5P0GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 63
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0gA01
3Q6YA 5HDZA 5JFPA 2RMPA 3I8WA 4QJ9A 3S43A 3VYEA 4QJ7A 2Q63A 3L5BA 3OOTA 5P0FA 4Y4XA 4LP9A 2VA5A 3WB5A 2PWRA 3OQDA 3EBZA 3PLDA 4MC1A 4Y43A 2UY0A 3ZL7A 4AA9A 1T7KA 2FNTA 1CZIE 4YCKA 5OZBA 7UPJA 1QBRA 1D4KA 2G24A 3CMSA 5ER1E 4QLHA 1A8GA 4Y3AA 3S56A 5P35A 4Y3HA 1IDAA 2ZJMA 2FDEA 2IKUA 3K5GA 3SA4A 2F8GA 5P42A 2BPYA 3DJKA 4Y50A 2FXDA 5P5HA 5OZFA 4FRJA 4FM7A 1DAZC 4YD7A 1FFIC 2ZHVA 4I0HA 3NU4A 5P4BA 3EKXA 4DFGA 5HVPA 1VIKA 1EPQE 4FS4A 3TKWA 5AHBA 3RVIA 3ZKXA 5UPJA 3UQXA 1K2CA 5P08A 2O4PA 3MSKA 3O9DA 5P7BA 3VLBA 1VIJA 5P2AA 2HPFA 3L5DA 3R4BA 1SGZA 5P31A 3RU1A 3IVHA 1YM4A 4J0TA 3K5FA 3VFAA 5P19A 4ZE6A 5P1LA 2G1YA 3NDWA 5OZRA 5P8CA 3PWMA 4FLGA 5P6IA 1BVEA 4KE0A 3B7VA 1ZAPA 2BBBA 1M0BA 3EKVA 3HD8A 4WY1A 5P4RA 1EPNE 3K5DA 5P59A 4Q1YA 2A1EA 1HVLA 3DCKA 4YD6A 1SIVA 4FE6A 5P46A 3PEPA 3DM6A 3L3AA 2ZHSA 5I3WA 5P4JA 3S2OA 4ZPGA 1T6EX 3O9IA 5P54A 3PMUA 1F34A 5P8OA 5P0HA 4EYRA 4Z50A 1HEGE 2NMZA 4Y36A 2AQUA 3UDKA 4GYEA 5P2UA 3PLLA 5P1TA 2JJJA 5P6WA 3BUFA 2AOFA 1IDBA 4K4PA 1MRWA 1KJHA 5OZ0A 2ZHTA 2VS2A 4LL3A 5P7ZA 1EC0A 6UPJA 2G1SA 5P1QA 1LYAA 5P6JA 3SPKA 3O9BA 4KUPA 5P8AA 1LS5A 4KB9A 5I3XA 5P07A 5P14A 1HPSA 2VIEA 3LIVA 4Y3EA 5P0VA 5P7NA 3VLAA 1LYBA 2XFKA 3IXOA 4XX3A 2RENA 5P3VA 3OADB 2ZE1A 4U7VA 5P3BA 4QGIA 5P1WA 5P5FA 5P84A 4J1CA 5P0KA 3U6AA 5P2RA 2PK5A 2H6SA 1APTE 2QU2A 5ISJA 4GJ8A 3I6OA 1RV7A 3BUGA 5P00A 4YA8A 1HSGA 4I0FA 2I4UA 5OYSA 2OHQA 3LITA 3SKFA 5P6BA 5OZNA 2BPWA 4PPHA 5PEPA 3K4VA 5DQ2A 4Y5NA 1IZIA 2I4QA 1ZP8A 5P68A 4J0VA 2FIVA 1TSQA 2FDPA 1RPIA 4GJCA 4K8SA 1Z1HA 3QPJA 3ZMGA 4ZSMA 4Z22A 4Y3SA 3H5BA 1KJGA 3SO9A 1FQXA 