5P2IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 136
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2iA01
1GNNA 3OGPA 1IDBA 2FIVA 5P25A 4XX3A 1K1TA 5OZVA 5P0AA 2NTRA 3EKWA 3CYXA 2V0ZC 4Y3XA 2WF0A 1HIIA 3N3IA 3LIZA 4DJQA 2Q55A 5P4HA 5OZSA 3LINA 3L3AA 4DH6A 5P2SA 4YCTA 5P5YA 2I4WA 2ZJIA 5OYYA 1T6GA 1QBUA 5P2OA 5P4ZA 3BXRA 3NXNA 1FEJC 4HZTA 1QBTA 1XN2A 5P58A 5P51A 3TPPA 5P0GA 2VA6A 1LYBB 2PWCA 3MSJA 4HDPA 5P4SA 1GVXA 5P2DA 5P4DA 1SDTA 4GJ6A 4OBKA 1MTBA 3JVWA 3PCZA 4B78A 5HVPA 5P48A 5P81A 4Q1NA 3Q5HA 5P50A 4CPXA 4XX4A 3UTLA 1DP5A 3PWMA 4F73A 1D4KA 5IS4A 5HCTA 2QZWA 1G35A 1FG6C 3DCRA 1DPJA 4Y5GA 1K2CA 5P6HA 2WEBA 5P87A 4FSEA 3RSXA 3OU1A 5ER2E 1DMPA 3HD8A 5P0WA 3VV8A 3URJA 3Q70A 4PHVA 4K4RA 3RU1A 3NU9A 5P83A 5P8UA 5P6DA 2V13A 2VJ9A 2HPFA 5OZPA 5COKA 5P47A 3BXSA 1BAIA 3UQWA 4DQEA 5OZOA 4ZPFA 4YA8A 1HVKA 4I10A 4J54A 1HSGA 4B00A 4HE9A 5UPJA 3ZPSA 4Y3YA 3VCMA 4LC7A 3LZUA 4OBGA 5KOQA 1EPPE 5E5JA 2H6SA 2I4XA 1TCWA 3IA9A 3VUCA 1HTRB 4Y5PA 4Y5BA 5P4NA 4DVFA 2G1YA 5P6MA 1B5FA 5P7XA 1YT9A 3OTYA 3FNTA 1A8KA 2IEOA 5OZKA 4H3IA 3BUHA 2ZHUA 5P7PA 5P0FA 5OZUA 4DQFA 3PEPA 5P57A 5P0ZA 5P8SA 4YCKA 3K5CA 3QROA 3ST5A 3PM4A 2F80A 3GI4A 2JJIA 2ZHSA 1LEEA 3CKPA 4J0TA 4MC6A 2QAKA 2J9KA 4FL8A 3JVYA 3APPA 2QHYA 2IKOA 2HB4A 4FCOA 2PK6A 2QNQA 2IGYA 5OZ9A 3O9AA 3LZVA 4Y5LA 7UPJA 5IVSA 5P17A 2B8VA 2G1RA 2AOIA 2WF1A 4AUCA 5P27A 3KFPA 2QMPA 3SM1A 5OZ3A 1IZHA 1AZ5A 3VG1A 5P76A 5P0LA 3KN0A 5P44A 3TPRA 2AVMA 4I0HA 2O4PA 4JPCA 5P4EA 5P1XA 4LP9A 1LF2A 3OXWA 5P74A 1G0VA 5P68A 1IBQA 4I0GA 4J1HA 1FGCC 5P0VA 1ZAPA 4GJ9A 5P3YA 5P7MA 5P6JA 5P7VA 5I70A 1AJVA 1B6PA 3O9FA 3PMYA 4Y3NA 5KR1A 2NXMA 1EBWA 5P2GA 1D4JA 3OXXA 5J25A 4ZLSA 5P1SA 2QI7A 4RRNA 3ZPTA 1BWAA 