5P1UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 113
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1uA01
2PSVA 3URLA 5OZVA 3I8WA 3ER5E 4YOBA 5P5RA 3LITA 5P6GA 5OZQA 2IGXA 5P1OA 5JFUA 5P5IA 1FQ4A 4OBZB 5P7ZA 1B6LA 4Y41A 5P3EA 5DR7A 5OZSA 3CIDA 1HVIA 5OZCA 5BRYA 3VLBA 4FRJA 3OAGA 1AZ5A 5P3QA 2QD6A 1LYBB 5OZLA 5HDXA 5P5QA 4J5JA 3PRSA 5OZYA 5P4HA 1RNEA 5P0QA 5HU0A 2VIJA 1LYAA 4F76A 5P61A 3T3CA 5B18A 3DCRA 5P14A 3SFCA 3VYFA 4Y6MA 2Q11A 5OZ3A 2QI5A 3QBHA 3LIQA 4ZSMA 5P3WA 3VSWA 1XN3A 2QI1A 3LINA 5P1SA 3MXDA 1PSNA 4OC6B 3UQXA 3OGPA 5KQYA 2A4FA 5P16A 3IXKA 3S7MA 3OTYA 4Y3AA 4TRZA 1N49A 4Y3YA 5P6FA 2FDDA 5P1YA 4IVTA 5P8GA 2F3FA 2OHTA 4A4QA 3DUYA 1DMPA 4F75A 5OZRA 5ENKA 2APRA 4R91A 3NWXA 1APWE 3VEUA 1LV1A 4J1HA 5P2CA 6FIVA 3WZ7A 4WY6A 3FNUA 3CKRA 5P3SA 1VIKA 2NTRA 2ZJLA 4J0PA 4B70A 5P0TA 3QI1A 4OBKA 4Y35A 1AIDA 5P6TA 3BRAA 3PMYA 4YA8A 2IENA 5P7MA 3PLDA 2AOHA 3EMYA 2R8NA 3WSJA 4CPXA 4NPTA 4FIVA 4Q5MA 1RL8A 3UDMA 2QU3A 3T6IA 5P2IA 2ZJIA 3ZPTA 1AAQA 1C6YA 3L58A 3T7PA 4OBJA 2J9JB 1MUIA 4E43A 4Y5MA 5P1IA 3TPLA 1APUE 3JVYA 1K6CA 1OEXA 4XXSA 5OZ4A 1HHPA 1LEEA 3TLHA 4L1AB 2NNKA 4J1FA 4FM7A 5P2BA 1HIVA 1PROA 2FNTA 2VA5A 5P2MA 1BXQA 4MC9A 4PZWA 4BELA 3PHVA 4I0HA 2PQZA 3TOFA 3ZPSA 1HSIA 1TCWA 3EL5A 4FRIA 4FS4A 5P1GA 2V16C 2IDWA 5P7XA 4HDBA 3TKGA 5P0JA 3CKTA 5P63A 1EPPE 5P54A 4YBIA 4F74A 3BUHA 1G6LA 3OQ7A 5P6AA 2QI3A 5OYXA 3U7SA 5P2JA 1XE5A 3QS1A 5P5WA 3TOHA 3PWMA 2HM1A 1GVUA 3LZSA 1MRXA 5P71A 1FB7A 1MTBA 5P6VA 1W50A 2VA6A 4MC2A 2ZHTA 1IBQA 3HW1A 5P1XA 4B1CA 5BS4A 1EC3A 5P1UA 1HVSA 3QRVA 5P4YA 2I0AA 3HBOA 5P3RA 4Q1WA 4D88A 2IRZA 4DVFA 1FMUA 5DGUA 3LZVA 1FLHA 5JODA 1SIVA 4R8YA 1ODXA 5P8TA 5P34A 1MSNA 5P08A 5OYTA 2Q54A 2NR6A 1XL5A 