5P1OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 107
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1oA01
7HVPA 3QIHA 5DQ1A 4K4QA 1K6TA 2AIDA 1U8GA 5P0TA 4DUSA 3K4VC 3TPRA 3BUFA 3PJ6A 5P28A 4TRZA 5OZWA 3UTLA 3TOGA 5DR8A 3KA2A 5ENKA 3S7MA 4XX3A 2AOFA 2QMGA 5OYSA 3BVBA 5P69A 1K2BA 2RMPA 2O4PA 4J0TA 3PVKA 4XX4A 5P11A 5BRYA 4H3JA 5P4NA 7UPJA 2QNQA 2VA5A 3ZKIA 2I4QA 5P5DA 5P73A 1B11A 1SP5A 3APRE 4YOAA 3LPIA 2ZJLA 5P1XA 5OZ0A 2G69A 2G24A 2HAHA 2P3AA 1W51A 2OHMA 5P87A 3URLA 4Q5MA 5P3PA 5OZDA 4F73A 4OBJA 2WEBA 4HZTA 2RENA 5KR0A 5P1RA 2P4JA 1D4HA 5P8QA 5P0XA 1EPQE 1BXOA 4FAEA 5P85A 5F00A 5P4PA 4U7QA 4PHVA 1GNNA 5P5GA 4Y3ZA 2G1OA 3KFNA 3MSLA 1EBKC 1K6VA 3OGQA 2RKGA 1SBGA 4TRYA 1EBWA 5OZ9A 5P50A 3ER3E 2V16C 4ER1E 3A2OA 1GKTA 5P07A 4ZPGA 1WBKA 4ZSQA 1EAGA 5P01A 2G27A 4YCKA 1ZPAA 3I25A 5DGUA 5OZ3A 5P7QA 3L5CA 4DVFA 4ZE6A 5P24A 3INFA 3UQUA 4BFDA 3PEPA 4JOOA 5P57A 1DIFA 4Y3PA 2O4KA 4RYGA 3GI0A 1AIDA 5P61A 4ACUA 2VNMA 2VA7A 4Z4XA 1EBYA 4X2LA 3SA4A 3DM6A 5P0CA 1RPIA 1YT9A 2WF2A 5P2VA 4L1AB 2FDDA 1AVFA 2I4UA 2QP8A 5P2CA 5P4QA 5OZVA 3EL5A 1LF3A 2BKSA 1D4LA 2FGVA 1WBMA 3WZ6A 4LXMA 5HD0A 3EXOA 3RSXA 5P40A 5P5SA 1J71A 3PLDA 5P6JA 4OBDA 1M0BA 2F3FA 3NU4A 5P1HA 3SAAA 5P1FA 5IVSA 4FAFA 4HDFA 1FIVA 5P7XA 4B78A 2QD7A 3KDDA 4Y3LA 5P4OA 3NDXA 2NPHA 3OXCA 5P0PA 1GVUA 5P19A 5P4JA 1F7AA 5P2EA 3K1WA 4B1DA 3ZLQA 2AZBA 4J1KA 3SFCA 5P2DA 5P22A 4H3GA 1C6XA 2AODA 1XL2A 5P6EA 4Y39A 3PMYA 3Q3TA 3NWXA 5J25A 1A30A 3ZPSA 4FGXA 5HU0A 4Y36A 2HC0A 2ZHUA 3CICA 3S85A 5P2ZA 1ZPKA 3UDYA 1SH9A 2A1EA 4UPJA 5P4VA 5P4YA 3OAGA 5P38A 3QRSA 3UDHA 1GVTA 4FRIA 3OXVA 4Y3YA 3PBDA 5P72A 1SMRA 3EL4A 3EL0A 3LPJA 5IVTA 4GJ6A 4YE3A 5P4RA 2UPJA 2B42A 5P27A 5P52A 4Q1XA 3FNTA 