5P0NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 70
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0nA01
2ZYEA 5P6BA 1APVE 5P55A 3LIXA 4Y5PA 5IVSA 5C9DA 1QS8A 3D1XA 4GZFA 1FMUA 2I0DA 3VLAA 3S2OA 2QI5A 1QRPE 4L6BA 4Y4TA 5P5EA 5P83A 1OEWA 4ZPGA 4J0TA 4Y45A 3FV3A 2HAHA 1T7IA 1RL8A 5P4FA 5P2XA 2QI0A 5FIVA 2G69A 5OYUA 2PWCA 3TLHA 3OU4B 3LIVA 5P6SA 4UPJA 5SXNA 5P8CA 2QMGA 2QI7A 3TH9A 5J25A 3S8IA 2O4LA 2HC0A 5OZKA 1META 3NWQA 1BDLA 1NSOA 4F73A 4LBTA 2RKGA 4Z4XA 2WF0A 5PEPA 5HVPA 2JXRA 2F8GA 1A94A 2Q55A 3L5EA 3ZKIA 5P54A 4ACXA 4OBFA 5P5RA 4OBHA 4DI2A 4XKXA 5P2RA 5P73A 3CKPA 4Q1XA 4FM6A 5P5LA 1AVFA 5P7PA 2QK5A 2ZHUA 5P4ZA 1G0VA 3QROA 5P08A 5P1NA 2FDEA 4D83A 4B77A 1XS7D 3EL5A 2R9BA 3HZCA 2NPHA 3UQRA 4EPJA 4Y54A 3OTYA 1MPPA 3KFRA 1LF3A 3HVGA 5P0IA 1D4YA 1LZQA 5P1JA 1MIQA 2QZKA 1AXAA 5P7SA 5JFPA 2B8LA 1HWRA 3GI6A 3O9BA 5P86A 1GKTA 5P3HA 5IE1A 5P2VA 5P60A 4I0FA 4Y3NA 2QD6A 1KJHA 1FMXA 5P02A 3PMYA 3BXSA 2WEZA 3IA9A 1KJGA 5P04A 5P5WA 3GI4A 5P5ZA 4I0GA 3CMSA 4WTUA 3ZPTA 4GJ9A 3QRMA 3TL9A 2P4JA 4Y47A 5P58A 4L7HA 1EAGA 3O9AA 4KB9A 5P5TA 4DPFA 2ZJIA 3S85A 1HTGA 5DR4A 4ZEAA 2OAHA 5P6HA 2AOEA 4B72A 3OUDA 4AA8A 3O9IA 5P0LA 1HOSA 3INFA 2XFIA 2ER0E 4YOAA 5P25A 2PQZA 5P2AA 2WEBA 4J17A 4BEKA 4DFGA 1PFZA 5KR8A 2ZJLA 2ZGAA 5AHCA 3LZUA 4I0HA 1TSQA 2NXMA 2G1OA 3DV1A 5P6NA 3EC0A 1C6ZA 4XX3A 5P71A 4NJTA 3PCWA 5OYQA 2IKUA 5P05A 2B60A 4B0QA 5OZ6A 5P3VA 5P3AA 3FSMA 5P2JA 4Y53A 2QI6A 3LPIA 3NYGA 3PI0A 5P4EA 5EZZA 5P0BA 3IXJA 1SGUA 4WY6A 1KZKA 3KYRA 5P1WA 4Y3SA 2BQVA 3CIDA 1EC0A 4EP2A 4RGHA 5OZRA 3ER3E 3PLLA 4YBFA 2V0ZC 3OU1B 3UDYA 5P1AA 2B7FA 4PZXA 2WKZA 5P4DA 2AODA 3OWNA 2VIJA 5OZ5A 3OQFA 4GYEA 4ZSPA 3PI5A 3KFNA 5KOQA 4ZIPA 5P4BA 1MRWA 5P20A 2QCIA 3LZYA 2NNKA 3O9LB 1IIQA 4CPUA 5OZUA 3SM1A 3FNSA 2VIZA 1M4HA 2VA7A 4A6CA 3KDBA 2QNQA 4NJUA 1WBKA 3QN8A 2QD7A 5P8OA 2IL2A 1Z8CA 4HEGA 3QPJA 5P1HA 3D91A 4FM7A 2NXLA 2AOGA 5P7ZA 5OZ7A 2F81A 4Y5MA 3KFPA 2O4NA 