5P0XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 80
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0xA01
1DP5A 3DCRA 3OK9A 4M8YA 1A9MA 4Y45A 5P3PA 4I0FA 4FM7A 4MC6A 3HVPA 4CMSA 2ZE1A 1EPPE 2P3DA 3GGXA 1ODWA 4JPCA 3VLAA 3ZKMA 3I8WA 5P2LA 1LYWA 5AHCA 4PPHA 1HXWA 3EKQA 1BDRA 1GVUA 3NUJA 5P8SA 3MXDA 3KFSA 5P4JA 4FRIA 3NU4A 5P2NA 5OYXA 4YD3A 4I1CA 4HDFA 1Z1HA 1APVE 3GI5A 5P6SA 3QVIA 3OAGB 3OUCA 2XFJA 4DUSA 4J5JA 1W6HA 5P61A 2QD8A 1BXQA 4I0GA 5P8FA 3FNSA 5OZBA 4UPJA 3GI4A 3LZSA 5BRYA 5PEPA 4FIVA 3ZMGA 5P6YA 3IAWA 3D1XA 5P00A 3KDDA 4J55A 5P16A 4YOAA 5HTZA 3LIZA 1MESA 3PMYA 5P6NA 5IVRA 3UDRA 1ZBGA 1KJGA 3GGUA 3VYDA 4A6CA 5P2EA 5DPZA 3L5FA 4YA8A 2WF1A 2NXMA 1G2KA 5P4KA 2QAKA 3K4VC 4L1AA 5P1AA 2AOGA 5P6ZA 3TPJA 3PI0A 4ZSPA 1A8GA 2MIPA 5P65A 1E82E 1EBKC 1QRPE 4I0DA 2B8VA 4KB9A 5P6DA 2HB4A 5P7HA 1YT9A 5HCTA 2WEZA 1QS8A 1ODYA 2WF4A 4DVFA 5OYVA 1APWE 4Y5GA 1U8GA 4Y6MA 5P58A 3U7SA 4FRSA 5P4NA 5P6MA 2Q5KA 5OYRA 5P0BA 2BPXA 4OBZB 1C70A 1RNEA 2QCIA 5JFUA 4U7QA 3GW5A 3PCWA 3TNEA 3MSJA 1IDAA 5P1RA 1B11A 1XL5A 2V13A 4ZSRA 3SA7A 3DK1A 5P40A 1TZSA 3TL9A 1W6IA 2G1YA 4EWOA 4HE9A 2PK6A 3QI1A 2HAHA 1Z8CA 3KFNA 5P44A 5P75A 4Z4XA 4Y5MA 4J1HA 3EM6A 4J0YA 1SMEA 3S85A 2ZJKA 3WB4A 5P1VA 3WZ6A 2HB2A 5HCOA 1FMUA 3CIDA 3IXKA 1OEWA 1UH7A 4Y9WA 5OYYA 3KN0A 3LITA 1DMPA 3PSUA 1A94A 1OD1A 4Y3AA 3QVCA 4L6BA 3TPPA 2B7FA 1Z1RA 5P6OA 4YD4A 3GI0A 2WHHA 1UH9A 1ZTZA 3EL0A 5OYSA 2CEJA 3BUGA 2ZJHA 4EJ8A 5OZ4A 2QK5A 3IN4A 1SDVA 2PH6A 3SA8A 5P83A 1RV7A 4Y48A 3GGVA 2VKMA 5P26A 1EEDP 2Q11A 4Y3MA 2I4WA 5P1NA 5P0FA 1CMSA 5P6EA 3NXEA 1FB7A 5P0AA 4X2LA 2H6TA 3BRAA 3DV1A 4TVHA 1SIPA 1SDTA 3PI5A 5P5FA 1HPXA 5P0KA 3K1WA 5DR1A 5P4WA 4B05A 4FRJA 5P7WA 2QD6A 3LIYA 4TRYA 