1A94A 4DQCA 5P6CA 3FSMA 5P8MA 1HTRB 3CIDA 4FE6A 3R0WA 5JFUA 4L1AA 3TLHA 5OZYA 5JG1A 3I2LA 4I8ZA 2BBBA 3SA7A 4Y5LA 5AHCA 2QI5A 5KOSA 2R5QA 4FRSA 4DQFA 5P1BA 1OEXA 3BUHA 2A4FA 5P3NA 2PSUA 3UDNA 5P5HA 5P8OA 2G1SA 5P3XA 3LITA 5KR1A 2OHLA 3URIA 4GJ5A 5P0FA 1EPNE 1RL8A 3URJA 2AVMA 3VF3A 2ZDZA 4QJ6A 4CPQA 5OZKA 1EPOE 5P1KA 3BGCA 4L7GA 3OUDB 5P8HA 5C9FA 4J0VA 3OQKA 1ZP8A 3VUCA 5HDUA 3O9CA 3D1ZA 3KT5A 3VV7A 1YTJA 2ZHTA 2QD8A 5AH9A 1IZEA 2NMZA 2XFJA 2IGYA 5P3AA 3HW1A 4B05A 3NU6A 4PZXA 5P1LA 2G21A 1FG8C 4ZSRA 3OUCA 4J5JA 4I11A 2AVSA 2AZCA 3M9FA 2ZHSA 5P2FA 3N4LA 4B77A 2HB4A 2NNKA 2QI6A 2AVVA 3BXSA 5HCOA 4RLDA 2QU3A 5P2OA 1DW6C 1HVIA 5P0UA 5P1YA 2HM1A 4Y3TA 2JXRA 5P2XA 1FFFC 1HVCA 2VIJA 2HIZA 5OZMA 1LYWA 5P6GA 2QZKA 4KE1A 1T6GA 4CPRA 4OBKA 5BS4A 3SQFA 1FQ8A 1TSUA 3O9AA 2OHSA 1XN3A 4H3FA 4Y53A 5AH6A 5P4ZA 2AVOA 3NWQA 2XFIA 4J17A 1HIVA 4DH6A 3KMXA 5P5TA 5OZJA 4FS4A 1EPRE 1RQ9A 2ZE1A 2OHQA 5P62A 5OZ1A 3WSJA 2G1RA 5P7AA 4A6CA 3EM4A 2Q64A 5OZOA 3PB5A 4CPTA 2VIYA 4K9HA 5P49A 3WZ8A 1EPPE 1HPVA 4R91A 1SDUA 4HE9A 3KDBA 5P10A 4IVSA 5OZ8A 3O9LA 3ZKGA 5P2QA 5P7HA 5P6YA 5P0EA 1LYAA 4YBFA 4YA8A 1FFIC 5P6BA 4DQHA 4Y48A 3NSHA 4FIVA 4DQEA 2Q55A 1MERA 1HTFA 2WKZA 2PH6A 3DV1A 5P3RA 5P44A 5DR4A 3HZCA 3OHFA 3VYDA 3D20A 3B80A 4ZIPA 4AMTA 2PK5A 4JPCA 2G1NA 5P63A 4LXAA 1FLHA 2P3BB 2IKOA 4Y5GA 2QZWA 5COKA 5FIVA 3T11A 1HOSA 3LIZA 2P3DA 5P16A 1HWRA 1UH9A 4YDFA 3KF0A 3LIYA 2FIVA 1MTBA 2AZ8A 5DPZA 2JE4A 1EPLE 3O9IA 3OU1B 3OY4A 1E5OE 3L5DA 3QN8A 1ZSRA 3NYGA 5DR7A 4GJCA 2R3TA 4Y50A 4EWOA 2FXDA 4L6BA 1PPLE 4EJDA 3NU5A 1MT7A 1SIPA 4Y35A 3LZUA 3D91A 4M8XA 5P3JA 3UQXA 3O9DA 3PCWA 1GVXA 4Y4TA 3OGPA 1APUE 4A4QA 5P09A 4RCDA 3Q5HA 3L5BA 4I0FA 5P6XA 2O4LA 4GJ7A 3SA6A 5P42A 