5P22A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 120
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A01
3LIYA 3DM6A 1EPPE 2ER0E 5P3YA 3VFAA 4AA8A 5P4BA 1K6PA 4I10A 1RQ9A 3OHHA 3O9DA 1ZBGA 1FQ8A 3G72A 5P1VA 4Y5CA 4FSLA 5KQZA 2P4JA 3VLBA 5AH8A 3R0WA 5P6PA 3EKYA 3UQPA 4J0VA 5P5OA 2AZ9A 1D4YA 5OZ0A 3HZCA 5P0PA 5HCTA 1PPKE 5P3GA 4GJ9A 3ZLQA 5P75A 5P2WA 2PYNA 4QJ9A 5P6WA 1KJ7A 3SLZA 6APRE 5OZAA 3UQUA 2R38A 4RRSA 3LZSA 3SA5A 5P0OA 3OK9A 5P2BA 5I3YA 1IDBA 1W51A 1T7KA 3PWRA 5APRE 2F81A 1TCXA 1BBSA 4Y3TA 5P6CA 4FM6A 1GNOA 4J1KA 3QS1A 5OZFA 1CMSA 4CMSA 1EBZA 2QI5A 1G2KA 2J9JB 5OYRA 2PQZA 4YCTA 5P7MA 3TPPA 5OYVA 2VNNA 4DQEA 4YDGA 3K5DA 1BILA 2APRA 3ZKGA 5P02A 3H5BA 1YTJA 5JFUA 5P0HA 5OZNA 2OHRA 2B8VA 5P40A 5P50A 4QJ6A 3INDA 3PVKA 2AOCA 2IL2A 1HIHA 2AQUA 4GB2A 5P6NA 5P8HA 4ER1E 4J1CA 2PYMA 4YD4A 1QRPE 1K1TA 3AUPA 4NPUA 2QHCA 4Y3MA 3VSXA 3RVIA 3BGBA 3T7QA 3ZKNA 1WBKA 5SY3A 5P2TA 2H6TA 1UPJA 1IZDA 5P30A 4RGHA 3QRVA 3SAAA 2WF4A 3TOHA 4R95A 1E5OE 3PRSA 2OHUA 4F75A 3DOXA 5P0DA 3MSKA 2IENA 4Y3FA 5HTZA 3PMUA 5P1TA 3LIQA 5P6GA 2VA6A 5HVPA 5P74A 2BPWA 5P0QA 2ZDZA 3QROA 1HTEA 4MC6A 3L5EA 4YA8A 2HC0A 3GGVA 3JVWA 4XX4A 4R8YA 5DR0A 5P60A 4QJAA 2RSPA 5P2DA 3SKGA 4WY1A 5P0ZA 5P11A 3SM1A 5P78A 1TSUA 1LYBB 4FL8A 1MERA 4CPSA 3EL5A 2VNMA 5DR1A 5P88A 2AOJA 3M9FA 1SMRA 5P3ZA 4D85A 5P7TA 5P6YA 5OYYA 4I0IA 2OHPA 5P6EA 3MXEA 5SXNA 5DR4A 3MXDA 1AJXA 2FNSA 5P3AA 5P15A 1MT7A 5P1XA 4LL3A 4I11A 2RMPA 3WB4A 3IAWA 1MRWA 4EHCA 4ZEAA 5P10A 1HHPA 3OUAA 3VG1A 4GJ5A 5HDZA 2AZ8A 1OD1A 5P87A 3KFNA 5HDVA 4GJ7A 4FE6A 4PPHA 4HDFA 5P1CA 4Y4UA 5P8OA 3CIBA 3OTSA 5P0YA 5P0RA 4EJLA 1IZHA 3K4VC 1LS5A 5P8DA 3BUHA 4YBFA 5P89A 1GKTA 1LF2A 4B00A 5KR8A 5ISKA 5OYUA 4J1EA 1ENTE 5OZJA 3PMYA 5P35A 5P2IA 5P18A 4DUSA 1EPOE 3NR6A 1HTGA 2HS1A 4Y3YA 4Y47A 2SAMA 1BXQA 3TPJA 1YTIA 3NSHA 5P6OA 1HPSA 2Z54A 2ZHRA 1W50A 2QMGA 5P4RA 1WBMA 1ZAPA 1BAIA 4Y38A 5OZ1A 3SM2A 1FFIC 5OZ8A 2QNNA 5OZRA 