5P40A 1ME6A 2G22A 2ZHUA 5P1RA 6APRE 5P6LA 5BWYA 2ZJNA 1EPRE 2O4PA 3K1WA 4ZPGA 5P3MA 1B5FA 3QRMA 2NMYA 2G69A 5P2QA 1D4KA 3VUCA 5P4ZA 2QAKA 1HTFA 5P0HA 1BXOA 3VG1A 5COKA 5P4VA 4CPSA 4OBFA 1BAIA 5P2HA 3U71A 4GIDA 3UDPA 5P4QA 5OYVA 3PBDA 3ZMGA 3OY4A 3UQUA 1EAGA 2Q15A 5P4EA 4Y3PA 4WTUA 3NU5A 3GI6A 4FAEA 5P26A 5P7WA 4K8SA 1UH7A 3UFLA 5P0OA 4Y4EA 1FIVA 7HVPA 5P23A 3OXWA 5P88A 3VF5A 3PBZA 3NU3A 2OF0A 2G1YA 2NXDA 1J71A 3PM4A 4D85A 1OEWA 3N4LA 1PSOE 1MPPA 2AZ8A 1EEDP 4YD4A 1HXWA 5OZAA 4EP2A 1K2BA 1TQFA 5AHBA 5P24A 5P81A 4Y4BA 1HVKA 4GJ6A 4J0YA 1FMBA 5KR8A 3PCZA 3ER3E 1QBUA 2QMPA 3DV5A 3SA3A 1W51A 3DV1A 1EPNE 4OD9B 5P0SA 1TSQA 4DJUA 1HSGA 5P48A 3ZLQA 1SMRA 3FIVA 4Y45A 3VSXA 3IAWA 2ER7E 3OU3A 3PSUA 3NR6A 4U7QA 1PFZA 1BVEA 5P5UA 1NH0A 3LZUA 2IS0A 1SGZA 2PSUA 3R1GB 5OZ7A 4AA9A 2QCIA 5P7YA 5DR8A 2AOCA 3QPJA 4PEPA 4Y4AA 5P5TA 1FQ6A 3D20A 1FF0C 2QI6A 3T7XA 5I3XA 5P6ZA 5AH9A 4LXMA 3L5EA 4Y3NA 5OZKA 2G21A 5P45A 2ASIA 1LYWA 3O9BA 1MERA 5P60A 5PEPA 5P3NA 1HTGA 2WF0A 3PMUA 1APTE 2JJJA 1K6VA 2FIVA 1D4JA 5JG1A 5P6BA 5P82A 4WY1A 1F7AA 2R3WA 4DJWA 2WHHA 5FIVA 1PSAA 3MSKA 2NMZA 1QBSA 3D3TA 5P4WA 4BEKA 3OXCA 5P02A 5P4BA 1TSUA 5P6XA 5P4SA 2JE4A 5P72A 5P2ZA 3TTPA 1HPOA 1W6HA 5P31A 5KQZA 1QDMA 2HPFA 3G72A 2ER6E 3SACA 4GJ5A 2WL0A 4ACXA 2FXDA 5OZEA 4DPFA 5P0EA 5P00A 3BVBA 4J1IA 5P12A 4I0GA 1KJ4A 4XKXA 5P77A 2QMFA 4GYEA 3O99A 2RKGA 1IZEA 2RSPA 5DPZA 5P8BA 4OBDA 4DQFA 1HOSA 3ZKXA 1ZAPA 4L7GA 1IDAA 5HVPA 2BPWA 3ZKQA 4JP9A 1Z8CA 3Q5HA 3EL1A 5P8DA 4APRE 3TKWA 1LZQA 5OYQA 1QRPE 2VJ9A 2F3KA 2UY0A 1K2CA 2NPHA 1ZTZA 1XDHA 3D91A 2G26A 3OQFA 5P7AA 1ZSFA 3SPKA 3OUCA 5P6RA 3T7QA 1YTHA 5SY2A 5P2NA 4Y4WA 3ECGA 4QJ6A 2R43A 4X7IA 2XYEA 2AIDA 4X2LA 2AODA 5P2EA 3CYXA 2IGYA 