5P2AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 128
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2aA01
3VFAA 4YOAA 2O4KA 1IDAA 2FGUA 1LYBB 1A30A 2HM1A 4B0QA 5DQ4A 1TSQA 4K9HA 4YD7A 1LYAB 2I1AA 3PJ6A 5P4NA 2VJ7A 2QZKA 3PWRA 5P6IA 4LL3A 3VV8A 4Y3ZA 2R43A 5P20A 3T7XA 1M0BA 2VA6A 5P7WA 1EBZA 2BKTA 3EKVA 5I3WA 5P0CA 1PFZA 4Y5AA 2G94A 5P80A 3FX5A 1W5VA 5OZEA 4OC6A 3UQXA 4I11A 2G1NA 4U7QA 3BXRA 3TTPA 1HTRB 3EL9A 3NLSA 1HTEA 3LITA 1IVQA 2VJ9A 5P60A 3TLHA 4OBHA 5ER1E 4Y5CA 2VS2A 3OXCA 1NPWA 2AOHA 2PQZA 4HE9A 1TCWA 5OZMA 5P2SA 5P3JA 2OHQA 4NPUA 5P07A 4DQEA 5COPA 5P6MA 3CICA 4DFGA 3OQKA 4LXMA 2F3KA 3KDBA 2V00A 5DQ2A 1EPME 4B78A 2BPXA 2AIDA 5P0PA 4DUSA 5P64A 5SY3A 3L58A 1D4JA 5KQFA 2QMGA 1HPXA 1HVLA 2HPFA 5HDXA 5P52A 3LPKA 3K5DA 2V12C 2WECA 2AOCA 5OZWA 5P8JA 2RENA 3LZSA 5P6VA 4CPWA 5COOA 1K1TA 4YDFA 5DPZA 5P0YA 2R3WA 1G0VA 3I7EA 1A8KA 5P8UA 5P73A 3EMYA 2G21A 4Y4XA 5AH8A 4FRKA 4Y5KA 5P1RA 4DJXA 1QBRA 1D4LA 4GZFA 2Q63A 3BUGA 2OHTA 5P17A 3OXXA 3FSMA 3VLAA 5P42A 5P4RA 1B6KA 1HIHA 3TPLA 5P5IA 4NJSA 5P7EA 3SLZA 1BBSA 1MRWA 2NNKA 5P6QA 2G26A 1CZIE 5EZXA 5P2QA 1BDQA 3GI0A 4M8XA 1YT9A 3FNSA 3OU1A 3NR6A 3LZYA 5P7AA 3S53A 3UPJA 5DR3A 1BXOA 3OQAA 1FMUA 3NDTA 5P48A 3K5FA 5OZOA 1FQ7A 2WF0A 3S7LA 1EPOE 2A4FA 2VIJA 5P75A 1GNNA 4DI2A 5IVRA 2WEBA 5P7OA 2QHYA 2PC0A 5P5GA 5P40A 3EKYA 4E43A 2P8HA 2VKMA 1D4YA 5P86A 5P5JA 4Y37A 3BVAA 3S45A 4B00A 3GW5A 5P76A 5P2HA 1RV7A 1PPME 2AQUA 5P0OA 4PHVA 5P08A 4FM6A 3TOGA 3EL0A 3UQUA 3VV7A 2HAHA 1YTHA 1GNMA 5P3EA 4HVPA 1M4HA 2ZHUA 3O9DA 3GI5A 4I0DA 1EEDP 3HDKA 2AODA 5OZ8A 4B77A 5P3OA 2P3CA 4DJQA 5P32A 2Q5KA 4APRE 3GI4A 4Z4XA 1B5FB 5P1EA 5OZBA 1K6PA 1TQFA 4EXGA 2PMAA 1B6MA 4RCFA 2CEJA 3INEA 5P2ZA 2QZLA 