5P0VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 78
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0vA01
5P67A 1IIQA 1B11A 4FRKA 1K2BA 1TW7A 2WJOA 3S54A 3LPKA 3RTMA 4DJPA 3CICA 3URLA 2ZDZA 3OAGB 4OBJA 4Y6MA 2QI0A 3BC4A 3O9DA 4FAEA 2ZGAA 5P6GA 4CKUA 4ZPGA 1M0BA 1MESA 3ZLQA 1PROA 1B5FA 5P0OA 1DP5A 5P49A 4QJ9A 2ASIA 1WBKA 3OQKA 1FGCC 1A9MA 2QD7A 4XX4A 3EM4A 4RRNA 4EQJA 3OOTA 5P6MA 5OZTA 1IDBA 1BVGA 3OHHA 4GB2A 3U7SA 4S1GA 1D4IA 5HDUA 2AOCA 5P4PA 1FLHA 5P3SA 1D4JA 5P8LA 3PMYA 2V12C 4FAFA 2RMPA 4LHHA 2XFIA 5P25A 2QK5A 2V16C 5OZWA 3KDDA 4Y37A 3SO9A 1ZBGA 3OU1A 5P7TA 5HTZA 3Q6YA 4KE1A 3T7QA 5P8MA 4YBFA 5P27A 5P4HA 2ZJIA 3QROA 3LPIA 3UDRA 3NDTA 4JPEA 4JPCA 1FFFC 5P3WA 4CPSA 4DJVA 5P2BA 1IVQA 3VV8A 3OU4A 2I4VA 5OZ8A 5P4IA 3O9AA 3SM2A 5P76A 1ZPKA 1HPOA 3VF3A 3BVBA 1YT9A 3CIDA 4HZTA 5AH9A 1MTBA 5AHBA 3LIQA 4GJ7A 1FQ4A 4HEGA 2A4FA 4Y47A 3IAWA 5P4JA 5P5YA 5P3EA 1LS5A 2WF3A 4Y54A 3VLAA 5OYVA 5P8PA 6FIVA 4EXGA 1QRPE 3O9IA 3NR6A 3EC0A 5P01A 3G72A 4TVGA 3NDXA 3CIBA 4B0QA 1W51A 4GJBA 1LF4A 5P2FA 3PM4A 1UH9A 4FIVA 3MSLA 3EKXA 3C9XA 2I4UA 4YOAA 2PK6A 3Q5HA 3VFBA 5P8OA 2R8NA 3KFNA 3TLHA 4Y5LA 5P06A 5P1IA 5P54A 2FDPA 2ZJMA 2EWYA 1E81E 4GJ6A 3WZ8A 3UDJA 4Y3YA 4OBKA 1G6LA 2PMAA 2OAHA 5P5WA 3U6AA 4B70A 5P6PA 2IS0A 5P0BA 1QDMA 5DQ4A 4J55A 2FGVA 5P8BA 1HTGA 3R0WA 2NPHA 1XDHA 5P8SA 2H6TA 1QBUA 4A6CA 3WB4A 5P4TA 5OZCA 4U7VA 5P40A 4MC2A 5P0GA 4FRJA 4Q1XA 5P3DA 3DK1A 1HTFA 2HB2A 5P1VA 2QI4A 4F75A 4CPTA 4I10A 5P30A 3RTNA 5P6YA 3IN4A 3OWNA 3BHEA 5P35A 2PH6A 4ER4E 1BDQA 3JW2A 3SKFA 1GVUA 5P52A 3VYEA 3S45A 4J17A 1SP5A 1GNOA 3VYFA 2AOEA 4YD3A 4R5NA 2F81A 5SXNA 2PWRA 2FDDA 1K6CA 1DW6C 3K5FA 3H5BA 4R8YA 5P8JA 2QNNA 3LZVA 4GMIA 5P85A 4DJYA 4XKXA 