5P0RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 74
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0rA01
5P0VA 3PHVA 5OZLA 1TCXA 3PBZA 1XS7D 1LF2A 4TRYA 5P68A 2NPHA 3OUDB 2FNSA 4HLAA 4ER2E 4LAPA 3UQRA 3DM6A 2P3CA 3BUHA 2HAHA 1SGZA 3T6IA 4Y3TA 4L1AB 5P6KA 5P6IA 5P18A 4OBFA 5P0HA 3FNUA 3I7EA 1APUE 5P7LA 1AVFA 3ZPUA 5P0UA 4RRNA 7HVPA 4GJDA 5AHCA 4Y5KA 1LF4A 2Q54A 1MT9A 5KR0A 4D88A 5P8QA 2QI7A 3UDYA 1HTRB 1Z1HA 1HPXA 3M9FA 5P3EA 4FIVA 2MIPA 1WKRA 1HBVA 3GGAA 4H3GA 5P05A 4NJTA 3UQWA 2O4SA 1WBMA 5P3HA 1HVJA 5P7OA 3S7MA 3GGUA 1FQXA 4I0ZA 2ZJHA 2PSGA 3ZLQA 2XYEA 5E5JA 2V12C 5P33A 3CICA 1IVPA 5P4FA 3HZCA 3IVIA 5P2ZA 3RSVA 3L5EA 5OZ6A 4ZSQA 2RENA 2VNNA 4DJXA 5P3MA 1DIFA 2P8HA 5HCTA 2B7FA 1B6KA 4HE9A 4RLDA 3TH9A 2ZYEA 4MC1A 2BKSA 3NWQA 5P0YA 3IXOA 4RYGA 4ZPFA 3GI4A 5P35A 4RYCA 4ZE6A 3INDA 1F34A 2I4DA 3QN8A 4XX4A 4HEGA 1BDQA 3S56A 2VNMA 5P88A 2AQUA 4K4PA 1G35A 2FGUA 1UH8A 5KAOA 3OAGA 1OD1A 4OBHA 5P37A 4F74A 5ISKA 1T7KA 1XE5A 4Y5GA 5SY2A 5P76A 3O9HA 3PLDA 2JJJA 5P15A 3KF0A 4ER4E 4Q1XA 5P7PA 1CPIA 5P7NA 5ISJA 1LYAB 1HVIA 2G24A 2B8VA 3WB5A 4DQBA 3APRE 2F80A 2QNPA 5P7YA 1FEJC 5P11A 3CIDA 3KDCA 3VCMA 4FSEA 2FXEA 4GMIA 2AODA 5P10A 3ER3E 3PCZA 3UDMA 4KUPA 5P84A 3JW2A 5PEPA 5OZSA 2OHQA 4Y3XA 2OHMA 1B6LA 1YTHA 1PSAA 2H6TA 2FXDA 3L5BA 5P14A 5HD0A 3I2LA 5P2KA 1FG6C 4ZSMA 3VLAA 5P6RA 1D4JA 4EP2A 5P1KA 1YTJA 3ZKQA 1ZP8A 4FRSA 5P3IA 3VG1A 4B1CA 1J71A 2HPFA 5P7DA 3O9CA 3BRAA 3FNSA 5P1ZA 3TKWA 3PCWA 3SABA 5J25A 1HIHA 3QI1A 3VLBA 4Y5PA 5P1MA 5P1RA 2IKUA 1ZSRA 4R91A 2IL2A 5P4VA 2Q64A 1QBUA 5P7KA 1ENTE 4Y5CA 5P1JA 2IENA 5OZFA 5P2RA 5P1GA 5P6LA 3UDJA 2WF1A 2VJ9A 3IXKA 5P4GA 1W51A 1TW7A 1N49A 4R5NA 4Y47A 2QI6A 4NJSA 3FX5A 2FDPA 3IA9A 4FCOA 