5P12A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 85
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p12A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p12A01
4CPTA 2WEZA 2R9BA 5SY2A 1FF0C 2PWRA 4Y3GA 2I4WA 5OZNA 4COEA 2XFJA 2IL2A 3S7MA 3SABA 4Q1WA 4X2LA 4I12A 3EKPA 3LPJA 5P4BA 1MIQA 3DOXA 5OZUA 2QI4A 2FGVA 3D91A 5F00A 3VG1A 1IDAA 5I3YA 1B5FB 2WECA 1HXBA 3EKYA 5P5XA 5P4WA 2QMGA 4NJSA 4XKXA 4J0VA 4DQEA 3MXEA 1YM2A 5P3RA 3CYXA 2ZHTA 3O99A 2WEBA 3KFPA 1KJ4A 2ZHSA 4Y58A 5EZZA 5P80A 5P72A 5P06A 3IXKA 1APVE 5EZXA 2QD6A 5KQYA 4J1KA 4GIDA 5P7ZA 3T3CA 4QJ7A 3PRSA 1LYWA 4Y3JA 5J25A 1F34A 4NPTA 5P5QA 3RU1A 3QP0A 3MSKA 3OUDB 4EP3A 2B7ZA 4GJ7A 5P7JA 4I0FA 2G1YA 5P7DA 1NH0A 5P4SA 1AM5A 5OZ3A 5P6EA 3UCBA 3TPPA 1K2BA 3PLDA 2ER7E 4YD6A 4LXAA 4L7HA 4I0DA 3UDKA 1ER8E 2IEOA 5P73A 1D4KA 4RVXA 1MTBA 5P7RA 2ZJIA 4Y48A 5P2LA 5P2EA 5P0LA 3NYGA 4F73A 4LP9A 1W51A 1MEUA 4EQ0A 3HD8A 3S53A 4I0ZA 4OD9A 3KDCA 5P2QA 5P24A 3VF5A 1AJXA 2B7FA 2QD7A 1T3RA 2F3EA 4Y3EA 5P0WA 4KB9A 5P34A 3PB5A 4ZEAA 4GZFA 1IZHA 5P1CA 4RVIA 2NTRA 2AOFA 5OZ2A 1BXOA 4APRE 5P2SA 5P85A 3UDQA 4ZSPA 3O9LA 5P6KA 1E81E 2ER9E 5P3LA 4PPHA 2ZJHA 3U71A 2J9JA 3F9QA 1EC3A 3OOTA 3VLBA 5HDZA 5OZDA 1AVFA 2BBBA 2FDEA 5P26A 3VFBA 4NJTA 1RL8A 3OU4A 4DPFA 5OZWA 5P0UA 5P4MA 1Z8CA 3PLLA 3TPLA 2P3CA 1TZSA 2NNKA 5P3DA 4ZPEA 2QMPA 3I25A 4ZSMA 5P41A 4GJBA 5OZKA 4FAEA 2Q3KA 2QNPA 4QJ6A 4DQBA 5OZHA 3SM1A 4JP9A 3ECGA 1JLDA 5HE5A 3ZKIA 4YD7A 3UFLA 1J71A 5P8IA 2FNTA 3QPJA 4YDFA 1KJHA 5P4HA 4R92A 1PPKE 5P1JA 3S43B 2P3DA 5P01A 1LF2A 5DR0A 1W5WA 4YD5A 3DCRA 5KQFA 5OZ4A 4Z4XA 2NNPA 3SA9A 5P5NA 5P7VA 4J0PA 1BDQA 5P1PA 2VJ7A 2NPHA 1PSOE 4PHVA 1E5OE 5P2NA 3JVWA 1A94A 5P8JA 5P00A 1HVIA 4K8SA 4U8WA 4H1EA 4J1IA 