5P1QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 109
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1qA01
5OZCA 1T3RA 1XE6A 3O9LA 1XL5A 3KDDA 5P2DA 4Y57A 4EJ8A 1MPPA 2BB9A 1YG9A 4CPRA 5P4ZA 3U7SA 4YOAA 4OC6B 5P3EA 5P0XA 3IVHA 1HSGA 3S2OA 1A30A 4B72A 4Y5BA 5P12A 5P33A 2VJ6A 1DMPA 4APRE 5P1DA 5P5MA 3VFBA 5KQYA 4YD4A 5P3ZA 5I3YA 2AZBA 4FE6A 4FRJA 5E5KA 4JPCA 3SAAA 4EP3A 1ODWA 5COOA 5P46A 1MVPA 2B60A 2FLEA 3S85A 5AHCA 5P13A 4DPIA 3ZKQA 5P02A 1HVCA 1NSOA 2ER0E 4GJAA 3BXRA 2PWRA 4RVIA 3NYGA 3GI0A 3T6IA 3S43A 5P6ZA 5OZMA 5SY3A 6FIVA 3SABA 2IRZA 1K1TA 5DQCA 3HVPA 1QRPE 5P4BA 1IVPA 2PSUA 3HBOA 3PBZA 4ZSQA 3TOHA 5P1BA 3FNUA 4TRYA 4ER4E 4RVXA 3DK1A 1M43A 4Y4EA 4QJ9A 3SA7A 2AVQA 3LZSA 5P53A 4YCKA 5P8EA 2HS2A 5P8VA 5P07A 1K6VA 5P0UA 5P2JA 2G1YA 3KA2A 3OY4A 2AOJA 5HE5A 3UQWA 3QAAA 1EPRE 4FGXA 2Q3KA 4GJDA 4Y6MA 3ZKSA 2ZJLA 1ZJ7A 3EKXA 3OAGA 4AMTA 2IS0A 3GI4A 5DR1A 4ZPFA 5P2OA 5P2IA 3Q3TA 4DQFA 1EC1A 4UPJA 4FS4A 5P2RA 1KJGA 2JYSA 1G0VA 3VYFA 3QROA 2ZHSA 1YTIA 5P7TA 4XX3A 4Y53A 3KF0A 2JJIA 4NPTA 5P6BA 4Y35A 1EPNE 2A1EA 4WTUA 4I8ZA 3VV6A 2R9BA 3EBZA 3LINA 5P5HA 1UH9A 4M8XA 1BWAA 5DR0A 5P76A 3PWMA 2QP8A 1U8GA 2PSVA 5OZYA 1RQ9A 3TKGA 4DV9A 4ZPEA 5E5JA 4I10A 2UPJA 2IKOA 1PROA 2QHYA 3BXSA 4ZSRA 5P8MA 3D1YA 4Q1NA 3CYWA 5P0WA 2V0ZC 3O99A 4PZWA 4AA9A 5P06A 5P56A 3S8IA 1T6GA 4DQGA 1YTJA 5P7IA 3S43B 2HB2A 5P5GA 4B70A 4L7GA 3A2OA 3KFSA 3LITA 1ZBGA 2ZGAA 2ZHTA 3WB5A 5KOSA 9HVPA 3GW5A 4J55A 3UTLA 3APRE 1NPAA 7UPJA 1ME6A 5P3NA 5ISJA 4ZSPA 5P6UA 4DJUA 5HCTA 5P7YA 5OZAA 5P5SA 5P03A 3O9HA 3ER3E 4DI2A 5P3CA 5C9BA 1IZEA 3TPJA 5DGWA 5P8FA 5KAOA 5P6NA 4I11A 1XN2A 2ZJHA 4A6CA 1A94A 5P0QA 2IGXA 5F00A 1LEEA 2AOGA 3UHLA 2ZHVA 1B6PA 1YT9A 1EPQE 1IDBA 