5P24A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 122
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p24A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p24A01
2OHSA 4CPTA 4E43A 5P2HA 4HDPA 3S2OA 5P7JA 3LZUA 4Q1YA 4I8WA 4PPHA 3OAGA 5J25A 1YM2A 5P8CA 2ZHTA 1CZIE 5P3TA 1MRWA 3KF0A 3S53A 2Q64A 4QLHA 5P5ZA 3GI4A 1HEGE 3LPIA 4Y3EA 2P4JA 4KB9A 4LXMA 3ZKGA 3QRMA 3WZ7A 3TOFA 2I4WA 3JW2A 4YD4A 2HS2A 4Y43A 4OD9B 3VYDA 2WF2A 2B8LA 5P1ZA 2XFKA 3S7MA 1A8GA 3MSLA 3L59A 1MIQA 1TSQA 3BXRA 4Y4BA 4Y51A 5P1WA 3OXCA 3ECGA 3TPJA 2OHMA 4GZFA 5P1XA 5KR8A 3LHGA 5P3JA 5KAOA 3TOGA 5P77A 1PSNA 5OZIA 5P0BA 4RYCA 5P54A 2ER6E 3LINA 3PBZA 5P3HA 1W6HA 1AJXA 1BAIA 4FRIA 5P7TA 3UF3A 1SIPA 3EKPA 5P22A 3LZVA 1ZPAA 3SLZA 2JJIA 5OYXA 5OZ7A 5P41A 1AJVA 3T7XA 4RYGA 1HTRB 4QJ6A 5P12A 2NMYA 3QBFA 4RRNA 4Y44A 3PLLA 5P2VA 3Q70A 1XE5A 4EWOA 3VV6A 3OUBA 5KOQA 5COKA 3HW1A 1K6VA 3APPA 5P83A 2AZBA 1EC1A 4Y4AA 2WF4A 5P1TA 5P5RA 1ZJ7A 2VA7A 4YE3A 3VF5A 5P0GA 2G1RA 3NWQA 5OZUA 2VJ7A 1IZDA 1ER8E 5P3AA 1EAGA 4YD3A 2WF0A 4PYVA 1HBVA 3BGCA 1LYWA 2ZJKA 4YCKA 2PSVA 5FIVA 4Y5KA 2I4DA 3OU1B 4J1EA 1T7IA 2O4PA 4MC6A 5P4AA 1T7JA 4HVPA 4L7HA 5P81A 4Y5NA 5P7VA 3UDMA 3URJA 2AOIA 3LIZA 5P7WA 5P65A 1G6LA 3KT5A 5OZ0A 3SABA 4FM6A 4EQJA 5OYTA 1PROA 1META 3GI0A 3I25A 4I0JA 5I70A 2JXRA 5P7GA 1FQ8A 1KJFA 5P2TA 1J71A 3OQAA 4CPWA 3UDPA 1ZBGA 3INDA 2QK5A 2OAHA 3SA3A 5I3YA 2AVOA 2I0DA 1MTBA 3HBOA 4GJAA 2PSGA 4JP9A 3T7QA 4CKUA 1SP5A 5P4SA 1RNEA 5COPA 2G26A 1FB7A 5P8NA 5P6LA 4D85A 5P1YA 4B72A 1UH7A 5JODA 2AOGA 3EL1A 5P6UA 4RLDA 3BC4A 5P7AA 4TRZA 5P25A 5P6GA 4GMIA 1YTGA 4L7GA 4DJRA 1BWAA 2QMPA 2FNTA 3CMSA 2WEDA 3D91A 5P7QA 3OU4B 3OHHA 4FM7A 4U7QA 1OHRA 4L7JA 4BEKA 4GB2A 1HSHA 5OZVA 5P0FA 4J1CA 