5P1IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 101
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1iA01
1PSAA 1EPRE 5P6UA 5OZPA 1HRNA 1SIVA 5P05A 3I7EA 5FIVA 4MC9A 5P74A 1APVE 4EQJA 1OD1A 3NDWA 4Y47A 3EL5A 3JW2A 5P7IA 3MSKA 2BKTA 4LXAA 3OAGA 5P6HA 5P52A 4U7QA 3NU6A 2QZKA 2ZJHA 5OZZA 1A8GA 1LEEA 4K4RA 3PMYA 5P2CA 5P3MA 3C9XA 2I4VA 5KOSA 1J71A 4DUSA 5OZXA 1ZLFA 2I0AA 5P6MA 2I4WA 2ZJIA 3EL0A 3PWRA 5P0SA 1ODXA 2O40A 5DQ2A 4GJ8A 5IVRA 5P6LA 4QLHA 3A2OA 5CLMA 3O9GA 5P4IA 3UDMA 4AZYA 3VLAA 5DR4A 3BHEA 3URIA 1FIVA 2I4XA 4Y48A 4N00A 4YCTA 1NPWA 2QCIA 4H1EA 1FLHA 2V11C 1LYWA 5DQ5A 5P2IA 5P8AA 2AQUA 3QI1A 3EXOA 5P4MA 2G1NA 5I3YA 2FS4A 5P11A 4F75A 4I0HA 1IZEA 3GW5A 5P0HA 3VV7A 2VNMA 4OBZA 2VIJA 1MSMA 1UPJA 3PBZA 5OYTA 5KAOA 1TQFA 4L7JA 2R38A 1IBQA 5P3TA 1W6HA 2RMPA 2I1AA 1HVCA 5P09A 4EXGA 3O9FA 5P6OA 3OQAA 2B42A 4JECA 2HB4A 3EM6A 3ZKMA 5DPZA 3U71A 1ZJ7A 4FAEA 4NJUA 2PSGA 4J5JA 2V0ZC 5P14A 2WEBA 4DJRA 5OZNA 2XFIA 4I8WA 4GJ9A 5P5HA 2AZCA 4TVHA 2HB3A 3RTNA 4Y5MA 1GVUA 4Y3ZA 3OHFA 2VA5A 2Q63A 5AGZA 5P6PA 5DR1A 5P4HA 5P7JA 3L3AA 2P3DA 3U6AA 5P7QA 3IGBA 5P3GA 1BV7A 4ACXA 1YTJA 5EZZA 5P1HA 3QVCA 1APUE 2IENA 5P1AA 1HHPA 3R4BA 5OZ9A 4ZEAA 3OUBA 2VNNA 3OU4A 5OZMA 4ZLSA 5P2AA 5P89A 3S7LA 5P3BA 3LITA 4UPJA 3JVYA 4R93A 5P76A 2B7FA 5P5EA 1BAIA 5P41A 1G35A 4QJ7A 5P1JA 2OHUA 5P4XA 4Y4ZA 1D4KA 3OADA 5P7TA 5OZEA 3GGXA 5P5IA 2ZGAA 3SA9A 1SMRA 2IGYA 3PSGA 4NPUA 4I8ZA 1FQXA 5OZ4A 5OYVA 3ZL7A 3SACA 1E80E 4Y3LA 3NDTA 2P83A 2JXRA 5P4RA 3PGIA 5HTZA 4J1EA 3OK9A 4TVGA 3QBFA 3LIQA 2FDDA 1W5WA 3QROA 5P0BA 5OZGA 4Y43A 1D4IA 5HE5A 5P0QA 1QBUA 1Z8CA 5OZRA 1HTGA 2WF3A 2NNKA 2VIZA 5P5YA 1SBGA 4DVFA 1MVPA 3PB5A 5P6XA 1AXAA 3DCKA 3FNTA 5DQ4A 3S2OA 4GJ7A 4J1KA 2NMYA 3IVHA 2Q5KA 3CIBA 3S45A 4I11A 4YD7A 4QJ2A 4B1DA 5P1YA 2QI4A 2BPXA 5P1DA 2BBBA 4AMTA 3UDYA 1BV9A 2PH6A 3ER3E 3KT5A 5P01A 5P3CA 1SIPA 3R0WA 5AHAA 4Y3TA 2OHKA 4DQEA 4Z22A 2ER0E 3KDBA 3F9QA 2ZJMA 4DJWA 