5P1FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 98
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1fA01
2P3BB 5P5OA 5P7UA 5P0LA 3PM4A 4YA8A 6FIVA 2OAHA 3KMXA 3R4BA 3NUJA 3VCMA 3L59A 2AZ9A 1D4SA 1GVXA 5P5JA 3PJ6A 5P3SA 4EJLA 3FX5A 3IXKA 1TW7A 2H6SA 5P1QA 4JP9A 5P7YA 3VYFA 1T6GA 3QRSA 5P8FA 3TPRA 5DGUA 5P1NA 4Y3JA 5KR0A 2HPFA 1GNOA 1HVSA 3N4LA 3UTLA 2UY0A 1OEXA 5P60A 5P6QA 4WY6A 4L7HA 1B6JA 5P20A 1ZPKA 3KFSA 5OZ8A 1K6PA 1CPIA 2ER7E 5P12A 5P2BA 3O9IA 4YD7A 4YHQA 4GJBA 5P3YA 4D83A 5P4AA 1C6XA 1ZSFA 4RCFA 3OOTA 5P4OA 1U8GA 4GJ5A 2OHKA 1LYWB 5P7GA 1APUE 2AOHA 1HIIA 2J9JA 2PSUA 5P6IA 4GJ9A 3K5GA 4J0VA 3O9DA 5DR3A 5COOA 5P1LA 5OZQA 2AVSA 1BILA 3OQKA 4Q5MA 2VNNA 5B18A 2QHYA 5P3AA 5E5KA 1LZQA 3S85A 4FAEA 1XS7D 3TOHA 4D85A 2I0AA 5P0BA 5P78A 2WEBA 5HE5A 4Y3TA 1EPPE 4I0GA 5OZSA 5OZRA 4Y4TA 2VJ7A 4FRJA 2ZJMA 3H5BA 3KFRA 5P55A 4ZLSA 5JG1A 1OD1A 5P2KA 1MTBA 4BFDA 3EC0A 1M4HA 1EPRE 2HB3A 1B5FA 5P1XA 4EXGA 1HRNA 2ER6E 5DR0A 3EL1A 1PPME 2BBBA 5P6PA 3BXRA 4TVGA 5P82A 2G1OA 1MT8A 5PEPA 1IVPA 4J1IA 4U7QA 1E80E 5P2SA 3TH9A 5P7AA 4PYVA 3O9CA 5P8CA 4YDGA 5P4NA 3VLBA 4QGIA 5P2NA 3I8WA 1EBWA 3L5BA 2RSPA 3OUDB 5OZEA 2R8NA 4Z4XA 5P4HA 5P8TA 5P3GA 2QZWA 4ZSRA 1NH0A 2QZLA 5P6CA 3SLZA 5P2MA 1K1UA 5P6MA 3S7LA 1IZEA 2FS4A 5ENKA 5AHBA 4Y48A 2HS2A 1DMPA 1ZJ7A 2QNQA 5UPJA 2QAKA 5DQ2A 6APRE 5P66A 2WEAA 5P64A 2PWRA 5P5XA 2Q15A 1CMSA 1YX9A 5P3NA 3SM1A 5P4UA 3K5CA 4BEKA 4GJDA 4Y4ZA 4R5NA 1MT7A 5P0HA 3G6ZA 2NMYA 5C9BA 4X2LA 2AIDA 1DIFA 5P26A 3UPJA 5P7OA 4DJRA 2ER9E 5P38A 2IRZA 3HZCA 4APEA 5SY2A 3L3AA 4J0ZA 1E81E 4Q1XA 5P68A 4RRNA 5P6TA 3U7SA 5P2AA 2Q63A 5P3CA 1W5YA 4OC6A 3PHVA 3PVKA 3CYWA 3DUYA 1TQFA 4M8YA 1FLHA 1FQ6A 2P3CA 2RENA 2BPXA 3A2OA 5KQZA 2VNMA 1PSAA 3RSVA 4MC2A 2FNSA 2V00A 2XFKA 1FF0C 5P6OA 3DK1A 3NDXA 1HTRB 5OYSA 1D4LA 3L38A 3Q6YA 1EPQE 2ZJHA 3LPKA 4I10A 4YDFA 5P0SA 2QCIA 4PHVA 4MC6A 4DQGA 4IVTA 4Y3SA 3IA9A 5P8JA 1EBYA 5P0TA 2FXDA 2JJIA 