5P1JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 102
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1jA01
3L58A 2P3BB 2ZJKA 4B72A 1XE5A 2PMAA 4MC2A 9HVPA 4Y3PA 5P8IA 3NXNA 3O9AA 2AODA 7HVPA 5IVTA 4JPCA 3ZLQA 5P8PA 4GIDA 2AVQA 3EKQA 4Y6MA 4DJQA 1B5FB 3EM4A 1GVUA 3DM6A 5P4XA 1WKRA 2BQVA 4Y50A 5P3SA 5P1RA 3ZKIA 1HVHA 4FM7A 5OZ9A 3BRAA 2BPXA 2AOFA 4XX3A 3IXOA 5P0VA 4KE1A 1AXAA 1YTJA 3SKFA 1MESA 5P8GA 2IGXA 5OYQA 3OXXA 2R43A 5P02A 5P51A 1IDBA 3NLSA 4Q1NA 4Y48A 5P6LA 2HB3A 4Y45A 4XXSA 5AH6A 5P14A 3WZ7A 4Y4TA 5P8UA 3L38A 5ISKA 1DAZC 1SDUA 1SMEA 3IXJA 3PWWA 1BXOA 4Y3MA 3TTPA 1W50A 1NSOA 2F80A 3EMYA 4J0PA 3VFBA 2P4JA 5P7WA 2XFJA 4J0ZA 2QNQA 4B77A 2F3FA 3UQXA 5P5BA 3HAUA 3U71A 3D1ZA 2QI6A 5P1NA 2PH6A 1Z1HA 4Y3EA 4L7JA 5DQ4A 5P8EA 4Y9WA 5OZ0A 1KZKA 3OUDA 4HA5A 4GJ5A 2G1SA 4DPIA 3NDTA 3VCMA 5P78A 4B00A 5P4EA 3QRSA 1HTFA 4LL3A 5AHAA 4M8XA 4OC6A 4ACXA 4F75A 1HPVA 4Y5KA 2IQGA 4Y3RA 5P1IA 4I0FA 4Y3DA 1F34A 2PK6A 1FGCC 4DI2A 4QJ8A 5KR0A 5P30A 1BXQA 4EYRA 2HS1A 5P3KA 1EC1A 1EPRE 4ZEAA 4HEGA 1T6EX 1HWRA 3ZKMA 4R92A 3UDYA 2V13A 5P33A 4DVFA 4ZSQA 5P3WA 4NJUA 4QJ2A 2G22A 3EKTA 2VJ6A 4CPQA 2B7ZA 2WF4A 1LZQA 4HVPA 1HEFE 1TCXA 3NSHA 4Q1XA 3QS1A 4B05A 4GJ7A 5P6UA 4J1KA 1AAQA 5P3PA 2OHPA 2HS2A 1FQ5A 5OYVA 1FQ6A 4ZE6A 3TPPA 4U8WA 5P76A 3QVCA 4WTUA 2VS2A 2APRA 2I1AA 5OYTA 2ZJLA 3BC4A 4TRZA 5P04A 4EJKA 4CPXA 1LV1A 4H3JA 2QI5A 3OU4A 2G20A 2OHNA 3G6ZA 1W6HA 5E5KA 5P67A 3UFNA 1EAGA 2NNKA 5P7SA 4Y4WA 3GW5A 4DQFA 5DR3A 5P22A 3HVPA 1RV7A 1EBYA 5P36A 5P7CA 1QBUA 3OY4A 3QBFA 5OZ4A 2ER0E 1K2CA 2R8NA 3I2LA 3VEUA 2IGYA 5P7DA 3CYXA 2O40A 5P58A 3UQRA 5OZVA 3FX5A 5P2SA 1EC0A 5P3OA 3MXDA 3EKPA 5P4BA 2FNTA 4HZTA 5BS4A 3VV7A 3OAGB 3ZPUA 3PSGA 1HVKA 4F74A 