5P0RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 74
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0rA01
1MRXA 5P66A 2VKMA 4Y3NA 2ANLA 2RKGA 4L6BA 1EPME 4QLHA 2PC0A 1XN3A 3EL4A 4Y58A 1LYWB 3OQ7A 5OZDA 4EP2A 3SPKA 3PEPA 1AIDA 1SBGA 4Q1WA 4Y38A 4ZPGA 2AOFA 4J1IA 5P18A 5OZGA 5P3LA 5P7UA 4ZEAA 1HPXA 5P03A 3UF3A 3TH9A 5P6XA 4FGXA 3UHLA 5P1WA 1SP5A 2VIYA 2IEOA 5P3BA 3NDWA 1XL5A 5BS4A 2QHCA 2F80A 3LITA 1WKRA 3KF0A 2AOCA 2AZCA 3D1YA 1TCWA 3O99A 3PCZA 3ST5A 2O4LA 3O9BA 3OU4B 5IS4A 5OZIA 2F3KA 2Q11A 1UH9A 1Q9PA 1Z1HA 2WKZA 5P6YA 2QCIA 5P6BA 1FQ7A 1MPPA 5P42A 3I6OA 1HSGA 5P0FA 3ZKIA 5P5GA 3QVIA 5P8PA 5OZPA 5P0XA 1LYAA 5P84A 5KR1A 1MSNA 5P0JA 4K4PA 3CICA 3HW1A 1K6VA 5P27A 2PK6A 5P1RA 4ER2E 4YBFA 2PWCA 1Z8CA 3NU9A 3OTYA 1J71A 1PPLE 1WBKA 4I0JA 3TPLA 5P2IA 2I0DA 5P7EA 5P41A 4PHVA 3G70A 4YCKA 5P3VA 4GJ8A 5P4LA 2QI4A 2PYNA 1B6PA 3OADB 1AVFA 5OZLA 5P12A 1Z1RA 1W6IA 3BUGA 3HVGA 4Y4EA 4J0TA 5P7LA 3NSHA 4FRKA 5P85A 5ENKA 4OBHA 3CMSA 2HS2A 2PQZA 3VF3A 1C6YA 3SLZA 3EKXA 4PEPA 5DQ2A 3ZOVA 1EPRE 4Y5LA 3ZKXA 3WZ7A 3OGPA 1HVHA 3SFCA 2OF0A 3KDDA 3KFSA 1EAGA 3PSYA 5P28A 2AVSA 2QZLA 3D1ZA 1D4LA 4RGHA 1OHRA 5P4EA 1E5OE 1DMPA 5P3FA 4ZIPA 5P2DA 5P1YA 5P2TA 5P1UA 5P31A 4JPCA 2PSUA 2AVVA 3OU4A 3PI0A 4QJ9A 2JXRA 1HWRA 5JODA 5P6CA 4DI2A 1FMBA 2OHUA 5P77A 5P2BA 4B05A 3IA9A 3PB5A 4BEKA 4R92A 1RQ9A 5T4SA 1HEGE 3I7EA 5P3WA 1C6XA 1HIIA 1B6MA 5P2AA 3NYGA 5P82A 1DPJA 3PLDA 4DFGA 5IVQA 3VYFA 5J25A 2UXZA 3OUDB 3CKRA 2QMDA 1SDTA 2WF1A 4GZFA 3DV1A 2OHQA 3IN3A 1K6CA 1TSUA 5P0YA 4GJBA 4QJ8A 1HSHA 3GGAA 5P4IA 1EBYA 3PMYA 5P2CA 5I3YA 5COOA 5P1LA 3FNSA 1YTHA 3OADA 3ECGA 3L5FA 2FNTA 1EPQE 3Q70A 2ZHVA 4NJTA 5P7BA 5P0KA 5P00A 5P1AA 1GVTA 5P6VA 2ZJMA 3G6ZA 3LIXA 