5P0ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 82
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p0zA01
1XS7D 4KE1A 4RCDA 2XFIA 4Y5GA 1TCXA 5P31A 4F76A 3PEPA 3VF3A 1HSIA 4CPSA 3K4VA 5P20A 4EJDA 2VIJA 4IVTA 3NSHA 5P6EA 3S54A 3SABA 1ZAPA 4Z22A 4LXAA 3S53A 4ZEAA 4DPIA 4DFGA 2G1RA 2WEDA 3HAUA 3BUGA 3TLHA 5SZ9A 3Q4BA 4LP9A 3IAWA 1HOSA 1FFFC 4U7QA 1K1TA 3OXCA 1AM5A 5P5FA 4PZWA 5P5BA 2P83A 1W5YA 3EM3A 5P0PA 1BWAA 1HEFE 3BUHA 5P3LA 3QRMA 2P3AA 5P02A 3PHVA 5P6TA 2OF0A 5TOLA 4Y3XA 4B05A 2VKMA 5P41A 4Q1XA 5OYZA 3A2OA 2WEBA 1YTHA 5P6ZA 3ZKQA 1FQ4A 3SA6A 1W6IA 5P8OA 1YTGA 4Y5MA 3GGUA 4J5JA 2IGYA 3CKPA 1A9MA 2P8HA 5P8AA 4ZSQA 5P3SA 5P76A 1D4SA 5P0OA 4Y9WA 5P0GA 2I4WA 5P1CA 2FIVA 3OU4B 4Y5AA 1EC3A 4Y4BA 1ER8E 5P64A 2V0ZC 4F73A 3PMYA 3OQ7A 3L5BA 2AOFA 3KFRA 4OBJA 5ISJA 1W5XA 1BDRA 3SA4A 5P8RA 3RSVA 3EL0A 5P6KA 1K6CA 4ACUA 3MSKA 1FKNA 4KB9A 1BAIA 2XYFA 3VV8A 2QNNA 5P7VA 4HLAA 4AA9A 4HEGA 3FKTA 2QMFA 2BPVA 5P5AA 2ZHTA 4R8YA 2VA6A 3OXVA 5P06A 5P81A 2RSPA 4FRKA 4NJTA 5DQ1A 3OQKA 4KE0A 3U7SA 1OEXA 2SAMA 3HLOA 2V13A 5P1XA 2FNSA 4Y5LA 5P2YA 5P7HA 4YBIA 2I0DA 5P07A 3O9CA 3FSMA 3VLAA 2AIDA 3IXKA 1MEUA 6FIVA 3INEA 2BBBA 4J17A 5OZ1A 2AOGA 3OGPA 2ER9E 3SAAA 3G70A 5P0QA 4RGHA 4APRE 4COEA 3OQFA 5P1SA 3TPLA 3OUCA 3LHGA 3SA8A 1BIMA 4F74A 2B7FA 5P6DA 4GZFA 5OZ3A 3Q5HA 3LNKA 4FRIA 5BS4A 3I7EA 4TRZA 1FQ8A 3OXXA 1LF3A 5P8VA 5DR0A 3QS1A 4FL8A 5JG1A 1WBKA 1TSUA 3OU1B 2BPXA 4BFBA 3S43A 4B1CA 3KDCA 5P1HA 5P3OA 2B8LA 4YOAA 5P4GA 5PEPA 8HVPA 5IS4A 3EL1A 5P8KA 3UTLA 3BGBA 4LAPA 1HPOA 2QZLA 4DI2A 2V12C 2AZ9A 2WEAA 2ZJMA 1KJFA 5SY2A 4Y4AA 5HE7A 1GVWA 5BWYA 4HE9A 2QU2A 5P5SA 5P2ZA 5P3QA 1ODYA 5C9FA 5P32A 4J0PA 1M0BA 5P5XA 3UQPA 2IDWA 3RVIA 3NWQA 1MPPA 