5P2JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 137
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2jA01
4Y3RA 3RSXA 3PBDA 3LZUA 5DQ2A 5P2AA 3NSHA 3QROA 5DQ4A 4Y4UA 3T7QA 1HEGE 2QI6A 3LITA 2AOEA 4YDGA 2O4LA 4DJOA 5KR8A 4Y4BA 1AJXA 1EC2A 3T7XA 5IVRA 2G94A 1MT8A 4J1EA 1OHRA 3LZSA 5OYTA 3AUPA 5P2MA 3Q3TA 1HRNA 4OBFA 1FLHA 2HAHA 4GJAA 5DGWA 3TOGA 3BXRA 3SABA 2XFKA 1LF3A 2ZHTA 1HTRB 4PHVA 3QRMA 2MIPA 5P1HA 3SA4A 2UPJA 3SFCA 3UDHA 3OGPA 1HPSA 2BPXA 4ZPFA 2H6SA 2NMYA 3D91A 3UHLA 2CEJA 3ZPSA 5J25A 4EJDA 4YD7A 3OUDA 4UPJA 2V10C 3GW5A 5P2XA 5OZ7A 1ZLFA 4EXHA 4FGXA 7UPJA 3GI0A 4NJUA 3EKXA 1CPIA 3NU5A 3O9GA 5P8OA 1BDRA 4BEKA 3IN4A 3NDXA 3SKGA 2F3KA 1QS8A 5P67A 5HTZA 5P0VA 1K6CA 3S7LA 9HVPA 4RCEA 1LYWA 2QD7A 1B6PA 2VIJA 5ENKA 1ZPKA 2ZHVA 1B5FA 4EQ0A 2RKFA 2G1SA 5P35A 1YM4A 3O9IA 3ZMGA 5P0WA 3L3AA 3OAGA 3L5EA 4ACUA 4GJ5A 2O4PA 5P02A 5P85A 5P1FA 1C6XA 4M8XA 4CPRA 5P26A 3SAAA 4NJVA 5IVTA 4N00A 2ZJNA 4DJRA 3OXVA 5P7EA 2HC0A 5P8BA 5P2WA 2ZHUA 4U7QA 5P4FA 5P0LA 3SA3A 5E5KA 5P0FA 5HDVA 2OHQA 5P8IA 2OHRA 5P3HA 1W5XA 1LZQA 2ZJLA 4FE6A 2VA7A 1Q9PA 5PEPA 5P39A 4H3JA 3IXJA 2G26A 3OUDB 5P8LA 1ZBGA 1AVFA 1LS5A 2PMAA 5OZZA 1Z1RA 5P6AA 3UCBA 1WBKA 1RNEA 5P78A 3FKTA 2VA6A 3AIDA 1LYWB 1EPRE 4TVGA 5P89A 1B5FB 1MTBA 1B6LA 1YTJA 2OHLA 3G70A 4JP9A 5P4AA 4XX3A 3KA2A 3EMYA 3KMYA 3ER3E 5OZ1A 3SACA 3OAGB 3LIVA 3K5GA 3OWNA 5P6PA 5P80A 3PEPA 5P45A 5P0OA 2QZKA 3VSXA 4H3IA 5P5SA 3LHGA 2FS4A 2FNSA 5KQXA 1MT7A 5KQYA 5P4WA 2WEZA 5JFPA 5P6YA 3NWXA 1SDUA 4HVPA 3FNTA 3HD8A 2WEDA 4Y39A 3KMXA 2ZHSA 5P8EA 1EC0A 3I7EA 1HIIA 3GGVA 4Q1YA 1NPAA 4Y41A 5P29A 2WKZA 5P8UA 3Q70A 1PSAA 3LIYA 1APUE 2AOJA 1SH9A 5HE7A 5DR8A 1K6VA 4BFBA 4I0DA 3CIBA 1SP5A 5P4JA 3QN8A 5OZRA 