5P0FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 62
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0fA01
2PSUA 4FRJA 4RYCA 5JFUA 4OBZB 4I0ZA 2AVQA 2AZBA 5P5LA 4Y3TA 5P3GA 3LZYA 4HDBA 5EZZA 1SDVA 5P0KA 5OZ2A 2G1OA 4JOOA 3G70A 1EPME 2NMYA 5P08A 3N3IA 1ZSFA 3NYGA 5P5VA 3EKYA 5P58A 5OZTA 3L59A 5ISKA 4L7JA 1TW7A 1PPLE 4Y5NA 5P4TA 3NDWA 3LHGA 4GJDA 3LZVA 4A4QA 6APRE 1HIVA 5J25A 3AIDA 1FQ7A 2H6TA 3BC4A 3SPKA 2PSVA 3EKQA 3RTHA 5P30A 3APRE 5BWYA 2G1YA 2FNSA 4YBIA 3VLBA 5P29A 3IVHA 1LYWA 5HCTA 4AZYA 4KUPA 4Y54A 4D85A 5OZ9A 3INHA 3IN3A 3HAUA 3HZCA 5P6XA 3SA9A 3KFPA 5CLMA 1EPOE 3ER3E 5P7CA 2VKMA 2F80A 5P8HA 1APWE 4LC7A 3RSVA 2QMPA 4GJCA 5P4WA 4OC6A 3CIDA 5OZVA 1HVSA 3O9CA 5P7LA 4J1FA 4F74A 3S85A 8HVPA 4DJWA 5JG1A 3OQ7A 4YBFA 1FMXA 5P65A 4B0QA 1HHPA 3OQKA 2IKOA 2WF0A 4GJ6A 4J0ZA 5P4LA 4QJ8A 3NU9A 5P66A 1EPQE 2PK6A 3NLSA 4J1IA 5C9FA 1HVLA 1BWAA 4M8XA 3GI4A 4JPCA 3FSMA 3LIZA 3OUDB 5P28A 5P8IA 3K5DA 2F8GA 5DQCA 3TPJA 5P8PA 4XXSA 4RROA 4LXKA 5P6AA 2PK5A 1B6LA 3PLLA 5P0GA 4GB2A 1MRWA 4GJ5A 1W5XA 1XE5A 5P2GA 1QBTA 2ZHSA 3QI1A 4Q5MA 5OZ0A 3LINA 2OHMA 2QK5A 4X2LA 2P4JA 2JE4A 1M0BA 3GW5A 1SGUA 1BV7A 4Q1XA 4HEGA 4J1CA 3LPJA 3SM1A 3PWRA 4WY6A 4Y3QA 1MT9A 2NNPA 5IVTA 4ZSPA 3OAGA 5P6OA 5P2UA 2QD8A 5P70A 3SA3A 1T7KA 1UH9A 3HAWA 2CEJA 2PH6A 1A8GA 3OGQA 2HPEA 5P5XA 4YOAA 1A30A 1HVCA 5P3RA 5P73A 1FEJC 1FG8C 3VV6A 3G72A 3SFCA 5OZ7A 4D89A 1YTGA 3CKRA 2V12C 4Y5BA 2PYNA 4FCOA 2NXDA 2QI5A 5P60A 4NPUA 3KFRA 4X7IA 5P27A 4E43A 5APRE 5P3TA 3H5BA 1EC2A 4BFBA 2A1EA 5I3VA 1AJVA 2FDPA 1T7JA 4I0GA 5P2QA 2G1RA 5P78A 3UDYA 3DV1A 4DJVA 1GVXA 1XN3A 4CPWA 3R0WA 5P8LA 1YTHA 3PM4A 4ZEAA 2VNMA 4DH6A 1IDBA 3R0YA 4NPTA 5P20A 5P1NA 4R8YA 3MSLA 3ZKIA 4I1CA 1PROA 5P83A 5P4IA 3PMUA 1QRPE 1YTIA 5P6DA 5P84A 3IXOA 5P1JA 3EKPA 4OBDA 3MXDA 3G6ZA 5P0SA 4D8CA 5I70A 4I0FA 2QZKA 3GI6A 5P26A 1QDMA 2B8LA 3NXNA 3OXWA 3ZKNA 4B70A 4FAEA 2P8HA 5P24A 5OYXA 4YCTA 1EEDP 4Y58A 3D1YA 