5OZ0A 2UXZA 1KJ4A 4TRYA 5P4SA 4CPQA 1A8KA 2EWYA 5P8UA 1APUE 3IA9A 1D4KA 1ODWA 2PYNA 1MSNA 4EXHA 1QDMA 1ZSRA 3PCWA 5CONA 2OHUA 1OEWA 4RZ1A 5P1LA 5P44A 5P4UA 5KQZA 1QBTA 1W5VA 1YTJA 3S7LA 2RMPA 3UDNA 2APRA 3TNEA 3K1WA 4U8WA 5P5KA 2VS2A 3FV3A 3O9DA 4OC6A 5HE5A 3S8IA 5P2KA 5P7XA 3D91A 4Y3HA 1QBUA 3KT2A 5P5DA 3UDMA 1NSOA 5P5CA 5P5RA 5P6VA 2NR6A 4YE3A 2IS0A 5P3FA 2F81A 2WF4A 5P1NA 2BJUA 2G94A 2PMAA 5AH8A 5P7JA 2P3BA 2QD8A 5COKA 3PJ6A 2AOHA 4EP3A 5P88A 4FM6A 3S56A 2NXLA 1HWRA 2NMYA 1C6ZA 1AIDA 4Y45A 4FIVA 5P33A 4L7JA 5P5ZA 5P79A 2HIZA 3NDWA 4K4PA 2OHSA 3O9BA 5HCTA 5HD0A 3K4VC 1E5OE 5OZAA 5P8JA 5P6NA 1B5FA 2O4PA 4FAEA 5P14A 5OYVA 3KM4A 3DM6A 5J25A 9HVPA 3IVHA 3KYRA 4YA8A 4Y5NA 5P03A 2P4JA 2ER7E 5P7RA 3ZLQA 3PI5A 5P68A 3URIA 4JPCA 1BDLA 4N00A 5AHCA 1SIPA 5P2WA 2ZJHA 3PVKA 3U6AA 1QRPE 5P62A 5DGWA 4Y4DA 1LF4A 4RVJA 5P2RA 3PWWA 4X2LA 5CLMA 4Y43A 3EKQA 5P63A 5P6PA 3UFLA 5P69A 2QI7A 1IZIA 3HZCA 3DJKA 3PLLA 4XXSA 5P0JA 3UDHA 5KOSA 5KR2A 4K4RA 3ZKIA 3OADB 4FM7A 5P8FA 1YM4A 3ER3E 3UQUA 3PGIA 4YHQA 2QHZA 4WY6A 4B70A 5KQFA 1BVEA 4CPRA 2HB2A 2I4QA 3GI6A 2OAHA 3R1GB 5P5WA 1D4JA 5P4LA 3N3IA 2QP8A 1XDHA 5P7NA 4Y6MA 3QP0A 3K5FA 3R0YA 5P0FA 5P5PA 5KAOA 4LBTA 1KJ7A 1AAQA 2ZJNA 3S7MA 3BXRA 5FIVA 1D4IA 5P7WA 5P7UA 3ZMGA 2QHCA 2VIZA 5P8BA 3UHLA 1WKRA 2HM1A 3L3AA 3EL5A 4QJ7A 3Q3TA 4FSEA 1LYAA 1LZQA 3JW2A 3D1XA 4Y3TA 2I1AA 1SMRA 4BEKA 2QI5A 4HDPA 2XFJA 1FFIC 2G20A 3IVIA 1FLHA 4Y54A 3L5EA 3DUYA 4FSLA 3VYFA 5P28A 2Q64A 1FQ5A 2AVSA 4AZYA 3KDBA 3EXOA 2QZKA 1N49A 2OHLA 2JJJA 5OZCA 5P1PA 3NR6A 3PB5A 2P3CA 1EBWA 5P36A 4GJ5A 4CPXA 5P2QA 5P1ZA 1W50A 1C70A 4Y3DA 5P3YA 3BXSA 2O4SA 2QMGA 2ZYEA 2QZWA 5P65A 1YTIA 2VIYA 5HDUA 3VV6A 3URLA 2NPHA 5P4DA 2O4KA 3NU6A 4FRJA 