5P0YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 81
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0yA01
3GGAA 4HDFA 4B1EA 3O99A 3DCKA 5P3FA 5P5UA 3EL5A 4DJQA 5KAOA 4Y4TA 1FQ6A 2FDEA 1ZSRA 2ZJNA 5OYXA 3PM4A 1HPXA 3VFBA 4AZYA 4EJLA 4WY1A 2QZXA 3WZ6A 4QJ9A 3ZPUA 5P3GA 3R1GB 1YM2A 3EKYA 5P0UA 1B6MA 1B6LA 5P87A 5P2BA 3NDUA 1AAQA 3EKPA 5P2HA 3OQAA 5F01A 1MRWA 3Q70A 5JFPA 3RTNA 1GNOA 5P3YA 4YD3A 3VV7A 3SPKA 1FQ4A 3ZPSA 4OC6B 3LPIA 4EQJA 5AH7A 1EC0A 4QJAA 4LBTA 3MSLA 3UFNA 4Y6MA 4DI2A 5P3RA 5P3VA 3FNTA 5OZDA 5P68A 5P8SA 2Z4OA 3BHEA 3L58A 5P7KA 1ZJ7A 3ZL7A 5P16A 1QDMA 5DGWA 3RSVA 4CPXA 5P5LA 2VS2A 2FLEA 4LC7A 4Y4DA 5P19A 4Y48A 5P73A 1G6LA 1BXOA 2P3BA 1IDBA 2OHSA 5OYVA 5P7CA 4I0EA 5DR1A 1ZLFA 1C6ZA 5P5GA 2QHCA 4KE0A 3UQPA 1NPVA 1HPSA 4U7QA 4DFGA 2QU3A 1PPKE 3CYWA 1SMEA 2R8NA 4ER4E 2VIZA 2FGVA 3WB5A 5P1KA 3UDMA 5P3WA 3PLDA 1IIQA 2ZHRA 3U7SA 4Y56A 4GJCA 5P55A 4FS4A 3MXDA 2PQZA 5HDUA 4D88A 3UPJA 4F75A 2UY0A 2QI5A 1W5XA 1ER8E 5P05A 1APTE 1F7AA 3KFRA 3WSJA 3EM4A 4DJRA 2CENA 2NXLA 1NSOA 3N4LA 3S56A 4HA5A 4YDFA 1HSHA 5COPA 2ZJHA 1ODWA 2IKOA 5P6BA 1SBGA 2O4SA 5P0AA 3TL9A 5P2KA 4MC2A 1C6YA 5P4HA 3R4BA 5P7LA 3S53A 3OU4B 5AH9A 3VG1A 4OD9B 2J9KA 5P2XA 5ENKA 5P84A 1D4HA 1M4HA 3TOFA 4ZPEA 2Q63A 3OY4A 2VKMA 4XKXA 2ZJMA 5P8UA 1DAZC 5P4SA 5P0QA 2G94A 4X2LA 4CPWA 5P8RA 1D4LA 1MPPA 5IVSA 5P2WA 2UXZA 3O9FA 1BWAA 5P5AA 2ZHSA 1LF2A 2HPFA 2HAHA 3IGBA 4PPHA 1SH9A 1MT8A 5P18A 5P62A 5P7UA 1FQ8A 3QAAA 4I12A 4L1AA 1CPIA 4HLAA 4YD4A 1IZHA 3NWXA 5HDXA 2J9JB 5P15A 5P5EA 3IN3A 3OXVA 1YTHA 5P25A 3OUDA 2AVOA 1U8GA 5I70A 5OZTA 8HVPA 4B1DA 5P1GA 2QI1A 3SA4A 5P4OA 5P8AA 3K4VC 3KDCA 2AZ8A 5P2OA 3ZLQA 4I1CA 3VF3A 3OAGA 3ZKIA 1RQ9A 4B05A 3PCWA 3SKFA 5COOA 