5P23A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 121
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p23A01
5P7RA 3OQ7A 4CKUA 5P7XA 5KOSA 2H6TA 5P69A 2JJIA 3DM6A 4Y3RA 3I2LA 5P5XA 4DVFA 4NJVA 4QJ9A 5P3BA 5C9BA 4GJDA 4DJWA 4Z4XA 3PWRA 3OADB 2HS2A 1OD1A 3OQDA 5P5RA 5HDZA 4YD5A 5P0XA 5P4JA 5P3OA 4DJRA 4EYRA 5P4ZA 1DIFA 3PLDA 4Y4XA 3KYRA 5P70A 5UPJA 2VIJA 3PEPA 4JPEA 4S1GA 4K9HA 5P2CA 1RL8A 1MTBA 5P5CA 2VA7A 5OZKA 5P60A 1B11A 5P8KA 4Y45A 4QJ7A 4X2LA 4U7QA 1SBGA 4FE6A 1PPLE 5P85A 3HVPA 5P09A 3G70A 2RKGA 4Y3XA 1A94A 2B8LA 3H0BA 5HCTA 2NNPA 4KE1A 1FB7A 3PSGA 4LXKA 1MT8A 4LHHA 1HTGA 5JG1A 5P8CA 3MXDA 3TL9A 3O99A 3EMYA 4I0DA 1WBKA 2QNNA 3PHVA 2BKTA 1TCWA 3HLOA 2G27A 5I3YA 3U6AA 4HDPA 1TQFA 3UDHA 4ZSPA 4R91A 2ANLA 1META 2FDEA 1IZEA 4WTUA 4DJUA 3OAGA 5P23A 2G22A 5P3ZA 2QHYA 1K2CA 3D1XA 4A4QA 4Y4DA 5P0PA 3FIVA 1B6PA 4DI2A 5P4TA 2JYSA 3TPPA 4RVXA 1QBRA 2QI5A 3N4LA 3JVWA 3NU6A 5P3VA 4FAFA 5P5EA 3OGPA 1FQXA 2CEJA 2R3TA 1FQ5A 4B70A 4B1DA 3ST5A 3EL0A 5P2TA 2BB9A 2PYNA 2VJ7A 4ZPFA 1K6TA 4FM8A 4EHCA 1FFFC 5P7VA 2QU2A 1XDHA 4ZSMA 5P0WA 4OBDA 5DGUA 4Q1WA 4TRYA 4YOAA 5P7EA 3PSUA 5P6HA 5JODA 3EKTA 1HTRB 4I0JA 2WJOA 1BAIA 4Y3LA 2HS1A 5P27A 2V16C 1CPIA 4J17A 5P3YA 5P8LA 2AVQA 1ZAPA 3OU1A 4R95A 5P4RA 5P1HA 2IRZA 3ZKGA 5P2KA 3UDQA 4Z50A 2OHLA 3HAWA 1HTFA 4TRWA 3EL4A 3AUPA 5P3MA 1LYWB 5P7YA 3VEUA 2F81A 2WF0A 3UDMA 2QMDA 1LYAB 2OHQA 3NWQA 1BILA 3RVIA 5P22A 5P83A 5P6LA 3QVIA 3VV7A 2BJUA 2WF2A 2RMPA 3OTSA 3INDA 1HPVA 1MRWA 2PH8A 3TOHA 4EQ0A 5P4XA 3BHEA 4J54A 4XXSA 4BFDA 2FIVA 1IZHA 5KR8A 2G24A 5P31A 5P0AA 1FIVA 3DCKA 2FDPA 5DR7A 2NXMA 2O40A 3FNTA 2QI0A 3G72A 4ZLSA 3ZL7A 7HVPA 1W5VA 4UPJA 5P7KA 2WL0A 5AH9A 3HW1A 3S45A 5OZ6A 5P2BA 3GW5A 5P72A 