3ZPTA 2UY0A 2ZJJA 4EPJA 3EC0A 5OZGA 4B1DA 3BUHA 4Y4XA 2NTRA 3OU4B 5EZXA 5P6EA 2QD6A 4UPJA 5P0YA 2NMYA 3Q5HA 4YE3A 3O9LA 1PPKE 4EJ8A 1LYAB 3RTNA 5P8MA 5P3LA 3SFCA 5OZNA 3VYDA 1D4KA 3DCKA 3RSVA 4NJTA 1W5XA 3QBHA 1HXWA 3OXCA 1EBKC 5P5IA 3Q70A 2O4PA 3LPIA 1BBSA 4RCDA 1A9MA 3OTYA 1HSGA 3UQUA 5P6BA 4B1CA 1B6PA 3PEPA 5P4JA 2O4KA 5DR1A 5DR7A 3VLAA 5P54A 3OADA 5P86A 1HVRA 1CMSA 5P26A 3EL5A 2VNMA 5P66A 5OZYA 4LXMA 2AOHA 5AHCA 4J0YA 3U7SA 4OBJA 5SY2A 5SY3A 5OZDA 4RVXA 1FB7A 1E5OE 1NH0A 4NJSA 1TSUA 1META 3PB5A 4QJAA 4RCEA 5P88A 4RVIA 5P32A 5P2OA 6UPJA 1HVJA 1M4HA 5P4WA 1HVSA 5P44A 2PWRA 4YD6A 4BELA 1NPAA 2HIZA 1XN2A 5OYZA 3PWRA 3VYEA 2VIZA 4CPTA 3S43A 4J0VA 4J55A 1T3RA 5P52A 3D1YA 1IZEA 3S45A 1A94A 2FNSA 5P38A 5P1OA 3R0YA 5P7AA 5JFUA 5PEPA 3VSXA 2WF3A 5OZ6A 5P2DA 4AZYA 2OAHA 1B11A 2QAKA 3OHFA 2AZ9A 1ZLFA 3K5DA 3NU3A 5DQ1A 5T4SA 3MSJA 3T7XA 5HD0A 2NXLA 3PM4A 4CP7A 3VSWA 5P1LA 3TLHA 5P50A 1FMUA 4Y3YA 5P3TA 5P0WA 5P6RA 1FG6C 5P01A 3SPKA 4L1AB 1HSIA 5P2FA 3ZPSA 1FQ4A 2V0ZC 5P0XA 2RKGA 2AOGA 2O4SA 4LXKA 3NDXA 1SDVA 5P25A 5P3AA 4L7GA 3CKRA 5OZWA 5P2JA 3SM2A 5P0KA 5P06A 5P82A 1MSNA 4E43A 5P13A 5P1UA 5P6CA 1FQ8A 1BAIA 1AIDA 4DUSA 1ZJ7A 5SZ9A 3C9XA 5P2BA 5OYYA 1M0BA 2NXMA 3QVIA 2FDEA 3FIVA 2OF0A 3O9CA 3T7PA 2OHMA 3AUPA 1QDMA 1BWAA 4R95A 3URJA 5P1FA 3UDHA 1HSHA 3VF7A 5IE1A 5ENMA 5C9DA 5P4RA 3UDRA 3ZKGA 1RQ9A 2F3KA 7UPJA 1HRNA 3IN3A 3FSMA 5P1MA 5DR8A 2VIYA 2ZJHA 3SA7A 5KQYA 4NJVA 5COPA 1HVLA 5P5UA 1APVE 4Y37A 1FQXA 1HOSA 2F3EA 2R5QA 5P6HA 2B42A 1FMXA 5OZZA 2PSUA 5P5RA 4J1CA 4Y5LA 2VIEA 4EQJA 3O9DA 3HVGA 4Y3XA 5IVQA 2BPVA 5P5QA 5P6IA 5P0JA 3LZUA 5P5KA 5OZ7A 5P2EA 1HIHA 4F73A 2QK5A 3EKVA 4JOOA 4I0HA 5UPJA 1TSQA 2QP8A 1UH9A 4Y43A 1YM2A 3PJ6A 4FRJA 