1E82E 4Q1WA 5P1NA 3UQWA 3VF3A 5HE4A 5P0GA 5P8GA 1Q9PA 1RQ9A 4A6BA 3VLBA 3DM6A 1K6VA 4Q1YA 4WY6A 3CIDA 1IVQA 4Y3DA 4NJVA 3SPKA 1HEFE 5P20A 1K1TA 2QD8A 3SA6A 5BWYA 4RCFA 3FIVA 1LYBB 4L1AA 1WBKA 5P45A 2IQGA 4IVSA 3IA9A 5BRYA 1RPIA 5P8CA 1RV7A 4XKXA 2NMZA 2UPJA 1FMBA 1PROA 1ZAPA 4CPUA 1BWAA 3NDXA 5P1QA 1HTRB 5P39A 1EPOE 4OBKA 4DJYA 5P4LA 3INDA 1BVEA 2G1OA 1AJVA 2P8HA 5KQYA 5P0CA 5P0YA 3CICA 5P4PA 4R95A 2AVOA 1OEWA 4PZXA 3HW1A 1BXOA 3NU5A 4LL3A 3PI5A 5P3HA 5P7VA 4RVIA 2IDWA 4Z4XA 5OYYA 5P5TA 4GJ6A 1K1UA 4GJBA 4TRYA 2ASIA 5P7PA 1GKTA 1IIQA 4Y35A 3SQFA 4J0ZA 2H6SA 2QNQA 2G94A 1NPAA 5OZUA 2QI1A 4Y5PA 5P68A 1D4YA 1HVKA 4ZPFA 1LF2A 5P0NA 3KT2A 3OU1B 1HVHA 3Q4BA 3UQPA 5EZXA 5DR3A 2XFJA 5P4NA 5P0DA 1BILA 5P84A 5I70A 3BUFA 2IGXA 2PK6A 5P07A 1MTBA 2R43A 4EQ0A 5P0OA 5P3DA 4Y58A 1MPPA 3R1GB 2J9JA 1GNNA 3RSXA 1ER8E 5P3WA 2QNPA 4DQGA 6UPJA 1SGZA 5P0WA 1HIIA 3ZPTA 5P5WA 4CPQA 3VSWA 5P53A 4A4QA 2JJJA 4KE0A 2HS2A 5TOLA 2R9BA 4CPWA 5P31A 5P6JA 2QMDA 3K1WA 5P13A 3BC4A 5P0UA 3NU9A 2ER6E 4I12A 1PPLE 3BRAA 2AOIA 1DAZC 2APRA 2ZHRA 3OGQA 5P69A 5P83A 5P1PA 3LPJA 5P1GA 3KFPA 3WB4A 3LIXA 4Q1NA 3BXRA 4E43A 3ZKSA 3KYRA 3PLLA 4L6BA 4I0JA 5DR8A 4Q1XA 5P3RA 4OD9B 5P28A 3PVKA 2PSUA 2BPVA 2AZBA 3JVWA 3NU3A 1SP5A 1OEXA 4JPCA 2ZE1A 1EC3A 1LYAB 5OZ3A 2ZJJA 2QZLA 5KR8A 4U8WA 4Y3GA 3D91A 3NWQA 4KUPA 2V10C 2V16C 3QP0A 1ZTZA 2ZHSA 3O9HA 4I0EA 1EEDP 2QP8A 1XS7D 4J54A 1B5FA 5OZOA 5P6TA 1APTE 4NJTA 3PJ6A 2PYMA 4LAPA 2VJ7A 4I0ZA 4R8YA 5DGUA 5P6IA 4X7IA 2IKOA 4M8YA 4Y5NA 5ENMA 5DR7A 2R5PA 5P60A 5P7WA 1GNOA 1MT9A 4Y3PA 3PWMA 4QJ9A 5P1KA 3BGCA 5P25A 3OUCA 3QAAA 3UDPA 1CMSA 1OHRA 2RENA 3APRE 2VIEA 1MESA 2BPZA 2R8NA 2QD6A 4OC6B 2B7ZA 3RTHA 4XX4A 4PZWA 2F3KA 2V00A 5IVSA 3VSXA 3QVIA 3AIDA 5HCTA 2OHNA 2OHRA 2G24A 3L5FA 4RLDA 1K2BA 3TL9A 1LS5A 5P4WA 3VG1A 1BDQA 5P7UA 1PSOE 3OHHA 5P0TA 3SKFA 5P2FA 1KJHA 1EBWA 5P3LA 4RVXA 5SXNA 3U7SA 5P4AA 3OOTA 3EL9A 3UQRA 3D1XA 3H0BA 4APRE 3K5CA 3TPPA 2SAMA 