ3A 4EJLA 3BXSA 1YTHA 5P5FA 1EC1A 4LAPA 3PM4A 2AZ9A 3LNKA 3PRSA 5E5JA 2I4VA 5P32A 1RPIA 1FQ8A 5P8NA 3ZKSA 1CPIA 3GGAA 5IVRA 4FL8A 1HXWA 5P6NA 1Z1HA 2ZHUA 5P4ZA 4J1IA 5P4JA 3NUOA 4B78A 2HPEA 1UPJA 1K1TA 5P7OA 5AGZA 2WEAA 1ODWA 1Z1RA 5P3XA 3TKGA 5P7PA 5EZZA 3I7EA 3I6OA 2HPFA 5P1XA 5P0NA 1M4HA 5P62A 2ZHVA 1HVLA 3UQWA 3T7XA 2G24A 1K6VA 2NTRA 2P3BB 3O9GA 5OYVA 3UDPA 5P0UA 5P2MA 1HPXA 3EM6A 1W50A 4FS4A 5P5IA 5HE5A 1TCXA 2R3TA 3ZPTA 2Z4OA 2FGUA 3IXJA 2JE4A 3JVWA 4YCKA 1C6XA 1EAGA 2B60A 4Y3JA 4EQJA 3WZ6A 1ZJ7A 4DJWA 2AOGA 4H3FA 4I0DA 4PZXA 5OZMA 4DJPA 1EC0A 2RKFA 2BPWA 2ER7E 2G69A 2G1YA 2QP8A 5P88A 5P3ZA 3H0BA 1GNOA 4NJSA 5P2UA 1FMBA 4L7JA 4LL3A 5P7JA 3GW5A 6APRE 4TRZA 2B7FA 2WF4A 3PBZA 2FDPA 3R4BA 1C6YA 5P0XA 5P2LA 3VCMA 3NDTA 4KE1A 5P7ZA 4D85A 4Y4TA 1EBKC 5C9BA 2BPZA 1BXOA 1EBYA 4FSLA 4RYGA 4DJXA 3O9LB 3OHFA 3NDUA 3S7LA 2ZJIA 8HVPA 3CICA 5APRE 4ER4E 2BJUA 1MT9A 1NPAA 5SY3A 4LBTA 4DQGA 4Q1XA 3VF5A 4FRJA 3OOZA 5P19A 3PWRA 2OHSA 4OBGA 5P8KA 3M9FA 4DJRA 1ZTZA 1HIHA 5P4MA 4IVTA 1SMRA 5P1SA 3JVYA 4R91A 5P11A 2V11C 4RRSA 5SY2A 5OZ9A 3SO9A 3QVIA 4I12A 1LYWB 2ZJMA 5HTZA 3NWXA 2OHPA 2CENA 3GI6A 2BBBA 5OYSA 2P4JA 3OAGB 5P0RA 2QHYA 1DMPA 3FSMA 4ER2E 2ZJHA 5I70A 3CKPA 4ZPGA 3APPA 4D88A 6FIVA 5IVTA 3K5FA 5P2TA 4Y54A 1K6CA 2I4WA 4YE3A 2QI7A 1C70A 4DPFA 5P84A 4L1AB 5P63A 2G22A 5P4UA 1T3RA 1META 4FM7A 3LZVA 4YBIA 1W51A 5P2JA 5P5QA 5P13A 3TNEA 1HWRA 4PZWA 1FG6C 3TPRA 5P6PA 5P4NA 5P8HA 5P6XA 5P2NA 4DJVA 4DJQA 2AVVA 4ZSRA 4RYCA 1MUIA 5P6JA 2BB9A 1ZPKA 2RKGA 4I0IA 3PLLA 4GIDA 5P0YA 5P48A 1HVHA 5P3JA 2V00A 3URJA 3EBZA 5P1FA 1NH0A 2UPJA 5P1LA 2XFJA 2ZHSA 1FFFC 1A30A 3BUFA 1AM5A 4J0PA 5KOSA 5DQ5A 5JFPA 2R5PA 4HDPA 4NJTA 1MIQA 3HZCA 4BEKA 5P6GA 2WF3A 5P4SA 3OK9A 1UH7A 2JXRA 4DI2A 4U7QA 3O9FA 3B7VA 1KJGA 1D4JA 3EL9A 2R9BA 1EBWA 4Y4EA 5P17A 3ZLQA 1EPME 1TCWA 4S1GA 4B0QA 4Y41A 1KJFA 3NXNA 5P0CA 3D20A 5P1MA 1YTJA 3S56A 3TTPA 5P70A 5P7KA 1MEUA 4B77A 2FXEA 4Y4BA 5P6OA 1ZP8A 5P5GA 1TZSA 1MRWA 1W5YA 5P60A 1HVCA 5OZHA 1LF3A 1RL8A 2QD6A 5J25A 2NXMA 1AJVA 3GI4A 4CPXA 1AJXA 3HDKA 3KT2A 2BPVA 1NSOA 5P51A 5P7VA 3GI0A 4Y3ZA 3QROA 4OBZB 4OBFA 5P07A 2AZBA 1FMXA 