3R0WA 4Y4GA 4COEA 1EEDP 3OAGB 4Y48A 2B8VA 5P1QA 2NXLA 5P8RA 3VSXA 2R43A 2R5PA 3MSLA 5P66A 1B5FB 3UQUA 2WHHA 5P1AA 5OZDA 1HPOA 5EZZA 5OYYA 5P6YA 1YM4A 4K8SA 4OBDA 3KFPA 4ER2E 5P1XA 5P69A 1AJVA 3VEUA 4TVHA 1BXOA 3L58A 3TTPA 2I1AA 2OHSA 1BVGA 3EM4A 5C9FA 4B0QA 4DJRA 5BWYA 4B77A 3VYDA 5KR0A 5CLMA 5P37A 1BDQA 4FRIA 4QJ8A 1HVLA 3R0YA 5P5IA 3VF5A 5P2UA 3TLHA 3OQDA 5P2SA 2ZJJA 5P0BA 4Q1WA 2G1SA 3NWQA 3QPJA 2QZXA 2ZHUA 2WEAA 2QMGA 5OZSA 1XE5A 3UDNA 4GJ7A 5JODA 5HDUA 3WZ7A 5P5OA 3HDKA 4CMSA 1XS7D 4GJ9A 4I0HA 2AOCA 3ECGA 5OZOA 1LF2A 5P8TA 2PYNA 5P73A 2VNNA 3HVGA 2BBBA 3D1XA 5KR8A 5P1JA 3K4VA 3VF3A 3KT2A 3SPKA 3IA9A 1KJFA 1BAIA 4EQJA 5P7DA 5P2VA 3L5FA 5OZ7A 1ZTZA 4J0YA 5DR4A 4RCDA 2FNTA 2FXDA 4R5NA 4RYGA 1APVE 1APTE 4Y51A 4RCFA 5AHAA 4J1IA 3PB5A 3RSVA 5P3HA 2F8GA 4QLHA 4Y3MA 1EC2A 1M0BA 5COPA 3TKWA 2ER9E 5OZZA 5P4LA 3ZPTA 1W5WA 2I4QA 2VJ9A 5P6OA 3OGQA 3KN0A 2B7FA 4CPXA 2QD6A 5P3LA 2QMDA 3D3TA 4Y3TA 2QHZA 5DGUA 3DUYA 3S54A 4F75A 4X2LA 3KFRA 4ZSMA 2OHKA 5P1YA 2G27A 5HU0A 2BKSA 1E81E 1TCXA 3VV8A 3RSXA 4Y38A 2HIZA 5IS4A 1LYAA 2IEOA 5I3WA 3UF3A 5P3IA 1SIPA 4B05A 5F01A 5P51A 5P81A 5P1SA 1K2BA 5P55A 1GNMA 3L59A 4Y5PA 5OZ2A 3IGBA 4Z22A 5P2TA 1HIVA 3ZPUA 2AOEA 5P0GA 3OUCA 3CMSA 5P80A 2ER6E 4GZFA 2O40A 4B1CA 4RROA 1YTHA 1QDMA 1HSIA 1ZLFA 5OZFA 1EC3A 2R38A 5P5RA 5P32A 1AVFA 5P4PA 5HDZA 1CZIE 1KJHA 3CKPA 3EL0A 2ZJKA 4D85A 5P5VA 3Q6YA 2PK5A 5P0YA 4BEKA 5P0OA 3OGPA 3SA3A 3PHVA 2Q54A 5OYRA 2FDDA 5P89A 2G1OA 3PM4A 2ZJNA 5P86A 3CICA 2HC0A 5P3RA 5P7OA 4Y9WA 5P43A 1EPPE 3UDRA 2VA5A 4HE9A 2BPYA 5P5WA 5P2FA 5P1EA 3IXJA 4I0EA 5P2XA 5KR2A 1HSHA 4QJAA 3IN3A 5IVTA 1LF4A 2AODA 2IDWA 5P3YA 3BGBA 5P6MA 3GGUA 4OC6A 5P7LA 3UQPA 2PC0A 3ZL7A 1MTBA 4MC6A 1IBQA 1HVSA 