4WTUA 1B6MA 1TCWA 2QI7A 2O4KA 3FV3A 1ZP8A 4Y4JA 5AH7A 1C6YA 5P4QA 5KR0A 1SDTA 5P2BA 3INFA 5OZ7A 4LXKA 4DJXA 5P1MA 4YDFA 4NJSA 6APRE 5P40A 5I3VA 5P7CA 1EBYA 5P29A 3VYDA 1GVXA 2R3TA 5P88A 3UFLA 2I4DA 1HSIA 5HDXA 3L5EA 2AIDA 3SABA 3NLSA 1C70A 5P54A 4ACUA 2P3AA 3Q6YA 5P1CA 5P8LA 3I8WA 5HU1A 5DQ1A 2Z4OA 1AAQA 3DOXA 5P85A 3S43A 3D1YA 4JPEA 4Y5CA 5P5GA 1XL5A 3WZ7A 1GVVA 1XL2A 3CKRA 3EMYA 4FM8A 4QGIA 3ZPUA 2VJ9A 3OQFA 4EJ8A 2AOHA 3TPLA 4Y51A 1W51A 4YD5A 3GGVA 3ZPSA 2OHMA 4BFDA 1IZHA 5P2EA 3I25A 5P6FA 4Y57A 3MXEA 3PEPA 5P1EA 4Y54A 5P61A 4J1CA 3HBOA 4J1HA 2ANLA 5P0IA 1ODWA 5CONA 3EBZA 5P7XA 1AZ5A 3FNUA 5P64A 3O9LA 5P8QA 3S56A 3O99A 2QI3A 2HS1A 1B11A 5P8PA 5ER1E 5AHBA 1E5OE 2IKUA 4Y36A 5OZCA 1PPME 5HVPA 3OADB 4OBGA 5HDZA 4CPRA 3UHLA 2QMPA 2Q55A 1T7IA 4FRJA 4GJAA 3S54A 3SM2A 5P4FA 3BUHA 2WF2A 4FSLA 1HXWA 5P4UA 1BIMA 4Y5EA 3FX5A 5P4ZA 5ISKA 3DV5A 1VIKA 5P3YA 4Y4UA 5P5KA 1MTRA 2AVQA 5P23A 5P5UA 1PPKE 1EC0A 1G0VA 1G6LA 4PPHA 1JLDA 4J0TA 5OZSA 5F00A 4B77A 3I2LA 5P16A 3VF7A 5P2MA 2XYFA 3EKVA 3UDRA 5P2RA 4Y3WA 4H3JA 1HTEA 4DPFA 1MRXA 4LXMA 4CPXA 3BVAA 4GZFA 1QBTA 1QBSA 5HD0A 5C9BA 3K5FA 4DPIA 1HWRA 2ER7E 3VYEA 1HPOA 5PEPA 5OZLA 2IEOA 3KFRA 4BELA 5OZ2A 2OF0A 3PM4A 4DJOA 5P0MA 4Y38A 3SFCA 5B18A 2B8LA 5P3UA 3SA3A 2RKGA 4Q5MA 3KDDA 5P7KA 5P4SA 4Y3FA 1ZPAA 5P0PA 1EBKC 5P66A 2PWRA 3Q5HA 1FF0C 3TTPA 1YT9A 5P63A 3VYFA 1BXQA 5P81A 4B0QA 2HPFA 2OHPA 3IXJA 4D89A 5KQXA 5P65A 2UXZA 3GI4A 2G1RA 3NXNA 3OTSA 4Y3EA 1LZQA 4ZSRA 5ISJA 4U7VA 5P7HA 4CP7A 1AJXA 5OYXA 5P1OA 3OUAA 3LPKA 5P8IA 5P7SA 4K8SA 1PFZA 4ER2E 1SDUA 4Y5KA 1NH0A 4D88A 1HVRA 3EKTA 3HZCA 9HVPA 3K5DA 2F3EA 1BVGA 3MSLA 5P4TA 2FNTA 2OHSA 3SA8A 3LIYA 3ST5A 5P8UA 2CEJA 4Y56A 3K4VC 5P1LA 1B6KA 1QDMA 4HLAA 5P82A 3VFBA 3GI5A 3S85A 3D20A 5HDUA 4DQCA 4L7HA 3INHA 2AVMA 4Y3AA 5P3JA 1DP5A 1IDBA 5COOA 2CENA 1QBRA 3WSJA 1KJ4A 1ZSRA 3LHGA 5P56A 5SY3A 3L58A 1HSGA 2F3FA 4GYEA 5P6QA 3LZSA 7UPJA 1HPXA 4I0DA 3VV8A 2FDEA 