2G26A 4Y57A 5P6WA 4PZWA 2WF3A 5P03A 5P32A 2R9BA 3K5DA 2HB2A 4RVJA 5P4EA 2IL2A 5P0GA 5EZZA 2F80A 5P5QA 2CENA 5P1VA 5P3QA 5OZZA 5P3SA 3EMYA 1CPIA 1YM4A 2BKTA 5P4WA 5P77A 3SA5A 4GJAA 2Q63A 5P05A 4MC2A 4Y45A 1W5VA 5P2LA 3INEA 2QHYA 5P3KA 3AIDA 5P67A 3VFBA 2BPZA 4B70A 4PPHA 1EC1A 3ECGA 4OBFA 5P6KA 3F9QA 1TZSA 4OBHA 5P0WA 2V0ZC 4Y9WA 3LZVA 4Y5PA 1MT8A 3H0BA 2ASIA 2QI3A 2G22A 6UPJA 5OZBA 4D88A 4YD3A 5P1WA 2R38A 2WJOA 3S45A 3S7LA 1PROA 3OU1A 1T7KA 1META 5E5KA 5APRE 2OHKA 1LV1A 3OQDA 3GGUA 2V10C 2SAMA 1YTGA 1PPKE 5P2BA 2ZJNA 3PWMA 3VSWA 4GMIA 2QU2A 3MWSA 5JFPA 5P0BA 3ER5E 1XDHA 5P14A 3VV8A 4JECA 5P3UA 1HPXA 1C6YA 5P0QA 3PWRA 3SO9A 5KR8A 2QD6A 4EJ8A 2WECA 5P0IA 5P58A 5P6VA 4EJLA 5P34A 1XE6A 3L3AA 5P02A 5OZRA 4EQJA 5P23A 5P3VA 2QZLA 1B6KA 2VS2A 4APEA 3SA8A 4DPIA 3KFSA 5P74A 5OZQA 5P7UA 4ZEAA 1TW7A 3DOXA 1PFZA 2OAHA 1IDBA 3PSGA 1XL5A 3S53A 2V00A 1NH0A 5P1UA 3T7XA 3O9EA 3PMUA 2AOHA 1MSNA 3UCBA 3S43A 3HBOA 3IVIA 2JJIA 5P0AA 4I0ZA 5P5OA 2PQZA 4J1HA 4FM8A 4GZFA 3LIQA 2WEAA 5CLMA 4HLAA 4Y5EA 5P4BA 3BUGA 5P45A 4Y37A 3T7PA 3EKYA 1MTRA 4L7HA 5P8SA 5P5AA 1DAZC 4Y4XA 3R2FA 4I0EA 1FB7A 3S56A 4F76A 1TSQA 5P86A 5P1AA 1HHPA 2FXEA 5P08A 5P2KA 2F8GA 1FGCC 4B1EA 3NU3A 4EQ0A 1SMEA 2O4NA 3RSVA 3OAGB 5P55A 1IVPA 3HAUA 5P54A 5P00A 1IDAA 1K1UA 1PSOE 2HS2A 4Y4JA 3VCMA 5P5VA 1FQ7A 1YG9A 5P18A 4DJPA 5P6FA 1M4HA 4Y4UA 2XFKA 5P6LA 1SDTA 1FQ5A 3SKGA 4YCYA 1FQ6A 5OZNA 5P8UA 5P0VA 1BXQA 3OOZA 2ER9E 5JODA 1EBZA 5P3WA 4HA5A 5HVPA 2QMPA 4EJKA 3JW2A 1DP5A 3HLOA 2PYMA 1HVSA 3PSUA 1ZTZA 5P4AA 3TKWA 5P5CA 3IN3A 5P4IA 2VIEA 1MSMA 5P4MA 4MC6A 4DPFA 5HDVA 2ER6E 3D1XA 1ME6A 1KJ4A 3KYRA 1FEJC 1W6HA 1ODXA 3PGIA 1B5FA 1Q9PA 3O99A 5OZEA 3OOTA 4OBGA 3L5FA 3R1GB 2PWRA 5OZ2A 5AHBA 