1UH8A 1EEDP 2OHNA 3WB4A 1FQ8A 5P1JA 5P2IA 2QMDA 5P7CA 2MIPA 2ZYEA 5P5CA 5P54A 5P46A 3PSYA 4DPFA 2R3WA 3G70A 4H3GA 3OOZA 4QJ6A 1TSQA 5P62A 3NU5A 2HM1A 3PSUA 4F74A 4OD9A 5P3FA 5P70A 4B00A 5P17A 5P15A 3TTPA 3EXOA 5P4EA 2IKOA 3RU1A 1FIVA 3HLOA 3QS1A 3PRSA 8HVPA 5P48A 5I3WA 4GJ8A 5OZHA 3SA5A 1G0VA 4CP7A 1YTHA 5P0MA 3CKPA 1HPSA 1Q9PA 3QBFA 3QIHA 2WKZA 5P3OA 4H3IA 2O4SA 4LL3A 2QNNA 3QBHA 5ISJA 1XL2A 1EBKC 1B6PA 4ER1E 3PGIA 5HDVA 2BQVA 5P0GA 1BDLA 5HD0A 5P8DA 4ZSPA 5P8OA 4DQCA 5P8NA 1D4HA 4UPJA 5P58A 5AGZA 5P5MA 3OU1B 3S43A 5KOQA 2NMZA 1A30A 5P86A 4Y45A 4Q1NA 3ZKNA 4CPXA 2VIYA 2VA7A 4L7JA 5P4IA 3OTYA 2UPJA 1SDUA 4FM7A 1FG6C 3S45A 4YD3A 4QJ8A 5OZNA 3ER5E 5P6BA 3URLA 5P84A 2WF2A 5KQFA 3RVIA 3VF7A 2VIEA 3KMYA 5OYQA 1HVJA 5P7KA 2P8HA 3LITA 4DV9A 3DCKA 3EKQA 3OADB 1WKRA 1MSMA 4Y4XA 1IZHA 4MC9A 3H0BA 4H3JA 1IBQA 5P7NA 1XDHA 3NXNA 5P69A 4OBZB 4RRSA 2BB9A 3T7QA 3GI0A 5OZOA 2R3TA 3HVGA 4J54A 2QI1A 3PBZA 1XE5A 3NSHA 3SA3A 5ER1E 5P43A 1Z1RA 1C70A 4ZIPA 2G24A 3OHHA 3MSJA 3D20A 3K4VC 5OYZA 2VIJA 3NDUA 5P3WA 4Y54A 1C6YA 5P7IA 2ZHTA 3JW2A 1BDQA 3GI5A 4HEGA 3L5CA 1SBGA 1QBSA 2QZXA 3T11A 4FM6A 2IGXA 5P3BA 5P1VA 3UQWA 1KZKA 4LP9A 5P34A 4B05A 3VF5A 1FFFC 4DJQA 3OUAA 1MSNA 5P0AA 5P6DA 4B72A 1AXAA 1PSNA 3OTSA 4Y38A 5P32A 4FRIA 4EP2A 3ZKGA 4AMTA 2P3BA 2WL0A 4B77A 1HVRA 4NKKA 3OXVA 5P6AA 4GJ7A 3EKYA 3WZ8A 4DJPA 1MRWA 4MC1A 3LNKA 2I4XA 3S2OA 5P89A 5I3YA 1W5WA 2ASIA 2NPHA 5KR2A 5P5DA 2AOGA 2F3EA 1HXWA 3LIVA 5P11A 1FQ4A 2FNTA 4Y3NA 4HLAA 4I1CA 5OZUA 3OU4B 3OXCA 3B80A 1HEGE 4F76A 3PLDA 2G20A 2ZGAA 4ZSQA 2XFIA 2QP8A 4RYCA 5P2RA 4ZPGA 5P6JA 4GYEA 5JFPA 4QJAA 5OZJA 5P2GA 2ZJNA 5P59A 5P80A 4YBFA 1RPIA 3EM4A 5P8QA 1QBRA 4D88A 4GJAA 4LC7A 2FDEA 3Q4BA 5OZBA 3INFA 4LXMA 4RLDA 1YTIA 4XX3A 5P74A 5DR4A 5I3VA 1OHRA 2F8GA 5P45A 3GW5A 3HVPA 1EC2A 5HU1A 5P14A 4FRSA 3UDHA 3EL0A 4I0FA 1B6LA 3EKPA 1W6IA 1FEJC 4Y5AA 5OYWA 2R5PA 2G69A 5P1TA 2G1YA 4OBDA 4Z22A 5P6KA 4J0YA 