5P0HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 64
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0hA01
1LF2A 4Y3ZA 1BXOA 2I4DA 5KQFA 1GVUA 3L59A 2FGUA 4I0HA 3TKWA 3VG1A 5HDXA 5P6AA 1HRNA 3PCWA 1KJGA 5OZLA 5P6GA 3PJ6A 4LXMA 5E5JA 2HB4A 1HWRA 5OZJA 1HTRB 5HCOA 5P2SA 5HDUA 4DQCA 3PI5A 1XN2A 1C6YA 3T3CA 3OTSA 5P6CA 3TH9A 1EPME 2UY0A 3T7QA 5P0NA 3MXDA 5AGZA 1T7KA 3GI5A 4Y5NA 1Z1HA 3OAGA 5P2QA 5P7VA 5P4SA 3OHHA 2ZHVA 5P48A 4Q1XA 2AZBA 1MTBA 5P68A 3O9HA 2QI4A 5P2DA 1BVGA 1XDHA 4BEKA 4KB9A 5OZRA 4QJ7A 4YCKA 4DJRA 4DH6A 1AM5A 3HBOA 5P2UA 5E5KA 4U8WA 1ZPKA 5P8BA 5I3YA 5P47A 2H6SA 3EKWA 5BRYA 4ZPFA 3O9FA 1BILA 1HXBA 4RYCA 5SXNA 3NU6A 3NXNA 4ZSMA 2WEDA 5P1GA 4KE0A 2HC0A 5HCTA 2IRZA 1GVTA 4Q5MA 1HVLA 5KQYA 2F3FA 3PMUA 5OZ6A 1B6KA 2JYSA 1ZAPA 2F8GA 3DOXA 2HIZA 5OYRA 4RLDA 3QN8A 5SY2A 2VNNA 1GNMA 3QS1A 3DK1A 2RENA 1FKNA 3UDPA 5P3UA 1RNEA 2R5QA 1BV9A 5P4XA 4A4QA 3BUFA 2R9BA 4ZIPA 5OZIA 5P78A 4FM8A 3C9XA 5P46A 5P6VA 4YD5A 5UPJA 5OZAA 5P6NA 4YBIA 5DQ5A 2Q63A 3QBHA 5P4AA 3OTYA 1QBSA 4PZXA 3VFBA 3OY4A 4AMTA 3NSHA 4ZPGA 5P2GA 1ER8E 5P6FA 2VIEA 4Y51A 3UFLA 3AUPA 3UF3A 1G2KA 4YD3A 5ER2E 2FXDA 1E80E 3IVHA 5J25A 5P5EA 1YTGA 1DW6C 4JP9A 4B00A 5P07A 5P87A 1BXQA 4FAEA 5OZQA 5ENMA 5P3QA 5P4UA 1MUIA 5P1TA 1G0VA 4JECA 4GJAA 5OZMA 2HM1A 2VIJA 1LYWA 3KDDA 3Q6YA 4ZEAA 3CKTA 3OQKA 5P2KA 1T7IA 5HU1A 1EPLE 4B78A 2ZHUA 5OZBA 5OZ9A 4PZWA 1FLHA 4ACUA 5P4OA 4CPQA 3NWXA 5P1DA 3RSXA 3B7VA 4OBHA 5P34A 3BUGA 1IDBA 3KMXA 4B0QA 4RROA 2NNKA 5P7MA 5P2BA 1A8KA 4DV9A 4K4RA 5KR0A 2WL0A 2XYFA 2Z54A 3EKXA 2QMPA 2ZHTA 5P4QA 3UDRA 2OHSA 4L1AB 1BDQA 2V0ZC 4RZ1A 1GVWA 4I8ZA 2OF0A 3VV7A 4Y3YA 3SM1A 3UHLA 2P3AA 2P3CA 4MC6A 4ZSPA 2J9JB 4Y4WA 3OGQA 5P0TA 3PLLA 5P2FA 