5P1AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 93
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1aA01
2HS1A 1NPWA 3G70A 4QJ6A 3ZKQA 5P8BA 5P62A 5P47A 1A94A 5P5XA 3SO9A 1FKNA 3QRMA 3T6IA 5P4DA 5P6EA 5OYVA 3D1XA 5P0MA 5P6HA 5P4RA 5KR0A 3WB4A 2VJ7A 5P5FA 3VF5A 3VSXA 4Y5PA 1MSMA 3EKYA 4J1EA 2ZJHA 1B6PA 1C6XA 4H3IA 4Y56A 3VUCA 4GMIA 3LPJA 4GIDA 3VSWA 2RKGA 1DIFA 4X7IA 5P8HA 5P1IA 5AHBA 5P27A 2PSGA 2RMPA 4DJXA 4ER2E 5P7EA 4D85A 5KR2A 3S45A 3BVBA 1QBRA 3SA7A 3SA3A 1CZIE 2MIPA 3QVIA 4Y48A 4Y4EA 5P1BA 1HIHA 5OZVA 5P3EA 4ER1E 3KT5A 5P2LA 3UPJA 3B80A 1E80E 5F01A 3BUHA 5P0GA 3VLAA 1ZP8A 3VYDA 1IZHA 3UDQA 3DV5A 3QBHA 5JODA 3BUGA 4F75A 4IVTA 5P4HA 5P0OA 4TRWA 3KDDA 5P10A 4K4PA 3FNSA 3L5FA 4MC9A 4B1DA 4FSEA 5P8TA 4PEPA 2AVVA 1PPLE 4EWOA 4ZSPA 5P2CA 5P43A 6APRE 5DPZA 3HW1A 3IXJA 2AOCA 1B5FA 3K5CA 2OHRA 5OYRA 5P1RA 3M9FA 1FQ4A 4BELA 4EXHA 4FGXA 1YTJA 5OZGA 5P3YA 5DGWA 1HXBA 5OZKA 3VYFA 4TRYA 1PROA 3IAWA 5HD0A 2O4SA 1AM5A 4Y3PA 5P3LA 5OZ5A 2OF0A 4ER4E 4L1AB 4J1KA 2OHLA 1EPPE 3BRAA 3EM4A 1T7KA 5P18A 5P8EA 5P3AA 1EEDP 5IVQA 3K5FA 5P5SA 3S8IA 4D88A 1UH8A 1APVE 3OQFA 4CP7A 3QIHA 5HE4A 1DMPA 1ZPAA 4AZYA 1F34A 5P13A 1AJVA 5P0CA 3TOGA 4DQEA 5P86A 5P49A 5P1UA 1EC0A 4OBHA 5P2OA 3KFNA 3IN3A 5P2ZA 3D91A 5P0DA 5OZHA 5P6CA 1FMBA 3KT2A 3T11A 2NMZA 5OYXA 2VJ9A 4X2LA 2ER6E 2VIYA 9HVPA 2G1YA 3EKXA 3CKPA 5AHCA 4LAPA 4OC6A 5P1OA 5P6SA 5P2SA 4YDFA 5P6XA 2R43A 3SM1A 1DW6C 3TPJA 3OUAA 5EZXA 4Y3ZA 4Y3GA 1BIMA 5P6AA 4I11A 2G24A 5P5NA 1F7AA 2Q3KA 1QDMA 3O9CA 2NXMA 4YCYA 5C9DA 2RENA 5P44A 2BPXA 1SMRA 5P00A 3ZKNA 4BEKA 4EP2A 1HTFA 1LF3A 5BS4A 2HS2A 5P2UA 2WJOA 5P81A 1BDQA 1ZBGA 1BBSA 5P25A 4JPCA 4Y3HA 2H6SA 3OQKA 3KYRA 5FIVA 3RSXA 5COPA 5P8AA 3QPJA 5P50A 1EPLE 3QRVA 1SDVA 4GB2A 1VIKA 5P2VA 4D83A 5KQXA 5P26A 5DQ2A 5OZAA 4CPTA 1RL8A 4FAFA 4I0HA 4DVFA 4Y3LA 1AJXA 3INDA 3OAGA 3O9FA 3HAWA 3IXOA 3F9QA 5P8KA 3TLHA 4I0IA 5P0LA 2FDEA 5OZ2A 3RTMA 3BHEA 3NDUA 