3HZCA 2HS1A 2QNPA 5P3EA 3EKTA 4HDPA 1BIMA 4RLDA 4YCTA 4XX3A 1EC2A 3UQRA 4OBFA 4JP9A 3RVIA 5DQ5A 4Y3XA 5E5KA 3TPLA 3D1XA 3LZUA 4Y3QA 5OZUA 2AZCA 2WEBA 5P46A 4R8YA 1PSOE 3DM6A 5P6WA 5P1RA 5P1EA 4R92A 5P70A 1D4IA 3OUAA 5P6XA 2BPZA 5OZIA 2XYEA 4Z50A 3S43A 4DQFA 5P81A 2A1EA 2AVVA 2ZJLA 2ER9E 5P1NA 4PHVA 5P48A 5P0MA 3TKWA 3UTLA 2OHQA 1FQXA 1MERA 5HCOA 1W5VA 5P4LA 3URJA 4Y51A 3OOTA 1A8GA 5P31A 4PZXA 1OEWA 3UQWA 2B42A 3IXKA 4HDBA 5OZ9A 5CLMA 1YG9A 3CICA 5P4IA 1WKRA 4HE9A 5OZ8A 3BGBA 4Y4AA 4K9HA 1EAGA 2AIDA 5OYZA 4LXAA 5OZGA 3QRMA 5P7EA 1FLHA 2QAKA 1KJ4A 2V13A 5AHCA 1UH9A 2PH8A 5OZ6A 3GI6A 3FKTA 4I0GA 5P1QA 3GI4A 3NDWA 5OZ0A 4DVFA 2HB4A 5OZ7A 2PWRA 5KQYA 4DJOA 5P08A 1IVPA 1FEJC 4J1CA 1IBQA 4B77A 5OZOA 5P0KA 5P1LA 5P0OA 4LXKA 1HIIA 4R95A 5OZXA 3OXXA 3VSXA 4OBDA 5P7BA 4MC9A 1KJGA 4GIDA 3NU3A 1WBMA 5DQ2A 5P1DA 1G2KA 4FSEA 2WJOA 3C9XA 1HSGA 3R0YA 2QI4A 2V00A 4BFBA 3DUYA 3HBOA 5P6PA 4A4QA 3UDYA 1B5FB 3SFCA 1FFIC 3S7MA 3BVBA 1IZDA 5ER1E 5P3AA 5P1IA 3SM1A 2WEAA 4GJ6A 2IGXA 5P4CA 5P50A 3URIA 1EBKC 1HVLA 2WL0A 3OU3A 4J1IA 2IRZA 3INFA 3RTMA 1HWRA 5SZ9A 2O4NA 1MVPA 3LPJA 1XN3A 1AXAA 5P5IA 1FIVA 5P4VA 4ZIPA 5P3LA 3OADB 2P83A 2PC0A 2IS0A 5P4MA 1FB7A 3OGPA 5DQ4A 4YDGA 3H5BA 1MSMA 4RYGA 5P7IA 3OQKA 5P2ZA 5P3BA 4A6CA 2NXMA 2BPWA 4I0ZA 5OYTA 2OHNA 4RRNA 3QRSA 3UDPA 5P3QA 3EL9A 1XN2A 5P26A 5P8EA 3Q4BA 5AH8A 4Y5PA 4A6BA 2G1RA 4Y3GA 5ENMA 4DPFA 5P3ZA 5P3TA 5P7RA 4GJDA 1FG8C 2G26A 2AOCA 3PMYA 2FXEA 5P5DA 2AOEA 4S1GA 5OYRA 4I8ZA 2F3EA 5P3KA 4J0PA 1HTGA 5COKA 4NJVA 2NNKA 4R5NA 5OYYA 2APRA 4Y4WA 5P75A 2FMBA 4LAPA 2P3DA 3KFSA 1HEGE 4Z4XA 3LINA 1MRXA 3U6AA 3APRE 5JODA 2OHTA 2XFKA 3KFNA 1EEDP 2Q55A 3EL4A 4RGHA 3KT2A 4CPUA 4KE1A 3BRAA 3HLOA 1BDQA 1AZ5A 5HU1A 