5P2GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 134
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA01
5P3AA 1ZTZA 4OBHA 5KOSA 5BS4A 5P7YA 3CIDA 2WJOA 1HVRA 3N4LA 5CONA 5OYXA 2V0ZC 3GI0A 2ER7E 4Y37A 3VYFA 1FQ8A 3INHA 3PWWA 5P6QA 3FNTA 3F9QA 4E43A 2NPHA 5P69A 3CICA 4J1KA 3L5DA 1MRXA 4Y5GA 5HE7A 5PEPA 3S85A 2J9KA 1LYAB 4CP7A 3GW5A 2IGXA 1NPVA 1EPQE 5P4XA 2OHTA 1B11A 3L58A 4ZSQA 4YCTA 1KJ4A 3TKGA 4PYVA 2QNQA 4N00A 5OZUA 5P3DA 4FSEA 2WEBA 2NXDA 1PPKE 3SO9A 2P3AA 4AUCA 5KR2A 4B1DA 4F76A 1FFIC 5P2DA 5DR1A 2QI5A 4Y3HA 1RV7A 4ZEAA 3FNSA 3URJA 5SY3A 3O9GA 1HPSA 5OZJA 5P1JA 3CYXA 2BQVA 2QI3A 3DOXA 4CPRA 3ZKGA 1G6LA 5P09A 1GNMA 1W51A 4Y48A 3I6OA 4KE0A 2Z4OA 4RROA 5F00A 4EXHA 3PM4A 5P85A 2AOHA 3Q5HA 4HZTA 4J0TA 2G1OA 2JJIA 1HVIA 5P8CA 3NR6A 4Y3QA 3EKQA 2HB2A 4CPTA 2F8GA 4LAPA 2P83A 2JYSA 1LYAA 4YD5A 5P8BA 5SY2A 5EZZA 5P5WA 5P82A 5P7QA 3KDCA 5B18A 2HAHA 4Y4ZA 2HS1A 5OZZA 4YD7A 1A94A 2O4KA 5P8TA 1HEGE 5P1CA 3QIHA 4Y6MA 3I25A 2Q55A 5P3BA 5P7BA 5P4VA 4B0QA 4J0PA 3FNUA 5OZ2A 5P2HA 2F3KA 4DJPA 5P88A 3D1XA 4ACUA 3UDKA 4YOBA 4FGXA 3K4VA 3VF3A 4Q1NA 1LS5A 2NXMA 2VIZA 5P6KA 4Y3ZA 2NMYA 4L7GA 1B6PA 4ZPFA 5P3YA 1FQXA 2AODA 4Q5MA 3OXXA 3S7MA 4FRJA 2QZXA 4I11A 5OZ3A 3OQKA 4J5JA 3ZL7A 4B77A 1EPLE 4GB2A 5KR1A 1C6YA 6APRE 4HE9A 1HTFA 3L5CA 4TRZA 1HRNA 5OZWA 3G6ZA 4J1CA 3SABA 2ZJIA 5JFUA 5P3EA 4B70A 4QJ2A 1BWAA 3VFBA 4J1HA 5P11A 4FM7A 1FKNA 4NPTA 5P1FA 1QS8A 4J0YA 2B60A 1IZEA 2QHYA 2VIYA 3L38A 2R43A 1C70A 3LHGA 5P17A 2HB4A 5OYVA 5BRYA 2WL0A 1F34A 2AZ8A 5OZQA 3SACA 5P3SA 5HU1A 5P8NA 3S45A 3BXSA 5P8KA 1APUE 4Y4EA 5P5GA 1SIPA 1ME6A 3WSJA 3A2OA 2UXZA 2AZCA 3NU4A 5P1SA 5P57A 3KFRA 4RRSA 4CPUA 5P3IA 2R38A 5P5EA 3SKGA 1UH7A 2AOGA 2PMAA 5P7VA 