2B8LA 3UDNA 3KFPA 4Y39A 1C70A 2SAMA 3SA5A 2B42A 2AZ8A 3NSHA 5IS4A 3D1YA 5P8NA 5P3UA 5P5DA 2I4DA 5P0AA 3UDMA 4Y3TA 2UY0A 2ER0E 3EM3A 4Y54A 5HDUA 5P4OA 3KM4A 5P2AA 3VYEA 3OU1A 1LV1A 4CPXA 4DJYA 1N49A 2Q55A 1KJ4A 4NPTA 3OOTA 4DJVA 5P2JA 3HD8A 3O9HA 4TVGA 5P8RA 2VNNA 4XX3A 3GI5A 5P3HA 4J5JA 4HZTA 4DQGA 2Q63A 4HDFA 3DM6A 2V00A 4DPIA 5P8QA 4KUPA 4J1CA 4B70A 3SA6A 3GI0A 5P1XA 5P34A 3NU6A 5P7IA 3GI4A 2I4QA 3OXWA 4CPSA 3A2OA 1Z1HA 1FFFC 4Y53A 2ER9E 1DP5A 4Y3EA 3OU4B 1PPKE 5T4SA 3WZ7A 4YBFA 1D4LA 3KDCA 3ZKGA 2I4UA 3VV6A 3GGAA 4AMTA 4HE9A 1ODXA 5P8GA 1IVQA 4Y45A 4HA5A 4K4RA 1HRNA 3OXCA 2AOFA 1IIQA 3TH9A 5P5CA 5P54A 4QLHA 4J17A 5OZ1A 2FLEA 4Q5MA 5OZ4A 2B60A 2V11C 3LIQA 3NR6A 5P29A 2NXDA 4B77A 5P6RA 2AOJA 5E5KA 3EMYA 6FIVA 5P24A 4R93A 5ISKA 5P6DA 3O9IA 5P33A 4YA8A 3GW5A 5DQ4A 2FXEA 4GJ7A 4Z4XA 3QP0A 5DQ1A 2P4JA 5P39A 4CPQA 5P05A 1A30A 5OZBA 2QNNA 1SBGA 2O40A 5P4AA 3TNEA 3NYGA 1ER8E 2QU3A 2HB2A 3QI1A 5P7UA 3VLBA 4Y4WA 2V13A 5P4FA 2VA7A 2XYFA 4Y5AA 5P1WA 2V12C 3OTSA 4RCEA 5HE7A 3KMXA 1FEJC 4HEGA 2F81A 2ZHVA 3TKGA 3UCBA 1UH9A 3LINA 1APWE 4HDPA 5P5BA 3VV8A 2I4WA 2F3EA 3OUBA 5CONA 4YOAA 4PPHA 5P6GA 5P8JA 4DFGA 5OZPA 4HDBA 1T6EX 3QS1A 5P0QA 3DCRA 3LZSA 1BDRA 4CPWA 1MESA 1LYWA 5ENKA 1ZTZA 1BVEA 5P16A 1YG9A 1LYBA 4Y3MA 1OD1A 2BQVA 4FAEA 2P3CA 5OZNA 2J9KA 3IN4A 3NU3A 5P67A 1C6ZA 1GVTA 3OADA 5P6FA 5P1EA 4H3JA 3BC4A 2WF1A 2IKOA 5ENMA 4Y36A 3LZUA 4ZSMA 1FMUA 2QI4A 1AXAA 2RKFA 5DR8A 1HSGA 5P89A 5IE1A 4QJ9A 3D1ZA 4EQ0A 3BUFA 2A1EA 1LYAA 1MRXA 3O99A 5P12A 4UPJA 2J9JA 4I0GA 3QAAA 1W6IA 5P53A 1IBQA 5P72A 4DQBA 2QAKA 4LBTA 3DK1A 4YBIA 4Y37A 5P65A 4EJ8A 4J1HA 5P8CA 5P7AA 3NU9A 1C6YA 3UQUA 1Z8CA 3NU5A 1APUE 1HEFE 2QNQA 5P0FA 5P82A 5P3WA 5HVPA 2V0ZC 2WEDA 3NWQA 4GJDA 3T7QA 1MT7A 2IENA 5OYUA 1ODYA 3TL9A 3RSVA 1TW7A 3WZ6A 4LL3A 4Y3NA 3JVWA 1KJGA 1HPXA 1QS8A 1D4JA 1LEEA 2OHUA 3APRE 5P4SA 2NTRA 3INFA 4I1CA 3ZPSA 2G26A 2ZHUA 1KZKA 5P3QA 1BILA 1APTE 4Y4TA 