4GB2A 2NXLA 4EHCA 5P8IA 2NR6A 4Y5GA 5P6TA 4COEA 1UH9A 2B8LA 3WB5A 1IVPA 5P7CA 5KR0A 5KQFA 3EKYA 4LXMA 1KZKA 5P15A 1LYBB 5P0SA 3LZSA 3L59A 5ENKA 2XYEA 2WEBA 5P2WA 3SQFA 1OHRA 4CPQA 5OZ7A 3LZUA 4J55A 5P61A 2O4LA 5P1AA 4HZTA 2QMDA 1QBSA 5DGUA 5IVSA 1HTFA 2QMFA 1HBVA 5P0QA 5OZZA 4X7IA 5P47A 5HU0A 1OD1A 1BVGA 5P0AA 2F81A 3BXRA 3SA8A 1NPWA 3ZOVA 2O4SA 3KFRA 2UY0A 3O9LA 4ACUA 5HE4A 3OTYA 4TRWA 5ER1E 4Y4XA 3R0YA 4CKUA 1YG9A 3DV5A 4Y5NA 3SABA 3VV6A 5P12A 1MTBA 3R0WA 4L6BA 2QNPA 1HTGA 2BKSA 5P1YA 4R93A 4CPSA 4DH6A 2NXDA 5P0HA 2QZXA 5P29A 4EXGA 2BQVA 1BWAA 4PEPA 4Y3AA 5PEPA 4Z22A 4HVPA 3TOGA 3ZMGA 4WTUA 3KF0A 3D1ZA 5P2GA 1LYWA 3QI1A 4FRSA 5OZPA 1M43A 4YHQA 3UDHA 2G94A 2V12C 2NPHA 2QZKA 3T11A 1PSOE 3OAGA 3INFA 5OZVA 5P2DA 5AHBA 5ER2E 3OWNA 4R92A 4BFBA 5P2QA 3VF3A 1LYAB 1Q9PA 5I3VA 2QI3A 4RCEA 2OHQA 4EJDA 5P7HA 3RSXA 3TPLA 2A1EA 3Q3TA 4J0ZA 4ZLSA 4D83A 5P5XA 4RLDA 3GGVA 5IVQA 5KOQA 1FEJC 2R38A 4FIVA 4Y9WA 1ZSFA 4L1AA 1EPPE 4HEGA 1B6KA 5P31A 5KQZA 5DQ1A 3IGBA 2IQGA 3ZPUA 1HVKA 3MXEA 4R5NA 3IVHA 2HS1A 4OBHA 5SZ9A 4RCDA 1MPPA 4GYEA 2I1AA 4JOOA 5P1OA 2XFIA 2VIYA 4J1KA 3LIZA 5P39A 2P3CA 3N4LA 3VFBA 3PB5A 3OU3A 2AIDA 1BAIA 2PMAA 3DCRA 5P1BA 3I25A 5P5TA 4I10A 5P3GA 3QN8A 5P1PA 5P8SA 5AHCA 3TKWA 1LEEA 4Y4DA 4Y5MA 5P74A 3UQXA 4APEA 1A8KA 2F3KA 2FDEA 3PCZA 5P4TA 1FMUA 5P5PA 5P5RA 3D1XA 2VJ7A 3Q5HA 2IS0A 4KUPA 5P25A 3PLDA 5P1NA 5OZJA 3D91A 5P4QA 5P6BA 4DVFA 1GVUA 5P4GA 2Q55A 2AZCA 4Y38A 4F73A 5OZKA 2AOFA 3INEA 3OXWA 5P85A 3BUHA 3LIYA 4YD6A 5P59A 5UPJA 3VF7A 4QJ9A 3IAWA 3S43B 5P16A 1CMSA 1HIIA 3NUJA 1KJ4A 5BS4A 1PPLE 3TOHA 2Q54A 5P49A 1QDMA 1HSIA 2AVSA 5P2AA 5OZWA 3TH9A 5P8OA 4FM6A 3INHA 4ZSMA 5P76A 5P0KA 5P1GA 5P2BA 4HDFA 2WKZA 2AVQA 5P6QA 1FQXA 3OQ7A 2V0ZC 2VJ9A 3PI0A 1EPLE 2ER9E 5DR3A 5P1WA 1G35A 4ZPFA 5P7TA 4Y37A 5DQCA 3TPPA 5P6UA 3ECGA 3BVAA 4DQFA 3OXXA 4Y3TA 5P2RA 5HD0A 4AZYA 1IIQA 1DAZC 1MSNA 5OZRA 5JODA 4ZE6A 3HW1A 4F75A 5P36A 3FNTA 1DW6C 3RVIA 5P04A 5P87A 4EYRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3G70 A;  2J9K A;  2WEZ A;  1B6P A;  1ER8 E;  2F3F A;  5P40 A;  5P7R A;  3SA4 A;  5OZ1 A;  5OZO A;  3PMU A;  1D4H A;  