5BS4A 4YBIA 4J17A 1OD1A 4YA8A 4B77A 4YOBA 2V0ZC 3OADB 1QBTA 5P74A 5P6YA 4GJAA 5P8AA 3ZLQA 5P22A 4F74A 3KMYA 4BEKA 1E80E 5P3UA 5OZPA 5P2DA 4RRSA 5P14A 4OBGA 5HVPA 1MVPA 5AGZA 1FQ7A 4Y4TA 5P6OA 4WTUA 5P7GA 5P2RA 5P2WA 5APRE 4Y3RA 4RCFA 4J1CA 2G27A 2IDWA 1C6ZA 4DV9A 2HAHA 2RKGA 4OBZB 5P13A 4DJXA 1GNOA 1QBSA 3LZVA 3HDKA 2OAHA 2VIJA 1RPIA 1APTE 4TVHA 2O4NA 1TSUA 3TH9A 1VIJA 5P0SA 4KE0A 4MC2A 4L1AA 4Y47A 4H3GA 5P5GA 2V13A 3DV5A 1SDTA 4OBDA 3FX5A 1MT8A 5P4ZA 5AH9A 5OYWA 2SAMA 2JJJA 5OZRA 5P05A 5P5VA 1T7JA 1ODWA 4FE6A 2QU3A 3G72A 2XFIA 3T7PA 1MT7A 2ER0E 2CEJA 5P4IA 1XL5A 5P4GA 3EMYA 5P12A 1FLHA 1A8KA 2IRZA 1MPPA 5P0OA 4EXGA 5P5FA 4JECA 5P54A 5P6GA 1HVKA 1HVCA 5P3EA 3QRSA 1GKTA 5I3XA 5COPA 1AJVA 5P3JA 1EBZA 5P5KA 3SQFA 5OZGA 3QRMA 5P30A 4Y4EA 5P86A 2NXLA 3K4VA 1HTGA 5P69A 1W5VA 2PYNA 1FQ8A 4Q1XA 5DQ2A 5P0NA 4ZPFA 5P2UA 4Y4ZA 3QBFA 5KR1A 1W50A 3FNUA 3OUCA 1PPLE 3R1GB 3LPIA 4Y51A 5P6ZA 3TOGA 1WKRA 4B72A 3QAAA 1LF4A 3QROA 2OHTA 3WSJA 3VF7A 5P8BA 2AZ9A 2P3BA 1XL2A 5P6VA 3UDHA 1M43A 1ZSFA 1FG8C 1FMBA 4FRIA 3ZPTA 1YM4A 4JPEA 5P4PA 5P7UA 3BUGA 1LEEA 1HSHA 4YCTA 2Q15A 2PWCA 1HPXA 5PEPA 4M8XA 5AHBA 4B1CA 3LIQA 3APPA 4Y56A 5I3VA 1HIVA 1EBKC 5P4UA 1N49A 3LITA 3LZSA 5P62A 4RCEA 1LYWB 1A30A 4Y4BA 5P0BA 3NU6A 1T7IA 3DJKA 5P32A 1EPRE 5P5MA 3RTNA 5OZJA 2UXZA 2B8LA 5DR3A 5P0QA 1WBKA 5P1YA 2QCIA 4APEA 5P6AA 4Y3FA 1IIQA 3OU1B 1YTIA 4YBFA 2WKZA 2BKSA 5P3KA 3NUJA 1FIVA 1YX9A 1E82E 3T11A 4ZIPA 5KR2A 5P0KA 3LIYA 5ER2E 3PSUA 2NR6A 1XN3A 3SPKA 1YTJA 2VS2A 3LINA 3OQKA 2AZBA 4CPUA 2Q5KA 5HCOA 2P8HA 2G21A 5P7IA 3GGVA 5P2BA 5P2VA 3LIVA 5P11A 3PBZA 4KUPA 1MSNA 3I8WA 1QS8A 5P8RA 5P45A 1EC0A 4LXMA 5P7MA 4Y4DA 1G35A 1KJGA 3FSMA 5P0YA 1DPJA 1LS5A 2WEDA 1SBGA 5IE1A 1FGCC 4CPWA 