1MT8A 3L5DA 2VKMA 4I0DA 4EJ8A 4FGXA 5OYVA 1CPIA 4KE0A 5P7RA 5I3WA 3OGQA 4YOAA 3LZYA 5OZGA 1EPRE 5P2MA 3LIXA 4NPUA 2PYNA 3KFNA 2VA5A 4QLHA 4APRE 1WKRA 3UPJA 5P49A 1OEWA 1AM5A 4EHCA 1QBSA 2O4NA 1BV9A 4A4QA 1HSIA 5P79A 1PPKE 5KR2A 5P6PA 1T7IA 1FQ6A 5HE5A 5P7WA 3FSMA 3O9GA 3VFAA 2P3AA 4PZXA 5P6WA 3UQRA 1EC3A 5P4UA 5I3XA 5P1HA 3GW5A 4ZEAA 1EBKC 1UH8A 1ME6A 1E81E 3K4VA 5P2RA 4Y5EA 1YTIA 2O4LA 5P5XA 5P05A 1NPAA 3INFA 1ZLFA 2QU2A 5P8RA 3EKQA 5P5KA 4U8WA 5OZ7A 2B7ZA 2R5QA 5P4TA 5P5WA 1RNEA 5OZTA 3DM6A 5P7CA 3FNUA 1LF4A 5P54A 4HLAA 2R38A 5PEPA 2BB9A 4AA9A 3F9QA 4I8ZA 1SIVA 4YD7A 3HAUA 1GVUA 3EKXA 2XFKA 5C9DA 3EL9A 2AZCA 5OYXA 1SIPA 1LYWA 1EEDP 2AZ8A 4L1AA 5P3CA 3EC0A 2FGUA 3KF0A 1G2KA 5OZNA 1M0BA 1BBSA 1MRXA 2ANLA 2AOHA 4Q1WA 1RV7A 4RROA 5COOA 3MWSA 4RGHA 2OHSA 3BHEA 3UDYA 1MRWA 5OZRA 2QI5A 4TRWA 4I0IA 1CZIE 5P2EA 1IVPA 3SA9A 3TKGA 1HVSA 2VIZA 5OZZA 5P5CA 5P7LA 3OAGB 2QNNA 4FRJA 1SGZA 1W50A 1FF0C 5P2FA 1TZSA 5C9BA 2PC0A 1MVPA 1T7KA 5ISJA 3SPKA 4GJ7A 5P1MA 1GKTA 5P04A 2NMZA 5P88A 5P4MA 3L5CA 4B77A 2I0AA 1FFFC 4BEKA 3OADA 1Z8CA 1J71A 3LPKA 4Y3RA 1YTGA 2O4KA 1META 3PI0A 1KZKA 4Y3PA 2FS4A 5P82A 3LPJA 1SH9A 4L7GA 5P1CA 1FQ7A 2HB3A 3LNKA 3URLA 3NDWA 5OZDA 4CPWA 3SABA 1W5WA 5P8BA 4RYCA 4B1CA 4YBIA 5P8QA 2G21A 5P2XA 4AZYA 1NH0A 5P3BA 5P2LA 1SDVA 6FIVA 3S8IA 4J1IA 4DJOA 1MSNA 5P45A 2R3TA 5P56A 4NJTA 5P63A 3WZ8A 4D89A 5IE1A 4FSLA 4J1KA 4B1EA 1HTEA 2QMFA 4MC1A 1ZBGA 3OUAA 3NU4A 3Q6YA 3G72A 3O9IA 2FNTA 2F3KA 3OOTA 4DUSA 3TOFA 3M9FA 5P8MA 3O9DA 5P12A 1D4YA 3L5EA 1IDAA 3HW1A 5P0SA 2FXEA 5P7FA 4ACXA 3PB5A 5HE7A 2BJUA 3I7EA 3I6OA 3BVAA 5ER1E 4RYGA 5KQZA 1MT9A 2QZXA 2B7FA 1CMSA 2IQGA 3OQKA 4NJUA 3FIVA 5DQ4A 3SQFA 3DCKA 1B5FB 1LYAA 3JW2A 4YCYA 5P3LA 