2FGUA 3BC4A 5KQFA 2IQGA 1PSAA 1HTRB 1WBMA 5P7TA 3UQUA 3EL1A 3LZSA 5KQZA 1W5YA 3NU5A 5DQ5A 4HDPA 5HE7A 4X2LA 1HVIA 3KFRA 3NWXA 5P7XA 5P4EA 3F9QA 2AVQA 1MEUA 1HOSA 4RCDA 3VV7A 5OZIA 4WY6A 5ER2E 1PFZA 4DVFA 4Y45A 3G70A 5OYXA 5P20A 2G69A 5OYRA 4FL8A 5P62A 3SM2A 2CEMA 1IBQA 5P12A 5P86A 5P1YA 3OOZA 5P5YA 4DQGA 5HU1A 5ISKA 5P41A 1QRPE 3QIHA 3VSWA 3I7EA 5TOLA 5P2NA 4YHQA 3CIDA 5P0YA 4QJ6A 5P5ZA 5OZ2A 5P5LA 5P6FA 1K6PA 1BVGA 1NPAA 4GJ6A 3L5FA 2F80A 2HS1A 1ZSFA 2FXEA 5P44A 5P1BA 4FGXA 1PPKE 2ZHUA 5P32A 2PH6A 5P2EA 1AZ5A 4J1KA 5P4LA 2P3DA 5P0GA 4JPEA 3LIZA 4Y5GA 2O4KA 1K6VA 5P3AA 3FX5A 4ER4E 3HZCA 1B6LA 4FRIA 3NU6A 4MC6A 4A4QA 4Y4UA 5P15A 3HVGA 5P0XA 1A94A 3LPKA 5P5MA 2ANLA 2JE4A 5P11A 3LIQA 1SH9A 4Y5EA 5P6YA 4QJAA 1BDLA 5P3OA 3ZLQA 3R2FA 3BHEA 1SGUA 5SXNA 4Y3QA 5OYVA 1FEJC 5P0PA 1PPME 4Y4TA 5P3LA 2WECA 5P5WA 5P23A 4ZLSA 3ZKIA 5DR7A 3Q5HA 3UCBA 1JLDA 3OU1B 4Y4DA 2FMBA 1BV7A 3DUYA 5P0OA 2NTRA 2BQVA 3KDDA 5P6NA 3UQWA 4GZFA 1RNEA 1DP5A 3SM1A 4CPUA 1FF0C 3UDYA 4Y5CA 5IVQA 3FNTA 3OQFA 1MIQA 2PWCA 5P5QA 1HTEA 3OGQA 5P5UA 4FRSA 5P3TA 2IKOA 2ER7E 2AOCA 3BXRA 5P4QA 5OZXA 2AOHA 5OZ4A 4IVSA 4S1GA 2WF3A 4OBZB 5P0CA 5P1IA 4Y38A 5P37A 1FGCC 4Y44A 1T6GA 2Q11A 3EM3A 5P5IA 3QROA 3R0YA 1K6TA 3QRSA 3EL4A 1BDRA 3OUBA 1EPME 5P72A 5I70A 5P3UA 3DK1A 1HVKA 2ZGAA 4DV9A 3ECGA 4KE1A 5OZ1A 5P8BA 2WJOA 3SA3A 3KDBA 5P45A 4CPTA 2HB3A 3EKTA 1OHRA 5P7JA 4OD9B 3IVIA 3N3IA 3PHVA 5P71A 5P2WA 3BVAA 3LPJA 5HTZA 2BB9A 3HW1A 3K5CA 2NXMA 1BXOA 5P5TA 5P7GA 2R9BA 2I1AA 2V0ZC 5P1RA 4B70A 2Q54A 3QBHA 4LAPA 4Y56A 4DJRA 1ZPAA 2AOIA 4PEPA 4DJOA 5P8TA 2P3BA 1D4IA 1XE6A 3OUDB 2VJ7A 3LINA 5P3CA 3NU3A 3G72A 1AAQA 2FDDA 2J9KA 5P3FA 3OU4A 2V12C 3UDNA 4OC6B 5EZXA 1FMBA 1G35A 3I25A 1W50A 