2Q5KA 5P09A 3Q6YA 4JPEA 5P6KA 3O9CA 5P6ZA 5IVTA 5P32A 2QD8A 2F80A 2Z4OA 1KJ4A 3NU3A 2O4SA 4OC6A 5P36A 5P3KA 4D89A 1QDMA 3SABA 1YM4A 2UXZA 5P6JA 2QAKA 4R91A 5P56A 1HVKA 5P48A 4BFDA 3IN4A 5P3FA 3TKWA 5P1KA 2Q11A 1IVQA 3KN0A 3PM4A 2JJJA 3ZMGA 4Y3DA 2QI3A 4ACUA 2IDWA 3WZ8A 2PC0A 1PFZA 5HDUA 1YX9A 3OHFA 4YOAA 3CKPA 4OBGA 4CPWA 2B8LA 5P5CA 1FFFC 4NJTA 4ZSPA 3WZ7A 2AOFA 2AVOA 1SGZA 1C70A 5I3WA 2FXEA 1QS8A 1FMBA 4B1EA 4Y35A 4Y5GA 3DV1A 3F9QA 3HD8A 1AVFA 3OGQA 1RPIA 5C9FA 3ZPTA 1EBYA 1HIIA 4Y5KA 2QZKA 5P3CA 5IE1A 4OBZA 2PK6A 2EWYA 4J0PA 5P8VA 4IVTA 4OBHA 2ZJLA 4TVGA 5HU0A 4CPXA 3QRMA 3I8WA 5E5KA 3T6IA 1TZSA 3GGUA 4DPFA 4J0TA 3LIZA 2QD7A 5P8EA 1SDVA 1KJFA 3OXXA 3PWMA 5P1EA 4U7QA 4BEKA 2BPYA 4MC1A 1MT8A 5P2JA 5P4AA 5P33A 5P8SA 4Y4AA 1KZKA 1MSMA 2VJ7A 1EPLE 3OU4B 3SQFA 5P4JA 3LIVA 5P4SA 2AOEA 2ER6E 4Y5AA 5OYWA 5P7VA 1SDUA 3ZOVA 5P25A 1EC3A 2BKTA 1W5XA 3HBOA 3KFRA 1ME6A 5OZWA 1MT9A 4RCEA 5SZ9A 2P3CA 4TRYA 5P1JA 3MWSA 3O9HA 5PEPA 5P22A 7HVPA 4LC7A 4RZ1A 3OUDB 1AZ5A 1HTFA 2NTRA 4RVXA 3MSJA 5OYXA 5P1RA 4DJWA 3VEUA 2IGYA 1FKNA 5P63A 2ZHVA 3H0BA 3S85A 1HWRA 5P55A 3EL9A 2QHYA 2RENA 4DQHA 5OZ6A 5ENMA 4B0QA 2NMYA 2NXDA 4Y5BA 5COKA 3UQRA 5JG1A 2QMPA 5OZQA 4Y3GA 5OZLA 5AH6A 5P3NA 1LV1A 2G94A 3OAGA 5P1SA 3SA3A 3NYGA 2G1SA 3OXCA 4CPRA 2VJ6A 5P7WA 5P8UA 5P3RA 3UFLA 3BGCA 2BKSA 3OTYA 4H3IA 1LF4A 3WB5A 3IXKA 2QP8A 1BDRA 1FGCC 4DJUA 5P7SA 5P3VA 5P03A 1C6ZA 5P0EA 1B5FB 1PROA 2O4NA 4FM7A 3CYXA 5AHAA 3SA7A 3PBDA 1DP5A 1D4JA 2XFJA 5P8IA 3KDCA 3O9LA 2P3BB 4FAFA 5P47A 5AH7A 4EP2A 3D1YA 1GNNA 3IGBA 1W5WA 4B72A 3D3TA 2B7FA 2UY0A 4DJXA 5P0FA 3SPKA 3OQ7A 5P5ZA 1GVUA 5P5UA 5TOLA 3UPJA 4J55A 2WKZA 4AZYA 2XYFA 2QHZA 2P8HA 1FG6C 3HAUA 5P5RA 1E82E 3VYFA 2HAHA 4L1AB 2QU3A 4Y4EA 3BUGA 2QZXA 2WEBA 5DGWA 2PWRA 4EQJA 3QVIA 5P7RA 5P3JA 5P2GA 1EBKC 4I0JA 5OYQA 2V11C 3VV7A 4Y36A 4A6BA 1HPOA 1YM2A 1FIVA 4Y54A 4Y5MA 1HVCA 5P2XA 4HEGA 5P68A 5IVQA 3APRE 5HE5A 3ZPSA 2PH6A 4Y3LA 9HVPA 1VIKA 