5P20A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 119
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p20A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p20A01
2V11C 4LAPA 2WJOA 1ODWA 5P1MA 1W5VA 3T3CA 5AH8A 5P0VA 5P1TA 5P65A 5P2XA 1EC1A 1BV9A 1SP5A 5P7SA 1ZSRA 2R8NA 4Y36A 4D83A 3UDJA 2IDWA 4JPEA 5P1OA 5P7RA 2AZ8A 5JFPA 5P2UA 5P6UA 4ZPFA 5HDUA 2ASIA 1T6GA 5COKA 1A8GA 3HAUA 4YBFA 3VCMA 2G69A 4I0ZA 1ODYA 4YE3A 2FNSA 4GIDA 1HEFE 4GJ7A 5P2FA 2NPHA 2B42A 3AUPA 3KN0A 4DPFA 4NJTA 2I0AA 2BBBA 2G21A 5P8QA 4YD4A 2BQVA 2BJUA 3GW5A 5P88A 1K1TA 1ER8E 5IVTA 5OYUA 1ZBGA 4GJ5A 4NJUA 5P38A 4XKXA 5P8VA 2IENA 2PH8A 1D4LA 3WSJA 2IQGA 1FFFC 3NDWA 2WF2A 3PRSA 4GJ8A 2I0DA 4L1AB 5P37A 3TOGA 4Y4WA 6FIVA 2ER6E 3OQAA 3SA6A 2B60A 5OZDA 2EWYA 2ZHTA 2FMBA 5P7MA 3TH9A 2Q3KA 3EM4A 4PHVA 4A4QA 3BXSA 2AVMA 4X2LA 1MRXA 2QI7A 3VFBA 4J0YA 1FQ7A 5I3XA 5DGWA 5P30A 4CPXA 2Q54A 5OZ7A 2AVSA 3OGQA 2I4WA 5IE1A 4EXGA 3FSMA 4TVGA 3O9HA 5I3VA 4Y50A 1Z1RA 3GGXA 5HE5A 1BWAA 4Y6MA 4Y3AA 4EQJA 3EKTA 3EBZA 3UHLA 3VEUA 4GB2A 1D4JA 1CMSA 5P4EA 3CIDA 3K5CA 5P2QA 3KT2A 5P5PA 3VYEA 3ZKSA 1QBSA 5P3QA 3RTNA 3QRSA 4ACXA 2ZDZA 3PLDA 4OBZA 4OBFA 2G27A 2Z54A 4K8SA 4QLHA 5KAOA 5P4JA 5SY3A 5P0HA 2PYMA 5DQ2A 3KMXA 3HVPA 3Q5HA 3NU4A 3EKPA 4HDPA 3QIHA 5P53A 3U71A 7UPJA 3KDBA 5P8JA 5I3YA 1GKTA 2UY0A 3URJA 1W6IA 3UDNA 1B6LA 4U7VA 4DJUA 4YBIA 1HVCA 3TPJA 5P6XA 2OHRA 1SGUA 4EWOA 1IIQA 4YOAA 5P62A 3ER3E 1D4HA 4HA5A 3VFAA 6UPJA 5P3HA 2AOFA 5OZ1A 3OOZA 5P4CA 2J9JB 3PBDA 3ZPSA 1PPKE 2QHCA 5P1FA 3CIBA 5F01A 3ZOVA 3UQRA 5P7OA 4CP7A 7HVPA 2HB2A 5JG1A 3ZKGA 3PCZA 5P0QA 5P19A 1MSNA 1DW6C 5P1LA 4JOOA 3QBFA 3SABA 1AAQA 1IVQA 5P5LA 5P7EA 5P4MA 4KUPA 3D1XA 5P03A 4LXAA 4LXKA 2BPWA 2WF0A 3EXOA 1HVSA 