4YCYA 2QD6A 1Z1HA 1HRNA 4AA8A 1U8GA 1G6LA 1HHPA 5OZTA 1FQ7A 4J1FA 1UH7A 5OZVA 1T3RA 2VA7A 3O9GA 3VSWA 2V11C 3LZYA 4QJAA 6APRE 2PQZA 2QU3A 5P42A 4XX4A 3WZ6A 5P24A 2F8GA 3UDRA 3SM2A 3ZOVA 5COPA 2NXDA 5OZKA 3MXEA 2IL2A 5P3UA 5P3HA 3PSUA 3CMSA 3RTNA 4D83A 1EC2A 1B6MA 4EJKA 4RYCA 1META 4NKKA 3VEUA 5P0DA 5IVRA 3APPA 4Z50A 3MSLA 4ZPEA 5P3XA 2AQUA 3VF7A 3SA3A 1A8GA 5P5VA 4Y4JA 5P30A 5P0RA 4YOBA 1HVCA 1T7KA 5P3NA 4RROA 5OZFA 2JXRA 3HAWA 4L7GA 1EPME 2HPFA 3OOTA 3TTPA 1CMSA 5OZGA 5P1UA 4Q1YA 1OHRA 4ZSPA 1E80E 2FDEA 5OYRA 3SA7A 5DR8A 2P3DA 1TCWA 3HD8A 3ZKMA 1SIVA 2G26A 3TOHA 5P0SA 5DQ2A 1HIHA 1DW6C 4Z4XA 3NDXA 4ER4E 5I3YA 4ZPFA 1K6PA 2QMPA 5P5EA 2O4LA 3O99A 5P67A 5P4KA 3URJA 1DP5A 1GNNA 1C6XA 3WSJA 5P5IA 3QVIA 4GJBA 4ZIPA 5P4BA 2AZBA 1HTEA 2AVMA 1W6HA 4DQHA 1QBRA 1E81E 2AOCA 5I3WA 1EPNE 2R3TA 1DMPA 1MESA 4DUSA 1TSQA 1UH9A 1DPJA 5P0NA 1IVPA 4Y58A 1K1UA 3G72A 1EBZA 4DH6A 5P6YA 2OHNA 3EC0A 4DVFA 3QRVA 5P8QA 5HU0A 3BRAA 5P2JA 5P3CA 2BQVA 5SY3A 3LINA 4Y5PA 2PH8A 3LIQA 3BVBA 1PSNA 1IZEA 3EMYA 5OZYA 2NNKA 4TVHA 4XX3A 5ENMA 5P4HA 3EM6A 5P7GA 1AJVA 1IDBA 5P0EA 3IGBA 3TH9A 3PBDA 1GNOA 5OZ4A 3INDA 3OHFA 1GVUA 3D1YA 1SDUA 5P61A 5P3KA 3CIBA 5P3BA 1MT9A 5P26A 1FEJC 3OXWA 4EHCA 3H0BA 1HVLA 5AH7A 4YCTA 3GI5A 3UCBA 2PK6A 4WY1A 5OZWA 3U71A 1KZKA 5P1WA 5OZRA 2XFKA 2HB4A 5P6JA 3CKTA 1B6JA 4CPWA 3UDYA 1HVSA 2FS4A 5P1VA 4OC6B 4GJ6A 1NPVA 2WF3A 5P0LA 4CKUA 5OYXA 1F7AA 2VIEA 2R43A 1CZIE 3Q70A 3UQWA 3QROA 3L59A 3LPKA 4TVGA 5HE4A 3LPIA 4DPFA 3OK9A 3IN3A 1Q9PA 2P3BB 5P2SA 5P4MA 1D4HA 5P6AA 5OZ6A 1ZPKA 5KQXA 1APVE 5HDZA 4K8SA 5P13A 5P25A 2R9BA 4Y39A 5P4ZA 1IBQA 5P0YA 5AH6A 5OYQA 1BV7A 1HVKA 2O4NA 5BRYA 3LPJA 4I0JA 5P50A 4YDFA 4DV9A 2WF2A 1PSAA 3SO9A 4DJUA 2PSVA 