5P28A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 126
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p28A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p28A01
5P65A 3I8WA 9HVPA 4I0JA 4L6BA 3LINA 1PPME 3GI6A 5P8KA 5P84A 1BDQA 3O9DA 5OZ9A 1YT9A 5OZLA 1YG9A 4EJKA 3PJ6A 4I0GA 4E43A 5IVRA 4YD6A 1GNNA 5P50A 4Y5BA 2AOIA 1M43A 1ZSRA 3EKQA 1EEDP 5P14A 2IS0A 3PCZA 4U8WA 3OUDA 1B5FB 5AH8A 4CPTA 5P3SA 5P7ZA 5AH6A 1AVFA 2A4FA 3PI5A 5P6LA 3OADB 1ODXA 5P6MA 3B7VA 4DJYA 2QMPA 3NWXA 4FGXA 5HDXA 1T7KA 5P01A 1AM5A 4Y53A 1FQ8A 4DH6A 1MUIA 4LBTA 4CPQA 3S45A 8HVPA 1K2CA 1MPPA 4S1GA 3OK9A 4FM6A 1HIIA 3KA2A 3DV1A 5P1XA 4DQGA 2WF2A 5OZHA 5P42A 3OY4A 5P5HA 5P1QA 4Y3TA 5P04A 1HSIA 5P0NA 2BBBA 2J9JB 4DQBA 1BILA 2I0DA 3GGAA 3WZ7A 2F3EA 2ZJMA 5IE1A 4K4QA 3SA6A 3S2OA 5SXNA 4PZWA 4H1EA 2JJIA 4Y35A 1EPQE 1HXWA 2OHRA 3G72A 5HDVA 2QCIA 3F9QA 3VYDA 3SKGA 2V00A 1EBKC 1NPWA 2I4VA 5P3EA 3URJA 1HEGE 1FQ5A 5P61A 3JVWA 4OC6A 5APRE 3FSMA 2PMAA 4Q1XA 4LXMA 4H3GA 5P4SA 4DUSA 3C9XA 1FMUA 1YM4A 3R1GB 5OYWA 4YOAA 1D4HA 1B6KA 2B60A 2WEBA 1RL8A 1ZBGA 5ENMA 3O9AA 1DPJA 2OHTA 2RMPA 5OZFA 2Q55A 5P6AA 4Y3AA 4J0VA 5P19A 2ZYEA 5P64A 2ER9E 4Y3DA 3IXKA 5P45A 5P8QA 1RNEA 5P2YA 5HU0A 3ZLQA 5P8MA 3SKFA 1HBVA 1C6ZA 3O9GA 4BEKA 5I70A 5ER1E 1XL2A 3DM6A 4Y5AA 3OGPA 2QHCA 3OQ7A 1ZJ7A 5P1PA 4I8ZA 1BVEA 5F01A 4RCEA 4LXAA 5P1GA 2BQVA 4YCTA 2VIEA 3APRE 5P6IA 3WB4A 4FL8A 5HDZA 3TOHA 5P7YA 5P46A 4WY6A 3GW5A 1E5OE 1NH0A 5P6BA 4Q1WA 1SDUA 5HD0A 5P1AA 1XDHA 4ZE6A 2VA7A 2AOGA 2VIYA 4LC7A 4HDPA 3VFAA 4EXGA 5P0IA 5P2TA 4PPHA 1GVVA 3UHLA 3QBHA 4KE0A 1B6JA 3VLBA 2APRA 2XFIA 4RVJA 5I3WA 4Y4TA 2WHHA 1SDVA 2FLEA 5P0LA 5F00A 2JE4A 2HB2A 5P3MA 4D88A 4RVIA 3TKGA 3IA9A 4J1CA 4MC6A 3R4BA 2G20A 5P4FA 