5P1VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 114
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1vA01
4B1CA 1APWE 5P1GA 2G22A 2WHHA 5P0IA 4ZPEA 5P6LA 5P2DA 4F75A 3QN8A 3OHFA 5P4WA 4DJOA 5P7YA 2SAMA 5P7HA 2BKSA 5IVSA 3L5BA 5JG1A 5HE7A 4PEPA 4DUSA 4Y3NA 4LXKA 4EJ8A 5OZKA 2FMBA 4AMTA 3SA5A 5OYVA 1PROA 2F3KA 3TOHA 4EXGA 1ODXA 3OQAA 5P2HA 5I3YA 1NH0A 2HB4A 3LIYA 4YE3A 5P1QA 1KJ4A 3PM4A 4FL8A 5P3XA 4L7GA 2H6SA 5P8NA 3QBHA 4Y3AA 5P2TA 5P0LA 5P50A 4U7VA 1K6VA 2P3BB 3UDMA 1BWAA 2Z4OA 5P64A 3KFRA 4Y57A 5P58A 2ZJJA 3VUCA 1ZP8A 5P7XA 2OHUA 3ER3E 3LPKA 3LINA 5P4XA 2O40A 4QJ9A 2AVMA 4GYEA 3BXSA 4FRSA 5P0SA 5OZPA 5EZXA 1C6ZA 3Q4BA 3Q70A 1A30A 4DQGA 4I0HA 5P4LA 5ISKA 1EAGA 5I3XA 3UHLA 2FNTA 3NU3A 4Y35A 5P2AA 3UQUA 5HU1A 3PMYA 4DJXA 3OXXA 2NXDA 1KJHA 1ZJ7A 4L7HA 5OZYA 5P4ZA 2A4FA 4DJVA 5OZ6A 4Y3EA 1ENTE 3ZLQA 4J0TA 5P32A 3OHHA 5P0AA 3O9BA 1QRPE 3PMUA 5P4HA 4MC2A 4Y4WA 3OUAA 4Y3QA 5OYWA 5P1OA 3LZVA 4HDPA 3OOZA 1SGZA 1ZPAA 4XX4A 5P1MA 1IDAA 3KA2A 5P7RA 1BIMA 9HVPA 5OZEA 3IVIA 3RSVA 2IGXA 5P84A 1FMUA 4YOBA 1W50A 1F34A 2XYEA 3VFAA 5P5QA 5P3WA 6FIVA 2FXEA 5APRE 1LYAA 2JJIA 5P7BA 1E81E 1IZDA 3O9CA 4R95A 5P8VA 5P70A 4Y5KA 3HVGA 5I70A 1EBKC 3ZKNA 3VV7A 3TKGA 5P75A 3I2LA 1QS8A 1HXWA 4CPQA 1MVPA 3I7EA 5TOLA 2AOEA 5P4CA 1LF4A 2WF2A 3HDKA 2G21A 5DR7A 4A4QA 2RSPA 4OBZA 5P2KA 3KMXA 5OZTA 3NWXA 1ZBGA 1K1TA 3BUFA 5P27A 1OEWA 3CYXA 1A9MA 3PGIA 3R0YA 2PK6A 5P03A 5DQ2A 1GVVA 5OZ2A 2B7FA 2RKFA 3RU1A 3T3CA 4CKUA 2WF3A 2HS1A 2QMFA 3OU1A 3RTNA 4FSLA 5P1WA 3F9QA 5P69A 4EJKA 4PZXA 5OZ5A 3EKWA 5C9BA 4Y4GA 5C9DA 5JFPA 4CPUA 5P3SA 3JVYA 2FIVA 2IS0A 4Y54A 5P8CA 3O99A 3SA8A 1DPJA 5P1HA 5PEPA 3CMSA 5P4QA 1GVUA 5OZ3A 5ER2E 1XL2A 2I4XA 1MT7A 5P28A 1C6XA 4Y3GA 4EWOA 3IVHA 3A2OA 1YTJA 3DV5A 3LNKA 4Y50A 5P5UA 4OC6A 4TVHA 4LBTA 1ODYA 1HBVA 4FAEA 1XE6A 2F81A 3I6OA 3KFNA 5E5KA 3OGQA 2IENA 5P37A 4Y9WA 5P15A 4HEGA 3PWRA 1K2CA 5KOSA 3SLZA 4GB2A 1RQ9A 1XS7D 