1B5FB 5P5NA 3DV5A 3WB4A 1B6PA 2G24A 2PWRA 3VFBA 3OQAA 5OZMA 5P2NA 2A4FA 3RSXA 5P2DA 5ER2E 2QI6A 2ANLA 5P5TA 2HC0A 4DJWA 5OZXA 3UQXA 3AIDA 2G69A 3L5CA 5KQYA 3M9FA 2QNPA 4ZSRA 5P8IA 5P1FA 4EP2A 5C9DA 4PYVA 1LS5A 4Y5CA 1YT9A 5P4FA 5P7IA 5P78A 1F34A 5P1TA 5JFUA 4I8ZA 4OD9A 1FIVA 5P8HA 1J71A 1AJXA 2JJIA 5DQ5A 4M8XA 2H6TA 4B1DA 1LEEA 4S1GA 1EC1A 5KR8A 2ZJJA 3OUDA 5P1IA 2PYMA 5IVSA 3PSGA 1MSMA 4QJ9A 5HTZA 5AHBA 3PMUA 2BB9A 3S2OA 5OZHA 4Y3RA 2ASIA 1HXWA 2ZJKA 2AVOA 3WZ8A 3NWXA 3RTMA 4EYRA 5P7OA 2OHRA 4TRWA 3BHEA 4Y35A 3N4LA 2PSGA 3SACA 4NJSA 2AZ8A 4DQFA 5P6QA 3PWMA 1MUIA 3INFA 4D88A 3O9IA 4JOOA 3TPPA 2QI4A 4QJ8A 3OU4A 3VCMA 5P5HA 4WTUA 4Q1NA 3GGVA 5HCOA 2I4VA 1EPRE 2CENA 3LIYA 4J1HA 5OZDA 2I0AA 1G0VA 1XL2A 2CEMA 3FNSA 4HVPA 2V00A 4NPUA 3VLBA 1RPIA 5IVQA 4J0TA 5P5QA 3KFPA 3EKVA 5P17A 1PPKE 1ZTZA 5P8EA 4MC9A 3ZKNA 3NYGA 1BXQA 4Y4TA 5P0XA 3BC4A 3UQRA 2BPWA 4Y50A 5ENKA 5HDXA 4ACXA 4J1EA 5OZ5A 3SLZA 5OZBA 4I1CA 2UY0A 1YG9A 3FIVA 5P3ZA 3OWNA 1WBMA 1LYBA 5P58A 5HDVA 7UPJA 5P7AA 4ZE6A 2R38A 4ER1E 2G1NA 2JYSA 3WB5A 1XN3A 1B6LA 2PH6A 2WEZA 3QBHA 3OHHA 1BBSA 4HDBA 2V10C 5P8MA 5AGZA 5P8DA 3B80A 2BPZA 1HXBA 4K9HA 2WKZA 2CEJA 1XN2A 5P1AA 2HPEA 2FXEA 1T7JA 5P6FA 4ZLSA 3HW1A 3R0WA 1VIJA 1HSGA 3QN8A 5P3GA 5P7CA 4KUPA 5P6RA 1XE6A 4Z2ZA 3INHA 3UPJA 3FX5A 4OBKA 5P2TA 5P4PA 4H3GA 2Q63A 4ER2E 4GB2A 5OZSA 2BPYA 3PRSA 3EM4A 5P0UA 2B60A 5P5JA 2WHHA 4Y3WA 3O9AA 5P49A 4Y56A 1T6EX 4R92A 4CP7A 5P4JA 4YD7A 4Y51A 1ZP8A 2OHTA 3TKGA 1VIKA 4Y3SA 1KJGA 5P48A 5IE1A 3OU1A 1IIQA 5P4TA 3K5CA 1HVHA 5P57A 4L1AA 2A1EA 3OTSA 1EBKC 5P0VA 3B7VA 5P7LA 1MT8A 2WF0A 5P6WA 3WZ7A 1XE5A 4ZPGA 3KFNA 6UPJA 5P8CA 5P0ZA 2AZCA 2IKUA 3JVWA 3I25A 3K5GA 5P0CA 4Y3FA 1EEDP 4Y3JA 3TPJA 3KMXA 