4GMIA 4ZPGA 3ER3E 5P05A 3NDWA 4AUCA 2FDDA 1YT9A 1QBRA 3I7EA 2BPVA 2PK5A 5OZTA 2MIPA 5P8NA 2NXMA 3VF3A 1ZPKA 4YE3A 1B6PA 5CLMA 1GVTA 5P71A 5P84A 4F74A 3VF5A 5P27A 5P7DA 4GJAA 4HDPA 1OEWA 4ZPFA 5BRYA 1CPIA 3EC0A 5OZ2A 5P5SA 1APUE 2IQGA 5P1WA 5P7NA 2P83A 3IVIA 3PSUA 3TOGA 5P7OA 2QI0A 3APPA 4Y4BA 4YD7A 2ZGAA 4FLGA 3UCBA 5OZZA 5DR3A 2HS2A 5OZEA 4Y4ZA 1APTE 4ZSQA 1HVJA 3WZ6A 3OY4A 1HOSA 4RRNA 3T7PA 1W6HA 3DJKA 1SDTA 3C9XA 4Y45A 5P1YA 3QPJA 4YD6A 1QBUA 5OZYA 5P2EA 1PSAA 4EXHA 4OD9B 4FRIA 2PMAA 1NSOA 4QJ7A 5P28A 4L7JA 4Z4XA 2QMFA 4OBFA 2R5QA 3PJ6A 2QI6A 3L59A 3S54A 4EQ0A 5P82A 3TPRA 1W5YA 5P1IA 4YCKA 5ER1E 5OZ4A 4APRE 3UFNA 1LF3A 5P73A 5P3MA 3LPIA 3OADB 2NR6A 5P8RA 4AMTA 5P0XA 4Y39A 1U8GA 5P26A 4Y4XA 2WEAA 4J54A 3URLA 2ZHSA 3HVGA 5P8AA 1D4SA 3L5DA 4Y3ZA 2QNPA 5P8PA 1DIFA 3TPLA 2OF0A 3NU5A 5OZKA 3FKTA 4A6CA 1SH9A 2G24A 3D1XA 3OWNA 3HW1A 1G35A 1LYWB 2R3TA 1ZTZA 4L6BA 5P6MA 5OZPA 1EPME 2I4DA 4RLDA 5P8GA 2CEMA 1HPVA 4Y56A 4YHQA 5P0BA 3ZKQA 4COEA 5OZSA 3QBFA 4Y37A 5P7IA 8HVPA 2PSVA 5ER2E 5P5JA 5P6QA 4DJYA 5AHBA 4Y3EA 2J9JA 2I4WA 5P1FA 3SA8A 3KDBA 4PZXA 5P5VA 3GW5A 5DPZA 3CKTA 1E80E 1XL2A 2ZHUA 5P2FA 5P06A 4XXSA 1ODWA 5P4FA 3IVHA 2V00A 5OZ7A 1B6KA 1BWBA 3KM4A 1MTBA 2OHTA 2Q55A 5P17A 4B78A 5P2RA 5HD0A 4Y3XA 5P2VA 5F01A 4YDFA 1HVLA 4FGXA 4FCOA 2PSUA 3NLSA 3OUCA 2G69A 3QAAA 5P19A 5P1LA 3VYEA 1DPJA 4JECA 4ER4E 4KE0A 2IRZA 4H3GA 5P4QA 1EEDP 2OHLA 5P7AA 5P7HA 5P7KA 4RYGA 3OQKA 3L58A 2I4QA 5P83A 4GJBA 3PEPA 1EC2A 4XKXA 4RVJA 4EXGA 3BXSA 5P00A 3UTLA 2ZYEA 2A4FA 2F8GA 3NWXA 4ZSMA 2QU2A 4RCFA 2BJUA 3O99A 5SY2A 1EPQE 5P2YA 3I25A 4Y43A 2WEDA 3BXRA 1HVIA 2QZWA 1MESA 2AOHA 3Q5HA 3QRSA 3EKWA 2PH8A 5P4NA 5EZZA 2JE4A 1FG8C 1MEUA 1TW7A 5P54A 4ZLSA 1NPAA 3ECGA 4PZWA 3RTNA 4GIDA 3CKRA 1LYBA 3VV8A 5JODA 5P5YA 3EKPA 1K6VA 3PLDA 3NU9A 2XYEA 5P7XA 5OZIA 4HA5A 1MUIA 3I2LA 4RYCA 1F34A 1C6XA 2HB4A 2NMZA 4NJVA 5P7YA 2PWCA 2OHSA 3EM3A 3ZKMA 1OHRA 2FDPA 5P4VA 3S43B 4DH6A 