1GVXA 1YT9A 4RZ1A 5P4KA 4GJBA 5DR3A 3GGVA 4I0EA 4YDGA 2ZJHA 3NUJA 4Y54A 3FKTA 2WF1A 5P04A 4FLGA 3SAAA 5P4RA 4I12A 4HDPA 1IZIA 1IZHA 4R92A 2P83A 3K5CA 4HE9A 4ZEAA 4B05A 5P4GA 4Y3SA 4EJLA 3KT2A 3NDUA 2FDEA 5P0CA 3L5CA 3Q6YA 4GB2A 3OUDA 1UH8A 3ZKNA 5AH6A 2FGVA 1PPLE 1FFIC 3RTMA 2IKOA 4Y4GA 3U6AA 4YCTA 2BPXA 4A6CA 1QBTA 2Z54A 2UXZA 3KDDA 2QZWA 4Y3GA 5OZ6A 2R9BA 4L7HA 2I4XA 5SZ9A 5OZHA 2JJIA 5P15A 4ZSPA 4KB9A 5HDUA 1BV9A 4YBFA 5P4AA 3OU4A 1JLDA 5P0ZA 4DUSA 3L38A 4H3JA 1A94A 5P0IA 5P4DA 1HTEA 4QGIA 4EWOA 2OHKA 4ER4E 1IDBA 5AH7A 5P1JA 1B5FB 4Y44A 1W5YA 5P3KA 2AOIA 2Q5KA 1PPKE 3VV6A 3SA6A 4A6BA 3IGBA 2QD8A 2EWYA 4J0ZA 3AIDA 4LBTA 4Z4XA 5P2UA 4EXGA 4EHCA 4CPWA 5P2OA 3EM6A 2PMAA 5P73A 1B6PA 5ER1E 1T6GA 3RSXA 4EJKA 2OHLA 5AHAA 4Y47A 2HB4A 5DQ2A 3Q70A 5P8LA 4OBGA 4RCEA 1FQ8A 4RVXA 4HVPA 3KN0A 3SO9A 4Y5KA 5P4TA 2H6SA 1FKNA 4DH6A 4EJDA 3D1ZA 4Y36A 3PB5A 1DP5A 2OHMA 2QI4A 5P84A 5P8FA 1HIHA 2AZ9A 5P6WA 5P85A 4HEGA 5P6EA 5P4CA 1M0BA 4JPCA 2ZHSA 5IVTA 5P5XA 5HDVA 2WJOA 4KE0A 3OK9A 5P66A 5P50A 4H3GA 3EKWA 3VYDA 1B6MA 2XFIA 2QHYA 2VKMA 5P7NA 1BDRA 3VLAA 5HTZA 5P70A 1HVJA 5CLMA 3VF7A 3NDWA 5P42A 5P5MA 4Y3FA 2UPJA 5P0LA 4KE1A 1HIIA 2O4KA 2PH6A 5OZXA 4Y3WA 3VYEA 4AMTA 2ZJKA 1A8GA 2B7FA 3QN8A 5JFPA 5P8PA 4YCKA 3KDCA 1BDLA 4D83A 1EPLE 1T7KA 2HPEA 5P3LA 4EP3A 5OZGA 2PSGA 4YCYA 2QI7A 3HAWA 4Y3HA 1B6JA 1G35A 3EKQA 5COPA 1LYWB 3K5GA 5P67A 4GZFA 1HVLA 2R5QA 2QZXA 2RMPA 2V12C 5P1ZA 3TH9A 5P1KA 1IZDA 2FMBA 4DJQA 3PLLA 4B72A 5P74A 3SA8A 5P8NA 5APRE 2QZLA 5P7JA 5P65A 1M43A 1D4YA 1HPXA 4HZTA 1DIFA 2I1AA 3UDKA 5P37A 4EXHA 5P7RA 3HVPA 3NXNA 3UDHA 3APRE 2PC0A 1T3RA 2HS1A 4J1EA 1DAZC 2XYFA 3KF0A 3NYGA 1A8KA 1SBGA 3PGIA 2AOEA 5P2LA 3F9QA 3I7EA 4RROA 3FV3A 1APVE 