5P4YA 4D88A 1J71A 1HIVA 3LZYA 5P7ZA 3OGPA 5P8VA 1MSMA 5P51A 4I0ZA 2WEAA 1IIQA 2OAHA 4DQFA 3ZKQA 5OZSA 1PROA 2A4FA 1QBTA 3O9GA 3UDHA 3LINA 5P5TA 1WBMA 4XX4A 1EBYA 4JP9A 5P54A 3I7EA 4LXAA 2J9JB 5P8JA 4Y44A 5P5PA 4TRWA 1BV7A 2Q54A 4H1EA 1SGUA 3OXCA 4Y3HA 1APUE 1GVWA 5P4OA 4GJBA 3CMSA 2P83A 1KJ7A 1TSUA 5P5DA 2AOHA 4HDPA 1LF3A 4B0QA 2ZJIA 1HSHA 2JJIA 1E80E 4FM8A 3RTNA 2NXLA 4Y3TA 4ZIPA 1EPME 3S43B 1YM4A 5DQ1A 1IZEA 4PYVA 3PBZA 1G6LA 4I0JA 5KR8A 6FIVA 5P8AA 1HVKA 4ZPFA 5HE4A 2BJUA 3QP0A 4EJDA 2XYFA 4Y4EA 3BGCA 5P60A 4ER2E 4Y5CA 4AMTA 1PSOE 4XXSA 3NDUA 4J54A 2PK5A 3CKTA 5P19A 5P09A 5P4CA 5P1XA 4AA8A 2Q64A 1T6EX 2OHRA 1HEFE 5P3KA 3APPA 5P7VA 3CICA 3R2FA 5P34A 1FG8C 2VA6A 4GJ9A 3QAAA 3EM4A 3NWQA 2QMGA 1FFIC 1LZQA 2AZ9A 5P3TA 4RCDA 2NMZA 4H3IA 4YOBA 5HDXA 2AVQA 2WECA 4PHVA 3L5EA 1W50A 1HTFA 5P2UA 1RQ9A 3OU1A 4LXKA 3CKPA 3IXOA 3FNTA 2V10C 3EM3A 5P07A 1XN2A 2IQGA 2VIYA 5P23A 2Z4OA 5P29A 4ZSMA 2BPYA 4TVGA 1DIFA 1RL8A 4I0EA 2O40A 2G1OA 5P66A 1T7KA 2ER7E 4NJVA 5P6BA 5P6LA 3HZCA 2FDPA 1LF2A 5P4BA 5P18A 1EC2A 2OF0A 3T7PA 1MT7A 1D4JA 4Y4BA 3D1YA 1MRXA 3GI6A 1EBZA 1D4LA 5P67A 3HW1A 2BKSA 4R93A 5P7NA 1XN3A 1GVVA 2FS4A 5P0JA 1IDBA 1MT8A 5P50A 4NJTA 4EJLA 1AM5A 1AJVA 2O4KA 5KOSA 3EL1A 4IVTA 4EP3A 5P69A 4Q1WA 2AOFA 1HSGA 2R5PA 3URJA 3VF3A 1YTGA 5OYTA 4ACUA 2OHLA 2G22A 2AIDA 3PLDA 5AH9A 3VV6A 4J0PA 5P5RA 4JOOA 5P17A 5COPA 4LXMA 4QGIA 4R91A 3S53A 3S7MA 1TQFA 5P2XA 5OZKA 3TOFA 5P79A 1GKTA 5DR4A 3JW2A 5P6PA 5P6WA 2Q3KA 4YE3A 7HVPA 2QHCA 3RSXA 2HIZA 2CENA 5P4EA 3SKGA 3NU9A 3NR6A 1ZLFA 1UH8A 1XL2A 5P10A 2FNTA 3ZKXA 1SIVA 3BUFA 3O9EA 3UDYA 3KDCA 5P0XA 3KA2A 1TW7A 3PLLA 4WY1A 2XYEA 2R8NA 3URIA 4J1KA 3TLHA 5P35A 5P0PA 1HVIA 5P7PA 3SM1A 5P4SA 5P27A 5P81A 