5P29A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 127
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p29A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p29A01
3VEUA 2ER7E 1G0VA 4MC9A 3CKRA 1ODYA 4CPWA 5C9DA 5IS4A 3NU6A 5P1UA 5P0JA 4U8WA 5P2ZA 2Q63A 1PPKE 4APRE 2BJUA 4Y3HA 3PCWA 3VFAA 4J1EA 6FIVA 1Q9PA 1A9MA 4QJ9A 4Y3EA 4YHQA 3O9IA 3S7LA 5SY3A 5P36A 5HU0A 4CMSA 5P0RA 1K1UA 3S43A 3PMYA 3HD8A 5P1CA 3UQRA 5OZ2A 1OEXA 3LITA 3BRAA 3OK9A 4RYGA 5P1LA 5HTZA 5P1TA 1B6LA 1C70A 5OYSA 4MC2A 4Y4TA 2FGUA 5HDVA 3GW5A 5HE4A 2FDPA 3VSXA 1AAQA 5P8KA 1BDQA 4I0DA 5P2SA 4CPTA 5OZIA 4DJQA 3QBFA 3BGCA 3OADB 3LPKA 2G20A 5I3YA 2NNKA 2I0DA 2R43A 5P4HA 3Q6YA 4I0GA 2QI5A 5E5KA 1YG9A 1FKNA 4Q1XA 5P47A 1BAIA 1CZIE 1EBZA 2AOHA 5OZDA 4Y3YA 5P3YA 3OU3A 3K5CA 4FM7A 4Y51A 3R0WA 1GVVA 1A94A 1HOSA 3PWRA 2P3BB 5P6AA 2BQVA 2QK5A 3PVKA 5P06A 5P7GA 2QD8A 4OBHA 1AIDA 1XN2A 2OHLA 4DJXA 1BXQA 4GYEA 5P82A 3PBDA 3MWSA 4Z4XA 1RNEA 3OXCA 1SMEA 2WECA 1TW7A 5OZKA 4DQGA 2AZ9A 5P6BA 4J1FA 3JW2A 1ZAPA 5P5LA 3O9LB 5P5TA 5OZ0A 1DW6C 1TQFA 3WZ6A 5OZEA 1DAZC 5DR7A 1HVLA 1HSHA 5P6QA 1ODXA 3H0BA 4CPQA 1A8GA 2IS0A 1B5FA 3ZLQA 4I11A 3VLAA 2HB3A 1TZSA 2ZHTA 4KE1A 4GJAA 1RV7A 5P5CA 5P7BA 3PWMA 1KJ7A 2BPYA 2QI7A 3UHLA 1A30A 5P5MA 4Y5EA 3L5CA 3DV5A 5P41A 1ZPKA 5P3LA 5P8OA 4JOOA 4TRZA 3PLDA 1GVWA 5SZ9A 1QDMA 5JFUA 5C9FA 2JXRA 5P8QA 5P67A 3K4VA 4ACXA 3EKXA 5AHBA 3OY4A 1E82E 1EBYA 4EQ0A 4Y3XA 2FNSA 2ZJLA 1UH8A 3O9BA 3VYEA 5B18A 3L59A 5JODA 2Z4OA 3SQFA 3DOXA 5P6SA 5COPA 1YTJA 1IDAA 5P2KA 2WF1A 4R95A 1BILA 9HVPA 1DP5A 2WKZA 5IVQA 2V16C 3UF3A 1D4KA 1W51A 4FSLA 3KA2A 1ODWA 2IEOA 1FMBA 3I6OA 2O4NA 1K2CA 5P6MA 3TL9A 2ZJHA 2BBBA 3NXNA 1HIIA 5P4WA 5F01A 4J17A 5P15A 5P8EA 2XFKA 1W50A 1FIVA 2OHKA 2FDEA 5P7YA 5P5QA 3BUFA 3URIA 3LINA 1XE6A 2PYMA 5OZ1A 3A2OA 5P4IA 2I4UA 2HPEA 4YD6A 5P86A 3OWNA 5KOQA 4H3FA 5P2AA 4CPXA 3T6IA 3BXSA 3N3IA 5P2OA 1FMXA 1IVQA 3OQDA 1HTGA 5P7UA 4B72A 3GGXA 4TVGA 