5P0SA 5HDVA 2I4XA 3S56A 1PSAA 5P56A 3QAAA 1DMPA 5OZ8A 5P4KA 1RNEA 1C6XA 3CYWA 5P28A 5KOSA 4YBFA 5P57A 5EZZA 2PWCA 3I25A 2I0AA 5P5FA 5HVPA 1GNOA 1HIIA 4FRKA 5P69A 5P24A 3LIQA 3AIDA 1APWE 1QRPE 5P2RA 5P53A 5B18A 3K5CA 5P2UA 4Y5NA 2ZHTA 4Y57A 2P3BA 3PI0A 4Y41A 2BJUA 2FXEA 4ER2E 3QROA 3WZ6A 3PWMA 1GNNA 3B7VA 4Y4AA 5APRE 5DQ2A 5COKA 3GI5A 3KFNA 2Z54A 4Y4GA 4B0QA 4EJLA 2QZLA 2MIPA 1B5FA 4CMSA 3VG1A 1F7AA 3ZKNA 3KT2A 5P5AA 5P1XA 4Y3QA 4YBIA 3SLZA 1EPPE 3LNKA 3CIBA 5P16A 3ZMGA 4NKKA 5C9BA 2QD8A 1M43A 3UQWA 4HDPA 1B6LA 1TCWA 4Y4JA 1FF0C 4ZPGA 4DJRA 4OD9A 5CLMA 3L3AA 2AVMA 4QJ7A 5P4YA 5P6TA 4YCTA 4KE0A 3FNTA 3BHEA 3OGQA 3TPRA 4GJ9A 3NDWA 5P65A 1GVVA 3SA5A 5P8CA 5FIVA 1W51A 3KT5A 4K8SA 3DCRA 3LHGA 5P7GA 5OYXA 2ZJIA 1W5VA 3Q4BA 5DGWA 4TVGA 3TKGA 5OZQA 2ANLA 4JPEA 2V00A 4LAPA 3LIYA 5P8LA 1ZAPA 5OZTA 5HDUA 4LP9A 4Y5EA 5C9FA 5OZKA 5P0GA 5P2CA 1DW6C 4AA8A 3LIZA 2VJ7A 1LF2A 4OD9B 2H6SA 2FGVA 1GVWA 1MT9A 5P37A 4APEA 5P8QA 5P4SA 1APUE 5P4PA 5P0BA 3SACA 5P1PA 5OYRA 5P27A 5OZBA 2WHHA 3H0BA 5P23A 5P3CA 2WL0A 1HTEA 4AMTA 2QI0A 1LS5A 5P1KA 5P8RA 3MXEA 3OUCA 4K9HA 1W5WA 3OXWA 2QI4A 2G27A 1DPJA 1KJGA 3WSJA 2ZGAA 5P19A 4OBDA 5P7LA 3DV1A 2QD7A 2I4WA 5P1ZA 1EEDP 1SGUA 2B7FA 2A4FA 2G1NA 1LF4A 1VIKA 4BFDA 4IVSA 1G0VA 2IDWA 4N00A 1G35A 5P11A 3TKWA 3KN0A 5AH9A 4HDFA 3SQFA 3PVKA 1HTGA 3QP0A 4NPTA 5P3HA 3BGBA 2G1OA 2UXZA 4DV9A 3RVIA 1LF3A 4JP9A 5P0CA 3EL1A 5DR4A 5OZIA 4R8YA 3QI1A 2FDPA 3N3IA 4CPSA 2J9KA 5OYUA 5P8VA 5OZAA 5P8BA 5P1CA 5P5EA 5P6NA 3SA9A 5P3IA 5P1DA 5P1EA 4S1GA 1EPNE 3IGBA 4J54A 4YCKA 2JXRA 3UDQA 3OAGA 4Y3LA 3HBOA 1BDQA 3SM1A 2BB9A 5P87A 5P3JA 1E81E 3CIDA 1XS7D 4JECA 1MEUA 2XYEA 3BUFA 1MTBA 4EP2A 4FCOA 1BWBA 1IZDA 1GVTA 4AA9A 3MWSA 3O9GA 3D1XA 