3ZKQA 2OHKA 2QI1A 4QJ2A 2HPFA 1EBZA 4HVPA 5P26A 5OZ6A 3LZYA 3PBZA 1KJGA 1LF2A 3FSMA 3PSUA 5P70A 5OZRA 4OD9B 2ER7E 3NXNA 4ER1E 4Z4XA 5P40A 2AVOA 1SGUA 5E5KA 3EKTA 4JPEA 3EM3A 3PWRA 3UDRA 4Y51A 5P64A 5P8OA 5P8QA 3K4VC 4KE1A 5DR0A 5P6FA 3KDBA 5P1KA 4D85A 5OZVA 1LV1A 1M4HA 2A4FA 5OYTA 3RTMA 4MC9A 3VG1A 3D20A 5P0UA 2QI6A 3HLOA 3S7LA 1FF0C 4Y3XA 4XKXA 4Y5AA 1NH0A 1SIVA 3FIVA 3NDXA 4Y3FA 5OYWA 1APVE 3NU3A 5P6JA 5F01A 1APTE 5HE5A 3S54A 4S1GA 3OUDA 4I0EA 1ZBGA 5P7IA 3UQPA 1HPSA 4ER4E 5OZYA 3OU1B 4Y4GA 3UDJA 5P0EA 5OZOA 5OZXA 3SABA 4JOOA 2F8GA 2I0AA 2I4WA 3PJ6A 3KDCA 5P2VA 5P0SA 6FIVA 5P0NA 5P5CA 5P0GA 4GJAA 2I1AA 1TSQA 4YDGA 3U71A 2P83A 3FKTA 4DPFA 1XL2A 5OZ9A 5DGUA 2ZJLA 5OYQA 5P83A 5P87A 5P4XA 3OQKA 5P2KA 1NPWA 5KQYA 3BVAA 4Y6MA 5ISKA 5OZ8A 4Y35A 5P44A 5P1IA 3SM2A 4GMIA 2PH8A 5P75A 5P0WA 4IVTA 2APRA 3NUJA 4OD9A 2WEBA 4ZE6A 3VF5A 1ZJ7A 3VLBA 4D8CA 4GB2A 1HEFE 4FL8A 5P2QA 2QK5A 3QN8A 2QMGA 5P3DA 3ZKSA 5P3KA 3IN4A 3GI0A 3QS1A 1HTEA 4DV9A 1T3RA 2F3FA 3L5DA 3OOTA 4RYCA 2QI3A 3SA7A 3EL9A 5P1OA 5P6KA 3T3CA 5P7CA 3N4LA 4Y4UA 5DQ4A 4ACXA 4LAPA 4J5JA 3NXEA 5HCTA 2R3TA 3OQFA 5P2WA 1IDAA 2CEJA 5P53A 5KQFA 2AQUA 5P0HA 4FAFA 2WF3A 3NU6A 5P4PA 3Q3TA 4M8XA 2VNNA 1T6EX 2IDWA 5P1NA 2BPZA 3Q4BA 4D89A 4RRSA 5OZBA 5P0AA 1G0VA 5AH6A 2QD7A 5P0QA 3OU1A 4Y44A 2QZKA 3RTHA 3O9HA 5P0OA 3SA3A 1HVJA 4UPJA 4Y5PA 5P89A 5OZHA 4Y3RA 1JLDA 4Y3LA 5C9FA 5P5OA 5P34A 1BVGA 4N00A 3ER3E 2NMYA 1T6GA 2OHRA 5OYZA 5P0MA 5ISJA 2XFIA 4AMTA 1SMRA 5COKA 2QAKA 5I70A 1HTFA 3TPJA 3EKVA 3TKWA 2V16C 5C9BA 4LBTA 3DOXA 3QI1A 3PHVA 4B00A 4D83A 4GJ9A 2V10C 2QD8A 3FNUA 1AJVA 1B6JA 2AVMA 2R38A 2FNSA 3ZKNA 1BDLA 5P78A 5P4AA 5P3NA 2NXLA 5P76A 5P36A 2BKTA 4QJAA 3O9EA 2VA6A 5BWYA 5P16A 5P8FA 