5P1PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 108
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1pA01
3FNSA 1HIVA 5P24A 3SKFA 1M43A 4BFDA 3OOTA 2ER7E 2JJIA 2FMBA 3NDXA 5P5DA 5P64A 2AZBA 4OC6A 1GVUA 2CEMA 3FSMA 2AQUA 5P33A 4J0ZA 3WSJA 3EL0A 3PBZA 2OHKA 3VV8A 2QI1A 3KDBA 1PPKE 1TW7A 2V11C 3SA7A 3OY4A 5P1UA 5HVPA 4GB2A 4E43A 2R5PA 5P5QA 1U8GA 2B7FA 2NNPA 3CKTA 5P4DA 5HTZA 1RL8A 3EM6A 4EYRA 5P8FA 2QMFA 1HWRA 2ZHVA 2ASIA 1MEUA 4J1IA 3S7MA 4OBFA 3K5FA 5P12A 1FFIC 3PBDA 3CKPA 2CEJA 5P8PA 1HXBA 1RPIA 4YCYA 3UTLA 1ZJ7A 3URIA 4L6BA 4WY6A 4FRJA 4J0PA 4NJUA 3O9BA 2R43A 4COEA 3GI0A 4AMTA 4X2LA 3IAWA 2WL0A 2ZHRA 2QI3A 5P0IA 1G6LA 1SP5A 1G35A 2APRA 4EJLA 4DQBA 5OZEA 3TKWA 3QI1A 5P2CA 4TRWA 2Q11A 2NR6A 1W5XA 5P8OA 5P71A 5OYTA 2FNSA 4LAPA 3BVAA 1MT9A 3SA9A 3QROA 4H3IA 5P1GA 1VIKA 1K1TA 1XL5A 3R0WA 1N49A 1T3RA 5P6WA 5DPZA 1EBKC 2VIJA 5P5WA 4H3FA 3QVCA 1IDBA 4DJRA 5HDZA 3SKGA 2V0ZC 4Y39A 5P02A 5P5NA 2HC0A 3KDDA 2QZKA 4L7GA 1B6PA 4NJVA 1ZPKA 1HPSA 4TVHA 4Y6MA 1NPWA 1BXOA 3AUPA 4D85A 4Q5MA 2PH8A 2XFIA 5P75A 1IVPA 2F8GA 5JODA 1IZIA 5P1IA 3SAAA 2R38A 3OUDB 4OBGA 3K5GA 2AOEA 1LYWB 5P20A 3PMUA 2B7ZA 2OHRA 5P8HA 9HVPA 3K5DA 4ZSMA 5P16A 3QAAA 4B77A 1PSNA 3S43A 1WKRA 2R9BA 2VIYA 2NMZA 1HXWA 1AVFA 3NU4A 5ENMA 1HIHA 3UDRA 1FQXA 5P5CA 5P00A 2H6SA 3OK9A 5P7UA 5P4FA 4DPFA 3ST5A 3SACA 2R5QA 5FIVA 2WEZA 5P3LA 5C9BA 4N00A 3NYGA 1HTEA 3OQ7A 4Y3YA 2AOJA 3RTNA 5P82A 3H5BA 2FLEA 1PSOE 3SO9A 5P6KA 2I1AA 4KE1A 1BIMA 5P7RA 3S45A 2QHZA 1ENTE 1HVHA 5P50A 5P29A 3NU3A 3KFNA 3SPKA 5OZ9A 4Q1WA 5P3NA 2HAHA 1MRWA 2BJUA 4EWOA 1BVEA 4Y47A 3LIYA 3EL1A 3TL9A 5OYVA 4A6BA 5OZWA 4F76A 4APEA 3EKVA 4L7HA 4OBZB 2QZWA 5KQZA 3BXRA 3VFBA 4F75A 4J55A 4CPQA 1ZSRA 2QZLA 