3ZMGA 1IZHA 1T7JA 4CPQA 1AM5A 2V10C 3BRAA 3IXKA 3OQAA 3EL5A 2B8LA 5P5XA 3ZPUA 4ZPFA 4YD4A 4H1EA 1TZSA 2G69A 1FB7A 1ZSRA 4HA5A 2G94A 3ER3E 4B78A 1GNMA 1LYBA 5OZLA 5P5IA 1YTHA 4U7QA 2Q64A 3O9LA 3WZ6A 3R2FA 5P57A 3OADB 5IVQA 3DCKA 5P5HA 4GJ5A 4D85A 1YTIA 5BWYA 2AVOA 5P6BA 3SAAA 4BFDA 4B05A 2BQVA 2ZE1A 4WTUA 5P0EA 4OD9A 5P75A 5P6ZA 1SIVA 1T3RA 3T7XA 4ZSQA 4Z22A 3LINA 5P5MA 3KM4A 1MUIA 3OXVA 4Y3WA 5P1ZA 1PPKE 5P05A 4BELA 4CPUA 2ER6E 3OUDA 1HSGA 3BUHA 4QJ7A 5P60A 2OHQA 3APPA 5P32A 4Y3ZA 1KJFA 3NWQA 3EKPA 4X7IA 5P3HA 5UPJA 2XFKA 1PSOE 1MERA 3KT2A 3O9FA 3EKVA 4Y3PA 4NJUA 4YCTA 2Q54A 5P6UA 4ER1E 5KOQA 5P6SA 1FMBA 4J0VA 2PSVA 3K4VA 5P0ZA 3SACA 5ER1E 2PSGA 4Y5CA 1EEDP 5DR1A 3KMYA 5P51A 1GKTA 5P0LA 5OZUA 3QPJA 1APTE 5OYSA 2AVMA 4Y58A 3FNTA 3SA7A 1VIJA 5P5DA 4GJ8A 4U8WA 1MIQA 2G1OA 5P38A 2AOHA 1YM2A 1HRNA 4GJDA 5P4XA 4Y3JA 4R93A 1DMPA 3INDA 3ZL7A 2A1EA 4PEPA 1PSAA 5P8GA 3NLSA 1QBTA 3PMUA 3CKRA 3UQXA 2UY0A 4B1EA 5P13A 4DJQA 3HLOA 2P3BB 5P7UA 5P1PA 5P8HA 5I70A 2VS2A 1T6EX 1JLDA 2QHYA 1B6KA 1KJGA 3UDYA 4RCEA 5P3CA 1C6XA 1RL8A 4Y4BA 5JODA 2HC0A 4LC7A 5P3UA 2WEAA 3BUGA 5P43A 5KOSA 5HE7A 2QZKA 2Q3KA 3KMXA 2I0AA 2HS1A 1BXQA 3SM1A 2I4XA 2F3KA 5P4RA 5P5NA 5KR8A 4Y3FA 2G26A 5P4BA 5APRE 3NU6A 2VA6A 4FRSA 5C9BA 4BFBA 5P8EA 4DQCA 5OZQA 1BXOA 1W5VA 1AVFA 5P11A 3K5CA 5P8RA 4DVFA 5P1BA 5P64A 4DV9A 2P8HA 3SA9A 1B6PA 4Y5EA 3APRE 2FXDA 3QIHA 3NYGA 4Y4EA 5P4QA 1META 5P74A 5P24A 5HVPA 1GVTA 2PK5A 3HD8A 4B1CA 3B80A 4NPTA 2QMFA 2IL2A 5P34A 5P2IA 5P4CA 5P41A 4HE9A 2XYFA 5OYXA 1LZQA 5P16A 5OZ7A 3URJA 5P55A 5P5ZA 4FSLA 5P5KA 3SA8A 1BILA 5P66A 5P0IA 5P50A 3I25A 5DGWA 5P0NA 5P1JA 5P42A 3O99A 4Y5MA 1FQ7A 1EC2A 3S43A 5OZDA 5P6XA 2J9KA 4FLGA 4B00A 2VIEA 3D20A 1HIHA 