1APTE 3NUJA 3ZKSA 2RENA 3SACA 3CMSA 4Y36A 2AZ9A 3N4LA 3UDKA 4Y39A 5P5FA 4HDPA 5IE1A 3TOGA 4Y56A 3UQXA 1LYWB 2OAHA 5AHBA 5P09A 3CYWA 5P34A 5KQYA 5JFPA 1HEFE 1KJGA 4I10A 5AH8A 3C9XA 5P6KA 2BQVA 5P0PA 3MXEA 2P3BA 5P1WA 3U7SA 5P5YA 3OY4A 3QIHA 1BVEA 1XL5A 3D1XA 5P3WA 3L58A 1GNMA 4Y3YA 5KQXA 2HIZA 5P3QA 3SA4A 3OWNA 5AGZA 4OC6B 2A4FA 1HOSA 4HA5A 4L1AA 1PPME 1SIPA 3BXRA 1SMRA 1LYAA 5P1XA 2Z54A 3EL4A 4Y5PA 4OD9B 5OYUA 2PC0A 1LEEA 4OBFA 5P4BA 5P17A 2P3AA 5P5EA 3PSYA 3QVCA 4B78A 1YM4A 3KT5A 5P02A 1FQ4A 2O4NA 4MC2A 1HRNA 1NPAA 4GJ8A 3NDXA 5P5GA 3VCMA 1EPRE 2AOEA 4K8SA 4Y57A 1F7AA 5P5IA 2AQUA 2FDDA 4IVTA 4D88A 5P4EA 5P7EA 1FQXA 5P0YA 1DW6C 1W6IA 1T6GA 2XYEA 3FKTA 3ER5E 1HPVA 3NUOA 5P5OA 5BS4A 1FQ6A 5P0XA 5P88A 1MSMA 1YT9A 5DR8A 4DI2A 3OQFA 4DUSA 4FAFA 4Y3DA 5ER2E 2VIJA 2JJJA 2O4SA 4Z22A 1HBVA 3D91A 2P3CA 5OZUA 5P43A 3T6IA 5DQ5A 1ZTZA 4Y41A 1GKTA 2Q64A 2AZ8A 3T7PA 5P19A 4J0YA 2BBBA 1FIVA 4FSLA 3OAGB 5HDUA 2WEZA 5P8UA 1DMPA 2R38A 1MESA 3LNKA 3LIVA 3S43A 4OBHA 5P0OA 5P8EA 1E81E 4CPRA 5OYVA 5P1LA 4EQ0A 5OZSA 1VIKA 1D4IA 3WB4A 3WZ7A 5OZ6A 1ENTE 5P2VA 1EBZA 2CEMA 2WEAA 5P6HA 3VF5A 2ZYEA 1C6YA 1FFFC 3KFNA 1IBQA 5P56A 2VA7A 1UPJA 2I1AA 3TPRA 5P5KA 5OZDA 3NR6A 3NU6A 4TRWA 3KF0A 5P5AA 2QMDA 3EL9A 1TZSA 2JXRA 3APPA 4FM8A 1HEGE 4COEA 3EM4A 3O9BA 1NSOA 2ER6E 4EXHA 5P6LA 1ZBGA 4RRNA 4TRYA 4J5JA 3M9FA 2G24A 3UDNA 3BGCA 1BDLA 5P74A 1IZIA 4FRIA 3PRSA 3EC0A 1T3RA 2Q54A 3UQRA 5P03A 5HDVA 1SBGA 3JVYA 1SMEA 3RSXA 4Y53A 2Q55A 1UH8A 4FIVA 1W5WA 3VG1A 5OZFA 3ZKQA 3Q6YA 2G1NA 3U6AA 5BRYA 2B42A 4NJVA 1W5VA 4Y9WA 3QROA 4QJ2A 1GVVA 4R5NA 5P1QA 4DQFA 1QBRA 1ZPAA 3IN4A 2QCIA 2FGVA 2MIPA 5P1IA 4GIDA 5P3VA 3GI5A 3K5FA 5P1SA 3I25A 5P0NA 3UQWA 5P64A 3QVIA 1MVPA 4I0HA 1D4KA 4FRKA 5P79A 1D4SA 4CPQA 5P3XA 5P7KA 4Y6MA 5DQ1A 5HU0A 1JLDA 3S8IA 4DVFA 4DJYA 5OZYA 4LAPA 3PCZA 5OZ8A 5P62A 4JP9A 3F9QA 2ER7E 3KA2A 1D4LA 5P6TA 3WB5A 4IVSA 2QNNA 1NH0A 5OZ3A 2P3BB 4JECA 1IDAA 