5P8TA 1IZEA 5DR8A 1D4LA 3INHA 2PMAA 1A30A 5P4VA 5P5PA 3IGBA 5P7FA 4Y58A 4OBDA 2AODA 3PBZA 5P0KA 3OK9A 2FXEA 5OYQA 1AZ5A 1PROA 5P72A 3LIYA 1Z8CA 5P7WA 5P79A 3PHVA 1BAIA 3VV8A 2ZYEA 3KFPA 4J1CA 2IDWA 3S56A 1SMEA 4NPUA 2VA5A 4ER1E 5P5XA 1WBKA 1YTJA 3CKPA 4DQFA 2ASIA 5P5WA 2OHTA 5AH9A 3INEA 2I1AA 3EC0A 3SQFA 5P64A 3QI1A 5P2EA 2PSUA 4L7GA 4Y4ZA 4ZPEA 5P7YA 1KZKA 3OQAA 1W51A 3L3AA 3ZL7A 2QZKA 3T7XA 5P84A 2QI7A 2G1RA 3TKGA 5P50A 3LIZA 4I8WA 3OUDB 4Y45A 5P7HA 4GJBA 2HB2A 2QP8A 5P7RA 5P1MA 2QNQA 5P7BA 1UH7A 4ACXA 2PYMA 3RTNA 3FNTA 1ZSRA 5P88A 3PSGA 1CMSA 5KAOA 1YTIA 5P7EA 2PSVA 3TOHA 2Q11A 1OEXA 4J0PA 5P0OA 4R91A 2ANLA 1MSMA 3UQUA 3IN4A 3OUDA 4D89A 4XKXA 3K5FA 2NR6A 5SY3A 3KM4A 4QLHA 2Q54A 1HXWA 5OZZA 1A94A 2R5PA 4Q1WA 4Y36A 2NTRA 5P8FA 4J0VA 2QU3A 3OQ7A 5EZXA 2VJ9A 3LIQA 2WF3A 3KMYA 3SACA 2QNNA 1TW7A 3EKYA 4YD6A 1E82E 1AXAA 2JE4A 5P23A 1DP5A 3EL5A 1C6XA 3D1YA 5P3HA 3VLBA 4COEA 3HLOA 3S53A 2ZJIA 3VF5A 1VIKA 4LXKA 5P39A 3HVPA 3HVGA 4Y3NA 4J0TA 3EKQA 3LPKA 5P43A 2G24A 3OGPA 4RVJA 4Z22A 1RPIA 5P2WA 5P89A 4Y4UA 1AVFA 4L7HA 1C6ZA 3INFA 3VV6A 4B72A 4H1EA 1G6LA 1D4HA 1EC0A 4NKKA 2B7ZA 3TTPA 3PCZA 5JG1A 2AOEA 3VSXA 3PWMA 1ZSFA 4HVPA 3SABA 1FQ4A 2IL2A 1T7JA 4K4PA 4U7QA 4JPEA 4L7JA 1A8GA 4B05A 5P5UA 5P8IA 2CEMA 5P5OA 3BRAA 3EXOA 2BJUA 3NR6A 5DQ1A 5P0VA 3SA6A 5P4GA 5P7PA 3ZKMA 1SBGA 3WZ8A 4ZLSA 3QRVA 3EM4A 5P17A 3T7PA 3APRE 4H3FA 4Y3LA 4J1FA 5P6ZA 4DJXA 3B80A 2XFKA 2RKFA 5P7ZA 1FMXA 2HS2A 4Y38A 5P40A 4I0FA 1BDRA 4J54A 5P8UA 2WEAA 5P80A 5P0MA 3RTMA 1ZBGA 2F80A 5P0FA 5P01A 2Q3KA 3NU5A 5P2IA 1B5FB 4LXAA 2WKZA 1PSAA 1IVPA 1SDVA 2WF2A 5P85A 1HSGA 3O9CA 2ER6E 1QBRA 3AIDA 5IVTA 5KOQA 2O4LA 1FGCC 4KE1A 3SAAA 4FIVA 4Y3SA 2CENA 1ME6A 3NDUA 5OZWA 1B5FA 