4OC6B 5KAOA 2ZJIA 4Y3NA 5P7KA 1W50A 3GW5A 2XYFA 1YX9A 5P13A 5P6QA 3TOFA 4EP2A 5P7CA 2ZYEA 5P89A 3ZKMA 5HTZA 1BBSA 1T3RA 1T7JA 5P6MA 4Y3XA 5P2HA 3K5FA 3QAAA 1IVQA 4J54A 4Y3GA 4CPXA 4DFGA 5OYUA 2ZHRA 3KFRA 5P3YA 4Y3EA 3U6AA 2AVQA 2QNNA 5P65A 5P2TA 1EEDP 5P4CA 4I10A 4LP9A 1F34A 1NPAA 5P43A 4QJ2A 1GVWA 5P7VA 2J9JB 5SY3A 1LYWB 5P7LA 5P4SA 5P12A 3RVIA 4GIDA 3APPA 4CP7A 1HEFE 3OXXA 2P3CA 1OD1A 4Y4BA 1KJ7A 1MRWA 5P1OA 3KDCA 5P53A 4DJUA 4QJ8A 2ZJHA 4Y3DA 2NXMA 1BWAA 1ZSFA 4NJTA 4LBTA 2V12C 3PM4A 5P26A 5E5JA 1XN2A 3L59A 3EM3A 3T6IA 4E43A 3RTHA 3T3CA 2I0DA 3TNEA 1VIJA 2QAKA 1IIQA 5P5RA 4QJAA 3LIVA 4Y4WA 4D85A 4R5NA 3SM1A 4AUCA 4WTUA 5P7RA 4YCTA 1HSHA 5P33A 5P75A 4D89A 2EWYA 5OYWA 4OC6A 4Y54A 2Z54A 3EKWA 4TRWA 5OYRA 3JVYA 5OZ5A 4XKXA 1HEGE 3O9HA 3ZPTA 5P3ZA 5P35A 3OQAA 3O9LB 5P30A 4F75A 3K5CA 1B6MA 1BVGA 5P80A 4DJWA 4YOBA 1YTHA 3UQPA 1LYAB 3FNUA 1NPWA 3BRAA 3WZ7A 1QRPE 1MIQA 2B8LA 2OHPA 5P3OA 1XE5A 2PH8A 5P2RA 2B7FA 1QBSA 2P8HA 3D1YA 3ZL7A 4Y38A 1PSNA 2G94A 5P79A 2H6SA 1FF0C 5T4SA 4QJ9A 1HVRA 5P70A 3GI6A 4QJ7A 4CPSA 3QI1A 1APTE 3DUYA 2PSGA 4RCFA 2QHZA 3BVAA 3EL9A 4KE0A 2J9JA 5P7SA 1BDRA 3NXNA 1OHRA 4F74A 4I1CA 3SABA 2CEMA 1BV9A 3HVGA 3I7EA 5P3BA 2RSPA 4RZ1A 2NXDA 3QP0A 1HTGA 5OZCA 1SGZA 4R93A 4Q1YA 3OUAA 4LAPA 1W5YA 2AOCA 1IZDA 2FDEA 1G0VA 5P1QA 3O9FA 5P0KA 5P2AA 3OK9A 3SPKA 3FKTA 4Y5AA 5P41A 1G2KA 1D4IA 2G20A 1D4KA 3PWWA 4Y51A 2NMYA 5OZGA 1UH8A 4RRSA 3UQWA 2R8NA 3VG1A 3EC0A 3K5GA 3OU4A 4FM6A 4I0GA 3CKPA 3ZKNA 1NPVA 5P0SA 4NPTA 3Q70A 3NLSA 2PYNA 2R43A 2QI7A 2MIPA 4PYVA 5CONA 4K8SA 2QNPA 2APRA 3EKXA 4FSLA 4Y43A 5P6PA 4HVPA 3T7QA 1RNEA 1HSIA 4RVIA 4OBZA 5P0OA 2Q3KA 1DMPA 5P5KA 5P81A 5P5YA 5P6NA 3OTYA 3OXWA 5IS4A 5P1MA 5OZFA 5ISJA 1E81E 