5P0OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 71
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0oA01
3BVAA 3LZUA 1KZKA 3LIVA 4GJCA 1GVUA 1QBRA 3S53A 1MUIA 4X2LA 1MVPA 2ZGAA 3G70A 1ZSRA 5P20A 1AVFA 1B6JA 3WB5A 1A9MA 5F01A 2WEDA 3EL4A 2OHRA 3H5BA 5OZVA 3ZMGA 3URIA 5HU1A 2OAHA 2P3DA 5P4AA 5OZPA 2AOGA 4J54A 3ZOVA 1GVXA 1OHRA 1FF0C 2IENA 3BUFA 3QS1A 1LYWB 2P83A 3ZKIA 1MTRA 1T7JA 4EJKA 5P8GA 3WZ8A 5P0KA 2A1EA 4DPFA 4D89A 2ZJMA 5OZGA 1G6LA 5P43A 3K4VA 5OZWA 2OHMA 5P7CA 2WECA 5P0MA 5COKA 4Y3NA 2ZJHA 5OZLA 5KQFA 5P18A 3I8WA 3TOFA 2BBBA 2Z54A 5HE4A 4K8SA 3PI5A 5P70A 4YD6A 1N49A 1QBSA 3OADA 5P4PA 4DJPA 4YDGA 3ZPUA 1BXQA 4B05A 3KT2A 1HVKA 3OQFA 1DPJA 1W5YA 2BPYA 5P8RA 5P1IA 5P87A 4Y3SA 1MRXA 5P44A 2P4JA 4NJTA 5IVQA 2JJIA 3L5CA 3EC0A 2IL2A 4Y37A 4R92A 2I1AA 2QHCA 5P3ZA 4OC6B 3IAWA 3KF0A 1TSUA 2O4LA 3PBDA 3L59A 5OZRA 3GGUA 1BILA 2WEZA 5OYRA 4RVIA 2OF0A 3EXOA 3NSHA 5P8OA 4EQJA 1SIPA 3BGCA 4Y3FA 2PSGA 2OHQA 1GNOA 4DJXA 2PH6A 5P1HA 5P1TA 3UDRA 4K4PA 5P4LA 5OZBA 4L7HA 5OZIA 5IVTA 4I10A 3NLSA 5P14A 5AHBA 1FQ6A 2AZCA 4HDPA 5P4MA 3LIYA 2QK5A 4Y4GA 2PWRA 3SA4A 5P13A 3PB5A 5P36A 3VFBA 4Y58A 2Q5KA 2AOEA 5AGZA 5P1BA 5OYYA 3LPIA 3NYGA 4F74A 1HSHA 5P0GA 5P51A 4JPCA 4DJOA 1YTHA 4K4QA 3QROA 3BC4A 1LF3A 4I12A 4S1GA 2G27A 5P7VA 5P3LA 5P1ZA 3G72A 4Y4AA 5P2NA 4YBIA 4DQFA 2OHSA 4FRJA 4PEPA 3VF7A 2BB9A 5OZAA 1D4KA 4AA9A 5DGUA 1LEEA 2AVMA 5P48A 4KE0A 1HIVA 2WF4A 5P7QA 4Y51A 1BV7A 2PQZA 3TLHA 4Y4ZA 4EPJA 5P5AA 5J25A 5P5LA 5OYVA 4B72A 4GB2A 3EM3A 2ER0E 4OBHA 2V0ZC 4AMTA 5P0JA 4Z22A 4L7GA 2UXZA 4JECA 4APRE 3UQPA 3D1XA 4EP2A 2Q3KA 1LYAA 4JPEA 1YT9A 4K4RA 1W51A 1HVCA 2WF2A 3ST5A 5ISJA 4AUCA 5P46A 4DJYA 4PHVA 4Y3HA 5P2MA 3SA8A 1HIHA 3UDMA 5P0YA 2P3BA 4EP3A 5P5BA 3LZVA 1FQXA 4I11A 2BQVA 5OZ0A 4OBZA 1GVWA 3ER3E 5P2JA 4FE6A 3HD8A 3O9EA 3CYWA 5P1DA 1C70A 3RTNA 3VF3A 5AHCA 5P4CA 3QRVA 3U71A 2QP8A 5DR0A 5P2AA 1BWAA 4Y3ZA 5P7FA 4B1CA 3VLBA 2VA5A 5OZYA 