2OHRA 2NMZA 2AQUA 2ZHTA 5OYWA 5P7MA 3HVGA 4OC6A 5OZ2A 3VV8A 5P38A 3QVCA 4Y3FA 4DQHA 1SIVA 2ZJKA 5KOQA 3UDKA 5HTZA 1JLDA 4BFDA 4KUPA 3UF3A 4Y9WA 5P29A 1HVHA 2I4XA 4Y3ZA 4YD7A 4BEKA 4MC1A 2QHYA 3Q5HA 5P1TA 2R3WA 1TSUA 4Y5KA 1T7JA 1DIFA 3JVYA 1LYWB 2RSPA 5P43A 4CMSA 4LP9A 4FAFA 3L5EA 1C6XA 2I4DA 4Y5BA 4EYRA 3NXNA 1M0BA 4DV9A 3SA7A 1K1UA 3OUCA 3PWMA 1W51A 1A9MA 2BJUA 3INDA 4AA8A 1LEEA 3PCZA 4Y37A 1BVGA 3UQUA 3VF5A 4TVGA 4YD6A 1W50A 2WF2A 2AOHA 1BAIA 2A4FA 2WF0A 3TKGA 4Y3EA 1FKNA 1KJFA 3DV1A 4J1KA 1XL5A 5P7ZA 4E43A 1K6TA 4Y39A 3OGQA 5APRE 5P1FA 5P2FA 3FIVA 5P6ZA 4Y5EA 4FRJA 4J0TA 3NXEA 3HVPA 2JJJA 4GYEA 2QNNA 3DK1A 3CYXA 3O9IA 5UPJA 4AMTA 5P32A 4EPJA 2G1SA 5SXNA 4OD9A 5P7DA 1K2CA 4KB9A 3LITA 3O9HA 5P2MA 1MUIA 3QS1A 4TVHA 2FNSA 3OQ7A 4FSLA 4CPSA 2WKZA 3GI0A 5P20A 3S2OA 5ISJA 1HXBA 4Y4XA 3S85A 5EZXA 5P2JA 4HVPA 4TRWA 5P1OA 5OZLA 4B1CA 4ER2E 5P1VA 5P8NA 5IVTA 4Y47A 3F9QA 1FMBA 2BQVA 1QRPE 3EXOA 3Q3TA 4DJUA 3DV5A 3BXSA 2FDDA 1ZP8A 5P2IA 3UDRA 2XYFA 1ODYA 1HVKA 5KQFA 4I0IA 5I3VA 3PI0A 3T3CA 2P3CA 2J9JA 2V12C 5DR8A 4OBJA 5OZVA 1HSIA 1RNEA 4NKKA 5P34A 4RCEA 1FQ7A 5P4YA 3DOXA 5AHAA 4D89A 3BUFA 3S54A 1FF0C 4K8SA 2HC0A 3IVIA 5P7TA 3FNUA 3INHA 5P5YA 5OZQA 3LZSA 4Q1XA 4NJUA 1FQ5A 5KOSA 4Y3LA 5JG1A 3TLHA 5P88A 4Y45A 4DJXA 4Y57A 2F3FA 3D20A 2VIEA 5P14A 7HVPA 3S7LA 4LHHA 3L5BA 1BDLA 4ZSMA 1EPOE 4HEGA 3KN0A 5AGZA 2NR6A 3NYGA 4J55A 5OZ5A 1META 2OHLA 1DPJA 5OZHA 4YOBA 2R9BA 3ECGA 2G69A 4JOOA 3SA8A 1HVSA 4D83A 4CPTA 5P7YA 1HVJA 1RV7A 5P7JA 1D4JA 4Y3DA 5OZNA 3NU9A 4GJAA 4B78A 2JE4A 2RENA 3VV6A 2HB2A 3EBZA 3S8IA 5P5FA 2QMPA 3NSHA 5P7VA 5P2NA 5P3NA 1HIHA 2WF1A 1BXQA 5P0JA 2ZHUA 4FCOA 5P4JA 1MSNA 3PVKA 4EP2A 3D91A 3RTHA 5P5VA 4OBGA 1W5WA 3EKXA 4L7GA 