5P4RA 5OYUA 1AIDA 3LIYA 1A9MA 4DVFA 3SFCA 5P1MA 3NXEA 1W50A 5P3FA 1Q9PA 5P3MA 3OUBA 5P18A 5P4WA 2BPWA 1FMXA 5P7GA 3C9XA 3NLSA 3LZUA 3T7XA 1LYWA 3PSUA 1LZQA 1LYAB 4NJUA 1BWBA 5P09A 2I4WA 1PSNA 1FQ4A 1K1UA 4Y3SA 2PMAA 3NUJA 3G6ZA 3TOGA 2HB4A 2P3DA 5P2AA 1F7AA 2QZKA 3WSJA 4GIDA 5P50A 4CPTA 3T7PA 5P0EA 5P1GA 4J1FA 4PEPA 2QZWA 3APPA 5P48A 1GVXA 2P3AA 2ANLA 4CPSA 3ZKXA 2Q55A 3SKGA 4Y5NA 3O9CA 1D4SA 2A4FA 1SGUA 3DCRA 2HB3A 1HIHA 1TQFA 1YM2A 3SM2A 4BFDA 1HVHA 5P2YA 4GJ5A 1ZPAA 3LPKA 5P87A 2G1RA 3EM6A 2PQZA 4LXMA 4GJ6A 2OF0A 4J54A 3VLBA 3EC0A 2VIYA 3NU9A 2VIJA 2WF1A 3QS1A 2I4XA 5P6WA 1OHRA 3PRSA 3D1ZA 3VCMA 2ZYEA 2AIDA 2MIPA 5P8CA 5P5PA 5P4OA 3INFA 4DPFA 1AZ5A 5P1CA 4E43A 2P4JA 5KR1A 3LPIA 2OHPA 3FIVA 5P1TA 5P4DA 1D4JA 3JVYA 4EJKA 2BPXA 1MRXA 5P4CA 4IVTA 5P62A 3RU1A 4Q1XA 1SDUA 2QNQA 3M9FA 3R1GB 1QBTA 4YA8A 4ACUA 4RVJA 1LYWB 5ENMA 5P4EA 5PEPA 3Q70A 5P7JA 4FM8A 5P8UA 5P85A 5P3XA 1BILA 1YX9A 3PGIA 4GB2A 4EXHA 5P5NA 5DR3A 5P0IA 1BBSA 3U6AA 3EXOA 5SZ9A 3TH9A 5P8DA 5P59A 3QIHA 2AZ9A 2NTRA 4APEA 3FSMA 1HPXA 3S53A 1MUIA 3SA6A 4RZ1A 5OZEA 3MXDA 3EL5A 1IZHA 2PH6A 3EL1A 5P5TA 3CIBA 2UXZA 5P6TA 4K4PA 1SGZA 2XFJA 5P29A 5P0ZA 3RTHA 5AHBA 1W51A 5P75A 5P8GA 1FIVA 3K5DA 4YHQA 2AVSA 1QBUA 3UDMA 5BS4A 1ZSRA 2RMPA 4NKKA 5DQ5A 2QI3A 4YCYA 4GJCA 5P27A 2V13A 2WL0A 1FF0C 4Y3DA 5P2HA 5I70A 1QBSA 4Y3WA 3QVIA 1HVIA 3O9EA 3IXKA 5OZBA 2EWYA 4Y47A 4Y3PA 5P5CA 5IVQA 5P34A 5P5ZA 2VA7A 2QU3A 5P5KA 4OBJA 1K6TA 3VFAA 1B5FA 3LIVA 4YBIA 2UY0A 2ZJIA 5P05A 5P4NA 5DQ2A 5P39A 3N4LA 4YDFA 5FIVA 5P5DA 3PWWA 3G70A 4DH6A 4H1EA 3URIA 2F3EA 1PSOE 2H6TA 4HZTA 3OQ7A 3OUDA 3NU6A 5P6FA 3S7MA 3EL9A 3ZLQA 3NWXA 4GYEA 1WKRA 5P4TA 1SIVA 2QI0A 4Z4XA 1E5OE 3UPJA 1DPJA 3I6OA 3MSKA 3OQAA 