1SGZA 4YOAA 3L5CA 4Y54A 3RVIA 5P2OA 5P5UA 4HE9A 4FAFA 3TPPA 5P5CA 2WEAA 3D20A 4S1GA 5OZ0A 1A8KA 4YA8A 3VG1A 3BGBA 5P2BA 2R5QA 2HM1A 2Q11A 5P4ZA 3NUJA 5COOA 3FNUA 5P3PA 1LF2A 5OZWA 2PSVA 4A4QA 5P46A 5DGUA 5KR1A 4GYEA 2ZJKA 3EL9A 3GGUA 2OHNA 5E5JA 3QRSA 5P86A 5P07A 5P8FA 3F9QA 3KFSA 5P87A 4RVXA 1XE5A 5P4XA 2NXDA 3PBZA 1BWAA 3EKWA 1EPME 4OBKA 3PGIA 2JYSA 5P0BA 3K4VA 5KQFA 4JOOA 2QI0A 1MT9A 5P3XA 2WHHA 1SIVA 4IVSA 1MVPA 3LIZA 4DVFA 3UQPA 3DM6A 4Y5KA 4Y3GA 1T7KA 1D4IA 5P2GA 4AUCA 4DPFA 5P2KA 2NTRA 5P3QA 4Y3SA 1ZPAA 3L5BA 5P5ZA 2PH8A 3IAWA 1HVIA 1M4HA 5KQZA 4ZE6A 1MPPA 1IVQA 1FG6C 4YOBA 4Y3YA 5P2QA 5HD0A 2AVMA 3TPRA 3VSWA 4FM7A 2ZJIA 3ZPTA 1AZ5A 5P2CA 3NXNA 5OZAA 5P1AA 1IZHA 2G20A 3OHFA 4CPSA 5P3RA 2I4XA 1MUIA 3D1YA 5P0RA 5P06A 3PHVA 2QMPA 1FQ4A 2NPHA 2V00A 5P76A 4AA9A 5P47A 5OZ6A 4DJPA 4DQCA 1AAQA 2J9JA 1BWBA 4J5JA 3OOTA 2O40A 5OZGA 5P4RA 1BILA 2R5PA 3D1XA 3UTLA 4Y38A 3T7PA 2WEBA 4Y4GA 5BS4A 2I4UA 3O99A 3ZL7A 1MIQA 3JVYA 5P7VA 3ZOVA 2AVOA 5I3YA 5P4CA 1GVWA 5P34A 5P6OA 5OZNA 2PQZA 1ME6A 3GGXA 3NU3A 4CPTA 5JODA 3KDCA 2OHMA 4ZPGA 3NUOA 1IIQA 5P2FA 4TVHA 5OYUA 4Q1WA 3UFLA 3S8IA 4EQJA 1F34A 4ZEAA 3VV6A 2F3FA 4FRIA 5P30A 5OYVA 3RSVA 4DQEA 2P3DA 5P66A 4DJUA 2AVQA 5COKA 5P77A 5OZTA 5P33A 2HB2A 2QK5A 5P3SA 5JG1A 5P1XA 5P04A 3PLLA 5P60A 1XS7D 4J0YA 4BFDA 5P3VA 3OQAA 3OQFA 2B8LA 5P23A 2HS2A 5P0SA 5I3VA 4Y4TA 4B1EA 5P0NA 4J1IA 5P72A 1B11A 4B0QA 1LYBA 1E80E 2HB3A 5P1RA 3B80A 2J9JB 3IXKA 4RVJA 5P42A 4Y3ZA 5HCOA 3TPJA 2JJIA 3O9HA 3D3TA 2OHUA 2FGUA 3BVBA 3UFNA 2JXRA 5P3KA 3LIQA 1QBTA 5TOLA 4D8CA 5P01A 3OK9A 3VV7A 3WSJA 5P1VA 5P8SA 4B05A 5P7IA 4FL8A 5P71A 1B6JA 2VIZA 5P1UA 2QMDA 2I4WA 5P3GA 3OXXA 2CEMA 4DQFA 3IXOA 4Z2ZA 4GJDA 4FAEA 1HXBA 2QI7A 