5P1YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 117
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1yA01
3OQFA 4DPFA 3L5BA 5HD0A 3VUCA 1RQ9A 5P3PA 2QU2A 1GNMA 2WECA 5OZYA 1QBRA 5OZLA 5E5JA 5P6VA 5P7IA 2ZYEA 3VYEA 3HZCA 4OBZA 3SACA 1ZPAA 4GJ6A 1XN2A 3NUJA 1YX9A 5P56A 2G1OA 3SPKA 5P6BA 2UXZA 4RGHA 3EKQA 2PK6A 5P7AA 2V0ZC 5P3LA 2R8NA 5P3MA 4Y3XA 4LL3A 3LINA 5SZ9A 1ZBGA 3OK9A 5F00A 2QI4A 2P3BB 4YBIA 4Y36A 4Y6MA 2JJJA 4YDFA 5P72A 1EPLE 3CKTA 1EPRE 4FM7A 5P86A 4PPHA 1SDUA 5SY3A 2EWYA 7UPJA 4I0JA 5P5LA 3QRVA 5P62A 2Z54A 1KJFA 5HCOA 3QROA 1U8GA 2OHLA 1KZKA 5EZXA 2P8HA 3EKWA 1LEEA 3QN8A 1HHPA 4Y4JA 3WB5A 2B7ZA 2AZ9A 5P5WA 1TW7A 2AOJA 4J1FA 1NPVA 1SH9A 2I4WA 4BEKA 3LNKA 4OBFA 5I3VA 3S56A 3KA2A 1ZLFA 2Q64A 2OHQA 3NDWA 5P16A 5P8CA 4A6BA 4Y5BA 4QJAA 4YOBA 5P5VA 5P79A 4ACUA 5P0OA 5P7SA 1MTBA 4J1IA 3S53A 1TSQA 3SA5A 1K6CA 4Y37A 4CPWA 1HPOA 4R8YA 4LBTA 5P6XA 3K1WA 2I4QA 5P09A 2I0DA 5P81A 5P39A 3EC0A 5P6PA 2O40A 5KR8A 3R1GB 5P4FA 5P2SA 3OOZA 1FB7A 3PMUA 5BRYA 4D89A 5P34A 1GKTA 1ODWA 3FIVA 3NDTA 3CIBA 3UF3A 4Y3AA 3KT5A 5P7TA 5HVPA 4GJ8A 2ZJIA 4AA8A 1KJ7A 3QP0A 5P6OA 1EC1A 2R5PA 1G0VA 3WB4A 5KQZA 5P3KA 4NJVA 5P7CA 4I0DA 3SKFA 4RRNA 5P3AA 2RKGA 4Y4TA 4ZPEA 5P7QA 2HC0A 4Y5KA 5P18A 5I3XA 1BVEA 3MXEA 4YCKA 5DR0A 3OTSA 3QI1A 4I0ZA 5P0WA 5FIVA 1C70A 2O4LA 3LITA 1B11A 5DQ4A 3OHHA 3TPLA 5ISKA 4PHVA 4Y5NA 3TTPA 3VV7A 2FXEA 5P4GA 5P3DA 2VJ9A 3L3AA 2G1NA 5P3VA 3OOTA 1LYAB 4R91A 2BB9A 5P13A 5P3CA 2G22A 5OZ9A 4LP9A 1B5FA 1SP5A 4Y57A 2F81A 3UQPA 3PI5A 4Y3JA 5B18A 2R38A 2RENA 5OZMA 5OZFA 3KN0A 5P61A 5OZDA 5P1FA 1MUIA 4Y5CA 1UH7A 2XFJA 3SA8A 5P51A 3CYXA 5P7PA 5P5FA 5P3EA 5OZ0A 1K6TA 3ZKMA 2QMFA 4Y3PA 5P3NA 1IDBA 2I4XA 1WBMA 5IVQA 3DV5A 2FLEA 