5JFPA 4LBTA 5OZ0A 5P5XA 5P0JA 5P5NA 3EKWA 1ODXA 5P6IA 1EPOE 5P4DA 3QS1A 5DQ4A 3LITA 3OK9A 5OYTA 2P3DA 2VNMA 3NDTA 2VIJA 5P34A 3TOGA 5P6YA 5KOQA 5P0LA 3B7VA 4KE1A 4FL8A 5P6OA 2ZGAA 4YDFA 5JODA 5KQZA 5OZYA 3PB5A 4J1FA 2XFJA 5P3FA 3NU6A 2AOFA 2H6SA 1GNOA 5P2LA 5AGZA 5P10A 5P2CA 2ZHUA 3MXEA 2UY0A 3OU3A 4I1CA 2IEOA 3O9HA 5J25A 4IVTA 5P2JA 3EKTA 4Y53A 5HDVA 2QNNA 5P1PA 5OYUA 2F3EA 5P0KA 5P2BA 3PMUA 3IXOA 5P0FA 3ZMGA 5P8FA 5P5OA 1MERA 3T7PA 4AA8A 2I4WA 5P79A 5P6RA 3UCBA 3QRVA 2RENA 5P18A 5P5DA 2ZDZA 2A4FA 3OOTA 3PI0A 5P2OA 2I4DA 3DK1A 5UPJA 1SDTA 4FM6A 2QCIA 1G0VA 5P8SA 4YE3A 3LPJA 4DPIA 4OBFA 2HS2A 4DUSA 4D85A 5P8UA 3VLBA 1EAGA 3H0BA 5P76A 3SA5A 4K4RA 3TKWA 4OBGA 3MSLA 5AHBA 3OAGB 1HIVA 3GGVA 4K4QA 2R3WA 3EL0A 5I3XA 1GKTA 4DQFA 1HTEA 4RLDA 1C6ZA 5OZMA 3APPA 3R0WA 4DVFA 1B5FB 3O99A 5P5LA 2G27A 4Y3JA 1E82E 4Y3XA 4RRNA 3RTNA 5P5UA 3QVCA 3UDNA 5OZXA 5P3TA 5ISKA 3LIXA 2G1SA 2G94A 3OQDA 4GJDA 2VIEA 5P7JA 1XDHA 3QAAA 2R5PA 1IVPA 3EKYA 4Q1XA 5P3UA 5P04A 5C9BA 5P53A 2HPFA 2F80A 4XX4A 3PVKA 5P2TA 4Y45A 2Q54A 3QI1A 4HLAA 1DW6C 1E81E 4NKKA 2I0AA 4DI2A 1YTIA 1UH8A 5DQ2A 2VJ7A 2WEZA 3ZPTA 3S43B 2B42A 1FGCC 4JECA 2XFKA 3ST5A 4H3JA 5C9FA 9HVPA 3OXCA 3OWNA 4Y3SA 5P14A 1SBGA 2PSGA 3OAGA 3GGXA 4GYEA 4QJ9A 5P5ZA 5OZVA 2FNTA 5P3LA 1BILA 3PEPA 4Y50A 5P2UA 1HXWA 3BVAA 2MIPA 2QI0A 1BDQA 5P6NA 2RMPA 5P75A 5HU0A 3LIYA 4CMSA 2IDWA 2R8NA 4I0GA 4Y5NA 4Y3DA 1SH9A 2I4VA 3QPJA 1HEFE 3D91A 5P01A 1PPME 5P0NA 5P42A 4QJAA 3T11A 5P31A 2AVMA 3DCKA 3UDQA 5P7PA 1LV1A 5IVTA 2Q5KA 5P5VA 4XXSA 3R4BA 5P43A 5P5YA 2V11C 3O9DA 4FS4A 4YCKA 3KM4A 3O9BA 1Q9PA 4HDPA 1B6MA 5P37A 4FCOA 3OADB 3OTSA 5P5KA 3K1WA 3S43A 3KYRA 5P07A 5OZRA 4DQEA 3DCRA 5P5IA 3SFCA 5P4QA 5COOA 3WZ7A 2WECA 