3HLOA 3L5CA 3T7PA 1JLDA 1GVVA 2FXDA 5BRYA 3PGIA 1FQ7A 2HIZA 2QI3A 3HDKA 5P7KA 5HCTA 1YTJA 5OZHA 4RVJA 1LS5A 4H1EA 2OHUA 4BFDA 3PWMA 3HAWA 4EQ0A 5P49A 4YD7A 4LXMA 2F3FA 3SA5A 5P2BA 5P28A 4K4RA 5HDUA 4CKUA 2Q15A 5HDXA 2V13A 5P8HA 3PSGA 3QBFA 3BVBA 5IVQA 3K4VA 3TPPA 5DQ5A 4OBDA 3TPJA 4L7JA 5P6VA 5P7OA 2AZ8A 2BPXA 2A4FA 1HEFE 2HB3A 4H3JA 2Q11A 5ENKA 4Y4XA 5P57A 2G20A 1HEGE 2ASIA 3K5FA 4HZTA 5JODA 5P1VA 1A30A 4I8WA 1W5YA 5P16A 5AH8A 1C70A 2Q54A 5P7XA 5P7BA 3SKGA 4BFBA 2F80A 2I4UA 2R3WA 3UQXA 4OBKA 1HXBA 3KMYA 1ZSFA 3DK1A 4ZE6A 4Y9WA 5F01A 2AVVA 5SZ9A 4GJ8A 1FQ6A 3S54A 3OAGA 4EJ8A 4OBZB 2PYMA 2RKFA 5P69A 2G24A 5P33A 5P22A 2G21A 1ODYA 5COOA 5P38A 1D4HA 3LIQA 1DPJA 5HE5A 4U8WA 4RCEA 3LITA 3OXWA 5P0WA 4ACUA 1D4JA 4KE0A 2PSUA 5P2NA 4Y3RA 2QNPA 5P1GA 3EKTA 4ZPEA 3WB5A 2Q63A 1TSUA 1TQFA 2QI4A 2O4KA 3UDNA 2G1SA 5P6LA 4R8YA 4RYCA 5ISJA 4M8XA 1GVUA 3VG1A 3TTPA 4DJUA 5P1DA 4AA9A 4K8SA 2I4WA 3VLBA 3UDKA 5P0CA 3NXEA 5P6JA 3OAGB 5P8QA 5P7QA 3APPA 1ODXA 1IVPA 5DQCA 1AJVA 1BWBA 3SLZA 1AM5A 4EXGA 1YM2A 1B6JA 2IS0A 3NLSA 5OZCA 4YBIA 2PC0A 5P50A 3GI0A 5P6EA 2AVSA 3UQWA 2NMYA 5CONA 4RVXA 5P4VA 1T6EX 1GNOA 2QHZA 3INEA 4DJQA 4I0IA 4LP9A 1PSAA 3NU3A 3OK9A 5OZ0A 5P0SA 3FX5A 3A2OA 1ZJ7A 1RNEA 4DJRA 3EM4A 1HVCA 1EPLE 2BKTA 2UPJA 3AIDA 2P3CA 5DR3A 5P5MA 5P6CA 5P8KA 1HRNA 3URLA 1LF2A 2VNMA 4EWOA 1ZPAA 1APTE 2JJIA 1ZSRA 6FIVA 1HBVA 3OXXA 4FRSA 3HVPA 3S7LA 4AMTA 3SA4A 2QP8A 3VYFA 3OU3A 4XXSA 4Y4WA 1HPXA 1FGCC 5P5CA 5P0EA 2G1RA 5P32A 1HPVA 2WEDA 5P8GA 5P6PA 4Y3LA 3I7EA 1BXQA 2FDPA 2I4DA 3L5FA 4Q1YA 5P81A 3IXKA 2IENA 7UPJA 5P8MA 1VIKA 5DGUA 3ZPUA 4LL3A 4H3GA 1K1TA 5OZWA 3MSKA 3RVIA 5P3CA 4CPXA 1AIDA 4TRWA 3QRSA 1HIHA 5P3PA 3NWXA 1KJ7A 2VKMA 1KJFA 5P37A 1M43A 2FNSA 5P00A 1HVJA 3DUYA 1B6MA 4Y5LA 1LYWA 4DJVA 3KA2A 5BS4A 3GW5A 4Y4BA 2QZXA 5HDVA 3SFCA 1MEUA 5IS4A 2JJJA 4J54A 1TCWA 5OZMA 4YCKA 4EJKA 2BB9A 1T7JA 3LPKA 5P3XA 3MXEA 5P34A 5P44A 3PSUA 4B78A 3LHGA 4EYRA 5P88A 3MSJA 