4ZSPA 2PMAA 3OHHA 2I4QA 3K4VC 5P67A 1FMUA 4I0EA 2Q11A 3BVBA 1U8GA 1A30A 2FMBA 5DQCA 2IDWA 4RLDA 2VNMA 4GJDA 3LHGA 3DK1A 3OUCA 1C70A 5OYZA 4OC6B 3AIDA 1DW6C 3CIDA 2G27A 3FX5A 4J1CA 3R1GB 4Y51A 2QI6A 3NLSA 4FAFA 5P3GA 2G24A 5P1YA 5P7UA 4Y56A 2V00A 3GGVA 3UQPA 5DR3A 3UDMA 2G94A 4B1DA 1QS8A 5P53A 2XFJA 5HTZA 5P7YA 2ER0E 5P1NA 5P2QA 3PWWA 2VA7A 1FMXA 3UDQA 2H6TA 4DJPA 5BRYA 5DQ2A 5P4KA 5P5UA 2J9JA 4FS4A 3QRMA 4CPRA 5P09A 1IVQA 2PK5A 1MERA 3FNSA 5P1QA 1XN3A 3OQAA 1JLDA 1YTJA 5P20A 1ZSRA 4Z50A 5P5PA 4CMSA 2OHRA 1FQ4A 5P8EA 1E82E 5P4AA 5P8GA 5P4CA 3URIA 4Q1YA 5P1PA 3KDCA 5P5QA 1FFIC 4EPJA 5AH7A 5P16A 5P6LA 1GNOA 1FQ5A 2VNNA 3K5FA 3R0WA 1D4IA 1MPPA 5P7DA 1HTGA 1A94A 3ZKNA 2UXZA 5OYQA 4DFGA 5P8CA 2V12C 1ZPAA 2VJ7A 3KMXA 4A6CA 4Y5NA 5P7ZA 2OHUA 5OZCA 2QD6A 4H3JA 4BFDA 4CPSA 1G6LA 3ZKGA 3OY4A 3QVCA 2Z54A 4GJAA 3TTPA 5OZ2A 4FIVA 4D88A 4JPEA 5P3MA 3R0YA 3S43A 4Y3JA 7HVPA 4Y4BA 4DPFA 4LXAA 1BDRA 3SFCA 2NXLA 4OBZA 2WJOA 4B05A 5KQXA 4GZFA 1K2BA 5OZWA 4PEPA 2ZHRA 3CIBA 3APRE 5P0YA 4YD4A 1PPME 1BXQA 2OHPA 4Y36A 3WSJA 2QP8A 4M8XA 5P11A 3BGBA 5P1DA 5P7AA 3T7XA 3INHA 5P55A 4YDGA 5P65A 2QZLA 3H5BA 3DV1A 5P0TA 3U7SA 2PH8A 1WBKA 1HPSA 4Y4EA 3TOHA 2OHTA 5OZLA 1HVJA 2P3DA 4HVPA 3U6AA 4Y3GA 4FM8A 4EJDA 1C6YA 3UQUA 5P6FA 5P6AA 4Y4AA 1E80E 3QS1A 4IVSA 4J5JA 5P86A 4ZSMA 3KDBA 2ZJNA 5P36A 5IVRA 2Q3KA 5P33A 1SMRA 4DQBA 5OZ5A 2FLEA 1M4HA 1LYWB 2XYEA 5P23A 2QI4A 4R92A 5P2BA 5P46A 5P6NA 5P0PA 2BBBA 5P71A 3SKGA 3OQDA 4LBTA 2A4FA 1EPME 4YD3A 3VSXA 5EZZA 5P5BA 5P5RA 3S54A 1HPOA 3N4LA 5P62A 5P7EA 3S53A 5P08A 4HEGA 1F34A 4Y3ZA 3RTMA 4L7JA 2P3BA 4Y3MA 5T4SA 4MC2A 2R43A 5P1VA 4RCEA 3IGBA 1APUE 4FE6A 5P0RA 5P22A 5IVQA 2OHMA 4QJ9A 4HDBA 5E5KA 1HSHA 6UPJA 3Q4BA 5P8OA 