5P2YA 3SKFA 5I70A 2PC0A 3BHEA 5OYWA 3WZ8A 4Z4XA 5OZXA 2PSGA 5P1YA 5P8CA 1PSOE 5OZLA 3SM1A 4HDPA 2UY0A 3R2FA 4GB2A 3PSUA 1U8GA 4F76A 5P6GA 4Y3FA 1D4YA 5P5IA 4FSEA 4J0TA 3A2OA 1HVJA 4I11A 5P15A 1D4HA 3I2LA 5P6UA 4DQBA 1W5YA 2FXEA 5DR7A 4D85A 4B1CA 3PI0A 4MC6A 1NH0A 5P2NA 4R92A 3JVWA 2F3EA 1EBZA 2P8HA 3UDJA 4M8YA 4Y3XA 2IEOA 4NPTA 1LEEA 4GJCA 4GZFA 5P8PA 5OZOA 2IGYA 1JLDA 1KJHA 3VUCA 5OZQA 1MSNA 3Q6YA 4QLHA 2NNPA 1SDTA 5DR0A 1LYBB 1ZP8A 2XYEA 4EJ8A 3ER5E 1G2KA 3VF3A 4Y3JA 4HZTA 1B6MA 3UQWA 5P56A 5P13A 5P3IA 2I4VA 5P3MA 1D4SA 3NLSA 1T6EX 4PZXA 5P4LA 1OEXA 4ZSRA 4HDFA 5P5DA 3I6OA 4DH6A 1HVKA 5P11A 2IS0A 1QBSA 5P4PA 1AXAA 5P6KA 5P5VA 2I1AA 5IE1A 2ER7E 3UDMA 4MC1A 3EKTA 3EL1A 2P4JA 3M9FA 3OU4A 4YD6A 2UXZA 3WZ6A 5P5KA 5P22A 2AIDA 3OQDA 5JFUA 1A94A 2RENA 5OZMA 3K1WA 3ZKQA 5P1TA 3IA9A 3APPA 3H0BA 3SA7A 4I8WA 5B18A 1E81E 5HU0A 4EP3A 5P5LA 3RU1A 2QP8A 4LHHA 5APRE 4GMIA 5P2IA 4L1AA 2QU2A 4Y3AA 4RGHA 2QU3A 4AMTA 2G1YA 5P51A 1GNMA 2VNMA 5P37A 5P6HA 1K2BA 1HHPA 3LPIA 3UDNA 3MWSA 4ZPEA 5OZDA 1HSHA 2Q15A 3SM2A 2QAKA 2R43A 5P5YA 1ZTZA 1W5VA 2QNQA 4Y3WA 2Q5KA 3TOFA 3K5DA 2AZ9A 5P2RA 3S2OA 5P8TA 4DUSA 4Y4JA 2BPWA 1C70A 5OZVA 4LXKA 4DI2A 2F8GA 3FIVA 4APEA 2AOFA 3EKVA 1FF0C 8HVPA 4F75A 3NYGA 5P1JA 5P5GA 2SAMA 2BJUA 3EC0A 4ACXA 2Q54A 3S56A 3OU4B 4I0GA 4ZLSA 1RV7A 4ZIPA 3FNSA 3UQXA 2FLEA 3ZKIA 5P4VA 1MSMA 3LIXA 2R38A 3NU4A 3VFAA 3TKWA 3ZLQA 3HBOA 5P1IA 3HDKA 1A30A 3PLDA 2G24A 5P32A 3VF7A 1BXQA 5FIVA 5P8MA 3BUGA 4L1AB 3OY4A 5OZ3A 3INEA 3BRAA 4Y3QA 4XXSA 5OZBA 1BV7A 2QHCA 4GJ7A 3TL9A 5OZFA 3PVKA 5P6TA 4MC2A 1FQ7A 5P7NA 2Q64A 3RTMA 3NXEA 4EP2A 5P5PA 4COEA 2OAHA 3Q4BA 3D1ZA 5HCTA 5P1NA 5P5TA 3K5CA 3DCKA 3PJ6A 5ISJA 3MSLA 1BAIA 3ST5A 4J0ZA 2XFIA 4YHQA 