3S85A 5OZ1A 4OC6A 4FSEA 5P1VA 3NXNA 3QN8A 3UDJA 3GI4A 2BPVA 3KMYA 1EPNE 3BGCA 3IAWA 4B05A 1FLHA 1MIQA 2AOCA 2OHSA 5OZ0A 4ZSRA 1MTRA 4OBZB 4RVIA 2NPHA 5EZXA 5P7GA 1MRXA 1QDMA 3L5CA 1JLDA 3K5GA 5P8UA 2Q15A 4B72A 1APUE 1T3RA 3LIXA 3O9FA 3I6OA 3BXSA 5P2JA 3UQWA 1MESA 3QVCA 5P0DA 4FRJA 1NSOA 1XN3A 3CKPA 5P86A 5KQFA 4CP7A 5KQZA 1GVUA 3ER3E 5P0CA 1FMBA 2WF1A 3IA9A 3SABA 2AVOA 2IKUA 3SM1A 2AZ9A 3R2FA 1YTJA 4Y3HA 3KDCA 2ZHVA 4ZEAA 4LL3A 2OAHA 4QJ6A 3UQUA 1G0VA 2P4JA 5OZ9A 2Q11A 5COOA 5P00A 3TPLA 2R9BA 3URIA 1TSQA 5P3SA 5E5KA 3KFPA 2I4XA 1D4HA 4Y5GA 2QHCA 4GIDA 5P25A 2P3BA 3CYXA 3VSXA 2XFKA 2AOIA 2AOEA 1YM2A 4Y3MA 4PZXA 4QJ2A 2OF0A 4Z22A 3EBZA 2JXRA 2VNNA 1SDVA 5P8FA 5P6OA 3LZSA 4Y5AA 5OZRA 1BWAA 1IBQA 2ZGAA 4F76A 5KOQA 5P1PA 2CENA 4DQEA 1MVPA 5IVRA 4I0ZA 5P3RA 4YOBA 5P8JA 1LEEA 4DQCA 1YTGA 1EBKC 5P78A 1B6LA 1XE5A 4Y41A 3Q3TA 5KQXA 3K4VA 3MSLA 5P14A 5P80A 3KDDA 3HVGA 1YM4A 5P8HA 3EXOA 3U71A 5P75A 5DQ5A 5P7TA 3HZCA 3NDWA 3INHA 1UH7A 1AIDA 2PK6A 4J1HA 1SDUA 4FAEA 1BVEA 5DQCA 2QD8A 1CMSA 3LIZA 1HWRA 3PRSA 2XFJA 2ZJHA 3BUFA 2QK5A 5P6CA 3LIYA 5P2HA 1KJ4A 4B0QA 3ZMGA 4E43A 1IZDA 1WKRA 3ZKMA 5OZGA 5P6UA 3O9DA 4B1CA 5E5JA 3LIVA 4FM7A 3KMXA 3O9LB 1ODWA 3OXCA 4YDFA 5P5OA 5P39A 1EC1A 2QD7A 1BV9A 7UPJA 1HPXA 1HXBA 1LS5A 2B42A 1BV7A 5ISKA 2AOGA 2J9JA 3OU4B 2G1RA 4HVPA 3ZLQA 4L1AB 3SA6A 2MIPA 5AHCA 4Y5NA 3QIHA 3RTHA 3VG1A 2BPXA 2HB2A 3KT5A 3GI5A 3O9EA 3D20A 5P5TA 5P5MA 5HU0A 2VS2A 1XN2A 4Y51A 5P1EA 3EKXA 4J1IA 4MC2A 5OYXA 3EM6A 1FFIC 4I10A 5P57A 2QI3A 5P0QA 4PZWA 3RU1A 2QI4A 4RCEA 3EM3A 5OZJA 5T4SA 5ENKA 1W51A 2WHHA 1PSOE 1HSHA 4RROA 3B7VA 5P1KA 3NUJA 4EJ8A 1KJHA 5IE1A 3SQFA 4Y3EA 3K1WA 4Y57A 2V0ZC 4TRZA 3PI5A 3C9XA 4Z2ZA 1HPOA 3QBFA 5KQYA 3ZKNA 