3D1XA 3VUCA 5P3SA 2PH8A 5DQ2A 5P51A 2G1OA 3QROA 4R93A 3CICA 1YM4A 4Y3XA 1HTGA 3OUAA 5I3VA 2QI5A 5P3PA 5AHBA 5P0QA 5P8SA 2CEJA 5P73A 2ZE1A 3BXSA 2Q64A 4D88A 2HS1A 3FSMA 5C9DA 3I6OA 3L38A 4Y4BA 4DJOA 5P4MA 3S85A 4R95A 1UH8A 3S54A 5P3EA 5KR8A 3WB4A 3PLDA 5P7DA 4Y3DA 2ER7E 5TOLA 5P2TA 1W50A 5P1YA 5P5FA 3R0YA 1BDLA 3EMYA 1T3RA 2PC0A 4OBZA 5FIVA 2V10C 3S7MA 1META 3ZMGA 3KF0A 5P8RA 3DUYA 3SKFA 3GGXA 2PH6A 5DR7A 4FM6A 3I7EA 5P0CA 4YDGA 5HE7A 3OUCA 5P70A 4Y5LA 2QI1A 3CYWA 4TVGA 3NDXA 3ZKSA 1M4HA 1HSIA 1J71A 5P5DA 5JFUA 4YD7A 3OAGB 5P8NA 3VYDA 1F34A 2Z4OA 3EL4A 5P11A 2I4UA 3NU3A 3FX5A 3QBFA 3TPLA 4N00A 3RU1A 4AUCA 4YD4A 5P2JA 2AOIA 5PEPA 1SP5A 4QGIA 5P2AA 5P6JA 5P33A 3QIHA 4M8XA 2AOHA 2G27A 3PVKA 1HPOA 1MT9A 1HOSA 1W6IA 3GI4A 3RSVA 4EJ8A 4PYVA 3MSKA 2V12C 2PWCA 2FIVA 1PPKE 3APPA 2IQGA 4EP3A 4PHVA 1FQ5A 5COOA 4DVFA 4Y56A 2AOFA 5P2YA 2OHUA 2IKOA 2JJJA 2AVVA 4BELA 5P16A 2B7FA 4DQBA 2HB3A 5P5VA 1K6PA 4GJ8A 1UPJA 5P8PA 5P82A 4QJ9A 4Y3TA 5P8MA 5P6PA 1FB7A 4FSEA 5OZ5A 3LIVA 2B42A 5P0DA 3Q3TA 1B6PA 4EHCA 1ZPAA 4YE3A 3S7LA 3UDKA 5P71A 4RGHA 4FSLA 3D1ZA 2I0DA 4FGXA 5JFPA 5P6OA 5P31A 1D4JA 4Y57A 4Y3WA 4FRKA 5P7QA 1BVEA 4Y3QA 2QHZA 5P8CA 1SMRA 3URLA 3H0BA 2OAHA 5P2RA 3O9AA 5P0RA 3GGVA 2P3BA 3EBZA 4XX4A 5P02A 4R92A 1EBWA 1PPME 2G1YA 5P1ZA 1HVRA 2BPYA 3SA3A 1GNNA 1G35A 5OYYA 3IAWA 5P69A 1K1TA 4EWOA 5KR1A 2FGVA 5CLMA 4HE9A 4GYEA 3ZKIA 5P0BA 4D85A 2WF0A 5HDZA 1LYWB 3BC4A 3S2OA 3SO9A 5P3YA 2AZCA 5OZTA 1MEUA 5P8AA 5P6BA 3R0WA 5OZVA 1LF3A 4JPCA 3N3IA 5P27A 2OHNA 5P63A 3OU4A 3OOZA 3VF3A 3DM6A 5P1OA 3UDHA 1SIVA 3LPJA 1D4KA 5P5JA 5P7UA 5P7TA 5P2CA 3D3TA 1HVCA 4TRYA 3GI6A 4RCDA 3BXRA 5OZEA 2O4SA 4Y4AA 4DPIA 2BPVA 3IA9A 4DJPA 5P4WA 2R43A 4Z2ZA 1UH9A 1K1UA 