4OBHA 4Y54A 4YD4A 5I3WA 5ER1E 2J9JB 4Q1YA 1UPJA 5P5TA 3S54A 5JG1A 1W6HA 3MSJA 5OYUA 5P2OA 5HD0A 4EHCA 5P8QA 4DJYA 2PK5A 5P5HA 2V16C 3D1ZA 4BELA 5P8VA 5KOSA 5P6LA 3EXOA 3NU4A 2BPYA 5P1GA 3EKQA 5DR8A 3CKPA 5P5PA 3S2OA 4HLAA 2VIYA 4YHQA 1PSAA 3R0WA 2NXMA 3TOFA 2PH8A 3K5DA 2OHNA 3GI6A 2QK5A 3PI5A 3EM3A 5P1ZA 2PK6A 1OEXA 1D4HA 3BXSA 3INEA 4Y5PA 5P07A 5P58A 6APRE 2R43A 2ZHRA 4Y4GA 5OZMA 5IVTA 3UPJA 5C9BA 5P1KA 4I0JA 4FRKA 4LHHA 4RYCA 5P6DA 1AIDA 3FNSA 5P39A 3VYDA 5KQXA 1SDUA 2ZYEA 2OHMA 4K4QA 1Z1RA 5OYTA 3KM4A 5HTZA 2PSVA 1CZIE 3H5BA 3B7VA 5P44A 2BJUA 3NWQA 3IXOA 4Q1NA 3T7XA 5P4DA 5AH8A 2WF1A 4OC6A 5AHAA 5JFPA 3DK1A 1HIIA 1EC1A 5P81A 4B78A 3KYRA 4DJRA 5P68A 2VA5A 1LYBB 2ZHUA 3D1XA 5HU1A 5OZBA 5OZ7A 5P3FA 4HDFA 3GI5A 3KFRA 5P8EA 2F8GA 2AVVA 1CPIA 5P1HA 4LBTA 5CLMA 3QI1A 2QZKA 2VIZA 2O4LA 1HTFA 3PGIA 1EBWA 5P08A 4YD3A 2QI1A 5P8SA 1ZSRA 4E43A 3L38A 5P40A 3UF3A 1C6YA 1SMEA 4OBFA 5I70A 5P3IA 1D4SA 3WZ6A 5DQ1A 1XS7D 4J0ZA 2J9KA 1PPME 5COKA 1G6LA 1C6XA 5OZQA 4FGXA 4GJCA 5OYRA 5P4AA 5P79A 1BDLA 5P5EA 2V00A 4FRSA 4CKUA 2ER6E 4Y5BA 3LZYA 3UQRA 3OAGB 1LF3A 3DM6A 1SDVA 3OHFA 3ZKSA 4U7QA 3URIA 4WY1A 5P64A 2HB2A 4LAPA 5P0DA 4I11A 4DJPA 3S85A 5KQZA 1K2CA 5T4SA 5FIVA 2I0AA 1IBQA 5P8UA 3PSYA 2ZJKA 9HVPA 1DP5A 3HAUA 3NDTA 2HPEA 4Y35A 2FDDA 5P6NA 2BPWA 2RSPA 3C9XA 4Y44A 3SKFA 3OWNA 2NMZA 5P8HA 3OXCA 1RV7A 4Y50A 2XYFA 3NXNA 5P84A 1MRXA 4TRYA 1EPNE 2AVMA 3KDDA 4PEPA 3ZKQA 4AMTA 5P16A 2HB3A 3OQAA 5OZOA 3EC0A 4Y57A 5P0TA 3HLOA 7HVPA 3CYWA 5SXNA 3PSGA 1ME6A 5P2CA 5P09A 1KZKA 3UHLA 3HBOA 1T6EX 2QHYA 2Z4OA 3OQFA 2R3TA 5DGUA 2HC0A 5P8LA 1ZAPA 4Y3SA 5P5LA 5P59A 2G94A 3O9IA 5P57A 2G20A 3VEUA 3DV1A 3SKGA 5P5WA 3TOHA 3LZUA 3BUFA 5P5JA 2ZJJA 2WF3A 3EL0A 4Y5KA 3CIBA 1QBRA 