5P0MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 69
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0mA01
5P3PA 3CMSA 5P8FA 1LEEA 4L7GA 2V13A 4Y4EA 2VJ6A 2R3TA 5OZWA 2ZHRA 1WKRA 5P2DA 4GJBA 5P0ZA 3OAGB 5P1TA 2QI3A 3CYWA 3OQKA 2XFIA 1EC3A 4QJ7A 5AHAA 2BPXA 5HU1A 3NR6A 4J1EA 5P4GA 2HC0A 5P2RA 5P8RA 5P39A 2ZJIA 5P09A 4DJUA 1TW7A 4Y56A 5P83A 4J0ZA 2QZLA 3BC4A 3ZOVA 2OHQA 2I1AA 2ER7E 3S43B 2F80A 4I11A 1HTRB 4PPHA 4U8WA 3URJA 1E80E 3QPJA 5P1QA 1GVUA 3CYXA 2RKGA 3KN0A 2IQGA 5P5RA 2JJJA 5DR1A 4L7HA 4ER1E 4ZSQA 5P6XA 3L59A 5OZLA 1FMXA 1MRWA 4I0EA 5OZ2A 3TPJA 4DJPA 2V0ZC 2VA5A 3EL9A 4B0QA 4JOOA 5P0RA 5P3AA 3QN8A 1XDHA 2WF4A 2BPZA 3VCMA 5P1OA 3EKQA 2QHYA 3PJ6A 1MT8A 4I1CA 5P5YA 2V10C 5P5CA 3QP0A 4BEKA 4RRSA 4LBTA 3GGAA 5P7NA 1MT9A 3R0YA 5P6HA 3S8IA 5P2NA 3K4VC 3UQRA 1QBUA 3PB5A 1CZIE 1FEJC 5P3DA 1PSAA 5P2GA 1DP5A 1EPRE 1XS7D 2APRA 3NDWA 5P3OA 4GJ7A 5P02A 1A9MA 4F73A 3EKXA 5P5XA 5DGWA 3MXEA 5P5PA 5P8NA 2IKOA 2P3BB 3CKTA 3INFA 5DPZA 3WSJA 5P3VA 5P7AA 2ER9E 1SH9A 3EM6A 2AOFA 3PGIA 4Y5GA 5P8OA 4K9HA 1EPME 2ZJLA 1BXQA 5P5EA 3BGBA 1W5XA 3LZYA 5P5AA 5P61A 4DH6A 3KMYA 2VS2A 4BFBA 4MC2A 5I3WA 4EJDA 2R9BA 2AZ8A 1U8GA 1T3RA 5ISKA 4B77A 3U71A 4FRKA 1C6XA 4K8SA 3GGVA 3D91A 2IENA 5P0EA 3Q5HA 4LP9A 5P2VA 5P70A 3TTPA 1G0VA 3UCBA 1EBKC 5P04A 5P3RA 1BV7A 1HVHA 1IZEA 2ZDZA 1DW6C 5OYTA 4QJ9A 3VYEA 2AVQA 4JECA 5P6OA 3RU1A 1T6EX 3HAWA 5UPJA 3T7PA 4Y58A 5OZKA 5P0UA 5P18A 5P0CA 4Y3ZA 3EL1A 4GJ5A 2XFKA 1BWBA 1WBMA 5P8TA 3CKPA 2G1RA 4Y45A 3TOFA 2ZE1A 3ECGA 1LF3A 3TOGA 4AA8A 2Q63A 5SY2A 2QI7A 5P7PA 2ZJHA 5P2IA 4QGIA 3GGUA 5DQ2A 1HVJA 5P0JA 4EQ0A 3AUPA 5P1YA 3BVAA 1KJHA 5P5HA 3BUGA 2AOCA 5E5KA 5P2JA 1FGCC 1WBKA 4AZYA 5P48A 4DJOA 4EHCA 1HEFE 2WHHA 4Y3SA 4Y3LA 3WB5A 2G94A 5P1SA 1VIKA 3RTMA 3Q4BA 1HPOA 3KFPA 1B11A 4RRNA 4ZSPA 3AIDA 4Y3EA 1YTIA 2HPEA 3INEA 4J0VA 5CONA 3M9FA 1HIHA 5P0AA 4A6CA 4RVIA 5DGUA 4J1HA 3UQXA 3TH9A 5OZ7A 4Y3GA 5P1KA 5KQXA 3IN4A 