5P1BA 2RENA 5P72A 5P82A 3EKTA 3PWWA 4U7VA 3OU4B 4YD7A 5P3EA 4GJ5A 1A8KA 3I6OA 2G26A 4TRZA 5P2BA 3SPKA 4CPUA 4DPFA 3INFA 5P0ZA 1XE5A 3OXVA 1MEUA 1EAGA 5P0YA 4QJ7A 1GNNA 5E5KA 3T3CA 2WJOA 4Y5BA 2AODA 1LS5A 1EPRE 1K2BA 1KZKA 3CYXA 4ER4E 3DCKA 3Q5HA 3O9DA 5P11A 2AOJA 5P41A 2IGYA 3IVHA 2AOEA 5OZIA 4GJ8A 5P5LA 4J0TA 5OZPA 1RPIA 3NLSA 5P2FA 3PWMA 4Y4TA 1LEEA 5AHBA 4MC1A 2V00A 4HEGA 1GVTA 5P3LA 3QBHA 5APRE 2QU2A 3WZ8A 1FIVA 5P2OA 3HBOA 2ZYEA 1VIJA 5C9BA 2QI0A 4KE1A 5ISKA 4F75A 2P8HA 3EL5A 5P5EA 3R4BA 4D83A 1DPJA 3ZKNA 5F00A 1D4KA 5P5OA 1T7IA 5ENMA 3D91A 5HU1A 1FQ6A 2I4XA 3SA5A 5P53A 4BEKA 4RVJA 3LIXA 3L58A 3L5CA 5P5XA 2I4DA 5ISJA 2PQZA 3G72A 1CZIE 5P5UA 2IRZA 4XKXA 4ZEAA 5P01A 3O9AA 4FGXA 4GZFA 5P4TA 3LIVA 4Y35A 5P3OA 5P5IA 1MTBA 4L7GA 4NJUA 5P8KA 2F3EA 4Y37A 3KDBA 2WEBA 3O99A 3OU3A 2FDDA 2UPJA 4PEPA 3LZVA 4N00A 3VSWA 4GJDA 6APRE 5P3YA 5DGWA 1LYWB 5P0WA 2JYSA 4GB2A 5P3ZA 2WKZA 2BB9A 3VSXA 5P4ZA 1IVQA 1LYBA 5P0VA 5JFPA 4YD6A 1FQ7A 4Y47A 1META 1UPJA 1SP5A 2J9KA 1ODXA 3K4VA 4EHCA 3R0YA 1HPVA 3PSYA 1WKRA 4Y5KA 4OBHA 4Y4WA 4FAEA 5HDUA 3LHGA 3OQDA 1W5YA 4Y38A 5OZMA 3ZPSA 5AH8A 5P2SA 2QZKA 4EQ0A 5KR2A 3SABA 5P3VA 3LPJA 4PZXA 3QS1A 5OZWA 3FIVA 2AZ8A 4I8WA 4FSLA 2F8GA 4D89A 5P3IA 3OADA 2P3BA 2QI5A 2JJJA 1EC3A 1E81E 4COEA 4YBFA 1B6LA 4L1AB 5P28A 5P1HA 5B18A 2I1AA 4APRE 5OZ7A 5P22A 3DV5A 4CKUA 5P1EA 1DAZC 2QZWA 1K6VA 5E5JA 4OD9A 3VFAA 5P77A 5P48A 5P3QA 1HWRA 2PMAA 3EL4A 2ZJLA 3A2OA 5P1FA 2QZLA 3VCMA 5I3XA 1LV1A 3C9XA 3QROA 4CPTA 5KR1A 5HVPA 4Y3YA 3EMYA 3BXRA 5ENKA 4MC9A 5P46A 1HPSA 4Y3QA 4GMIA 5P06A 4DQEA 3PM4A 2VA5A 3PHVA 4XX3A 5P3MA 5P4FA 3UHLA 5P59A 2IKOA 3LPIA 4RLDA 4DQGA 2RMPA 4IVSA 3L3AA 4Y5NA 3KF0A 5P31A 5SZ9A 2OHMA 4LL3A 5P5VA 3T6IA 