5P0LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 68
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0lA01
3CYXA 5P0AA 3L5BA 5P3GA 1BWAA 3LZSA 5AH8A 5P0BA 1A8KA 4Y56A 2R5QA 2WEBA 2QNQA 5P04A 5P1WA 3UDRA 4Y51A 3BVBA 5P4AA 4ZSRA 5P7UA 5DPZA 2SAMA 5P1LA 3KT2A 3Q6YA 3SA8A 1K6CA 4EXHA 2ER6E 5P82A 2ZHSA 1DP5A 4Y3DA 5OZOA 3KFNA 4OBJA 3S7LA 4Y5AA 3FNTA 4LL3A 4EXGA 1AXAA 1HTEA 5P2BA 5P26A 3LZYA 4JP9A 2P4JA 5P7BA 4B70A 5OYZA 5P3XA 3PCZA 3KDBA 5P6HA 1APUE 1ZP8A 5OYUA 4TVHA 3IAWA 4F75A 4Z4XA 1W5XA 2AZ8A 4MC6A 3ZPUA 5J25A 5P4PA 5JODA 4GJ6A 5HCOA 5P0SA 2P3BB 2QI3A 5P19A 2ER7E 3GI6A 4DQEA 3OOTA 3LPJA 1ZSRA 2P3BA 1NPVA 1MRWA 5P55A 5P5WA 3VYDA 3FNUA 2F3FA 5P5NA 1SDVA 2ZYEA 3O9CA 3OU4B 5T4SA 5P42A 4NJUA 5P2XA 2A4FA 4QGIA 3DM6A 4Y58A 3TPPA 3TTPA 4QJ8A 3EKVA 4I11A 3EKWA 3OGQA 1MERA 5KQZA 4WY6A 4LXAA 5P7DA 1Z1HA 5C9DA 5KR1A 4APRE 4U8WA 5E5JA 3TL9A 4NJSA 4GJDA 2FNTA 1NPAA 4DJVA 1YX9A 2Q15A 4CPTA 4RGHA 1APWE 3WB4A 7UPJA 4NPUA 3KFRA 4FL8A 2V0ZC 4OBFA 4PZWA 5P00A 3Q4BA 1J71A 2V00A 5P1CA 5P5GA 1PPME 3KYRA 2QCIA 1TSQA 3NLSA 4B78A 1MT8A 3EKXA 5OYQA 4Y3HA 5P2EA 4ZEAA 2Q11A 4PHVA 5P6NA 3NXNA 5P44A 3SM1A 1LV1A 5HU0A 3OQ7A 3D1ZA 1IDBA 1SIPA 1RV7A 5P7ZA 5P7TA 3GI5A 3TPJA 4FRJA 3T7PA 1EC2A 2G26A 4FM7A 1FQ8A 4I0ZA 5IVTA 4RCEA 5P5YA 2RMPA 2AOCA 3K5GA 3S53A 5P1DA 5P83A 3QN8A 5P1SA 1BIMA 5IVRA 3HBOA 2OHTA 1MTBA 5P49A 5P6LA 2RKFA 2Z54A 4FAFA 4H3IA 1SDUA 5P4RA 5P1VA 4RYCA 2NXLA 2QMPA 5P88A 1MVPA 3NU9A 1HSIA 4I10A 5P6GA 2I0AA 3S8IA 3GGAA 5P85A 1T6GA 2FNSA 4PPHA 5P4SA 5OZFA 1T7KA 3VV7A 4CPSA 5P1UA 4B77A 3IN3A 4Y38A 1TCXA 3FKTA 1NSOA 4HVPA 5P4BA 4EHCA 2CEMA 3O9IA 1W6HA 1HVSA 3VF3A 3C9XA 5P0VA 1XS7D 5OZPA 1EEDP 3OQFA 5P2RA 1JLDA 4MC1A 4L7HA 4Y3ZA 2FGUA 2O4KA 5P7LA 3PEPA 4HZTA 5P7NA 5P12A 5COKA 4CPQA 2QMFA 5P6MA 5OZ0A 1LF3A 3JVYA 5P53A 3APRE 2CEJA 4Y44A 3ER3E 3INFA 2VKMA 5KQXA 3PCWA 3CKPA 5DR8A 4OBGA 1FIVA 1AM5A 2AOJA 5P05A 3UDJA 5P0GA 3QVCA 3UDHA 5P7MA 3BRAA 