2NNPA 5P2QA 3QVCA 5P0SA 4MC2A 3LNKA 5P1DA 2FLEA 4TRZA 5P5TA 1MSNA 3INEA 4I0GA 1IVPA 3EMYA 2Q15A 4LAPA 2JXRA 1AXAA 3L3AA 4DV9A 3UDQA 3K4VA 5P3OA 5P5DA 3NU4A 3VSWA 3ZKXA 3CYWA 5P3UA 5P24A 2FIVA 1XL5A 4R5NA 5P7UA 5P80A 3O9BA 2QI4A 3L38A 3LINA 2NPHA 5P2HA 4X2LA 3KYRA 3CIDA 4CPQA 3L5CA 3S7LA 4FRSA 2ASIA 2VKMA 1QBSA 4DJQA 1T6GA 5P7PA 1FQXA 4WTUA 1SGUA 4Q1NA 5P38A 4Y58A 3GGAA 3OU1B 2ER9E 2V16C 4I0EA 1B6MA 5P52A 3U71A 2QK5A 5P44A 5P6VA 5P8JA 5P5LA 1A30A 5P0NA 2G1YA 3SKFA 2B7ZA 2FMBA 3K1WA 1HIVA 5P8MA 4YOBA 5P3QA 5P2LA 5P3SA 5P0UA 2UPJA 5P8QA 2Q54A 3BVAA 2ZJNA 3OXVA 2G20A 1CZIE 2ZE1A 4FS4A 4Y44A 3T7XA 5T4SA 5KQFA 2P3DA 5P6LA 3MSLA 5P66A 1WKRA 2FGUA 5ISJA 5P4ZA 5P4DA 5P67A 1XN3A 3D91A 5P4HA 2PSGA 1MPPA 5HE7A 1EPNE 4J1FA 5P0VA 2CENA 3O9GA 4Y3AA 4HZTA 1Z1RA 5E5JA 1G6LA 5P6DA 5EZXA 4LXMA 3PI0A 1XE5A 2WF1A 3G6ZA 3ZL7A 4Y6MA 5P31A 2HPEA 3LITA 5P8CA 1A9MA 5P7EA 5DR7A 2ZJJA 1BV9A 4DFGA 3UDHA 4Y57A 5P5FA 5P3BA 3KFPA 1IZEA 5P0IA 5P2CA 5P64A 1IBQA 3FNUA 1C6YA 4YBIA 3OQAA 5P5KA 5P5QA 4FSEA 3S45A 4Q1YA 3UHLA 5KR2A 4DJPA 2R8NA 5P1ZA 3TH9A 2V12C 3EKQA 1XDHA 4DQCA 3K5CA 3L5FA 2NNKA 4ZPEA 2FXDA 3TNEA 3D20A 1A94A 1HRNA 5P4OA 5P85A 2AODA 3DCKA 2HPFA 3ZPUA 1YG9A 1LZQA 3PHVA 3S56A 4HE9A 4EP3A 1LYAB 4RVIA 5OZHA 1M43A 1HSIA 3OU4A 5P5BA 2BPZA 5COOA 5P2KA 2VIZA 4DQGA 1EBWA 3GI0A 1SBGA 4CP7A 2ZJKA 3ZKSA 4Y9WA 2FNTA 3UDNA 3FV3A 2F3FA 1DW6C 3FX5A 2BB9A 4Y3HA 1BWAA 1IZIA 2R5PA 3Q70A 5P5HA 4B05A 5P14A 1MVPA 1YTGA 1NPWA 2G1OA 4K4PA 3OUDA 3VUCA 5P3IA 3OU3A 4Y3NA 5P7FA 3U7SA 2QI1A 2A1EA 3Q4BA 1GNMA 1HVHA 5P2OA 5BS4A 5P6FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LIY A;  3DM6 A;  1EPP E;  2ER0 E;  5P3Y A;  3VFA A;  4AA8 A;  5P4B A;  1K6P A;  4I10 A;  1RQ9 A;  3OHH A;  3O9D A;  1ZBG A;  1FQ8 A;  3G72 A;  5P1V A;  4Y5C A;  4FSL A;  5KQZ A;  2P4J A;  3VLB A;  5AH8 A;  3R0W A;  5P6P A;  3EKY A;  3UQP A;  4J0V A;  5P5O A;  2AZ9 A;  1D4Y A;  5OZ0 A;  3HZC A;  5P0P A;  