3VCMA 5P4UA 5P4YA 3OHFA 4Y4AA 3OGPA 2HPEA 1SIPA 4Y54A 5P8EA 2QMPA 4D89A 3UDHA 1OEWA 2G1NA 4RZ1A 3PI0A 1ENTE 1YT9A 1YTIA 4Y3WA 5P3MA 1SDVA 4Y53A 2I4VA 1IZDA 3OQ7A 4Y5BA 1SMEA 1HRNA 5P6SA 2PK6A 3URIA 4ZSRA 3EKPA 1QDMA 3PMYA 5P6DA 3D1ZA 4OBKA 2G1RA 2XYEA 4DQEA 5P8DA 5P1OA 4BELA 1HWRA 4DQCA 1FB7A 5P83A 1HSHA 3TOHA 5P8FA 4Z2ZA 4FIVA 1C6ZA 4H1EA 5P2XA 1T3RA 3MSLA 3VF5A 1YTGA 2NNKA 4R91A 2IGYA 3ER5E 1GKTA 2NMYA 1B5FA 2QZWA 5P3YA 3SFCA 5OZ7A 5P28A 3S7MA 3EM6A 5P8KA 2UPJA 5E5JA 4D83A 4ER1E 5OZZA 3T7QA 4K4RA 1KZKA 4LXAA 1EPRE 5DR1A 1D4LA 1ZSRA 2Q3KA 2ZJHA 3LPIA 3KFSA 4Y9WA 3DOXA 1HXWA 1LEEA 2OF0A 4WTUA 3VEUA 1HVRA 3T6IA 4AZYA 3PSYA 5P8QA 3D91A 3OAGB 3ZKGA 1YG9A 5P0EA 4LXMA 3KDCA 1FG8C 5P67A 4L1AB 5DQCA 1LF4A 5DGWA 4YOBA 5P55A 4EP3A 4H3GA 3UDRA 1HIVA 5P7YA 3GW5A 4RLDA 5P4MA 2RKFA 2HB4A 3ZOVA 5P3PA 1XE5A 5P16A 5IE1A 1BWAA 2B60A 2WF1A 5P8VA 3S7LA 4TVGA 1ODXA 5P75A 1UH7A 5P18A 1HEFE 5IS4A 2R43A 1AXAA 3EL0A 4Y3RA 1N49A 5P0LA 3PGIA 4D8CA 4DQBA 2WF2A 1B6JA 5P70A 3UDPA 1BV9A 2QAKA 5OZGA 2QD6A 5P39A 1XN3A 4ZSQA 3AIDA 3C9XA 5P8MA 1MTBA 4RGHA 5P3JA 4QJ8A 2IS0A 3SA8A 7HVPA 4J0PA 2MIPA 5I3YA 4JPCA 4COEA 3M9FA 3NDUA 3VG1A 1TZSA 2BJUA 3IXJA 3ZPSA 3URJA 2J9JA 4J55A 1ODWA 2G1OA 3KN0A 5P0DA 4Q1WA 4Y39A 4I11A 4L7GA 1EC1A 1EPLE 1NH0A 4DUSA 4Y6MA 3GGVA 3T11A 5OYYA 4L6BA 5DGUA 5P0SA 2G22A 2AVSA 1TSUA 2QNQA 2QNNA 3QAAA 5P43A 1TW7A 4U8WA 1ZTZA 1MT9A 2QI4A 4I12A 4F74A 1FQ4A 3BGCA 5KOSA 4RCFA 2PQZA 2AVMA 1GNOA 4ER2E 3JVYA 3QRVA 5P6UA 3NUOA 1YM2A 5P1UA 5P0QA 5P2QA 1AJVA 4LC7A 3FIVA 5P6TA 2P3AA 2FNSA 3UDMA 3WZ6A 5HE5A 3OUCA 1D4YA 4JECA 5P8JA 3NLSA 5P2FA 4CP7A 4J1EA 5P5AA 2HB2A 4D88A 5C9FA 5P2CA 5P69A 5P0BA 3GI4A 5P5CA 1KJ4A 4YCYA 1Z8CA 4RROA 3AUPA 3UQRA 1CMSA 