3VF3A 1EBZA 5OZ4A 1HVHA 4APRE 3UQWA 4Y5AA 2G27A 5P0BA 1KJHA 3EBZA 1GVWA 3GGUA 1HEFE 1N49A 2VIYA 4HZTA 4I0IA 4Y4WA 5P87A 5HCTA 5P2CA 1FFIC 2BKTA 1BAIA 1HOSA 5P1CA 7HVPA 1FF0C 3ZKNA 5OZXA 3CYWA 4PZXA 4DJRA 4H1EA 5P0AA 4Q1NA 5P07A 5I70A 5P2LA 3PSGA 5AHAA 3VG1A 1LV1A 1EPQE 5P4JA 4D8CA 4B1DA 3EM4A 4EXHA 3S54A 1CPIA 5P5BA 4YD5A 4ER4E 5P4RA 1HVKA 4OBJA 5P1RA 3NUOA 3AUPA 2QI7A 1MRXA 3VYFA 3K5CA 5P2VA 3OAGB 5P75A 1WBKA 2R3WA 3APPA 4Y38A 4Y54A 2J9KA 5P3ZA 5P2TA 3S43B 5OZ1A 4Y44A 3VV8A 1PPLE 1EPNE 2I4VA 2V11C 3WSJA 4A4QA 4D83A 2BKSA 5DR8A 3KF0A 2WEBA 1ZP8A 2F3EA 5P54A 1BILA 3ZPSA 3S7MA 3OU1A 5P67A 3MXDA 3QRSA 3O9LB 3MSJA 4LC7A 6APRE 1C6YA 1PPME 1HPSA 5P23A 3LIVA 3L38A 2HB2A 4Y39A 2PMAA 5P0LA 3NU5A 3GGAA 4TRWA 5P0RA 4OD9B 3D1YA 3VFAA 1MT8A 3EL4A 4WY6A 5DQCA 5P46A 5P41A 1F7AA 5P1AA 4F74A 3Q5HA 5KR1A 5P40A 4IVTA 5P29A 2F3FA 5P1HA 5P6IA 3VLBA 4YDGA 1PSNA 4IVSA 4CP7A 3BC4A 3B80A 3ZKIA 3L59A 5P2UA 5P78A 5P08A 3TKWA 4FAFA 2I4UA 4FS4A 3TPPA 1HSIA 2PSGA 5OZGA 5P2KA 1XN3A 3IN4A 4DFGA 4FL8A 5P58A 3TKGA 5P4NA 5P3BA 5P0DA 5P3XA 5OZ2A 1AIDA 4FM6A 3SA3A 4K4PA 4ZEAA 1FFFC 5P8OA 3Q6YA 1MERA 3EM3A 4CPUA 4J1CA 1XE5A 4ZSQA 3KYRA 5P0CA 5P50A 5P6RA 5P8LA 2XYEA 5P3QA 2QHYA 5I3YA 5OYWA 1BVGA 2PYNA 5P1BA 4OBDA 1ZSFA 3MWSA 5P10A 1AM5A 3HW1A 5P8GA 4CPSA 3D3TA 2BPVA 4K9HA 3S7LA 2CEMA 5P7XA 4DJWA 3OU4A 3CKPA 4XKXA 5P4UA 4EYRA 1MIQA 1A8GA 1D4HA 3TOGA 4TRYA 2F80A 5P2WA 3PB5A 5P4PA 1DP5A 3NDXA 3PSUA 4NPTA 5P8MA 3SA7A 3KDBA 5OZOA 2AVVA 4RYCA 1JLDA 3QPJA 5OZ7A 5P04A 4DV9A 3T3CA 1BV7A 1C6ZA 4Y4ZA 5P3YA 4ER1E 4DVFA 2NTRA 3DCRA 1UH8A 1HVCA 1LYAA 3CMSA 5ENMA 4AMTA 5P17A 2JE4A 5UPJA 2PQZA 4J1EA 4Y4DA 1HIVA 2OAHA 4RCDA 3OADB 4R93A 3HAWA 3L5DA 4R95A 3T7XA 2G24A 3D91A 1QBTA 