4Y4AA 2A1EA 3PB5A 2B60A 2AZ8A 5P8MA 4ACUA 5P82A 4Y6MA 4NPUA 3L5EA 2WF3A 1IZIA 2UPJA 3SO9A 1AAQA 1LF4A 2ZYEA 2O4SA 4A6CA 1APTE 1CZIE 1AM5A 3OHHA 1QRPE 2R38A 2I0DA 3VV6A 3S53A 1A8KA 5P1IA 5HDUA 1E80E 2WKZA 3PMUA 3ZKXA 3PCZA 5ISJA 3QAAA 3UFNA 4GJ9A 5P3TA 5OZHA 2G94A 1FQ7A 4YD4A 4COEA 3PVKA 2I4UA 2FXEA 3UDPA 5AHBA 3EKWA 2PSGA 3DUYA 5P18A 2NXLA 3UQRA 2ZJMA 1HSIA 5P3AA 2A4FA 5P0HA 1MSMA 5BS4A 2FMBA 5P1CA 4B77A 5P88A 1HIHA 4AZYA 2ER7E 1AVFA 4D83A 5P0FA 4XKXA 4FIVA 4GJ7A 5P38A 5B18A 1HVKA 3QRVA 3O9IA 5P84A 3PJ6A 5OZNA 1C6YA 4U7VA 5P0VA 2F80A 5AH6A 2PK5A 3WZ7A 5P24A 3UDRA 5HE4A 2PH6A 3IN3A 3LZYA 3NU5A 1M43A 3PWWA 4I8ZA 2IENA 1EPLE 1N49A 1MT9A 4YD6A 5P1OA 5P6RA 3IVIA 5P3DA 5P6BA 3OAGB 5P2ZA 3ZOVA 4F75A 5P8IA 5P2LA 1BWBA 5P3KA 2VIEA 5P3UA 3UDYA 1BDRA 1F34A 4Y43A 1UH8A 2B7ZA 2PYMA 4NKKA 5P61A 2O4PA 3OUCA 1GVXA 4Y3GA 3KFSA 1GKTA 1GVTA 5SY3A 5OYWA 3AIDA 5OZPA 5P17A 2ER6E 3PBDA 1U8GA 2ZJNA 1XS7D 4Y56A 2CEMA 2APRA 2Q64A 5OZFA 5P45A 1ZSFA 5P13A 3S43A 5P2AA 2NNKA 5P1YA 4Y3WA 4RYGA 3S54A 4DJXA 4GJ8A 4CPRA 4FCOA 3MXEA 1QS8A 3NR6A 5P4FA 5P3JA 5P5KA 4J5JA 3LIQA 1YG9A 3OQFA 3T11A 3NSHA 2VNMA 1IDAA 5P0YA 3NUOA 3OU1B 3OXWA 3FKTA 2NXDA 1A8GA 5DR3A 2HPFA 2ZHUA 5P43A 5P67A 5P5NA 4J0YA 3TTPA 3BC4A 1ER8E 3TKWA 6APRE 2QZKA 2XYEA 1YTIA 3Q5HA 2G20A 3RTMA 4YBIA 4Y3DA 5P59A 2AOFA 2O4NA 4GB2A 4B1EA 5P0NA 5P1XA 2I4WA 2OHNA 5P6QA 2R3WA 3NWXA 5P1JA 1YX9A 5P5FA 4I1CA 2I4VA 2ER0E 3KT2A 5P4BA 1W5XA 1HBVA 3VLAA 5P47A 4F74A 3OOZA 5P62A 3IXOA 5C9FA 3L59A 1VIJA 4FSLA 3B80A 1C6XA 4FM6A 4I8WA 2QCIA 2QI7A 3EL5A 4LAPA 3G6ZA 5P1SA 1GVVA 3LNKA 5P0SA 4A6BA 1ZSRA 5P6NA 2VKMA 1Z1RA 5F01A 4OC6B 4QLHA 3S56A 5PEPA 3I7EA 4ER4E 3ZPSA 4FGXA 5P3QA 3ZKIA 3O9GA 1G2KA 1FG8C 4K8SA 4J55A 