3K5FA 4I0EA 2AOFA 3IA9A 5C9BA 5P2AA 4M8XA 3PBDA 3O9LB 5P7EA 1HVIA 2WF4A 3QAAA 5P1BA 2QHYA 3NWQA 4D85A 3MSJA 3GW5A 4CP7A 2AODA 1ZAPA 2J9JA 4K8SA 2R9BA 1WKRA 5OZMA 3R1GB 4RLDA 3IXJA 1QBTA 2PK6A 3CYWA 4QJ7A 5P4UA 4B1CA 4DI2A 1IZDA 5P0QA 4IVSA 3OWNA 4K4QA 3KMXA 2QNNA 5P5UA 6FIVA 3RTHA 4B72A 4R95A 2QZLA 1KJ4A 5P2TA 5P8KA 4B1EA 3OAGB 5P2LA 5P1QA 3OAGA 4OD9B 2WF1A 2PH6A 3UDNA 2QU3A 1XL2A 1FB7A 5P46A 3VV8A 4DQHA 2WHHA 2VJ7A 3R0WA 5P4LA 5P32A 4MC9A 5HCTA 1LYBA 1QBUA 1ZLFA 2NMYA 1QS8A 1MESA 3R4BA 4UPJA 1HIIA 4R5NA 2XFKA 4QJ6A 1YTJA 3BVAA 3HDKA 3DK1A 3KT5A 3HVPA 4R8YA 4OBZB 1PROA 1BILA 2WF0A 1W5VA 4CKUA 4YHQA 5AHCA 1K1TA 2R5PA 5P57A 5P6XA 3NU4A 3JW2A 4YD4A 5P3IA 5OZ5A 3PWMA 5OZKA 5KR8A 5P0HA 1EPME 3LPKA 5ER2E 2ZGAA 2QD7A 3MXDA 3T11A 5KR0A 2Q63A 3NU3A 4GYEA 5DGUA 2HB2A 3ZPSA 1IZIA 3TKWA 5P8QA 3VG1A 2OHKA 4BFBA 4H1EA 5HDUA 5P0MA 4Y50A 4TRZA 4HDBA 5P6SA 1WBKA 4J1FA 5P8GA 5P7CA 5P7VA 3VUCA 1GKTA 1MT9A 2PSUA 1MUIA 4DJUA 1QBRA 1D4KA 1EPPE 5P6QA 4DJOA 1YTIA 3AIDA 2HS2A 4Q5MA 4J1CA 2AVOA 5P69A 4ER2E 4HEGA 1XDHA 5HDZA 5I3WA 5P3VA 2O4SA 5HVPA 5P3HA 5P5KA 5EZZA 3I7EA 1TCWA 3MSKA 1Z8CA 1RNEA 5KQFA 1EBZA 5P1OA 3S43B 3QRVA 5P48A 2V10C 1PPKE 2VIZA 2QZXA 3DV5A 4Y3AA 3OQDA 4OBHA 1ODXA 1D4YA 1HTFA 3FIVA 4ZPGA 5OZRA 4YD6A 4EYRA 5P3TA 3O9DA 1MTRA 1VIJA 4TRWA 4ZSMA 2G22A 1ME6A 5P1RA 5OZIA 1LF4A 5P4GA 1FG6C 1FQXA 2PYNA 4R91A 5AH6A 3ER5E 5P77A 2OHQA 1GVWA 5P6UA 1G35A 3EMYA 1YTHA 2B8LA 5P60A 5P8FA 2ZJKA 5CONA 3LNKA 1C6XA 1G2KA 3O9HA 2AVQA 4YD5A 3VSWA 5P5CA 3OADA 4IVTA 1EAGA 4HDPA 5P4HA 5SZ9A 1XN2A 4AA8A 2AOGA 5AHAA 3D1XA 4RCDA 4LP9A 5OZ2A 2AOHA 1FMXA 3INEA 1HVHA 3FX5A 5P1AA 2I4WA 1CPIA 3NR6A 4DPFA 4EQJA 2I4UA 4J1HA 5P31A 3PB5A 5P03A 5P52A 4OBDA 3BHEA 5P0WA 5P06A 2ZHRA 2I4VA 3EM6A 5SXNA 2O4LA 4Y54A 5P3OA 4EJLA 2P83A 1K2CA 5P17A 3EM4A 5P6IA 3TKGA 3TPRA 5P4CA 3LIVA 1D4SA 5P2UA 4DH6A 3KF0A 1OHRA 4R93A 8HVPA 3Q3TA 1HTRB 4HDFA 5AHBA 1BXOA 3IN4A 3SQFA 5P3ZA 1ZJ7A 1HXWA 2UY0A 