5HE4A 4RRSA 1D4HA 1B6LA 3O9EA 3QVCA 5P6VA 1HVLA 1YM4A 5HTZA 5OYWA 2JJJA 5EZXA 3ZKQA 3BXSA 4DJVA 5P1HA 3LIVA 1B6MA 5BWYA 3DJKA 1APUE 2OHQA 4RGHA 1OEXA 3NU6A 5OZJA 1W5YA 5P1BA 2NNPA 5P03A 3HDKA 3LPJA 5IVQA 2Q11A 4Y53A 5P0AA 4LBTA 4GJ5A 3TPLA 4DH6A 3LIXA 4J1HA 3IAWA 3OHFA 2NXDA 3QS1A 1B6JA 5DQCA 1BXQA 2ZJNA 3SA4A 5P75A 3H5BA 5P3WA 2IKUA 5P00A 5P89A 3WZ6A 2MIPA 5P4UA 1QDMA 3SQFA 4DJXA 1FIVA 4B0QA 1HVRA 2A4FA 2AQUA 1KZKA 2XFJA 1LV1A 3L3AA 5SZ9A 1AAQA 1IZIA 5OZKA 3UDQA 5P5TA 2B7ZA 2QZWA 2WEZA 3IXJA 5P5AA 4L1AB 4DQFA 5P6OA 1PSOE 2G20A 4A6BA 4RVJA 3TPPA 4I0HA 3IN3A 5OZ9A 3URLA 3Q6YA 3VLAA 5P5HA 4FAFA 5I3WA 4I0DA 2ER0E 4RROA 5OZWA 5P7FA 3O9DA 4Y4XA 4DJUA 3NDXA 4J1FA 1BV9A 4I0FA 3KMXA 1TCXA 1TQFA 3QBHA 4FGXA 5P5QA 1LYBA 5P3RA 1YX9A 5P0PA 3OOZA 3RTMA 3L5CA 1OD1A 2VJ9A 1TSUA 5P3VA 3O9CA 5DR7A 5P5VA 4CPSA 4YD6A 4H1EA 4KE1A 2FMBA 4ZLSA 5P38A 3NUOA 3HVGA 2G1SA 4APRE 1M4HA 4LC7A 3TH9A 4TVGA 5OZZA 4ER1E 3ST5A 5P06A 5P1PA 5P2QA 3OWNA 3ER3E 5P0MA 5DQ2A 5I3VA 2WHHA 4TRWA 1BDQA 2VA5A 2BKTA 5P7EA 3VUCA 5IVTA 4F73A 1GKTA 4YHQA 3RVIA 4Y5EA 5P3OA 5P4MA 2IGYA 5P0ZA 5P3ZA 5P1JA 1DIFA 5P0YA 2PMAA 1DP5A 3S45A 1PPKE 5P84A 3LIYA 2WL0A 5P4TA 5P87A 3PJ6A 5P8MA 3DCKA 2I4UA 1IDAA 1FQ6A 4YDFA 5P3PA 2QD7A 5P3IA 1HOSA 3PCWA 3L5BA 4H3IA 4YBIA 5OYSA 5P8LA 4Y3MA 3PSGA 5P1GA 5P76A 4XKXA 4U7VA 2P8HA 3UDYA 5P1QA 4FRJA 3APRE 5E5JA 4F76A 4BFDA 2V12C 3RU1A 1HVHA 5P6HA 2R3TA 5P6EA 3SACA 3KA2A 4EP2A 4GJBA 5P40A 5P17A 2V10C 2B42A 4OBZA 1XN2A 4Y3WA 1RV7A 5P5XA 5P1UA 3R4BA 4Y4ZA 3KDCA 1M0BA 1DAZC 1ENTE 6UPJA 2PWCA 3SA8A 3ZLQA 5EZZA 1W5WA 3UPJA 1HRNA 5OZ1A 2V11C 2F3EA 4YCTA 4Y4GA 5P5PA 3VCMA 1LEEA 1C6YA 1KJHA 4XX4A 3K5FA 5KR0A 4Y3LA 5P67A 1AIDA 3O9IA 1D4KA 3ER5E 1A94A 2ZGAA 5KQXA 4A6CA 