5P0MA 2BKTA 5P8RA 5P7RA 4NPUA 4ZPGA 4B05A 3Q6YA 3EL9A 1D4LA 3QBFA 5P8DA 5P8VA 5AHAA 3UHLA 3KFNA 2I4XA 5P60A 1YTJA 4EJKA 4I0JA 5HDUA 5P13A 4Y4GA 2WEDA 4OBZB 5OYZA 4M8XA 1FG8C 5P0AA 3O9EA 4Y4UA 5COKA 5P0RA 5P4HA 1FQ4A 2B7ZA 4Y3EA 4FE6A 4ZE6A 4Y4DA 3UTLA 5E5JA 5P0DA 1ODWA 3K4VC 3ZKIA 1DIFA 3IAWA 1HBVA 2OHKA 3INEA 2B8VA 2G22A 3MWSA 5P0BA 1SP5A 2ZJKA 1HIIA 4GMIA 5P4AA 4COEA 4TRWA 5P8QA 1HXBA 3EMYA 4HVPA 5P3GA 4A4QA 1MIQA 1SGZA 3SA3A 2FXEA 3EM3A 4X7IA 3OADA 4FIVA 4L6BA 4D88A 5HE5A 5P7FA 2OHUA 3Q3TA 3UDHA 2QU3A 1GVXA 5APRE 5ER2E 2G1RA 3ZKSA 3NLSA 5P1ZA 4J1EA 1ZPAA 4FLGA 2PK6A 4J54A 4J17A 4Y3YA 2BPXA 4JPEA 2OHRA 4F74A 1DAZC 4OC6A 3ZPSA 3BGCA 4RYGA 5P63A 3ZKMA 2FS4A 3H5BA 2WF1A 3KFPA 4YD4A 4ZSRA 3HAUA 5P7MA 5P55A 4LXAA 4HDBA 5P8OA 1FMXA 5P8HA 3UQWA 1M43A 1VIJA 1PSNA 3PWMA 4TVGA 5P20A 3OQAA 3M9FA 3UDMA 3KMXA 3PBDA 5OZ9A 5P1XA 5P64A 3GI4A 3NSHA 1MTBA 3BUHA 5P5MA 2IS0A 5COPA 3HBOA 4Y5LA 3S7LA 3HW1A 2G20A 4Q1YA 5DR8A 5OZ5A 2NTRA 1HWRA 4ER4E 2PH8A 5P5FA 2QHCA 5P59A 1EC1A 4PHVA 2P3BB 1FQ6A 5E5KA 4FAEA 5P0YA 2F3FA 4A6CA 5CLMA 1E80E 3NXNA 5OZCA 4DQCA 5P7UA 5P3HA 4I0FA 5P1MA 3QRMA 5P77A 1HPXA 1TW7A 2AZBA 1EBZA 3L59A 1D4HA 1YX9A 1FFFC 3RVIA 1HIHA 5P6GA 2AVOA 4EHCA 1EEDP 1GVWA 3VLAA 2ZJMA 5FIVA 5P6FA 2IGYA 4HDFA 4WY1A 4GIDA 4PEPA 5P5RA 3I7EA 1T7JA 2O4PA 5DR0A 4QJ7A 5P6HA 5P2FA 4Y5MA 3L5BA 4Y3RA 5P1VA 4QGIA 4EQJA 3VV8A 1KJFA 5P0EA 5P41A 5P2VA 3D3TA 5P6SA 4APEA 4YDGA 2QU2A 5P7HA 3FSMA 5P66A 4GZFA 1IZIA 5P0VA 4YBFA 5P26A 1TCXA 2QMDA 1GVVA 3PLLA 5OZHA 1SMRA 5P2YA 5P0SA 1CZIE 2P3BA 4Y38A 2P4JA 4LC7A 2IRZA 5P4NA 5P1RA 3KFSA 5OZTA 3IN3A 1Z1RA 5P25A 2V12C 3VV7A 5P5PA 1OHRA 4GJ8A 4Y36A 5P72A 3JVYA 3LZSA 4ZIPA 3Q4BA 5OZEA 1AJXA 3R0YA 2FDEA 4R93A 5P2WA 