4U8WA 5P2GA 1HEFE 5OZ2A 2Z4OA 3TOHA 1YM4A 1WBKA 3IVHA 4YE3A 1FIVA 4L6BA 3RTHA 5KOQA 4KUPA 1SIVA 5P6RA 5P2FA 5P51A 2G1YA 6APRE 2PSVA 6FIVA 1SIPA 1AXAA 5P4JA 3SA6A 2QI5A 3RSXA 2RSPA 3D1YA 4XXSA 4Y53A 5P7YA 5OZSA 3S8IA 5P2JA 5OZUA 5P3CA 2IRZA 3OOZA 5P72A 5OYTA 1G35A 3VSXA 2R5QA 5P6SA 1W5XA 5FIVA 3I6OA 5B18A 2O4NA 5P7TA 5P0AA 1GNOA 4Z50A 5P5HA 2ER7E 5P5OA 3KDCA 5I70A 3O9GA 5OZLA 4EHCA 1DIFA 1K2CA 2G20A 1B6JA 3QN8A 5P0JA 3HVGA 4EP2A 4EJKA 3KT2A 5OYUA 5P6WA 1YTIA 2ZHTA 5P0VA 2CENA 3BGCA 4EP3A 5HCTA 2O4PA 1PROA 1MRXA 5P7CA 1SH9A 4Y4TA 5P63A 3PMUA 5TOLA 3OADA 3RTMA 4DQFA 4EPJA 4OD9B 1AZ5A 1FG6C 4COEA 3DCRA 3I25A 2HC0A 2I4QA 3BGBA 4DJRA 4GJ5A 4YDGA 2G22A 3G70A 4JECA 4HDBA 9HVPA 2Q11A 4ZIPA 1BILA 4QJ7A 3S56A 2ER6E 3SA4A 5P6BA 3UDRA 4R92A 5P8VA 4RCEA 3ZKXA 4DQCA 5P3QA 3IN3A 3O9EA 2B42A 4Y3PA 2IL2A 4EJDA 3VLBA 4Y6MA 5P0FA 1MERA 3MSJA 3VG1A 3KN0A 2P3AA 1WKRA 5P31A 3DJKA 4YA8A 3S43B 3T7QA 3NWXA 4I1CA 4DJYA 1FQ4A 4DJVA 1XS7D 4YBFA 2A1EA 2I4VA 2NNPA 3MXDA 4ER2E 3JVWA 2UY0A 5OZHA 5P74A 4J1FA 4Y5GA 4TVHA 5P1XA 2PYNA 5P3TA 2QI1A 5JG1A 2PK5A 3EKQA 5P5TA 1MSNA 4HA5A 5OZZA 4X7IA 2ER9E 3D3TA 3FKTA 1ODYA 3FIVA 3O9LA 3UFNA 1APWE 1EPRE 3AIDA 5OZVA 2QNQA 3OK9A 4L7JA 5JODA 4Y58A 5P5DA 3HLOA 1YTGA 3O99A 3OU4B 4APEA 1HEGE 2QD7A 4Y51A 3R1GB 1LF3A 3Q5HA 4LAPA 4Y3TA 4Q1YA 5P36A 4L1AA 2FIVA 3SABA 1HVHA 1AJXA 1EPNE 5P3LA 4CKUA 5BS4A 4OBGA 4KE0A 3R2FA 1T7IA 4Y47A 3ZKSA 3UF3A 3URLA 5P4FA 5C9BA 1KJ7A 5P2AA 1F7AA 1HPOA 4J0YA 5P47A 4RROA 5P5BA 4ZPFA 3PWMA 5HDZA 5P3HA 3EC0A 2QI3A 3L5DA 4MC2A 3C9XA 4FL8A 5P77A 4MC6A 3QI1A 1W51A 3PBZA 1QBUA 4A4QA 2R3TA 4BFDA 3DUYA 3EKWA 5DGWA 3QAAA 5P8RA 4GB2A 3LINA 4DQGA 1UPJA 2P3BB 4F76A 2BPYA 2Q15A 1EC3A 4D89A 3PGIA 4AUCA 5P5WA 