3B80A 4AUCA 5ENMA 3EL0A 3NUJA 2B8LA 3LIXA 3SA8A 3EKWA 1MPPA 2HPFA 3BVBA 5P2TA 3HVGA 1VIJA 2B7ZA 3VUCA 4R5NA 4RVJA 1XE5A 2ZJKA 2BBBA 1ZSFA 3SKFA 5P42A 3KT5A 3S7LA 3DOXA 5P6ZA 2VKMA 1ZJ7A 4L1AA 6FIVA 4R93A 5OZSA 4KE1A 4Q1WA 4ACUA 1LYWB 4CPXA 2I4XA 5P3GA 1SDVA 3H0BA 3K5FA 5OZTA 1EPOE 1A8KA 1FQ5A 4YHQA 4DJYA 5OZ8A 5P5QA 1EBWA 3NWQA 2AZ9A 3VSWA 3GI5A 4Y4AA 5P86A 1Q9PA 5P6RA 5P7QA 3UPJA 4Y47A 2VJ9A 4GJ9A 5P6LA 4DJRA 4Y57A 5IVSA 3FKTA 2BKSA 2QNNA 5APRE 2CENA 5OYSA 4DJWA 5P4NA 2VNNA 3UDHA 5OZRA 3NUOA 5IE1A 3TPPA 4DPIA 5P5DA 5DQCA 1K6CA 2RMPA 3BUFA 3UDNA 1SGUA 2NR6A 2P83A 4EJLA 4QLHA 1M4HA 5PEPA 4Y5CA 1ODYA 4ZLSA 1HOSA 2AIDA 2G1OA 4Y37A 4X2LA 4J54A 3BXRA 1MTRA 4KUPA 2PQZA 2PK6A 2R38A 5P1IA 2I0AA 1FF0C 5P6FA 5AH7A 2FDPA 2ZHVA 5P57A 5T4SA 1E82E 5P6DA 5P4SA 4RCEA 2VJ7A 2I4UA 5P01A 3RSXA 3N3IA 4E43A 4Y4ZA 1B6PA 5P31A 3URLA 2QNQA 5OZEA 3PEPA 2VA7A 3PCZA 1HSIA 2FLEA 3I8WA 4TRWA 4Y4JA 5P0MA 5P23A 2G24A 1LV1A 5OZHA 2WF2A 3NDTA 3SACA 5P5BA 4RROA 5P3MA 4X7IA 5P0VA 3ZL7A 3OUDA 1BXOA 5P0SA 3DV1A 2Q64A 4EYRA 5IVQA 1LYBB 3OU4B 2WF1A 5OZDA 5DR3A 1SP5A 4OD9A 4Y48A 5P4IA 2OHMA 5P8UA 4D85A 2J9KA 1QBTA 3Q3TA 3JW2A 3KA2A 4I0IA 1QBRA 2H6SA 1MEUA 5P78A 2QAKA 3MWSA 4EXGA 4FIVA 1F7AA 3VV8A 3PBDA 4Y3QA 3IA9A 3UDMA 5P4PA 5OYUA 3BRAA 4K4RA 1MRXA 4RZ1A 5P1PA 3ZKNA 5TOLA 3KFNA 1HTGA 2BB9A 3NU9A 1B6KA 1IVQA 5P3NA 2NNPA 3VEUA 1ZTZA 5FIVA 5OZ0A 3EXOA 3TPLA 1RPIA 4Y6MA 5P1HA 4Y9WA 3ZKGA 3ZPSA 3I6OA 4GJ6A 3VLBA 4FRIA 1BDQA 2IDWA 4OBGA 2ZHUA 1IIQA 3UFLA 5P3UA 1XN3A 2FMBA 5DR4A 4B05A 3PSUA 5P05A 5P8MA 1MIQA 1PPME 3SM2A 4U7VA 3K4VA 1E81E 2ASIA 4I8WA 1AM5A 1Z8CA 3F9QA 4JPEA 2NXDA 4YBIA 1SDUA 3VYDA 4FM7A 3OXXA 4LXAA 4OBJA 5P8JA 5KOQA 1FQ6A 5KR8A 5P0IA 4FGXA 3OU1A 1MVPA 3PI0A 1AAQA 1D4YA 2I0DA 3KF0A 5P4UA 5P67A 1OEXA 5KR0A 3OUDB 5P7RA 2OHLA 2Q15A 3LPJA 3OGQA 5P03A 3TL9A 5OZNA 2QI5A 4PYVA 5P29A 5DR7A 3EMYA 5P3SA 3O9AA 5ER2E 4I12A 3SFCA 3EBZA 4RVXA 3EL4A 1ZP8A 1FQ7A 