3O9BA 4OBZB 5P4KA 3UFNA 5HU1A 3TH9A 4E43A 5P8KA 3OUAA 1FG8C 2QP8A 4Q1YA 2B8VA 5P1LA 4H3IA 3PBDA 1UH8A 3GGAA 1AXAA 5P15A 2IQGA 1XL5A 5P5VA 1FQ5A 1K1TA 4K4PA 2P3CA 1K6PA 3R0YA 2QZWA 3QBHA 1BWBA 5P1GA 1EC1A 4AA9A 2QI3A 5ENMA 3A2OA 4EQ0A 4TRZA 3SABA 5COOA 1SGZA 4RGHA 3BGBA 3QP0A 4Y3DA 1EPME 3OAGA 5HDXA 1EPLE 3R1GB 5KQYA 5EZXA 2QI6A 1LYWB 3RSXA 3ST5A 2WEBA 2IEOA 1EPQE 3VV6A 4PZXA 2IGXA 3UDMA 2I4DA 1DPJA 3HVGA 5AH7A 2FMBA 3G6ZA 3IXJA 3U71A 5P88A 3RU1A 1ZP8A 4DUSA 1F7AA 1LV1A 4LL3A 2QU3A 5P2SA 5P81A 1FMXA 1SIPA 3ZPTA 3PWMA 3PEPA 2ZYEA 3DV1A 3PLDA 5P2LA 4LXKA 3VCMA 3NU5A 5P04A 5P1AA 5DQ1A 5CLMA 3S56A 2O4SA 1BV7A 4MC1A 3OXXA 1ZJ7A 3SA4A 1YTGA 4AZYA 5KQZA 2AQUA 5KR1A 3O9HA 1PSNA 2PWCA 4NJTA 1CMSA 4YOBA 3L58A 5P46A 5P20A 5P8VA 4I0HA 5P1WA 3D3TA 4LXMA 3OQ7A 4ZSPA 5P1NA 3SA5A 2R5PA 5P4VA 3MSJA 5P2AA 3TL9A 2PH8A 2AVVA 3GW5A 1K6TA 5DPZA 5DQ5A 5P4OA 5P3VA 2QD8A 5DR3A 5TOLA 5P6CA 3T7PA 3CYXA 3S8IA 4DJWA 5P3QA 3TPLA 3VSWA 4OBGA 5P0QA 5JFUA 4Y51A 5T4SA 2J9JB 2IENA 3GGUA 5P6KA 5P0VA 3PLLA 2G21A 3FKTA 2F8GA 3M9FA 3UQWA 3Q4BA 4I8WA 3I8WA 3T11A 4Y3MA 1KJ7A 2ER7E 5P6HA 1YTJA 2FXEA 1BV9A 2QI7A 2P4JA 1B6JA 4H3JA 5P5CA 3DCRA 5DGUA 2G27A 3UQPA 3ZKQA 3L3AA 2QMPA 3NDUA 5P6TA 2RSPA 3IGBA 2BBBA 2BPWA 1A8KA 2ZHSA 2B60A 5P2WA 5SY3A 5P6IA 3GI4A 1HVLA 5P1UA 1ZAPA 5P3NA 5JFPA 5P19A 3OGQA 2BPXA 4Y39A 2P3AA 3WZ7A 4CPWA 4Y5GA 5P7XA 4CPXA 4YBIA 1EBKC 4R95A 2AZ8A 4HLAA 3QRVA 4D88A 3EMYA 5P2UA 1A94A 4Q5MA 5P0TA 3TPJA 2XFJA 2BJUA 2ZJLA 2NMZA 5P5SA 1C6YA 4DQBA 2QMDA 3OXWA 2ZHTA 5P5QA 3QRSA 5P2HA 4PPHA 1AJXA 1NSOA 3N3IA 3NU9A 3R4BA 3L5EA 3K5DA 2QI1A 4EP3A 3TOFA 3QBFA 3BXSA 1G35A 5P56A 1APWE 3SA6A 3QI1A 5OYZA 2PC0A 5OZJA 3UDKA 5OZ9A 3L5DA 4TVHA 2UPJA 1D4YA 5P09A 4Z4XA 