1HTFA 5P18A 1M0BA 2IGYA 4CMSA 1QRPE 3S43B 1APWE 5P63A 5OZ8A 2PC0A 5P12A 2QZKA 1EBZA 2QI6A 1AXAA 3PMYA 1WBKA 2QU3A 5P2UA 2AOCA 2AOFA 3BUHA 1EPOE 4Y3RA 5P8BA 1MSMA 3QIHA 4Y3GA 2PSVA 4ER1E 2BPXA 2OHLA 1QDMA 5B18A 2O4PA 5P8EA 3LIXA 2VS2A 2Q5KA 3OUAA 4ACUA 2FXEA 4OBZB 1MEUA 4FAEA 4CKUA 1QBRA 3UFNA 4OBGA 4EWOA 1LEEA 1BBSA 5P53A 3UQRA 4I10A 4A6BA 3ZKMA 1PSNA 4ZSRA 3PGIA 1ZPKA 2V11C 2O40A 5P1FA 1YTJA 3I7EA 5P8GA 5OYSA 1ODYA 5P3NA 3FNTA 1J71A 3BGBA 4YA8A 4Y3ZA 2O4KA 1IDAA 5P22A 1IZEA 5E5JA 1G6LA 4Y4GA 5P03A 4RROA 5P68A 4FRSA 1APTE 2HPFA 5ENKA 1TW7A 4Y43A 2R3WA 3KDCA 5OZXA 4Y39A 5P5QA 4AA9A 3OWNA 2WEDA 3D1ZA 3RTMA 1FG6C 5P5XA 5P29A 4J1EA 1LYAA 5AHAA 5DPZA 3LPIA 5P1EA 3GI5A 5OZPA 3IGBA 5OZTA 3PVKA 4L1AB 1YTHA 3NLSA 3O9FA 5P17A 4UPJA 5P2BA 3INEA 4QJ7A 2ZHTA 3A2OA 5P5OA 1LF3A 1JLDA 5P16A 4J17A 5P0WA 4TVGA 4D8CA 3LZVA 5P7BA 3ST5A 4GJ8A 5SY3A 3S7MA 5OYXA 2P3BB 3VUCA 4L7HA 4Y36A 1HOSA 1F34A 2ZJLA 3CICA 5P78A 5AGZA 1B11A 4Y50A 5P02A 4I0IA 5P60A 3CMSA 3T7XA 4HZTA 1DW6C 4Y3JA 2AVVA 1FFIC 4NJSA 5P8RA 1IBQA 5DR0A 4ZEAA 4HDFA 2B7ZA 3R0YA 5P89A 2FMBA 5KQFA 4HA5A 4HLAA 5HU1A 5P6TA 2G24A 3S53A 1UPJA 3QI1A 2F80A 4OBHA 2FIVA 5P6ZA 1QBUA 2QI4A 3EKPA 3GI0A 3I6OA 3MWSA 1DP5A 3SFCA 3SAAA 4R91A 4GMIA 2AZCA 3EKXA 4I0HA 2HAHA 1NPAA 5P0UA 3HVPA 2QMDA 3OU4A 4Y4BA 4Q1NA 5P4GA 5AH7A 4QJ6A 5UPJA 4H3JA 4HDBA 3RTHA 1SGZA 2F8GA 1EAGA 2ER7E 4JECA 2FDDA 5KOQA 1DAZC 1ZPAA 5P2MA 5P47A 3JVYA 3UDYA 2VIJA 1K1UA 5OZVA 3NR6A 5P1LA 5P27A 4APRE 1OEWA 5HDUA 3HAWA 1KZKA 5P54A 3SM2A 5SY2A 1E81E 5IVSA 5P5FA 5P74A 1BV9A 3IXOA 3FV3A 4FS4A 5P4PA 5OZ6A 2PK5A 2VKMA 5P6DA 1Z8CA 3KF0A 1B6MA 5P2FA 2G1SA 3O9EA 2V10C 4I8WA 4DQFA 4I12A 2BPYA 4OD9B 3GGVA 3CKRA 1EPRE 3NWQA 4FM7A 5P8SA 4FIVA 5P67A 4K4PA 