2J9KA 1ZPKA 1NPVA 5P51A 5P7VA 5P2EA 4J1HA 1ZTZA 3EMYA 5OZ3A 2ZJHA 3ZKMA 5P27A 4ER2E 5P7RA 3VSXA 2FLEA 3APRE 3I6OA 2ANLA 3OOZA 2VA6A 4LC7A 1E80E 3WSJA 1OHRA 5P42A 1A8GA 4APRE 1QDMA 2V11C 5OZXA 4Y57A 2FNTA 1EBKC 3I25A 4NKKA 3UDPA 1LYWB 4NPTA 3ZLQA 5P1TA 1DP5A 2A1EA 5KOSA 9HVPA 3HW1A 5P1CA 3AUPA 3LIZA 5P5QA 4Y5EA 5P48A 4YA8A 3UFLA 1DIFA 3BXRA 5P4JA 5P43A 5KR2A 2PYNA 1AAQA 3PB5A 3SAAA 1ZLFA 4JP9A 4KUPA 5P3EA 4YD5A 5I3VA 1BV7A 5OZ2A 2CEMA 2G22A 2ER6E 3G70A 3DCKA 3CKTA 4OBJA 5P6OA 4Y3FA 4YD6A 4D8CA 5P1KA 1SMEA 2APRA 4B1EA 5P70A 5P62A 3H5BA 5P1LA 2OHPA 5DQ2A 5P8SA 3IN4A 3IXOA 2IKOA 4FRIA 4AZYA 1BVEA 4HA5A 3DJKA 4JOOA 1EPNE 2XFKA 4J1KA 5P76A 4TVHA 5P1SA 1LV1A 5P4UA 5HCOA 3EL4A 4CPRA 3OHFA 5P07A 3F9QA 2OHSA 1FF0C 3DCRA 3EBZA 5P4KA 5AH7A 1MT8A 3SQFA 4L1AB 2ZJMA 2FIVA 1EPOE 4M8YA 5P2HA 5P6AA 3VV6A 4FGXA 1LYBB 3RSVA 3NDUA 3OUCA 4FL8A 4H3FA 1FG6C 4Y48A 1D4IA 3O9CA 4NJSA 4ER4E 4Y3MA 4S1GA 1SDVA 5KR1A 4Y4AA 1SH9A 5P5GA 2IQGA 4I12A 1HVSA 4YHQA 1RPIA 5P4CA 2QZLA 4Q5MA 2WF2A 2UXZA 1B6LA 5P1UA 5DPZA 5ER2E 1UH9A 2ZHSA 3WZ7A 5P5OA 3KM4A 4HDFA 3SA6A 4R5NA 4GJ5A 2CEJA 2AVOA 3VFBA 1LYAB 4B05A 5P35A 5P2FA 1SDTA 5P56A 4A6BA 1D4LA 2BPZA 1T3RA 4I11A 5I3XA 5E5KA 4Y5KA 2AOIA 3VF7A 3INDA 5P8EA 1IBQA 3OU1A 5P3NA 1WKRA 2P3BA 3RU1A 2OHTA 2QU2A 4YDGA 3FNUA 2SAMA 2VJ7A 2HB2A 4FCOA 4Y3HA 4F76A 1G35A 3BUGA 5P5BA 1HVIA 5P0NA 4I0DA 3N3IA 3L38A 5P2GA 4ZSQA 3BHEA 3O9LA 5P5YA 4Y4GA 3VV7A 5P2LA 4X2LA 3ZKGA 1XL5A 4TRZA 4J55A 3LZVA 5OZIA 4RROA 3T11A 3SACA 4Y3XA 3B80A 3DM6A 5P53A 5T4SA 4GJAA 4GJBA 2R43A 3O9FA 1BILA 1MTRA 3BVAA 5P7NA 3NUJA 1BIMA 3EXOA 1PROA 1FQXA 4Q1WA 3UDRA 3OQDA 5COKA 5OZJA 5P14A 3UF3A 1MSMA 5P8IA 2QHYA 4J1EA 5P82A 2AZBA 1W50A 2P3BB 5P2IA 3GGVA 4CPTA 3UFNA 2Z4OA 5P3WA 1ZAPA 1APWE 1IDBA 2BPWA 4YDFA 4ER1E 4OC6B 4ZPFA 1E5OE 5DR8A 4B70A 2OF0A 2NR6A 4APEA 1ENTE 1FFFC 1LEEA 5OYZA 3URIA 5BWYA 5P17A 3S53A 3LNKA 4ZSRA 5P4YA 1W6IA 1EPRE 5P4IA 2Q5KA 4MC2A 5P1EA 5P29A 