4I0IA 1EBWA 3QROA 4Y56A 5DQCA 2RENA 3URIA 5OZNA 2HAHA 1M43A 1MTRA 5P6AA 1DIFA 1BXOA 4RVXA 5P4HA 1AAQA 3IXOA 1W6HA 1XS7D 1U8GA 3KYRA 5DR1A 1ZSFA 5DR8A 5P0ZA 3VYDA 3KFRA 5P79A 2WEAA 3BUFA 5P2OA 2I4XA 3MWSA 2BPVA 5AH9A 5P4UA 3LZUA 5P3SA 5OYVA 5P15A 3IVHA 3APPA 4FAEA 4Y5KA 5KOSA 4Y3JA 4CPWA 1SMEA 5P7NA 5P7PA 1SIPA 4HA5A 4RVIA 2FGVA 4KUPA 4Y4DA 3SKFA 1HOSA 3UFNA 5IVRA 5P8SA 1VIKA 2G1NA 3SKGA 1BILA 5SY2A 4RCFA 4J1CA 3KFPA 2CENA 1EPLE 4MC2A 5P54A 1HTRB 5P6UA 5IVTA 2ZJJA 1ZPAA 2FMBA 5P24A 1KJ7A 1GVWA 4CPXA 3BHEA 1K2BA 2G26A 4Y43A 4EJ8A 5P6DA 5OZ0A 3PGIA 4FS4A 4XXSA 1MIQA 2O4SA 3OXCA 2IQGA 5P8IA 4OBGA 3DK1A 3L5CA 4ZSQA 4JECA 4Y36A 6APRE 1T7JA 4FIVA 3DCRA 2QI5A 3UQXA 3B80A 4HE9A 4KB9A 2V11C 2WJOA 2V0ZC 3EBZA 1NPAA 1E82E 2OHMA 3NU4A 3Q5HA 4PZWA 1RL8A 5P3TA 4Y4TA 1LF4A 1M0BA 2FLEA 1W5YA 3L3AA 4K4QA 3RSVA 3OU3A 4WY1A 5P6EA 5P3MA 1AXAA 5P3HA 2JE4A 3ZKMA 5OZEA 1MT7A 2WECA 3T11A 2WHHA 4FSLA 1QBUA 1HVSA 4QJ7A 4CPQA 4Y54A 2FXEA 5DQ5A 2VNMA 5P07A 5B18A 5P56A 5DR4A 3S45A 2ASIA 7HVPA 4B1EA 1OEXA 2IGXA 5P8RA 2QMFA 1OEWA 3O9FA 3VUCA 3CKTA 1SH9A 1FQ5A 3K5GA 3LINA 4Y3EA 5P09A 2BB9A 5P2GA 4J55A 2G22A 4F76A 1EPPE 5P2LA 1IIQA 5P81A 2FS4A 3IXKA 4I0HA 1EC0A 2ZJKA 4Y5MA 4DUSA 5P47A 1GKTA 5P2HA 2VIJA 4DQHA 1SGZA 3D1XA 3SAAA 4AUCA 2Z54A 3GI5A 1META 3FX5A 2QU2A 2VJ6A 1GVXA 1LYWA 4A6CA 4Q1YA 2IGYA 5P7RA 5P6HA 3OXXA 3NR6A 2G1RA 4Y3TA 3A2OA 4NKKA 4Y3AA 5OZQA 5P2RA 1HIHA 4Y4ZA 4OBDA 5P1BA 5OYRA 1DP5A 5P8GA 4B77A 4F75A 3MXDA 1MT9A 3RVIA 1SDVA 1APUE 4Y3MA 2IKUA 4TRWA 2SAMA 2FGUA 4J1HA 1OD1A 3DM6A 3DV5A 5P48A 5P65A 3S43B 4Y5EA 5P74A 4MC1A 5P7SA 1D4SA 2JJJA 3S8IA 4EJLA 3MXEA 5P5AA 1MT8A 3KMXA 9HVPA 5HTZA 4EXGA 5P3EA 3OUBA 4Y39A 4Q1NA 2PWRA 3INHA 5OZCA 3BXSA 2VJ7A 