2ZGAA 2R3WA 4PEPA 1FFIC 2FXDA 5P20A 3UQUA 4Y45A 4TRZA 3IGBA 5P28A 1A9MA 3MXEA 3PSGA 3EL0A 4Y53A 5P5NA 1APTE 5ENMA 4I12A 2FNTA 3MXDA 1D4JA 5P6RA 3SA9A 4Y3MA 5P75A 3SQFA 4K8SA 2EWYA 5KAOA 3QAAA 4Y56A 3EM4A 3QVCA 3CKTA 4J0PA 1TW7A 1ZAPA 5P09A 1E5OE 3DV5A 4RYCA 3SLZA 5P0KA 1HWRA 3BGCA 1YT9A 2R3TA 5P53A 4DQHA 5P08A 3TTPA 4HEGA 4I8ZA 5P7SA 2ZYEA 4R8YA 5P3YA 5AHAA 5P1OA 1YTGA 5P4KA 4Q1NA 1EPOE 2H6TA 5P7DA 4BELA 5OYXA 2R8NA 1RPIA 4FM8A 3HVPA 1KJFA 4I1CA 3VFBA 1HVLA 5P64A 1PSNA 3OU3A 5OZ8A 3URIA 3INFA 1XE6A 3FX5A 4DFGA 4J1HA 1HVSA 3NU6A 3R1GB 2VIYA 4I0IA 5P0GA 3LZVA 4Y36A 1HSGA 3Q5HA 5P8QA 1E82E 3VLBA 4QJ6A 1AIDA 2NXMA 4AA8A 2AZCA 1K2CA 4J1KA 1FIVA 2FDDA 2QI3A 1TSQA 5P3UA 4Y44A 3ZPUA 2AOGA 3LNKA 5SZ9A 1BVGA 4RROA 5P6ZA 4Y51A 4NPUA 5P4DA 1FQ5A 5P4GA 5DR4A 3ZKXA 5P10A 1RQ9A 1DP5A 3UDQA 2QI4A 5P81A 5I3WA 5ER1E 4Y50A 2QNNA 5P6JA 2G69A 2BQVA 3VV8A 5KR0A 2NMZA 4KB9A 5SY2A 5P1EA 5P0PA 5P4TA 3UPJA 1DIFA 2ER9E 3O9DA 3EM6A 3KT5A 5KOSA 3TKGA 3I8WA 4Y5CA 3K4VC 4I0EA 5P7HA 1C6YA 3CICA 2WF2A 5P2JA 1IDAA 4FRSA 5CONA 1SBGA 2JJJA 2PYNA 4FRJA 4Y48A 4WY1A 1FQ6A 1LYAA 2AZBA 4Y5BA 3DK1A 3INHA 2VNNA 3DCRA 1MRXA 5P24A 5P8KA 2R9BA 4B00A 4ZSMA 2CENA 4QJ2A 5AH9A 2NXLA 1HBVA 1FQXA 4RRNA 2G22A 4U7VA 2BB9A 4TRWA 5F01A 5P7JA 4YCKA 4Y5AA 5P36A 6FIVA 5P3ZA 4B72A 1A8GA 5P88A 2QZLA 2OHTA 5P6BA 2IGXA 5P2UA 1DMPA 5OZEA 1ENTE 2O4NA 3R0WA 5P41A 4Y9WA 5P3LA 4HDBA 4D89A 3R0YA 1EPLE 1HVCA 4LXAA 3VYEA 1ODWA 3KFNA 3O9AA 3KDDA 1IZIA 4K4PA 1B6KA 2QMFA 3UDKA 3CYWA 5P05A 5AGZA 3UDRA 4Y5MA 3GI5A 4R93A 5P59A 4OBDA 5AHCA 2V12C 5P74A 2WJOA 3QIHA 2PYMA 4I0FA 3T3CA 5C9DA 3NDTA 1F7AA 4QGIA 5P43A 4H1EA 5P0TA 5P3AA 3H5BA 1HPXA 1DPJA 3BUHA 4Z22A 5AHBA 3PWWA 1UH9A 4LBTA 5HVPA 5P1WA 1CZIE 