1LYAA 1QDMA 5P0IA 5P6MA 3H0BA 3SA7A 5OZ5A 2O4KA 3QBHA 1QRPE 2UY0A 1FQ6A 5JODA 3OU3A 4NJUA 2FS4A 1TCWA 1DAZC 1OHRA 4TRZA 1HVLA 4FRJA 5P2HA 3NR6A 4B1DA 4RVJA 4D89A 1K1TA 3NDWA 3S7LA 5P2JA 3ZMGA 3U6AA 1AZ5A 5P1VA 2FNSA 4GJDA 2RMPA 4DI2A 5IVRA 2R5PA 5P3ZA 4I8WA 2FXEA 3KA2A 4EJDA 3GI4A 5COOA 5P0GA 1FKNA 1FQXA 1UH9A 5DGWA 2G22A 4PYVA 3PCZA 3VV6A 5OZ1A 3VYFA 3GGUA 1GNMA 2OHKA 2BQVA 5OYXA 5F01A 2B8VA 7UPJA 3FIVA 1APWE 2AVSA 2PMAA 4ACXA 5E5KA 1IDBA 3LIXA 5P6HA 4DJVA 3ZKMA 5P4NA 3MWSA 4FL8A 4OBKA 2RKFA 2H6SA 2Z54A 3R0YA 1EPOE 4DQFA 2IKUA 3RSXA 4I10A 4H3IA 2BPXA 2WF2A 1HWRA 3S8IA 5P3OA 5BRYA 3URJA 5P3VA 1HPSA 4Y5GA 5P7PA 2FIVA 5DR4A 4Y3PA 2G1SA 5P60A 1HHPA 5P47A 1B6PA 5P7EA 3ZPUA 2O40A 5HCTA 2RENA 3BC4A 1ZJ7A 5P7KA 3OUDA 5P27A 3AIDA 2AIDA 4Y3YA 4X7IA 3OXVA 4XX4A 3T6IA 3UQWA 2QHCA 4Y6MA 5P4OA 1YTGA 4R95A 1BIMA 3R2FA 2VKMA 3KFSA 5IVSA 5P1FA 1PSNA 1K6TA 1A8GA 3NSHA 4Y3XA 3ST5A 5ISJA 5JFUA 3QRVA 4RROA 3QIHA 1MUIA 3BXRA 5P1RA 2OHSA 4B70A 4MC9A 4F76A 4GJ5A 3INHA 1EPPE 1AXAA 5P10A 1B6JA 2OHPA 4J1FA 4ZLSA 2ANLA 2G1RA 4Z22A 4LC7A 1K6PA 4YDGA 3URLA 5P8KA 2QAKA 1ODYA 1BBSA 1D4JA 3OY4A 2WF4A 5P3BA 1W5YA 4ER4E 1MRWA 1SMRA 5P3AA 4RLDA 5P1EA 3TKGA 3EBZA 5P1WA 4EQJA 3BGCA 4OC6B 3EL5A 3ER3E 3NU5A 4DQHA 3UFNA 3VCMA 4Y3LA 1CMSA 3BRAA 3PWMA 4GJ8A 3ZKXA 4NJVA 5P7HA 4EWOA 4R8YA 6FIVA 4I1CA 5P3HA 2R3WA 2HIZA 5AH6A 5DR7A 4PZWA 1TCXA 3S45A 5P3GA 3L5CA 1MSMA 3EM6A 5P3WA 2PSGA 3VSXA 4GJ9A 4FCOA 5P71A 5P6BA 2ZGAA 1NSOA 1DMPA 4AZYA 1HSGA 4CPXA 5P48A 4FSLA 5P20A 4RRNA 5P4QA 5HDXA 3UQXA 2VA6A 4EJKA 3BUHA 1XE6A 1HTEA 5OZLA 2FXDA 2WJOA 3ZKGA 1F7AA 5OYVA 1GVXA 2AQUA 1SP5A 3NDXA 2ZDZA 5P6CA 2I4QA 1SIPA 5P0CA 2HS2A 4B1EA 3TPJA 1ZLFA 5P8PA 3ZOVA 3N4LA 2ZJMA 4J5JA 5P5IA 1TSQA 5KOQA 