5P5PA 5P8BA 4K4RA 2WEAA 5SXNA 3RSXA 5P66A 3SA5A 5P55A 5P3PA 2QMPA 2AOHA 5P2RA 3LINA 5OZYA 5P03A 4YA8A 3T7QA 3OUDA 3DJKA 3DV1A 3PBZA 5P4VA 2QP8A 2G1NA 1FMUA 4PYVA 4RLDA 1FEJC 3VYDA 1HVIA 3FX5A 5COPA 5DGWA 4ZE6A 2VA5A 5ER2E 4AMTA 4AA9A 4KE0A 5P16A 1GNNA 5P6PA 1SP5A 1TSUA 3SPKA 4PEPA 5OZOA 4LBTA 1ODYA 1YT9A 1TW7A 4CPWA 1A30A 1FGCC 4MC6A 1OEWA 4CPXA 4DJOA 4GJAA 1HPSA 5F00A 3KF0A 4M8XA 3R0WA 2PC0A 5P5UA 2WF4A 5P2YA 4CMSA 4HEGA 3DOXA 1OEXA 1HIVA 1VIKA 4QGIA 1EEDP 4J1EA 2VJ9A 1EC0A 1DP5A 5P6JA 2P3BB 1B5FA 1IVPA 5P4YA 5P7AA 3IGBA 1XL5A 2HB4A 1M4HA 2WECA 5OZVA 5AHAA 6UPJA 3K4VC 3L5DA 4J1CA 3CICA 2ZJLA 3T6IA 3L5BA 4ER1E 5P1QA 3FSMA 3CKRA 2F3KA 1QBTA 2V11C 1J71A 6FIVA 5P4EA 3TH9A 2QMGA 5P6MA 5P4SA 5IS4A 3TKGA 1F7AA 3UFLA 4Y36A 5OZ4A 5P0JA 4RVJA 5P74A 2AVVA 4EXHA 5P76A 4APRE 4MC1A 5P10A 5P5IA 4YCTA 5P7HA 5P64A 4WY6A 1EBZA 5P0BA 1T7KA 3NU9A 4ACXA 3TLHA 2BPZA 1IDBA 3VF5A 1W6HA 3BVBA 5P4IA 2B8VA 5P2MA 4TVGA 2SAMA 4JOOA 5OZMA 4MC9A 4H1EA 1PPME 3LZVA 5P8TA 1W50A 1C6ZA 2IL2A 3LPKA 4L7GA 3ZPUA 2ZDZA 1DMPA 5P89A 5P81A 5JFPA 9HVPA 4EJLA 4GZFA 4U8WA 3GGXA 4Y5PA 2QU3A 3SFCA 3JW2A 3UDKA 5P3LA 3TPJA 3IXKA 5P87A 2PWRA 4Y5BA 3OGQA 2J9JB 4RRNA 4Y38A 3TOFA 4APEA 2QZXA 5OZUA 2AIDA 5IVTA 1BVGA 3BXRA 4Y35A 5P0ZA 3BUGA 3SKFA 5P2EA 3ZKSA 5P8AA 4Y4EA 3PM4A 5P0UA 5P1MA 4EPJA 4DQFA 2PSUA 3A2OA 5P04A 3NXEA 2QNQA 1W5YA 4NJUA 4HDFA 5P6YA 1HTEA 5P7OA 5P08A 3OHFA 2AQUA 3K5FA 5P8SA 3VFBA 3PI0A 4DUSA 5OYSA 1SMEA 4R8YA 1APVE 2FGUA 5P54A 2AZBA 4AUCA 4RCFA 4RZ1A 4XX4A 4NJTA 5DR8A 5P48A 1HHPA 5P6AA 1ENTE 4LC7A 5P7FA 2AODA 3EKPA 5P71A 3D1YA 5P5SA 1FMXA 4Y4TA 5DQ4A 5P8PA 4YDGA 5P2VA 5P7WA 3RSVA 4CPQA 1APWE 5HE5A 4PPHA 5P2XA 3DV5A 3VYEA 5P0MA 4I0GA 4L7JA 3VF7A 5P34A 1FQ4A 