4J1IA 4E43A 5P5VA 4FM6A 5P69A 4Y41A 2NMYA 3LPJA 5P7ZA 2WJOA 5IE1A 4Y36A 1QBUA 2PYNA 2WL0A 1D4SA 3OUDA 3UDKA 1AJVA 1APUE 4B70A 2ANLA 3CMSA 3N4LA 3Q5HA 4LC7A 3VSXA 1TSQA 5OYTA 5P0XA 1HPXA 4FM8A 5P7DA 4Y3DA 5UPJA 2QMGA 4I0FA 5P19A 1YM4A 5P85A 5P4BA 3TOHA 3UDNA 2CEJA 5E5JA 2WF1A 1EC3A 4GMIA 5P8FA 4EXGA 4D85A 1ZBGA 5P2RA 4I8ZA 4Y48A 2HB3A 2QD6A 4Y3GA 5HCTA 2G1NA 1ZJ7A 4XX4A 5I3XA 4EYRA 5P6UA 4K9HA 4Y57A 3UDQA 3OADB 3BHEA 4LBTA 4RYGA 5OZUA 4U7VA 3R0WA 4GJBA 3ECGA 5P5CA 4YD4A 5P6OA 3DM6A 5P25A 5I70A 5P6IA 2BPWA 5SXNA 2FDEA 3PCZA 4YDFA 4Y5BA 3TOGA 1T3RA 4DQCA 4J0PA 5SY2A 2BJUA 1LF4A 3VF5A 3OHHA 5P4IA 1EPRE 4A4QA 2IEOA 5KOSA 4Y47A 2G1RA 4BEKA 1BWBA 3PMYA 5P6WA 5P89A 5SZ9A 1QS8A 3KDBA 1ME6A 1K6PA 5P2ZA 5P6GA 5APRE 1IZHA 5P6YA 4F76A 2XFJA 5P1UA 5P24A 3UFNA 4LXAA 1EBWA 3PWMA 3O9IA 4ZE6A 5P6ZA 1A94A 3KFRA 1FG8C 4LL3A 4MC9A 4NJVA 4ZSMA 4H3JA 5P2LA 5P83A 5P3CA 1DMPA 2NNPA 3C9XA 3RSVA 2RKGA 4Y3TA 2VNMA 4ZEAA 5TOLA 4OBFA 1Q9PA 5P1RA 3OGQA 2ZJNA 3PSUA 1IDAA 3OTSA 4ZSQA 4BFBA 5P5GA 5ISKA 5P50A 5P8PA 3RTMA 3FNSA 1EEDP 3UFLA 3O99A 5P7EA 4Y5EA 2O4SA 2ZJIA 2HAHA 5OZTA 3PSYA 1M4HA 4U7QA 5P4RA 3S54A 2AVVA 1HVHA 5P7KA 3JVWA 4EJDA 5P7GA 3FSMA 1YTJA 3ZPTA 5P3YA 5DGWA 2R5PA 4Y4WA 4J1KA 1VIJA 3ZLQA 4OBGA 3PSGA 5P4NA 5P4XA 3T7PA 3UQWA 5P5PA 1C6YA 3NXEA 4Y4UA 2QNQA 2QI6A 1HBVA 1J71A 3VG1A 4ZIPA 3BGBA 4Y35A 1U8GA 5P0IA 5DQ4A 3TPRA 5OZDA 4DJQA 1MPPA 5P2XA 1B5FB 4F73A 5OZ7A 5P27A 1BIMA 1ZSFA 1A8KA 4Y5NA 4DV9A 4EJLA 2I0DA 2P3BB 1K2BA 3T11A 4MC1A 5P3WA 3BXRA 5P7IA 5P7NA 2OHUA 5P3VA 5AH9A 3D91A 4B0QA 4DVFA 4Y3YA 7UPJA 4ZSRA 5P01A 1HEGE 5P05A 3OAGA 5P7RA 5P2UA 3R1GB 5P8AA 3KDDA 1APWE 5HD0A 2VKMA 1QBTA 1AAQA 1FQ8A 4DJVA 3NDTA 1PROA 4YOAA 3APRE 1DIFA 5P1XA 5P5WA 5P3KA 5B18A 3NWQA 3OUDB 1HTFA 1SGZA 5OZEA 5P1FA 5P5IA 3SA7A 2XYEA 5P17A 5P0WA 4Y3MA 3PLDA 4A6BA 3QIHA 4YD7A 1RL8A 5HDVA 1QDMA 3HDKA 5DR3A 4GJAA 5P8EA 5E5KA 1T6EX 4CPTA 4PYVA 5P7YA 3FV3A 5DR4A 3U6AA 