3BGBA 4DPFA 1M43A 5P8DA 5P7IA 5P3YA 2NMZA 2CENA 3HVPA 5P0QA 3OOTA 5P41A 4Y4TA 1APVE 5P14A 5P2YA 3CYXA 2I0DA 5KOQA 3CKPA 4N00A 2HB4A 5P8BA 4L1AB 5P2KA 3TKWA 2J9JA 5P76A 5C9DA 5OZ5A 1LYAB 5PEPA 5P3SA 5P4AA 2NR6A 4YDFA 3PBZA 3ZL7A 2PSGA 3OQDA 3O9GA 2PQZA 1IIQA 1HVJA 5P15A 3TKGA 5P3HA 5OZWA 2SAMA 4ZLSA 4Y5KA 4TVHA 5P1GA 4BFDA 3VFBA 1OHRA 4EWOA 4B1DA 5P44A 5OYQA 5DQ2A 3VUCA 4FM7A 2QU2A 3UFLA 2V16C 5P4MA 2BPWA 1KJHA 5P8VA 1Z8CA 4APEA 4OBJA 4DQEA 4RYGA 3SQFA 4ACUA 4OBGA 4H3GA 4DQCA 5P7SA 3PI5A 3O99A 5OYWA 5P35A 4L6BA 1TCXA 3DV5A 4EP3A 1XL2A 5P0ZA 5P7JA 4GZFA 4Y3HA 1NPWA 4Q1NA 5P1MA 1MTBA 1EPLE 5P7UA 4ZE6A 2QI7A 4H3FA 4Y4GA 4YD3A 2QHCA 2ZHVA 5P63A 1PPKE 3ZKMA 1A9MA 2VJ9A 5P0LA 2QNQA 5P68A 4J0VA 5P1BA 5AH9A 2VNNA 5P22A 4Q1YA 3S45A 5P2WA 5P4NA 1FKNA 4F76A 1AIDA 1HIHA 3DOXA 1HTGA 4M8YA 3ZPTA 5P3CA 5HDXA 5P2TA 4YD5A 3S43B 3EM3A 2V10C 3OU4A 5P7WA 2RKFA 2BKTA 2XYFA 5P0FA 4Y3NA 1A94A 5DR4A 2F3KA 3UQPA 2XFIA 5P5WA 4OD9A 4LHHA 3AUPA 3URJA 1FB7A 2O4LA 3VF3A 1HIIA 3NDTA 3CICA 4R91A 3RTNA 3S56A 1E5OE 2QU3A 1BBSA 2UPJA 5B18A 3Q70A 5P2SA 1LF3A 3QP0A 5P8OA 2R3WA 4YD7A 1AJXA 4Y37A 2QHYA 4Y5MA 1ZP8A 5OZIA 1HSIA 1Q9PA 4FLGA 5P33A 4PPHA 3S53A 5KR1A 2OHLA 3KN0A 5P0WA 2APRA 2BB9A 3UDPA 4Y3FA 4QJ7A 2ZGAA 2QHZA 5P0IA 4DJUA 3INFA 1SP5A 2IS0A 3NSHA 5P5QA 3A2OA 2BPVA 5P2OA 3B7VA 4Y4JA 1D4HA 3SKFA 4NJTA 3I8WA 5OZXA 4D83A 4WTUA 1K2CA 2IENA 4FGXA 5P5PA 3MWSA 2ZHRA 4NJSA 1K1UA 4ZPEA 2ZHUA 3TTPA 1EAGA 1HVKA 5OZGA 4AA8A 1GNNA 1SH9A 3L5FA 1K1TA 4BELA 3PI0A 4I0IA 5P2IA 3BVAA 3RTMA 2AOGA 2WJOA 3EKWA 1KJFA 1QBUA 5CONA 5P1ZA 5P7DA 2ZJJA 3OK9A 5P8MA 5P8CA 2BKSA 2OHKA 5P2CA 3QRSA 5DGUA 5P6NA 5IVQA 3OTSA 4PYVA 1IZEA 1SIVA 3K4VC 2WKZA 4H1EA 1ODWA 2VIYA 4HLAA 4QLHA 5P7MA 1F34A 5COOA 5P13A 2IL2A 4A6CA 3HD8A 5P6UA 4EJDA 5P1FA 1HTEA 2J9JB 1GNOA 1PFZA 5P3AA 3NWXA 5P49A 2FDEA 3D3TA 2WL0A 4Y5AA 2Q15A 4DPIA 1XE6A 2VJ7A 3GI0A 5P4CA 2BPXA 5P7BA 4GYEA 5OZOA 2R9BA 5P6ZA 3VYDA 3EM6A 