4YE3A 2ZJNA 5IVRA 2QMDA 5P6OA 4ZEAA 3VV6A 3INEA 3LZUA 3QVIA 5SY2A 5P1ZA 3S8IA 3OQKA 5P7PA 1IZHA 2P8HA 2PSUA 4DQHA 4AUCA 5E5KA 3OTYA 2O40A 3IN3A 5P80A 5P6GA 3OQAA 1E80E 5APRE 4M8YA 3QI1A 3BUHA 1BWBA 2NR6A 5P7FA 4XXSA 4N00A 4FRKA 5P7IA 2AZBA 5OZQA 1APVE 2IDWA 2V16C 4I0JA 4Y4WA 1FMXA 5P2TA 2HIZA 5OZEA 3O9EA 4I0IA 3UDQA 4PHVA 5P88A 5P0JA 2PSVA 1HHPA 4HA5A 4YD5A 4I8WA 1BAIA 2ZYEA 5P1HA 1OEXA 4NJVA 5P4HA 5CONA 1XS7D 1C70A 4J1FA 4Y48A 5P74A 4B1DA 1UH9A 1APUE 2CEJA 3KF0A 2A4FA 3SACA 1GVVA 4Q1XA 2IENA 5P17A 3QRMA 4I0GA 5P2ZA 5P3RA 4ZPFA 2PYNA 4B1EA 5P4AA 4OBDA 4D85A 5P52A 3OWNA 5OZTA 5P8LA 1FMUA 2OHLA 3PCWA 2OAHA 4YBIA 4ACXA 5P1NA 1LYAB 3BRAA 5P7CA 1LYWB 3CYXA 5P82A 2AOEA 2G20A 1LYBB 5C9DA 5P25A 5P76A 1K1UA 2ZJJA 3QVCA 4K9HA 5P1GA 3WB4A 1MT8A 1KJFA 4FM8A 1SMRA 3MSJA 2AVOA 2ASIA 4DI2A 2QD8A 5P04A 5P1SA 2OHPA 1QBTA 3OTSA 2R38A 5P85A 4B77A 5P7LA 5P1VA 3BXSA 5P50A 3K1WA 4J1IA 3O99A 4Y3TA 5P5BA 5P8PA 4EJLA 1CPIA 3L58A 5P1CA 1MESA 1FFFC 5OZOA 2AOJA 4I0ZA 3VYDA 2PC0A 2V10C 3KA2A 5P2OA 5P0AA 3MWSA 4RYGA 5KAOA 4HZTA 4ZSPA 5P7UA 1HPOA 2VKMA 5P4ZA 5OYTA 2OHKA 2WF4A 2O4SA 1BDQA 5JFUA 5B18A 4RCEA 5P34A 4XX4A 8HVPA 5P3GA 5BWYA 5J25A 2Q15A 1HIIA 3CKTA 4APRE 1UH8A 2R8NA 4YD3A 3O9AA 4HE9A 1EC2A 6APRE 4R92A 2QZKA 4DJQA 5DPZA 3OUDA 4Y3YA 2Q64A 5CLMA 4I10A 1PSNA 5P7EA 4I1CA 5P87A 2B42A 1A8KA 2QI7A 4OC6A 1HIHA 3INHA 4Y58A 5P58A 5P6ZA 5AHAA 1Z1RA 2CENA 2JYSA 5P26A 1IIQA 2QD7A 5DR4A 1MVPA 2QU3A 3GGUA 3Q4BA 3I2LA 1T7JA 4PZWA 4HLAA 3IXKA 4NKKA 5P63A 3S54A 2AZCA 3CYWA 5HDXA 5P2LA 5P7DA 4GIDA 4DJPA 1OD1A 2QHYA 3A2OA 5P7KA 1K6CA 3ZKNA 3Q70A 5P2VA 4HVPA 1HVSA 3L5EA 5P2KA 1FQ5A 5P1PA 3BGBA 2WEAA 1T7IA 5P09A 3FKTA 5KR2A 4Y37A 3LIXA 5SZ9A 5P6RA 3TTPA 1DPJA 3SQFA 