5OYXA 5KR1A 4Y3EA 2UPJA 2G26A 3R0YA 4U8WA 5P1WA 9HVPA 2AIDA 4GIDA 5P1SA 5KOQA 1T7IA 2V11C 3CKTA 5P73A 5P2GA 1AZ5A 5P1QA 2OHNA 3IN3A 3L5BA 5P4HA 3NDXA 5P0HA 5PEPA 4WTUA 5P07A 5P4YA 3QRMA 3Q4BA 5ENKA 5OZQA 3UDPA 3QI1A 5P3TA 3OUBA 1YM2A 2PMAA 4HLAA 3EL5A 4Y4BA 5P2SA 5P2BA 3HAWA 1K6CA 3NDUA 3O9HA 2QCIA 4LXMA 1W50A 3VUCA 3MSJA 3QBFA 5I3VA 3GI4A 3OXXA 2NXDA 5P3RA 4ZLSA 2PSVA 2BKTA 3GGVA 2VJ9A 4OD9A 1FMBA 2FDPA 2OHTA 1HSGA 3NUJA 5EZZA 4RVJA 3KA2A 5JODA 2FS4A 5P7JA 2QU2A 1KJFA 4DUSA 5OZSA 5P7MA 5P88A 3UDHA 3TPLA 2V16C 3AUPA 3H0BA 1WBKA 4J1EA 2Q15A 5P15A 3URJA 1BXOA 1EBKC 1GKTA 5OZXA 1HEFE 1OEWA 5P26A 3R2FA 3OXWA 4COEA 5JG1A 3EM6A 5OZOA 5OZ5A 2AVQA 5C9DA 5DQ1A 1D4YA 4YD5A 1ZAPA 5P5OA 3L5FA 2QMFA 1XN3A 5P4JA 2R3WA 2IKUA 2FNTA 2R9BA 3VCMA 5P8IA 3Q3TA 3TPPA 5P02A 3OQDA 3SKGA 3BUGA 2PK6A 1K6TA 3GI5A 3INHA 5P2VA 1PPKE 5P4OA 4Y5AA 1EPME 1LZQA 2VA7A 4Y3PA 4FAEA 3OU4A 3UPJA 4Y5GA 4KB9A 5ER1E 3O9CA 4FRIA 2OHLA 4OBJA 2QZXA 2PSUA 5P1LA 3VSWA 1F7AA 1B6PA 5P4KA 3VEUA 2VIYA 4Z4XA 1DAZC 3WZ6A 3CICA 2XFIA 5P31A 4Y50A 4RYCA 2NXLA 4Y5PA 1ENTE 3JVYA 2F3EA 4FSEA 2I4QA 1HVIA 5P5JA 5P2CA 3PJ6A 1BDQA 4GJDA 4Q1NA 3D20A 2ASIA 5OZ8A 3EBZA 1OD1A 2WF0A 3DCRA 3S43B 5P79A 2Z4OA 1HIIA 4ZSPA 4RGHA 1EC2A 4EXHA 2B7FA 1W6HA 1IDBA 3VV8A 1EPQE 2G24A 3EKTA 2ER6E 5P5DA 2FXDA 3O9GA 1AIDA 2AZ8A 2IDWA 2J9JA 3ZKQA 5OZHA 3UQUA 4D83A 4Y5KA 5P82A 4DPIA 4APEA 4IVSA 1FKNA 3NU4A 1LYBA 4Y56A 5P7HA 5P72A 4X7IA 4Y3LA 4R8YA 4R91A 3GI6A 2B8LA 2I4WA 5OYZA 5P56A 1A8GA 5P0AA 4HDBA 2I4DA 5P4UA 3I25A 5P4QA 3NXNA 4DI2A 1SBGA 4Y45A 1ZPAA 1M0BA 2PC0A 1SDVA 1SDTA 1NSOA 4HZTA 1SDUA 3UDYA 3UCBA 1ZP8A 6UPJA 2HS2A 2QMPA 1FG6C 2HC0A 2FGUA 3PCWA 5P10A 2O4KA 3EKQA 3M9FA 1EPLE 3WZ7A 4DJUA 4QJ6A 4FIVA 3S2OA 2VIZA 5P12A 2QI3A 3R4BA 2QI7A 5P0FA 4CPWA 4KUPA 1HSIA 2HIZA 3HVPA 1K2CA 2BKSA 3D1ZA 2O4NA 3K1WA 3T7XA 3O9AA 1IBQA 4CP7A 3PGIA 2QZWA 1TW7A 3SLZA 4Y4DA 5P1CA 4FRSA 5DR7A 3KN0A 4Q1XA 3APPA 3SA6A 5COPA 