3VYFA 4KUPA 4FSLA 4B00A 2B8VA 5P6JA 5KOSA 5P1FA 3VLBA 5P0OA 3L5EA 5P4IA 2IEOA 2NMZA 1FQ4A 1BDRA 2ZJMA 3TPLA 4J0VA 1E81E 2JJJA 1HPXA 5I3VA 5P0FA 5P6KA 1XL5A 1K6VA 3EL4A 1ZPAA 5HTZA 5P8PA 1KJHA 5CLMA 5OZXA 4Y3YA 2I4DA 4H3JA 4Q1NA 1EC3A 5DQ4A 3ZMGA 4FLGA 3VSXA 5P7YA 1FQ6A 5OZ7A 4AZYA 3KA2A 5OZ9A 3HAUA 3S54A 3VV6A 5OZAA 3WB5A 2V13A 4YD3A 1HXBA 5UPJA 5P0PA 2R38A 2ZHVA 5P1XA 5P51A 4NJTA 5P4NA 5OZSA 5P27A 5P34A 1FFIC 1RQ9A 5P3SA 2PH8A 2UPJA 2BPZA 5P3BA 5P4TA 3DOXA 5P0JA 4Y35A 1FQ5A 4NPTA 1EC0A 4X7IA 2FDPA 4Y4WA 2G1YA 3R2FA 2G20A 3PMUA 4D89A 4Y37A 3UCBA 1HSGA 1GVVA 4XX4A 2QNPA 5P7QA 2AIDA 1YM4A 4ZE6A 3OGPA 2B42A 1UPJA 3OU4A 3SA3A 3UFNA 3OUCA 5P0IA 1HPSA 5P64A 1G0VA 2QMGA 2MIPA 5HE7A 2AOIA 5P35A 4EP3A 4DJRA 5P8MA 4PEPA 5DQCA 5P6WA 2OHPA 1W5WA 4DJQA 1C6YA 4XX3A 4GJ7A 5P67A 2PC0A 5P6OA 2QHZA 3PLDA 5OYVA 5P2OA 2AZBA 5OYXA 3B7VA 1MEUA 2IL2A 3VF5A 4XXSA 5P4VA 5P8SA 3S7MA 4Y3MA 1XE5A 3L5DA 5P36A 5HD0A 4I0FA 1AAQA 1K1UA 2AZ9A 3QI1A 4YD7A 4D88A 1K6TA 3VFBA 4J17A 2JJIA 2BB9A 3LIYA 4YOBA 3EKQA 4E43A 4Y3NA 4Y3FA 5P89A 4ACXA 2AOEA 5P5AA 3HW1A 1ZTZA 5P4OA 5P2NA 2ZJHA 4RVXA 1TQFA 4YOAA 3OHHA 3OTYA 9HVPA 5OZJA 1D4LA 5P8NA 1OEWA 1BV9A 4Y45A 5P8LA 3FV3A 3SLZA 2VA5A 5DQ1A 5P2SA 3N4LA 5P3DA 3SKFA 3EL1A 1HTGA 3A2OA 4Y4JA 4AMTA 4J1EA 4Y5PA 5P43A 4CPUA 5P73A 2VNNA 4Y3RA 5P5MA 4DUSA 3LPIA 4YBIA 1B6JA 1HVJA 5P7IA 1TZSA 4TVGA 5P4FA 4F73A 4Y48A 5P2KA 2G1SA 2PWRA 1OD1A 3VEUA 4DJWA 5OZVA 5I70A 4JECA 2IKOA 4HE9A 4A6CA 3PMYA 3QROA 1GVUA 3ZLQA 3WSJA 1HRNA 3PRSA 4ZIPA 2QI7A 4KE0A 4BFDA 2RENA 5ENKA 1MPPA 5P4DA 1HVCA 1T7IA 3NWXA 2G27A 4GB2A 1M43A 2JE4A 4Y4DA 1HIHA 5P78A 2NPHA 5P5VA 3L5CA 4R92A 4ZPFA 1E5OE 5P6RA 3EKPA 3KMYA 3SA4A 3KFPA 4Y5BA 2OF0A 5P24A 4J5JA 3WZ8A 2CENA 1T6EX 3NU6A 5P6EA 4GMIA 3CMSA 2VA6A 4FS4A 4YDFA 3OU1B 4ZLSA 4FCOA 1BDQA 1AVFA 2HPFA 1SMRA 3SACA 5P1JA 2VA7A 4Y9WA 3ZKIA 2PWCA 5P0DA 5P0KA 4ZSQA 3OHFA 3HLOA 2OAHA 3O9LA 5HE5A 3SA9A 4LHHA 3VF7A 4QJAA 1B5FB 