3SLZA 3TLHA 3PJ6A 4ZSRA 5SZ9A 2FDPA 3Q5HA 5P3QA 2QI7A 5P1QA 3KT5A 3I6OA 3L5DA 2P3AA 2ZJLA 4EJLA 1IZIA 4OD9B 4FS4A 1FQ5A 5P3YA 1A9MA 4I8ZA 4JOOA 5P7SA 4ZSQA 2BB9A 2B60A 4U7VA 1ZPKA 3KT2A 2BPVA 4DJUA 3TPRA 5ENKA 4D88A 3CKRA 3RSVA 4ACUA 1FFFC 3O9LB 4Y4WA 3SA3A 5P56A 3LHGA 5OZVA 4FM6A 1G2KA 4OBZA 2XYEA 3HW1A 4CPRA 2IQGA 5P23A 3OU4B 3O9FA 1D4YA 2QNQA 2VIEA 3EL1A 2IGYA 5P2MA 1YT9A 3WB4A 1HOSA 2VNNA 5P8MA 3VFAA 3VYEA 5P1XA 5P7AA 3O9EA 3EKXA 3K5FA 2A4FA 3U7SA 2OHRA 1QBUA 5P6JA 2I1AA 4RGHA 4DQCA 3HAWA 5DQ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPT A;  2WEZ A;  2R9B A;  5SY2 A;  1FF0 C;  2PWR A;  4Y3G A;  2I4W A;  5OZN A;  4COE A;  2XFJ A;  2IL2 A;  3S7M A;  3SAB A;  4Q1W A;  4X2L A;  4I12 A;  3EKP A;  3LPJ A;  5P4B A;  1MIQ A;  3DOX A;  5OZU A;  2QI4 A;  2FGV A;  3D91 A;  5F00 A;  3VG1 A;  1IDA A;  5I3Y A;  1B5F B;  2WEC A;  1HXB A;  3EKY A;  5P5X A;  5P4W A;  2QMG A;  4NJS A;  4XKX A;  4J0V A;  4DQE A;  3MXE A;  1YM2 A;  5P3R A;  3CYX A;  2ZHT A;  3O99 A;  2WEB A;  3KFP A;  1KJ4 A;  2ZHS A;  4Y58 A;  5EZZ A;  5P80 A;  5P72 A;  5P06 A;  3IXK A;  1APV E;  5EZX A;  2QD6 A;  5KQY A;  4J1K A;  4GID A;  5P7Z A;  3T3C A;  4QJ7 A;  3PRS A;  1LYW A;  4Y3J A;  5J25 A;  1F34 A;  4NPT A;  5P5Q A;  3RU1 A;  3QP0 A;  3MSK A;  3OUD B;  4EP3 A;  2B7Z A;  4GJ7 A;  5P7J A;  4I0F A;  2G1Y A;  5P7D A;  1NH0 A;  5P4S A;  1AM5 A;  5OZ3 A;  5P6E A;  3UCB A;  3TPP A;  1K2B A;  3PLD A;  2ER7 E;  4YD6 A;  4LXA A;  4L7H A;  4I0D A;  3UDK A;  1ER8 E;  2IEO A;  5P73 A;  1D4K A;  4RVX A;  1MTB A;  5P7R A;  2ZJI A;  4Y48 A;  5P2L A;  5P2E A;  5P0L A;  3NYG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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