3TL9A 4J1HA 4RGHA 4Y45A 2B8LA 5P2LA 5BS4A 5P0GA 5P66A 5OYZA 4FE6A 2WEZA 5P2ZA 1APUE 2QI5A 3OAGA 5P6PA 1CMSA 5P5YA 3PSYA 5P59A 4Y48A 5P4ZA 4GJ7A 3PLLA 2O4SA 1UH7A 3UDJA 3AUPA 2WF3A 2ZGAA 5P6EA 4DJQA 1HTRB 4J0ZA 4XXSA 4GJ6A 3SA3A 3NDXA 4YD7A 4Y3WA 5P7NA 3FKTA 5P7SA 4A6CA 4JOOA 5OZMA 2QMGA 5P5NA 4RYCA 3ZKGA 3QN8A 5P3LA 5DR1A 1N49A 5P4JA 3ZL7A 5AH9A 4NKKA 1E82E 5P0CA 1SMEA 5P32A 1YM2A 2ZHSA 4CPRA 3MSLA 4MC1A 3OU1A 4Y3LA 5P00A 5P3QA 5EZZA 2VJ7A 5P7VA 3OUDB 5ISJA 5P52A 4FCOA 5BWYA 2NTRA 4R8YA 1T7IA 5COOA 3EM3A 5P0FA 2QZWA 5KR0A 5P6HA 3L5BA 5OYUA 1EC0A 3DV5A 5HE5A 3NUJA 3OQDA 4M8XA 1HIHA 3CKPA 2AZBA 4CPXA 4QJAA 3QBFA 5P0JA 5KQYA 4B70A 3BRAA 4F74A 5P31A 2G1RA 2BKTA 3INFA 4QJ9A 3O9IA 4Y3EA 2PWCA 2NPHA 5P85A 3OXVA 3UDRA 4DJUA 2QAKA 4GYEA 2ZJNA 2P8HA 3L59A 3VV8A 5P87A 1MTRA 3LNKA 2OHSA 4Y51A 3L58A 5KOSA 2VJ9A 1FQXA 5P5GA 5P2JA 4Y4WA 2R5PA 4FRIA 3O9LB 5P1DA 5P1ZA 2I4WA 3RU1A 1BIMA 1HVRA 3UPJA 5OYVA 5P0QA 2HIZA 4HEGA 5BRYA 2BJUA 5DR4A 5P6RA 1FF0C 4OC6B 4K8SA 2IRZA 1QBTA 5OZIA 5COPA 3MXEA 3WZ8A 5P4DA 1FG8C 3ZKSA 2B8VA 4DV9A 5OZNA 3T11A 3VYFA 3L38A 4YD5A 4YHQA 5JG1A 3QAAA 3D91A 4NJVA 3U71A 3KT2A 1HIVA 3KDDA 4Y5LA 5P7GA 5P7LA 5HTZA 5P30A 5OZ5A 3BGCA 4ZIPA 3PBZA 5P77A 2AOJA 5P5LA 2HC0A 5P55A 3UCBA 2IENA 2I4UA 3EL0A 5P10A 5P7WA 3OHFA 1UH9A 2FXDA 5P5TA 2VNMA 3HVGA 4FRKA 5HE7A 1HRNA 2G69A 2QI0A 1EPLE 4X2LA 3G70A 5IS4A 4J1IA 2ZHRA 5P3IA 4Y4UA 1OHRA 1PSOE 4Y6MA 2ANLA 2G26A 1HVSA 3MSKA 2NXDA 3T7PA 5P0EA 4Y5PA 4Y3XA 5P8JA 1B6PA 5P86A 1YTGA 4GB2A 3ECGA 5SZ9A 4GJAA 5P3RA 5P2KA 4FM8A 4Y3NA 2WECA 5P5IA 3U6AA 1W5XA 1ZTZA 2G1YA 3PWMA 5P1NA 5P7KA 3NUOA 2AIDA 4GJ9A 4EQ0A 1MVPA 2BB9A 2QNPA 3HLOA 5OZ7A 1GVUA 1IZHA 5P8FA 3HZCA 1TSQA 5P8HA 2I0AA 4K9HA 5P6XA 1MT9A 4B00A 