5OZVA 5P6SA 2JYSA 1IZDA 2Q11A 5I3XA 5HE5A 4Y51A 4J0TA 7HVPA 2QU2A 4XXSA 4CPRA 4Q1NA 4LXMA 2ZGAA 2Q3KA 3UQWA 3KDBA 3VFAA 3ST5A 1LS5A 4H3IA 2WKZA 5P2EA 3D1XA 4DQHA 3OQDA 5P1BA 3O9HA 4YD7A 2VIZA 5KQFA 5P52A 5C9FA 3NWXA 4PHVA 4GMIA 1G6LA 2VIJA 5P41A 3BXSA 4LHHA 2AZCA 2OHRA 5P30A 5P4DA 1KJ7A 3NLSA 1ER8E 5P65A 1SMEA 3D3TA 4HE9A 3SA7A 4K4QA 4D83A 1G2KA 3OADA 4KE0A 3SA9A 2Q54A 4QJ6A 2P8HA 2G1YA 4D89A 1GKTA 3L5EA 5P46A 4Y38A 3PI5A 4YD5A 1LYAB 5P5IA 3O9LA 1BILA 5P12A 3UDPA 1PFZA 3SKGA 3PSYA 4WY6A 2IGXA 5P7JA 2ER0E 1ZBGA 1FFIC 3S7MA 5KR2A 3QRVA 5F01A 3ZPTA 3PM4A 4GYEA 4DQGA 3IXJA 3OQ7A 2J9JA 3T3CA 5OZ5A 4ZSRA 3KM4A 4EPJA 3K5GA 3VF7A 5SY3A 2O4NA 5P3EA 5P7BA 3UFNA 4RCDA 3L5CA 5AHCA 2PYMA 1LZQA 2JXRA 5P3BA 2B7FA 5HD0A 5P8EA 5P8KA 1HVKA 2O4PA 5AH8A 2R5QA 4B1DA 5IS4A 4Y44A 4EWOA 1ZAPA 1GNNA 1HSHA 4J0PA 5P2UA 5P8GA 2AVOA 1M43A 4NJSA 3OU3A 1W5YA 3TKWA 4D88A 5P25A 4RYGA 5P5JA 3SA3A 5P16A 2R43A 3LINA 4DV9A 1MTBA 6UPJA 1EC1A 3SQFA 4GZFA 3NU6A 2I4QA 3PLDA 1IDAA 5P5ZA 2AVVA 2QZXA 1YG9A 4B72A 3O9DA 1K6PA 5P55A 5P75A 4Y5EA 5P8CA 2WF0A 4ACXA 3BUHA 5P7WA 5P6TA 5P6GA 1D4LA 1HTEA 3N4LA 3RTHA 1TCXA 2QMPA 5P2ZA 4PEPA 3D1YA 2AOGA 4DJXA 1PSOE 3QIHA 3MSLA 4OC6A 1APTE 5P68A 2QD8A 5P1AA 5P54A 2ZJJA 3O9LB 5COOA 5P4JA 5P8HA 5P4MA 2NMYA 4PZXA 1PROA 5P59A 3ZKSA 4YCKA 4JP9A 3QVIA 3IVHA 1EPQE 1NSOA 4YCTA 5P33A 5OZ1A 2PYNA 4I0ZA 3L3AA 2NPHA 5I70A 2J9JB 5P6KA 2PSGA 1BAIA 1QRPE 4Y4WA 4HA5A 3QROA 1KJGA 4L6BA 5P14A 3S45A 5OYVA 2B8VA 5BS4A 4DPFA 3BHEA 1LF2A 3INDA 1EPNE 5P82A 3BGCA 4Y50A 5P64A 5P5FA 5OZMA 2WEZA 5SXNA 1MSNA 3O9BA 4LXKA 1F34A 1MESA 1QDMA 4FAEA 1XE6A 5P2SA 3R2FA 4DQFA 1YM4A 4CMSA 5P0WA 5P0HA 5AHBA 3H5BA 3HLOA 1ZPKA 2FDDA 3FNTA 5AGZA 1T7IA 3QBFA 5P17A 2BPVA 3HDKA 5ISJA 3T6IA 5DQ4A 5P5UA 4RLDA 4TRZA 1UH8A 3FSMA 4R8YA 4EXHA 3VG1A 5EZZA 3RVIA 1ME6A 5P6UA 3OGPA 4NJVA 1T7JA 2BJUA 5P3YA 1HWRA 2FNTA 4CP7A 2IGYA 1E5OE 5P4YA 2OHTA 2PWCA 1NPWA 4I0JA 1MUIA 1A94A 5P3ZA 