3LZSA 4J1CA 5OZ0A 2NXLA 5OYVA 3Q5HA 2PWCA 5P5AA 3DUYA 3TPJA 4I0GA 5I3VA 3LZVA 3CIBA 3TPLA 4DJPA 5DQCA 1TQFA 4YD5A 2FLEA 4JECA 2J9JB 4DJVA 2P83A 4YDGA 5P0DA 2ZJIA 5P6UA 3OQDA 3TPRA 4J1IA 2BB9A 5AHAA 4DUSA 4MC9A 1LYWA 5DQ2A 4RVXA 3VEUA 5P8UA 5I3YA 3SA9A 3NLSA 3SKGA 3MSJA 3APPA 2VS2A 4XXSA 2B8LA 1W6IA 1SIVA 3QPJA 3R4BA 3I25A 2WF2A 3UHLA 5P2AA 3RU1A 2Q5KA 3UDRA 5P0FA 1LZQA 2QD6A 6UPJA 5AHBA 2WKZA 3KDDA 4DJUA 3OQAA 1FF0C 4LL3A 4ACUA 4B70A 2AZ9A 1EBZA 2ZHSA 4EWOA 3DV5A 3OTSA 4B00A 2CEJA 3R2FA 1XN3A 5P50A 2V10C 2PQZA 5DR4A 2QCIA 5P8SA 4B77A 1VIJA 5P8LA 1DP5A 1HVLA 2WHHA 5P49A 1BAIA 4QJAA 5F00A 4I0JA 5OZVA 1EPOE 4Q5MA 5DR7A 2HB4A 2NR6A 5P0OA 4A6CA 4CPRA 4TVHA 1HIIA 5OZOA 5P23A 5P66A 3EKXA 2FNTA 3L5CA 3OUAA 2BBBA 2I4XA 2R5QA 2ZHTA 3D20A 3SM1A 3K5FA 5P7JA 3IN3A 5IVRA 4RRSA 2WF0A 4Y54A 2F3EA 4WY1A 2O40A 3OY4A 4EQ0A 3TL9A 4J1KA 5P57A 5P55A 4J1HA 3DOXA 4L6BA 3O9FA 3PB5A 5P4HA 1MTRA 4YD3A 4JP9A 1HEGE 4H3JA 2OHRA 4AMTA 5P46A 3PGIA 4COEA 4Y3PA 4Y3YA 5E5KA 3VV8A 5P08A 5P02A 3HBOA 3BUFA 3R1GB 2R3TA 5P5DA 3EL1A 2R3WA 1OHRA 5DR3A 1ER8E 4Y45A 3OOZA 3QP0A 1CMSA 5P4UA 3HVGA 2Q15A 3OUCA 1M43A 3QAAA 5P86A 4EXHA 4DI2A 1W5XA 5P03A 5P2DA 4EJLA 3WSJA 4Z2ZA 5JODA 4WY6A 1EC0A 3D1XA 3LPJA 5P5IA 4RVIA 4EPJA 5IVQA 3OU3A 3FNTA 3SQFA 5P73A 3ZPTA 5P71A 2QI0A 1K6CA 4NPTA 3N4LA 1GVWA 3CKTA 2R9BA 5P2FA 5P8GA 3SA7A 5P1EA 2P3BB 1ZBGA 3PWWA 2PK6A 5P0EA 2OHLA 4I1CA 1IZIA 5DR1A 1ZLFA 5P8VA 1PSOE 2O4KA 2VJ7A 2WECA 4NJVA 1FMXA 2AOHA 5P8EA 4MC6A 1LYWB 1SMRA 4J0PA 5P42A 2PYMA 5P6HA 1EBYA 2VA5A 5P65A 5DQ4A 3Q70A 3ZOVA 1EC2A 1GVXA 2ZJMA 4TVGA 1DMPA 5P3GA 5P56A 2P3AA 3KM4A 3LIZA 4GB2A 5OZTA 5P63A 3S54A 4ZSRA 1C70A 1IZEA 4Y5LA 4Y4DA 1GNOA 1PFZA 3MSLA 3PSGA 5OZBA 3PM4A 5HDVA 