4YD4A 1HOSA 1FB7A 3QPJA 3T7XA 2F3EA 1T7KA 4Q1NA 5P1ZA 2Z54A 5P6JA 5OYQA 2FGVA 2BQVA 1D4KA 4OBHA 2WKZA 3G70A 3DOXA 5P4BA 4CPTA 1BXQA 1AIDA 5P89A 5KAOA 3QS1A 2F3FA 1XE6A 5P6TA 1LS5A 4B1EA 5P0ZA 2ZJJA 4K4RA 4LL3A 3KA2A 3UDYA 3L3AA 2V10C 2PSUA 3PCZA 3L58A 4ER2E 1MSMA 2P3DA 1D4LA 5P49A 5P1RA 4I0GA 3I7EA 3SA3A 5P4UA 5P7LA 5P6AA 1IZEA 4ZSRA 1OHRA 4YCTA 5P30A 5P7KA 2SAMA 3O9LB 4FCOA 4ZEAA 1HEFE 3HAUA 5P6MA 2I4QA 5OZTA 5P6OA 1MPPA 4Y4AA 5AH8A 1EPME 5P2IA 1FMBA 3TLHA 4YDFA 4YBIA 5P5BA 2WF2A 3VEUA 3TPPA 1EPOE 5P3QA 3BRAA 3DK1A 4OD9A 2VJ6A 4EQJA 2G20A 1FFFC 3KM4A 5P8BA 5OZFA 3FKTA 3SABA 4RRNA 3OTSA 1HPOA 3ZMGA 3QBFA 5COKA 2QAKA 3ZKSA 1D4SA 4D8CA 5P1KA 1MESA 3Q5HA 2PK6A 3OQFA 1EBZA 4LXKA 3HVPA 4NPUA 3IN4A 3C9XA 4DJPA 1FIVA 4ZE6A 4H1EA 3NU9A 3TPJA 5OZ8A 5J25A 5OZLA 1KJGA 5HE5A 3BGCA 3Q70A 3RU1A 3SA5A 2OHTA 5P0AA 3FX5A 3VF3A 2ER0E 5P35A 5P2TA 5P78A 5P8SA 3HW1A 4Y5EA 2PWRA 3DV1A 2ZJKA 4J54A 1Q9PA 3URJA 1EBWA 5P09A 5P63A 5P2QA 3KYRA 5P6BA 1B11A 2B60A 3KN0A 2BPYA 5P26A 1ZSFA 5DR1A 3IVHA 4J1EA 1GVWA 3ZKXA 2P3CA 2JYSA 2AZ9A 2QMDA 5P1HA 4TRYA 2AODA 1FQ4A 3GGAA 5P0GA 4EP3A 1QBRA 2G1OA 2RMPA 4MC1A 1FMUA 3ER3E 1EC0A 4EXHA 2VA7A 2XYFA 2QI6A 4EP2A 5P74A 5TOLA 1UH9A 1OEXA 1K1UA 5P7NA 4Y35A 2Q15A 3TNEA 4EQ0A 3DM6A 5P72A 4F74A 3LPJA 5P58A 4ACUA 3OAGB 1ZPAA 5P2EA 5P6UA 5P23A 4QJ2A 5P80A 4FM6A 4Y50A 5P6IA 4I1CA 1SDUA 5AHCA 5P7CA 5P1EA 1FEJC 1M0BA 3JVWA 2O4LA 4FRSA 4PZWA 1HBVA 3UDHA 5P2BA 4GMIA 2AZ8A 4RROA 2QMPA 3IA9A 3PGIA 1B6JA 1HVCA 5KR2A 2P3BB 1TQFA 2WEDA 5COOA 3UPJA 5KR1A 5P05A 4B72A 3ZPSA 2VA6A 5P6CA 2G1YA 4Y51A 1LYAB 2Q64A 4X7IA 4A6CA 1D4HA 2OHLA 5P0KA 4IVTA 4Y5NA 5ENKA 1APTE 2F81A 3INDA 1HTRB 5OZHA 4YD6A 3QRMA 4QLHA 1GKTA 2O4SA 2WEBA 3UDPA 4YD7A 