5OZOA 2JE4A 5P38A 4Y3YA 5P5MA 3KMXA 1D4KA 5OZ4A 3HZCA 1A8GA 3QBHA 2HM1A 1SBGA 3ER3E 1MERA 5P2OA 3S53A 4Y36A 3PWWA 4OC6B 2O4LA 2HB3A 5P2FA 5P69A 4S1GA 4ZSMA 5P3QA 1OHRA 2G1SA 3LZVA 4FRSA 4GJCA 1ODXA 4FLGA 5P6YA 1IDBA 5OZPA 3O9CA 3TNEA 5I3YA 1HXBA 3ZKMA 1AXAA 5P4OA 3L5BA 4OBZA 3QS1A 3FNSA 5P4LA 2H6TA 4Q5MA 5P50A 5OZQA 5P0GA 4B78A 4OBHA 5P51A 1HIIA 1LF4A 5P0BA 3UTLA 5OYYA 1YM2A 4Y3DA 5P3JA 2VA6A 3PCWA 3EM4A 2PH6A 5KR1A 3SAAA 1SMRA 2G69A 1FMBA 1UPJA 5P8DA 5P8SA 2FDEA 1B6MA 1FMUA 2QHZA 3KFSA 4ER2E 4APRE 2FXEA 4H3GA 5P85A 1EEDP 1KJFA 4ZIPA 2OHSA 2R3WA 4QJAA 4B1CA 4YCYA 4L7JA 5P43A 1C6ZA 2WEDA 3VF5A 1QS8A 4Y5PA 1G35A 4HDPA 1DMPA 4TRYA 5P6BA 5P0XA 3NYGA 1IZIA 1FQ4A 2AOHA 2BKTA 1HVSA 2NXLA 4DJQA 4AMTA 3HVPA 5P1LA 5P80A 2I4WA 5P81A 5DR8A 3UDKA 5P89A 1KJ4A 3G70A 1C70A 2IKUA 3ZLQA 2Q55A 2UY0A 4Y3FA 5OZIA 3GI4A 1EBYA 5P47A 5P10A 2IRZA 2QD7A 4YD4A 1NPAA 2AOJA 4Y3AA 3I25A 4L1AB 5P5OA 2IL2A 5P7MA 4Y5NA 3WZ8A 2ANLA 4D8CA 3SM1A 4Y3MA 3KT2A 2FNSA 2WF3A 5P1FA 5P84A 5P0OA 2OF0A 2A1EA 1BDRA 5HDXA 4NPTA 2ZJMA 3QRMA 4OBZB 5P6MA 3CICA 5P5LA 2IS0A 3OUCA 1GNOA 3HAUA 2Z54A 3JVYA 3VSXA 3CKRA 5P7KA 3T11A 1RNEA 1HVIA 1XN2A 4COEA 2QP8A 5JG1A 3TLHA 3OQAA 3KDCA 3OUBA 1W5WA 1HXWA 3DCRA 3QAAA 5P7CA 1B6JA 2B42A 5P7OA 3NXEA 5OZAA 2ZHSA 3INHA 5P0DA 1PSNA 3FV3A 3LHGA 4CPUA 4HDBA 5CLMA 4NJTA 3PHVA 3EKVA 5P0FA 3Q6YA 2CEMA 2I4DA 4MC9A 2FGVA 3IGBA 3O9FA 5OZ6A 5P1UA 3VV6A 3R1GB 1W51A 1N49A 3EKTA 4UPJA 5P1JA 4FM6A 5BRYA 5P3IA 5P8BA 5P1DA 5DR0A 1K1TA 2BPYA 1EPPE 1APUE 4YOAA 3A2OA 5P40A 2UPJA 2EWYA 4J0YA 5P7GA 2HB4A 3IXOA 4ZPEA 1YTGA 4FSEA 3L38A 5P4ZA 3PWMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3P A;  3CMS A;  5P8F A;  1LEE A;  4L7G A;  2V13 A;  4Y4E A;  2VJ6 A;  2R3T A;  5OZW A;  2ZHR A;  1WKR A;  5P2D A;  4GJB A;  5P0Z A;  3OAG B;  5P1T A;  2QI3 A;  3CYW A;  3OQK A;  2XFI A;  1EC3 A;  4QJ7 A;  5AHA A;  2BPX A;  5HU1 A;  3NR6 A;  4J1E A;  5P4G A;  2HC0 