4FRKA 1SH9A 1MESA 5SY3A 1N49A 5P6GA 4RCDA 2QHYA 5P2JA 1W5WA 5P1UA 2ZJHA 5P0UA 3RSXA 2VIJA 3BGCA 3KN0A 1EPOE 1HPSA 4J0ZA 1NPVA 3O9LA 4Y5PA 5P5JA 2QZKA 3INDA 3OAGA 3PCWA 1D4YA 4J0YA 5P5TA 5P3AA 3QP0A 5P0FA 2V11C 5P7NA 1B6KA 5P20A 1KJ7A 2PSUA 3QRSA 2WECA 1XN2A 2OHQA 3ECGA 5P0GA 3UDRA 2O4SA 1MTBA 3G70A 2FDEA 2QP8A 5OZ8A 3LZYA 3TH9A 3VSWA 4GJ9A 3PBZA 2VJ6A 2Q15A 4M8YA 4AZYA 2VA7A 5P6EA 3ZPTA 4I1CA 4DJRA 4HDBA 1WKRA 5P4SA 5P36A 4YOAA 4ZSQA 5P8IA 5P0XA 5P2WA 5P23A 2VNNA 5P0MA 1PPME 4EQJA 4ZEAA 1HHPA 2PYMA 2VKMA 5P41A 3NXEA 2G69A 1HTGA 2HB3A 1EBYA 2AZ9A 5P7WA 3UDYA 2AODA 5OYZA 3VG1A 1D4LA 4D88A 2PC0A 5P4RA 4DJWA 2AVVA 4J1CA 5OZMA 1D4JA 1TQFA 4I11A 5P7TA 4KE0A 4R91A 2I4UA 5P6UA 1NSOA 3GGAA 1BVEA 4FRJA 3Q6YA 4Y3FA 2P3BA 3CKTA 4DQEA 3L5EA 3BUGA 1HVRA 1DW6C 2AQUA 2Q11A 2Q55A 1SMRA 5P7QA 5B18A 2BQVA 2QNPA 2QI5A 1AZ5A 2Z54A 1APTE 4ZSMA 5P39A 2QMGA 4J0VA 5OZNA 3O9GA 5P3ZA 4IVTA 3KDCA 5ENMA 5CLMA 7HVPA 2VS2A 2FGUA 4MC6A 5P0ZA 1YM4A 2OHSA 3FIVA 5P0EA 2AOIA 5AHAA 5P61A 3D20A 4OD9B 3LITA 4Y3MA 5P5AA 1FQ7A 5P1SA 5P5YA 1SGUA 5P3TA 4YCYA 3SFCA 3FNUA 5OZOA 5P3IA 1EPPE 3FKTA 3O9HA 4R8YA 4N00A 5P25A 4J1IA 1PSAA 3PJ6A 5P7VA 1HVLA 1WBKA 4GJ7A 1MTRA 1LS5A 5P06A 1LYBB 1FQXA 4Y3YA 3OQDA 2NXMA 3JVWA 5AH9A 4RGHA 1TZSA 1AXAA 5P5GA 3K4VA 3IXOA 1EPNE 3OWNA 5P18A 5P80A 4GZFA 4PHVA 5P2OA 5P5WA 5P7PA 2ZHTA 4DVFA 5HDVA 2B8VA 3LPIA 2QNNA 5P62A 3FNTA 1JLDA 5DGWA 2MIPA 4Y37A 5P26A 5P0YA 3WB4A 1A94A 4FSEA 5OZCA 5P24A 5P65A 4B70A 5P4NA 5P4DA 5P1IA 3BGBA 1T6GA 2V00A 3K4VC 5OZLA 3GGUA 2IQGA 5F01A 2IGYA 2WF0A 3D1ZA 2R3TA 2HIZA 5P8BA 4Y6MA 1HEFE 5P5HA 2G1RA 3KMYA 1W6HA 3BRAA 5DR0A 1LZQA 5P22A 4EJLA 5P13A 1LEEA 3U7SA 5P1FA 5P01A 3S56A 1HVJA 3I25A 4YD7A 4Y5EA 3SKFA 3S7LA 3K5CA 5P2VA 4QJ6A 3CIBA 2P3DA 5P2XA 5P5LA 3OGPA 2RENA 3EKTA 2QI3A 3K5FA 2F8GA 5P0NA 5P14A 3EL5A 3IXKA 2WEZA 2WEDA 3WB5A 5P6QA 2UPJA 4TRWA 3T7XA 5P89A 4DJUA 3OQFA 1D4HA 4HE9A 4RRNA 5P0CA 5P8RA 2R5PA 1HVKA 