3OGPA 5P4ZA 3KDCA 5JG1A 2HB4A 4S1GA 4Y3PA 4Y3LA 4ZSPA 1YTIA 3OTYA 3OXCA 5OZMA 5P8JA 1IZHA 3KMXA 2QNNA 2ANLA 4ZLSA 2O4KA 5P53A 5SY3A 4DJVA 5I3WA 4Z2ZA 3MSLA 5P2UA 3VYDA 1UH7A 1W5VA 3DCKA 3LPKA 5P1CA 2QD8A 2IS0A 4R5NA 5P79A 1MUIA 3VYFA 4Y3AA 4Y48A 3Q3TA 1T7JA 3I2LA 3WB4A 3PWWA 5P8DA 3CYWA 4YD5A 5P56A 4FGXA 3DJKA 2AOCA 3SQFA 2I4XA 2O40A 1HPXA 5P22A 3S56A 1YTGA 2RKFA 1W6IA 5P7AA 2ZJLA 3HD8A 4DJXA 1MRXA 5KQYA 5P5IA 2R8NA 3UQRA 4Y5GA 4I8ZA 1RQ9A 1F7AA 5P14A 1W50A 1K2CA 4Y58A 3WZ6A 5P6VA 2F80A 5P1YA 3ZKMA 4A4QA 3O9FA 5P1FA 3OU4A 3PSGA 2O4PA 5P5XA 3LIVA 5P48A 5P4VA 1CMSA 4R95A 4GJBA 4XXSA 2I4VA 4GJ9A 4GJ5A 4KB9A 5P0EA 5P5KA 1HVJA 3ZPUA 2AZCA 3JW2A 2G69A 5P7TA 5P84A 4IVSA 2V16C 5P38A 1FQ8A 1ODXA 6FIVA 3QBHA 1EBYA 5P0OA 3TH9A 3L5EA 4Y3RA 4JPCA 4I10A 1CPIA 3MXDA 1SMRA 5P7IA 3TKGA 1XDHA 1SIVA 2MIPA 3BUFA 4PYVA 5P36A 4EJ8A 5OYXA 2Q54A 1FLHA 3OQAA 2F3KA 2FXDA 2HS2A 2IENA 1T6EX 1HRNA 3U71A 5P44A 4FAEA 1D4IA 4QJ9A 4RCFA 3T3CA 3VV6A 3NR6A 2ZDZA 3OWNA 5P57A 4DUSA 3M9FA 5P4TA 2FDDA 5ER2E 3O9HA 3PLDA 4DJUA 1FG6C 4ACXA 2ZJHA 2AOFA 1FKNA 5P5UA 3BGBA 3OXXA 3QVIA 4DV9A 5P4QA 5DQ4A 5P6PA 4DQGA 3U7SA 4ZIPA 1XN2A 4NJSA 5P8UA 2FDEA 4LP9A 4YDGA 2ZJIA 3CKRA 1ME6A 1IIQA 5P08A 1BDRA 2Q3KA 4FS4A 2AVVA 4RVIA 2QP8A 4Y56A 4YE3A 1FQ6A 4I8WA 1G2KA 4GJ8A 4I0ZA 2J9JB 4XX4A 5OZVA 2UPJA 2IGYA 2I0AA 4RVJA 2QNPA 5OZ5A 2HPFA 2I4DA 5P4KA 1CZIE 5P8GA 4Y5KA 2IKUA 4FRKA 4Y43A 5P7ZA 1XE5A 5P61A 3TOHA 5P2LA 2Q5KA 1BDQA 5P06A 4RCEA 3UQWA 1SDTA 2QI5A 5P45A 4Y5PA 5OYWA 5P6YA 1EEDP 1HSIA 1K6PA 5P1TA 1K6VA 5P4EA 1NPVA 3H0BA 5OZ6A 2ZE1A 3D1XA 3N4LA 4FAFA 5P2VA 3NUJA 5P27A 1W5WA 3B7VA 1XN3A 3LHGA 5P2WA 1E82E 3VYEA 4J0YA 4GIDA 3CIDA 1K6CA 4M8XA 5P7QA 3NDTA 5P70A 5P2HA 5P7YA 3LIZA 