2A1EA 1A8GA 5P5HA 2AVOA 1FB7A 4KUPA 3G6ZA 5P2KA 5SXNA 4I12A 1ZP8A 1HVIA 2WL0A 4Y3LA 4Y4TA 5P5VA 2QMGA 2R3WA 4GB2A 5P06A 5HU1A 2PSVA 9HVPA 1FMBA 1AXAA 3INDA 4DQGA 4H3FA 5P66A 5P19A 2HM1A 5OZ8A 5P3EA 5P6SA 4QGIA 1XS7D 5AH6A 5HE4A 3LZSA 5OYTA 4LL3A 5P3AA 4Y48A 2AVVA 3KYRA 5P77A 3ZMGA 4APEA 1LV1A 2B42A 1QBRA 4Z4XA 3PHVA 2O4SA 1W6IA 4OD9A 2O40A 2QD8A 5P7TA 5JODA 4Y4GA 1B6MA 2V11C 5I3VA 5DR0A 1VIJA 4DJVA 4CKUA 3GI5A 5P00A 2ZHTA 1PROA 4Y3WA 5IVTA 4Y3AA 1MT7A 3KFSA 5SY2A 1ENTE 1FG8C 5P2CA 5P3WA 3ZKMA 3SKFA 5P0UA 2G20A 5P8PA 1FIVA 2G26A 3O9LB 4K4QA 1HHPA 3DUYA 3LIQA 2WEAA 4EQ0A 4EP2A 3O9CA 4X2LA 1KJ7A 1M43A 1Z1HA 3ER5E 3OHFA 2BQVA 4DQHA 1D4SA 1DAZC 3NU6A 4ER4E 5P8AA 5P78A 2WF4A 2Q54A 1FKNA 2VS2A 4Y43A 2JE4A 2IRZA 1PSAA 1ZPKA 1HEFE 2ZHVA 4DJYA 1F7AA 5P4IA 3UDNA 4YOBA 3NDTA 5P4JA 4Y39A 4YE3A 3IXJA 1FLHA 4GJBA 5P3ZA 3KT2A 5HCOA 5P4XA 5P70A 1BVEA 5P72A 4Y3DA 1ODXA 5P6VA 2RKFA 5P7HA 3QRSA 5P3PA 1RL8A 5P6IA 3EL0A 3ZKSA 2B8LA 4JECA 5P2WA 1EPNE 2RKGA 2ZE1A 5P0XA 4QJ6A 5P52A 4MC9A 1D4LA 5P5MA 1ZTZA 4L6BA 2ZJKA 3FKTA 3ER3E 3TPLA 3EKYA 4B72A 5P4RA 2F8GA 4NKKA 1BV7A 3T7PA 5P8TA 3IN4A 4R91A 5P2JA 5P43A 2APRA 1TSUA 3BUGA 3EXOA 3UDKA 1SGUA 3UFLA 3OXVA 5P0JA 1PPLE 5TOLA 4Y4ZA 1EPLE 1BXOA 2CEJA 1HRNA 3SA8A 2G22A 2IL2A 1YM4A 2ER9E 3EL5A 3KDDA 2FDDA 4RCFA 4Y5KA 4OBJA 3BRAA 3ZPUA 4Y35A 2FDEA 1EPOE 4N00A 3OQ7A 5OYSA 5OZIA 1RQ9A 2ASIA 4F76A 3PCWA 1W6HA 2P83A 4RVJA 3TLHA 1KJGA 2IKUA 2FGVA 5OZXA 5OZ4A 3KMYA 4Y3TA 1C6ZA 5AGZA 5ISKA 2OF0A 3IN3A 4BFBA 3SA6A 1HIHA 3VYDA 4OBDA 4FRSA 3HAWA 4ACUA 5P4QA 3ZKQA 4B70A 3PMUA 4Y58A 2F3FA 2BPYA 3HLOA 2CENA 4Y5AA 5P5IA 3D20A 5OZ0A 2EWYA 3I2LA 3PRSA 3D1ZA 1EBYA 4ER2E 5HDXA 3D91A 1BWBA 2I4DA 5P0IA 1HWRA 2QCIA 4KE1A 1E5OE 