4ZPFA 5P17A 1SMEA 3B7VA 1K6PA 2Q54A 2QK5A 3VFBA 2IL2A 3NWQA 2ZJMA 3D91A 5P3BA 5P3FA 2I0AA 3CYWA 3DK1A 5KR8A 1YTIA 4Y3HA 5SY2A 4Y3SA 4NJTA 3UDQA 2F3FA 3O9FA 5P12A 5P33A 4APEA 1YTGA 2XFJA 1BV9A 5KQZA 2AOCA 2ZHVA 3SKGA 2Q3KA 5P8QA 5P7ZA 5AH8A 3ER5E 1NPWA 4B1DA 3EMYA 5P6DA 3PSUA 3LIQA 2XFKA 5AH7A 5P2FA 4MC1A 4I0JA 3SA9A 4QJ7A 4OBKA 4Y5BA 5P4TA 1FQ8A 4B1EA 1IVQA 4I0ZA 3TKWA 1EPME 5P6FA 5P2LA 3RTMA 1Q9PA 3TL9A 2ER6E 3BVBA 5P3LA 3EKYA 3T7QA 3UQXA 1UH8A 2AVQA 4J17A 4Z22A 4LXMA 4YDFA 4ZPGA 3URJA 2Q63A 5OYYA 2ZGAA 4IVSA 3QBFA 4K4RA 5P49A 3SM1A 3QVIA 4DJQA 1ME6A 5P08A 4EP2A 4B00A 3TNEA 4YHQA 3HBOA 5AHBA 3SABA 3EM3A 2PWRA 1MIQA 4ACXA 3NDXA 2AZBA 2NNPA 4HDFA 5P5CA 2HPFA 2IDWA 5P86A 1F7AA 1RV7A 5P82A 1K1UA 3MWSA 5OYRA 4R93A 5P6YA 1BBSA 1HEGE 2HAHA 1FIVA 1HPVA 4EYRA 1DAZC 5COOA 2QI0A 4RCFA 1FF0C 1FFFC 1FB7A 4B0QA 3N3IA 3TOGA 4ER4E 1ZTZA 4J1KA 5P74A 2ER7E 5P48A 3KM4A 1XN3A 2CEMA 1FGCC 3OTYA 3UF3A 3SA6A 5P6PA 2HS2A 3GW5A 3K5DA 5P6CA 4WY1A 1BV7A 2QD7A 5P3PA 2P3CA 2QI7A 2QMPA 4Q1WA 5P31A 2R9BA 1E5OE 1SIPA 4A6BA 4BFDA 5P46A 5AHCA 4MC9A 3UFNA 5P3DA 4NPTA 5P30A 1LYWB 4FCOA 3EKPA 2QMDA 4OD9A 4NJUA 4DQBA 4EXHA 5OZWA 3LPJA 3GI5A 2QNQA 5OZUA 4EHCA 5DR3A 4ZSPA 5P3QA 4BELA 3ZPSA 5P73A 4PZWA 1MRWA 5OZHA 4X7IA 2PWCA 5P6RA 4QGIA 3FSMA 1G0VA 2JXRA 5P3UA 4ER2E 5OZ7A 3DOXA 4FM7A 5P7GA 2F3EA 1MEUA 1HRNA 3OADB 4F76A 1GKTA 3EKVA 1QBUA 3INHA 5P6ZA 2WEAA 3MSKA 5P7DA 4Y38A 2ANLA 1EC1A 1LYBA 5P6XA 1XE5A 5P6NA 1W5YA 4A6CA 3EBZA 4Y4AA 5P5IA 4I0IA 3NDWA 3PWMA 1FG6C 5P6HA 2IEOA 1U8GA 5OZJA 2CEJA 5BWYA 3LZSA 3OXCA 4AA8A 4S1GA 4KB9A 2IKUA 3O9EA 3LIVA 5P71A 1GVWA 4CPTA 1W6IA 1AVFA 1T7JA 6APRE 3KT5A 3VF7A 4RVXA 5P29A 5P6OA 3KYRA 3KDBA 1RL8A 3KT2A 5OZIA 3URLA 2APRA 3HZCA 3HD8A 5HTZA 1B6PA 3DJKA 2QD6A 3AIDA 2V13A 2WF1A 1GNMA 5P47A 3CKPA 5P5PA 5P1TA 4ZSRA 1SP5A 4YD3A 5KQXA 1TSQA 2BPVA 1B11A 1AIDA 2ZHRA 1ZPKA 4Y5LA 3R2FA 5P43A 4LL3A 1HPXA 4EQ0A 4XX3A 3K1WA 5P7AA 2AOGA 4L1AB 