3VFBA 1HTEA 2FGVA 1FKNA 4YOAA 5P8JA 4EHCA 4R92A 3JVWA 4DV9A 4CPQA 2F81A 3G72A 2H6TA 2IEOA 1TW7A 3S7LA 2B8VA 3KN0A 5P3XA 4K8SA 4EXGA 1W50A 4OC6A 1FF0C 5P5GA 4K4QA 4J54A 4PZWA 2AOFA 3NU5A 4XX3A 2ANLA 5DPZA 4Y50A 4TRYA 5P4RA 5P8GA 3NU3A 4YBFA 5P2NA 1FQ5A 1XL5A 5P0LA 5P4FA 5P8DA 2AVQA 3ZOVA 1HIHA 4A4QA 5P85A 3LPKA 5OZYA 1FMXA 3O9LA 5P6XA 1B5FA 3QAAA 2OHUA 5P4BA 1WKRA 2IDWA 3QRSA 2XYFA 4DPFA 5OYUA 3IXOA 1GNMA 5PEPA 4B1CA 5P0HA 2AODA 5P4KA 4I0ZA 1C70A 2O4SA 5CONA 2FXEA 2AZ9A 2HIZA 5AHCA 5OZLA 5P3SA 5P7MA 2QNQA 2QZXA 1SH9A 2HAHA 5P5JA 2OHNA 4DVFA 2I4XA 5P79A 2OHRA 5P1SA 4GJCA 3OK9A 5IVSA 5AHAA 1SDUA 5P0IA 5P70A 5DGWA 1SBGA 4TVHA 1U8GA 1IZEA 2OF0A 2PWRA 1K1UA 5P7DA 5DR1A 5OZGA 5P3UA 2R38A 5P5EA 5P6YA 1EPOE 5DR3A 1K6TA 1FMBA 1CMSA 2WJOA 3CKTA 2XYEA 5HE7A 3D1ZA 3SM1A 2HPEA 1HTFA 1AZ5A 1HIIA 3OY4A 5P6WA 4EQ0A 3HZCA 1AXAA 4HDBA 1LYAA 4H3JA 1EC0A 5I3XA 2BBBA 3F9QA 3NXEA 1FQ7A 5SY3A 3KDDA 5P59A 4PZXA 2HC0A 5P3KA 3SO9A 5P2AA 5P4EA 2HS1A 3NDUA 4MC2A 4ACUA 3L58A 2Q5KA 1XE6A 3VEUA 1DPJA 5CLMA 2R43A 1MSNA 1MRXA 4HA5A 5ISJA 5P26A 4I0EA 2OHTA 5P5IA 5P02A 5COOA 5P0KA 5P33A 3INHA 2PK6A 2J9KA 1K6CA 2PK5A 4LXKA 5P8AA 3EM3A 3SPKA 1MUIA 5OZQA 1VIKA 2AZCA 3EL9A 1PSAA 4KUPA 2ASIA 1W6IA 5P2YA 1MT9A 3KFSA 4CP7A 5P4NA 2O4NA 4ZSMA 5P1EA 3ZL7A 5P5LA 5P8PA 2QU3A 1HVIA 3B80A 3EL0A 4OBHA 3PRSA 2F80A 2QZKA 2H6SA 4I10A 5P3LA 4YA8A 4Y36A 5P8QA 4N00A 2RKFA 5HVPA 1K6PA 3VF7A 2PQZA 3WSJA 5OZSA 3EMYA 4QJ8A 3SKFA 4D89A 3VYFA 1ODXA 3O9FA 3UFNA 1FQXA 1NPAA 5OZ2A 3SA5A 3BRAA 5OZ4A 5P2KA 4COEA 4I0GA 3OTSA 1GNNA 5AH6A 5P3CA 3K5GA 5BS4A 5HU1A 3N4LA 5P2MA 2AVMA 3HAWA 4Y56A 3EBZA 3PSUA 4Y45A 5AGZA 5OZDA 3VLBA 4Q5MA 1XDHA 2G1YA 5P28A 1WBKA 2FIVA 1G35A 5HU0A 5P1MA 4H3GA 4XXSA 5P2LA 1EBWA 