5SY2A 4QLHA 4I0JA 5DQ1A 5P46A 3TKWA 3VFAA 2QI1A 1FB7A 3SABA 3VF3A 3Q5HA 5F00A 3L3AA 1Q9PA 4MC1A 5P7WA 3NXNA 5P4LA 4J0VA 4Y3GA 3RTHA 4RZ1A 3UDMA 1K2CA 3M9FA 5P45A 5P8UA 2NMZA 5P23A 1SDUA 2R3TA 3QVIA 3FKTA 4J0ZA 2O4SA 3NSHA 1DW6C 5OZVA 5P75A 3D20A 4FSLA 3Q3TA 3KF0A 4OBZA 1PPLE 4RCFA 4Y4JA 1GNMA 5P5AA 5P0OA 2G26A 5OZQA 4EP3A 2Q64A 5P4GA 3SA3A 5P7HA 1A8KA 4DUSA 3PRSA 5P0GA 5HE7A 3SKFA 4JPEA 3QRVA 4GMIA 3O99A 5HTZA 3EL0A 3Q70A 5P0YA 2MIPA 1CZIE 3NU6A 2B7ZA 2O4PA 4YD3A 4COEA 1BDRA 1EC3A 5P8RA 1C6YA 5P7UA 3CYWA 3PEPA 3NUOA 2HB4A 3ZMGA 2Q3KA 5OYYA 2RMPA 4Y5BA 4BELA 3IN3A 2OHKA 1KJ4A 5P2TA 5OYSA 3PLDA 2HS1A 4PHVA 5P63A 3KDDA 3VCMA 4EXHA 4OD9B 5P2CA 1FLHA 5P2KA 2R5QA 5P1XA 5P6FA 1W51A 5P7EA 1B11A 5P61A 4J1FA 2AOHA 1PSNA 1BXOA 5P87A 4Y4EA 1TW7A 1HTEA 3JVWA 5P4OA 1UH7A 3KT5A 5P6RA 1B6KA 4N00A 1SP5A 3BGBA 3UTLA 4DJOA 3OQAA 2V12C 4LXAA 5P15A 1HPSA 2BBBA 5P0TA 3R0YA 5AH9A 3BGCA 5OYTA 5P6YA 3ZKXA 4K4QA 2HPEA 4OBGA 5P80A 4Y4DA 4Z2ZA 5P19A 5P5JA 4EQJA 4Y3JA 4Y4UA 5P72A 4RRSA 5P0MA 1W5XA 1YG9A 4D85A 3VSWA 3LIYA 4EJLA 5EZXA 3MXDA 1IZHA 2PSVA 3OY4A 5APRE 3VYEA 2HS2A 3R1GB 5OZAA 2AVQA 5P6GA 3O9DA 4DQFA 2BKSA 5KQYA 3OTSA 1UPJA 1XE6A 4DJWA 5P2SA 3GGXA 4ZSMA 3OGPA 5P24A 1FQ8A 1GVTA 3L59A 4K9HA 4Y3AA 3PHVA 2WF4A 4Z50A 3TOFA 5P0JA 3S43B 5P7MA 1HSHA 5P7FA 1HVKA 4GIDA 5P3LA 3D3TA 1HVRA 3OUBA 4QJ7A 2OHRA 1NH0A 1MTBA 1HTFA 5C9FA 4R93A 5HDZA 5P1FA 1E81E 4IVSA 2CENA 5P74A 1VIJA 2IGXA 4J0YA 3ZKSA 5P2YA 1YTHA 4J1CA 1BDQA 4KE1A 2QD8A 1EBZA 1NPAA 3O9HA 5P6UA 5P4RA 2R5PA 2ZHTA 5P0AA 4FM8A 5P2WA 1EBWA 3INHA 2RENA 2J9JB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZYE A;  5P6B A;  1APV E;  5P55 A;  3LIX A;  4Y5P A;  5IVS A;  5C9D A;  1QS8 A;  3D1X A;  4GZF A;  1FMU A;  2I0D A;  3VLA A;  3S2O A;  2QI5 A;  1QRP E;  4L6B A;  4Y4T A;  5P5E A;  5P83 A;  1OEW A;  4ZPG A;  4J0T A;  4Y45 A;  3FV3 A;  2HAH A;  1T7I A;  1RL8 A;  5P4F A;  5P2X A;  2QI0 A;  5FIV A;  2G69 A;  5OYU