3KMXA 4I0EA 5P5PA 1FQ6A 5HU1A 4Y39A 5P53A 5P81A 3MXEA 3EM4A 3LIYA 4NPUA 5P2UA 5P3TA 5I3WA 1QRPE 4Y43A 3MXDA 3NU6A 5P1UA 4U8WA 1LYBB 1T3RA 1B5FA 1K2BA 4AZYA 1CZIE 5IVTA 1HTGA 1EPPE 4A4QA 4I0HA 1BV7A 3BXSA 5P13A 4EJDA 1EPLE 3L5FA 5P0KA 3SACA 3HW1A 1FGCC 3HLOA 2PYNA 3LZUA 4D8CA 5AH6A 1MUIA 5CONA 3KFPA 5OZDA 2WEBA 2AOEA 2QZXA 1UH7A 2XFKA 4WTUA 3T7QA 4LXAA 5P3ZA 2P3DA 2R38A 5OZGA 4EJ8A 5P5RA 5DQ1A 5P7BA 3R0WA 1K1UA 1W5YA 2PSVA 1MTBA 5P59A 5P0LA 1UPJA 4I0FA 5IE1A 1APTE 2SAMA 2AZ8A 5P1FA 5B18A 1EAGA 4DFGA 1IVQA 4Y48A 2G20A 2G1YA 4Y3MA 4JPEA 5P24A 9HVPA 5P2JA 3NUJA 4RCFA 2BQVA 5P3NA 5P4CA 4Z4XA 3N3IA 2G1SA 2RKGA 3DJKA 5KQXA 4ZEAA 5P6XA 4RVJA 1FQ8A 3QRSA 2QMFA 5P0TA 4F76A 4EXGA 5P3RA 2QD8A 5P75A 4B72A 1QDMA 4Y3GA 1HRNA 5OZHA 2ER0E 2ZE1A 3PMYA 3OU1B 5P87A 1MT8A 5DGUA 1Z1RA 4HA5A 3IAWA 2UPJA 4Y3AA 5P8NA 3TOGA 5OZYA 5P3UA 3VYEA 5P8OA 4AA8A 4HDBA 5P1DA 2NNKA 5P8CA 2A1EA 3BVAA 5P5EA 5P5BA 5P7RA 2PC0A 1TCWA 4RROA 4DJOA 3O9DA 1A8GA 1B6PA 2IGYA 3VV6A 4YOAA 3TKGA 1AJXA 1MSNA 5P2IA 4YD6A 3QBFA 5P3BA 4J0TA 3GW5A 5P64A 4YHQA 5P8MA 5P22A 5HDZA 3SA3A 2IQGA 1W5WA 5P1AA 5ER2E 4DPFA 4ER1E 5P4QA 4R92A 4Y41A 5P78A 2XFIA 2FGVA 3SFCA 4Y4TA 5P3FA 1APWE 2OHTA 5P4OA 5P4IA 4J54A 2OF0A 2CEMA 1B5FB 3OOTA 2QK5A 1GKTA 3PEPA 2IS0A 4PHVA 2V11C 3TOFA 4CKUA 5P69A 1G6LA 3URJA 4FM8A 3UFNA 3UPJA 5P0ZA 4CPSA 1EPME 3AIDA 2BPXA 3OHHA 1LEEA 5P3KA 1VIKA 1UH9A 4OBZA 4BFDA 5P8TA 3UCBA 5OYWA 5AGZA 4DQCA 1DW6C 5SXNA 5DQ5A 4FM7A 5P8AA 5AH9A 4LP9A 5P5VA 5P19A 4U7VA 5P25A 2PH6A 4J0ZA 1HSIA 3SKFA 4Y3ZA 1AIDA 5P5ZA 4AUCA 4DVFA 5OZWA 4DQHA 3INEA 3EBZA 2NTRA 3T3CA 4Y5EA 3GGVA 2I4QA 3SA5A 2B7ZA 5KQYA 5KR8A 3U71A 5P12A 3Q3TA 5P83A 4Y3JA 5P6CA 5P8KA 1E82E 2I0AA 3EKVA 3RVIA 2G27A 1M4HA 