5P7WA 5P0PA 5P0FA 4X7IA 5AHBA 2P3BB 3UDQA 5P37A 1J71A 1MT9A 3RSXA 4I10A 5OZ1A 3ST5A 4OBKA 2OHUA 4H1EA 2R5PA 2PYMA 4ZSQA 2ZYEA 4ZE6A 4Y4ZA 5P35A 2WECA 5J25A 4Y3AA 3K5CA 3ZOVA 1W6HA 3K4VA 4GZFA 3EKQA 5KQXA 5P3OA 4DJYA 5P0SA 2OF0A 3VF7A 4Y3WA 1EBYA 1EBZA 1T7KA 4LXMA 5PEPA 4F74A 1BWBA 2B8LA 4FL8A 3VLAA 4FAEA 3IA9A 5P7PA 4OBZB 2Q11A 1LYBA 1EBWA 5HCTA 3BUGA 4DUSA 2I0DA 2VIYA 3PJ6A 5SY3A 2NXDA 1IZIA 3S45A 1UH7A 5P2DA 1XL2A 3NU4A 1SGUA 2QZKA 1B5FA 1DW6C 1T6GA 5P8KA 2OAHA 4I11A 4Y5MA 5P5WA 4WTUA 2HIZA 4RRSA 4M8XA 4D8CA 5P5QA 1ZBGA 3CKTA 5P6EA 5P6UA 1AJVA 1HRNA 3QIHA 5P3DA 1UH8A 4MC6A 3EL1A 3SLZA 3OADA 1SIPA 3SA6A 4B72A 1VIKA 5P82A 5P24A 2AZ9A 4NPUA 2UPJA 2HM1A 1XE6A 3ZPTA 3IXJA 4R91A 4DJPA 5P6TA 3MSJA 2XFJA 1HOSA 3I25A 3O9LB 3L5FA 1HHPA 4ER1E 5P4BA 4YBFA 3D1ZA 2MIPA 5P0XA 2V16C 1HBVA 1A94A 1EPME 5IVQA 5P1SA 5P77A 3HW1A 2AVMA 5IS4A 4TRYA 4Y3TA 5P6NA 5BRYA 5P27A 3OUDB 4DH6A 3PGIA 5P5HA 2WEZA 4NPTA 4RVIA 5P8GA 1AIDA 2F80A 2BPYA 1HVIA 3EM3A 4Y4EA 2QCIA 1CZIE 1SDTA 2FGUA 3T7PA 1TQFA 4H3JA 5P1WA 1LYAB 3BVAA 5P6QA 2ASIA 3ER3E 1ODXA 1HIVA 1EC1A 4JPCA 3VFAA 3SABA 5P8BA 4J0VA 1D4SA 3L59A 3TPPA 2IQGA 1N49A 1B6JA 2PSGA 4Y3NA 4Y4BA 5P7AA 5P5RA 4EXHA 9HVPA 3CMSA 3LIVA 5P0EA 5P1YA 5P02A 4OBHA 5P5OA 2JXRA 1GNMA 4APEA 5P6JA 3ZKXA 5I3YA 3OU1A 2IL2A 5P53A 2R5QA 5TOLA 1UPJA 2O4LA 2R43A 3LNKA 1EPPE 3BXRA 4BELA 3URLA 1KJHA 3LHGA 5HVPA 4JPEA 3VLBA 2I4WA 2FNTA 2VJ6A 4GMIA 1PPLE 4Y4JA 5P6LA 3PSYA 2FS4A 5P30A 4B70A 3HAWA 3PBDA 4Y4GA 3O9AA 4RVJA 5OZ3A 4R93A 2I4QA 2R3TA 5P5BA 3VSWA 3RU1A 4XX4A 5P1MA 3T7XA 3LPKA 3I2LA 1FG6C 4LL3A 3ZKQA 2CEMA 1LYWA 4K4PA 4B00A 5P52A 1HVRA 2G22A 2CEJA 5P3UA 4FIVA 5P6HA 4ZPGA 2PMAA 1B6KA 5P2RA 2ZGAA 4M8YA 5P1CA 2ZDZA 5KQZA 1YT9A 