1KJFA 3UQWA 5HE4A 1Z1RA 2QNNA 5P70A 3FNUA 1EC2A 5P7RA 1PPKE 4Y5NA 1K6CA 5HCOA 5P36A 3UDPA 5AHCA 1WKRA 3PHVA 3KYRA 1A8KA 4YOBA 5P4TA 1HVLA 5OZCA 2HB3A 1AIDA 2JXRA 3EC0A 1HVIA 3LPJA 5OZ4A 5PEPA 5C9DA 2G27A 5P49A 2WJOA 3UF3A 5P73A 4DFGA 2H6TA 5P8OA 3TPJA 4Y54A 5P8PA 3VSWA 2QZLA 4YE3A 3EM4A 3FNSA 1BV7A 2BKSA 4HVPA 5P4OA 5P8VA 5P3JA 4QJ8A 1FEJC 1XN3A 1G35A 2P83A 5P6UA 5ER2E 2XFJA 4DI2A 5OYQA 4H3IA 4H3FA 3RSXA 5P13A 1B6LA 3KMYA 1LYWA 3CIDA 2F3KA 5P2CA 2G94A 5P0MA 4J0TA 3NU9A 1M4HA 1TQFA 1LS5A 5P71A 3N4LA 5P7HA 3OOTA 2P3CA 5JFUA 4L7GA 4Y3PA 4NJTA 5P44A 1F7AA 5P4XA 1ENTE 3QRMA 3EM6A 1HVKA 5P7IA 2J9KA 4RCFA 1AJVA 5P1YA 2F81A 4APEA 4YDGA 5P0PA 1D4SA 5P08A 3URIA 3KT5A 5OYRA 2IL2A 1LYAB 4J5JA 3G6ZA 4YBFA 5P5WA 3RTNA 1TCWA 3Q5HA 4DJWA 1A8GA 5P83A 3ER5E 3K4VC 1CPIA 3DUYA 5P79A 1IIQA 1BWAA 3BVBA 4B1CA 1MT8A 5IVQA 2B7FA 5P24A 1HPXA 1MERA 1MRWA 4COEA 1GVWA 3BHEA 2PQZA 3PCWA 3S43A 3GGXA 1HWRA 3M9FA 4EXHA 3DJKA 1SMRA 4CP7A 1DMPA 5DGUA 2PYNA 2FS4A 4YCKA 2HS2A 2HPEA 5EZXA 2JJJA 5P3YA 4F73A 1FFFC 5OZEA 5P5KA 3NDWA 1MSNA 5P6QA 4B0QA 1W51A 2A1EA 3INHA 3VF3A 1XE5A 1LF4A 3FX5A 5P4MA 3L3AA 2IKOA 4ZPFA 3OTSA 2IQGA 3LIQA 3ZPSA 2PSUA 2QI1A 3VCMA 1TCXA 4Y44A 5P8DA 3PSUA 2R9BA 4Q1YA 3L5EA 3IVHA 5P0XA 1W5WA 4Y3SA 5P0SA 4B1DA 1HPOA 1META 3OU4B 7HVPA 1XL5A 4Y41A 3D1YA 2P3DA 3KFRA 1VIKA 3BXRA 5OZQA 5P3PA 3R0WA 1HHPA 1KJHA 4Y47A 4QGIA 2QP8A 3PWRA 5KR1A 4Y9WA 5P7PA 5OZDA 4OBJA 2CENA 4Y58A 5P76A 5P23A 2QU2A 3KFSA 1UH8A 2NNPA 4Y38A 4NPUA 1HTGA 3UDMA 2ZJJA 3SA4A 3UDKA 2ER6E 3TOGA 3QVIA 5P0TA 5P38A 3LPKA 3T7QA 3PLDA 1QS8A 5DQ4A 5P20A 3NU4A 4Y3FA 3K5FA 4BFDA 2SAMA 4GJ5A 4YD3A 4LL3A 5P0HA 2PWRA 5P6NA 4L1AA 4AMTA 5P0AA 3PSGA 3DK1A 1BDRA 4ER2E 3L5CA 1PFZA 5P48A 1EBYA 4YBIA 2ZHVA 