5P8AA 4J0VA 1N49A 1HOSA 2P3AA 1EAGA 5P50A 4OBZA 1NSOA 4LP9A 1TSUA 1PROA 1LYAB 4D83A 5P2ZA 1EPPE 4RLDA 1PPKE 4QJ8A 1VIKA 3BC4A 3OADA 5OYQA 5P7CA 5P6IA 3URLA 2AOHA 1K6PA 4Y3TA 2HB4A 5P6EA 5P8HA 3ZKGA 1BBSA 3PWRA 6UPJA 4E43A 4EHCA 5P6WA 1ZSRA 2ANLA 5P57A 3O9EA 5HE5A 4H3FA 5P12A 1FGCC 2Q55A 3HW1A 3WB5A 5P7ZA 3RTNA 1D4LA 3LZYA 3WZ7A 3ZKMA 4Y5NA 5P0HA 3N3IA 1C6ZA 5P4UA 2AVSA 3EL4A 3EKPA 3CIDA 1YTIA 5P17A 5OYYA 2OHPA 5OZCA 3JW2A 5P0YA 5P1SA 3APRE 1TQFA 4Y35A 4OBJA 2HS1A 4NJTA 1YG9A 2PWCA 1EC1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y3R A;  3RSX A;  3PBD A;  3LZU A;  5DQ2 A;  5P2A A;  3NSH A;  3QRO A;  5DQ4 A;  4Y4U A;  3T7Q A;  1HEG E;  2QI6 A;  3LIT A;  2AOE A;  4YDG A;  2O4L A;  4DJO A;  5KR8 A;  4Y4B A;  1AJX A;  1EC2 A;  3T7X A;  5IVR A;  2G94 A;  1MT8 A;  4J1E A;  1OHR A;  3LZS A;  5OYT A;  3AUP A;  5P2M A;  3Q3T A;  1HRN A;  4OBF A;  1FLH A;  2HAH A;  4GJA A;  5DGW A;  3TOG A;  3BXR A;  3SAB A;  2XFK A;  1LF3 A;  2ZHT A;  1HTR B;  4PHV A;  3QRM A;  2MIP A;  5P1H A;  3SA4 A;  2UPJ A;  3SFC A;  3UDH A;  3OGP A;  1HPS A;  2BPX A;  4ZPF A;  2H6S A;  2NMY A;  3D91 A;  3UHL A;  2CEJ A;  3ZPS A;  5J25 A;  4EJD A;  4YD7 A;  3OUD A;  4UPJ A;  2V10 C;  3GW5 A;  5P2X A;  5OZ7 A;  1ZLF A;  4EXH A;  4FGX A;  7UPJ A;  3GI0 A;  4NJU A;  3EKX A;  1CPI A;  3NU5 A;  3O9G A;  5P8O A;  1BDR A;  4BEK A;  3IN4 A;  3NDX A;  3SKG A;  2F3K A;  1QS8 A;  5P67 A;  5HTZ A;  5P0V A;  1K6C A;  3S7L A;  9HVP A;  4RCE A;  1LYW A;  2QD7 A;  1B6P A;  2VIJ A;  5ENK A;  1ZPK A;  2ZHV A;  1B5F A;  4EQ0 A;  2RKF A;  2G1S A;  5P35 A;  1YM4 A;  3O9I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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