5P7IA 3HVPA 1F34A 3SKGA 4Y41A 5HCTA 2J9JB 3FSMA 5AH7A 3I7EA 1HIVA 3LNKA 6APRE 5OZHA 2JE4A 3UQPA 3A2OA 3UCBA 1W51A 3R1GB 5P3MA 3NWXA 4CPUA 5P2DA 2QD6A 5P4PA 5T4SA 3WZ8A 1E80E 5P43A 2NNKA 5P1NA 1YT9A 1C6XA 5P0DA 3OUDB 3HD8A 3DM6A 1EPLE 3VF3A 5P6TA 1FG6C 2VNNA 4OD9A 4Y3PA 3LITA 5P04A 4QJAA 1GVUA 2PH8A 4Y37A 3NDTA 3ZKXA 1BDRA 3D20A 5P5WA 3ZPUA 3PLDA 4DUSA 3S56A 4FLGA 4OBKA 4J0TA 5P07A 4NJUA 2OHKA 4DJWA 3SA7A 2VIZA 4WY1A 5P56A 4FIVA 2Z54A 5P14A 2IENA 1IVQA 1HHPA 1GVTA 4FE6A 3NSHA 1HVSA 5P82A 3PGIA 4L6BA 1B11A 5APRE 4Y35A 2RMPA 3HAUA 4B05A 1QBRA 4IVTA 4D83A 4DQEA 3UQXA 1ZSFA 2BPZA 5ENMA 5P2GA 2ZJMA 9HVPA 4FL8A 3O9HA 2ZJJA 3BUHA 5IS4A 4B1DA 5KR2A 3IN4A 5P7KA 1Z1HA 4J0VA 4DQHA 5P6FA 4Y4DA 4DJOA 4Q1XA 1HXBA 2RENA 5KOSA 4AZYA 5OZXA 1A8KA 4EPJA 5P35A 3QPJA 1E5OE 3OGPA 5ER1E 4JPEA 4R95A 1QBUA 3OQDA 2G1NA 4Y3NA 2R5QA 2V16C 5P7UA 1ZLFA 2R3WA 4GJ8A 5P05A 4GIDA 3QN8A 3UQUA 3T3CA 2ZHVA 5SXNA 2P3DA 1FQ4A 2BPWA 4ZSPA 2AOCA 2BB9A 3OADB 4NKKA 4J0ZA 2NPHA 4Y3SA 1EPPE 1EPRE 5P2JA 5OZPA 5P6BA 1LF4A 2QI3A 3QIHA 3OQ7A 3IVIA 2QI5A 3OU1A 3GW5A 5P7XA 1EC2A 1YTJA 2FDEA 1NSOA 2NXLA 2ER9E 4GJ9A 3PBDA 1HVJA 1MTRA 5OZAA 3MWSA 1E81E 5P1KA 3LZSA 5P5DA 4Y6MA 4Y4EA 3OXXA 4LL3A 1NPWA 5P09A 4EYRA 5P3DA 1BWBA 3DV1A 1UH8A 5OZ3A 5P5BA 1HPXA 3CIDA 5DR0A 5P50A 5P71A 1SMEA 2ZYEA 4ZPFA 5C9DA 4EJ8A 2Q3KA 3HLOA 2WEAA 3PWMA 5P88A 4OBGA 1RL8A 5P0NA 5P29A 3U7SA 5OYVA 3BUFA 2CEMA 4DJPA 4B1EA 2PH6A 3RTHA 3PEPA 3GI6A 3VSXA 1HWRA 3S43A 2NXMA 5P6SA 1HSGA 6FIVA 2ZJIA 2Z4OA 4M8XA 5OYQA 5P0QA 2APRA 4QJ2A 2QP8A 3DV5A 2G1OA 3GGXA 5P01A 2Q55A 4ER2E 5KQZA 3QRVA 1EC3A 4YOBA 1AM5A 4RCFA 5HDUA 5P8OA 2R5PA 3O9AA 4Y3JA 5P2RA 4Y3HA 5OYRA 2VS2A 4EXHA 4Q1NA 3RSVA 5P7SA 3KFPA 1PFZA 2QI7A 1BDLA 3OU4A 3IXKA 