4RLDA 2VIJA 5P1AA 5P60A 4EHCA 2AOHA 4JOOA 4RCEA 5P0SA 3IN4A 3SQFA 3OU1A 4J0TA 2R8NA 3MXDA 5AH8A 2NTRA 2R5QA 5JFPA 2AOFA 4ZPFA 1FIVA 4GYEA 1FFIC 5P3GA 5OZ2A 3K4VC 4YCYA 5P37A 4OD9B 3NUOA 3OGPA 3INDA 2I4VA 2ZYEA 1FQ5A 5P06A 5P8KA 3UF3A 5P64A 5P5HA 5P3JA 1XDHA 3EKPA 5KR2A 1Z8CA 1VIKA 3NWXA 2JYSA 5P8VA 2XFKA 3WSJA 5P5XA 1E82E 1NPVA 5P5QA 2QNPA 5P0NA 3G6ZA 1SGUA 4GJ7A 5KQXA 3QPJA 4YA8A 5P0OA 3PRSA 2I0AA 5P4GA 1RPIA 3PWRA 5P1OA 1G35A 4AZYA 4B1EA 4RVXA 5P1KA 5C9FA 5P2TA 3SFCA 3LITA 1DP5A 3VLAA 4DQEA 1EC0A 1B6MA 2FIVA 1AM5A 4J0YA 4YOBA 1HVLA 4B78A 3ZPSA 2I4UA 5P41A 5P6KA 4NKKA 5HCOA 3EL9A 3OXCA 4J1FA 5P61A 1MT8A 5P5TA 1FLHA 4QJ9A 1SP5A 4PPHA 2BPVA 4ER1E 5P1VA 1HPVA 1B6LA 1PSAA 5OZNA 1C6ZA 5DR8A 3I7EA 2JJJA 3OU4B 5BRYA 4Y3WA 3LZSA 2ZHVA 3D1YA 3UQRA 2G1OA 2FLEA 3NU6A 1KJ4A 3NDWA 5FIVA 5P45A 1WKRA 2IKOA 1ODYA 3OY4A 4LXKA 3Q6YA 1HTEA 4Y6MA 5P0ZA 3UHLA 5P8QA 1HVJA 4I0JA 5OZ4A 4EWOA 3ZKMA 2WEBA 3OK9A 5P1JA 5P4DA 5P8LA 1IVQA 4ER2E 5KQZA 3K5DA 5P3DA 1FGCC 3O9DA 2FMBA 4GJ6A 2ZHTA 5P2KA 1XE5A 3VYDA 3B80A 1ZTZA 4JP9A 1F34A 3DV5A 1MT7A 1D4JA 4I0GA 1HVSA 2VIEA 1XN2A 5P3FA 5P23A 3IXOA 4D88A 3OOZA 3SPKA 1B11A 5P5RA 2I4XA 2ZDZA 2XYFA 3FX5A 3KFPA 5P74A 3KFSA 2G22A 1LYBB 4GJ9A 1MERA 4LP9A 5P5FA 1B6KA 5ENMA 4CKUA 4OC6A 4HEGA 5P3XA 2AOCA 2EWYA 4B1DA 1UH8A 5P71A 5IS4A 5P2WA 5P53A 2BPZA 5P3SA 1PPME 4FRKA 1KJ7A 5P80A 4EJ8A 5P8TA 1LYAB 1K1UA 5P0BA 6FIVA 2PK5A 4D8CA 4IVTA 3HVGA 5P0LA 3QBHA 4N00A 1XS7D 3IVHA 4OBZB 2VS2A 8HVPA 1PSNA 1HWRA 2QD7A 2ZHSA 3OOTA 1EAGA 2Q55A 5P3HA 5P6LA 2F8GA 2R3TA 2APRA 3PM4A 5P39A 2SAMA 4YD3A 5P7LA 5P1YA 3TNEA 4J0ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BVA A;  3LZU A;  1KZK A;  3LIV A;  4GJC A;  1GVU A;  1QBR A;  3S53 A;  1MUI A;  4X2L A;  1MVP A;  2ZGA A;  3G70 A;  1ZSR A;  5P20 A;  1AVF A;  1B6J A;  3WB5 A;  1A9M A;  5F01 A;  2WED A;  3EL4 A;  2OHR A;  3H5B A;  5OZV A;  3ZMG A;  3URI A;  5HU1 A;  2OAH A;  2P3D