4Z2ZA 5AH7A 5SY2A 5OYYA 4FSEA 1BV7A 5P1HA 5P6BA 2AVMA 2ZE1A 5P14A 1B6MA 4Y36A 5P8RA 5OZWA 1BVGA 3H5BA 1E80E 3ZKSA 1LEEA 1UH8A 5DGWA 5P2VA 2VJ9A 4QJ2A 5P8CA 2QZWA 5OZZA 1N49A 1TW7A 4DFGA 2ASIA 2PQZA 3O9GA 2VIEA 5P8BA 5P50A 1HVLA 4BEKA 2AVSA 2VIJA 4F76A 5P81A 1SGUA 3I25A 4OD9A 5P7PA 1PSAA 5IVSA 1EBKC 3OXXA 3EKYA 2P3AA 4EJ8A 4L1AB 4FGXA 1GVTA 3Q70A 5P7GA 3O9EA 2VNMA 5P54A 2HS1A 5P7KA 1IBQA 3NUOA 4EWOA 1ENTE 4H3GA 4I1CA 4Y3GA 3OXVA 5P7HA 3UDMA 5P18A 5P0LA 5P3WA 2O40A 2QI6A 2G1RA 3RTMA 2ER9E 2AZCA 5IVQA 1EPRE 4Y5CA 4OBZA 1HIVA 5P5JA 2FS4A 5P6TA 1FFFC 4GJ8A 5OZEA 2ZDZA 4ZSPA 2ANLA 2QZKA 4YCKA 2QI0A 4Q1XA 1B11A 4J0TA 4Y4BA 5P1YA 5HDXA 2I4QA 3LHGA 5P1NA 3PBZA 5P8HA 2FLEA 2A1EA 3VYEA 3SA6A 5P1EA 3O9AA 1B6KA 4J54A 4Y4XA 1KZKA 1ODWA 2VJ6A 2AVVA 2XYEA 4DJPA 3EC0A 4Y3EA 3BUHA 3QRSA 1BXQA 5P16A 1ZPKA 1AJXA 5P0TA 1FF0C 2G24A 5P6DA 2NNKA 5P33A 3ZKQA 3BUGA 5P58A 3BGCA 1LYWB 4AA9A 1PPLE 3T7XA 5P07A 3EL5A 4I0HA 5P4YA 1HVRA 3BUFA 6UPJA 3OY4A 1KJFA 3NU5A 2J9KA 5F01A 1T7JA 3NDXA 1A94A 1ZBGA 3RSXA 4N00A 2R3TA 3L59A 5C9FA 2Q55A 5P0NA 2IRZA 1GVXA 3I6OA 1C6ZA 1APTE 5DR3A 5P8VA 3S43A 3MSLA 4I0DA 5FIVA 3DV1A 3LZUA 1BDLA 5P2FA 5P20A 3DJKA 3QRMA 4FRKA 2BPYA 2IDWA 3EL0A 2BPWA 2BJUA 3UQRA 2ZJNA 2G94A 2XYFA 1LYAB 4OC6B 2JXRA 1M0BA 5P5SA 1UH9A 5ENMA 5I3XA 5DR1A 2BPVA 4Y3TA 5P5HA 2QMDA 5KR2A 1AZ5A 3O9BA 1APVE 2F3EA 3LIZA 5OYTA 2QK5A 1NPWA 1B6LA 5P61A 2V12C 3UDQA 5P1IA 4Y4UA 2Q5KA 1SDTA 3ZKGA 5P0EA 3CICA 5P1GA 1MSMA 5P23A 5P70A 3ZPTA 4FAEA 4WY1A 1IVQA 5ISKA 3QVIA 5P40A 5P3FA 5IE1A 3FSMA 3QPJA 5P5QA 4L7JA 3TOFA 3K1WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CYX A;  5P0A A;  3L5B A;  5P3G A;  1BWA A;  3LZS A;  5AH8 A;  5P0B A;  1A8K A;  4Y56 A;  2R5Q A;  2WEB A;  2QNQ A;  5P04 A;  5P1W A;  3UDR A;  4Y51 A;  3BVB A;  5P4A A;  4ZSR A;  5P7U A;  5DPZ A;  2SAM A;  5P1L A;  3KT2 A;  3Q6Y A;  3SA8 A;  1K6C A;  4EXH A;  2ER6 E;  5P82 A;  2ZHS A;  1DP5 A;  4Y3D A;  