5P8AA 4OBJA 4Y5EA 3BRAA 4Y56A 1ZPAA 3WSJA 1DAZC 3Q70A 3QROA 3T3CA 4RCDA 3BGBA 2A1EA 2O40A 3JVWA 3EL5A 5P04A 3T7XA 5P08A 2QMFA 1EC1A 3VV7A 1TCXA 3UDQA 3LIQA 4Y3DA 3K5FA 5P1FA 4K8SA 5AHAA 2ZHVA 2J9KA 4GJ6A 5OZVA 3EKTA 4AUCA 1HVCA 4Y41A 5P39A 1FFIC 4Y3ZA 3L5DA 3O9GA 4R91A 3APRE 1HVHA 4Y5CA 5HVPA 2IEOA 4CPQA 4COEA 1D4YA 4DJWA 5P1PA 3EKXA 1XL5A 2VA5A 2WF3A 1SGZA 4Y58A 5P01A 3UDYA 4TVHA 1XN2A 4CPSA 5P2WA 5P1RA 5P6LA 4RCEA 4DJUA 4Y4WA 5P6GA 3GI6A 5P0KA 1G2KA 1MUIA 5P5ZA 4QLHA 4QJ9A 2PQZA 5P4BA 5P75A 2ANLA 5DGWA 5P52A 3QVIA 5P8EA 3CKRA 1META 3VF3A 3IVHA 3UDMA 3CIBA 2F80A 3S54A 1TCWA 3O9HA 3IN3A 3OUDA 3JVYA 2OHTA 2P3AA 1IDBA 3FSMA 2WF1A 4LHHA 2O4NA 5P28A 3OQDA 4Z2ZA 5P4ZA 1FQ5A 5P57A 3SA9A 5P5PA 3ZPSA 2O4KA 5SXNA 3GGVA 3ZPTA 2IDWA 2ZJJA 5P1AA 3ECGA 4DQFA 3GGUA 1YTJA 5P5RA 3KDCA 3UQRA 2ZJIA 1BWBA 4NPUA 2G1NA 5AH6A 5P8LA 3VLAA 4BFBA 3G72A 2QK5A 2R9BA 2G21A 3LZYA 1EC3A 4I8ZA 5P5LA 2CENA 1GKTA 4RVJA 4Y3AA 1E82E 5P36A 2I1AA 4TRZA 4L7GA 3OHFA 1WBMA 4DVFA 3ST5A 3DJKA 3QRMA 4ACXA 3QVCA 5P3KA 2PYMA 5P7BA 2WF4A 5P7EA 3NWQA 5DQCA 3B7VA 3OAGB 2JE4A 6UPJA 1KJ7A 1BXQA 3KM4A 3TLHA 5P7FA 2UXZA 4QJ7A 5P0UA 3GGXA 1F7AA 5P10A 5P5IA 5P0IA 1ZSRA 5P7PA 3PMUA 4ZEAA 1MESA 5P7WA 4K9HA 2WECA 4B0QA 1HEFE 3NU6A 2BJUA 1NSOA 4DQBA 5P2OA 1HVLA 2ZHUA 3BVAA 1SIPA 5P3PA 4FL8A 2OF0A 2Q3KA 5P77A 2AZCA 5P0QA 5P4RA 1ENTE 1YTGA 5P1GA 2SAMA 4Y5NA 2OHMA 2WEZA 2PSVA 4JPEA 2V12C 1BBSA 1ODXA 3HAUA 5OZ5A 3PEPA 4EQ0A 1PPLE 1B6MA 1FGCC 2QMGA 1LF4A 5P0FA 2AOIA 3PCWA 2ZHRA 4WY1A 5P37A 4JOOA 1A94A 3UQPA 1T7IA 1AM5A 4K4PA 5P8UA 2AODA 2HB2A 1RV7A 4FSEA 5P47A 5P4KA 2OHQA 5TOLA 3IGBA 5P0ZA 2QHCA 5P7TA 3PSGA 3S8IA 3KDBA 3NU3A 5P42A 2VIZA 4FRKA 1SGUA 3BXSA 4AA8A 5P4GA 4YCTA 3OU1A 1HWRA 3D91A 2WJOA 4YD6A 2I4DA 5IVTA 5P6EA 3LINA 2OHRA 2RKFA 1EPNE 3FV3A 1G35A 4FIVA 4HDFA 1DW6C 2I4VA 5OZ1A 1KJGA 4YD4A 4R93A 1HBVA 1OEWA 1W5VA 3VEUA 1HSIA 5P0JA 5T4SA 2PYNA 5P5UA 2HB4A 2G1SA 5KQXA 4FM8A 3LZUA 