3PLDA 1RV7A 2J9JB 3Q3TA 4Y3LA 5P7FA 4NJSA 3LZSA 2RSPA 3PLLA 4J0PA 1QS8A 5P1XA 5P70A 5P6TA 1B6MA 4J17A 1LYBA 3K4VC 3ZKGA 1SIVA 3GI6A 5P7BA 2Q55A 4WY1A 2PK5A 5OYSA 2ZHUA 5P0YA 1IBQA 2B8VA 3OUCA 5P2HA 1LS5A 4YBFA 3SQFA 1FG8C 1K1UA 2V12C 1E81E 1SIPA 1ZTZA 3INDA 5P5ZA 3LZYA 2B7FA 2H6SA 5OZQA 1FMUA 2I1AA 5P48A 2VJ6A 1QBUA 2VIJA 1LF4A 2IRZA 5P4LA 1OD1A 5P0FA 5AH6A 5P7UA 3ZKSA 5TOLA 4H3GA 5P1JA 1GNNA 1HVRA 1APTE 3D1ZA 3GI0A 4Y3MA 5P57A 4MC9A 3HBOA 5P01A 2A4FA 1IZEA 1OEWA 4GJ7A 4DJXA 3PCWA 1MESA 3ZOVA 4A6CA 3OAGA 5E5KA 4FSLA 1RPIA 2R5QA 3N4LA 3EKVA 4PEPA 2CEJA 8HVPA 1F34A 4GJAA 2PWCA 3S43A 3PMYA 2QZWA 3EKPA 5P8AA 4Y4XA 3SABA 5P5RA 4H3FA 3OQDA 5P2FA 5KQXA 3WZ6A 5P33A 1FQXA 1B6LA 4DJYA 3VLAA 4LXAA 5P35A 1FGCC 1ZJ7A 4I10A 1KJ4A 3IVHA 2AZCA 1B6KA 5COPA 2QAKA 4EJKA 5BS4A 4L6BA 5P2QA 4CPXA 2QI0A 4HE9A 3PWMA 3O9HA 5P06A 1D4LA 4EQJA 4GMIA 4GZFA 4OD9A 1EEDP 3HVGA 5P6HA 1K6VA 5OYTA 3GI4A 4JPCA 3BUGA 2FGUA 2QZKA 1BV9A 4I11A 4B70A 1AXAA 5P38A 5P4VA 3HAUA 2QI3A 3UTLA 5P59A 4J1KA 1FLHA 1E82E 5P8HA 5JG1A 1APVE 5IS4A 4Y3NA 2WEDA 1IZIA 1YG9A 3C9XA 2WF2A 3K4VA 1Q9PA 3UDJA 3I7EA 1W50A 3PM4A 3VEUA 4YOAA 5HE7A 5P8PA 5DR7A 3G70A 3KMXA 1QDMA 4QJ6A 2I0AA 3DCKA 1SMRA 3EL9A 4QJ7A 5P4IA 1Z1HA 3INEA 4Q1WA 5P0SA 3OWNA 2G69A 2PWRA 4J1HA 4X7IA 3QRMA 4J0VA 5P2OA 4FRKA 2ASIA 5P5QA 4Y5GA 1K1TA 5P5KA 3OTYA 5P37A 5P8BA 5PEPA 2AVMA 2CENA 3VF7A 2A1EA 4Y47A 1TSUA 3RU1A 4Y5PA 2VJ7A 3CIDA 1GVVA 5P7DA 3OUDB 3G72A 5P5CA 4XX3A 3NSHA 4YHQA 5P64A 2QMPA 4EXGA 5OZEA 1GVXA 3K5FA 5P44A 5P4QA 4GJBA 4DJOA 1GVTA 3PJ6A 1BXQA 1CZIE 4EPJA 2SAMA 1ZSRA 2G1YA 3DK1A 2R43A 1W5YA 1VIKA 3UDMA 4RCFA 1MSNA 2P4JA 5OZ5A 5P1MA 5P2RA 4R5NA 5P8DA 1NSOA 2QHCA 4DI2A 3PWWA 4OC6A 5HDUA 5OYYA 4L1AB 4DJQA 