1GNMA 1HIIA 1BILA 2G1NA 5P1PA 2QI7A 1EPNE 2IQGA 3INEA 4QJAA 1T6GA 5P62A 4L7JA 5P5EA 4K8SA 3UFNA 2FXEA 5P1OA 4I11A 5P86A 2FS4A 5P7HA 5HU0A 3PWMA 3KFSA 1XS7D 1HVKA 1EC1A 1HVLA 5P3UA 4GJCA 4I0FA 4QGIA 2ZJMA 1FG8C 3NDWA 5OZCA 3PI0A 1BWBA 5DQ2A 5P8RA 3T6IA 1A9MA 2P3AA 2QU2A 3NWQA 6APRE 2BBBA 5P81A 1LYBB 4JP9A 5JFUA 5P18A 5P0WA 1TZSA 3SM1A 3VUCA 4U7QA 5OZRA 4DQFA 2QHCA 3OU1B 5JFPA 1SGZA 5P2KA 3FNTA 5P2JA 4YCKA 2PC0A 5P0XA 3UFLA 4CPSA 5P5LA 4K4QA 3OGQA 3VSXA 2QI4A 5P3MA 1EPPE 3IXOA 3LINA 4Y3SA 1A8GA 4D83A 4GJ6A 5HCOA 5P47A 3MSJA 3UQUA 5P87A 1PPLE 3KFPA 1ODWA 5P4MA 7HVPA 3EL4A 3PM4A 5P3VA 5P65A 1META 1QS8A 5B18A 2IRZA 2PWCA 2JXRA 2V13A 4MC6A 3RVIA 3CICA 3VFAA 5P4RA 1KJFA 5P6QA 4K4PA 1MTRA 4L1AB 4WTUA 4J1HA 1TCXA 1OD1A 4YHQA 3LZUA 4Y36A 5P3HA 7UPJA 2OAHA 5I3YA 1QBSA 5P3WA 3ZPTA 1TCWA 1DW6C 2PMAA 1B5FB 2RKGA 3BHEA 2BPWA 4U7VA 3EM4A 3WZ8A 3EXOA 1E81E 1C6ZA 2HS1A 3VLAA 1EPQE 3GI5A 3PCWA 4EJKA 5DR8A 5P41A 5P4AA 5P4GA 3AIDA 2BPVA 3OUDA 3FNUA 5P5TA 5ISKA 3UDKA 1HTFA 2UXZA 1G0VA 2Q55A 1HTGA 5OZ2A 5P67A 2CENA 2QCIA 4XKXA 1GVVA 1FGCC 3EKYA 1APUE 1RNEA 3BXSA 5OZSA 4B1CA 5OZGA 5P8NA 4Y4XA 3R0YA 3IVIA 5P4YA 5P0HA 5P2OA 2VIZA 3NU6A 5I3VA 5F01A 5I70A 5P54A 2WF1A 1LEEA 4PHVA 4K9HA 2BPZA 1ZTZA 5C9FA 4I0HA 5P0TA 3OUBA 5HDVA 4Y3MA 5P4HA 5P2FA 3K1WA 5P3GA 4R93A 3B80A 4EJDA 3D91A 2AOHA 3O9EA 3HVGA 1DAZC 4HLAA 5P4NA 5P2ZA 3L5FA 4HZTA 5P0FA 4HDPA 4D88A 5OYSA 5P8TA 4JPEA 5P5OA 4GYEA 4APRE 4OC6B 1EC3A 2WEAA 5P15A 1NH0A 3UHLA 3NSHA 4YOAA 5APRE 4KUPA 5P7BA 1IBQA 3OXVA 5P69A 4U8WA 3BVBA 1TSUA 5OZOA 3OU3A 5P3RA 3I8WA 5P1WA 5DR4A 2P4JA 5P3AA 5P5GA 3FIVA 5KQXA 1T7IA 5SXNA 5P7JA 1K6TA 1LZQA 3EBZA 5P8EA 4Y3GA 2AVOA 3UDJA 1YX9A 1LF3A 3D20A 2BKTA 4RYCA 1D4YA 4AA8A 