4DQGA 5FIVA 3T6IA 2Q64A 1T6EX 2P4JA 5P59A 4APRE 3MSKA 1GVXA 3LZVA 1HTFA 3GGUA 5P5XA 1ZAPA 5P4XA 4Y5GA 5P2TA 4GJ9A 5P5TA 1IZEA 5P33A 3SAAA 1OD1A 5HD0A 3PSGA 2QI6A 3VCMA 4DPIA 4EXGA 5P7GA 5P2EA 3Q6YA 4PZWA 5C9DA 3HDKA 1ENTE 2I4VA 4RCFA 1MIQA 3L3AA 5DR4A 4Y3RA 4IVSA 3KA2A 3PRSA 3VUCA 4DQEA 5OZYA 2BKSA 5P3IA 2AODA 2VIJA 5P5MA 1A8KA 2PSVA 1LF3A 5DGUA 5P3JA 2JJIA 4Q1WA 2NPHA 3GI5A 4YE3A 4AA9A 3KMXA 5P6RA 1SDVA 3D1YA 3CKPA 1SP5A 5P22A 2V0ZC 1SGZA 4H3IA 6FIVA 3TPJA 2QU2A 5C9FA 4Z22A 4I0HA 2O4KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GGA A;  4HDF A;  4B1E A;  3O99 A;  3DCK A;  5P3F A;  5P5U A;  3EL5 A;  4DJQ A;  5KAO A;  4Y4T A;  1FQ6 A;  2FDE A;  1ZSR A;  2ZJN A;  5OYX A;  3PM4 A;  1HPX A;  3VFB A;  4AZY A;  4EJL A;  4WY1 A;  2QZX A;  3WZ6 A;  4QJ9 A;  3ZPU A;  5P3G A;  3R1G B;  1YM2 A;  3EKY A;  5P0U A;  1B6M A;  1B6L A;  5P87 A;  5P2B A;  3NDU A;  1AAQ A;  3EKP A;  5P2H A;  3OQA A;  5F01 A;  1MRW A;  3Q70 A;  5JFP A;  3RTN A;  1GNO A;  5P3Y A;  4YD3 A;  3VV7 A;  3SPK A;  1FQ4 A;  3ZPS A;  4OC6 B;  3LPI A;  4EQJ A;  5AH7 A;  1EC0 A;  4QJA A;  4LBT A;  3MSL A;  3UFN A;  4Y6M A;  4DI2 A;  5P3R A;  5P3V A;  3FNT A;  5OZD A;  5P68 A;  5P8S A;  2Z4O A;  3BHE A;  3L58 A;  5P7K A;  1ZJ7 A;  3ZL7 A;  5P16 A;  1QDM A;  5DGW A;  3RSV A;  4CPX A;  5P5L A;  2VS2 A;  2FLE A;  4LC7 A;  4Y4D A;  5P19 A;  4Y48 A;  5P73 A;  1G6L A;  1BXO A;  2P3B A;  1IDB A;  2OHS A;  5OYV A;  5P7C A;  4I0E A;  5DR1 A;  1ZLF A;  1C6Z A;  5P5G A;  2QHC A;  4KE0 A;  3UQP A;  1NPV A;  1HPS A;  4U7Q A;  4DFG A;  2QU3 A;  1PPK E;  3CYW A;  1SME A;  2R8N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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