5OZO A;  3KFN A;  4OBJ A;  3S7L A;  4Y5A A;  3FNT A;  4LL3 A;  4EXG A;  1AXA A;  1HTE A;  5P2B A;  5P26 A;  3LZY A;  4JP9 A;  2P4J A;  5P7B A;  4B70 A;  5OYZ A;  5P3X A;  3PCZ A;  3KDB A;  5P6H A;  1APU E;  1ZP8 A;  5OYU A;  4TVH A;  3IAW A;  4F75 A;  4Z4X A;  1W5X A;  2AZ8 A;  4MC6 A;  3ZPU A;  5J25 A;  5P4P A;  5JOD A;  4GJ6 A;  5HCO A;  5P0S A;  2P3B B;  2QI3 A;  5P19 A;  2ER7 E;  3GI6 A;  4DQE A;  3OOT A;  3LPJ A;  1ZSR A;  2P3B A;  1NPV A;  1MRW A;  5P55 A;  5P5W A;  3VYD A;  3FNU A;  2F3F A;  5P5N A;  1SDV A;  2ZYE A;  3O9C A;  3OU4 B;  5T4S A;  5P42 A;  4NJU A;  5P2X A;  2A4F A;  4QGI A;  3DM6 A;  4Y58 A;  3TPP A;  3TTP A;  4QJ8 A;  3EKV A;  4I11 A;  3EKW A;  3OGQ A;  1MER A;  5KQZ A; 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 1YTI A;  3AID A;  2HS2 A;  4Q5M A;  4J1C A;  2AVO A;  5P69 A;  4ER2 E;  4HEG A;  1XDH A;  5HDZ A;  5I3W A;  5P3V A;  2O4S A;  5HVP A;  5P3H A;  5P5K A;  5EZZ A;  3I7E A;  1TCW A;  3MSK A;  1Z8C A;  1RNE A;  5KQF A;  1EBZ A;  5P1O A;  3S43 B;  3QRV A;  5P48 A;  2V10 C;  1PPK E;  2VIZ A;  2QZX A;  3DV5 A;  4Y3A A;  3OQD A;  4OBH A;  1ODX A;  1D4Y A;  1HTF A;  3FIV A;  4ZPG A;  5OZR A;  4YD6 A;  4EYR A;  5P3T A;  3O9D A;  1MTR A;  1VIJ A;  4TRW A;  4ZSM A;  2G22 A;  1ME6 A;  5P1R A;  5OZI A;  1LF4 A;  5P4G A;  1FG6 C;  1FQX A;  2PYN A;  4R91 A;  5AH6 A;  3ER5 E;  5P77 A;  2OHQ A;  1GVW A;  5P6U A;  1G35 A;  3EMY A;  1YTH A;  2B8L A;  5P60 A;  5P8F A;  2ZJK A;  5CON A;  3LNK A;  1C6X A;  1G2K A;  3O9H A;  2AVQ A;  4YD5 A;  3VSW A;  5P5C A;  3OAD A;  4IVT A;  1EAG A;  4HDP A;  5P4H A;  5SZ9 A;  1XN2 A;  4AA8 A;  2AOG A;  5AHA A;  3D1X A;  4RCD A;  4LP9 A;  5OZ2 A;  2AOH A;  1FMX A;  3INE A;  1HVH A;  3FX5 A;  5P1A A;  2I4W A;  1CPI A;  3NR6 A;  4DPF A;  4EQJ A;  2I4U A;  4J1H A;  5P31 A;  3PB5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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