3ZKX A;  5P05 A;  1MES A;  4K8S A;  5DR4 A;  5HDV A;  3L5C A;  5P46 A;  3Q6Y A;  4YD7 A;  2F8G A;  1K1U A;  1E81 E;  5OZU A;  2BPX A;  4QJA A;  5OYU A;  5P28 A;  4I0Z A;  5P0V A;  2H6T A;  4YCT A;  1B6J A;  4Y45 A;  1B5F B;  3BVB A;  1FQ6 A;  4J1C A;  1HRN A;  5OZ0 A;  5P3O A;  2IGY A;  5P3E A;  5P1I A;  2QI5 A;  4NKK A;  2O4P A;  2IDW A;  3K4V A;  4M8Y A;  2G1O A;  3PHV A;  5P8R A;  5P3P A;  4J1H A;  2WL0 A;  5P8B A;  3UFN A;  4Y3M A;  3WZ8 A;  4I0J A;  2EWY A;  5OZ8 A;  4EJK A;  5IE1 A;  5P5U A;  4RRO A;  5AH9 A;  3PBD A;  5KQX A;  3EM3 A;  3FX5 A;  3O9B A;  2G1S A;  4Y43 A;  5P1D A;  3LIQ A;  2FMB A;  2I4D A;  3O9E A;  3OUB A;  1LV1 A;  1RNE A;  4AA8 A;  2G1R A;  4B1D A;  5EZX A;  4L7G A;  4Y3Q A;  2HB3 A;  4DV9 A;  2B7Z A;  4YCY A;  2AOH A;  3UCB A;  5P7X A;  3VLB A;  3CID A;  1B11 A;  4JPE A;  5P3R A;  3VV7 A;  1G2K A;  3VG1 A;  5P1J A;  5P3W A;  4YOB A;  3QP0 A;  5P83 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P6K A;  3VV8 A;  3RTN A;  3OHH A;  2IEO A;  1YTG A;  5P8Q A;  5P4W A;  4MC6 A;  3VFA A;  1BDQ A;  5P5H A;  5I3X A;  3VEU A;  4XKX A;  2HB4 A;  1HVI A;  2QI4 A;  2QNQ A;  1C6Z A;  4Y3Y A;  5T4S A;  5P2Y A;  2QAK A;  5P2I A;  5P0E A;  3KMY A;  3DV1 A;  5OZ5 A;  3D3T A;  2FS4 A;  3OQA A;  5KAO A;  5P66 A;  4Q1N A;  4HLA A;  3EKV A;  5P10 A;  4DQH A;  1NPV A;  2ZE1 A;  2G20 A;  1EBZ A;  2CEM A;  2QI1 A;  5KQY A;  4GJ9 A;  4OBZ A;  1HVR A;  3BGC A;  3MXD A;  2R43 A;  5OZL A;  4WY6 A;  3VLA A;  1K6P A;  2ZGA A;  3U6A A;  1HOS A;  2QZL A;  1YM4 A;  3EKP A;  4Y39 A;  4ACX A;  5P2H A;  3CKT A;  4LXK A;  5P2K A;  1LYB A;  5P4P A;  4K4P A;  3OUA A;  3A2O A;  1HVS A;  2FNT A;  5P5K A;  1SME A;  4HDB A;  5P02 A;  5P89 A;  2IEN A;  4H3J A;  3UQR A;  4PYV A;  2QD8 A;  4YD4 A;  3UQU A;  2ZYE A;  4EWO A;  1W5X A;  2APR A;  4QJ6 A;  2P3A A;  1AZ5 A;  3S45 A;  1BV9 A;  3S7M A;  3QPJ A;  4Y57 A;  4YDG A;  1LF4 A;  3UF3 A;  3IA9 A;  1IDA A;  1PSA A;  4XX3 A;  3UPJ A;  1W5V A;  3RTH A;  1LF2 A;  3T6I A;  5P0M A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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