1IZIA 5P1LA 3VV6A 2G1OA 3NUOA 3NWXA 2P3CA 5P1FA 1PSNA 4ER1E 2IENA 3OU3A 3IXKA 5P1BA 5P60A 2V16C 4OBZB 4Q5MA 1HIVA 3BUFA 2AQUA 3OU1B 2HS2A 3SA7A 1WBMA 5P0MA 3SAAA 4I0ZA 5P8LA 5P8JA 3GI0A 5P6BA 1ZSFA 2V10C 3PBDA 4YBFA 5P4WA 5P3OA 1LZQA 2WKZA 3VV7A 4I0FA 5P13A 1BILA 5P7BA 5P6OA 4Y3HA 5DQ5A 5DR8A 5P2TA 4YHQA 2XFIA 2AZ9A 3KM4A 4HA5A 1T7JA 4EXHA 4CPQA 5KR8A 3EL4A 2VIEA 1TCXA 5DGWA 1MUIA 2NR6A 3IAWA 4Y9WA 3H0BA 5DR7A 1AIDA 2QU3A 3IVHA 1FQXA 5OYRA 1BVGA 3R2FA 4NJSA 2WF3A 4YD6A 5P6KA 4Y4DA 1HXWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1GNN A;  3OGP A;  1IDB A;  2FIV A;  5P25 A;  4XX3 A;  1K1T A;  5OZV A;  5P0A A;  2NTR A;  3EKW A;  3CYX A;  2V0Z C;  4Y3X A;  2WF0 A;  1HII A;  3N3I A;  3LIZ A;  4DJQ A;  2Q55 A;  5P4H A;  5OZS A;  3LIN A;  3L3A A;  4DH6 A;  5P2S A;  4YCT A;  5P5Y A;  2I4W A;  2ZJI A;  5OYY A;  1T6G A;  1QBU A;  5P2O A;  5P4Z A;  3BXR A;  3NXN A;  1FEJ C;  4HZT A;  1QBT A;  1XN2 A;  5P58 A;  5P51 A;  3TPP A;  5P0G A;  2VA6 A;  1LYB B;  2PWC A;  3MSJ A;  4HDP A;  5P4S A;  1GVX A;  5P2D A;  5P4D A;  1SDT A;  4GJ6 A;  4OBK A;  1MTB A;  3JVW A;  3PCZ A;  4B78 A;  5HVP A;  5P48 A;  5P81 A;  4Q1N A;  3Q5H A;  5P50 A;  4CPX A;  4XX4 A;  3UTL A;  1DP5 A;  3PWM A;  4F73 A;  1D4K A;  5IS4 A;  5HCT A;  2QZW A;  1G35 A;  1FG6 C;  3DCR A;  1DPJ A;  4Y5G A;  1K2C A;  5P6H A;  2WEB A;  5P87 A;  4FSE A;  3RSX A;  3OU1 A;  5ER2 E;  1DMP A;  3HD8 A;  5P0W A;  3VV8 A;  3URJ A;  3Q70 A;  4PHV A;  4K4R A;  3RU1 A;  3NU9 A;  5P83 A;  5P8U A;  5P6D A;  2V13 A;  2VJ9 A;  2HPF A;  5OZP A;  5COK A;  5P47 A;  3BXS A;  1BAI A;  3UQW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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