5P73A 1LYAA 1A8GA 3NR6A 3PLLA 1D4SA 3IAWA 1ODWA 5P49A 2ZHVA 3D20A 3OOZA 4J1EA 3ZL7A 3S8IA 5P4QA 4IVTA 2I4QA 4YDFA 5P0AA 5P0PA 2ZJMA 5P4NA 5P05A 5P0RA 5J25A 4EXGA 4CPUA 4RRSA 5P0TA 3G72A 5P4FA 3OUAA 5P0MA 1CZIE 4Y5MA 3PMYA 3B80A 3SKGA 5P2NA 3HD8A 2IKUA 1MVPA 5P0NA 2WEAA 2R38A 5AH7A 1C70A 5OZLA 4FAEA 4Y3NA 3O9HA 5OZRA 2BPWA 2QMGA 1FIVA 4QGIA 1WBKA 1AZ5A 4MC1A 4PPHA 5P00A 5P1QA 2NNPA 2OHTA 5P75A 5P39A 5P0UA 4R5NA 5P7EA 4DJXA 4DQHA 6FIVA 3OUBA 1HPOA 2ER9E 3GI4A 2QU3A 5P1HA 2G94A 2G1RA 3KM4A 1T7IA 5P6XA 4COEA 3K4VC 5P85A 3T7QA 5P71A 1MIQA 5P7MA 1YTHA 3TL9A 3EKXA 4ZSRA 2PSGA 5P6VA 2HAHA 2J9JB 3Q3TA 5P31A 5P6PA 3TOHA 3TNEA 1UPJA 4Y53A 5P3UA 4GJ6A 3UDPA 1HBVA 3O99A 4Y35A 5I3WA 5P7IA 1HVIA 5KR1A 2VA7A 3UFLA 5P07A 2O4LA 4GJBA 5P2HA 5P2ZA 5AGZA 1PSOE 1HIVA 3FKTA 1OEWA 4U7VA 5ENKA 3NWQA 5DGUA 3DK1A 1ZPKA 4YD4A 2QCIA 4L1AA 1ODYA 2HM1A 1ME6A 5P7UA 5OZCA 2NMZA 5OZ2A 2FLEA 3CMSA 4WY1A 3PCZA 1FFFC 5P8NA 5P5MA 1DIFA 4RVJA 1C6ZA 3L5BA 4I12A 5P5PA 1JLDA 3LZSA 4YOBA 4K4RA 3VV8A 3R4BA 2CEMA 2Q64A 5TOLA 3DV5A 5OZMA 5OZSA 1GNMA 3LPJA 1SGZA 5P4DA 5P3VA 5P61A 2HC0A 5P47A 4RROA 5P7YA 3NU9A 1PROA 1YT9A 4CKUA 3KFPA 1IVQA 5P6SA 1VIJA 5P80A 2P3CA 4EHCA 4Q1YA 2BKSA 3PSYA 3Q6YA 4J1IA 2G24A 5P3BA 5P35A 3S2OA 4L7HA 1QS8A 2QHYA 4Y51A 3LIXA 3O9FA 2RSPA 4YA8A 2IRZA 4FSLA 2WJOA 4ZSPA 4I0ZA 5P55A 3LZVA 5P6WA 5P3XA 5P0ZA 3LITA 3R1GB 3WB5A 4XX4A 4U7QA 2WEZA 2NR6A 4B1EA 4HE9A 3KDBA 2BKTA 1EBWA 3IVHA 1BIMA 1MUIA 5P7OA 1SMRA 2ER6E 1EPQE 5P8JA 3PHVA 2PK5A 2WF0A 5P7XA 5SXNA 1QBSA 4PZXA 4YD3A 3QRVA 4D8CA 4CPRA 4Y58A 3A2OA 4Y3JA 2HPEA 3PLDA 2V16C 4DJVA 5P6ZA 4RCFA 1FFIC 4MC6A 4I8WA 4Y4EA 3OHHA 2JJIA 1NPVA 3PGIA 4D88A 2H6TA 5AH8A 2R9BA 4ZSMA 4GJCA 2PC0A 1BVGA 4CPWA 1G6LA 