5P5KA 2VNMA 3HVPA 1HSGA 2AOJA 3S85A 3SQFA 1SIVA 2B8LA 2R5QA 5P0OA 1TSUA 4RZ1A 1BXOA 1CZIE 4HZTA 4EPJA 5P05A 3FX5A 5P7SA 2ZJIA 3S8IA 5JFUA 1UH7A 5P44A 3OUDA 3SO9A 3EC0A 5P0HA 2QCIA 2NMZA 4NPUA 2J9JB 1FQ4A 2PQZA 1UH9A 1APVE 5P4FA 1M4HA 5P2IA 3NSHA 4Q5MA 5P2GA 3VCMA 3IXJA 1DMPA 1ER8E 5P40A 4CPRA 5P1LA 5P3NA 2VA6A 5OZ0A 4Y45A 5P1JA 3S45A 5KR1A 1C6YA 4QLHA 3GI0A 3PEPA 1ZSRA 4YD6A 4YCTA 2AOHA 3S2OA 3FNSA 4Y3RA 2G1SA 3VLBA 5JODA 5P57A 4Y5MA 3GGVA 4QJAA 3OQ7A 5P0JA 5P3GA 3NU4A 1IZEA 4XXSA 5HE5A 5P5SA 4H3IA 3UCBA 5P59A 3EL1A 3ZKGA 3UFLA 1YTHA 5P2QA 1AJVA 4HLAA 3O9IA 5P8SA 1OEXA 1E82E 1EBZA 2G27A 2AVOA 2QZWA 5HDZA 5P2BA 3G6ZA 3I8WA 2XFIA 4UPJA 3GI6A 5P6VA 4JPEA 5P67A 4L7JA 1ZAPA 4Y3XA 4Y3DA 2P3AA 2FDDA 2PSGA 4LP9A 1PPKE 3RVIA 1YT9A 5P79A 1IVPA 3IGBA 1PSOE 4AA9A 3NDTA 1GNNA 1T7IA 1C70A 2R38A 1J71A 5DQ1A 5P54A 4ER1E 2QU2A 4H3GA 4OBJA 3DCKA 5OYXA 2OAHA 3TLHA 3VYFA 2ZJKA 4FAFA 4Y43A 5P0RA 1W5VA 5P5OA 5P02A 4I10A 4D89A 3IA9A 5P5XA 2QU3A 3QIHA 5OZXA 4D8CA 5P3EA 1HPOA 4K8SA 3EKQA 2IRZA 2I0DA 5P4VA 5P85A 3BC4A 3EL9A 1RNEA 5P2MA 1LYWA 3UDPA 2V10C 5P1DA 5P19A 4DH6A 2FS4A 3ZKMA 3D1YA 4DPIA 4TVGA 3TTPA 4X2LA 5P4PA 3WZ8A 2UXZA 5P6KA 1B6LA 4Q1YA 3SACA 4TRYA 4U7QA 3LIXA 2PMAA 5F00A 5HDXA 1DP5A 4QJ2A 1MUIA 1SDVA 4Y56A 4J1HA 5P3OA 2BB9A 3CKRA 3OADA 2AVSA 2NXLA 5P4BA 5P6SA 4DQHA 2BBBA 3PRSA 1AAQA 3GI4A 1FFIC 3TPPA 3APPA 3ZKIA 2P4JA 3INEA 3OOTA 4OBZB 5OZ9A 4OBGA 5P72A 1T6EX 1Z1RA 3L38A 4CPSA 2I4VA 1BDQA 3PHVA 5P8PA 5P5VA 5KR0A 3PWWA 2NNKA 3WZ7A 3DM6A 5P78A 4CPXA 2XYFA 4Y51A 4Y36A 4JP9A 3L3AA 5P3KA 1HIHA 3B80A 4DFGA 1YX9A 2FXDA 1Z1HA 5DQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4B1C A;  1APW E;  5P1G A;  2G22 A;  2WHH A;  5P0I A;  4ZPE A;  5P6L A;  5P2D A;  4F75 A;  3QN8 A;  3OHF A;  5P4W A;  4DJO A;  5P7Y A;  2SAM A;  5P7H A;  2BKS A;  5IVS A;  3L5B A;  5JG1 A;  5HE7 A;  4PEP A;  4DUS A;  4Y3N A;  4LXK A;  4EJ8 A;  5OZK A;  2FMB A;  4AMT