3SA5A 5P2MA 1HVSA 3CKRA 3ZLQA 3FNUA 3EKTA 2P4JA 4RRNA 4ZSRA 4YDFA 3QRMA 1B6MA 2O4NA 5P08A 4EQJA 5P81A 5OZFA 1EBZA 4A6BA 4B1CA 4PPHA 1IZHA 2HAHA 5P0WA 5OZKA 5P8JA 1EPPE 5P5IA 1KJ7A 5P3FA 3VFAA 5P53A 5P75A 4B1DA 2NNPA 3D91A 2QZLA 3BVBA 3SFCA 1TCWA 3N4LA 5P18A 3WZ7A 3R1GB 4TRZA 6FIVA 2G1SA 4R5NA 5OZSA 1APVE 1FMUA 2BPXA 4K9HA 3PB5A 5P6MA 1Q9PA 4MC9A 2QMFA 3MXEA 1FIVA 5P3RA 2I4QA 5P8EA 2ZJLA 2O4PA 1FQ7A 1K2CA 1U8GA 5DGWA 3NDWA 1EAGA 4J1EA 3TPPA 5P5MA 1RL8A 4CPRA 1IVQA 4Y4JA 5P8LA 4I0DA 4Y50A 4I0JA 1RQ9A 1KJHA 1FFIC 3LIXA 2HPFA 3NU9A 3Q4BA 1W5YA 4DJQA 4OC6A 3G72A 4UPJA 4Y3EA 5OZ1A 4OBGA 4I11A 5IVSA 2AVMA 5OYVA 1ODWA 1W5WA 4CPSA 3SA8A 5P1RA 5IS4A 4Y9WA 5P0PA 2VS2A 5KQZA 4RRSA 2ZGAA 1FQXA 4DQEA 4IVTA 3KFNA 5P6KA 1LF4A 5P4ZA 1MVPA 3OQFA 5P60A 2VA7A 3R4BA 3LZVA 5P4KA 2ZJMA 2JXRA 5OZ8A 5P36A 5I3WA 2F3KA 3S8IA 3IN3A 4HDPA 5I70A 3U7SA 4H3IA 5P4JA 1WKRA 1AIDA 4WY1A 5OYXA 5P3AA 4BFDA 5P2OA 4RCFA 4GZFA 4GJDA 3NLSA 5P1XA 5OZDA 5P2HA 4CP7A 5P4HA 1SGUA 1W5XA 3LPIA 3UPJA 5P0LA 1IDAA 3GGAA 1N49A 5OZOA 1AJXA 1BWBA 2RMPA 3O9LA 4ZSQA 4Y54A 4FRJA 2RSPA 3VSWA 2IGXA 1DIFA 5DQ4A 3WB5A 2WHHA 4K4QA 4EJDA 2R38A 3ZPTA 5P7CA 5P1FA 2AOJA 5OYZA 4Y6MA 1K6TA 5P38A 2G26A 5IVQA 3K5CA 5F01A 5P2LA 5P28A 4DJWA 2A4FA 5P15A 1HPVA 3NUOA 5P03A 5OZ3A 5SZ9A 4LAPA 4PEPA 3BHEA 2BQVA 3NUJA 5P1QA 4S1GA 1LYAB 1XL5A 5P3LA 5P54A 1ENTE 3OU1A 2NMYA 4YCTA 4DPFA 3D20A 3L5FA 3OADB 4QJ6A 5P3XA 1APTE 4Y5AA 3I8WA 5P1JA 5OZCA 2IENA 3KDBA 1WBMA 5P6DA 3HD8A 4Y3FA 5P6QA 4Y5EA 1HHPA 5F00A 3Q5HA 5P1LA 4A6CA 5P35A 2AVSA 1LYAA 1MSNA 2NXLA 3ZKQA 5P65A 4Y3MA 4ZE6A 3OADA 1DAZC 3URIA 1QBTA 5P3JA 1PSOE 5OYWA 2XYEA 3O99A 2Q55A 4GIDA 2FLEA 4Y3PA 4DJVA 3HZCA 1PFZA 4LP9A 4RCEA 2JJIA 2O40A 3UDQA 4J1HA 