3SA3A 4J1EA 3PSYA 3ZKQA 2V16C 1QBTA 1FB7A 5AH9A 5P69A 4I8WA 1GVTA 5P8QA 5P1LA 4JPEA 2RKGA 4Y4ZA 2P83A 3URIA 3PVKA 3OHFA 4Y50A 3LZVA 4BEKA 5P15A 1ODXA 5HE4A 1SMRA 2PYMA 1T6GA 2I0DA 1FGCC 2ZYEA 4Y36A 3AUPA 4DPIA 4ER4E 1B6PA 4Y3RA 5P8CA 1D4SA 4EYRA 4MC1A 1HSIA 4YD3A 2AOIA 1MVPA 1BV7A 2MIPA 3EL4A 2ZJIA 4Y3LA 1SGZA 1DW6C 2FDEA 4B1EA 3SA5A 2PH8A 1MSMA 4H3GA 4OBZA 1NPAA 5P0MA 5P39A 5ENMA 2F8GA 5P0ZA 1T3RA 2XYEA 5P0RA 2QHCA 1RNEA 5OYSA 1ODWA 3LZUA 5P0HA 3WB5A 5P5UA 5P4KA 4J0ZA 2V10C 3UDHA 5HU1A 1IZDA 3SM1A 5P13A 2G27A 5DR8A 4JOOA 2AZBA 2AVSA 4DJWA 5P6FA 3ER3E 5P7PA 1OD1A 2QI4A 5SY2A 4Y56A 4RVIA 3TPJA 2O40A 3UDJA 5P1VA 5P8OA 3UQWA 2O4LA 1NH0A 1UH7A 5P7JA 5E5JA 4FRIA 3B7VA 2BKSA 3VEUA 3VSWA 2FXEA 3CYWA 4DH6A 2ZHRA 4GJ7A 3IXJA 2ZJMA 4PZXA 5P68A 5P04A 2QMDA 2NXDA 3T6IA 5HTZA 1SGUA 4TRZA 5P7UA 3U71A 1XN3A 5P3WA 4GIDA 5C9FA 5OZ0A 1HVSA 3PM4A 4M8YA 3VFBA 4GJ6A 3R4BA 3BC4A 4CMSA 2QNPA 3LIVA 5P5XA 4LXKA 4I0JA 3OUDA 2OHSA 4YD5A 5P1UA 1FQ6A 2ASIA 5P6KA 5ER2E 2WEAA 4Y3XA 1U8GA 2J9KA 5P6TA 4B05A 4Y44A 3L38A 1LYBA 2XFKA 1ZLFA 1LYAA 2I4DA 4OBDA 4AZYA 5P2OA 5P3MA 2Z54A 1EC2A 3DK1A 5P09A 3KYRA 3VCMA 5OZAA 4I12A 2QAKA 4Y3AA 1A9MA 2RKFA 3SKFA 5P25A 1SDUA 3QBHA 1EPPE 2I0AA 4HZTA 4RRNA 5P4LA 4OBJA 5BWYA 1HVJA 3Q70A 5P2CA 4PZWA 4Y3WA 5P5RA 2PSUA 1BV9A 3OU1B 5P81A 4J0TA 5P5KA 5P8GA 5COKA 3KMYA 2QI0A 1UH9A 2BPZA 3APPA 3KT5A 2UPJA 2F3EA 4TVGA 4S1GA 2ZJJA 5P30A 4LHHA 4Q1XA 4GJAA 5P4DA 5I3XA 4GJ8A 5KQXA 4EQ0A 4RGHA 1LF4A 3RU1A 5CLMA 3VF7A 3F9QA 4GJBA 5P0XA 2ZHVA 1BIMA 1HXWA 2NR6A 5P0EA 2AVOA 2NMZA 5P4TA 1LYWA 4Y5PA 1DPJA 3IVIA 3K4VA 3IN4A 4FAEA 4DJUA 5OZ4A 2FMBA 3IAWA 4Z22A 3OUAA 3INFA 1VIJA 2G1OA 4Y4UA 1C70A 3A2OA 4RYCA 2WJOA 4ZSMA 5P8HA 2FNSA 5P16A 3ZOVA 