A;  3SA5 A;  5OYV A;  1PRO A;  2F3K A;  3TOH A;  4EXG A;  1ODX A;  3OQA A;  5P2H A;  5I3Y A;  1NH0 A;  2HB4 A;  3LIY A;  4YE3 A;  5P1Q A;  1KJ4 A;  3PM4 A;  4FL8 A;  5P3X A;  4L7G A;  2H6S A;  5P8N A;  3QBH A;  4Y3A A;  5P2T A;  5P0L A;  5P50 A;  4U7V A;  1K6V A;  2P3B B;  3UDM A;  1BWA A;  2Z4O A;  5P64 A;  3KFR A;  4Y57 A;  5P58 A;  2ZJJ A;  3VUC A;  1ZP8 A;  5P7X A;  2OHU A;  3ER3 E;  3LPK A;  3LIN A;  5P4X A;  2O40 A;  4QJ9 A;  2AVM A;  4GYE A;  3BXS A;  4FRS A;  5P0S A;  5OZP A;  5EZX A;  1C6Z A;  3Q4B A;  3Q70 A;  1A30 A;  4DQG A;  4I0H A;  5P4L A;  5ISK A;  1EAG A;  5I3X A;  3UHL A;  2FNT A;  3NU3 A;  4Y35 A;  5P2A A;  3UQU A;  5HU1 A;  3PMY A;  4DJX A;  3OXX A;  2NXD A;  1KJH A;  1ZJ7 A;  4L7H A;  5OZY A;  5P4Z A;  2A4F A;  4DJV A;  5OZ6 A;  4Y3E A;  1ENT E;  3ZLQ A;  4J0T A;  5P32 A;  3OHH A;  5P0A A;  3O9B A;  1QRP E;  3PMU A;  5P4H A;  4MC2 A;  4Y4W A;  3OUA A;  4Y3Q A;  5OYW A;  5P1O A;  3LZV A;  4HDP A;  3OOZ A;  1SGZ A;  1ZPA A;  4XX4 A;  5P1M A;  1IDA A;  3KA2 A;  5P7R A;  1BIM A;  9HVP A;  5OZE A;  3IVI A;  3RSV A;  2IGX A;  5P84 A;  1FMU A;  4YOB A;  1W50 A;  1F34 A;  2XYE A;  3VFA A;  5P5Q A;  5P3W A;  6FIV A;  2FXE A;  5APR E;  1LYA A;  2JJI A;  5P7B A;  1E81 E;  1IZD A;  3O9C A;  4R95 A;  5P8V A;  5P70 A;  4Y5K A;  3HVG A;  5I70 A;  1EBK C;  3ZKN A;  3VV7 A;  3TKG A;  5P75 A;  3I2L A;  1QS8 A;  1HXW A;  4CPQ A;  1MVP A;  3I7E A;  5TOL A;  2AOE A;  5P4C A;  1LF4 A;  2WF2 A;  3HDK A;  2G21 A;  5DR7 A;  4A4Q A;  2RSP A;  4OBZ A;  5P2K A;  3KMX A;  5OZT A;  3NWX A;  1ZBG A;  1K1T A;  3BUF A;  5P27 A;  1OEW A;  3CYX A;  1A9M A;  3PGI A;  3R0Y A;  2PK6 A;  5P03 A;  5DQ2 A;  1GVV A;  5OZ2 A;  2B7F A;  2RKF A;  3RU1 A;  3T3C A;  4CKU A;  2WF3 A;  2HS1 A;  2QMF A;  3OU1 A;  3RTN A;  4FSL A;  5P1W A;  3F9Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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