4TVHA 5AH6A 5P2KA 4YD6A 2HB3A 4U7QA 5P8EA 1AVFA 5P5CA 4Z50A 2QD6A 4K9HA 3PMYA 2OHPA 5P87A 2BBBA 3NDXA 2JXRA 3SLZA 1QDMA 5P2AA 5P3MA 1NSOA 2PYNA 4U7VA 5P51A 3JVWA 5P0WA 5P62A 4DJRA 1QBTA 1J71A 4DQGA 3SPKA 2XYEA 3UPJA 5P0ZA 5AH7A 4B1CA 4Y5AA 5KQYA 1LYBB 1FQ5A 2AOJA 1QBRA 3OHFA 5P2RA 1SDVA 1EPRE 1K1TA 1KJGA 1OEXA 3UQRA 5P7GA 5HCOA 2G26A 1SIVA 2VA5A 5P39A 5P49A 4RCDA 5OYWA 2ZE1A 1GVUA 2FGUA 5P6DA 5P50A 1K1UA 3HZCA 3VEUA 4EP2A 5P0GA 3IXJA 2J9JB 2Z54A 3CIBA 1D4IA 4R92A 5P46A 5P1OA 4QJ8A 3ZKNA 3HVPA 4Y3TA 1YTGA 4EJ8A 4YHQA 4JOOA 1IZHA 4LHHA 3LINA 5P3VA 3EM6A 5P1DA 3U71A 5P4TA 1K6TA 5P1TA 1A9MA 2QD8A 4S1GA 1HTRB 5P3RA 3NUJA 4GJBA 3TPJA 4L1AB 1YG9A 4DJOA 1EPNE 2SAMA 3UQXA 5OZFA 5P68A 3NWXA 1HVHA 4R95A 1G2KA 4L7JA 2HC0A 2PC0A 1MT9A 5P6LA 1QBUA 5P3ZA 3WB4A 4DH6A 3HLOA 5P0PA 4D83A 2QMGA 2BKSA 1PROA 1IDAA 3SA8A 2WF0A 3PJ6A 5P89A 1CPIA 5P56A 1AM5A 4BFDA 1LZQA 4DQBA 3RSVA 5P6BA 1FG6C 2AOEA 5P12A 5P8PA 2CEJA 2QHZA 5DGWA 1HVSA 3BRAA 5P33A 1MTRA 3D20A 1OEWA 5OZ7A 2J9JA 1AAQA 2O4LA 1ZJ7A 3URIA 3VFAA 3VSXA 5I3WA 1APVE 5HVPA 2I1AA 5P80A 3PSYA 5KQFA 3VF5A 2QK5A 1XE5A 5P8MA 1D4SA 1PPLE 2NR6A 1ZSRA 5P1IA 2VJ6A 3BXRA 3PSGA 4U8WA 3DJKA 5P29A 1MSMA 3DV1A 5P58A 4J0ZA 5ER1E 1VIKA 4Y4XA 5P3KA 4L1AA 1DPJA 3D1ZA 3FX5A 3UF3A 5T4SA 1QBSA 1TCWA 2ZJLA 5IE1A 2WF3A 4JPCA 1LYWB 3NXEA 2FDPA 1HVLA 4XX3A 3EM4A 3VF7A 3NDUA 4PZWA 1K6PA 2HIZA 4B78A 3OGPA 3TLHA 5P3NA 5P02A 3KA2A 5P4CA 3SA7A 4Y57A 1K2BA 3RTMA 4Y4JA 2ZJNA 3MSKA 3PGIA 2F81A 1U8GA 1B6JA 1MESA 1DMPA 1ZBGA 1DP5A 1ZAPA 5P1LA 5P48A 3KF0A 5P4IA 5IVRA 3PHVA 1KZKA 2BPYA 4R5NA 1EPPE 1XS7D 3CKTA 1AXAA 1Z1HA 1GVTA 1D4KA 1UPJA 1K6VA 1EC2A 5P8IA 1B5FA 1T6EX 5P6AA 5I70A 5P70A 3OU4B 3TNEA 4I8WA 3PSUA 4I8ZA 2AZ9A 1HSHA 