A;  2PWC A;  3TLH A;  3OU4 B;  3LIV A;  5P6S A;  4UPJ A;  5SXN A;  5P8C A;  2QMG A;  2QI7 A;  3TH9 A;  5J25 A;  3S8I A;  2O4L A;  2HC0 A;  5OZK A;  1MET A;  3NWQ A;  1BDL A;  1NSO A;  4F73 A;  4LBT A;  2RKG A;  4Z4X A;  2WF0 A;  5PEP A;  5HVP A;  2JXR A;  2F8G A;  1A94 A;  2Q55 A;  3L5E A;  3ZKI A;  5P54 A;  4ACX A;  4OBF A;  5P5R A;  4OBH A;  4DI2 A;  4XKX A;  5P2R A;  5P73 A;  3CKP A;  4Q1X A;  4FM6 A;  5P5L A;  1AVF A;  5P7P A;  2QK5 A;  2ZHU A;  5P4Z A;  1G0V A;  3QRO A;  5P08 A;  5P1N A;  2FDE A;  4D83 A;  4B77 A;  1XS7 D;  3EL5 A;  2R9B A;  3HZC A;  2NPH A;  3UQR A;  4EPJ A;  4Y54 A;  3OTY A;  1MPP A;  3KFR A;  1LF3 A;  3HVG A;  5P0I A;  1D4Y A;  1LZQ A;  5P1J A;  1MIQ A;  2QZK A; 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 4GID A;  5P3L A;  3D3T A;  1HVR A;  3OUB A;  4QJ7 A;  2OHR A;  1NH0 A;  1MTB A;  1HTF A;  5C9F A;  4R93 A;  5HDZ A;  5P1F A;  1E81 E;  4IVS A;  2CEN A;  5P74 A;  1VIJ A;  2IGX A;  4J0Y A;  3ZKS A;  5P2Y A;  1YTH A;  4J1C A;  1BDQ A;  4KE1 A;  2QD8 A;  1EBZ A;  1NPA A;  3O9H A;  5P6U A;  5P4R A;  2R5P A;  2ZHT A;  5P0A A;  4FM8 A;  5P2W A;  1EBW A;  3INH A;  2REN A;  2J9J B;  5P1Y A;  5P0Z A;  1AZ5 A;  4LHH A;  1K6V A;  5JG1 A;  1E82 E;  4YOB A;  4QJ6 A;  1CPI A;  4F75 A;  4TRY A;  3TPR A;  5P2Q A;  5SY3 A;  4J5J A;  5P0H A;  8HVP A;  5HU1 A;  2WEA A;  1FKN A;  5P5K A;  3PMU A;  5P5U A;  4GJ6 A;  5P3M A;  4H3I A;  4B1D A;  2HPF A;  1QBR A;  4XX4 A;  5OZN A;  2VNN A;  2H6T A;  5OZT A;  4Y3E A;  4RYG A;  5P8F A;  2WEC A;  4DQB A;  4WY1 A;  2AZC A;  4CPS A;  1PPM E;  1K2B A;  3K5D A;  3OAD A;  1T6G A;  1MT7 A;  1K6C A;  3PWR A;  3SM2 A;  5P7L A;  4PZW A;  1F7A A;  3RTN A;  1OD1 A;  1ZP8 A;  2NXD A;  4Y50 A;  3KT2 A;  2VIY A;  4RLD A;  4DPI A;  1EC1 A;  5P5F A;  3LPJ A;  1T7K A;  4DQG A;  3IGB A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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