3NLSA 5P0DA 2ZHRA 1HBVA 5P1BA 3UDNA 5P8UA 1ZPKA 5P3PA 1G2KA 4DFGA 2QNQA 4PYVA 4R93A 4YE3A 4BFDA 2AOJA 5P0GA 4Y53A 5P1DA 5IVSA 1EC2A 4YOAA 4Y48A 5P7FA 1MTRA 3CKPA 5IE1A 4HLAA 2QK5A 4RRSA 5P3TA 5P47A 2P3BA 1Z1RA 4MC1A 1ENTE 3BGCA 1KJGA 1MVPA 1SDTA 2QNPA 5P79A 2FGUA 3S8IA 3I2LA 2BKSA 2RKFA 3OUAA 3O9DA 1CPIA 1C70A 5P39A 5COOA 3O9CA 3FNSA 2P4JA 3Q4BA 3OQDA 3LPIA 2PYMA 3WB4A 1LF2A 5P8KA 5P3XA 1UH9A 2BJUA 5OZWA 2F3EA 3QIHA 3FX5A 2B8VA 1YG9A 3CIBA 4Y3EA 5OZ5A 3UPJA 3NU4A 5P10A 3UTLA 3IA9A 1SDUA 2WF4A 3NU9A 3ZL7A 2V11C 4COEA 5P6JA 2QMGA 2AQUA 1T7IA 5IVRA 5P7IA 1YTGA 5P2GA 3R0WA 2ZHVA 5P5SA 3TPPA 5P7GA 2O4NA 3S2OA 5P2FA 5AH8A 1YTJA 5P6PA 4Y5EA 3S45A 5KR1A 3ZKGA 1LYBA 2AVOA 5P8JA 1GNNA 5P64A 3KMXA 5CONA 1EC1A 4Y3XA 1UPJA 3SA7A 3UFNA 4J1KA 5DGWA 5P6HA 2F81A 3UDJA 4J1CA 3R0YA 2HC0A 4K4RA 5P2RA 2V13A 5P7UA 1EPME 4RYGA 5P5JA 1OD1A 4B1DA 3SLZA 2PWRA 1K1TA 1C6ZA 1KJHA 2ZDZA 4RVIA 4I0DA 2BBBA 5P55A 5I70A 2VA7A 2F80A 4QJ7A 3RSVA 1XS7D 4TRWA 3BUFA 4DJXA 4Y39A 5P1WA 1SDVA 5OYYA 3CICA 4JOOA 2BPYA 5P6DA 1KJFA 3LIYA 2SAMA 3O9HA 3OU4B 3IXJA 5HD0A 5P2WA 5P5AA 2VIEA 3CMSA 3OHHA 3ZKMA 4I0ZA 5P05A 2R38A 3DOXA 3PEPA 5P1PA 1FG8C 2WEZA 1GVTA 1G0VA 4NJUA 2VS2A 3PI5A 5P5DA 5P2SA 3TPJA 3URJA 9HVPA 3LZYA 1GNOA 3INEA 4FRKA 2Q63A 3OAGB 5AGZA 1AJVA 5P1HA 3WZ6A 2QNNA 5P4MA 4EQJA 1U8GA 1MT8A 2J9JA 3GW5A 2BKTA 3G70A 5P0BA 5P0WA 5P8HA 4J55A 3OADA 2G20A 4H3IA 5P59A 1DPJA 1LYAB 5P7EA 5P8RA 5P20A 5P22A 3IVIA 3TL9A 4GJ8A 5DR0A 4Z50A 3KA2A 3LNKA 2FNSA 3S54A 5P3BA 3ST5A 3KFSA 5P6CA 2O4LA 4FSEA 4Y3DA 1PPME 3BC4A 5P5KA 4ER2E 5P28A 4LHHA 3EXOA 1K1UA 3G6ZA 1K6PA 3OQAA 5OYWA 3RTNA 1XL2A 3OHFA 1HEFE 4ZSRA 3ZOVA 5OZTA 5P56A 4Y56A 4ZPEA 1BWAA 4APEA 1FEJC 4Y3TA 2IKUA 5T4SA 3QRSA 