4EXHA 2NPHA 4YOAA 1RL8A 5P1XA 3CIBA 6FIVA 3HLOA 5P40A 2HC0A 5P64A 5OZ9A 2WKZA 5P01A 4Y3DA 5AH7A 4NJUA 1DW6C 1DMPA 4NJSA 1EBWA 4Y3LA 5DR0A 5P5DA 1BILA 5P5XA 5P33A 3NR6A 3RSXA 3D3TA 1W6IA 3OU3A 1G0VA 3NDTA 1FQ7A 3ZPUA 1ZJ7A 5P06A 3GI0A 2WHHA 3O9HA 2APRA 4TVHA 4Y4BA 2VNMA 1QBUA 3DV5A 3OXVA 2I0AA 5P77A 5P8GA 2BKTA 5P6QA 2QCIA 5ENMA 1B11A 4ZIPA 4CPQA 4F76A 2O4LA 3QBFA 5P2MA 3K4VC 5P51A 4NPTA 5P4DA 3OAGA 5ENKA 1TQFA 5P22A 4FM6A 3APRE 4L1AA 5P4PA 5P7VA 3URLA 3SA5A 5COOA 4FSEA 4DJYA 4Y47A 4YDGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3Q6Y A;  5HDZ A;  5JFP A;  2RMP A;  3I8W A;  4QJ9 A;  3S43 A;  3VYE A;  4QJ7 A;  2Q63 A;  3L5B A;  3OOT A;  5P0F A;  4Y4X A;  4LP9 A;  2VA5 A;  3WB5 A;  2PWR A;  3OQD A;  3EBZ A;  3PLD A;  4MC1 A;  4Y43 A;  2UY0 A;  3ZL7 A;  4AA9 A;  1T7K A;  2FNT A;  1CZI E;  4YCK A;  5OZB A;  7UPJ A;  1QBR A;  1D4K A;  2G24 A;  3CMS A;  5ER1 E;  4QLH A;  1A8G A;  4Y3A A;  3S56 A;  5P35 A;  4Y3H A;  1IDA A;  2ZJM A;  2FDE A;  2IKU A;  3K5G A;  3SA4 A;  2F8G A;  5P42 A;  2BPY A;  3DJK A;  4Y50 A;  2FXD A;  5P5H A;  5OZF A;  4FRJ A;  4FM7 A;  1DAZ C;  4YD7 A;  1FFI C;  2ZHV A;  4I0H A;  3NU4 A;  5P4B A;  3EKX A;  4DFG A;  5HVP A;  1VIK A;  1EPQ E;  4FS4 A;  3TKW A;  5AHB A;  3RVI A;  3ZKX A;  5UPJ A;  3UQX A;  1K2C A;  5P08 A;  2O4P A;  3MSK A;  3O9D A;  5P7B A;  3VLB A;  1VIJ A;  5P2A A;  2HPF A;  3L5D A;  3R4B A;  1SGZ A;  5P31 A;  3RU1 A;  3IVH A;  1YM4 A;  4J0T A;  3K5F A;  3VFA A;  5P19 A;  4ZE6 A;  5P1L A;  2G1Y A;  3NDW A;  5OZR A;  5P8C A;  3PWM A;  4FLG A;  5P6I A;  1BVE A;  4KE0 A;  3B7V A;  1ZAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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