1YTIA 5P6UA 5P24A 4RCFA 2G69A 3OUDA 1XDHA 4GJCA 3Q3TA 3TPLA 3OWNA 4DQCA 5DR8A 2NR6A 1F7AA 2O4PA 5BS4A 2ZHVA 4DJUA 5P5MA 4OBGA 1M4HA 2B60A 5P3GA 3PMUA 2OHUA 3S2OA 3UQWA 3INHA 3O9LA 2QI3A 3L5BA 1HEGE 1W5WA 1OHRA 5P2DA 3SQFA 3OGQA 5P6JA 4Y50A 5TOLA 2OHKA 4CPSA 3MSKA 5P47A 3MWSA 4MC2A 5OZ5A 5P45A 3OXXA 4K8SA 5EZZA 3L38A 4D8CA 1ZPKA 5P1MA 2ANLA 3OY4A 2QP8A 1KJHA 3NWXA 3KYRA 5OZAA 5P1PA 5P5WA 3O9LB 3RTMA 5P85A 4YD5A 3QBFA 2WL0A 5P1QA 5P7QA 2A1EA 5P4AA 2QNQA 2ASIA 5OZQA 5P2MA 4Y3PA 4QJ9A 5P3CA 5HU0A 2WEDA 2AZBA 1C6XA 5P4RA 4QJ2A 4Q1NA 1PPME 5P70A 5P03A 4A4QA 1D4HA 1B6KA 1EPNE 2Z54A 2G1SA 3PB5A 5OZCA 5P88A 3R1GB 5P5ZA 3K5FA 4RRSA 5P73A 4LAPA 3EXOA 5P5CA 5COKA 5P7BA 3ECGA 3SA4A 1FG6C 1SH9A 5P7YA 2BBBA 5P7LA 1K6CA 3OUAA 4Y4ZA 2HPEA 2ZHUA 4OBDA 3H0BA 2ZDZA 3L59A 4FE6A 5P0RA 4RGHA 5HDVA 8HVPA 1HTRB 5IVTA 4ZSQA 5OZFA 5P80A 5SXNA 3O9CA 1K1TA 5P3RA 2ZHTA 2PWCA 5P08A 1IVPA 1OEXA 5KOQA 2G21A 4LHHA 4YCYA 5P5NA 4J1FA 4DJYA 4Y41A 4X7IA 1BILA 1B5FA 1F34A 2BPVA 4Y5AA 3FV3A 5P36A 3K5DA 4DH6A 3NU6A 5P52A 5P2YA 3O9HA 5P0IA 5OZ9A 5P2AA 5P7SA 5KQYA 3PBDA 3DOXA 4EXGA 1NH0A 7UPJA 3T11A 1BBSA 3K5CA 4OC6A 5COOA 3UFLA 3NXNA 4F74A 4J1IA 2VNNA 5P5JA 4Y4DA 5P2JA 5OZ8A 3OHFA 4J0ZA 5P0HA 1NPVA 3VUCA 2FNSA 3KMYA 5P4VA 5P8HA 4ZE6A 2AVOA 1EC0A 5P3BA 4QLHA 3G6ZA 2CEMA 5P0SA 5P8OA 2BQVA 3KM4A 3OOTA 2QI7A 2B7ZA 2G24A 1FKNA 1IBQA 5HDZA 3QRMA 4Z50A 5P1UA 5OZ6A 1K6TA 3N4LA 1HVHA 1T6GA 2RKFA 4DI2A 5DGUA 2I0AA 5P6XA 3B7VA 5OZUA 3QIHA 4B1CA 2VJ6A 3MSLA 3OU1B 1LYAA 2Q15A 1HIHA 3OQFA 2QHZA 1QBRA 1AXAA 5KR0A 2RSPA 4FSEA 4LBTA 2F81A 5P2HA 1D4YA 2OHPA 3ER5E 3SFCA 1HBVA 2FIVA 4GJ6A 5AH6A 3NU5A 1HIIA 5HE5A 3SLZA 3DJKA 5P37A 1VIKA 5P4DA 4Y58A 3RVIA 1EC1A 4J1EA 2PSUA 3EKPA 5P5YA 