2VJ6A 4QJ8A 4Y4ZA 3ZKGA 1FB7A 5TOLA 1RPIA 3IXJA 1HWRA 2QMPA 4Y3NA 5P5FA 3JVYA 1K2CA 4U7QA 4DJYA 4GJAA 5P5NA 6APRE 1PPLE 5DR0A 5P7AA 3VFBA 3NXNA 4Y3LA 3UQUA 3EKYA 2UY0A 1BILA 3EKTA 1PROA 3K5GA 2P4JA 2QHZA 1BXQA 2ZHUA 3BC4A 1HVCA 3UDKA 3DK1A 5P6MA 4QJ7A 1SDVA 2F8GA 2R43A 3GI5A 5P6WA 4Y4JA 1ZAPA 4JOOA 5P6GA 4CPWA 5P4JA 5HE4A 2Q55A 3T11A 3IGBA 3G72A 1AXAA 5COOA 2VIEA 2G1NA 1U8GA 3S7LA 2B60A 5SY3A 5P4WA 5ENMA 5P8JA 4I12A 1HXBA 2F3FA 5P39A 1DAZC 5P2CA 4J17A 3KN0A 5OZUA 5P6AA 5KOSA 3TTPA 4DJWA 3LIXA 5P4RA 3VV7A 5P58A 2I4VA 4HDFA 1YM2A 4YOBA 5FIVA 2QMDA 3QBHA 3ZKNA 4Y3WA 2RMPA 4K9HA 5P1LA 1MERA 5P3PA 3IN4A 2O4NA 2EWYA 1W50A 5P3OA 5P2LA 3SLZA 3KT2A 3L59A 5P07A 3CKPA 3BGBA 2PH8A 1D4LA 1NSOA 4Y57A 4EP3A 3LPIA 3GGXA 1PSNA 4FAFA 1YG9A 3VF3A 5HDUA 3OAGB 4Z22A 4CPTA 3L58A 1HEFE 3VYFA 2UXZA 1HIVA 5P7XA 1HSHA 2ER7E 3QVIA 4APRE 3OGQA 5P5MA 5P7FA 2WL0A 4QLHA 4ZPEA 3G70A 3RTHA 5P4MA 5P7UA 2VIYA 3PJ6A 4QJ2A 1BIMA 3EL0A 5HE7A 1BWAA 2J9KA 2WEDA 4D83A 5P4SA 3UF3A 3MWSA 3FSMA 3K1WA 2VKMA 5CLMA 4Y3EA 5P41A 5P2YA 5P4NA 1FKNA 4L7GA 5P82A 4R8YA 3SO9A 5P79A 1PPKE 4H3IA 2IKOA 5P2TA 5P28A 3OQ7A 4I8ZA 4Y3FA 4RCDA 4DV9A 1TZSA 2XFJA 2QU2A 4BFBA 5P00A 3ZKIA 5DGWA 2FIVA 4Y3QA 2OHSA 5OZ2A 4B78A 1K1TA 5P4KA 4PPHA 5P7SA 4GJ8A 3OU4A 4Y53A 3K5CA 4YD7A 4S1GA 1SP5A 4FRJA 5P6DA 3LZYA 4PZWA 5P70A 3UDNA 2OHPA 1E81E 5P32A 4Y5MA 4OC6A 2NMYA 4Y58A 5P2VA 3SA8A 2BPYA 3IVHA 1TSQA 4I0IA 3FV3A 5P5UA 5P6OA 2V00A 5OZ9A 5P36A 1ODWA 2QD7A 2WF4A 3VUCA 4LXMA 4D85A 4DPIA 2G22A 2AOFA 3GI6A 3OK9A 2AOCA 5OYSA 1FLHA 5C9BA 5P26A 2ZHRA 5P4XA 2O4LA 1EPRE 5P38A 2AIDA 3KMYA 5P7QA 3EM3A 5JFUA 2QP8A 4TRZA 3NYGA 4IVTA 3D91A 3KYRA 2Q3KA 3ER5E 3S2OA 3OUDA 4Y50A 3L3AA 2QZLA 2ZJLA 2AVVA 1ZTZA 2AVQA 