3UQXA 5P5VA 5P6WA 1WBMA 4YD7A 5HDXA 5P40A 4IVTA 3VV8A 4H3GA 3LITA 1SIVA 2G1OA 4J0VA 3S2OA 3R1GB 1K6PA 3BRAA 4J1FA 3OU3A 4Y3TA 2G21A 4H3JA 5P2QA 1B6KA 3QPJA 2QAKA 2FGVA 4DFGA 3GGAA 4DJPA 4Y4GA 5P5BA 5IVQA 5P1WA 5IVSA 2QI1A 4DJVA 3ZPTA 4DV9A 3GI0A 4D85A 2AOJA 3INFA 1SGUA 1HEFE 3CKTA 3NDUA 5P0KA 1DAZC 1KZKA 3NDXA 5DR0A 2ZHRA 1T7JA 2P3DA 3HAUA 5OZSA 2V12C 5P42A 2JE4A 1TZSA 5P6ZA 1FQ8A 1FKNA 1W6IA 1ZLFA 4Y9WA 1HVRA 4Y3AA 3QBHA 1XE6A 2ER9E 4Y5CA 4GJBA 5OZIA 1LF2A 5P7PA 1DPJA 3NDTA 2BQVA 3OTYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7R A;  3OQ7 A;  4CKU A;  5P7X A;  5KOS A;  2H6T A;  5P69 A;  2JJI A;  3DM6 A;  4Y3R A;  3I2L A;  5P5X A;  4DVF A;  4NJV A;  4QJ9 A;  5P3B A;  5C9B A;  4GJD A;  4DJW A;  4Z4X A;  3PWR A;  3OAD B;  2HS2 A;  1OD1 A;  3OQD A;  5P5R A;  5HDZ A;  4YD5 A;  5P0X A;  5P4J A;  5P3O A;  4DJR A;  4EYR A;  5P4Z A;  1DIF A;  3PLD A;  4Y4X A;  3KYR A;  5P70 A;  5UPJ A;  2VIJ A;  3PEP A;  4JPE A;  4S1G A;  4K9H A;  5P2C A;  1RL8 A;  1MTB A;  5P5C A;  2VA7 A;  5OZK A;  5P60 A;  1B11 A;  5P8K A;  4Y45 A;  4QJ7 A;  4X2L A;  4U7Q A;  1SBG A;  4FE6 A;  1PPL E;  5P85 A;  3HVP A;  5P09 A;  3G70 A;  2RKG A;  4Y3X A;  1A94 A;  2B8L A;  3H0B A;  5HCT A;  2NNP A;  4KE1 A;  1FB7 A;  3PSG A;  4LXK A;  1MT8 A;  4LHH A;  1HTG A;  5JG1 A;  5P8C A;  3MXD A;  3TL9 A;  3O99 A;  3EMY A;  4I0D A;  1WBK A;  2QNN A;  3PHV A;  2BKT A;  1TCW A;  3HLO A;  2G27 A;  5I3Y A;  3U6A A;  4HDP A;  1TQF A;  3UDH A;  4ZSP A;  4R91 A;  2ANL A;  1MET A;  2FDE A;  1IZE A;  4WTU A;  4DJU A;  3OAG A;  5P23 A;  2G22 A;  5P3Z A;  2QHY A;  1K2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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