5P41A 5P5KA 4B78A 4DJVA 3LPJA 4Y4BA 3BGCA 3CYXA 3I2LA 5OZIA 5P53A 4Y43A 4Y4UA 5P5AA 2PWCA 5P6SA 5HDXA 3OADA 1B5FB 4DQEA 3R0WA 3GGAA 1GNMA 3IAWA 5P7LA 2V16C 4I0DA 4Q1WA 5P4FA 4RZ1A 4OBZA 5OZ0A 4AA9A 4ZE6A 2BPZA 5I70A 1MRXA 2QI0A 5P6HA 5HCTA 4I0IA 1EPLE 2FIVA 4YBIA 5P1OA 3WZ6A 1WBKA 2I4UA 2AQUA 5P8HA 5P0WA 2Q5KA 1HTEA 1UH9A 3IXOA 5P1DA 5P85A 5IE1A 2V11C 5P09A 3ZL7A 1AAQA 5P67A 3O9LB 5P0PA 4OBHA 3HBOA 4TRYA 5P5BA 3K5DA 4RYGA 5P2LA 2XFJA 5P2CA 4Y4JA 1HTGA 5P5QA 3SA4A 3CKTA 1PSOE 2JYSA 5COKA 3LPIA 5J25A 1K6TA 1ODWA 5P61A 4Y3EA 4DI2A 1YM4A 3T7PA 2AVQA 4YOAA 3OGPA 4ZPEA 2IKUA 1EBZA 4OBGA 1HVKA 5P1CA 4DJYA 3HD8A 1SDTA 3NDWA 3VSWA 3SPKA 3Q3TA 3SM2A 4Q1YA 2FMBA 5KR1A 4PZWA 5CLMA 5DQ4A 3OU4A 5P8SA 1ZAPA 2XYEA 5OYVA 4Y3FA 5OZ4A 4EQJA 2R43A 5IVSA 1ZLFA 2IQGA 5P18A 4DJOA 4J0TA 5OZDA 5P65A 5HE4A 5P4PA 1RQ9A 5P03A 4J0PA 1YM2A 1GVUA 4YCYA 3VV8A 4GIDA 4I0JA 4KB9A 2QI5A 2P3DA 5P2XA 1SIVA 3PB5A 3LIZA 2QI4A 3EMYA 2AOEA 5AHCA 1T7KA 3AUPA 4APRE 2NXDA 3SKGA 5P30A 2FDDA 3APPA 4F73A 4K4RA 4CPWA 3QN8A 1HTFA 3DV5A 3QPJA 3I6OA 2QD7A 5SY3A 3UDNA 2ER0E 5P16A 4JPCA 4EYRA 2B42A 4I8WA 4ZSMA 3SA7A 1QBTA 1JLDA 3IXJA 5P2DA 4E43A 7UPJA 4S1GA 4Y44A 1AJXA 4I12A 4H1EA 5KQYA 4WTUA 1FQXA 5P0VA 4HDBA 5P2QA 5OYTA 3TKWA 5OYYA 4CKUA 1K2CA 1FMBA 1NPWA 5P1YA 3M9FA 5KR8A 3ZKIA 2AZ8A 1YG9A 1FB7A 2VA6A 3RSXA 5P1WA 1RL8A 5ER2E 4Y57A 3TOGA 4J1EA 1CZIE 2Z4OA 4JECA 1BV7A 3NLSA 1LYAB 4Y4GA 3UCBA 3IVIA 3DOXA 2APRA 4LBTA 4Y4AA 5AH7A 1M0BA 1M43A 5P6NA 2QD8A 1G6LA 5EZZA 3UFLA 4OBKA 5P0NA 2PSGA 2VS2A 1ZTZA 3OXWA 5P2VA 5P2FA 5P3VA 3UQXA 5P1BA 4EP3A 3SACA 5P6YA 1HIHA 2HIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2P3B B;  5P5O A;  5P7U A;  5P0L A;  3PM4 A;  4YA8 A;  6FIV A;  2OAH A;  3KMX A;  3R4B A;  3NUJ A;  3VCM A;  3L59 A;  2AZ9 A;  1D4S A;  1GVX A;  5P5J A;  3PJ6 A;  5P3S A;  4EJL A;  3FX5 A;  3IXK A;  1TW7 A;  2H6S A;  5P1Q A;  4JP9 A;  5P7Y A;  3VYF A;  1T6G A;  3QRS