3BGCA 5P6NA 4L1AA 3K4VC 5AH7A 2HM1A 5P52A 5JFPA 1SH9A 1XN2A 2G26A 1DPJA 1PPME 3EXOA 5P0CA 5P7HA 1A94A 1IBQA 5P0QA 3G6ZA 4Y3SA 5P4EA 5P34A 4Y4XA 5P2NA 5P5XA 1SDUA 2WEZA 3Q4BA 3O9GA 3LIQA 4OBDA 5OZKA 4I11A 2NNPA 4J1FA 2ER9E 2WF3A 4A6BA 3DCKA 5I70A 2JJIA 5P5YA 4YCYA 8HVPA 2Z4OA 1SDTA 3K4VA 1HVSA 4Y5NA 5UPJA 5HTZA 3CYWA 3S45A 3NU3A 5P1BA 5OZQA 4DQEA 1KJFA 3PWMA 5OZJA 1AZ5A 1IIQA 2VA6A 3UDQA 1JLDA 5OZMA 5KQZA 1GVTA 5OZNA 5HU0A 3EL5A 5F01A 1AAQA 5OYUA 1KJGA 3RTNA 3JVWA 4KB9A 5P5KA 2FMBA 1G0VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0V A;  3PHV A;  5OZL A;  1TCX A;  3PBZ A;  1XS7 D;  1LF2 A;  4TRY A;  5P68 A;  2NPH A;  3OUD B;  2FNS A;  4HLA A;  4ER2 E;  4LAP A;  3UQR A;  3DM6 A;  2P3C A;  3BUH A;  2HAH A;  1SGZ A;  3T6I A;  4Y3T A;  4L1A B;  5P6K A;  5P6I A;  5P18 A;  4OBF A;  5P0H A;  3FNU A;  3I7E A;  1APU E;  5P7L A;  1AVF A;  3ZPU A;  5P0U A;  4RRN A;  7HVP A;  4GJD A;  5AHC A;  4Y5K A;  1LF4 A;  2Q54 A;  1MT9 A;  5KR0 A;  4D88 A;  5P8Q A;  2QI7 A;  3UDY A;  1HTR B;  1Z1H A;  1HPX A;  3M9F A;  5P3E A;  4FIV A;  2MIP A;  1WKR A;  1HBV A;  3GGA A;  4H3G A;  5P05 A;  4NJT A;  3UQW A;  2O4S A;  1WBM A;  5P3H A;  1HVJ A;  5P7O A;  3S7M A;  3GGU A;  1FQX A;  4I0Z A;  2ZJH A;  2PSG A;  3ZLQ A;  2XYE A;  5E5J A;  2V12 C;  5P33 A;  3CIC A;  1IVP A;  5P4F A;  3HZC A;  3IVI A;  5P2Z A;  3RSV A;  3L5E A;  5OZ6 A;  4ZSQ A;  2REN A;  2VNN A;  4DJX A;  5P3M A;  1DIF A;  2P8H A;  5HCT A;  2B7F A;  1B6K A;  4HE9 A;  4RLD A;  3TH9 A;  2ZYE A;  4MC1 A;  2BKS A;  3NWQ A;  5P0Y A;  3IXO A;  4RYG A;  4ZPF A;  3GI4 A;  5P35 A;  4RYC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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