3Q4BA 3KDDA 1UH7A 2ZJIA 3GGVA 2AODA 5DR3A 5P7YA 2XFJA 4LP9A 3RU1A 3ZOVA 5P1PA 4YA8A 3VF7A 3DM6A 3PJ6A 5KR2A 5P0VA 3OHHA 4EPJA 1BVGA 4ZSMA 2I4DA 3LPIA 4J17A 3O9HA 4Y51A 2AOHA 4Y4EA 1KJ4A 5P87A 4I0JA 2PYMA 5P00A 2HB3A 1B6JA 5OZCA 4Z50A 3T11A 4Y4WA 4CP7A 3VFAA 3QRVA 4I0EA 5EZXA 5P40A 5P06A 5P4YA 1PSOE 1W5YA 1OEXA 5P2BA 5P5MA 2PH8A 2ZHTA 5P4ZA 5OYSA 4J54A 2B60A 4I0DA 3UFNA 2FXEA 2JYSA 4Z2ZA 1HVRA 4B1CA 4XKXA 1LF2A 2QI1A 3OU4B 4PZWA 1MUIA 2I4UA 5P8RA 4DQHA 3HDKA 5P0JA 5P3KA 2HS1A 3OADA 5P2ZA 4DJPA 3UTLA 3LIXA 3CIBA 1KJ7A 1MSNA 4K4RA 5P0CA 4APRE 4BEKA 3TOFA 4YE3A 4DQGA 3NU4A 5OZPA 5P1EA 5P2LA 2G21A 4EQJA 3MSKA 3L5DA 3INDA 2AVMA 4R95A 2VA5A 5P11A 5P4KA 4B05A 4Y38A 1MEUA 3OQAA 1AZ5A 3PSUA 5P80A 4R93A 4J1KA 4I11A 3S7LA 5E5KA 3UHLA 4AA9A 4RZ1A 2QI6A 3WZ6A 2G26A 1K6CA 3T7XA 5P0MA 5P2EA 3TL9A 3EL0A 5P47A 1ZJ7A 3B80A 1FGCC 5P25A 1B6MA 5P46A 5P6MA 2NXLA 5P69A 4HVPA 5HDZA 5P5HA 3VLAA 5P7PA 5DPZA 1D4YA 1HSHA 2VIEA 3HLOA 2QNPA 4J55A 4RCFA 3PSGA 4B72A 3PEPA 2V0ZC 4EYRA 5P85A 4RCDA 5SXNA 1BV9A 4ZIPA 1U8GA 4DV9A 3QBFA 4XX4A 1MT8A 4RVXA 3SAAA 4Y3WA 1G6LA 2FNTA 5P2MA 1BDQA 5SZ9A 5P3DA 1WBMA 4EJKA 4LL3A 4F73A 4HDFA 4ZPFA 1EC1A 2OHNA 1D4JA 3JW2A 2WF3A 3KMYA 2V00A 1XN2A 1HXWA 5P8GA 3KFSA 3UPJA 3D20A 1RV7A 1IZDA 1CPIA 5P8SA 4FE6A 5OZAA 5P4PA 1HSGA 2NPHA 5P7XA 2XFKA 3H0BA 3PWWA 5P1YA 2ZE1A 4PZXA 1GVUA 4CKUA 4Y5GA 1E80E 1B5FA 4Y3AA 5P2FA 5P82A 3OXCA 3LIQA 3OGPA 4U8WA 1C6XA 2Q11A 5OZLA 4RVJA 1YX9A 3FX5A 5P75A 1LV1A 4KE0A 2QP8A 3PBDA 2FIVA 5P2JA 2AOIA 2FMBA 1HWRA 1C6ZA 2ANLA 4Y50A 4YDGA 3I7EA 1T7IA 1EBKC 5P7QA 5AHAA 1HPXA 4Y44A 5P4JA 5I3YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PSU A;  4FRJ A;  4RYC A;  5JFU A;  4OBZ B;  4I0Z A;  2AVQ A;  2AZB A;  5P5L A;  4Y3T A;  5P3G A;  3LZY A;  4HDB A;  5EZZ A;  1SDV A;  5P0K A;  5OZ2 A;  2G1O A;  4JOO A;  3G70 A;  1EPM E;  2NMY A;  5P08 A;  3N3I A;  1ZSF A;  3NYG A;  5P5V A;  3EKY A;  5P58 A;  5OZT