1LYBB 3PRSA 2HS1A 2FDEA 3UDKA 2G27A 5P3GA 2JYSA 4B72A 3AUPA 5P6GA 5P67A 5OZ2A 5P4ZA 5P5RA 5SZ9A 2Q63A 5P7MA 3LPKA 1YM2A 5P50A 3MSLA 4RRNA 3HBOA 1VIJA 3OK9A 2VA7A 3SA9A 4CMSA 3SA6A 3CKPA 3WZ6A 1AJXA 1YM4A 3HZCA 2G1YA 2ER0E 4FRSA 5I3XA 2BQVA 2IS0A 1FLHA 5AH8A 4PYVA 3I8WA 1CPIA 1ODXA 1XDHA 3JVYA 3EKPA 4J54A 2VA5A 3UPJA 5P2ZA 4FRIA 4RCDA 5JFUA 4YD4A 1FMUA 1HIVA 2OHSA 3NDUA 5P2FA 5P8MA 3RSXA 2R43A 4ZPEA 4HDPA 1GNMA 5HU1A 1FIVA 2R8NA 4E43A 5APRE 4APEA 4Y48A 1FFIC 4Q5MA 3DCKA 5P4SA 3VEUA 2IRZA 2ZJNA 3K1WA 5P0DA 3EM4A 4EHCA 1EEDP 4Y4AA 3TPRA 4OBJA 1IDBA 2HB3A 5P4NA 1HTGA 3F9QA 5OZKA 4DJPA 2OHLA 2G94A 3CIDA 3G72A 4DJXA 4QGIA 1A8KA 5OZWA 4KE0A 5P1EA 5P05A 1ZSRA 3S43A 5P51A 5DGWA 5P60A 5P4YA 3UDHA 5ER1E 4R5NA 5P4BA 3O9GA 4FCOA 1NPVA 5P59A 1IVPA 1QDMA 1KZKA 1XE6A 4Y47A 5TOLA 3ZL7A 3SQFA 1BDQA 1LYBA 4CPSA 5P46A 5P4RA 1UPJA 5P6SA 5P3JA 4A4QA 4WTUA 2QNQA 5P43A 4H3FA 4EPJA 4B1CA 3OUCA 3S53A 5OZSA 1HBVA 4B0QA 4J0VA 1RNEA 4YOBA 2B60A 2NXDA 5P35A 5P5PA 1AM5A 4EYRA 1KJ4A 4K9HA 5HD0A 4F73A 2OAHA 5P5YA 5P8EA 4Y53A 3UFLA 5P7VA 3EMYA 1XN2A 4Z22A 2QHZA 1ZP8A 5P5XA 3UDYA 2A1EA 2QI0A 1K6PA 3NUOA 5P06A 4DVFA 3I25A 2QI7A 1QBTA 1UH8A 1HRNA 4BFDA 5P61A 1QBSA 5P7GA 4JP9A 3NWXA 5P3UA 5KR0A 2AOIA 4EXHA 4Y4BA 2JJIA 5P68A 1EC3A 4YOAA 3LHGA 2BKSA 5OZ4A 2ZHSA 4YE3A 2NR6A 5P88A 3B7VA 4YCTA 4HEGA 3ER5E 3SA4A 3R1GB 5P45A 4LHHA 2NMZA 5P19A 5OYYA 1HVKA 3NWQA 5P3RA 3OAGB 2P3AA 3S56A 1A9MA 1TZSA 4DQFA 3S85A 4FSEA 4Y4JA 3R2FA 4DPIA 2QD6A 4EJKA 1G35A 1BV9A 2BPXA 5P7TA 3VV6A 3DJKA 5OZUA 5P2XA 2FDPA 2V13A 1BV7A 1AZ5A 1ENTE 5KOQA 5P71A 3SA8A 5P1SA 4HDBA 4I0ZA 4H3GA 4TVGA 5P7ZA 4DJRA 5P8UA 4WY6A 1MEUA 2PK5A 5HU0A 5OZ1A 4EQ0A 2ZYEA 2HM1A 5KR8A 1GNNA 2NXMA 4Z2ZA 3O9LB 3TOHA 