3UHLA 4YD6A 5ISJA 3NUJA 5P6UA 3O9IA 5KR2A 1SP5A 3B80A 3SKGA 4L7GA 5P8AA 4CPQA 3SAAA 1ZAPA 1BWAA 4K8SA 5HVPA 5KAOA 1C6YA 5P6AA 5P2BA 5DR0A 5OZGA 5IE1A 2QCIA 2PWCA 1HTGA 1KJ4A 4YBIA 3KFNA 2AZ9A 1N49A 5AHAA 5P7VA 5P4CA 4ACXA 3SA7A 5P2YA 5CONA 2XFIA 5P5PA 5HU0A 5P22A 3OUCA 4Y57A 5P3VA 4RYGA 5APRE 1KJHA 3HZCA 5P2KA 2IQGA 4AMTA 3DOXA 1F34A 3L5BA 4IVTA 4D88A 4B72A 3MWSA 3MSKA 3O9CA 3HD8A 5P3YA 3T3CA 5SZ9A 4QJ6A 3R0WA 5OZKA 1IIQA 3HAWA 3KMXA 4KE1A 3ZPUA 3O9FA 1AVFA 3OTSA 3IA9A 3PCZA 5P18A 4Y3NA 1HRNA 3I8WA 3ZMGA 3UDYA 5F00A 4PPHA 1FKNA 5P7HA 5P3GA 1T6EX 3BHEA 4I0FA 3OQFA 3APRE 2IEOA 3VYFA 4EJ8A 4A6CA 5P1YA 4I0GA 4J1IA 1EBWA 3TPRA 2VJ6A 4RCDA 3OY4A 5P0KA 1APUE 4IVSA 1IZIA 2VIEA 3L3AA 4FRSA 2QI6A 3OXWA 3K5CA 4YHQA 1DMPA 5P5VA 4RZ1A 4ER1E 5OZIA 3UCBA 4WY1A 5P1BA 2BPVA 2IGXA 3OAGA 4Q5MA 3NUOA 4N00A 2ZJHA 4HDFA 2R38A 1RL8A 5OYRA 4Y4EA 3QVCA 5P45A 4Y5NA 3ER5E 4J55A 5P1DA 4Y4WA 2J9JB 5P53A 4A6BA 3QP0A 3NU3A 1W5YA 3EKXA 2BB9A 5OZ5A 1EPLE 3FNTA 2IENA 1W5WA 5P8KA 1VIKA 2QMFA 3NU9A 4XX4A 1ZPKA 2WF3A 1JLDA 1MTBA 1ZSFA 3OGPA 2QU3A 5OZJA 3SACA 4I0HA 2ZJKA 1LS5A 3G72A 2F3FA 3PLLA 1LF2A 2ZE1A 2NPHA 3O9LB 6UPJA 5P6LA 5P7XA 1WBMA 5P3NA 2H6SA 1A94A 3PSUA 5P4ZA 5P4SA 1E81E 4KB9A 1HSGA 1XE5A 3UQPA 4HLAA 3QS1A 1IZEA 3ZPTA 1M43A 5DQ1A 3Q6YA 3UDMA 1PSNA 1SDVA 4Y3DA 5P8EA 2BPWA 4L1AB 4CP7A 5P4YA 4Y3EA 5P1WA 3ZL7A 3LIZA 5DGUA 3ZKGA 5AHBA 4CPXA 4HDPA 2QU2A 2VNMA 4GYEA 5P1PA 5P4IA 2BBBA 1BVGA 4J0VA 3ZPSA 3KDDA 5P82A 3O9BA 4ZSPA 5P8MA 4OD9A 3DV1A 1D4HA 4Q1NA 4Y3FA 5P0QA 5OZRA 4NJUA 4OBKA 1CPIA 4FIVA 2PSGA 3UTLA 5P8BA 3KA2A 3G6ZA 4EWOA 5P6HA 4F73A 1D4KA 2IKOA 1ENTE 5HDVA 4ZPEA 4JPCA 3GGVA 5P1HA 1EPQE 3QRSA 5P10A 4Y35A 1BDLA 2QNNA 5P1TA 4D85A 2I4XA 2VIZA 1TZSA 