2VNNA 3OAGB 1SIPA 2P3BA 1GVXA 4B05A 1FGCC 2Q54A 2CEMA 3OU3A 1HVJA 4EYRA 3NU6A 3PEPA 5P8IA 2HS1A 2V12C 3OQFA 4LAPA 5P2SA 3SPKA 1BVGA 6APRE 3RSVA 1W6IA 2FGUA 4EHCA 5OZKA 5OZRA 5P25A 1SBGA 1IDBA 5HVPA 3EKWA 5P3GA 1AZ5A 2FNSA 5DR7A 2AZ8A 4N00A 1NSOA 3UTLA 4DQHA 4PEPA 2Q3KA 3QRVA 3OU1B 1D4LA 2NNKA 4I0DA 2ZDZA 1IVPA 3EKYA 2Q64A 2NXMA 4ZPEA 3OUCA 1A9MA 3VFBA 2IGXA 1HPVA 5P1WA 4IVSA 4NJUA 1K1TA 3JW2A 1FQ6A 1K6VA 5P4LA 2AODA 5CLMA 3T3CA 4EPJA 5OZUA 2H6SA 3VG1A 3I25A 2OHPA 2OHKA 2QMFA 5P06A 2EWYA 3PB5A 3PBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P65 A;  3I8W A;  9HVP A;  4I0J A;  4L6B A;  3LIN A;  1PPM E;  3GI6 A;  5P8K A;  5P84 A;  1BDQ A;  3O9D A;  5OZ9 A;  1YT9 A;  5OZL A;  1YG9 A;  4EJK A;  3PJ6 A;  4I0G A;  4E43 A;  5IVR A;  4YD6 A;  1GNN A;  5P50 A;  4Y5B A;  2AOI A;  1M43 A;  1ZSR A;  3EKQ A;  1EED P;  5P14 A;  2IS0 A;  3PCZ A;  4U8W A;  3OUD A;  1B5F B;  5AH8 A;  4CPT A;  5P3S A;  5P7Z A;  5AH6 A;  1AVF A;  2A4F A;  3PI5 A;  5P6L A;  3OAD B;  1ODX A;  5P6M A;  3B7V A;  4DJY A;  2QMP A;  3NWX A;  4FGX A;  5HDX A;  1T7K A;  5P01 A;  1AM5 A;  4Y53 A;  1FQ8 A;  4DH6 A;  1MUI A;  4LBT A;  4CPQ A;  3S45 A;  8HVP A;  1K2C A;  1MPP A;  4S1G A;  3OK9 A;  4FM6 A;  1HII A;  3KA2 A;  3DV1 A;  5P1X A;  4DQG A;  2WF2 A;  5OZH A;  5P42 A;  3OY4 A;  5P5H A;  5P1Q A;  4Y3T A;  5P04 A;  1HSI A;  5P0N A;  2BBB A;  2J9J B;  4DQB A;  1BIL A;  2I0D A;  3GGA A;  3WZ7 A;  2F3E A;  2ZJM A;  5IE1 A;  4K4Q A;  3SA6 A;  3S2O A;  5SXN A;  4PZW A;  4H1E A;  2JJI A;  4Y35 A;  1EPQ E;  1HXW A;  2OHR A;  3G72 A;  5HDV A;  2QCI A;  3F9Q A;  3VYD A;  3SKG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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