4COEA 5P52A 5P1DA 4F75A 3PSUA 3IXOA 3QRMA 5P69A 2AVQA 3UQPA 4R5NA 3INEA 2P83A 1HSIA 2FDPA 3LZUA 3INHA 1DIFA 4J0TA 2R9BA 1YG9A 4J17A 5P46A 1KJFA 4E43A 5P6DA 3SA4A 5P3CA 3O9LA 1LYAB 4R95A 4Y4AA 1QBRA 2WEDA 4QJ9A 5DPZA 5DR4A 2AVOA 4H3FA 5C9BA 2RKGA 5P1ZA 1ZP8A 1SGZA 4EP2A 1FEJC 1AVFA 4Y3JA 5JFUA 5P8UA 3FKTA 5P0FA 1T7JA 4DJPA 5AH6A 5P1JA 1ZAPA 5FIVA 2QZLA 5EZXA 4Y4XA 5P57A 3RU1A 3LINA 1APWE 3PWRA 4B05A 3SA5A 1BIMA 1YTHA 2QI1A 5P8IA 2ER7E 2R5QA 5OZKA 4KE1A 4RRNA 1BBSA 5P80A 4YD7A 4CKUA 1W5XA 4I8ZA 5P5ZA 3D1YA 5P2ZA 2NXLA 5P2HA 3O9EA 5P49A 5AHBA 2AODA 5OYRA 4FM8A 3K4VA 4EJDA 4I0GA 5P1XA 2ZJLA 3GGAA 4S1GA 2R3WA 1BWBA 5OZLA 3T7PA 5ISKA 2OAHA 3QPJA 1B6PA 2Q63A 4R91A 5P58A 3O9AA 4XX3A 2I4XA 4QJ7A 1HSHA 1GNOA 3UDKA 4EXHA 3CKRA 5KOSA 3CKPA 4ZSRA 3NXEA 3VSWA 1QBUA 4Q5MA 3O9FA 1D4YA 4B0QA 3PSGA 4DJQA 2JJJA 5P3ZA 5P5KA 5P05A 4I11A 4BELA 2BPZA 3OU4A 3DK1A 5P4AA 5P89A 2XYEA 5ER1E 3RTHA 1FIVA 3L5CA 5P43A 1BAIA 1EPNE 4WY1A 3UDPA 4AA9A 5OZHA 3DCRA 3MSLA 2QMPA 1RQ9A 4XXSA 1GNMA 3ZKMA 3AIDA 2OHLA 1W5YA 2V13A 1FQ8A 4Y3DA 3ZMGA 3LPKA 3HVGA 5DR3A 5OZXA 2NNKA 5OZVA 3ZPUA 4OC6A 4Y3WA 1G2KA 1DAZC 3PM4A 5CLMA 1MERA 1MT9A 5ENKA 4I0EA 4Y4UA 1E80E 4HDBA 3VYFA 3OXVA 1GNNA 2JXRA 3VYDA 1EPRE 4J1IA 3BRAA 5P7WA 1B6MA 4J1CA 5P5VA 5P67A 5P0EA 5P4UA 1MUIA 5P4ZA 4YCTA 5P5QA 5APRE 5P7PA 4APEA 1YTGA 1HOSA 4DV9A 1A8KA 3B7VA 1M43A 2I1AA 3APRE 1GVXA 1IVPA 1FG8C 5OZOA 2WEZA 5P1PA 1HHPA 5IS4A 4CPWA 3QI1A 5P6TA 3SM2A 3K1WA 4Y5AA 5P7AA 1W51A 4Y4GA 1MTBA 3OOTA 4LBTA 4MC6A 3SLZA 2QI0A 1HVKA 4Y5EA 1OEWA 5KQYA 1XE5A 5OZIA 5P1BA 3O9CA 5P0RA 3OUAA 5P2JA 2WL0A 2IGXA 3S53A 4RROA 5DR8A 1EPOE 4DJVA 1IDAA 2PK5A 5HD0A 4RYGA 1U8GA 1MPPA 4Y3PA 5P6EA 1HEGE 3BGCA 2BKSA 5P6CA 3OXCA 5P7BA 3R0YA 2O4NA 