A;  5P8F A;  3TPR A;  5DGU A;  5P1N A;  4Y3J A;  5KR0 A;  2HPF A;  1GNO A;  1HVS A;  3N4L A;  3UTL A;  2UY0 A;  1OEX A;  5P60 A;  5P6Q A;  4WY6 A;  4L7H A;  1B6J A;  5P20 A;  1ZPK A;  3KFS A;  5OZ8 A;  1K6P A;  1CPI A;  2ER7 E;  5P12 A;  5P2B A;  3O9I A;  4YD7 A;  4YHQ A;  4GJB A;  5P3Y A;  4D83 A;  5P4A A;  1C6X A;  1ZSF A;  4RCF A;  3OOT A;  5P4O A;  1U8G A;  4GJ5 A;  2OHK A;  1LYW B;  5P7G A;  1APU E;  2AOH A;  1HII A;  2J9J A;  2PSU A;  5P6I A;  4GJ9 A;  3K5G A;  4J0V A;  3O9D A;  5DR3 A;  5COO A;  5P1L A;  5OZQ A;  2AVS A;  1BIL A;  3OQK A;  4Q5M A;  2VNN A;  5B18 A;  2QHY A;  5P3A A;  5E5K A;  1LZQ A;  3S85 A;  4FAE A;  1XS7 D;  3TOH A;  4D85 A;  2I0A A;  5P0B A;  5P78 A;  2WEB A;  5HE5 A;  4Y3T A;  1EPP E;  4I0G A;  5OZS A;  5OZR A;  4Y4T A;  2VJ7 A;  4FRJ A;  2ZJM A;  3H5B A;  3KFR A;  5P55 A;  4ZLS A;  5JG1 A;  1OD1 A;  5P2K A;  1MTB A;  4BFD A;  3EC0 A;  1M4H A;  1EPR E;  2HB3 A;  1B5F A;  5P1X A;  4EXG A;  1HRN A;  2ER6 E;  5DR0 A;  3EL1 A;  1PPM E;  2BBB A;  5P6P A;  3BXR A;  4TVG A;  5P82 A;  2G1O A;  1MT8 A;  5PEP A;  1IVP A;  4J1I A;  4U7Q A;  1E80 E;  5P2S A;  3TH9 A;  5P7A A;  4PYV A;  3O9C A;  5P8C A;  4YDG A;  5P4N A;  3VLB A;  4QGI A;  5P2N A;  3I8W A;  1EBW A;  3L5B A;  2RSP A;  3OUD B;  5OZE A;  2R8N A;  4Z4X A;  5P4H A;  5P8T A;  5P3G A;  2QZW A;  4ZSR A;  1NH0 A;  2QZL A;  5P6C A;  3SLZ A;  5P2M A;  1K1U A;  5P6M A;  3S7L A;  1IZE A;  2FS4 A;  5ENK A;  5AHB A;  4Y48 A;  2HS2 A;  1DMP A;  1ZJ7 A;  2QNQ A;  5UPJ A;  2QAK A;  5DQ2 A;  6APR E;  5P66 A;  2WEA A;  5P64 A;  2PWR A;  5P5X A;  2Q15 A;  1CMS A;  1YX9 A;  5P3N A;  3SM1 A;  5P4U A;  3K5C A;  4BEK A;  4GJD A;  4Y4Z A;  4R5N A;  1MT7 A;  5P0H A;  3G6Z A;  2NMY A;  5C9B A;  4X2L A;  2AID A;  1DIF A;  5P26 A;  3UPJ A;  5P7O A;  4DJR A;  2ER9 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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