5HCT A;  1PPK E;  5P3G A;  4GJ9 A;  3ZLQ A;  5P75 A;  5P2W A;  2PYN A;  4QJ9 A;  5P6W A;  1KJ7 A;  3SLZ A;  6APR E;  5OZA A;  3UQU A;  2R38 A;  4RRS A;  3LZS A;  3SA5 A;  5P0O A;  3OK9 A;  5P2B A;  5I3Y A;  1IDB A;  1W51 A;  1T7K A;  3PWR A;  5APR E;  2F81 A;  1TCX A;  1BBS A;  4Y3T A;  5P6C A;  4FM6 A;  1GNO A;  4J1K A;  3QS1 A;  5OZF A;  1CMS A;  4CMS A;  1EBZ A;  2QI5 A;  1G2K A;  2J9J B;  5OYR A;  2PQZ A;  4YCT A;  5P7M A;  3TPP A;  5OYV A;  2VNN A;  4DQE A;  4YDG A;  3K5D A;  1BIL A;  2APR A;  3ZKG A;  5P02 A;  3H5B A;  1YTJ A;  5JFU A;  5P0H A;  5OZN A;  2OHR A;  2B8V A;  5P40 A;  5P50 A;  4QJ6 A;  3IND A;  3PVK A;  2AOC A;  2IL2 A;  1HIH A;  2AQU A;  4GB2 A;  5P6N A;  5P8H A;  4ER1 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FIV A;  5P2U A;  5P4I A;  3GI4 A;  5AHC A;  1HXB A;  3UDR A;  4YCY A;  3N3I A;  3GI6 A;  1HBV A;  3SA6 A;  1AID A;  4I8W A;  2H6S A;  2BBB A;  3UDY A;  2HB3 A;  4Q1X A;  1APW E;  5KOQ A;  2F3K A;  2XFI A;  2AID A;  2O4L A;  3R4B A;  5P4K A;  5P8F A;  3S43 A;  5DQ4 A;  4PHV A;  4Y3W A;  3WSJ A;  3OOT A;  5P7G A;  2HB2 A;  2R43 A;  3B80 A;  3PSG A;  4Y4W A;  2OHN A;  4NJU A;  1HXW A;  2AZC A;  2FS4 A;  2WF0 A;  3NXE A;  4RCD A;  4K9H A;  3NXN A;  2RKF A;  1PPM E;  3SA9 A;  1K1U A;  5P79 A;  1DAZ C;  2WHH A;  1D4L A;  3DCR A;  4R93 A;  3VCM A;  1Z1H A;  4RRO A;  3TTP A;  4J5J A;  5P8B A;  1ZPA A;  3LPJ A;  4Y5L A;  3ST5 A;  4I8Z A;  2G27 A;  1J71 A;  5P08 A;  5P7C A;  5OZU A;  4TRW A;  3OAG B;  5P3H A;  2R3W A;  3OU1 A;  4EJ8 A;  1A8K A;  1TCW A;  3TKG A;  5KR0 A;  5P4Y A;  1RV7 A;  3UDJ A;  5OZ9 A;  5P1U A;  2BQV A;  4PEP A;  4CKU A;  2I0A A;  3FIV A;  1T7J A;  1BIM A;  1K2B A;  4QGI A;  4GJ8 A;  1XN2 A;  3RU1 A;  3O9I A;  5IVR A;  5P1B A;  1T7I A;  3BVB A;  1AJV A;  5P51 A;  1D4H A;  2O40 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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