A;  5P4A A;  5OZP A;  2AOG A;  4J54 A;  3ZOV A;  1GVX A;  1OHR A;  1FF0 C;  2IEN A;  3BUF A;  3QS1 A;  1LYW B;  2P83 A;  3ZKI A;  1MTR A;  1T7J A;  4EJK A;  5P8G A;  3WZ8 A;  5P0K A;  2A1E A;  4DPF A;  4D89 A;  2ZJM A;  5OZG A;  1G6L A;  5P43 A;  3K4V A;  5OZW A;  2OHM A;  5P7C A;  2WEC A;  5P0M A;  5COK A;  4Y3N A;  2ZJH A;  5OZL A;  5KQF A;  5P18 A;  3I8W A;  3TOF A;  2BBB A;  2Z54 A;  5HE4 A;  4K8S A;  3PI5 A;  5P70 A;  4YD6 A;  1N49 A;  1QBS A;  3OAD A;  5P4P A;  4DJP A;  4YDG A;  3ZPU A;  1BXQ A;  4B05 A;  3KT2 A;  1HVK A;  3OQF A;  1DPJ A;  1W5Y A;  2BPY A;  5P8R A;  5P1I A;  5P87 A;  4Y3S A;  1MRX A;  5P44 A;  2P4J A;  4NJT A;  5IVQ A;  2JJI A;  3L5C A;  3EC0 A;  2IL2 A;  4Y37 A;  4R92 A;  2I1A A;  2QHC A;  5P3Z A;  4OC6 B;  3IAW A;  3KF0 A;  1TSU A;  2O4L A;  3PBD A;  3L59 A;  5OZR A;  3GGU A;  1BIL A;  2WEZ A;  5OYR A;  4RVI A;  2OF0 A;  3EXO A;  3NSH A;  5P8O A;  4EQJ A;  1SIP A;  3BGC A;  4Y3F A;  2PSG A;  2OHQ A;  1GNO A;  4DJX A;  2PH6 A;  5P1H A;  5P1T A;  3UDR A;  4K4P A;  5P4L A;  5OZB A;  4L7H A;  5OZI A;  5IVT A;  4I10 A;  3NLS A;  5P14 A;  5AHB A;  1FQ6 A;  2AZC A;  4HDP A;  5P4M A;  3LIY A;  2QK5 A;  4Y4G A;  2PWR A;  3SA4 A;  5P13 A;  3PB5 A;  5P36 A;  3VFB A;  4Y58 A;  2Q5K A;  2AOE A;  5AGZ A;  5P1B A;  5OYY A;  3LPI A;  3NYG A;  4F74 A;  1HSH A;  5P0G A;  5P51 A;  4JPC A;  4DJO A;  1YTH A;  4K4Q A;  3QRO A;  3BC4 A;  1LF3 A;  4I12 A;  4S1G A;  2G27 A;  5P7V A;  5P3L A;  5P1Z A;  3G72 A;  4Y4A A;  5P2N A;  4YBI A;  4DQF A;  2OHS A;  4FRJ A;  4PEP A;  3VF7 A;  2BB9 A;  5OZA A;  1D4K A;  4AA9 A;  5DGU A;  1LEE A;  2AVM A;  5P48 A;  4KE0 A;  1HIV A;  2WF4 A;  5P7Q A;  4Y51 A;  1BV7 A;  2PQZ A;  3TLH A;  4Y4Z A;  4EPJ A;  5P5A A;  5J25 A;  5P5L A;  5OYV A;  4B72 A;  4GB2 A;  3EM3 A;  2ER0 E;  4OBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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