4RCEA 5P7AA 4GJ7A 4YBIA 3T7XA 1W5XA 5P8LA 4CPTA 5P3AA 2Q54A 4YD3A 5P72A 5P37A 2B42A 4YA8A 2G1SA 5HE7A 4ZSRA 2PSGA 1FQ4A 1W51A 2I4QA 4Y45A 4Y5BA 5P3OA 1IZHA 4GJCA 4B1DA 4Y3GA 4RLDA 1PPME 4Y4WA 2WF2A 1G6LA 4DJYA 1FG8C 3BRAA 3TNEA 1MERA 4NJVA 5P3IA 4GJ5A 5P8NA 5HDVA 4YDFA 1YTGA 5P63A 3SACA 5HVPA 4Y5NA 2O4PA 3CYXA 4BFBA 4J0ZA 1W5WA 2BPWA 3LNKA 2XYEA 3EL5A 5P7YA 1RPIA 3GGXA 3KFNA 1D4YA 4GYEA 5P2NA 5P4OA 1B6KA 1IVQA 5P01A 2H6TA 1A30A 5P73A 3ZKGA 5P6OA 4EP3A 4OBFA 2I4VA 3VFBA 3OAGA 4LL3A 4I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MRX A;  5P66 A;  2VKM A;  4Y3N A;  2ANL A;  2RKG A;  4L6B A;  1EPM E;  4QLH A;  2PC0 A;  1XN3 A;  3EL4 A;  4Y58 A;  1LYW B;  3OQ7 A;  5OZD A;  4EP2 A;  3SPK A;  3PEP A;  1AID A;  1SBG A;  4Q1W A;  4Y38 A;  4ZPG A;  2AOF A;  4J1I A;  5P18 A;  5OZG A;  5P3L A;  5P7U A;  4ZEA A;  1HPX A;  5P03 A;  3UF3 A;  3TH9 A;  5P6X A;  4FGX A;  3UHL A;  5P1W A;  1SP5 A;  2VIY A;  2IEO A;  5P3B A;  3NDW A;  1XL5 A;  5BS4 A;  2QHC A;  2F80 A;  3LIT A;  1WKR A;  3KF0 A;  2AOC A;  2AZC A;  3D1Y A;  1TCW A;  3O99 A;  3PCZ A;  3ST5 A;  2O4L A;  3O9B A;  3OU4 B;  5IS4 A;  5OZI A;  2F3K A;  2Q11 A;  1UH9 A;  1Q9P A;  1Z1H A;  2WKZ A;  5P6Y A;  2QCI A;  5P6B A;  1FQ7 A;  1MPP A;  5P42 A;  3I6O A;  1HSG A;  5P0F A;  3ZKI A;  5P5G A;  3QVI A;  5P8P A;  5OZP A;  5P0X A;  1LYA A;  5P84 A;  5KR1 A;  1MSN A;  5P0J A;  4K4P A;  3CIC A;  3HW1 A;  1K6V A;  5P27 A;  2PK6 A;  5P1R A;  4ER2 E;  4YBF A;  2PWC A;  1Z8C A;  3NU9 A;  3OTY A;  1J71 A;  1PPL E;  1WBK A;  4I0J A;  3TPL A;  5P2I A;  2I0D A;  5P7E A;  5P41 A;  4PHV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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