4Y3QA 5P2IA 4Y3NA 5P7JA 2O40A 3F9QA 5I3WA 3FSMA 4KB9A 2UY0A 3CICA 2QZLA 5OZ5A 1HVHA 5P1DA 3ZPTA 5OZPA 2WEBA 2XFJA 5APRE 7UPJA 2FLEA 1QBUA 4GJ9A 1YTHA 3UFLA 5P17A 4EP2A 3IAWA 5P4VA 3OOTA 4Y3ZA 3S8IA 5P3RA 3NWXA 7HVPA 3L5FA 2J9JB 2B7FA 2G1NA 5P4RA 1BWAA 5P7CA 1C6XA 4WTUA 2P3CA 3OU4A 3LZVA 2BPXA 3BVBA 5ER1E 5P29A 3UQUA 3KN0A 2OHPA 3U71A 2Q15A 3M9FA 3EKQA 3EKTA 4TRYA 5KR0A 2ZHVA 5P68A 1LZQA 3R2FA 4K8SA 3IXKA 3HAUA 1W6IA 4I0EA 3EMYA 1MEUA 3OQAA 1HTFA 1QRPE 4RCDA 5P5OA 3S85A 5HE7A 2B7ZA 3S2OA 5P54A 1A8KA 5P13A 3VV7A 3NYGA 4FRIA 4YDGA 2VIYA 2G1RA 2P4JA 5KQFA 3BHEA 1BVGA 1T6EX 1EBKC 5OZ4A 5P5KA 1AM5A 2IGXA 5P6DA 3SM1A 2QI3A 4FRJA 2QNPA 2PC0A 1MPPA 5JFPA 3SAAA 2G27A 3I7EA 2NPHA 4B05A 1QBTA 5P3QA 1KZKA 2FMBA 2SAMA 1DIFA 5DQ2A 3VYFA 4GJBA 3NUOA 2G69A 3ECGA 3D91A 3R1GB 2J9KA 5DQCA 4J5JA 5P3PA 3ZKQA 4M8XA 5P3JA 1FQ4A 3T7XA 4I1CA 1ZPAA 3DM6A 5P4PA 5P11A 3S7MA 1BXOA 2G1OA 5P2CA 1YM4A 5OZUA 1C6ZA 5P3CA 3EXOA 5P7TA 3IVIA 5P7HA 1BIMA 4L7GA 3ZKXA 4FIVA 1MT7A 3VSWA 5P48A 5P4TA 3FKTA 3UDHA 2AVMA 4J1CA 1FQ6A 4ZPGA 2IENA 5P4FA 3EKWA 3RU1A 3TOGA 4ER1E 1BV9A 5AHAA 5OYQA 4GJDA 5P07A 1NH0A 3NSHA 2AZCA 5P2TA 3IN3A 1BWBA 2BPZA 2BKTA 1MUIA 4Y50A 1KJHA 3IGBA 2R38A 3SO9A 5DQ5A 5OYYA 4ZLSA 5P6FA 2IQGA 5P70A 4R93A 5P0VA 3HVGA 1Z8CA 3T11A 3KT5A 4Q1YA 5P0XA 3UCBA 4RVJA 5P0HA 4Y4AA 5OYRA 5P0CA 5P2FA 5P88A 5P6YA 1QBRA 5P1KA 2AOFA 1LEEA 2R3WA 2ZHRA 1FGCC 4Y3GA 5HDUA 5P8NA 3INHA 3DK1A 3GI5A 3UTLA 5P0IA 1LYWA 2V12C 4Y4ZA 2V11C 4X2LA 5P1NA 3PI5A 4RRNA 5P7VA 2IDWA 3NDWA 3OAGA 5P3ZA 1LF3A 5P3DA 5P1EA 2I4VA 5P53A 2QD6A 4EQJA 1MVPA 3CIDA 1WBKA 4I0HA 2P8HA 4GJ7A 3RVIA 1EEDP 1ZJ7A 4TVHA 3DCKA 3OHHA 2AVSA 1OHRA 1FQ5A 3ZL7A 2QMFA 3ST5A 5P79A 3LPIA 4Y43A 1AZ5A 2QHCA 3T7QA 3S43B 5P63A 5KR2A 3SKFA 1YTGA 2ZHSA 5DR0A 5T4SA 3KMXA 5P6OA 5P6XA 5P76A 4HZTA 1XL2A 2AOGA 5P6LA 1D4SA 1DMPA 5P1JA 1MTRA 3QBHA 2WL0A 4YOAA 5KQZA 5P3IA 5P3AA 1MRXA 3PSYA 4J1HA 1LS5A 3I2LA 5P72A 5P02A 1SGZA 1HTEA 3PSGA 