2BPZA 3APPA 3HBOA 5P3PA 1GNOA 4PZWA 5P5PA 5OZ0A 2JYSA 4I0ZA 1ME6A 4J0VA 4F73A 3D3TA 3EKWA 4J55A 3MWSA 5OZSA 2IL2A 2NR6A 5P06A 4DH6A 4R95A 5P5TA 1EC2A 2RSPA 1EBZA 4GJ9A 3KDBA 2PK6A 3PI5A 4XX4A 5P7WA 4Y4GA 4LP9A 4OD9A 5P5UA 4NJSA 2R8NA 4YE3A 3R0WA 1W5XA 3L5BA 4FL8A 1EC3A 5P7QA 4QJAA 3R4BA 4Y35A 1MUIA 1K2BA 5P6UA 4JPEA 3DV1A 4Y3FA 5P2MA 4B0QA 5P4QA 3BGCA 5P1MA 2P83A 5TOLA 1NH0A 3INEA 5DR0A 4FE6A 1ZLFA 1HVHA 4B1EA 5P6BA 4CMSA 5P1CA 3RU1A 2QMGA 4Y3XA 1HPSA 1DPJA 3LITA 5P85A 5P3SA 1FF0C 1GVUA 3EL4A 3T3CA 4Z50A 5P1JA 5P6KA 2G1OA 1W5YA 4EXGA 1QBSA 4APRE 2ZE1A 2I4VA 2VA6A 4DJRA 1EPNE 3MSJA 4Y4DA 5P51A 1LF4A 1KJ7A 1MTRA 1A8KA 5P3MA 3VF7A 1T7IA 5P3NA 4RVIA 2WL0A 3N4LA 5HTZA 4Y6MA 5P0PA 3S7MA 2CENA 4Y57A 4L1AA 2Q54A 5P40A 2NXLA 1VIJA 3OTYA 5P4UA 2QP8A 4D8CA 3SAAA 4FS4A 5P4IA 4I0FA 3ER5E 5P1AA 3KMYA 3NU4A 5P14A 5OZRA 5DR7A 1FG6C 4CPRA 5P7XA 3VFAA 4NJTA 4Y3DA 1FFIC 5P7KA 3ZL7A 2PQZA 3PCZA 5F00A 1SP5A 2BB9A 5P6IA 3Q4BA 5UPJA 3O9DA 4DQFA 7HVPA 4F76A 4MC2A 4LXKA 4Y4ZA 5P3XA 3PM4A 1DAZC 1EBKC 2ANLA 4TVHA 5HDZA 1E81E 5P3IA 4XXSA 5P2NA 4YD5A 5P4VA 1PPME 2VKMA 5P38A 1B6JA 3PWMA 2JE4A 3HZCA 4M8YA 3EKQA 3TTPA 1EBWA 3EKVA 5P48A 1XL2A 4ZIPA 5P42A 5P04A 5P3BA 4I12A 5I3WA 4RYGA 2V16C 5P88A 4KB9A 3KF0A 5P31A 2G1NA 4KE0A 5HCTA 2IRZA 1HXWA 3VV7A 4RLDA 2ER7E 5P4KA 3U6AA 2PH8A 3RTNA 5P8VA 1B5FB 3ZPUA 5B18A 3VCMA 3Q6YA 3EC0A 4FRJA 2AOEA 3OU3A 2O4PA 2R5PA 1GVVA 3CYWA 3PWRA 3NDWA 3VFBA 5P5KA 5KQYA 4Z22A 4Y3AA 1EBYA 4OBDA 5P0TA 5OYSA 2WF4A 4GJ6A 2Q5KA 1NSOA 1RPIA 5P8OA 4ZSQA 3INHA 2ZJIA 3FNUA 5OZJA 3URIA 1META 3MSKA 5P4PA 3SFCA 3PBZA 3OY4A 5P1SA 3N3IA 3TPRA 4YCKA 4PHVA 5P0RA 3NDXA 5P55A 5P6YA 5P1GA 3NXEA 1XN3A 1Z1RA 2Q64A 4Y3SA 1G2KA 1TSQA 4CKUA 4A6CA 5P75A 4H3FA 3SA8A 4DUSA 1SGZA 2PWCA 1BAIA 1PFZA 2F3KA 4COEA 3UQPA 3UTLA 2XFIA 5P73A 3TPPA 3DUYA 3S85A 4LXMA 3NXNA 2NNPA 3LZVA 2AVOA 5PEPA 3QN8A 5P87A 1BV7A 3SKFA 1WBMA 4GJ8A 4RRSA 4A4QA 5OZXA 3R0YA 4J1FA 1WKRA 4Q1WA 4HVPA 2XFKA 1RV7A 3H5BA 3OXXA 3PHVA 4OC6B 2QI3A 3PGIA 3UF3A 3FSMA 5P7DA 4Y58A 2PYNA 2I1AA 2OHTA 2UXZA 1B11A 4GJAA 4WY1A 5P0JA 4LXAA 4EQJA 1B6MA 5I3YA 5KOQA 2QU2A 1K6TA 1NPVA 4F74A 5P6TA 1HEGE 4RCDA 4RCFA 5P76A 2OHKA 5P0WA 1D4IA 1W51A 3TKWA 5ISJA 5I3XA 3GGXA 5P4TA 3OU4A 2O4KA 4AUCA 5P4JA 5OZEA 5OZMA 1MIQA 5P4WA 4Y9WA 2QNPA 3AUPA 4K9HA 1YTHA 5APRE 5P6JA 1BWAA 2Q15A 2FS4A 3S2OA 5ER1E 3NWXA 4DQCA 4Y3YA 3L5EA 2QK5A 1TCWA 4YD7A 2WEBA 5P7MA 3PCWA 5P58A 2BKSA 3LIXA 3OUDB 4BFBA 2FDDA 4NJVA 5P45A 5P78A 1E5OE 2OHQA 4S1GA 5P2WA 1LS5A 4OBZA 4RVXA 3EKPA 1A8GA 5P8UA 3DJKA 1OEWA 4B1CA 5P7TA 1XN2A 5P4NA 5P4YA 5P80A 5P1QA 5OZIA 3CIDA 5JFPA 3U7SA 3OHHA 2NMYA 4Y5LA 3UFNA 5E5JA 5P7SA 4Y50A 4AA8A 4FM8A 3G6ZA 3MXEA 2G27A 2QZLA 5P7ZA 3HLOA 5P5OA 5P6NA 3S43B 3GGUA 3I8WA 1MSNA 5P15A 5I70A 3O9LB 5P08A 2OHSA 1SDUA 4GJ5A 2AZCA 4I0DA 3IXKA 4Y3RA 5P74A 4EYRA 1UH7A 5P2GA 3O9BA 3O9EA 5P56A 3PSGA 2Q11A 2BPWA 4B78A 2IS0A 2WECA 5P5WA 3BVAA 3ZMGA 2HAHA 4Y4JA 5P1YA 4OBKA 3Q70A 4EJDA 1BWBA 1HPOA 2QMFA 2Z4OA 5P46A 3URJA 3PEPA 3MXDA 3KN0A 2BKTA 4B05A 3CKRA 1AIDA 5P77A 4XKXA 4Y5CA 1B6LA 2G20A 3GI6A 5SY3A 2QZXA 2IGXA 1G6LA 3PJ6A 1TZSA 3K4VA 4BFDA 4TRZA 5KQFA 4E43A 2FGUA 5P4CA 3IGBA 5P4GA 1G35A 3S54A 1M4HA 2P3BB 1K6PA 1QRPE 3CMSA 4QJ2A 2ZJLA 2AVSA 1K1UA 3QROA 1QBUA 4Q1YA 5KR1A 5P3VA 1T7JA 3ZKSA 5P6LA 3SM2A 1M0BA 4L7HA 5P1TA 5P83A 1HHPA 1K2CA 3VF3A 4Y5EA 1FB7A 3PLDA 4Z2ZA 5P6VA 1YM2A 5OZFA 5P17A 5OZTA 2H6TA 5P7RA 5P02A 5P60A 3RVIA 3R2FA 2NPHA 4QJ8A 2PWRA 2PSUA 1HIVA 1ZPKA 3L3AA 3EKTA 2QI5A 3PMYA 5DR1A 1T3RA 3LPKA 3JW2A 5P7CA 3O9GA 5P68A 4I0EA 3C9XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2HS1 A;  1NPW A;  3G70 A;  4QJ6 A;  3ZKQ A;  5P8B A;  5P62 A;  5P47 A;  1A94 A;  5P5X A;  3SO9 A;  1FKN A;  3QRM A;  3T6I A;  5P4D A;  5P6E A;  5OYV A;  3D1X A;  5P0M A;  5P6H A;  5P4R A;  5KR0 A;  3WB4 A;  2VJ7 A;  5P5F A;  3VF5 A;  3VSX A;  4Y5P A;  1MSM A;  3EKY