4LHHA 5P18A 5P1ZA 3T11A 1F34A 1PSNA 5P3EA 5KR2A 3UCBA 4FM7A 3IVIA 3O9IA 3B7VA 2VJ6A 3SO9A 3S53A 2QI6A 3S7MA 3ECGA 2A1EA 2O4PA 3L5BA 5P79A 4Y4XA 3NUOA 5P7BA 2PMAA 4EHCA 1HVJA 2BJUA 1K6CA 3UTLA 5P8RA 3NXEA 3DV1A 3LNKA 5P00A 4EJLA 5C9DA 1KJ7A 5P0EA 1SGUA 2BB9A 4Y4GA 3CYWA 4NKKA 2ZJKA 5KQFA 2NPHA 4ZSMA 3TOGA 3GGAA 1FG8C 5HE7A 3TOFA 4FGXA 2Z54A 3WB5A 5P8HA 5P2SA 3RVIA 3UDKA 4LC7A 1LV1A 3EM3A 5COKA 5UPJA 5P0JA 5P58A 1NPVA 1IDAA 2FMBA 5P7OA 2QI0A 3TLHA 1A30A 5P8EA 3PSUA 3OXCA 4BEKA 4S1GA 1DW6C 5P3XA 5P6KA 3NU4A 1RNEA 5P8FA 4COEA 2FGUA 3O9BA 1HOSA 5JG1A 5OZ5A 5P67A 1HVIA 4LP9A 5P7YA 4Y3RA 3OTYA 3FSMA 5P8OA 4ER1E 3UQXA 3SM1A 5OZAA 2WEDA 4KB9A 4Y3YA 4RCDA 1D4LA 6FIVA 1M4HA 2Q3KA 3OUDB 5OZIA 3WZ8A 1B5FB 2G1YA 1FQ5A 2AOJA 2B60A 5P2KA 3INEA 3QS1A 3DK1A 1Z1HA 2VKMA 5SY2A 1GNMA 4Y5GA 3PBDA 3KDCA 5P7AA 5P0ZA 4I1CA 2QI5A 5P8TA 2ZHUA 3ER5E 2P3BB 1XE5A 3EC0A 5P6BA 1ZPKA 2PSVA 4R92A 2Q64A 4HEGA 4L7GA 4PYVA 3RSVA 4ZPGA 1W5YA 4AA8A 1NSOA 1IVPA 2HPEA 4HDFA 5P27A 3LIZA 4YD3A 2BPWA 5OZYA 5P5XA 2QMGA 4RVJA 2ZHTA 4Y3NA 5P4DA 4FCOA 5OYZA 3PRSA 1Z1RA 2PWCA 5P34A 2HC0A 3ZKGA 3O9AA 3PCZA 5HU0A 4Y41A 3EL1A 4B1CA 4YBIA 1APWE 2FLEA 3URJA 3UDJA 1MRWA 4Y9WA 4I0IA 1AIDA 3QPJA 1IZIA 4YCKA 4RRNA 1QS8A 2NXMA 3EL4A 5OZFA 3OU1A 3HAWA 5OZ1A 4Y50A 1RL8A 3KFNA 2J9KA 5P43A 1D4SA 5P5FA 2QK5A 2WF4A 1EPQE 3LIVA 1BBSA 2G21A 3BUGA 4FRKA 5P87A 4YHQA 3HLOA 1DIFA 3LZYA 4J0PA 2AZ8A 5P3ZA 2G27A 4DH6A 4R91A 2WF0A 3L38A 3Q3TA 3OQKA 5OZBA 1FFFC 2G22A 3VFAA 2QU3A 4I10A 3KM4A 5P51A 5I3XA 4KE1A 4ZSQA 1F7AA 2I4UA 4CMSA 3OAGB 3UDQA 3IAWA 4H3IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PSA A;  1EPR E;  5P6U A;  5OZP A;  1HRN A;  1SIV A;  5P05 A;  3I7E A;  5FIV A;  4MC9 A;  5P74 A;  1APV E;  4EQJ A;  1OD1 A;  3NDW A;  4Y47 A;  3EL5 A;  3JW2 A;  5P7I A;  3MSK A;  2BKT A;  4LXA A;  3OAG A;  5P6H A;  5P52 A;  4U7Q A;  3NU6 A;  2QZK A;  2ZJH A;  5OZZ A;  1A8G A;  1LEE A;  4K4R A;  3PMY A;  