5P5YA 5OZ6A 1YTIA 5P84A 5HDZA 3BRAA 5P36A 4WTUA 5P5DA 1FMBA 4ZSRA 3HVPA 2V13A 3RSVA 1HVIA 3IGBA 2VS2A 3KDCA 4NJTA 1HXWA 3EKXA 2BPYA 5P05A 5OZJA 1W5VA 2QD6A 5P8SA 4J54A 4I0FA 1AVFA 2BBBA 5HE4A 4JOOA 2J9JA 4DQBA 5P5GA 5P5OA 1HXBA 4Q1XA 4PYVA 5OZHA 5P8NA 4HA5A 5P6AA 4OBHA 5P2EA 3EL1A 5CLMA 5P31A 4MC1A 4JP9A 3GI5A 3HD8A 3EKTA 5HU0A 5P3GA 5P1LA 3FSMA 3BXSA 3S2OA 2V00A 3OGQA 5T4SA 5AHCA 5P7VA 1SDTA 5P88A 3VF5A 2WHHA 4X2LA 5P4WA 5OZUA 1BXOA 5P69A 2ER0E 1FEJC 3WZ8A 2Q63A 2NXMA 4Z4XA 1MEUA 5P15A 4CPQA 4AUCA 5P0MA 5P1NA 5P60A 2HPFA 1LYWA 3JVYA 4EHCA 5P7NA 2AODA 1TZSA 5OZ3A 3R4BA 3AIDA 3QVCA 3NWXA 3UDKA 3KFPA 4ZE6A 5P1PA 5ER2E 1ER8E 2G1RA 3F9QA 2B42A 5P1WA 1A8KA 1XE6A 5P1OA 2OHNA 5P3IA 4LXKA 2AOHA 3FV3A 1EAGA 1K6PA 3BHEA 2P83A 2OHMA 3O9GA 3LPKA 1RNEA 4Q5MA 4Y58A 2RMPA 5OZPA 1BWAA 4OBZB 1J71A 4YD7A 5P0NA 5P2NA 2AOGA 5JODA 5P4YA 4FGXA 3UFLA 5P68A 2Q3KA 1E80E 3RTHA 3PBZA 4U8WA 4I0HA 2P3BA 2VNMA 4EWOA 3R0WA 5P74A 5IVRA 3R2FA 3SAAA 3SA9A 1EBKC 3OXCA 4YD6A 5P2AA 2WF3A 4JPEA 2ZJLA 5P0EA 5OZBA 2AIDA 2HAHA 4LAPA 5P4SA 5P66A 3OQKA 2JJIA 3OY4A 1IVPA 4I8ZA 1D4IA 2HB3A 3H5BA 4F75A 5P8JA 5DQ2A 5P7OA 5P83A 1ME6A 5AH7A 5P5HA 1ZPKA 2IQGA 5P7KA 3FKTA 5P30A 3QBHA 2O4SA 2OHSA 3LZVA 5EZZA 3L5FA 2Q11A 3DM6A 3O9DA 3BUHA 3KMYA 5P65A 1B6JA 4KE1A 1HBVA 3NDUA 4FM8A 2WEAA 4HVPA 1BDQA 3APRE 1PROA 4AA9A 3ER5E 5P6CA 1PSAA 5AHBA 5P6JA 4DQGA 1UPJA 5OYQA 1XL5A 2QI6A 5P45A 3PGIA 4Y53A 5P6MA 3RTNA 5P52A 3FX5A 2QCIA 1PFZA 3PBDA 2FDDA 5P0ZA 2Q15A 1IZDA 4ACXA 3JW2A 5P63A 2NNKA 3U71A 5P7RA 1QRPE 4J0ZA 3INHA 2FDEA 3EKYA 5P1QA 1D4JA 4Y4BA 2P3DA 1XS7D 2PSUA 4RZ1A 3BGCA 3ZL7A 2AVQA 5P2GA 5OZWA 4Y9WA 1AZ5A 4Y3ZA 4MC2A 4FAEA 3O9AA 1PPKE 3OUDA 2VIZA 1META 5DGWA 3VSXA 2ZJJA 2HM1A 