3I2LA 4FAFA 4PZXA 1RNEA 3SA5A 4R91A 2VJ7A 4B72A 5P1GA 3O9HA 4H3FA 5P8GA 3T6IA 3GI4A 2VJ9A 4GYEA 4Y5EA 5P09A 2Q3KA 5P45A 1ZBGA 1MTRA 3R4BA 1DAZC 1TW7A 4FRSA 5P3DA 1RL8A 3VG1A 2R5QA 3CICA 4I0DA 5P00A 3HVGA 1BWBA 4DJVA 3LIZA 5P6CA 3SFCA 3ST5A 2F3EA 3O9LA 4Y4ZA 5P6OA 2ER0E 3O9FA 4Y48A 1EPQE 4EJLA 3QPJA 1MT7A 1ZJ7A 4RCFA 1FF0C 4OBFA 5P5UA 1TZSA 2PWCA 1FG6C 4RYGA 4JP9A 1RV7A 3KN0A 5P0IA 3QAAA 5P8NA 3PCZA 3HVPA 3TOFA 3ZKGA 3IN4A 5F00A 5DPZA 3QI1A 4CPUA 4HDFA 5P6XA 5P3JA 2J9JA 3L58A 5P2AA 1K6VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XS7 D;  4KE1 A;  4RCD A;  2XFI A;  4Y5G A;  1TCX A;  5P31 A;  4F76 A;  3PEP A;  3VF3 A;  1HSI A;  4CPS A;  3K4V A;  5P20 A;  4EJD A;  2VIJ A;  4IVT A;  3NSH A;  5P6E A;  3S54 A;  3SAB A;  1ZAP A;  4Z22 A;  4LXA A;  3S53 A;  4ZEA A;  4DPI A;  4DFG A;  2G1R A;  2WED A;  3HAU A;  3BUG A;  3TLH A;  5SZ9 A;  3Q4B A;  4LP9 A;  3IAW A;  1HOS A;  1FFF C;  4U7Q A;  1K1T A;  3OXC A;  1AM5 A;  5P5F A;  4PZW A;  5P5B A;  2P83 A;  1W5Y A;  3EM3 A;  5P0P A;  1BWA A;  1HEF E;  3BUH A;  5P3L A;  3QRM A;  2P3A A;  5P02 A;  3PHV A;  5P6T A;  2OF0 A;  5TOL A;  4Y3X A;  4B05 A;  2VKM A;  5P41 A;  4Q1X A;  5OYZ A;  3A2O A;  2WEB A;  1YTH A;  5P6Z A;  3ZKQ A;  1FQ4 A;  3SA6 A;  1W6I A;  5P8O A;  1YTG A;  4Y5M A;  3GGU A;  4J5J A;  2IGY A;  3CKP A;  1A9M A;  2P8H A;  5P8A A;  4ZSQ A;  5P3S A;  5P76 A;  1D4S A;  5P0O A;  4Y9W A;  5P0G A;  2I4W A;  5P1C A;  2FIV A;  3OU4 B;  4Y5A A;  1EC3 A;  4Y4B A;  1ER8 E;  5P64 A;  2V0Z C;  4F73 A;  3PMY A;  3OQ7 A;  3L5B A;  2AOF A;  3KFR A;  4OBJ A;  5ISJ A;  1W5X A;  1BDR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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