2ER6E 5P0TA 5OZGA 5F01A 1W5XA 2NPHA 5DQCA 3BGBA 3OHHA 4QJ6A 4CPRA 1QBSA 3CKRA 3D1ZA 1SMRA 5IS4A 2HPFA 5DQ5A 5P7EA 3N3IA 2R38A 2AOIA 2VNMA 3PWRA 5KQFA 1FFFC 2APRA 5P7OA 5P6VA 3EC0A 5OYUA 5P25A 1K1UA 3LIQA 3BVBA 3JVWA 2XFKA 5P7XA 1AVFA 3NSHA 2G94A 3QN8A 5OZDA 2FXEA 5AH7A 4L7JA 1QBUA 3Q70A 4EYRA 3IVIA 1AZ5A 2V12C 4CPXA 1TCXA 2PSVA 4RYCA 1IZHA 5P2CA 5OZVA 2G27A 3UDJA 4JECA 3TOHA 2NNKA 5OZOA 1K2CA 1BIMA 1D4IA 2HM1A 3ZKSA 3EBZA 4DV9A 4R5NA 5KAOA 4K4RA 3T7QA 5P5KA 4FAFA 4DQBA 5FIVA 1YTJA 5P8TA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DP5 A;  3DCR A;  3OK9 A;  4M8Y A;  1A9M A;  4Y45 A;  5P3P A;  4I0F A;  4FM7 A;  4MC6 A;  3HVP A;  4CMS A;  2ZE1 A;  1EPP E;  2P3D A;  3GGX A;  1ODW A;  4JPC A;  3VLA A;  3ZKM A;  3I8W A;  5P2L A;  1LYW A;  5AHC A;  4PPH A;  1HXW A;  3EKQ A;  1BDR A;  1GVU A;  3NUJ A;  5P8S A;  3MXD A;  3KFS A;  5P4J A;  4FRI A;  3NU4 A;  5P2N A;  5OYX A;  4YD3 A;  4I1C A;  4HDF A;  1Z1H A;  1APV E;  3GI5 A;  5P6S A;  3QVI A;  3OAG B;  3OUC A;  2XFJ A;  4DUS A;  4J5J A;  1W6H A;  5P61 A;  2QD8 A;  1BXQ A;  4I0G A;  5P8F A;  3FNS A;  5OZB A;  4UPJ A;  3GI4 A;  3LZS A;  5BRY A;  5PEP A;  4FIV A;  3ZMG A;  5P6Y A;  3IAW A;  3D1X A;  5P00 A;  3KDD A;  4J55 A;  5P16 A;  4YOA A;  5HTZ A;  3LIZ A;  1MES A;  3PMY A;  5P6N A;  5IVR A;  3UDR A;  1ZBG A;  1KJG A;  3GGU A;  3VYD A;  4A6C A;  5P2E A;  5DPZ A;  3L5F A;  4YA8 A;  2WF1 A;  2NXM A;  1G2K A;  5P4K A;  2QAK A;  3K4V C;  4L1A A;  5P1A A;  2AOG A;  5P6Z A;  3TPJ A;  3PI0 A;  4ZSP A;  1A8G A;  2MIP A;  5P65 A;  1E82 E;  1EBK C;  1QRP E;  4I0D A;  2B8V A;  4KB9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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