A;  5P2R A;  5P8R A;  5P39 A;  2ZJI A;  5P09 A;  4DJU A;  1TW7 A;  4Y56 A;  5P83 A;  4J0Z A;  2QZL A;  3BC4 A;  3ZOV A;  2OHQ A;  2I1A A;  2ER7 E;  3S43 B;  2F80 A;  4I11 A;  1HTR B;  4PPH A;  4U8W A;  3URJ A;  1E80 E;  3QPJ A;  5P1Q A;  1GVU A;  3CYX A;  2RKG A;  3KN0 A;  2IQG A;  5P5R A;  2JJJ A;  5DR1 A;  4L7H A;  4ER1 E;  4ZSQ A;  5P6X A;  3L59 A;  5OZL A;  1FMX A;  1MRW A;  4I0E A;  5OZ2 A;  3TPJ A;  4DJP A;  2V0Z C;  2VA5 A;  3EL9 A;  4B0Q A;  4JOO A;  5P0R A;  5P3A A;  3QN8 A;  1XDH A;  2WF4 A;  2BPZ A;  3VCM A;  5P1O A;  3EKQ A;  2QHY A;  3PJ6 A;  1MT8 A;  4I1C A;  5P5Y A;  2V10 C;  5P5C A;  3QP0 A;  4BEK A;  4RRS A;  4LBT A;  3GGA A;  5P7N A;  1MT9 A;  3R0Y A;  5P6H A;  3S8I A;  5P2N A;  3K4V C;  3UQR A;  1QBU A;  3PB5 A;  1CZI E;  1FEJ C;  5P3D A;  1PSA A;  5P2G A;  1DP5 A;  1EPR E;  1XS7 D;  2APR A;  3NDW A;  5P3O A;  4GJ7 A;  5P02 A;  1A9M A;  4F73 A;  3EKX A;  5P5X A;  5DGW A;  3MXE A;  5P5P A;  5P8N A;  2IKO A;  2P3B B;  3CKT A;  3INF A;  5DPZ A;  3WSJ A;  5P3V A;  5P7A A;  2ER9 E;  1SH9 A;  3EM6 A;  2AOF A;  3PGI A;  4Y5G A;  5P8O A;  4K9H A;  1EPM E;  2ZJL A;  1BXQ A;  5P5E A;  3BGB A;  1W5X A;  3LZY A;  5P5A A;  5P61 A;  4DH6 A;  3KMY A;  2VS2 A;  4BFB A;  4MC2 A;  5I3W A;  4EJD A;  2R9B A;  2AZ8 A;  1U8G A;  1T3R A;  5ISK A;  4B77 A;  3U71 A;  4FRK A;  1C6X A;  4K8S A;  3GGV A;  3D91 A;  2IEN A;  5P0E A;  3Q5H A;  4LP9 A;  5P2V A;  5P70 A;  3TTP A;  1G0V A;  3UCB A;  1EBK C;  5P04 A;  5P3R A;  1BV7 A;  1HVH A;  1IZE A;  2ZDZ A;  1DW6 C;  5OYT A;  4QJ9 A;  3VYE A;  2AVQ A;  4JEC A;  5P6O A;  3RU1 A;  1T6E X;  3HAW A;  5UPJ A;  3T7P A;  4Y58 A;  5OZK A;  5P0U A;  5P18 A;  5P0C A;  4Y3Z A;  3EL1 A;  4GJ5 A;  2XFK A;  1BWB A;  1WBM A;  5P8T A;  3CKP A;  2G1R A;  4Y45 A;  3TOF A;  2ZE1 A;  3ECG A;  1LF3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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