3ZKXA 3KF0A 1Z8CA 3SA9A 2ZJHA 3HDKA 4TRZA 4A6BA 3MXEA 5OZ9A 3RTMA 2OF0A 4Y3LA 4Y3ZA 5OYQA 2ZJIA 5P44A 3KYRA 2OHQA 4Y57A 4BFDA 5P47A 5IVRA 1PSAA 5P48A 1MRWA 4HZTA 4Y3YA 1BXOA 3LITA 4EJ8A 2QI5A 1K6PA 4Y3HA 1EBKC 2ZHSA 2QHYA 3UDMA 4DQHA 1EC3A 3KFNA 2AVVA 4YOBA 2FLEA 5HU0A 3PLLA 2G20A 2P3BB 5KOQA 1LYWB 4Y3FA 2R5PA 4B78A 2RSPA 1FMBA 4HDFA 1FQ5A 3SM1A 4YHQA 1K2BA 5P3RA 2AQUA 5OZCA 4FSLA 5C9FA 5P1VA 1Q9PA 3PBZA 5P27A 1YTJA 1EBZA 4DJRA 4L1AA 4DJXA 3U7SA 4Y4DA 2FGVA 4I0DA 5OZGA 5P0AA 5P6WA 1QDMA 5P7VA 4K9HA 3DOXA 3GI4A 4M8YA 2B8VA 1MEUA 2VNMA 5P4NA 5P8NA 4K4QA 5E5JA 3UPJA 1A9MA 2ANLA 2O4KA 3VV7A 2BPYA 3WZ8A 2F3KA 5P7JA 1KJ4A 1OD1A 2ZYEA 3KFRA 5AH7A 3ZKNA 1FF0C 1G0VA 3S56A 4FGXA 1WBMA 4Y38A 2P3DA 5HDZA 5P81A 5OZTA 5P78A 4LC7A 2Q5KA 3UCBA 5P8SA 5I70A 2MIPA 4Z2ZA 5P1AA 4F74A 3IGBA 3T7QA 4YD6A 1K2CA 3TPLA 1ZLFA 5P51A 4GJ9A 5P85A 3UF3A 4FAEA 3LIXA 4FM6A 3H5BA 3VLAA 4PPHA 5P5WA 4EJLA 5P0YA 5P3TA 1HXWA 3DCKA 3EC0A 3INFA 1T7KA 4GJCA 4MC9A 3OY4A 5OZQA 5P6GA 2QI4A 5BRYA 4AA8A 5P0IA 3I6OA 3D91A 1LF3A 1RL8A 1LS5A 2B7ZA 4ZPEA 1B5FA 1IDBA 2QMDA 5BS4A 5P6OA 4EHCA 5P54A 4ZIPA 5OZBA 1B6KA 5DR7A 2QD6A 5P7DA 5P5IA 3OUBA 4ZSPA 5P3LA 4D8CA 5HDXA 4H3IA 5OYXA 3BHEA 4FCOA 5P86A 3FX5A 4N00A 5P20A 2B7FA 5BWYA 3OUDB 3WB4A 3WB5A 5DGUA 3L3AA 1PROA 5P02A 1G6LA 2QD7A 4PZXA 2IKOA 3UQUA 4HE9A 2CENA 3NU3A 2ZE1A 1T3RA 5P4FA 5P1KA 3BVAA 4YD3A 5P22A 5P4BA 5P6NA 4RVIA 4TVHA 5P26A 5KR1A 2WHHA 5IVQA 1F7AA 3TPPA 4YCKA 5COOA 5CONA 4DQFA 3JW2A 1M4HA 4KE0A 1AJVA 4CPUA 5P4WA 1G35A 5EZZA 5P1NA 4OD9B 5P4SA 3QN8A 3QRVA 5B18A 3FIVA 1HVHA 5SXNA 4B1CA 3D20A 3HLOA 3Q6YA 4HVPA 4J1KA 5COPA 4OBJA 1LYAA 1APVE 3IAWA 4RYCA 5ISJA 5P7KA 4QJ8A 5P3YA 1IZDA 2QNNA 3LIQA 3GI5A 4GJDA 5P0SA 3G70A 2QI6A 3EL1A 