3NXEA 3NDUA 3GGXA 5KR2A 5P4HA 2V11C 1OHRA 4LBTA 3UDJA 2AZ8A 3K5GA 2ZDZA 5P3MA 5P8DA 2G1YA 3SABA 3DOXA 4X2LA 2NXDA 4FRIA 1XDHA 3K5FA 1ER8E 5P5JA 2V12C 1YG9A 3I7EA 5P60A 3ER5E 4APRE 4EP3A 1OD1A 3CICA 3IN4A 5ER2E 5P5VA 4LHHA 2RMPA 5P6MA 1IVPA 2CEJA 3L5CA 5COOA 3UHLA 1ZSRA 5DQCA 3RU1A 5HDZA 5P5XA 1J71A 3O9EA 4Y47A 3OU1B 3SA3A 5P8KA 5P15A 5P3ZA 3RTHA 4Y3AA 3OQDA 2QZKA 4KUPA 3WZ8A 3S85A 5KOQA 5P2WA 1YTGA 2QZWA 5P7ZA 5P6FA 4I10A 2OHSA 5P18A 1HXBA 4GZFA 3TPJA 4R93A 5HE7A 5P0LA 1EPLE 3ER3E 5KQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L58 A;  2P3B B;  2ZJK A;  4B72 A;  1XE5 A;  2PMA A;  4MC2 A;  9HVP A;  4Y3P A;  5P8I A;  3NXN A;  3O9A A;  2AOD A;  7HVP A;  5IVT A;  4JPC A;  3ZLQ A;  5P8P A;  4GID A;  2AVQ A;  3EKQ A;  4Y6M A;  4DJQ A;  1B5F B;  3EM4 A;  1GVU A;  3DM6 A;  5P4X A;  1WKR A;  2BQV A;  4Y50 A;  5P3S A;  5P1R A;  3ZKI A;  1HVH A;  4FM7 A;  5OZ9 A;  3BRA A;  2BPX A;  2AOF A;  4XX3 A;  3IXO A;  5P0V A;  4KE1 A;  1AXA A;  1YTJ A;  3SKF A;  1MES A;  5P8G A;  2IGX A;  5OYQ A;  3OXX A;  2R43 A;  5P02 A;  5P51 A;  1IDB A;  3NLS A;  4Q1N A;  4Y48 A;  5P6L A;  2HB3 A;  4Y45 A;  4XXS A;  5AH6 A;  5P14 A;  3WZ7 A;  4Y4T A;  5P8U A;  3L38 A;  5ISK A;  1DAZ C;  1SDU A;  1SME A;  3IXJ A;  3PWW A;  1BXO A;  4Y3M A;  3TTP A;  1W50 A;  1NSO A;  2F80 A;  3EMY A;  4J0P A;  3VFB A;  2P4J A;  5P7W A;  2XFJ A;  4J0Z A;  2QNQ A;  4B77 A;  2F3F A;  3UQX A;  5P5B A;  3HAU A;  3U71 A;  3D1Z A;  2QI6 A;  5P1N A;  2PH6 A;  1Z1H A;  4Y3E A;  4L7J A;  5DQ4 A;  5P8E A;  4Y9W A;  5OZ0 A;  1KZK A;  3OUD A;  4HA5 A;  4GJ5 A;  2G1S A;  4DPI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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