4Y54A 2O4NA 3TPPA 4FL8A 3NDUA 1B6MA 4B00A 5P42A 2WF2A 3OTSA 1LV1A 1SDVA 4PYVA 2OHQA 1DP5A 2H6SA 3MXEA 3O9IA 4H3FA 2I4UA 2FDPA 4R8YA 3GGXA 5DR8A 5P8KA 1ODYA 4K9HA 1AXAA 1GNOA 3FNSA 5P7NA 4Y3HA 5OZTA 3WB4A 5ER2E 1D4IA 1HXWA 4RCEA 3VG1A 1APWE 2QZLA 3URLA 3L5CA 5P68A 5DQ4A 1W5YA 4Y5EA 3INDA 4Y4JA 5P7WA 1W6IA 3IN4A 5P6IA 2VJ7A 2BPZA 4M8YA 2AOFA 1QBRA 2VIEA 5P4UA 3SA9A 2ZHRA 4DQCA 3HAUA 2P83A 4ZE6A 3EKQA 1RL8A 3DOXA 5OYWA 5P7EA 5P1KA 5P7MA 2IGYA 1OEXA 1GNNA 3OOZA 3HD8A 4CP7A 5P6SA 1VIKA 3AUPA 3NDTA 4OBZA 1ZSFA 1HPVA 2QCIA 1EBYA 5P3VA 5P0AA 4MC9A 5P5JA 4OD9A 3L5EA 1RV7A 1MRWA 3NR6A 5HE7A 4L7JA 3KDCA 1HVKA 1IVQA 5P6PA 2PWCA 3TOFA 4FRKA 2SAMA 3OUDB 5OZ3A 1SP5A 2QK5A 1PSAA 2JXRA 2QMFA 2XYFA 2G26A 3QBFA 5I3VA 3KMXA 4Y58A 3PCWA 4RLDA 4PPHA 2AZ8A 5P4VA 2I0DA 5P63A 3VV7A 5P0HA 6UPJA 1K6PA 5P17A 1RNEA 2HAHA 4ER1E 3D20A 4J1EA 4Y4XA 2J9KA 1HBVA 4I8WA 4Y4AA 2CENA 1C70A 5P0KA 5AH9A 1FEJC 5P6QA 2F81A 2FGUA 4HLAA 2O4LA 1HVRA 2BPVA 4DJYA 3AIDA 2QI7A 2NMYA 3UCBA 5P3QA 3OU4B 1M4HA 1A8GA 5OZXA 3EKVA 1D4YA 4I0ZA 5P4YA 3TPRA 1T7IA 1TCWA 4EXGA 4U7VA 1OD1A 2QAKA 5P7HA 3LZYA 1DIFA 4Y5GA 1FFIC 4ZPGA 4OBHA 4Y3LA 4YDGA 3ZKNA 1Z8CA 1BV7A 4KE1A 4ZIPA 3QRSA 3EL4A 4RRSA 4F73A 1IZDA 3CKTA 5P3AA 4DQEA 3QP0A 5P6VA 1SBGA 8HVPA 5OZ4A 5P8AA 4HA5A 5P0JA 5P1PA 4D89A 4XKXA 3BGCA 4Y5MA 1AM5A 3PVKA 4OBZB 5JFPA 5P20A 1B6KA 4WY6A 3S56A 5P38A 5P64A 3QRVA 4D88A 1G2KA 1FKNA 4OD9B 5P5XA 1KJ7A 1TZSA 3T7QA 1W5XA 2O4KA 3F9QA 4U8WA 2P3CA 2VS2A 4H3JA 4Y3GA 2OHTA 2ZDZA 4R93A 3O9GA 2VIZA 4LXAA 4RYCA 5KQZA 3MWSA 5ENKA 1EC0A 3PI5A 3R2FA 1CMSA 3FV3A 3NU5A 4R95A 5P5EA 3O9DA 4OBFA 5P83A 4B1EA 2I0AA 2V12C 1WBKA 5P3GA 5P3BA 5P1ZA 5OZLA 5P7ZA 1NH0A 5P0DA 5P2CA 5P6GA 3OXCA 2IL2A 3SKFA 4NPUA 