5P45A 5P5QA 3INDA 3PWWA 4CPWA 5OZXA 3LHGA 3FNSA 4Y4TA 3SPKA 5BS4A 3PWRA 4QJ2A 4NJVA 4FCOA 3DCKA 4HLAA 5P0JA 2WEBA 5AH8A 3CYXA 4WY6A 3KN0A 1ZJ7A 1FFFC 5OZYA 5P8QA 1YG9A 4Y3JA 5C9FA 3TOGA 3G6ZA 5P7NA 3EKVA 1MT7A 3PRSA 1XN3A 5P4CA 4CKUA 2H6TA 5P14A 1SH9A 2FS4A 5P58A 2NPHA 5P0UA 4F73A 2WF1A 4B70A 3O9BA 5P5BA 5P1VA 5P20A 1EC1A 7UPJA 2NXDA 4I1CA 2PQZA 2ZJKA 4RVXA 1NH0A 5P83A 1EPRE 5P2VA 4I12A 5P7AA 5P3NA 2VKMA 1MESA 3TL9A 3URJA 4EJLA 2I0AA 3M9FA 5P5NA 5P4LA 3I2LA 3L5EA 5P09A 5P12A 3VYFA 5P56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1LF2 A;  4Y3Z A;  1BXO A;  2I4D A;  5KQF A;  1GVU A;  3L59 A;  2FGU A;  4I0H A;  3TKW A;  3VG1 A;  5HDX A;  5P6A A;  1HRN A;  3PCW A;  1KJG A;  5OZL A;  5P6G A;  3PJ6 A;  4LXM A;  5E5J A;  2HB4 A;  1HWR A;  5OZJ A;  1HTR B;  5HCO A;  5P2S A;  5HDU A;  4DQC A;  3PI5 A;  1XN2 A;  1C6Y A;  3T3C A;  3OTS A;  5P6C A;  3TH9 A;  1EPM E;  2UY0 A;  3T7Q A;  5P0N A;  3MXD A;  5AGZ A;  1T7K A;  3GI5 A;  4Y5N A;  1Z1H A;  3OAG A;  5P2Q A;  5P7V A;  5P4S A;  3OHH A;  2ZHV A;  5P48 A;  4Q1X A;  2AZB A;  1MTB A;  5P68 A;  3O9H A;  2QI4 A;  5P2D A;  1BVG A;  1XDH A;  4BEK A;  4KB9 A;  5OZR A;  4QJ7 A;  4YCK A;  4DJR A;  4DH6 A;  1AM5 A;  3HBO A;  5P2U A;  5E5K A;  4U8W A;  1ZPK A;  5P8B A;  5I3Y A;  5P47 A;  2H6S A;  3EKW A;  5BRY A;  4ZPF A;  3O9F A;  1BIL A;  1HXB A;  4RYC A;  5SXN A;  3NU6 A;  3NXN A;  4ZSM A;  2WED A;  5P1G A;  4KE0 A;  2HC0 A;  5HCT A;  2IRZ A;  1GVT A;  4Q5M A;  1HVL A;  5KQY A;  2F3F A;  3PMU A;  5OZ6 A;  1B6K A;  2JYS A;  1ZAP A;  2F8G A;  3DOX A;  2HIZ A;  5OYR A;  4RLD A;  3QN8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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