3ZPSA 3BHEA 2ZHSA 4YCYA 3QROA 3S54A 4Y38A 5P6JA 5P34A 3OAGB 3DK1A 4RCDA 5P6MA 1MVPA 1E82E 4LAPA 1TCWA 1M43A 2IQGA 4DQBA 5TOLA 1IIQA 1MERA 5P0SA 1A9MA 1FEJC 5P58A 2JYSA 5P55A 2R8NA 4EJDA 3UDRA 2IS0A 3T6IA 2CENA 3KYRA 3ZPTA 2FDDA 1SGZA 3NU4A 1ZAPA 5P0EA 5P1VA 2AOEA 5P1LA 5P7HA 4YD7A 2VJ6A 3KMYA 3OTYA 1D4LA 3INFA 4Y3QA 5P7CA 5C9BA 5P8RA 5P8HA 3PSYA 5P4ZA 5P7OA 4B78A 1BV7A 4F75A 5JFUA 1D4IA 5P3YA 1YTHA 5P0WA 2VIEA 2BPXA 4NJVA 2PC0A 1VIJA 5P68A 1RPIA 2O40A 5OZRA 1APWE 3FX5A 4GYEA 4AA8A 4Y3FA 5P0UA 5HCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2OHS A;  4CPT A;  4E43 A;  5P2H A;  4HDP A;  3S2O A;  5P7J A;  3LZU A;  4Q1Y A;  4I8W A;  4PPH A;  3OAG A;  5J25 A;  1YM2 A;  5P8C A;  2ZHT A;  1CZI E;  5P3T A;  1MRW A;  3KF0 A;  3S53 A;  2Q64 A;  4QLH A;  5P5Z A;  3GI4 A;  1HEG E;  3LPI A;  4Y3E A;  2P4J A;  4KB9 A;  4LXM A;  3ZKG A;  3QRM A;  3WZ7 A;  3TOF A;  2I4W A;  3JW2 A;  4YD4 A;  2HS2 A;  4Y43 A;  4OD9 B;  3VYD A;  2WF2 A;  2B8L A;  5P1Z A;  2XFK A;  3S7M A;  1A8G A;  3MSL A;  3L59 A;  1MIQ A;  1TSQ A;  3BXR A;  4Y4B A;  4Y51 A;  5P1W A;  3OXC A;  3ECG A;  3TPJ A;  2OHM A;  4GZF A;  5P1X A;  5KR8 A;  3LHG A;  5P3J A;  5KAO A;  3TOG A;  5P77 A;  1PSN A;  5OZI A;  5P0B A;  4RYC A;  5P54 A;  2ER6 E;  3LIN A;  3PBZ A;  5P3H A;  1W6H A;  1AJX A;  1BAI A;  4FRI A;  5P7T A;  3UF3 A;  1SIP A;  3EKP A;  5P22 A;  3LZV A;  1ZPA A;  3SLZ A;  2JJI A;  5OYX A;  5OZ7 A;  5P41 A;  1AJV A;  3T7X A;  4RYG A;  1HTR B;  4QJ6 A;  5P12 A;  2NMY A;  3QBF A;  4RRN A;  4Y44 A;  3PLL A;  5P2V A;  3Q70 A;  1XE5 A;  4EWO A;  3VV6 A;  3OUB A;  5KOQ A;  5COK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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