4IVTA 5P0NA 2AOJA 4CPWA 2ZHVA 4K4RA 1D4YA 1HRNA 3I8WA 3HVPA 4HDBA 3LNKA 1HXBA 5P7JA 2I4WA 4BEKA 5P84A 1IZIA 3KMYA 3MSKA 1K2CA 1ER8E 4Y3SA 2IENA 3QRMA 4COEA 4APRE 5P1TA 4DV9A 3SM2A 1E80E 1QS8A 1ZBGA 4J55A 4ZLSA 1DPJA 4Y3WA 3GGVA 3PI0A 4GJ9A 1HVHA 3MSJA 1T6EX 4NJUA 2OHRA 4TVHA 3CMSA 3QVCA 5P2UA 5I3YA 2ZJJA 9HVPA 5P04A 5ENMA 3O9BA 5P82A 4YD4A 4FM7A 3SLZA 3WB5A 3IAWA 4I12A 2H6TA 2IQGA 5P4LA 5OZSA 2FNSA 3PSYA 4YD7A 3WB4A 3NDUA 1BDLA 3SKFA 3UFNA 3RTNA 4FLGA 1BAIA 3VYEA 3GGAA 2IS0A 4FRJA 3ZMGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 7HVP A;  3QIH A;  5DQ1 A;  4K4Q A;  1K6T A;  2AID A;  1U8G A;  5P0T A;  4DUS A;  3K4V C;  3TPR A;  3BUF A;  3PJ6 A;  5P28 A;  4TRZ A;  5OZW A;  3UTL A;  3TOG A;  5DR8 A;  3KA2 A;  5ENK A;  3S7M A;  4XX3 A;  2AOF A;  2QMG A;  5OYS A;  3BVB A;  5P69 A;  1K2B A;  2RMP A;  2O4P A;  4J0T A;  3PVK A;  4XX4 A;  5P11 A;  5BRY A;  4H3J A;  5P4N A;  7UPJ A;  2QNQ A;  2VA5 A;  3ZKI A;  2I4Q A;  5P5D A;  5P73 A;  1B11 A;  1SP5 A;  3APR E;  4YOA A;  3LPI A;  2ZJL A;  5P1X A;  5OZ0 A;  2G69 A;  2G24 A;  2HAH A;  2P3A A;  1W51 A;  2OHM A;  5P87 A;  3URL A;  4Q5M A;  5P3P A;  5OZD A;  4F73 A;  4OBJ A;  2WEB A;  4HZT A;  2REN A;  5KR0 A;  5P1R A;  2P4J A;  1D4H A;  5P8Q A;  5P0X A;  1EPQ E;  1BXO A;  4FAE A;  5P85 A;  5F00 A;  5P4P A;  4U7Q A;  4PHV A;  1GNN A;  5P5G A;  4Y3Z A;  2G1O A;  3KFN A;  3MSL A;  1EBK C;  1K6V A;  3OGQ A;  2RKG A;  1SBG A;  4TRY A;  1EBW A;  5OZ9 A;  5P50 A;  3ER3 E;  2V16 C;  4ER1 E;  3A2O A;  1GKT A;  5P07 A;  4ZPG A;  1WBK A;  4ZSQ A;  1EAG A;  5P01 A;  2G27 A;  4YCK A;  1ZPA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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