2AOEA 5P0YA 1K6PA 4Q1WA 3D1ZA 5P2QA 5OZNA 5P71A 5P30A 3BVAA 4U7QA 4QJ8A 3S45A 1GNNA 2ZDZA 4PHVA 1LF2A 3HLOA 5P55A 5P7LA 1UH9A 1ER8E 4Y44A 4GMIA 3VFBA 1HHPA 1FEJC 3GGAA 5DQ4A 2G26A 5P3BA 3NWQA 5P23A 2NMYA 3LIXA 5P6HA 3URJA 8HVPA 2VA5A 3QROA 4FRKA 4OD9A 4APEA 4LHHA 1HSIA 5P2WA 4Y5KA 4FGXA 1BDLA 1E5OE 5F00A 5P83A 3QS1A 5HE5A 3OUDB 3UDYA 4J1KA 3FNTA 1SDVA 3S53A 4DJOA 1MSNA 3L38A 4PEPA 3SA6A 4YD3A 2FS4A 5P3WA 5HDXA 5P4ZA 4GJ8A 4CPSA 3DCRA 2H6TA 3MSJA 1BV7A 5P6GA 2PK5A 5P8CA 4Y3DA 5P40A 3WB5A 5P77A 5P64A 5P4BA 1LF4A 2WF3A 1M0BA 4ZPEA 1EBWA 1APUE 4BFBA 5ISKA 3QP0A 2Z54A 4Y5BA 5P8BA 4Y9WA 3PGIA 5AGZA 3L58A 4FRSA 2I4DA 2I4QA 4NPTA 2PWRA 5I70A 4Z2ZA 5CONA 2VIJA 5P2UA 1LYAB 2WF4A 4DFGA 2OHTA 4DI2A 1IZEA 5P5AA 3OTSA 2WJOA 3O9DA 4NJVA 5P0GA 4WY6A 1T7IA 1PSOE 4NJSA 1IZHA 4Y3LA 4RVIA 4LP9A 2HS2A 5P1MA 2B60A 3TLHA 2ZJJA 2HM1A 5P1XA 5OYZA 5P4GA 5P49A 1LYBA 5OYWA 5I3VA 4Y37A 4GJCA 5KR1A 4J1IA 3D1YA 3OUBA 5P2MA 5P4OA 4EXGA 2BKSA 3NDXA 3UDNA 4A6CA 2Q5KA 4Y5NA 5SXNA 2IKUA 2WF2A 3K5DA 3KFRA 3ZKSA 1C6YA 3NUJA 5EZXA 5P2RA 3O9GA 3RTNA 1XS7D 5P3VA 3LZSA 4IVSA 4RCFA 5P4CA 5P80A 4YCKA 2F3KA 1PSNA 4JPEA 1PFZA 4Y5CA 5PEPA 1MESA 2FIVA 5P20A 5J25A 4QJ6A 2MIPA 1AJVA 5P6IA 2I4WA 4CPRA 2JJIA 4H3IA 5P10A 4YD5A 5P5SA 4FAEA 5P1YA 4F76A 2WHHA 5ENKA 2QZKA 4Y6MA 5P5WA 5P7EA 1XL5A 5P38A 5HDZA 5P0PA 5P5EA 1B11A 3OADA 4KUPA 1APTE 5OZMA 2JE4A 4ZEAA 5JG1A 4Y5GA 5P00A 5P05A 2V0ZC 3OOZA 3K1WA 2RSPA 2BPWA 3WSJA 5P0QA 3KMYA 1ENTE 1SDUA 4FL8A 2RKGA 3SA9A 4XXSA 3QI1A 1APWE 4R5NA 5P3XA 3BC4A 2P3BA 5P7QA 4EJLA 1F34A 4EXHA 3KFPA 3PJ6A 4AA9A 3LIVA 4B78A 5P4QA 3UFNA 2IKOA 1KJ4A 2G24A 5OZJA 1K6TA 4ZSQA 3AUPA 4JP9A 1SP5A 5P4NA 4DQCA 5P5NA 5P8VA 5OZGA 4MC6A 4Y3PA 1EC3A 3O9LA 5P3SA 3IXOA 2G1SA 5IVSA 1HBVA 3Q4BA 4Y3FA 5OZBA 5P8JA 5P24A 2QU2A 4L1AA 2QP8A 5P7FA 3GI6A 4TRWA 4Y56A 4GB2A 5AH6A 5P1QA 3B7VA 5P14A 4I10A 3JVWA 4RRSA 4R91A 4ER4E 4YE3A 1IZDA 2Q64A 5P7DA 5P4EA 2P83A 3G70A 3L3AA 1HXBA 