1BILA 3NWQA 3PVKA 3KM4A 1ODXA 2NMYA 2V12C 4Y58A 5P4VA 5P09A 5P6HA 4EJKA 4CPRA 2FS4A 2NMZA 4ZSMA 3MSKA 4Y3TA 3L59A 3O9BA 5P4QA 4Q1WA 1NPWA 4Y5CA 4Y5PA 1XN3A 2FGUA 5P2TA 3SA3A 1DPJA 4NJSA 5P6MA 1HVLA 5OYSA 3HBOA 4KB9A 5KR8A 5P36A 2IGYA 1MT7A 3IVHA 4Y35A 3NU9A 1K6CA 3BC4A 3LNKA 5P83A 5P4HA 2ZHVA 2PK6A 5P24A 4CPQA 3TPRA 3EL5A 3WZ6A 5P4LA 3IN4A 3HW1A 1NPAA 3D1ZA 4DQEA 2RMPA 5P3NA 1XS7D 2JJIA 3EKVA 2G24A 3OQKA 3OUCA 2VS2A 1K1UA 3TOFA 4BEKA 4Y5LA 2NXMA 5P3PA 2HM1A 3OXWA 2VNNA 1IZIA 3GI6A 3G72A 3O99A 2AOEA 4U8WA 2VIYA 3O9DA 1W6HA 4DJOA 3CICA 1HRNA 2NR6A 4I12A 1APUE 1HBVA 4BFBA 1MTRA 1C6ZA 1N49A 1TCWA 5HDVA 3A2OA 5I3WA 3BUFA 2WF1A 5OZAA 5P16A 1MT8A 5P2BA 2PMAA 3JVYA 2G1OA 1FLHA 5P4PA 2H6SA 3ZPTA 1FG6C 2HPEA 1HTRB 5P6KA 4Y9WA 3VV6A 5P5RA 4HEGA 3UDQA 5HU1A 5P5NA 5P6VA 3NWXA 5DQ1A 4YDGA 5P7TA 3TOHA 1MSMA 4LL3A 5OZ8A 4J1EA 4FRIA 4OBZB 2QNQA 3MXDA 2OHTA 3SPKA 1MIQA 5P0NA 4FE6A 5P2IA 5P5XA 3SAAA 3JVWA 4Y44A 4B1EA 5P5HA 5P2DA 5P10A 3OAGB 1AIDA 1HPSA 1E5OE 4Y3EA 1AJXA 3PMYA 4WTUA 3B80A 5AGZA 2IEOA 5P7FA 4J0ZA 1T6EX 4Y3QA 3DUYA 2ER0E 2PQZA 2QNPA 5P6RA 4Y4EA 1LEEA 4X7IA 4H1EA 4DFGA 1FQ6A 3CKTA 5P50A 3WZ7A 1B6JA 5P2MA 3NYGA 5P4TA 2F8GA 5P6BA 4QJ2A 4FAFA 1KZKA 2QMFA 4Y41A 2QZWA 4I0IA 1HVJA 5P5CA 1HTGA 1B11A 2PSUA 3LIVA 5P3BA 1FKNA 3Q70A 5P70A 4D89A 2OHUA 1LF2A 4DQGA 2ZGAA 4AUCA 4A6CA 4Y5MA 5P4RA 2F81A 2HPFA 4Z50A 3VLBA 4J0VA 3NR6A 2HS2A 2G1RA 5HTZA 5P3AA 1XDHA 3OK9A 1TZSA 5P0JA 3TTPA 1D4SA 2OHNA 5P45A 5P1GA 2V0ZC 2Q55A 3Q3TA 1E82E 3PI0A 5HVPA 3DJKA 1EC0A 2QU3A 3R4BA 1D4KA 1EPPE 3OXXA 3VV8A 5P73A 1SIVA 5P1EA 1TQFA 4Y3XA 5P77A 5JODA 2VA7A 3APPA 5KR2A 2R38A 4Y54A 2HB3A 2QK5A 5P2NA 3MWSA 4FLGA 5P41A 5HE4A 5P3VA 3IVIA 3OADB 4I0JA 5P5BA 2V10C 5P7ZA 5P3KA 3ER5E 