2ER9E 1D4JA 1YT9A 5P5TA 5P3PA 3PWRA 1NPWA 1C6XA 2QNPA 2I4UA 3OU1B 2B8LA 1APWE 1HVKA 2ZYEA 2B7FA 1IDBA 4Y5CA 1EBKC 2IENA 2IKUA 3VSWA 4RVXA 3EL4A 1LYWA 3K5DA 3EBZA 5P1NA 2QZWA 1A30A 1EC3A 4GJ7A 4QJ6A 2FDDA 3SA6A 4I0HA 5KR8A 2ER0E 5P1QA 1HVCA 5P81A 2V16C 4AZYA 2NMZA 3TTPA 2CENA 5P6CA 3EC0A 5DR3A 3ZPUA 1FIVA 1XL5A 2WF4A 5P05A 5P2XA 5P7SA 1PSOE 1MEUA 1LEEA 1MVPA 4H3GA 2PWCA 3AIDA 4OBKA 3T7XA 1SGUA 4K4PA 1PSAA 5P7DA 4MC6A 3UQUA 2OHQA 4OBJA 5P1AA 1MPPA 3EXOA 5P6PA 4NJTA 5P6UA 4RYCA 4Y51A 5OZBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3A A;  1ZTZ A;  4OBH A;  5KOS A;  5BS4 A;  5P7Y A;  3CID A;  2WJO A;  1HVR A;  3N4L A;  5CON A;  5OYX A;  2V0Z C;  3GI0 A;  2ER7 E;  4Y37 A;  3VYF A;  1FQ8 A;  3INH A;  3PWW A;  5P6Q A;  3FNT A;  3F9Q A;  4E43 A;  2NPH A;  5P69 A;  3CIC A;  4J1K A;  3L5D A;  1MRX A;  4Y5G A;  5HE7 A;  5PEP A;  3S85 A;  2J9K A;  1LYA B;  4CP7 A;  3GW5 A;  2IGX A;  1NPV A;  1EPQ E;  5P4X A;  2OHT A;  1B11 A;  3L58 A;  4ZSQ A;  4YCT A;  1KJ4 A;  3TKG A;  4PYV A;  2QNQ A;  4N00 A;  5OZU A;  5P3D A;  4FSE A;  2WEB A;  2NXD A;  1PPK E;  3SO9 A;  2P3A A;  4AUC A;  5KR2 A;  4B1D A;  4F76 A;  1FFI C;  5P2D A;  5DR1 A;  2QI5 A;  4Y3H A;  1RV7 A;  4ZEA A;  3FNS A;  3URJ A;  5SY3 A;  3O9G A;  1HPS A;  5OZJ A;  5P1J A;  3CYX A;  2BQV A;  2QI3 A;  3DOX A;  4CPR A;  3ZKG A;  1G6L A;  5P09 A;  1GNM A;  1W51 A;  4Y48 A;  3I6O A;  4KE0 A;  2Z4O A;  4RRO A;  5F00 A;  4EXH A;  3PM4 A;  5P85 A;  2AOH A;  3Q5H A;  4HZT A;  4J0T A;  2G1O A;  2JJI A;  1HVI A;  5P8C A;  3NR6 A;  4Y3Q A;  3EKQ A;  2HB2 A;  4CPT A;  2F8G A;  4LAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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