1EC1A 3KDDA 5DR3A 3UQWA 3EL5A 1M43A 5P0UA 5KOSA 2QMDA 5P5BA 5P3OA 4KE0A 3VYDA 4J0PA 5P2BA 5OZ6A 3FNUA 3UDPA 1VIKA 2VNNA 5P18A 5P7OA 1AXAA 3IVHA 3EM6A 3UDMA 3INFA 3VLBA 5P1WA 2I4XA 4OC6B 3IA9A 1EC2A 5P62A 2OHRA 3QVIA 5P3HA 1QBSA 5P26A 4GIDA 3SKGA 4QGIA 5ISJA 4HVPA 2AOJA 2ANLA 5P3UA 4D85A 5P7XA 2VA6A 5KQYA 2AODA 1OD1A 5SY2A 2QI6A 1SIPA 3SA3A 1NPWA 5P37A 1QS8A 5P0NA 2XYEA 5BRYA 2QMPA 3PBZA 5P69A 3DUYA 5P5XA 4Z50A 5DR1A 3CIBA 4HDFA 5P2HA 4J0YA 5HCTA 5P78A 3VUCA 5P6UA 1WKRA 2AZBA 5P08A 4D8CA 5P7PA 2O4PA 5P2GA 5P8FA 3UPJA 5P7WA 3RTHA 3OU1A 2ZJNA 3SA4A 3TPPA 3WB4A 2ASIA 5P28A 2VIZA 1HVRA 4B1CA 3R0YA 4J0TA 5P0SA 2PQZA 5P51A 4Y3RA 2O4LA 4D88A 2R3TA 3EKPA 5P31A 5P1IA 4LBTA 2BB9A 5P2LA 4B00A 3UQPA 1D4YA 1W5WA 3LIYA 2JJJA 5OZLA 4YCYA 5P7IA 4R8YA 4OBJA 1BVEA 2PH6A 1XE5A 1FB7A 4Y58A 3SA5A 5P4SA 1VIJA 5COOA 1ZSRA 4Y4BA 2AIDA 1U8GA 3GI0A 4DUSA 5P81A 3GI4A 5P5DA 3K5FA 3SM2A 2G21A 5P44A 2PH8A 4LAPA 3QAAA 5P2DA 5P4LA 3I8WA 4J0VA 1HIHA 4OBZB 4L7HA 5P5UA 5P4UA 1YT9A 3SLZA 5P7SA 2PSGA 2VJ9A 5P6JA 4F74A 3SA8A 2QCIA 5OZZA 4QLHA 5P8HA 2ZYEA 4EHCA 2Q54A 5P7KA 1K2BA 3D20A 3LHGA 4BEKA 1EPRE 2HC0A 4Y36A 4X7IA 2V13A 1E81E 1K6VA 3CMSA 5P1RA 1HEGE 1W5XA 5I3XA 3PSUA 2FDDA 5P0KA 5P61A 1PPME 4YD7A 3ZPUA 3OXWA 3LIQA 5FIVA 1MIQA 4JECA 3O9FA 1D4LA 5E5JA 1HVKA 5OZWA 2RENA 3Q3TA 3KF0A 5P8RA 4DJPA 4FCOA 2ZJKA 2NTRA 1TCXA 4FM8A 1TSUA 1IDBA 4CPUA 3OUCA 2IGYA 2AVQA 2APRA 1APVE 4Y4GA 3TTPA 1CMSA 5P25A 3IN4A 2CENA 3ZKIA 1F7AA 3PLLA 4M8YA 4GJ6A 4Q5MA 5P7AA 1FG8C 5P0TA 1FG6C 3C9XA 3HAWA 2I1AA 3G72A 6UPJA 2QNQA 4PPHA 3KDBA 3AIDA 2QNNA 3DV1A 4DJYA 4UPJA 2CEMA 1OEWA 4YBIA 1FQ7A 4ACUA 4EP3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VEU A;  2ER7 E;  1G0V A;  4MC9 A;  3CKR A;  1ODY A;  4CPW A;  5C9D A;  5IS4 A;  3NU6 A;  5P1U A;  5P0J A;  4U8W A;  5P2Z A;  2Q63 A;  1PPK E;  4APR E;  2BJU A;  4Y3H A;  3PCW A;  3VFA A;  4J1E A;  6FIV A;  1Q9P A;  1A9M A;  4QJ9 A;  4Y3E A;  4YHQ A;  3O9I A;  3S7L A;  5SY3 A;  5P36 A;  5HU0 A;  4CMS A;  5P0R A;  1K1U A;  3S43 A;  3PMY A;  3HD8 A;  5P1C A;  3UQR A;  5OZ2 A;  1OEX A;  3LIT A;  3BRA A;  3OK9 A;  4RYG A;  5P1L A;  5HTZ A;  5P1T A;  1B6L A;  1C70 A;  5OYS A;  4MC2 A;  4Y4T A;  2FGU A;  5HDV A;  3GW5 A;  5HE4 A;  2FDP A;  3VSX A;  1AAQ A;  5P8K A;  1BDQ A;  4I0D A;  5P2S A;  4CPT A;  5OZI A;  4DJQ A;  3QBF A;  3BGC A;  3OAD B;  3LPK A;  2G20 A;  5I3Y A;  2NNK A;  2I0D A;  2R43 A;  5P4H A;  3Q6Y A;  4I0G A;  2QI5 A;  5E5K A;  1YG9 A;  1FKN A;  4Q1X A;  5P47 A;  1BAI A;  1CZI E;  1EBZ A;  2AOH A;  5OZD A;  4Y3Y A;  5P3Y A;  3OU3 A;  3K5C A;  4FM7 A;  4Y51 A;  3R0W A;  1GVV A;  1A94 A;  1HOS A;  3PWR A;  2P3B B;  5P6A A;  2BQV A;  2QK5 A;  3PVK A;  5P06 A;  5P7G A;  2QD8 A;  4OBH A;  1AID A;  1XN2 A;  2OHL A;  4DJX A;  1BXQ A;  4GYE A;  5P82 A;  3PBD A;  3MWS A;  4Z4X A;  1RNE A;  3OXC A;  1SME A;  2WEC A;  1TW7 A;  5OZK A;  4DQG A;  2AZ9 A;  5P6B A;  4J1F A;  3JW2 A;  1ZAP A;  5P5L A;  3O9L B;  5P5T A;  5OZ0 A;  1DW6 C;  1TQF A;  3WZ6 A;  5OZE A;  1DAZ C;  5DR7 A;  1HVL A;  1HSH A;  5P6Q A;  1ODX A;  3H0B A;  4CPQ A;  1A8G A;  2IS0 A;  1B5F A;  3ZLQ A;  4I11 A;  3VLA A;  2HB3 A;  1TZS A;  2ZHT A;  4KE1 A;  4GJA A;  1RV7 A;  5P5C A;  5P7B A;  3PWM A;  1KJ7 A;  2BPY A;  2QI7 A;  3UHL A;  1A30 A;  5P5M A;  4Y5E A;  3L5C A;  3DV5 A;  5P41 A;  1ZPK A;  5P3L A;  5P8O A;  4JOO A;  4TRZ A;  3PLD A;  1GVW A;  5SZ9 A;  1QDM A;  5JFU A;  5C9F A;  2JXR A;  5P8Q A;  5P67 A;  3K4V A;  4ACX A;  3EKX A;  5AHB A;  3OY4 A;  1E82 E;  1EBY A;  4EQ0 A;  4Y3X A;  2FNS A;  2ZJL A;  1UH8 A;  3O9B A;  3VYE A;  5B18 A;  3L59 A;  5JOD A;  2Z4O A;  3SQF A;  3DOX A;  5P6S A;  5COP A;  1YTJ A;  1IDA A;  5P2K A;  2WF1 A;  4R95 A;  1BIL A;  9HVP A;  1DP5 A;  2WKZ A;  5IVQ A;  2V16 C;  3UF3 A;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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