4LHHA 3QVIA 3UDYA 2WEBA 5P2SA 4R93A 4U7QA 3HD8A 5OZRA 4JECA 5DQCA 2IRZA 3KDCA 4Y3RA 2HB4A 4GMIA 5P8FA 1A94A 2P3BA 1VIKA 3NSHA 3KA2A 1LYWA 4L6BA 5P61A 9HVPA 2AOJA 5P29A 5P5EA 3VF5A 2HIZA 2AZCA 3OU1A 4Q1YA 5OZ6A 2HS1A 3D3TA 5P7QA 2BPVA 5P14A 5P4KA 5P6AA 3IXKA 5P0BA 2BB9A 3S7MA 2I4QA 4ER2E 1PSOE 4Y56A 3SFCA 1DP5A 5ENMA 1HPXA 1SH9A 5OZWA 1JLDA 5AH9A 3K5FA 3LIZA 3QVCA 5P1SA 1J71A 4J54A 1W5WA 3FV3A 2QZKA 1LF4A 4I10A 3L5BA 5OZ2A 4DVFA 5DQ4A 2ZJMA 1EPLE 3EL0A 4RCFA 1YT9A 5P8CA 3OU3A 3PHVA 3PJ6A 3GGUA 5C9DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V11 C;  4LAP A;  2WJO A;  1ODW A;  5P1M A;  1W5V A;  3T3C A;  5AH8 A;  5P0V A;  5P1T A;  5P65 A;  5P2X A;  1EC1 A;  1BV9 A;  1SP5 A;  5P7S A;  1ZSR A;  2R8N A;  4Y36 A;  4D83 A;  3UDJ A;  2IDW A;  4JPE A;  5P1O A;  5P7R A;  2AZ8 A;  5JFP A;  5P2U A;  5P6U A;  4ZPF A;  5HDU A;  2ASI A;  1T6G A;  5COK A;  1A8G A;  3HAU A;  4YBF A;  3VCM A;  2G69 A;  4I0Z A;  1ODY A;  4YE3 A;  2FNS A;  4GID A;  1HEF E;  4GJ7 A;  5P2F A;  2NPH A;  2B42 A;  3AUP A;  3KN0 A;  4DPF A;  4NJT A;  2I0A A;  2BBB A;  2G21 A;  5P8Q A;  4YD4 A;  2BQV A;  2BJU A;  3GW5 A;  5P88 A;  1K1T A;  1ER8 E;  5IVT A;  5OYU A;  1ZBG A;  4GJ5 A;  4NJU A;  5P38 A;  4XKX A;  5P8V A;  2IEN A;  2PH8 A;  1D4L A;  3WSJ A;  2IQG A;  1FFF C;  3NDW A;  2WF2 A;  3PRS A;  4GJ8 A;  2I0D A;  4L1A B;  5P37 A;  3TOG A;  4Y4W A;  6FIV A;  2ER6 E;  3OQA A;  3SA6 A;  2B60 A;  5OZD A;  2EWY A;  2ZHT A;  2FMB A;  5P7M A;  3TH9 A;  2Q3K A;  3EM4 A;  4PHV A;  4A4Q A;  3BXS A;  2AVM A;  4X2L A;  1MRX A;  2QI7 A;  3VFB A;  4J0Y A;  1FQ7 A;  5I3X A;  5DGW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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