A;  4J1E A;  2ZJH A;  1B6P A;  1C6X A;  4H3I A;  4Y56 A;  3VUC A;  4GMI A;  3LPJ A;  4GID A;  3VSW A;  2RKG A;  1DIF A;  4X7I A;  5P8H A;  5P1I A;  5AHB A;  5P27 A;  2PSG A;  2RMP A;  4DJX A;  4ER2 E;  5P7E A;  4D85 A;  5KR2 A;  3S45 A;  3BVB A;  1QBR A;  3SA7 A;  3SA3 A;  1CZI E;  2MIP A;  3QVI A;  4Y48 A;  4Y4E A;  5P1B A;  1HIH A;  5OZV A;  5P3E A;  4ER1 E;  3KT5 A;  5P2L A;  3UPJ A;  3B80 A;  1E80 E;  5F01 A;  3BUH A;  5P0G A;  3VLA A;  1ZP8 A;  3VYD A;  1IZH A;  3UDQ A;  3DV5 A;  3QBH A;  5JOD A;  3BUG A;  4F75 A;  4IVT A;  5P4H A;  5P0O A;  4TRW A;  3KDD A;  5P10 A;  4K4P A;  3FNS A;  3L5F A;  4MC9 A;  4B1D A;  4FSE A;  5P8T A;  4PEP A;  2AVV A;  1PPL E;  4EWO A;  4ZSP A;  5P2C A;  5P43 A;  6APR E;  5DPZ A;  3HW1 A;  3IXJ A;  2AOC A;  1B5F A;  3K5C A;  2OHR A;  5OYR A;  5P1R A;  3M9F A;  1FQ4 A;  4BEL A;  4EXH A;  4FGX A;  1YTJ A;  5OZG A;  5P3Y A;  5DGW A;  1HXB A;  5OZK A;  3VYF A;  4TRY A;  1PRO A;  3IAW A;  5HD0 A;  2O4S A;  1AM5 A;  4Y3P A;  5P3L A;  5OZ5 A;  2OF0 A;  4ER4 E;  4L1A B;  4J1K A;  2OHL A;  1EPP E;  3BRA A;  3EM4 A;  1T7K A;  5P18 A;  5P8E A;  5P3A A;  1EED P;  5IVQ A;  3K5F A;  5P5S A;  3S8I A;  4D88 A;  1UH8 A;  1APV E;  3OQF A;  4CP7 A;  3QIH A;  5HE4 A;  1DMP A;  1ZPA A;  4AZY A;  1F34 A;  5P13 A;  1AJV A;  5P0C A;  3TOG A;  4DQE A;  5P86 A;  5P49 A;  5P1U A;  1EC0 A;  4OBH A;  5P2O A;  3KFN A;  3IN3 A;  5P2Z A;  3D91 A;  5P0D A;  5OZH A;  5P6C A;  1FMB A;  3KT2 A;  3T11 A;  2NMZ A;  5OYX A;  2VJ9 A;  4X2L A;  2ER6 E;  2VIY A;  9HVP A;  2G1Y A;  3EKX A;  3CKP A;  5AHC A;  4LAP A;  4OC6 A;  5P1O A;  5P6S A;  5P2S A;  4YDF A;  5P6X A;  2R43 A;  3SM1 A;  1DW6 C;  3TPJ A;  3OUA A;  5EZX A;  4Y3Z A;  4Y3G A;  1BIM A;  5P6A A;  4I11 A;  2G24 A;  5P5N A;  1F7A A;  2Q3K A;  1QDM A;  3O9C A;  2NXM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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