2BPYA 2G22A 3OY4A 4YD5A 3PCZA 5P79A 5KR0A 1HEFE 5P2YA 4QJ2A 5P1TA 4Y3LA 1U8GA 2VJ6A 1IZDA 2V0ZC 3TKWA 1MT8A 3LIXA 2QNQA 4DJXA 4LXAA 4DQHA 4FM8A 1HPSA 3NWXA 5P5LA 4CPRA 5P3ZA 5OZSA 1C70A 3UHLA 5P48A 3LZYA 1FFIC 4OC6B 3JVWA 2VJ7A 1AZ5A 1ZLFA 2P3DA 5OZ5A 4LP9A 4B77A 4ZSMA 2FDEA 1EPNE 4Y4AA 5P6LA 5P1CA 1SBGA 3ZOVA 3TOGA 1EBWA 1XE6A 2AOJA 5P7PA 1YM4A 3O9GA 3PB5A 4BEKA 3FV3A 1EBYA 3IVHA 5P0SA 2ZHRA 2CEMA 5P7YA 4J0ZA 4IVTA 2NNPA 4Y3EA 5ER2E 4F73A 5P0PA 4YE3A 3OXCA 5P7BA 1SDUA 3OADA 2BKSA 1CPIA 4EPJA 5P8UA 5CONA 1MVPA 4RROA 5OZ4A 5OZFA 2HIZA 5P6QA 5SY2A 3LITA 2AIDA 5FIVA 5COKA 1ZPAA 1EPPE 4L7HA 5P8IA 2F3FA 1D4SA 2OHUA 3D1ZA 5P80A 1MRWA 4Y4DA 2QHZA 2G1SA 2WHHA 4NJSA 1LF2A 2OHRA 2R9BA 2QMGA 4Y38A 1HVCA 5P73A 5P4EA 5P4LA 3RSVA 4DJRA 6APRE 3PSGA 5P14A 1LYAB 1HPVA 1TCWA 2V13A 3OTYA 2PYNA 4A4QA 5P5RA 5OZVA 5P31A 3VF5A 2OHKA 5KQXA 5F01A 5P3PA 3TTPA 4FGXA 3F9QA 1OD1A 5P7NA 4DQFA 1GVWA 2WEDA 4J1KA 3DOXA 5OYYA 2VA7A 1HEGE 4YDFA 5DR0A 2NXMA 2ZHVA 4I1CA 5OZEA 5P6AA 1B6LA 3ZKGA 5P84A 5J25A 3KDBA 2I4QA 1EPRE 1FQ8A 2BPVA 3DJKA 3QVCA 2Q15A 3DUYA 5P3LA 1ZTZA 1OHRA 3QS1A 5SZ9A 2IDWA 3GI6A 4GYEA 2IRZA 3SLZA 5P3AA 3KN0A 4COEA 5OZMA 5P07A 2O4NA 3Q70A 2QHCA 4Y45A 3KA2A 2VNMA 4Y3QA 2O4KA 3LIYA 4Y56A 3VF7A 2NMYA 3UDQA 3ZKMA 2B7ZA 2CENA 1HSHA 3T6IA 5DQ2A 3KFSA 4F74A 5P2ZA 2G1YA 4XX3A 5IS4A 5P2XA 3NUJA 2HPFA 3GI0A 3KFRA 3OUBA 2I1AA 5AH6A 2OHSA 2VNNA 1SGUA 4XXSA 2P3BA 5P0YA 3GGVA 5P1KA 1RNEA 5P2RA 2Z4OA 5P6WA 3UDNA 4DJUA 4Y9WA 3S7LA 2QAKA 3EL9A 2WF0A 4IVSA 3ZKNA 1SDVA 2HM1A 3EL4A 1AAQA 4ZPEA 5P29A 4OBFA 3LIVA 3EBZA 5P70A 3EXOA 3L5FA 3H0BA 4J1EA 3KYRA 5E5KA 1HSIA 1TSUA 4JP9A 5I3YA 5P8QA 4Y43A 3UF3A 5P89A 3LZUA 5AHAA 4Y3RA 1OEWA 2IKOA 4I0EA 2MIPA 2G1NA 5OZNA 