5IVTA 3JW2A 5P5SA 1EBKC 5P5FA 4MC9A 5P28A 3KF0A 2RMPA 4K4RA 5KR8A 5P2NA 2B60A 3ZLQA 5EZZA 3PWWA 2AOFA 2WHHA 2OF0A 4J5JA 1RQ9A 5P3SA 5JFUA 3D91A 1K6CA 1OEXA 5P35A 2BQVA 3N4LA 3SQFA 3QRVA 5P5YA 3H5BA 4J0PA 5P12A 5P67A 2OHLA 3OU3A 4QJ2A 5IVSA 5AHCA 5P6GA 5AGZA 4OBZB 5P4VA 2I4WA 3K4VC 5OZXA 5P58A 1HXBA 3QPJA 5OZCA 5P50A 4Y3MA 3BXSA 5P6OA 4BELA 4XX3A 4EJLA 4WY6A 2XYFA 1FQXA 1J71A 4CPUA 1BWBA 5P29A 2QD6A 4Y45A 5OZYA 2B8LA 2V11C 1UH8A 1HPVA 3K5GA 3DCKA 3PSGA 5P37A 4J54A 5P7BA 4DPFA 4H3FA 1MESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VFA A;  4YOA A;  2O4K A;  1IDA A;  2FGU A;  1LYB B;  1A30 A;  2HM1 A;  4B0Q A;  5DQ4 A;  1TSQ A;  4K9H A;  4YD7 A;  1LYA B;  2I1A A;  3PJ6 A;  5P4N A;  2VJ7 A;  2QZK A;  3PWR A;  5P6I A;  4LL3 A;  3VV8 A;  4Y3Z A;  2R43 A;  5P20 A;  3T7X A;  1M0B A;  2VA6 A;  5P7W A;  1EBZ A;  2BKT A;  3EKV A;  5I3W A;  5P0C A;  1PFZ A;  4Y5A A;  2G94 A;  5P80 A;  3FX5 A;  1W5V A;  5OZE A;  4OC6 A;  3UQX A;  4I11 A;  2G1N A;  4U7Q A;  3BXR A;  3TTP A;  1HTR B;  3EL9 A;  3NLS A;  1HTE A;  3LIT A;  1IVQ A;  2VJ9 A;  5P60 A;  3TLH A;  4OBH A;  5ER1 E;  4Y5C A;  2VS2 A;  3OXC A;  1NPW A;  2AOH A;  2PQZ A;  4HE9 A;  1TCW A;  5OZM A;  5P2S A;  5P3J A;  2OHQ A;  4NPU A;  5P07 A;  4DQE A;  5COP A;  5P6M A;  3CIC A;  4DFG A;  3OQK A;  4LXM A;  2F3K A;  3KDB A;  2V00 A;  5DQ2 A;  1EPM E;  4B78 A;  2BPX A;  2AID A;  5P0P A;  4DUS A;  5P64 A;  5SY3 A;  3L58 A;  1D4J A;  5KQF A;  2QMG A;  1HPX A;  1HVL A;  2HPF A;  5HDX A;  5P52 A;  3LPK A;  3K5D A;  2V12 C;  2WEC A;  2AOC A;  5OZW A;  5P8J A;  2REN A;  3LZS A;  5P6V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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