5DPZA 3LIXA 3DOXA 5OZIA 3OXWA 5P8EA 3KFNA 5DQ5A 1K2BA 2OHRA 4F73A 4FIVA 4GJ9A 5P1YA 4QJ2A 2IGXA 2FIVA 3IAWA 5P32A 4J0TA 5P4HA 3SKGA 1HPVA 4GJ5A 2QI1A 2APRA 3OHFA 1HTEA 4NJUA 2PC0A 3URLA 4HLAA 4ZIPA 1EBYA 2QMGA 3VSWA 1QBSA 2HIZA 2VA7A 4HDPA 4Y41A 5P7GA 4Y4GA 5HE5A 3ZKQA 4GJDA 1HVJA 3PEPA 5ER1E 3T6IA 4EJLA 1MT7A 1BBSA 3IN3A 5P1VA 3QS1A 5SY2A 3UDQA 1HPXA 5P80A 3VFBA 3TH9A 5P2IA 4Y3TA 3VCMA 4TVGA 5HDVA 2H6TA 1M43A 4H3JA 5P0IA 2IKUA 1NH0A 4FRSA 1D4SA 4QJ8A 3MSLA 4RCEA 5P5PA 1EPME 5P2XA 4D85A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQF A;  4DPF A;  3L5B A;  5HD0 A;  3VUC A;  1RQ9 A;  5P3P A;  2QU2 A;  1GNM A;  2WEC A;  5OZY A;  1QBR A;  5OZL A;  5E5J A;  5P6V A;  5P7I A;  2ZYE A;  3VYE A;  3HZC A;  4OBZ A;  3SAC A;  1ZPA A;  4GJ6 A;  1XN2 A;  3NUJ A;  1YX9 A;  5P56 A;  2G1O A;  3SPK A;  5P6B A;  2UXZ A;  4RGH A;  3EKQ A;  2PK6 A;  5P7A A;  2V0Z C;  5P3L A;  2R8N A;  5P3M A;  4Y3X A;  4LL3 A;  3LIN A;  5SZ9 A;  1ZBG A;  3OK9 A;  5F00 A;  2QI4 A;  2P3B B;  4YBI A;  4Y36 A;  4Y6M A;  2JJJ A;  4YDF A;  5P72 A;  1EPL E;  3CKT A;  1EPR E;  4FM7 A;  5P86 A;  4PPH A;  1SDU A;  5SY3 A;  2EWY A;  7UPJ A;  4I0J A;  5P5L A;  3QRV A;  5P62 A;  2Z54 A;  1KJF A;  5HCO A;  3QRO A;  1U8G A;  2OHL A;  1KZK A;  5EZX A;  2P8H A;  3EKW A;  1LEE A;  3QN8 A;  1HHP A;  4Y4J A;  3WB5 A;  2B7Z A;  2AZ9 A;  5P5W A;  1TW7 A;  2AOJ A;  4J1F A;  1NPV A;  1SH9 A;  2I4W A;  4BEK A;  3LNK A;  4OBF A;  5I3V A;  3S56 A;  3KA2 A;  1ZLF A;  2Q64 A;  2OHQ A;  3NDW A;  5P16 A;  5P8C A;  4A6B A;  4Y5B A;  4QJA A;  4YOB A;  5P5V A;  5P79 A;  4ACU A;  5P0O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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