5P6YA 3S7LA 5P8AA 4B77A 3SKGA 3BXSA 3HLOA 5E5JA 2AVQA 1W5WA 4Y4TA 1FFFC 4B78A 1BWBA 2QHCA 4AZYA 2Q55A 4RCFA 3OXVA 4Z2ZA 5EZXA 2IL2A 3K5DA 3LIVA 4PZXA 5P5LA 1HEGE 4I10A 1GVVA 5OZ1A 3QVCA 3S56A 3LPJA 3KT5A 5HCOA 1W6IA 5P3AA 2O40A 2B8LA 5P3DA 3KFNA 2HIZA 5P7CA 3UDQA 4CMSA 3GGXA 5HE7A 3KFRA 5P8OA 2AVSA 2CENA 5P6NA 4RLDA 4DV9A 2OHQA 3SKFA 4NKKA 2JYSA 3GGAA 4Y3MA 4F73A 4LP9A 5P4JA 4Y4DA 5P7BA 5P7SA 4DJOA 1B11A 1MT7A 4TRYA 1YX9A 2ZGAA 4LXAA 1DW6C 5P0YA 3UQWA 3ZPUA 4S1GA 5KOSA 3L5BA 4Y5PA 2ER0E 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2PSV A;  3URL A;  5OZV A;  3I8W A;  3ER5 E;  4YOB A;  5P5R A;  3LIT A;  5P6G A;  5OZQ A;  2IGX A;  5P1O A;  5JFU A;  5P5I A;  1FQ4 A;  4OBZ B;  5P7Z A;  1B6L A;  4Y41 A;  5P3E A;  5DR7 A;  5OZS A;  3CID A;  1HVI A;  5OZC A;  5BRY A;  3VLB A;  4FRJ A;  3OAG A;  1AZ5 A;  5P3Q A;  2QD6 A;  1LYB B;  5OZL A;  5HDX A;  5P5Q A;  4J5J A;  3PRS A;  5OZY A;  5P4H A;  1RNE A;  5P0Q A;  5HU0 A;  2VIJ A;  1LYA A;  4F76 A;  5P61 A;  3T3C A;  5B18 A;  3DCR A;  5P14 A;  3SFC A;  3VYF A;  4Y6M A;  2Q11 A;  5OZ3 A;  2QI5 A;  3QBH A;  3LIQ A;  4ZSM A;  5P3W A;  3VSW A;  1XN3 A;  2QI1 A;  3LIN A;  5P1S A;  3MXD A;  1PSN A;  4OC6 B;  3UQX A;  3OGP A;  5KQY A;  2A4F A;  5P16 A;  3IXK A;  3S7M A;  3OTY A;  4Y3A A;  4TRZ A;  1N49 A;  4Y3Y A;  5P6F A;  2FDD A;  5P1Y A;  4IVT A;  5P8G A;  2F3F A;  2OHT A;  4A4Q A;  3DUY A;  1DMP A;  4F75 A;  5OZR A;  5ENK A;  2APR A;  4R91 A;  3NWX A;  1APW E;  3VEU A;  1LV1 A;  4J1H A;  5P2C A;  6FIV A;  3WZ7 A;  4WY6 A;  3FNU A;  3CKR A;  5P3S A;  1VIK A;  2NTR A;  2ZJL A;  4J0P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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