5P2C A;  5P3M A;  3C9X A;  2I4V A;  5KOS A;  1J71 A;  4DUS A;  5OZX A;  1ZLF A;  2I0A A;  5P6M A;  2I4W A;  2ZJI A;  3EL0 A;  3PWR A;  5P0S A;  1ODX A;  2O40 A;  5DQ2 A;  4GJ8 A;  5IVR A;  5P6L A;  4QLH A;  3A2O A;  5CLM A;  3O9G A;  5P4I A;  3UDM A;  4AZY A;  3VLA A;  5DR4 A;  3BHE A;  3URI A;  1FIV A;  2I4X A;  4Y48 A;  4N00 A;  4YCT A;  1NPW A;  2QCI A;  4H1E A;  1FLH A;  2V11 C;  1LYW A;  5DQ5 A;  5P2I A;  5P8A A;  2AQU A;  3QI1 A;  3EXO A;  5P4M A;  2G1N A;  5I3Y A;  2FS4 A;  5P11 A;  4F75 A;  4I0H A;  1IZE A;  3GW5 A;  5P0H A;  3VV7 A;  2VNM A;  4OBZ A;  2VIJ A;  1MSM A;  1UPJ A;  3PBZ A;  5OYT A;  5KAO A;  1TQF A;  4L7J A;  2R38 A;  1IBQ A;  5P3T A;  1W6H A;  2RMP A;  2I1A A;  1HVC A; 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 3TPL A;  4Y51 A;  1W51 A;  4YD5 A;  3GGV A;  3ZPS A;  2OHM A;  4BFD A;  1IZH A;  5P2E A;  3I25 A;  5P6F A;  4Y57 A;  3MXE A;  3PEP A;  5P1E A;  4Y54 A;  5P61 A;  4J1C A;  3HBO A;  4J1H A;  2ANL A;  5P0I A;  1ODW A;  5CON A;  3EBZ A;  5P7X A;  1AZ5 A;  3FNU A;  5P64 A;  3O9L A;  5P8Q A;  3S56 A;  3O99 A;  2QI3 A;  2HS1 A;  1B11 A;  5P8P A;  5ER1 E;  5AHB A;  1E5O E;  2IKU A;  4Y36 A;  5OZC A;  1PPM E;  5HVP A;  3OAD B;  4OBG A;  5HDZ A;  4CPR A;  3UHL A;  2QMP A;  2Q55 A;  1T7I A;  4FRJ A;  4GJA A;  3S54 A;  3SM2 A;  5P4F A;  3BUH A;  2WF2 A;  4FSL A;  1HXW A;  5P4U A;  1BIM A;  4Y5E A;  3FX5 A;  5P4Z A;  5ISK A;  3DV5 A;  1VIK A;  5P3Y A;  4Y4U A;  5P5K A;  1MTR A;  2AVQ A;  5P23 A;  5P5U A;  1PPK E;  1EC0 A;  1G0V A;  1G6L A;  4PPH A;  1JLD A;  4J0T A;  5OZS A;  5F00 A;  4B77 A;  3I2L A;  5P16 A;  3VF7 A;  5P2M A;  2XYF A;  3EKV A;  3UDR A;  5P2R A;  4Y3W A;  4H3J A;  1HTE A;  4DPF A;  1MRX A;  4LXM A;  4CPX A;  3BVA A;  4GZF A;  1QBT A;  1QBS A;  5HD0 A;  5C9B A;  3K5F A;  4DPI A;  1HWR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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