5P4MA 4L6BA 1BWAA 3TNEA 4Y48A 2QCIA 3WSJA 1EPOE 3FX5A 2JJIA 5P69A 5P7FA 2O4PA 4Y3NA 5P82A 5P7IA 3TPPA 5P2QA 4J0PA 4I0DA 5AH8A 3OQDA 1Z1HA 5P86A 4FRIA 4H3GA 3QRMA 3N4LA 3PRSA 4YCYA 2AZ9A 1SMRA 5P2OA 3O9EA 4Z2ZA 4M8XA 2Z54A 4FCOA 5OZYA 4YD7A 5P0AA 5B18A 5P4WA 5P3OA 4J1CA 4YA8A 4Z50A 5DR7A 4Q1NA 1HVRA 4Y3SA 4EHCA 2R3WA 4TRYA 1APUE 1HBVA 1RV7A 5P6DA 4QJ6A 5P2CA 5C9DA 2CEJA 4Q1WA 3BGCA 2HB3A 5P6FA 4R91A 4OBZA 5P8AA 5P3IA 4D83A 3G70A 4K4RA 5P63A 2ZJNA 3SKGA 1E82E 3NU3A 1SMEA 4WY6A 5P8TA 2JYSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P67 A;  1IIQ A;  1B11 A;  4FRK A;  1K2B A;  1TW7 A;  2WJO A;  3S54 A;  3LPK A;  3RTM A;  4DJP A;  3CIC A;  3URL A;  2ZDZ A;  3OAG B;  4OBJ A;  4Y6M A;  2QI0 A;  3BC4 A;  3O9D A;  4FAE A;  2ZGA A;  5P6G A;  4CKU A;  4ZPG A;  1M0B A;  1MES A;  3ZLQ A;  1PRO A;  1B5F A;  5P0O A;  1DP5 A;  5P49 A;  4QJ9 A;  2ASI A;  1WBK A;  3OQK A;  1FGC C;  1A9M A;  2QD7 A;  4XX4 A;  3EM4 A;  4RRN A;  4EQJ A;  3OOT A;  5P6M A;  5OZT A;  1IDB A;  1BVG A;  3OHH A;  4GB2 A;  3U7S A;  4S1G A;  1D4I A;  5HDU A;  2AOC A;  5P4P A;  1FLH A;  5P3S A;  1D4J A;  5P8L A;  3PMY A;  2V12 C;  4FAF A;  2RMP A;  4LHH A;  2XFI A;  5P25 A;  2QK5 A;  2V16 C;  5OZW A;  3KDD A;  4Y37 A;  3SO9 A;  1ZBG A;  3OU1 A;  5P7T A;  5HTZ A;  3Q6Y A;  4KE1 A;  3T7Q A;  5P8M A;  4YBF A;  5P27 A;  5P4H A;  2ZJI A;  3QRO A;  3LPI A;  3UDR A;  3NDT A;  4JPE A;  4JPC A;  1FFF C;  5P3W A;  4CPS A;  4DJV A;  5P2B A;  1IVQ A;  3VV8 A;  3OU4 A;  2I4V A;  5OZ8 A;  5P4I A;  3O9A A;  3SM2 A;  5P76 A;  1ZPK A;  1HPO A;  3VF3 A;  3BVB A;  1YT9 A;  3CID A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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