5DR0A 2OHPA 5P8QA 4Y5MA 5KOSA 3KT5A 5P60A 3S53A 5P19A 3I6OA 1KJ4A 5P7XA 3EMYA 3PHVA 5OZDA 2V00A 4Y38A 5AH6A 4Y4DA 5CONA 2P8HA 2WECA 4HVPA 5P3IA 3D1ZA 5P3JA 3PI5A 2B8LA 3O9LA 5COPA 3DCRA 4AUCA 4RZ1A 2PSGA 4QJ6A 5P83A 4Y44A 5P6GA 3VG1A 2J9KA 3UCBA 5P3OA 3MWSA 5C9DA 3VF7A 5HD0A 2O4NA 5P46A 4J17A 4NPTA 3ZKNA 2I4UA 5F00A 2NXMA 5P3PA 3U6AA 1PFZA 5OZYA 3TTPA 2VJ7A 1W5YA 1DIFA 3EKXA 1AXAA 1YTHA 5P8AA 5P1NA 4HEGA 2B8VA 2BPXA 2Q63A 5P6SA 4R91A 3GGUA 5AH7A 5P8LA 3O9GA 4I12A 5IS4A 5P03A 2HIZA 2QD6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FNS A;  1HIV A;  5P24 A;  3SKF A;  1M43 A;  4BFD A;  3OOT A;  2ER7 E;  2JJI A;  2FMB A;  3NDX A;  5P5D A;  5P64 A;  2AZB A;  4OC6 A;  1GVU A;  2CEM A;  3FSM A;  2AQU A;  5P33 A;  4J0Z A;  3WSJ A;  3EL0 A;  3PBZ A;  2OHK A;  3VV8 A;  2QI1 A;  3KDB A;  1PPK E;  1TW7 A;  2V11 C;  3SA7 A;  3OY4 A;  5P1U A;  5HVP A;  4GB2 A;  4E43 A;  2R5P A;  5P5Q A;  1U8G A;  2B7F A;  2NNP A;  3CKT A;  5P4D A;  5HTZ A;  1RL8 A;  3EM6 A;  4EYR A;  5P8F A;  2QMF A;  1HWR A;  2ZHV A;  2ASI A;  1MEU A;  4J1I A;  3S7M A;  4OBF A;  3K5F A;  5P12 A;  1FFI C;  3PBD A;  3CKP A;  2CEJ A;  5P8P A;  1HXB A;  1RPI A;  4YCY A;  3UTL A;  1ZJ7 A;  3URI A;  4L6B A;  4WY6 A;  4FRJ A;  4J0P A;  4NJU A;  3O9B A;  2R43 A;  4COE A;  3GI0 A;  4AMT A;  4X2L A;  3IAW A;  2WL0 A;  2ZHR A;  2QI3 A;  5P0I A;  1G6L A;  1SP5 A;  1G35 A;  2APR A;  4EJL A;  4DQB A;  5OZE A;  3TKW A;  3QI1 A;  5P2C A;  4TRW A;  2Q11 A;  2NR6 A;  1W5X A;  5P8O A;  5P71 A;  5OYT A;  2FNS A;  4LAP A;  3BVA A;  1MT9 A;  3SA9 A;  3QRO A;  4H3I A;  5P1G A;  1VIK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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