A;  3L59 A;  5ISK A;  4L7J A;  1TW7 A;  1PPL E;  4Y5N A;  5P4T A;  3NDW A;  3LHG A;  4GJD A;  3LZV A;  4A4Q A;  6APR E;  1HIV A;  5J25 A;  3AID A;  1FQ7 A;  2H6T A;  3BC4 A;  3SPK A;  2PSV A;  3EKQ A;  3RTH A;  5P30 A;  3APR E;  5BWY A;  2G1Y A;  2FNS A;  4YBI A;  3VLB A;  5P29 A;  3IVH A;  1LYW A;  5HCT A;  4AZY A;  4KUP A;  4Y54 A;  4D85 A;  5OZ9 A;  3INH A;  3IN3 A;  3HAU A;  3HZC A;  5P6X A;  3SA9 A;  3KFP A;  5CLM A;  1EPO E;  3ER3 E;  5P7C A;  2VKM A;  2F80 A;  5P8H A;  1APW E;  4LC7 A;  3RSV A;  2QMP A;  4GJC A;  5P4W A;  4OC6 A;  3CID A;  5OZV A;  1HVS A;  3O9C A;  5P7L A;  4J1F A;  4F74 A;  3S85 A;  8HVP A;  4DJW A;  5JG1 A;  3OQ7 A;  4YBF A;  1FMX A;  5P65 A;  4B0Q A;  1HHP A;  3OQK A;  2IKO A;  2WF0 A;  4GJ6 A;  4J0Z A;  5P4L A;  4QJ8 A;  3NU9 A;  5P66 A;  1EPQ E;  2PK6 A;  3NLS A;  4J1I A;  5C9F A;  1HVL A;  1BWA A;  4M8X A;  3GI4 A;  4JPC A;  3FSM A;  3LIZ A;  3OUD B;  5P28 A;  5P8I A;  3K5D A;  2F8G A;  5DQC A;  3TPJ A;  5P8P A;  4XXS A;  4RRO A;  4LXK A;  5P6A A;  2PK5 A;  1B6L A;  3PLL A;  5P0G A;  4GB2 A;  1MRW A;  4GJ5 A;  1W5X A;  1XE5 A;  5P2G A;  1QBT A;  2ZHS A;  3QI1 A;  4Q5M A;  5OZ0 A;  3LIN A;  2OHM A;  2QK5 A;  4X2L A;  2P4J A;  2JE4 A;  1M0B A;  3GW5 A;  1SGU A;  1BV7 A;  4Q1X A;  4HEG A;  4J1C A;  3LPJ A;  3SM1 A;  3PWR A;  4WY6 A;  4Y3Q A;  1MT9 A;  2NNP A;  5IVT A;  4ZSP A;  3OAG A;  5P6O A;  5P2U A;  2QD8 A;  5P70 A;  3SA3 A;  1T7K A;  1UH9 A;  3HAW A;  2CEJ A;  2PH6 A;  1A8G A;  3OGQ A;  2HPE A;  5P5X A;  4YOA A;  1A30 A;  1HVC A;  5P3R A;  5P73 A;  1FEJ C;  1FG8 C;  3VV6 A;  3G72 A;  3SFC A;  5OZ7 A;  4D89 A;  1YTG A;  3CKR A;  2V12 C;  4Y5B A;  2PYN A;  4FCO A;  2NXD A;  2QI5 A;  5P60 A;  4NPU A;  3KFR A;  4X7I A;  5P27 A;  4E43 A;  5APR E;  5P3T A;  3H5B A;  1EC2 A;  4BFB A;  2A1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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