4QJ6A 5B18A 1XDHA 4EHCA 3OHHA 5P35A 5P15A 5P4XA 4GJBA 5HTZA 1MT9A 4FM6A 1PPLE 3UQXA 5P4JA 5P1RA 4EP2A 5HDVA 2JJJA 1IZIA 3UFLA 3UDJA 4Y37A 3K1WA 5P74A 4L7HA 5HDXA 3FX5A 2APRA 4Y56A 4HDBA 4OBGA 3I7EA 1FQ7A 4Y50A 1BV9A 2NNKA 5OYSA 5HD0A 4LAPA 1FMBA 2ZE1A 4AUCA 4J0TA 5P4SA 5P5AA 4ZLSA 1ENTE 2Q15A 5P45A 3BVAA 4DJXA 2PH8A 3CIDA 2J9JB 4A6BA 4DQHA 2CEJA 5OYTA 5P31A 1MERA 1C6ZA 5P19A 1B6JA 2B42A 2OHRA 4EWOA 3JVWA 5OZKA 5P4KA 3BUHA 3EKYA 2WEBA 1RPIA 5P2ZA 3BHEA 1D4HA 1NPWA 3URJA 5SXNA 3LIQA 3UDQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZC A;  1T3R A;  1XE6 A;  3O9L A;  1XL5 A;  3KDD A;  5P2D A;  4Y57 A;  4EJ8 A;  1MPP A;  2BB9 A;  1YG9 A;  4CPR A;  5P4Z A;  3U7S A;  4YOA A;  4OC6 B;  5P3E A;  5P0X A;  3IVH A;  1HSG A;  3S2O A;  1A30 A;  4B72 A;  4Y5B A;  5P12 A;  5P33 A;  2VJ6 A;  1DMP A;  4APR E;  5P1D A;  5P5M A;  3VFB A;  5KQY A;  4YD4 A;  5P3Z A;  5I3Y A;  2AZB A;  4FE6 A;  4FRJ A;  5E5K A;  4JPC A;  3SAA A;  4EP3 A;  1ODW A;  5COO A;  5P46 A;  1MVP A;  2B60 A;  2FLE A;  3S85 A;  5AHC A;  5P13 A;  4DPI A;  3ZKQ A;  5P02 A;  1HVC A;  1NSO A;  2ER0 E;  4GJA A;  3BXR A;  2PWR A;  4RVI A;  3NYG A;  3GI0 A;  3T6I A;  3S43 A;  5P6Z A;  5OZM A;  5SY3 A;  6FIV A;  3SAB A;  2IRZ A;  1K1T A;  5DQC A;  3HVP A;  1QRP E;  5P4B A;  1IVP A;  2PSU A;  3HBO A;  3PBZ A;  4ZSQ A;  3TOH A;  5P1B A;  3FNU A;  4TRY A;  4ER4 E;  4RVX A;  3DK1 A;  1M43 A;  4Y4E A;  4QJ9 A;  3SA7 A;  2AVQ A;  3LZS A;  5P53 A;  4YCK A;  5P8E A;  2HS2 A;  5P8V A;  5P07 A;  1K6V A;  5P0U A;  5P2J A;  2G1Y A;  3KA2 A;  3OY4 A;  2AOJ A;  5HE5 A;  3UQW A;  3QAA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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